单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 555 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2026-04-24 |
Spatial transcriptomics reveals human cortical layer and area specification
2025-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09010-1
PMID:40369074
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研究论文 | 使用MERFISH技术与深度学习核分割方法，对人类胎儿皮层的单细胞空间发育进行详细解析，涵盖18百万个单细胞和8个皮层区域在7个发育时间点的数据 | 首次揭示了人类胎儿皮层六层结构在细胞构筑层出现前3个月就已通过兴奋性神经元亚型分层确立，并发现视觉皮层V1与V2区域间存在明显的二元边界，挑战了中期妊娠皮层区域化仅具有梯度过渡的传统观点 | 未明确提及，但可能受限于样本来源（胎儿组织）和MERFISH技术的检测通量，以及深度学习方法对细胞核分割的依赖 | 通过空间转录组学解析人类皮层发育过程中层和区域分子特化的机制 | 人类胎儿皮层组织 | 数字病理学 | NA | MERFISH, 单细胞RNA测序 | 深度学习（用于核分割） | 图像, 转录组数据 | 超过1800万个单细胞，涵盖8个皮层区域，7个发育时间点（未注明具体胎儿样本数） | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | MERFISH | 多重错误容忍荧光原位杂交技术结合深度学习核分割 |
| 122 | 2026-04-23 |
Integrating single-cell and single-nucleus datasets improves bulk RNA-seq deconvolution
2025-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.20.671333
PMID:40894744
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研究论文 | 本研究系统性地评估了整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）数据以改善批量RNA测序（bulk RNA-seq）反卷积性能的策略 | 首次系统性地比较了多种整合scRNA-seq和snRNA-seq数据的方法，并提出了针对不同场景的明确指导原则，包括基因过滤和条件变分自编码器（scVI）的应用 | 研究仅在四种组织类型中进行了验证，对于更广泛或更特殊的组织类型，方法的普适性有待进一步验证 | 提高批量RNA测序反卷积的准确性，特别是在缺乏完整scRNA-seq参考数据的情况下 | 批量RNA测序数据的细胞类型组成反卷积 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核RNA测序（snRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq） | 条件变分自编码器（scVI），非条件变分自编码器，主成分分析 | RNA测序数据 | 四种不同的组织类型 | NA | 单细胞RNA-seq，单核RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 123 | 2026-04-23 |
Dual states of murine Bmi1-expressing intestinal stem cells drive epithelial development utilizing non-canonical Wnt signaling
2025-Aug-18, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.03.014
PMID:40262610
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研究论文 | 本研究揭示了小鼠肠道发育早期Bmi1表达干细胞的功能及其通过非经典Wnt信号调控增殖状态的动态过程 | 首次在Lgr5表达干细胞出现之前鉴定出Bmi1细胞作为功能性干细胞，并发现其通过非经典Wnt信号调控增殖状态向慢周期状态的转变 | 研究主要基于小鼠模型，人类肠道发育中的类似机制仍需验证 | 探究肠道上皮发育过程中干细胞亚群的动态调控机制 | 小鼠肠道发育早期的Bmi1表达干细胞 | 发育生物学 | NA | 谱系追踪，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 124 | 2026-04-21 |
PTEN restrains SHH medulloblastma growth through cell autonomous and nonautonomous mechanisms
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.31.667996
PMID:40766638
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研究论文 | 本研究探讨PTEN基因在SHH亚型髓母细胞瘤中通过细胞自主和非自主机制抑制肿瘤生长的作用 | 揭示了PTEN缺失通过促进细胞增殖、增强祖细胞状态以及减少巨噬细胞浸润和细胞毒性，加速SHH髓母细胞瘤生长的双重机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类患者中的直接验证尚需进一步研究 | 探究PTEN基因在SHH髓母细胞瘤生长中的调控机制及其对疾病预后的影响 | SHH亚型髓母细胞瘤小鼠模型及小脑颗粒细胞前体细胞 | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 125 | 2026-04-19 |
Healing of lytic lesions and restoration of bone health in multiple myeloma through sclerostin inhibition
2025-Aug-22, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-025-00699-4
PMID:40847323
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研究论文 | 本研究探讨了通过抑制硬化素（Scl-ab）来促进多发性骨髓瘤（MM）患者溶骨性病变愈合和恢复骨骼健康的潜力 | 首次在临床前模型和患者样本中系统评估了Scl-ab对MM骨骼疾病的修复作用，并证实其与抗癌药物联用时的协同抗肿瘤效果 | 研究包含回顾性临床分析，需要前瞻性临床试验进一步验证；动物模型结果向人类转化的有效性需更多验证 | 探究硬化素抑制剂（Scl-ab）能否促进MM骨骼修复、增强抗癌疗效并改善患者骨骼健康 | 多发性骨髓瘤小鼠模型、患者来源样本（包括缓解期患者） | NA | 多发性骨髓瘤 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据、临床回顾性数据 | 临床前动物模型及患者样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 126 | 2026-04-15 |
RESCUE: recovery of idiosyncratic expression patterns in spatial transcriptomics
2025-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.11.669542
PMID:40832184
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RESCUE的计算方法，用于恢复空间转录组学数据中被现有分析方法遗漏的独特表达模式 | RESCUE能够捕获脆弱或代表性不足的细胞类型、亚细胞结构（如神经突）和细胞外表达等现有方法可能忽略的重要表达模式 | NA | 开发一种计算方法来改善空间转录组学数据分析的完整性和准确性 | 空间转录组学数据，特别是来自蜜蜂大脑的MERFISH数据及其他ST数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，MERFISH | NA | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学，MERFISH | NA | NA |
| 127 | 2026-04-12 |
Development of Drug-resistant Cell Lines for Experimental Procedures
2025-08-12, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68957
PMID:40889269
|
研究论文 | 本文介绍了用于实验程序的耐药细胞系的开发方法及其在癌症治疗研究中的应用 | 系统描述了通过逐步增加药物浓度诱导耐药细胞系的方法，并强调这些模型可用于多种高通量分析和体内外实验 | 未提及具体癌症类型或药物种类，方法描述较为通用，缺乏特定实验数据支持 | 开发耐药细胞系以研究癌症治疗中的耐药机制并寻找克服治疗失败的策略 | 癌症细胞系（具体类型未指定） | NA | 癌症（未指定具体类型） | 细胞活力测定、非线性回归分析、微阵列、单细胞测序 | NA | 实验数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 128 | 2026-04-12 |
Using R, Seurat, and CellChat to Analyze a Single-Cell Transcriptomics Dataset of Mouse Skin Wound Healing
2025-08-01, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/67266
PMID:40824857
|
方法学论文 | 本文提供了一个使用R、Seurat和CellChat分析小鼠皮肤伤口愈合单细胞转录组数据集的逐步可视化工作流程 | 为缺乏生物信息学背景的伤口愈合科学家提供了一个图形化编码环境下的详细、可视化单细胞分析协议，旨在降低技术门槛 | 主要是一个方法学指南，依赖于已发表的数据集，未提出新的生物学发现或算法 | 旨在使更多伤口愈合科学家能够在自己的实验室中直接使用生物信息学工具，以促进对其自身单细胞数据集的深入分析以及对已发表数据集的更广泛再分析 | 小鼠皮肤伤口愈合过程中的细胞 | 生物信息学 | 皮肤伤口愈合 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 129 | 2026-04-04 |
Cigarette Tar Enhanced ECs Pyroptosis via CAMKII/Drp1/mtDNA: Novel Insight Into the Mechanism of Plaque Erosion
2025-Aug, JACC. Basic to translational science
DOI:10.1016/j.jacbts.2025.03.015
PMID:40866045
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研究论文 | 本研究揭示了吸烟通过诱导内皮细胞焦亡促进斑块侵蚀的新机制 | 首次发现香烟焦油通过CAMKII/Drp1/mtDNA通路增强内皮细胞焦亡，为斑块侵蚀机制提供新见解 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类临床验证尚需进一步研究 | 探究吸烟导致斑块侵蚀的分子机制 | 载脂蛋白E基因敲除小鼠、人冠状动脉内皮细胞 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 130 | 2026-04-01 |
Spatial transcriptomics: a bibliometric analysis with large language model on English literatures
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf553
PMID:41139313
|
文献计量分析 | 本文利用大语言模型对空间转录组学领域的英文文献进行了文献计量分析 | 首次结合大语言模型对空间转录组学领域进行文献计量分析，使分析结果更全面和具体 | 分析仅基于Web of Science数据库的1197篇文献，可能未涵盖所有相关研究 | 分析空间转录组学领域的研究趋势、期刊分布和关键词，以识别关键研究领域 | 2015年至2024年间Web of Science数据库中的1197篇空间转录组学相关出版物 | 生物信息学 | 癌症 | 文献计量分析，大语言模型 | 大语言模型 | 文本 | 1197篇出版物 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 131 | 2026-04-01 |
Quantum Annealing for Enhanced Feature Selection in Single-Cell RNA Sequencing Data Analysis
2025-Aug-15, ArXiv
PMID:40832053
|
研究论文 | 本研究提出了一种基于量子退火的QUBO方法，用于单细胞RNA测序数据中的特征选择，以识别与细胞分化及抗癌药物耐药性相关的关键基因 | 首次将量子退火赋能的二次无约束二进制优化（QUBO）应用于单细胞RNA测序数据的特征选择，能够揭示传统方法可能遗漏的复杂基因表达模式 | 未提及具体的数据集规模、量子硬件实现细节或与传统方法的定量比较结果 | 开发增强单细胞RNA测序数据分析与解释的特征选择方法 | 人类细胞分化系统和抗癌药物耐药性研究中的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 量子退火赋能的QUBO（二次无约束二进制优化） | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 132 | 2026-03-31 |
Single-cell analysis of ovarian myeloid cells identifies age-associated changes in macrophages and signaling dynamics†
2025-Aug-13, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf122
PMID:40459236
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和流式细胞术分析年轻与年老小鼠卵巢中的髓系细胞，揭示了与年龄相关的巨噬细胞亚群变化及信号通路动态 | 首次在年老小鼠卵巢中鉴定出独特的Cx3cr1lowCd81hi巨噬细胞亚群，并发现ANNEXIN和TGFβ信号通路的显著改变，为卵巢衰老相关的炎症和纤维化提供了新机制 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本，且样本量相对较小 | 探究卵巢衰老过程中髓系细胞的功能特征和信号动态变化 | 年轻（3个月）和年老（14-17个月）小鼠卵巢中的CD45+ CD11b+髓系细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | RNA序列数据, 流式细胞数据 | 年轻和年老小鼠卵巢样本，具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 133 | 2026-03-31 |
The Advance of Single-Cell RNA Sequencing Applications in Ocular Physiology and Disease Research
2025-08-04, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15081120
PMID:40867565
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在眼生理学和疾病研究中的应用进展 | 系统总结了scRNA-seq如何通过单细胞水平的高分辨率分析，揭示眼部细胞异质性、识别疾病特异性基因谱，并推动新型生物标志物和治疗靶点的发现 | 作为一篇综述文章，未提出新的实验数据或方法，主要基于现有文献进行归纳总结 | 回顾和总结scRNA-seq技术在眼生理学和病理学研究中的应用进展与潜力 | 眼部组织，包括与近视、眼表和角膜疾病、青光眼、葡萄膜炎、视网膜疾病及眼部肿瘤相关的各类细胞 | 数字病理学 | 眼部疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 134 | 2026-03-30 |
Transcriptome Analysis Unravels CD4+ T-Cell and Treg-Cell Differentiation in Ovarian Cancer
2025-08-27, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15091241
PMID:41008548
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研究论文 | 本研究通过整合多个单细胞RNA-seq数据集，对卵巢癌中肿瘤浸润CD4+ T细胞和调节性T细胞（Tregs）的分化进行了全面的转录组分析 | 整合了七个多中心卵巢癌单细胞RNA-seq数据集，构建了强大的元数据资源，并利用BayesPrism算法从TCGA批量RNA-seq数据中量化Tregs，对患者进行分层 | 研究主要基于转录组数据，功能验证相对有限；样本来源为回顾性数据集，需要前瞻性研究进一步验证 | 研究卵巢癌中肿瘤浸润CD4+ T细胞，特别是调节性T细胞（Tregs）的分化、功能及其对预后的影响 | 卵巢癌患者肿瘤组织中的CD4+ T细胞和调节性T细胞（Tregs） | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | BayesPrism算法 | 转录组数据 | OCSCDs数据集包含7个数据集，总计137,648个单细胞；使用了TCGA数据集和5个独立的批量RNA-seq队列进行验证 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 135 | 2026-03-28 |
A Benchmark of Semi-Supervised scRNA-seq Integration Methods in Real-World Scenarios
2025-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.23.671952
PMID:40909636
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研究论文 | 本研究首次系统性地评估了五种主流半监督单细胞RNA测序整合方法在真实场景下的性能 | 首次在多种真实标注场景下系统比较半监督与无监督单细胞RNA测序整合方法，揭示了现有半监督方法在实际应用中的局限性 | 仅评估了五种半监督方法，未涵盖所有现有方法；评估数据集数量有限（六个） | 评估半监督单细胞RNA测序整合方法在真实标注场景下的实际性能优势 | 单细胞RNA测序数据整合方法 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | scANVI, scGEN, ssSTACAS, scDREAMER, ItClust, scCRAFT | 单细胞RNA测序数据 | 六个不同数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 136 | 2026-03-25 |
Single-cell RNA sequencing reveals hemocyte heterogeneity, differentiation trajectories, and viral tropism in shrimp (Macrobrachium rosenbergii) infected with decapodiridovirus litopenaeus1
2025-08-19, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00790-25
PMID:40679295
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了罗氏沼虾在感染十足目虹彩病毒1（DIV1）后血细胞的异质性、分化轨迹及病毒嗜性 | 首次在单细胞分辨率下构建了DIV1感染下虾类血细胞的转录图谱，揭示了血细胞亚群的转录异质性、分化动态及特定细胞簇对病毒的易感性与抗性 | 研究主要基于转录组数据，功能验证实验相对有限，且样本可能未覆盖所有感染阶段或环境条件 | 探究虾类血细胞在DIV1病毒感染下的转录异质性、分化轨迹及免疫反应机制 | 罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）的血细胞 | 单细胞组学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量，但涉及感染前后的血细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 137 | 2026-03-24 |
CD38+ Endothelial Remodeling Defines Spatially Diverse Vasculopathy Programs in Rapidly Advancing Oral Inflammation
2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.29.667333
PMID:40766487
|
研究论文 | 本研究通过微生物分析、单细胞RNA测序和空间蛋白质组学，揭示了快速进展的口腔炎症（如种植体周围炎和重度牙周炎）中CD38+内皮细胞重塑的空间特异性血管病变模式 | 首次结合单细胞转录组和空间蛋白质组学，在解剖学定位的组织中识别出CD38+内皮细胞扩张作为快速进展口腔炎症的特异性空间血管病变标志 | 样本量相对有限（总计59个样本），且主要关注特定炎症类型，可能无法完全代表所有口腔疾病 | 阐明快速进展口腔炎症疾病的细胞机制和空间结构特征 | 种植体周围炎、低中重度牙周炎患者的口腔组织样本 | 数字病理学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间蛋白质组学（sp-proteomics）、激光捕获显微切割、微生物组分析 | NA | 单细胞转录组数据、空间蛋白质组数据、微生物组数据 | 总计59个样本（36个单细胞RNA测序样本，15个空间蛋白质组样本，8个匹配活检样本），涵盖121,395个单细胞和337,260个空间分析细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 138 | 2026-03-24 |
Inhibition of interferon signaling improves rabbit calicivirus replication in biliary organoid cultures
2025-08-19, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00574-25
PMID:40709942
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研究论文 | 本文报道了使用干扰素信号通路抑制剂Ruxolitinib增强兔肝来源类器官单层细胞中兔出血症病毒复制，并首次实现该病毒在细胞培养中的连续传代 | 首次发现干扰素信号通路抑制剂能促进兔出血症病毒在类器官培养系统中的复制和连续传代，突破了该病毒长期缺乏可靠细胞培养系统的瓶颈 | 研究仅基于兔肝来源类器官系统，未在体内模型中验证；连续传代仅进行了四次，长期传代稳定性未知 | 开发支持兔出血症病毒复制的可靠细胞培养系统 | 兔出血症病毒及兔肝来源胆管细胞类器官 | 病毒学与细胞生物学 | 病毒感染 | 实时定量PCR、免疫荧光分析、单细胞RNA测序 | 类器官培养系统 | 基因表达数据、荧光图像数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 139 | 2026-03-21 |
Single-Cell RNA Sequencing of Peripheral Blood Mononuclear Cells in Patients With Single Ventricle/Hypoplastic Left Heart Syndrome
2025-08, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.70030
PMID:40831036
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了单心室/左心发育不全综合征患者外周血单个核细胞的转录组特征，揭示了疾病对不同细胞类型的差异影响 | 首次在SV/HLHS患者中应用单细胞RNA测序技术，系统性地揭示了PBMCs中不同细胞类型的转录组变化，并强调了MYC和IFN-γ活性的精确调控在疾病中的新见解 | 样本量相对较小（33名患者和33名对照），且仅关注了PBMCs，未涉及其他组织或器官的免疫细胞变化 | 探究SV/HLHS患者外周血单个核细胞的转录组特征，以理解疾病对免疫系统的影响 | 33名儿科SV/HLHS患者（10名女性和23名男性）的外周血单个核细胞，并与33名无心脏病的对照进行比较 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 66名参与者（33名SV/HLHS患者和33名对照） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 140 | 2026-03-20 |
A simple liquid 3D cell culture paradigm models oxidative mitochondrial metabolism of epithelial breast cancer cells with relevance for lung metastases
2025-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.24.671623
PMID:40909564
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研究论文 | 本研究比较了两种三维细胞培养模型（乳腺球培养和栓子培养）在模拟乳腺癌细胞生物学特性方面的差异，重点关注其对线粒体氧化代谢和肺转移潜能的影响 | 开发并验证了一种新型的“栓子培养”三维模型，该模型通过培养基粘度和机械摇动来富集上皮特征，能更好地模拟肿瘤组织的核与线粒体特征，并揭示了其与肺转移相关的独特代谢表型 | 研究仅使用了三种乳腺癌细胞系（SUM149、IBC-3、MDA-MB-468），且栓子培养模型最初是为炎性乳腺癌设计的，其普遍适用性有待进一步验证 | 比较和评估不同的三维细胞培养模型在模拟乳腺癌肿瘤生物学、特别是与转移相关的代谢和信号通路方面的适用性 | 乳腺癌细胞系（SUM149、IBC-3、MDA-MB-468） | 数字病理 | 乳腺癌 | 蛋白质组学、单细胞转录组学、代谢通量分析、电子显微镜超微结构定量分析 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、代谢通量数据、电子显微镜图像 | 三种乳腺癌细胞系 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |