本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2025-10-05 |
Aggrecan protects against plaque accumulation and is essential for proper microglial responses to plaques
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116064
PMID:40748756
|
研究论文 | 本研究探讨了聚集蛋白聚糖在阿尔茨海默病中对斑块积累的抑制作用及其对小胶质细胞反应的关键调控作用 | 首次通过基因敲除方法证明聚集蛋白聚糖缺失会增强疾病相关小胶质细胞表型并改变斑块形态 | 研究基于5xFAD小鼠模型,结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究神经周围网络在阿尔茨海默病发病机制中的作用 | 5xFAD转基因小鼠模型和Acan条件性敲除小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞空间转录组学,基因敲除技术 | 条件性基因敲除模型 | 基因表达数据,组织成像数据 | 转基因小鼠模型 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 122 | 2025-10-05 |
Exploring the Oral Microbiome: Understanding its Impact on the Development of Oral Squamous Cell Carcinoma
2025-Aug-16, Current microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00284-025-04377-w
PMID:40819017
|
综述 | 本文探讨口腔微生物组与口腔鳞状细胞癌之间的相互作用及其在癌症发生发展中的作用 | 整合微生物学与肿瘤学视角,强调微生物组在OSCC诊断和治疗中的潜在应用价值 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据和研究 | 分析口腔微生物组对口腔鳞状细胞癌发展的影响机制 | 口腔微生物组与口腔鳞状细胞癌的相互作用 | 微生物组学 | 口腔鳞状细胞癌 | 下一代测序,单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 微生物基因组分析 | NA | NA |
| 123 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing study reveals the potential role of the RPS26 gene in attention deficit hyperactivity disorder
2025-Aug-30, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.pnpbp.2025.111444
PMID:40653146
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究RPS26基因在注意力缺陷多动障碍中的潜在作用 | 首次应用单细胞RNA测序技术研究ADHD患者白细胞,发现RPS26基因在单核细胞中的差异表达及其对单核细胞发育分化的调控作用 | 样本量较小(仅一对异卵双胞胎),需要更大规模研究验证结果 | 探索ADHD与心血管疾病之间的潜在分子联系 | 异卵双胞胎的白血球样本和单核细胞 | 单细胞测序 | 注意力缺陷多动障碍 | 单细胞RNA测序, qPCR | NA | RNA测序数据 | 一对异卵双胞胎 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 124 | 2025-10-05 |
Comprehensive analysis of a lipid metabolism-related gene signature for ulcerative colitis
2025-Aug-31, Translational pediatrics
IF:1.5Q2
DOI:10.21037/tp-2025-161
PMID:40949920
|
研究论文 | 本研究通过综合分析脂质代谢相关基因特征,开发溃疡性结肠炎的新型诊断工具 | 首次整合差异表达分析、WGCNA和机器学习方法识别UC相关的关键脂质代谢基因,并利用单细胞RNA测序验证基因表达 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 识别溃疡性结肠炎诊断和治疗的有效生物标志物,阐明脂质代谢在UC发病机制中的分子机制 | 溃疡性结肠炎患者和健康对照者的组织和血液样本 | 生物信息学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序, 机器学习, 差异表达分析, WGCNA | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的UC患者和健康对照样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 125 | 2025-10-05 |
Identification of metabolic driver genes and targeted drug screening for lung adenocarcinoma metastasis at the single-cell resolution
2025-Aug-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-484
PMID:40950658
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别肺腺癌转移的代谢驱动基因,并构建预后风险模型进行靶向药物筛选 | 首次在单细胞分辨率下系统识别肺腺癌转移的代谢驱动基因,并基于此开发预后风险模型和筛选靶向药物 | 研究主要基于计算分析,实验验证相对有限,需要更多临床前和临床研究进一步验证 | 解析肺腺癌转移过程中的代谢驱动机制,优化预后预测并筛选特异性靶向药物 | 肺腺癌肿瘤细胞和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解算法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 126 | 2025-10-05 |
Thyroid differentiation score-related genes and prognostic model for thyroid cancer
2025-Aug-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-460
PMID:40950686
|
研究论文 | 本研究构建了甲状腺分化评分相关的四基因风险模型用于甲状腺癌预后预测 | 首次将甲状腺分化评分与基因表达特征结合构建甲状腺癌预后模型,并发现UST基因通过p53信号通路调控CD4+记忆细胞的新机制 | 研究基于TCGA单一数据库,缺乏外部验证队列 | 构建甲状腺分化评分相关的预后风险模型并探索潜在生物标志物 | 甲状腺癌患者 | 生物信息学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, 基因集富集分析, LASSO回归, Cox回归 | 预后风险模型 | 基因表达数据 | TCGA-THCA数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 127 | 2025-10-05 |
Identification of mechanosensitive ion channel-related molecular subtypes and key genes for ovarian cancer
2025-Aug-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-1219
PMID:40950697
|
研究论文 | 本研究从机械敏感性离子通道角度识别卵巢癌的分子亚型和关键基因 | 首次从机械敏感性离子通道角度对卵巢癌进行分子分型并识别关键基因 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证 | 阐明机械敏感性离子通道在卵巢癌中的功能 | 卵巢癌患者 | 生物信息学 | 卵巢癌 | RNA测序,单细胞RNA测序 | LASSO,Cox回归 | RNA测序数据,临床数据 | TCGA数据库中的卵巢癌样本 | NA | RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 128 | 2025-10-05 |
BIRC5 expression correlates with immunosuppressive phenotype and predicts inferior response to immunotherapy in lung adenocarcinoma
2025-Aug-31, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-2025-216
PMID:40950902
|
研究论文 | 本研究探讨BIRC5表达与肺腺癌免疫抑制表型及免疫治疗疗效的关系 | 首次系统揭示BIRC5表达与肺腺癌免疫微环境特征及免疫检查点抑制剂疗效的关联 | 样本量相对有限,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 研究BIRC5对肺腺癌临床特征、肿瘤微环境及预后的影响 | 肺腺癌患者组织样本和接受免疫检查点抑制剂治疗的非小细胞肺癌患者 | 肿瘤免疫学 | 肺腺癌 | 转录组测序,单细胞测序,免疫浸润分析 | Cox回归分析,log-rank检验 | 转录组数据,临床数据 | 535例肺腺癌样本,59例正常肺组织,54例接受免疫治疗的NSCLC患者 | NA | 转录组测序,单细胞测序 | NA | NA |
| 129 | 2025-10-05 |
Cross-platform transcriptomic data integration identifies an overactive neuro-immune signature in human osteoarthritis synovium
2025-Aug-30, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2025.08.013
PMID:40889615
|
研究论文 | 通过跨平台转录组数据整合分析,鉴定出人类骨关节炎滑膜中过度活跃的神经免疫特征 | 首次通过整合多个公共基因表达数据集,系统识别骨关节炎滑膜中的神经免疫相互作用特征,并构建了滑膜-背根神经节相互作用网络 | 研究主要基于公开数据集,样本量相对有限(139例),且主要关注终末期骨关节炎 | 表征骨关节炎滑膜的转录表型,特别关注与疼痛相关的信号通路 | 人类非骨关节炎和骨关节炎患者的滑膜组织 | 生物信息学 | 骨关节炎 | 微阵列,RNA测序,单细胞RNA测序,多组学数据分析 | 加权Z检验,基因集富集分析,细胞类型富集分析,调控网络分析 | 基因表达数据 | 153名受试者(质量控制后139名) | NA | 微阵列,RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 130 | 2025-10-05 |
Machine learning integration of bulk and single-cell RNA-seq data reveals glycolytic heterogeneity in colorectal cancer
2025-Aug-30, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-03007-6
PMID:40884604
|
研究论文 | 通过整合机器学习和多组学数据分析揭示结直肠癌中糖酵解代谢异质性 | 首次系统整合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,结合五种特征选择算法识别糖酵解核心调控基因,发现具有高糖酵解状态的肿瘤亚群 | 研究主要基于转录组数据,需要进一步实验验证调控基因的功能机制 | 探索结直肠癌中糖酵解代谢的调控机制和细胞异质性 | 结直肠癌组织和细胞 | 机器学习 | 结直肠癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 机器学习特征选择算法 | 基因表达数据 | 多中心队列样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 131 | 2025-10-05 |
Identification of prognostic biomarkers in colorectal cancer through multi-omics profiling of programmed cell death pathways
2025-Aug-30, Journal of gastrointestinal oncology
IF:2.0Q3
DOI:10.21037/jgo-2024-861
PMID:40950352
|
研究论文 | 通过多组学分析程序性细胞死亡通路,识别结直肠癌预后生物标志物 | 整合多组学数据和动态网络生物标志物模型,揭示PCD通路在结直肠癌中的阶段特异性关键转变 | NA | 分析程序性细胞死亡通路在结直肠癌中的作用及其预后价值 | 结直肠癌组织和细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 多组学分析,单细胞测序,空间转录组学,GSVA,ssGSEA,Cox回归,LASSO回归 | 动态网络生物标志物模型 | 基因组数据,转录组数据 | TCGA数据库结直肠癌样本 | NA | 单细胞测序,空间转录组学,多组学分析 | NA | NA |
| 132 | 2025-10-05 |
Liposomal Doxorubicin, but Not Platinum-Taxane, Supports MHC-II Expression and Immune Maturation in the Ovarian Tumor Microenvironment
2025-Aug-29, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17172827
PMID:40940927
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序评估不同化疗方案对卵巢癌肿瘤微环境中免疫细胞的影响 | 首次发现脂质体阿霉素能选择性上调肿瘤细胞MHC-II表达并促进免疫成熟 | 研究基于小鼠模型,临床相关性需进一步验证 | 评估化疗药物与免疫系统的相互作用机制 | 卵巢癌小鼠模型和患者肿瘤细胞 | 肿瘤免疫学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组测序,流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 133 | 2025-10-05 |
Immune profiling in oncology: bridging the gap between technology and treatment
2025-Aug-26, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-03002-x
PMID:40856894
|
综述 | 本文探讨免疫分析技术在肿瘤学中的发展及其在临床实践中的应用与挑战 | 整合质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、空间转录组学和液体活检等前沿技术,结合人工智能模型进行多组学数据分析 | 存在成本高昂、通量限制、标准化不足、样本变异性和数据整合等挑战 | 研究免疫分析技术在肿瘤精准医疗中的应用与发展 | 肿瘤免疫相互作用及治疗反应预测 | 生物信息学 | 肿瘤 | 质谱流式细胞术(CyTOF), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学, 液体活检, 多组学整合 | 人工智能(AI)驱动模型 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 液体活检 | NA | NA |
| 134 | 2025-10-05 |
Identification of immune signatures associated with both SARS-CoV-2 infection and lung transplantation
2025-Aug-19, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102262
PMID:40749682
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析COVID-19相关肺损伤肺移植患者的免疫特征 | 首次揭示肺移植患者中RBD特异性抗体显著降低,并鉴定出三种在CALI肺移植患者中扩增的免疫细胞亚群 | 样本量有限,未明确这些免疫特征变化的长期临床意义 | 探究SARS-CoV-2感染和肺移植共同作用下的免疫特征变化 | COVID-19相关肺损伤肺移植患者、非移植COVID-19患者和血清阴性对照 | 单细胞组学 | COVID-19相关肺损伤 | 单细胞RNA测序,多重细胞因子分析 | NA | 单细胞转录组数据,细胞因子数据 | 未明确具体样本数量,包括CALI肺移植患者、非移植COVID-19组和血清阴性对照组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 135 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals metastatic and immunosuppressive characteristics in meningioma brain-tumor interface
2025-Aug-18, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06935-z
PMID:40826459
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示脑膜瘤脑肿瘤界面的转移和免疫抑制特征 | 首次在脑膜瘤脑肿瘤界面识别出具有促上皮间质转化特征的肿瘤细胞群及其生物标志物ANXA2和COL5A1,并揭示了由SPP1+巨噬细胞、ACKR1high内皮细胞和THY1high周细胞组成的免疫抑制微环境 | NA | 识别脑膜瘤早期转移的生物标志物并发现潜在治疗靶点 | 脑膜瘤脑肿瘤界面的细胞群体 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 136 | 2025-10-05 |
Focused ultrasound-induced blood-brain barrier opening promotes glioprotective phenotypes in ACSA-II+ murine astrocytes
2025-Aug-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113173
PMID:40948563
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术探究聚焦超声诱导血脑屏障开放对海马星形胶质细胞表型的影响 | 首次揭示FUS-BBBO通过诱导星形胶质细胞呈现神经保护表型,促进突触修饰、神经发生和神经元发育相关基因表达 | 研究仅观察了2、4、7天三个时间点,未涵盖更长期的细胞反应;机制研究尚不完善 | 探究FUS-BBBO对星形胶质细胞表型影响的细胞机制 | 老年野生型和阿尔茨海默病模型小鼠的海马ACSA-II+星形胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 老年WT和AD模型小鼠,在FUS-BBBO后2、4、7天三个时间点采集样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 137 | 2025-10-05 |
Joint single-cell profiling of Cas9 edits and transcriptomes reveals widespread off-target events and effects on gene expression
2025-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.07.636966
PMID:40909645
|
研究论文 | 开发了Superb-seq技术,能够在单细胞水平同时测量Cas9编辑结果及其对基因表达的影响 | 首次实现单细胞分辨率下同时测量Cas9编辑结果和基因表达功能效应,揭示了脱靶编辑的普遍性和对基因表达的广泛影响 | 研究仅针对K562细胞系和四个染色质重塑基因,需要在更多细胞类型和基因中验证 | 评估CRISPR-Cas9基因组编辑的脱靶效应及其功能后果 | K562细胞系中的染色质重塑基因 | 基因组编辑 | NA | 单细胞RNA测序,T7转录 | NA | 单细胞转录组数据,基因编辑数据 | 10,000个K562细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 使用现成试剂盒和标准设备,无需病毒 |
| 138 | 2025-10-05 |
PCK1 and ALDH1A1 are identified as biomarkers for inherent drug resistance in hepatocellular carcinoma
2025-Aug-26, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03481-4
PMID:40856889
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序和空间转录组学识别肝细胞癌中与固有耐药性相关的生物标志物PCK1和ALDH1A1 | 首次结合单细胞测序和空间转录组学技术揭示肝细胞癌肿瘤异质性,并鉴定出17个共同上调基因中的PCK1和ALDH1A1作为固有耐药性生物标志物 | 研究样本量有限,仅针对接受乐伐替尼治疗的患者,需要更大规模验证 | 探究肝细胞癌肿瘤异质性与固有耐药性机制 | 肝细胞癌患者的肿瘤样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序, 空间转录组学, 伪时间分析 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间转录组数据 | 接受乐伐替尼治疗的肝细胞癌患者肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 139 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals different cellular states in malignant cells and the tumor microenvironment in primary and metastatic ER-positive breast cancer
2025-Aug-26, NPJ breast cancer
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s41523-025-00808-w
PMID:40858590
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示ER阳性乳腺癌原发灶和转移灶中恶性细胞及肿瘤微环境的细胞状态差异 | 首次系统比较ER阳性乳腺癌原发与转移灶的单细胞转录组特征,识别转移灶中关键的免疫抑制细胞亚群和细胞通讯变化 | 样本量相对有限(23例患者)且为未配对样本设计 | 阐明ER阳性乳腺癌从原发到转移的分子机制和肿瘤微环境演变 | 23例女性ER阳性乳腺癌患者(原发和转移灶) | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 23例患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 140 | 2025-10-05 |
MYD88 mutations in clonal hematopoiesis promote inflammation and hematopoietic stem cell expansion
2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.19.660202
PMID:40667002
|
研究论文 | 本研究揭示了MYD88突变通过激活先天免疫通路促进克隆性造血和炎症性疾病 | 首次系统阐明MYD88突变在克隆性造血中的作用机制,包括发现新的突变变体并证实其通过激活NF-κB通路赋予造血干细胞竞争优势 | 主要基于小鼠模型研究,人类样本验证相对有限;对MYD88不同突变变体的功能差异研究不够深入 | 探究MYD88基因突变在克隆性造血中的作用机制及其与炎症性疾病的关系 | 造血干细胞和祖细胞(HSPCs)、普通人群和实体癌患者的血细胞 | 血液学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 小鼠疾病模型 | 基因测序数据、表达数据 | 普通人群和初诊实体癌患者的血细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |