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当前共找到 539 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2025-10-06 |
Bulk and Single-Cell Transcriptomes Reveal Exhausted Signature in Prognosis of Hepatocellular Carcinoma
2025-Aug-30, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16091034
PMID:41009979
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了肝细胞癌中T细胞耗竭特征的预后价值 | 首次结合单细胞和批量转录组数据系统分析肝细胞癌中的T细胞耗竭特征，并构建了26基因预后标志物 | NA | 研究肝细胞癌中T细胞耗竭相关的转录特征及其预后意义 | 肝细胞癌患者样本 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(RNA-seq) | LASSO回归分析, Cox回归分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 102 | 2025-10-06 |
Transcriptome Analysis Unravels CD4+ T-Cell and Treg-Cell Differentiation in Ovarian Cancer
2025-Aug-27, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15091241
PMID:41008548
|
研究论文 | 通过转录组分析揭示卵巢癌中CD4+ T细胞和调节性T细胞的分化特征 | 整合七个多中心单细胞RNA-seq数据集构建元数据资源，首次在卵巢癌中描绘CD4+ T细胞分化的两种终末状态 | NA | 研究卵巢癌肿瘤浸润T细胞的生物学特征及其在免疫治疗中的潜在价值 | 卵巢癌患者的肿瘤浸润CD4+ T细胞和调节性T细胞 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq、BayesPrism算法 | NA | 转录组数据 | 七个数据集共137,648个单细胞，五个独立批量RNA-seq队列 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 103 | 2025-10-06 |
Diagnosis of Periodontitis via Neutrophil Degranulation Signatures Identified by Integrated scRNA-Seq and Deep Learning
2025-Aug-26, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16091005
PMID:41009952
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学和深度学习技术，识别了与牙周炎中性粒细胞脱颗粒相关的关键生物标志物，并建立了诊断模型 | 首次结合单细胞RNA测序、分层加权基因共表达网络分析和深度学习算法，识别牙周炎中致病性中性粒细胞亚群及其脱颗粒特征 | NA | 建立牙周炎的早期诊断和精准干预模型 | 人牙龈组织和中性粒细胞亚群 | 数字病理学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、分层加权基因共表达网络分析(hdWGCNA) | 卷积神经网络(CNN)、机器学习 | 基因表达数据、免疫细胞谱数据 | 多个队列的牙龈组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量转录组测序 | NA | NA |
| 104 | 2025-10-05 |
SmartImpute is a targeted imputation framework for single-cell transcriptome data
2025-Aug-18, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101122
PMID:40763742
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研究论文 | 提出一种针对单细胞转录组数据的靶向插补框架SmartImpute | 采用改进的生成对抗插补网络(GAIN)与多任务判别器，专注于预定义标记基因，在填补缺失值的同时保留真实生物零值 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的生物学相关性和计算效率 | 头颈鳞状细胞癌、人骨髓和肺癌的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 头颈癌, 骨髓疾病, 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 生成对抗网络(GAIN) | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 超过一百万细胞的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 105 | 2025-10-05 |
DeCoST: unveiling cell type heterogeneity in spatial transcriptomics based on inter-domain alignment and Gaussian kernel conditional autoregressive
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf490
PMID:40991330
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研究论文 | 提出一种基于跨域对齐和高斯核条件自回归的空间转录组学细胞类型解卷积新方法DeCoST | 整合高斯核条件自回归模型利用空间上下文信息，并采用域适应技术解决单细胞与空间转录组数据间的平台效应 | 未明确说明方法对特定组织类型或数据质量的依赖性 | 开发空间转录组数据解卷积方法以解析细胞类型异质性和空间组织 | 人类胰腺导管腺癌、小鼠嗅球和小鼠脑组织样本 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 高斯核条件自回归模型，域适应 | 空间转录组数据，单细胞数据 | 模拟数据集和真实案例研究（具体样本数未提供） | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 106 | 2025-10-05 |
Assessing tissue-specific gene expression of essential genes from human and mouse
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf487
PMID:40991328
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研究论文 | 开发了一种名为scEssentials的统计方法，用于评估人类和小鼠必需基因在组织特异性中的表达模式 | 首次利用大规模单细胞RNA测序图谱系统研究必需基因在不同细胞类型中的表达稳健性和特异性 | 方法主要基于表达数据，未直接验证基因功能必需性 | 研究必需基因在组织特异性表达中的模式和特征 | 人类和小鼠的必需基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计框架 | 基因表达数据 | 超过60种细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 107 | 2025-10-05 |
Spatial multi-omics reveals the potential involvement of SPP1+ fibroblasts in determining metabolic heterogeneity and promoting metastatic growth of colorectal cancer liver metastasis
2025-Aug-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.05.004
PMID:40340245
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研究论文 | 本研究通过空间多组学技术揭示了结直肠癌肝转移中SPP1+成纤维细胞在代谢异质性和转移生长中的关键作用 | 首次在结直肠癌肝转移中识别出富含SPP1成纤维细胞的空间区域，该区域具有代谢重编程能力和免疫抑制特性 | 样本量相对有限（仅2例未治疗患者提供新鲜手术样本），需要更大规模研究验证 | 探究结直肠癌肝转移中关键微观区域及其在肿瘤进展中的作用机制 | 结直肠癌肝转移患者的手术样本和冷冻组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌肝转移 | 空间转录组学, 空间代谢组学, 单细胞RNA测序, 免疫荧光, RT-qPCR, 非靶向代谢组学 | NA | 空间转录组数据, 代谢组数据, 单细胞RNA测序数据, 图像数据 | 12个新鲜手术样本（来自2例患者）+ 92个冷冻组织样本（来自40例患者） | NA | 空间转录组学, 空间代谢组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 108 | 2025-10-05 |
Toll-Like Receptor 7 Promotes Periodontal Inflammation and Alveolar Bone Resorption Through the NF-κB Signaling Pathway
2025-Aug, Journal of periodontal research
IF:3.4Q1
DOI:10.1111/jre.13394
PMID:40007244
|
研究论文 | 本研究探讨Toll样受体7在牙周炎中的作用及其通过NF-κB信号通路促进牙周炎症和牙槽骨吸收的机制 | 首次揭示TLR7在牙周炎中的新作用，并阐明TLR7-NF-κB轴在疾病发病机制中的关键通路 | NA | 研究TLR7在牙周炎中的作用及其潜在机制 | 人牙龈组织、牙周炎小鼠模型、小鼠骨髓来源巨噬细胞 | 分子生物学 | 牙周炎 | 单细胞测序、基因敲低、信号通路抑制 | NA | 基因表达数据、组织样本、细胞实验数据 | 健康个体和牙周炎患者的牙龈样本、牙周炎小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 109 | 2025-10-05 |
scCOSMIX: A Mixed-Effects Framework for Differential Coexpression and Transcriptional Interactions Modeling in Single-Cell RNA-Seq
2025-Aug, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.70213
PMID:40772737
|
研究论文 | 提出一个混合效应框架scCOSMiX，用于单细胞RNA测序数据中的差异共表达和转录相互作用建模 | 首次在单细胞RNA-seq数据分析中考虑多主体层次设计，通过基于copula的方法处理来自同一个体的细胞间相关性 | 方法性能依赖于模拟分析验证，在真实数据中的应用仍需进一步验证 | 开发能够系统研究单细胞水平基因-基因相互作用的统计方法 | 单细胞RNA测序数据中的基因共表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 混合效应模型，copula模型 | 基因表达数据 | 两个数据集GSE266919和GSE108989 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 液滴和板式单细胞RNA测序实验方案 |
| 110 | 2025-10-05 |
Spatial Transcriptomics Brings New Challenges and Opportunities for Trajectory Inference
2025-08, Annual review of biomedical data science
IF:7.0Q1
|
综述 | 探讨空间转录组学为轨迹推断带来的挑战与机遇 | 系统分析空间转录组数据中空间批次效应、测量粒度和切片偏差对轨迹推断的独特影响 | 作为综述文章，不包含原始实验数据或方法验证 | 评估空间转录组学背景下轨迹推断方法面临的挑战和解决方案 | 空间转录组数据和轨迹推断方法 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 111 | 2025-10-05 |
scHSC: enhancing single-cell RNA-seq clustering via hard sample contrastive learning
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf485
PMID:40977264
|
研究论文 | 提出一种通过困难样本对比学习增强单细胞RNA测序聚类性能的深度学习方法 | 采用困难样本挖掘和对比学习策略，同时整合基因表达和细胞间拓扑结构信息，通过自适应权重策略将对比学习与ZINB模型相结合 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和细胞类型注释效果 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习, ZINB模型 | 基因表达数据 | 18个单细胞RNA测序真实数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 112 | 2025-10-05 |
Co-development of mesoderm and endoderm enables organotypic vascularization in lung and gut organoids
2025-Aug-07, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.05.041
PMID:40592324
|
研究论文 | 通过共分化中胚层和内胚层实现肺和肠道类器官的器官特异性血管化 | 在同一球状体中共同分化中胚层和内胚层，生成具有组织特异性的血管化类器官，并揭示内皮细胞表现出组织特异性屏障功能 | NA | 研究人类器官发生和疾病中复杂的细胞间通讯 | 诱导多能干细胞(iPSCs)衍生的肺和肠道类器官 | 发育生物学 | FOXF1突变相关疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 113 | 2025-10-05 |
A comparative transcriptomic analysis at single-cell resolution reveals acral melanoma features distinct from cutaneous melanoma
2025-Aug-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析比较肢端黑色素瘤和皮肤黑色素瘤的分子特征差异 | 首次在单细胞分辨率下系统比较肢端黑色素瘤和皮肤黑色素瘤的转录组特征，发现具有雪旺细胞特性的MPZ+黑色素瘤细胞亚群 | 样本量相对有限（39例AM和18例CM），需要更大规模研究验证 | 揭示肢端黑色素瘤与皮肤黑色素瘤在分子水平上的关键差异 | 肢端黑色素瘤和皮肤黑色素瘤患者 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 生物信息学分析工具 | 单细胞转录组数据 | 39例肢端黑色素瘤患者和18例皮肤黑色素瘤病例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 114 | 2025-10-05 |
SMOC2 high myofibroblastic cancer-associated fibroblast drives primary cilia-associated tumor microenvironment remodeling and poor prognosis in gastric cancer
2025-Aug-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu
|
研究论文 | 本研究通过整合大量胃癌转录组数据定义了原发性纤毛亚型，建立了预后特征，并发现SMOC2高表达肌成纤维细胞性癌症相关成纤维细胞是驱动胃癌不良预后的关键因素 | 首次在胃癌中系统定义原发性纤毛亚型，建立多机器学习生存框架的预后特征，并鉴定SMOC2高mCAF作为关键驱动细胞群 | 研究主要基于转录组数据分析，功能验证仍需进一步扩展 | 定义胃癌原发性纤毛亚型并建立预后特征，为个性化治疗提供策略 | 胃癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 胃癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, WGCNA, 细胞培养, 异种移植模型 | 多机器学习生存框架 | 转录组数据 | 超过1500个胃癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 115 | 2025-10-05 |
Evolutionary trends in the emergence of skeletal cell types
2025-Aug, Evolution letters
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/evlett/qraf012
PMID:40980705
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研究论文 | 本研究通过整合基因组系统发育地层学和单细胞转录组学，探索骨骼细胞类型特异性基因表达程序的进化趋势 | 挑战了关于脊椎动物骨骼结构进化的长期观点，提出软骨内骨化和软骨细胞肥大可能在颌口类最后共同祖先中已经进化 | NA | 探索骨骼细胞类型特异性基因表达程序的进化趋势 | 成骨细胞、肥厚软骨细胞和未成熟软骨细胞 | 进化生物学 | NA | 基因组系统发育地层学，单细胞转录组学 | NA | 基因组数据，单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 116 | 2025-10-05 |
A basophil-fibroblast pro-inflammatory axis fuels type 2 skin inflammation
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116114
PMID:40782349
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研究论文 | 本研究通过单细胞时空图谱揭示了嗜碱性粒细胞与成纤维细胞之间的促炎轴在2型皮肤炎症中的关键调控作用 | 首次发现嗜碱性粒细胞通过分泌OSM和IL-4协同激活促炎性成纤维细胞，形成正向反馈环路驱动皮肤炎症 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步开展 | 阐明2型皮肤炎症的细胞分子机制 | 小鼠皮肤炎症模型中的细胞相互作用 | 单细胞生物学 | 特应性皮炎 | MERFISH, scRNA-seq | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 约430,000个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 117 | 2025-10-05 |
A comprehensive comparison on clustering methods for multi-slice spatially resolved transcriptomics data analysis
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf471
PMID:40966657
|
研究论文 | 本文对多切片空间转录组学数据的聚类方法进行了全面比较评估 | 首次系统评估了多切片空间转录组数据的聚类方法，并研究了空间坐标对齐和批次效应去除等预处理技术对聚类性能的影响 | 研究仅评估了特定的聚类方法和预处理技术，可能未涵盖所有现有方法 | 评估和比较单切片和多切片空间转录组数据的聚类方法性能 | 空间转录组数据聚类方法 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 聚类算法 | 空间转录组数据 | 2个模拟数据集和4个真实数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 118 | 2025-10-05 |
Graph-based deep learning for integrating single-cell and bulk transcriptomic data to identify clinical cancer subtypes
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf467
PMID:40966644
|
研究论文 | 提出一种基于图深度学习的单细胞和批量转录组数据整合方法，用于识别临床癌症亚型 | 开发了scBGDL方法，通过构建样本特异性基因图来建模基因-基因相互作用和细胞关系，结合图注意力网络、MinCutPool层和Transformer模块 | 未明确说明方法在处理特定数据类型或技术变体时的局限性 | 整合单细胞和批量转录组数据以精确识别癌症亚型和预测临床结局 | 癌症患者转录组数据 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序，批量转录组测序 | 图注意力网络，Transformer，图深度学习 | 基因表达数据 | 16种TCGA癌症类型，肺癌1099例，卵巢癌762例，黑色素瘤305例 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 119 | 2025-10-05 |
ISENICS: a model for identifying senescent immune cells and samples and characterization of their roles in tumor microenvironment
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf469
PMID:40966646
|
研究论文 | 开发ISENICS模型识别衰老免疫细胞并研究其在肿瘤微环境中的作用 | 首次开发了能够量化不同免疫细胞类型衰老水平的模型，并系统分析了23种癌症类型中衰老免疫细胞的特征 | NA | 探索衰老免疫细胞在肿瘤免疫微环境中的作用及其与免疫治疗反应的关系 | 23种癌症类型的肿瘤样本和正常样本中的免疫细胞 | 生物信息学 | 癌症 | RNA-seq | 去卷积算法 | 基因表达数据 | 23种癌症类型的样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 120 | 2025-10-05 |
A STAT3/integrin axis accelerates pancreatic cancer initiation and progression
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116010
PMID:40701148
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研究论文 | 本研究揭示了STAT3通过调控ITGB3表达加速胰腺癌发生发展的新机制 | 发现STAT3通过染色质可及性调控ITGB3表达的塑性调控机制，并建立了18基因特征用于生存分层 | NA | 探究STAT3信号通路在胰腺癌发生发展中的调控机制 | 胰腺导管腺癌细胞 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | ChIP-seq, 单细胞转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |