单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 541 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-01-02 |
Miconazole attenuates LPS-induced lung inflammation by modulating alveolar macrophage polarization via promoting lipid metabolic reprogramming
2025-Aug-25, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-025-02082-9
PMID:40853548
|
研究论文 | 本研究探讨了咪康唑通过调节肺泡巨噬细胞极化及脂质代谢重编程来减轻LPS诱导的肺部炎症的机制 | 揭示了传统抗真菌药物咪康唑在肺部炎症中的新作用机制，即通过脂质代谢重编程调控巨噬细胞极化，并利用单细胞RNA测序技术解析了肺泡巨噬细胞亚群的变化 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，其结论在人体中的适用性尚需进一步验证 | 探究咪康唑在肺部炎症中的抗炎作用及其分子机制 | LPS诱导的肺部炎症小鼠模型、肺泡巨噬细胞、骨髓来源巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺部炎症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、组织病理学图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 102 | 2025-12-29 |
Assessing the role of Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in colorectal cancer oncogene expression: insights from microbial colonization phenotypes
2025-Aug-15, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-025-10921-5
PMID:40815346
|
研究论文 | 本研究探讨了大肠杆菌和肺炎克雷伯菌在结直肠癌组织中的存在及其对致癌基因表达的影响 | 通过结合培养和分子方法，分析了特定细菌与结直肠癌相关基因表达的关联，并揭示了细菌粘附侵袭表型与致癌通路（如TGF-β、Notch等）的复杂相互作用 | 研究样本量有限（100例），且主要依赖体外细胞模型（Caco-2细胞），未能全面反映体内微环境；未来需采用单细胞RNA测序等更精细技术进行深入验证 | 评估大肠杆菌和肺炎克雷伯菌在结直肠癌致癌基因表达中的作用，并探讨其通过炎症或直接调控影响肿瘤进展的机制 | 结直肠癌患者的组织活检样本（100例）以及从中分离的大肠杆菌和肺炎克雷伯菌菌株 | 微生物组学与癌症生物学 | 结直肠癌 | 细菌培养、分子检测方法（如基因表达分析）、细胞粘附与侵袭实验 | NA | 基因表达数据、临床参数数据 | 100例结直肠癌患者活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 103 | 2025-12-25 |
Identifying Combinatorial Regulatory Genes for Cell Fate Decision via Reparameterizable Subset Explanations
2025-Aug, KDD : proceedings. International Conference on Knowledge Discovery & Data Mining
DOI:10.1145/3711896.3737000
PMID:41426294
|
研究论文 | 本文提出了一种名为MetaVelo的全局特征解释框架，用于识别影响细胞命运转变的关键调控基因组合 | 通过将问题重新参数化为可控数据生成过程，克服了细胞命运动力学的不可微性挑战，并能够区分独立与协同调控基因 | 未在摘要中明确说明 | 识别调控细胞命运决定的组合基因 | 细胞命运决定过程 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经常微分方程 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 104 | 2025-12-22 |
Integrative exome sequencing and machine learning identify MICB and interferon pathway genes as contributors to SSc risk
2025-Aug, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.05.009
PMID:40514331
|
研究论文 | 本研究通过整合外显子组测序、机器学习、单细胞RNA测序和表达数量性状位点分析，识别了系统性硬化症的新风险基因位点和致病通路 | 采用进化作用-机器学习框架整合多组学数据，首次发现MICB和干扰素通路基因在系统性硬化症风险中的关键作用 | 研究主要基于高加索和欧洲血统人群，结果可能不适用于其他种族群体 | 识别系统性硬化症的蛋白质编码变异和致病通路 | 系统性硬化症患者和对照组的遗传与表达数据 | 机器学习 | 系统性硬化症 | 外显子组测序, 单细胞RNA测序, 表达数量性状位点分析 | 机器学习 | 遗传数据, 表达数据 | 初始GWAS包括2,559例病例和893例对照，复制阶段包括9,846例病例和18,333例对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 105 | 2025-12-17 |
Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data
2025-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.20.629785
PMID:39763720
|
研究论文 | 本文提出了一种名为RASP的新型空间感知降维方法，用于高效处理高分辨率空间转录组学数据 | 提出了一种计算效率极高的空间感知降维方法，比现有技术快几个数量级，可扩展到超过10万个位置的数据集，并支持灵活整合非转录组协变量 | NA | 开发一种计算高效的方法，用于高分辨率空间转录组学数据的降维和空间域识别 | 人类和小鼠组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 随机化PCA框架 | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | 10x Visium, 10x Xenium, 以及Stereo-Seq和MERFISH技术 |
| 106 | 2025-12-16 |
A spatiotemporal atlas of mouse gastrulation and early organogenesis to explore axial patterning and project in vitro models onto in vivo space
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116047
PMID:40728928
|
研究论文 | 本研究构建了一个小鼠原肠胚形成和早期器官发生时空图谱，用于探索轴向模式，并将体外模型投射到体内空间 | 整合了E7.25和E7.5天的空间转录组数据与现有E8.5空间及E6.5-E9.5单细胞RNA-seq图谱，创建了包含超过15万个细胞、82种精细细胞类型注释的时空图谱，揭示了原条中胚层命运决定的空间逻辑 | 研究主要聚焦于特定胚胎发育阶段（E6.5-E9.5），可能未完全覆盖更早期或更晚期的发育事件 | 探索小鼠原肠胚形成和早期器官发生过程中的空间转录组动态和轴向模式 | 小鼠胚胎（E6.5-E9.5发育阶段） | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 计算分析流程 | 空间转录组数据，单细胞RNA测序数据 | 超过150,000个细胞 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 107 | 2025-12-15 |
Regulatory KIR+CD8+ T cells are elevated during human pregnancy
2025-Aug-06, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adm7697
PMID:40768597
|
研究论文 | 本研究探讨了表达抑制性杀伤细胞免疫球蛋白样受体（KIR）的CD8+ T细胞在人类妊娠期间的作用及其与母胎耐受性的关系 | 首次发现KIR+CD8+ T细胞在妊娠期间频率升高，特别是在怀有男性胎儿的孕妇中，并揭示了该细胞亚群通过抑制针对胎儿特异性抗原的母体T细胞反应来促进母胎耐受的新机制 | 研究主要基于外周血和早期妊娠蜕膜组织样本，缺乏对妊娠全过程及更多妊娠并发症的系统性分析 | 探究KIR+CD8+ T细胞在人类妊娠免疫调节中的作用及其与妊娠结局的关联 | 孕妇外周血、脐带血细胞及早期妊娠蜕膜组织中的CD8+ T细胞 | 免疫学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序、体外细胞共培养实验、纵向分析 | NA | 基因表达数据、细胞频率数据 | 妊娠期女性外周血样本、早期妊娠蜕膜组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 108 | 2025-12-12 |
Cancer-associated fibroblast-derived fibulin-5 promotes radioresistance in non-small-cell lung cancer
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116018
PMID:40711881
|
研究论文 | 本研究揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过分泌Fibulin-5促进非小细胞肺癌放疗抵抗的机制 | 首次发现CAFs来源的Fibulin-5通过整合素αVβ5受体激活Src-STAT3通路，下调ACSL4，抑制辐射诱导的铁死亡，从而介导放疗抵抗 | NA | 鉴定预测放疗疗效的CAFs表达分子并阐明非小细胞肺癌的放疗抵抗机制 | 非小细胞肺癌 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 109 | 2025-12-11 |
Recent developments in omics studies and artificial intelligence in depression and suicide
2025-Aug-11, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-025-03497-y
PMID:40790016
|
综述 | 本文系统综述了与抑郁症和自杀相关的转录组学、非编码RNA和人工智能领域的最新进展 | 整合了高通量测序技术、多组学数据与人工智能方法，探讨了空间转录组学等新研究途径，并提出了未来研究方向 | NA | 寻找抑郁症和自杀的新分子通路、有效生物标志物和药物靶点，以提供有效的诊断、预后和治疗方案 | 重度抑郁症患者、自杀相关样本（血液样本、人尸检脑组织）以及各种动物模型 | 自然语言处理, 机器学习 | 抑郁症 | 高通量测序技术, 全基因组分析 | NA | 组学数据（转录组、表观基因组、蛋白质组） | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 110 | 2025-12-10 |
Deciphering Precursor Cell Dynamics in Esophageal Preneoplasia via Genetic Barcoding and Single-Cell Transcriptomics
2025-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.26.637920
PMID:40060545
|
研究论文 | 本研究通过结合遗传条形码技术与单细胞RNA测序，追踪食管癌前病变细胞的谱系，揭示了高可塑性祖细胞样群体及其在肿瘤早期发生中的作用 | 首次将遗传条形码与单细胞RNA测序结合用于食管癌前病变细胞谱系追踪，并开发了新的评分系统来映射高可塑性细胞 | NA | 阐明食管癌前病变细胞的起源、轨迹及其在早期肿瘤发生中的动态 | 食管癌前病变细胞 | 数字病理学 | 食管鳞状细胞癌 | 遗传条形码，单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据，空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 111 | 2025-12-09 |
Metabolic reprogramming of arachidonic acid in clear cell renal carcinoma promotes an immunosuppressive microenvironment by activating MDK signaling pathway
2025-Aug-13, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01807-8
PMID:40802073
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，探讨了透明细胞肾细胞癌中代谢重编程与免疫耗竭的关系，并揭示了花生四烯酸代谢异常通过激活MDK信号通路促进免疫抑制微环境的机制 | 首次结合单细胞和批量RNA测序技术，构建了ccRCC的代谢亚型，并发现花生四烯酸代谢异常通过MDK信号通路驱动免疫抑制，为免疫治疗提供了新的生物标志物和治疗靶点 | 研究主要基于测序数据和体外实验，缺乏大规模临床队列验证，且免疫治疗模型的体内效果需进一步确认 | 探究透明细胞肾细胞癌中代谢重编程与免疫耗竭的关联机制 | 透明细胞肾细胞癌患者样本及肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 免疫组化, Western blotting, ELISA, 细胞共培养 | Scissor算法, 细胞间通讯分析 | RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 未明确样本数量，但涉及ccRCC患者分组及细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 112 | 2025-12-06 |
Identification of prognostic genes related to T cell proliferation in papillary thyroid cancer based on single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing data
2025-Aug-02, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01826-5
PMID:40753315
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别与T细胞增殖相关的预后基因，以评估其在甲状腺乳头状癌中的预后价值和分子机制 | 结合单细胞和批量RNA测序数据，识别出KLRB1、TSHZ2和TRABD2A作为新的预后基因，并构建风险模型，为PTC的预后和治疗策略提供新见解 | 研究基于公共数据库数据，可能受样本异质性限制，且未进行实验验证 | 评估T细胞增殖相关基因在甲状腺乳头状癌中的预后价值和潜在分子机制 | 甲状腺乳头状癌患者 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Cox回归, 机器学习算法 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 113 | 2025-12-05 |
Direct oHSV Infection Induces DC Maturation and a Tumor Therapeutic Response
2025-Aug-19, Viruses
DOI:10.3390/v17081134
PMID:40872847
|
研究论文 | 本文探讨了溶瘤性单纯疱疹病毒直接感染树突状细胞如何促进其成熟并增强抗肿瘤免疫反应 | 揭示了oHSV直接感染DC而非仅通过肿瘤细胞感染来激活抗肿瘤免疫的新机制，为癌症免疫治疗提供了新视角 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体中进行验证，且oHSV感染DC为流产性感染，其长期效果和安全性需进一步评估 | 探究溶瘤性单纯疱疹病毒通过直接感染树突状细胞增强抗肿瘤免疫治疗的机制 | 溶瘤性单纯疱疹病毒、树突状细胞、CT-2A胶质瘤细胞、T细胞 | 免疫治疗 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 114 | 2025-12-05 |
Identification of Novel Lactylation-Related Biomarkers for COPD Diagnosis Through Machine Learning and Experimental Validation
2025-Aug-18, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13082006
PMID:40868258
|
研究论文 | 本研究通过机器学习筛选和实验验证，鉴定出CBR1和PRDX1作为与乳酸化相关的慢性阻塞性肺疾病诊断生物标志物 | 首次将乳酸化修饰与COPD诊断生物标志物发现相结合，并采用多算法集成筛选与单细胞转录组学分析进行验证 | 研究主要基于公共数据集和体外CSE诱导模型，需要在更大临床队列和体内模型中进一步验证 | 鉴定COPD中临床相关的乳酸化相关生物标志物并探究其在疾病发病机制中的潜在作用 | 慢性阻塞性肺疾病患者基因表达数据、香烟烟雾提取物诱导的COPD细胞模型 | 机器学习 | 慢性阻塞性肺疾病 | 转录组学分析、单细胞RNA测序、qRT-PCR、免疫荧光 | LASSO回归、支持向量机递归特征消除、加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 来自GSE21359和GSE76925数据集的COPD患者样本，以及GSE173896单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 115 | 2025-12-04 |
APOBEC3B Promotes SARS-CoV-2 Through Activation of PKR/eIF2⍺ and AMPD2 Dysregulation
2025-Aug-28, Viruses
DOI:10.3390/v17091176
PMID:41012606
|
研究论文 | 本研究揭示了APOBEC3B通过激活PKR/eIF2α通路和调控AMPD2表达，在SARS-CoV-2感染中发挥促病毒作用 | 首次发现A3B在重症COVID-19患者中过表达，并通过整合应激反应和嘌呤代谢调控网络促进SARS-CoV-2感染 | 研究主要基于细胞模型和测序数据，缺乏体内实验验证；不同细胞系中A3B的作用机制存在差异 | 阐明APOBEC3B在SARS-CoV-2感染中的分子机制及其与COVID-19严重程度的关联 | 支气管肺泡灌洗液细胞、Caco-2细胞、A549-ACE2细胞、重症与轻症COVID-19患者样本 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、基因敲降、机器学习预测 | Transformer（Geneformer） | RNA测序数据、临床样本数据 | 未明确样本数量，包括重症与轻症COVID-19患者的BALF细胞及多种细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 116 | 2025-12-04 |
Enhanced M2 Polarization of Retinal Microglia in Streptozotocin-Induced Diabetic Mice upon Autoimmune Stimulation
2025-Aug-22, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13092049
PMID:41007615
|
研究论文 | 本研究探讨了糖尿病环境对实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎（EAU）发展的影响以及眼内小胶质细胞的激活状态 | 首次在链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠模型中，结合单细胞RNA测序技术，揭示了糖尿病环境下小胶质细胞向抗炎M2表型极化的转变及其对EAU的抑制作用 | 研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证，且糖尿病模型的特定诱导方式可能影响结果的普适性 | 探究糖尿病环境如何影响自身免疫性疾病EAU的发病机制及小胶质细胞的激活状态 | 野生型小鼠和链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、免疫组织化学、眼底镜检查、光学相干断层扫描（OCT） | NA | 基因表达数据、图像数据 | 未明确指定样本数量，但涉及野生型和糖尿病小鼠组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 117 | 2025-12-03 |
Coxiella burnetii strains elicit distinct inflammatory responses in human macrophages
2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.10.669536
PMID:40832301
|
研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序，揭示了不同毒力Coxiella burnetii菌株感染人肺泡巨噬细胞后诱导的差异性炎症反应 | 首次在单细胞分辨率下比较不同毒力Coxiella burnetii菌株感染人巨噬细胞后的转录组差异，揭示了菌株特异性和细胞异质性对免疫应答的影响 | 研究仅使用人肺泡巨噬细胞，未涉及其他免疫细胞类型；体外感染模型可能无法完全模拟体内感染环境 | 阐明Coxiella burnetii不同菌株与宿主巨噬细胞相互作用的分子机制，为Q热治疗提供新见解 | 人肺泡巨噬细胞感染不同毒力Coxiella burnetii菌株（NMI、G、NMII、Dugway） | 感染免疫学 | Q热 | RNA测序，单细胞RNA测序，细胞因子检测 | NA | 转录组数据，单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 118 | 2025-11-26 |
Integrated multi-omics analysis identifies lipid metabolism biomarkers in ONFH and reveals therapeutic potential of retinoic acid
2025-Aug-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-13703-y
PMID:40841396
|
研究论文 | 通过多组学分析识别股骨头坏死中脂质代谢生物标志物并揭示视黄酸的治疗潜力 | 首次整合多组学分析与机器学习技术识别ONFH脂质代谢生物标志物，并通过单细胞测序验证生物标志物与免疫细胞的关联 | 未明确说明样本量大小及数据来源的具体细节 | 识别股骨头坏死的潜在生物标志物并为疾病治疗提供参考 | 股骨头坏死相关基因和免疫细胞 | 生物信息学 | 股骨头坏死 | 多组学分析、机器学习、分子对接、单细胞测序 | 列线图模型、ROC曲线分析 | 基因组数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 119 | 2025-11-24 |
SCAN-ACT: adoptive T cell therapy target discovery through single-cell transcriptomics
2025-Aug-14, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01514-9
PMID:40814001
|
研究论文 | 开发了一个名为SCAN-ACT的计算流程，通过单细胞转录组学和多组学数据发现和优先排序用于过继性T细胞疗法的靶点 | 首次开发了整合单细胞RNA测序和多组学数据的计算流程，能够同时提名CAR-T和TCR-T细胞治疗的靶点，包括单特异性靶点、双特异性靶点对和肽-MHC靶点 | NA | 加速实体瘤过继性T细胞疗法的靶点发现 | 软组织肉瘤和胶质母细胞瘤 | 生物信息学 | 软组织肉瘤,胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,多组学分析 | 计算分析流程 | 单细胞转录组数据,多组学数据 | 986,749个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,多组学 | NA | NA |
| 120 | 2025-11-19 |
The current landscape and emerging challenges of benchmarking single-cell methods
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf380
PMID:41045508
|
综述 | 本文系统评估了单细胞测序计算方法基准测试的研究现状与新兴挑战 | 提供了最全面的单细胞基准测试研究量化总结，涵盖282篇论文的系统分析 | 基于文献综述，缺乏原始实验数据验证 | 评估单细胞计算方法基准测试领域现状并识别关键挑战 | 单细胞测序计算方法基准测试研究 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 282篇研究论文（130篇纯基准测试论文+152篇方法开发论文） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |