单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-09-14	Genomic Insights into Tumorigenesis in Newly Diagnosed Multiple Myeloma 2025-Aug-23, Diagnostics (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/diagnostics15172130 PMID:40941618	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析多发性骨髓瘤（MM）及其癌前阶段的遗传突变，揭示疾病进展的分子机制	发现新诊断MM患者中的新基因，并识别出在癌变中起关键作用的特定基因和基因家族	NA	检测导致多发性骨髓瘤进展和肿瘤发生的遗传突变	MGUS、SMM及新诊断MM患者的样本	基因组学	多发性骨髓瘤	scRNA-seq	NA	基因组序列数据	NA
82	2025-09-14	Dynamic Intercellular Networks in the CNS: Mechanisms of Crosstalk from Homeostasis to Neurodegeneration 2025-Aug-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26178155 PMID:40943076	综述	本文综述了中枢神经系统中动态细胞间通讯网络在健康稳态、衰老、脱髓鞘疾病和阿尔茨海默病等状态下的作用机制	通过比较不同疾病背景下的细胞间信号机制，强调了中枢神经对话不仅作为疾病进展的标志，还作为精准治疗的潜在途径	NA	探讨细胞间通讯网络如何维持或破坏中枢神经系统的完整性和功能	神经元、星形胶质细胞、小胶质细胞、少突胶质细胞和其他胶质细胞群体	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
83	2025-09-14	Deciphering the combinatorial expression pattern and genetic regulatory mechanisms of Beats and Sides in the olfactory circuits of Drosophila 2025-Aug-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.31.657193 PMID:40502011	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和转基因驱动线探索果蝇嗅觉电路中Beat和Side基因家族的组合表达模式及其遗传调控机制	揭示了ORNs和PNs中类别特异性基因组合表达模式，并发现昆虫间直系同源基因的保守表达规律	干扰Beat-IIa-Side-IV相互作用未在测试的两个肾小球中产生显著错误靶向，功能验证有限	解析果蝇嗅觉电路中细胞表面蛋白家族的组合表达模式及其在神经环路组装中的作用	果蝇的嗅觉受体神经元(ORNs)和投射神经元(PNs)	神经科学	NA	单细胞RNA-seq, 基因陷阱转基因驱动线	NA	基因表达数据	公开可用数据集和新生成的转基因品系
84	2025-09-14	Immunomodulatory effects of a short-term gluten-free diet on pediatric celiac disease: Findings from a single-cell transcriptomics study 2025-Aug-11, The Journal of nutritional biochemistry IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jnutbio.2025.110063 PMID:40803542	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨短期无麸质饮食对儿童乳糜泻患者免疫细胞的调节作用	首次使用scRNA-seq技术分析短期GFD对儿童乳糜泻患者PBMCs的转录组变化，并发现免疫调节基因上调和促炎基因下调等新现象	样本量较小（仅5名患者），结果需谨慎解读，需要更大队列研究进一步验证	研究无麸质饮食对儿童乳糜泻患者免疫细胞转录调控的影响	儿童乳糜泻患者	单细胞转录组学	乳糜泻	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	转录组数据	5名儿童乳糜泻患者（GFD前后配对样本）
85	2025-09-14	Plasma Proteomics Reveals Dysregulated Pathways Across the Spectrum LMNA Cardiomyopathy 2025-Aug, Circulation. Genomic and precision medicine DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004924 PMID:40509996	研究论文	通过血浆蛋白质组学分析揭示LMNA心肌病发展过程中的失调通路	首次在LMNA心肌病中鉴定出EDA2R、MYL4等新型血浆蛋白标志物，并发现26种蛋白与心肌细胞基因表达谱一致	样本量有限（LMNA组n=41），需更大队列验证	探究LMNA基因致病变异相关的蛋白质和生物学通路	遗传性扩张型心肌病队列（含LMNA和肌节蛋白变异携带者）及表型阴性个体	蛋白质组学	心血管疾病	OLINK平台蛋白质检测、单细胞测序	主成分分析（PCA）	血浆蛋白质数据、RNA表达数据	114例（41例LMNA DCM，18例肌节蛋白DCM，55例表型阴性个体）
86	2025-09-14	Autophagy-related biomarkers in non-obstructive azoospermia: insights from transcriptomics and single-cell sequencing 2025-Aug, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-025-03559-6 PMID:40587077	研究论文	本研究通过转录组学和单细胞测序技术筛选出自噬相关基因作为非梗阻性无精子症（NOA）的生物标志物	首次结合机器学习算法和单细胞测序技术系统鉴定NOA中自噬相关基因标志物，并揭示其与免疫细胞浸润的关联	研究主要依赖公共数据库数据，需要进一步实验验证生物标志物的功能机制	探索自噬相关基因在非梗阻性无精子症中的诊断价值和治疗潜力	非梗阻性无精子症患者与梗阻性无精子症患者的睾丸组织样本	生物信息学	男性不育症	转录组测序，单细胞测序，RT-qPCR，WGCNA，机器学习	机器学习算法	基因表达数据	多个公共数据集（GSE9210和GSE145467等）的转录组样本
87	2025-09-14	Comparative spatial transcriptomics of pancreatic cancer with ductal and acinar origins in mouse models 2025-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70416 PMID:40717219	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
88	2025-09-13	spammR: an R package designed for analysis and integration of spatial multi-omic measurements 2025-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.26.672472 PMID:40909542	研究论文	介绍了一个用于空间多组学数据分析和整合的R包spammR	专门针对基于质谱的空间组学数据集设计，支持样本量小、空间稀疏和高缺失值的数据，采用完全数据驱动方法	主要针对质谱数据，可能不适用于其他空间组学技术如空间转录组	开发一个端到端的分析工具，用于空间多组学测量数据的整合与分析	空间多组学测量数据，特别是质谱衍生的空间组学数据集	生物信息学	NA	质谱技术	NA	空间多组学数据，显微镜成像数据	小样本量且空间稀疏的样本
89	2025-09-13	Expanding canonical cortical cell type markers in the era of single-cell transcriptomics 2025-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.26.672469 PMID:40909566	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据扩展了大脑皮层细胞类型的经典标记物，并开发了统计框架以提升标记物的特异性和跨区域一致性	提出了标记物表达'保真度'和'背景表达'的量化方法，利用近50万个单细胞核转录组数据系统评估了标记物的区域变异性，并开发了新的统计框架识别出改进的标记物	NA	扩展和优化大脑皮层细胞类型的分子标记物，以支持神经科学研究中的细胞类型注释和验证	人类大脑皮层细胞	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	统计框架	单细胞表达数据	来自19项研究的近500,000个高质量单细胞核转录组图谱
90	2025-09-13	Construction and differential analysis of testicular atlas between 10-week-old and 23-week-old ducks using single-cell RNA sequencing 2025-Aug-22, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.105715 PMID:40884870	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术构建了10周龄和23周龄鸭睾丸的细胞图谱并进行差异分析	首次建立了禽类精子发生的高分辨率细胞蓝图，发现了多个新的分子标记物（如EXFABP、ARHGAP15等）和调控网络	研究仅针对鸭类，结果向其他禽类或物种的外推需谨慎验证	解析禽类精子发生的分子机制和细胞发育调控网络	鸭睾丸组织，特别是生殖细胞（精原细胞、精母细胞、精子细胞）和体细胞群体	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	54,702个细胞（来自10周龄未成熟和23周龄成熟鸭睾丸）
91	2025-09-13	Immune dysregulation in the prostates of C57BL/6Aire-/- mice mirrors that seen in human benign prostatic hyperplasia 2025-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.12.669857 PMID:40832162	研究论文	研究通过C57BL/6 Aire-/-小鼠模型模拟人类良性前列腺增生（BPH）中的免疫失调现象	建立了一种转录因子缺陷的非消退性（慢性）炎症模型，首次在小鼠前列腺中重现了人类BPH的免疫细胞表型和基质相互作用	模型基于小鼠且需外源性免疫刺激，可能无法完全复制人类BPH的所有病理特征	探究慢性前列腺炎症在良性前列腺增生发病机制中的作用	C57BL/6J背景小鼠和人类BPH组织样本	免疫病理学	前列腺增生	组织学分析、流式细胞术、scRNA-seq	NA	组织学图像、单细胞转录组数据	C57BL/6小鼠在21天和35天时间点采集前列腺组织，并与人类BPH scRNA-seq数据对比
92	2025-09-13	Identification of a unique subpopulation of mucosal fibroblasts in colorectal cancer with tumor-restraining characteristics 2025-Aug-05, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.mocell.2025.100263 PMID:40759242	研究论文	本研究通过多组学分析鉴定出结直肠癌中具有肿瘤抑制特性的独特黏膜成纤维细胞亚群	首次在结直肠癌中发现表达ADAMDEC1/CXCL14/EDNRB/PROCR的肿瘤抑制性癌症相关成纤维细胞亚群，并证实其表观遗传稳定性	NA	探究结直肠癌中肿瘤抑制性癌症相关成纤维细胞的存在特征及临床意义	结直肠癌样本中的成纤维细胞亚群	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, TCGA RNA-seq, 免疫组化	NA	基因组数据, 表观遗传数据, 组织学数据	多中心结直肠癌数据集（包含单细胞测序数据和TCGA数据）
93	2025-09-13	Single-Cell Transcriptome and RNA Sequencing Reveal Immune-Related Markers of Preeclampsia 2025-Aug, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-025-01843-5 PMID:40216654	研究论文	通过单细胞和RNA测序技术研究胎盘免疫微环境，发现与子痫前期相关的关键免疫细胞和靶基因	首次结合单细胞转录组和RNA测序分析子痫前期胎盘免疫微环境，鉴定出巨噬细胞相关的关键调控基因	研究依赖于公共数据集GSE234729和GSE25906，样本来源和数量未明确说明	探究子痫前期胎盘免疫微环境中的关键调控基因	子痫前期和非子痫前期胎盘样本	生物信息学	子痫前期	单细胞转录组测序, RNA测序, GO富集分析, KEGG通路分析, pseudotime分析, 细胞通讯分析	Scenic包转录因子分析	基因表达数据	基于GSE234729和GSE25906数据集，具体样本数未明确
94	2025-09-12	Human brain cell types shape host-rabies virus transcriptional interactions revealing a preexisting pro-viral astrocyte subpopulation 2025-Aug-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116159 PMID:40864551	研究论文	通过单细胞RNA测序研究人脑细胞与狂犬病病毒的转录互作，揭示了一个预先存在的促病毒星形胶质细胞亚群	发现先天免疫信号解除抑制反而增强狂犬病病毒转录，并识别出人脑中罕见的促病毒样星形胶质细胞亚型	研究基于体外共培养模型，可能无法完全模拟体内复杂环境	探究病毒-宿主细胞互作及先天免疫抑制如何影响神经嗜性病毒感染动力学	人脑细胞共培养体系	单细胞转录组学	病毒感染	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	转录组数据	人脑细胞共培养样本（具体数量未明确说明）
95	2025-09-12	A Spatially Coordinated Keratinocyte-Fibroblast Circuit Recruits MMP9+ Myeloid Cells to Drive IFN-I-Driven Inflammation in Photosensitive Autoimmunity 2025-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.19.670635 PMID:40894544	研究论文	本研究揭示了一种由角质形成细胞、成纤维细胞和髓系细胞组成的空间协调炎症回路，驱动IFN-I介导的光敏性自身免疫皮肤病理	首次发现MMP9+ CD14+髓系细胞作为光敏性的关键效应细胞，并阐明角质形成细胞-成纤维细胞-髓系细胞轴的空间调控机制	研究主要基于人类样本和体外模型，体内功能验证仍需进一步深入	阐明紫外线B（UVB）暴露导致皮肤特异性自身免疫的分子和细胞机制	皮肤红斑狼疮（CLE）和皮肌炎（DM）患者皮肤组织及体外细胞模型	免疫学与皮肤病学	自身免疫性皮肤病	单细胞RNA测序、空间转录组学（seqFISH+）、UVB激发试验、体外建模	NA	基因表达数据、空间定位数据、临床样本数据	人类皮肤组织样本（包括病变和非病变组织）及体外细胞模型
96	2025-09-12	High-Resolution Spatial Transcriptomics Unveils Spatially Resolved Gene Modules and Fatty Acid Metabolism Dysregulation in Human Skin Aging 2025-Aug-23, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.08.011 PMID:40850650	研究论文	利用高分辨率空间转录组技术揭示人类皮肤衰老中空间基因模块和脂肪酸代谢紊乱	首次通过高分辨率空间转录组技术构建人眼睑皮肤图谱，发现18个空间相关基因模块并揭示表皮脂肪酸合成减少等新衰老特征	研究主要聚焦眼睑皮肤，其他皮肤区域可能存在差异；功能验证仅基于体外模型	解析皮肤衰老的分子机制和空间细胞互作	人类眼睑皮肤组织、原代角质形成细胞、全层皮肤模型（T-Skin）	空间转录组学	皮肤衰老	空间增强分辨率组学测序（STeoM-seq）、多重FISH	NA	空间转录组数据、图像数据	人类眼睑皮肤样本（具体数量未明确说明）
97	2025-09-12	Integrated spatial and functional metabolic profiling identified the thick ascending limb as a mitochondrial vulnerability hub in acute kidney injury 2025-Aug-22, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2025.07.021 PMID:40850621	研究论文	本研究通过整合空间和功能代谢分析，发现肾小管厚壁升支是急性肾损伤中的线粒体脆弱性枢纽	首次结合空间转录组学、单细胞转录组学和同位素示踪成像技术，系统揭示肾外髓厚壁升支段的代谢特性及其在肾损伤中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类肾移植样本，结果在更广泛人群中的普适性需进一步验证	探究急性肾损伤的代谢机制及其与临床麻醉药物使用的关联	小鼠模型和人类肾移植受者	代谢组学	急性肾损伤	空间转录组学、单细胞转录组学、免疫荧光、同位素示踪成像	NA	空间转录组数据、单细胞数据、成像数据	小鼠缺血再灌注模型及人类肾移植样本（具体数量未明确说明）
98	2025-09-12	FAHD1-mediated pyruvate metabolism in hepatocellular carcinoma: Multi-omics and causal genetic evidence 2025-Aug-14, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100494 PMID:40814172	研究论文	本研究通过多组学与因果遗传证据揭示FAHD1介导的丙酮酸代谢在肝细胞癌中的作用机制	首次发现丙酮酸高活性上皮亚群(PyHighEpi)，并通过因果推断鉴定FAHD1为关键驱动因子，阐明其通过ITGB2介导的细胞互作机制	NA	探究肝细胞癌中丙酮酸代谢的因果调控因子及其空间互作机制	肝细胞癌肿瘤微环境中的上皮细胞亚群和癌症相关成纤维细胞	肿瘤代谢研究	肝细胞癌	单细胞转录组学、空间图谱、孟德尔随机化分析、分子对接	NA	基因组数据、转录组数据、空间转录组数据	NA
99	2025-09-12	Inhibition of astrocyte signaling leads to sex-specific changes in microglia phenotypes in a diet-based model of cerebral small vessel disease 2025-Aug-09, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03523-2 PMID:40783543	研究论文	本研究探讨在高同型半胱氨酸血症诱导的脑小血管疾病模型中，星形胶质细胞信号对小鼠小胶质细胞表型的性别特异性影响	揭示了星形胶质细胞通过CN/NFAT信号通路对小胶质细胞表型调控存在性别二态性，首次在饮食诱导模型中系统分析这种性别差异	样本量较小，需要更多生物学重复和更严格的统计分析来验证结果	研究星形胶质细胞信号在高同型半胱氨酸血症背景下对小胶质细胞表型的调控机制	7-8周龄雌雄C57BL/6J小鼠	神经科学	脑小血管疾病	免疫组化、Western blot、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据、蛋白质数据	雌雄C57BL/6J小鼠（具体数量未明确说明，但提及样本量较小）
100	2025-09-12	Microglia-neuron crosstalk through Hex-GM2-MGL2 maintains brain homeostasis 2025-Aug-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09477-y PMID:40769205	研究论文	本研究揭示了一种新型的小胶质细胞-神经元交互模式，通过Hex-GM2-MGL2通路维持大脑稳态	首次发现小胶质细胞通过向神经元输送β-己糖胺酶来降解GM2神经节苷脂的双向通讯机制	研究主要基于小鼠模型，人类Sandhoff病的直接应用仍需进一步验证	探究小胶质细胞与神经元之间的新型交互机制及其在神经退行性疾病中的作用	小胶质细胞、神经元、GM2神经节苷脂、β-己糖胺酶	神经科学	神经退行性疾病	非靶向脂质组学、高分辨率空间脂质成像、深度单细胞转录组分析、细胞类型特异性突变体	NA	脂质组数据、空间成像数据、转录组数据	小鼠模型和人类Sandhoff病患者样本