单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 541 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-11-03 |
TissueFormer: a neural network for labeling tissue from grouped single-cell RNA profiles
2025-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.17.670735
PMID:40894666
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研究论文 | 提出一种基于Transformer的神经网络TissueFormer，用于从单细胞RNA谱组中推断群体水平标签 | 首次将Transformer架构应用于分析单细胞RNA谱组，同时保留单细胞分辨率并利用细胞组成信号 | 仅在小鼠大脑空间转录组数据上验证，尚未在其他组织或疾病模型中测试 | 开发能够利用细胞组成信号预测群体水平表型的计算方法 | 小鼠大脑皮层区域的空间转录组数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | Transformer | 单细胞RNA表达谱，空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 62 | 2025-11-03 |
Cancer stem cells: landscape, challenges and emerging therapeutic innovations
2025-Aug-05, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02360-2
PMID:40759634
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综述 | 本文综述了癌症干细胞（CSCs）的特性、挑战及新兴治疗策略 | 整合单细胞测序、空间转录组学和多组学数据揭示CSCs异质性与代谢可塑性，提出双代谢抑制、合成生物学干预等创新疗法 | 缺乏普遍可靠的CSCs生物标志物，难以在不影响正常干细胞的前提下靶向CSCs | 探讨癌症干细胞生物学特性及开发针对性治疗策略 | 癌症干细胞及其与肿瘤微环境的相互作用 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 单细胞测序, 空间转录组学, 多组学整合, CRISPR筛选, AI驱动分析 | 3D类器官模型 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 63 | 2025-11-02 |
Hi-C3: a statistical inference-based model for reconstructing higher-order cell-cell communication networks
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf568
PMID:41159728
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研究论文 | 提出一种基于统计推断的模型Hi-C3，用于从单细胞RNA测序数据重建高阶细胞-细胞通讯网络 | 首次将网络扩散和流行病动力学原理应用于细胞通讯建模，能够同时推断传统的成对通讯和新的高阶通讯模式 | 模型主要基于配体-受体相互作用的假设，可能无法捕获其他类型的细胞通讯机制 | 开发能够揭示多细胞协调信号传导结构的计算框架 | 拟南芥和结直肠癌数据集中的细胞类型 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 统计推断模型, EM算法, PageRank算法 | 单细胞RNA测序数据 | 多个数据集（具体样本数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2025-11-02 |
Single-cell multi-omics and machine learning for dissecting stemness in cancer
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf566
PMID:41159730
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综述 | 探讨单细胞多组学与机器学习在解析癌症干细胞特性中的应用 | 从静态标志物定义转向动态功能视角的癌症干细胞研究范式转变 | NA | 解析癌症干细胞特性并开发精准医疗策略 | 癌症干细胞(CSCs) | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序,轨迹推断,空间转录组学,CRISPR筛选 | 人工智能预测模型 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,单细胞多组学 | NA | NA |
| 65 | 2025-10-31 |
Spatial transcriptomics: a bibliometric analysis with large language model on English literatures
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf553
PMID:41139313
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文献计量分析 | 使用大语言模型对空间转录组学英文文献进行文献计量分析 | 首次将大语言模型应用于空间转录组学领域的文献计量分析，使研究结果更加全面和具体 | 仅基于Web of Science数据库的1197篇英文文献（2015-2024年），可能存在文献覆盖不全的局限性 | 分析空间转录组学领域的研究趋势、期刊分布和关键词演变 | 1197篇空间转录组学相关英文文献 | 自然语言处理 | 癌症 | 文献计量分析，大语言模型 | 大语言模型 | 文本 | 1197篇文献 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 66 | 2025-10-31 |
scDETECT: a novel statistical model accounting for cell type correlation in single-cell RNA-seq differential expression analysis
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf556
PMID:41139925
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研究论文 | 开发了一种考虑细胞类型相关性的单细胞RNA-seq差异表达分析新方法 | 首次在单细胞RNA-seq差异表达分析中通过贝叶斯层次模型考虑细胞类型相关性 | NA | 提高单细胞RNA-seq差异表达分析的准确性和统计功效 | 单细胞RNA-seq数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯层次模型 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 67 | 2025-10-31 |
scVGAMF: a novel imputation method for scRNA-seq data by integrating linear and non-linear features
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf562
PMID:41139927
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研究论文 | 提出一种整合线性和非线性特征的单细胞RNA测序数据插补新方法scVGAMF | 首次将非负矩阵分解与变分图自编码器结合，同时捕捉scRNA-seq数据中的线性和非线性特征 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中dropout事件导致的缺失值问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解, 变分图自编码器, 全连接神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 68 | 2025-10-31 |
ChromoPattern: characterizing chromosomal rearrangement patterns of copy number alteration in heterogeneous tumor cell populations at single-cell resolution
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf563
PMID:41148222
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研究论文 | 开发了ChromoPattern计算框架，用于在单细胞分辨率下量化肿瘤细胞群中与复杂拷贝数变异机制相关的染色体重排模式 | 首个能够在单细胞分辨率下系统量化四种不同染色体重排模式的计算框架，揭示了振荡模式在肿瘤异质性和进化中的关键作用 | 方法验证主要基于模拟数据和有限的实际样本，需要更广泛的临床应用验证 | 研究染色体不稳定性导致的拷贝数变异模式在肿瘤异质性和进化中的作用 | 肝癌细胞系和乳腺癌患者的单细胞DNA测序数据 | 计算生物学 | 癌症 | 单细胞DNA测序, 单细胞RNA测序 | 计算框架 | 基因组测序数据, 转录组测序数据 | 肝癌细胞系和乳腺癌患者样本 | NA | 单细胞DNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 69 | 2025-10-30 |
Integrated multi-omics analysis reveals diagnostic biomarkers and therapeutic targets for systemic lupus erythematosus
2025-Aug-15, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000042290
PMID:40826785
|
研究论文 | 通过整合多组学分析鉴定系统性红斑狼疮的诊断生物标志物和治疗靶点 | 首次通过孟德尔随机化分析确定血浆蛋白与SLE的因果关系，并构建高精度诊断列线图模型 | 分子机制仍需进一步实验验证 | 探索系统性红斑狼疮的分子机制和潜在治疗策略 | 系统性红斑狼疮相关基因和蛋白质 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 全基因组关联研究, 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序, 分子对接模拟 | 列线图模型 | 基因组数据, 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 70 | 2025-10-28 |
Powerful and accurate case-control analysis of spatial molecular data
2025-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.07.637149
PMID:39975274
|
研究论文 | 提出一种结合深度学习和统计原理的空间分子数据分析方法VIMA，用于识别与疾病相关的空间特征 | 将变分自编码器与多重检验控制相结合，通过定义数据依赖的'微生态位'来发现传统方法难以识别的疾病相关空间结构 | NA | 开发更灵活精确的空间分子数据分析方法，识别与疾病相关的关键空间结构 | 空间分子数据中的组织斑块和微生态位 | 空间转录组学 | 类风湿关节炎,溃疡性结肠炎,痴呆 | 免疫荧光显微镜,CODEX,空间转录组学 | 变分自编码器 | 空间分子数据 | NA | NA | 空间转录组学,免疫荧光,CODEX | NA | NA |
| 71 | 2025-10-24 |
Analysis of individual patient pathway coordination in a cross-species single-cell kidney atlas
2025-Aug, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02285-0
PMID:40775269
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研究论文 | 本研究构建了跨物种单细胞肾脏图谱并开发了CellSpectra计算工具，用于分析个体患者细胞类型特异性通路基因表达协调变化 | 开发了能量化基因表达协调变化的CellSpectra计算工具，创建了包含140个样本、超过100万细胞的跨物种单细胞肾脏图谱 | NA | 推进单细胞方法在临床精准医学中的应用，解决个体患者细胞类型特异性分子变化识别难题 | 人类和啮齿类动物的肾脏细胞 | 生物信息学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | CellSpectra计算工具 | 单细胞基因表达数据 | 140个样本，超过100万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 72 | 2025-10-22 |
CCL26 and CXCL12 Promote Release of Insulin-Sensitizing Adipose Tissue Macrophage sEVs from Subcutaneous Adipose Tissue in Obesity
2025-Aug-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.20.670151
PMID:40894782
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研究论文 | 本研究揭示了皮下脂肪组织巨噬细胞通过释放小细胞外囊泡改善胰岛素敏感性的新机制 | 首次发现皮下脂肪组织巨噬细胞释放的sEVs具有改善胰岛素敏感性的功能，并阐明CCL26和CXCL12在此过程中的调控作用 | 研究主要聚焦于肥胖模型，具体分子机制仍需进一步验证 | 探究皮下脂肪组织在肥胖中对代谢功能障碍的保护机制 | 皮下脂肪组织巨噬细胞及其释放的小细胞外囊泡 | 细胞生物学 | 代谢性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 73 | 2025-10-18 |
Targeting Liver Epsins Ameliorates Dyslipidemia in Atherosclerosis through Inhibition of Proprotein Convertase Subtilisin/Kexin Type 9-Mediated Low-density Lipoprotein Receptor Degradation
2025-Aug-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.26.609742
PMID:39253478
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研究论文 | 本研究揭示肝脏Epsins通过促进PCSK9介导的LDLR降解加剧动脉粥样硬化，并证明靶向Epsins可改善血脂异常 | 首次发现肝脏Epsins通过UIM结构域结合LDLR介导PCSK9依赖性降解，并开发纳米颗粒包裹siRNA靶向治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证 | 探究肝脏Epsins在PCSK9介导的LDLR降解及动脉粥样硬化中的作用机制 | ApoE-/-和PCSK9-AAV8诱导的动脉粥样硬化小鼠模型，人动脉粥样硬化心血管疾病患者样本 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，分子/细胞/生化分析，纳米颗粒递送系统 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据，蛋白质互作数据，病理学数据 | 多种基因工程小鼠模型，人患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 74 | 2025-10-16 |
Defining the host dependencies and the transcriptional landscape of RSV infection and bystander activation
2025-Aug-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.26.645108
PMID:40196489
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研究论文 | 本研究通过CRISPR筛选和单细胞RNA测序技术，揭示了RSV感染细胞与旁观者细胞的转录差异和宿主依赖性 | 首次结合全基因组CRISPR敲除筛选和单细胞RNA测序技术，系统分析RSV感染细胞与旁观者激活细胞的转录差异 | 未在摘要中明确说明研究局限性 | 阐明RSV感染的宿主决定因素和宿主反应机制 | RSV感染细胞和未感染的旁观者细胞 | 基因组学 | 呼吸道病毒感染 | 全基因组CRISPR敲除筛选, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 75 | 2025-10-16 |
Comprehensive multi-omics analysis reveals the core role of glycerophospholipid metabolism in the influence of short-chain fatty acids on the development of sepsis
2025-Aug-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-13322-7
PMID:40783504
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研究论文 | 通过多组学分析揭示短链脂肪酸通过甘油磷脂代谢途径影响脓毒症发展的核心机制 | 首次整合代谢组学、转录组学、单细胞测序和孟德尔随机化方法，系统阐明短链脂肪酸通过调节甘油磷脂代谢影响脓毒症发展的因果机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展 | 探究短链脂肪酸在脓毒症发展中的具体作用机制 | C57BL/6小鼠和人类转录组数据 | 多组学分析 | 脓毒症 | 非靶向代谢组学, 转录组学, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化 | SVM-RFE, LASSO回归 | 代谢组数据, 转录组数据, 单细胞数据 | 60只C57BL/6小鼠，多个公共数据库数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序, 代谢组学 | NA | NA |
| 76 | 2025-10-11 |
Inhibition of methylthioadenosine phosphorylase protects from experimental acute kidney injury
2025-Aug-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00138.2025
PMID:40602784
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研究论文 | 本研究通过抑制甲基硫代腺苷磷酸化酶(MTAP)在小鼠急性肾损伤模型中展示保护作用 | 首次证明MTAP抑制在实验性急性肾损伤中的保护作用，并通过单细胞RNA测序在人类AKI活检中验证其表达特征 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据仅为观察性分析，缺乏临床干预验证 | 探索MTAP抑制对急性肾损伤的保护机制及治疗潜力 | 小鼠急性肾损伤模型和人类肾脏单细胞RNA测序数据 | 肾脏病学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序，转录组分析 | NA | 基因表达数据，组织病理学数据 | 小鼠实验模型和人类肾脏活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 77 | 2025-10-11 |
Kidney organoids demonstrate that PTH1R drives a cystogenic cAMP-pPKA-pCREB axis in developmental polycystic kidney disease
2025-Aug-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00056.2025
PMID:40602764
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研究论文 | 本研究利用肾脏类器官模型揭示了PTH1R在发育性多囊肾病中驱动囊肿形成的cAMP-pPKA-pCREB信号轴 | 首次发现PTH1R作为G蛋白偶联受体在发育性多囊肾病中启动囊肿形成信号级联反应 | 研究主要基于体外类器官模型，缺乏体内验证 | 探索发育性多囊肾病的囊肿形成机制和潜在治疗靶点 | 人类诱导多能干细胞衍生的ARPKD类器官、等基因野生型类器官、人类ARPKD组织 | 发育生物学 | 多囊肾病 | 单细胞RNA测序、靶向机制研究 | 肾脏类器官模型 | 基因表达数据、组织学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 78 | 2025-10-08 |
Dual states of murine Bmi1-expressing intestinal stem cells drive epithelial development utilizing non-canonical Wnt signaling
2025-Aug-18, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.03.014
PMID:40262610
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研究论文 | 本研究揭示了小鼠肠道发育早期Bmi1表达干细胞通过非经典Wnt信号调控上皮发育的动态过程 | 首次发现Bmi1细胞在Lgr5+肠道干细胞出现前的发育早期作为功能干细胞存在，并揭示其通过非经典Wnt信号调控增殖状态转变 | 研究仅限于小鼠模型，人类肠道发育的相似性尚未验证 | 阐明肠道发育过程中干细胞亚型的动态调控机制 | 小鼠肠道干细胞（Bmi1+和Lgr5+ ISCs） | 发育生物学 | NA | 谱系追踪，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据，细胞谱系数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 79 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomics reveal oxidative phosphorylation and oxidative stress in the superior temporal plane of non-syndromic cleft lip and palate fetuses
2025-Aug-20, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2025.123922
PMID:40845983
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学分析非综合征性唇腭裂胎儿颞上平面的氧化磷酸化和氧化应激变化 | 首次在NSCLP胎儿大脑中识别出氧化磷酸化和氧化应激异常增加，并发现特定抑制性神经元亚群InN6与此相关 | 样本量较小（仅3例NSCLP和3例正常胎儿），研究仅关注颞上平面区域 | 探究NSCLP胎儿大脑是否存在发育异常 | 非综合征性唇腭裂胎儿和正常胎儿的颞上平面组织 | 数字病理学 | 唇腭裂 | 单核RNA测序, RT-qPCR, 免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据 | 3个NSCLP胎儿和3个正常胎儿（孕17-23周） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单核RNA测序 |
| 80 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomic profiling reveals dysregulation of B-cell subset function in patients with chronic hepatitis B
2025-Aug, Hepatology international
IF:5.9Q1
DOI:10.1007/s12072-025-10846-y
PMID:40489024
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了慢性乙型肝炎患者B细胞亚群功能的失调 | 首次在HBV感染不同阶段对B细胞亚群进行单细胞转录组分析，发现肝脏组织中富集的特异性B细胞亚群及其功能特征 | 样本量相对有限，需要更大规模研究验证发现 | 研究乙型肝炎病毒感染者不同阶段B细胞亚群的免疫学特征和临床意义 | 25名个体的肝脏和血液样本中的B细胞 | 单细胞转录组学 | 乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 46个肝脏和血液样本，包含23,967个B细胞（其中1,677个浆细胞），来自25名个体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |