单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-09-15	Temporal Clonal Tracing and Functional Perturbation Reveal Niche-Adaptive and Tumor-Intrinsic IFNγ Dependencies Driving Ovarian Cancer Metastasis 2025-Aug-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.13.669778 PMID:40832237	研究论文	本研究通过单细胞条形码和转录组分析揭示卵巢癌转移中早期播散克隆的富集及其对IFNγ信号的内在依赖性	开发了MetTag单细胞追踪技术，首次发现腹水微环境中IFNγ驱动的转录轨迹是卵巢癌转移的关键适应性机制	研究主要聚焦于卵巢癌腹膜转移模型，其他转移器官的机制可能未完全涵盖	解析卵巢癌转移过程中肿瘤细胞与转移微环境的时空动态互作机制	卵巢癌播散肿瘤细胞(DTCs)和转移微环境中的免疫细胞	癌症生物学	卵巢癌	单细胞条形码追踪(MetTag)、scRNA-seq、CRISPR/Cas9筛选、速度分析	NA	单细胞转录组数据、基因表达数据	卵巢癌转移模型中的播散肿瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞
42	2025-09-15	PTK6 mediated immune signatures revealed by single cell transcriptomic and multi omics big data analysis in cervical cancer 2025-Aug-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03365-7 PMID:40818002	研究论文	本研究通过单细胞转录组和多组学大数据分析，揭示了PTK6在宫颈癌中的免疫特征及其作为预后生物标志物的作用	结合单细胞RNA测序和15种机器学习算法构建预后模型，首次系统阐明PTK6在宫颈癌免疫微环境中的关键作用	研究主要基于公共数据库（TCGA和GEO）数据，实验验证仅局限于H8和HeLa细胞系	开发宫颈癌预后工具并探索PTK6作为免疫浸润相关生物标志物的价值	宫颈癌患者样本和细胞系（H8、HeLa）	生物信息学	宫颈癌	单细胞RNA测序、RT-qPCR、siRNA敲低、多组学数据分析	多种机器学习算法	转录组数据、单细胞数据	TCGA和GEO数据库中的宫颈癌样本，以及H8和HeLa细胞系
43	2025-09-15	RESCUE: recovery of idiosyncratic expression patterns in spatial transcriptomics 2025-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.11.669542 PMID:40832184	研究论文	提出一种名为RESCUE的计算方法，用于恢复空间转录组学中被现有分析方法遗漏的特殊表达模式	能够捕获脆弱细胞类型、亚细胞结构（如神经突）和细胞外表达等传统方法易忽略的空间表达模式	NA	提升空间转录组数据分析的鲁棒性和完整性，避免有偏分析和错误生物学解释	空间转录组数据，特别是蜜蜂大脑MERFISH数据及多种ST数据集	生物信息学	NA	空间转录组学（ST），MERFISH	计算方法（未指定具体模型）	基因表达空间数据	多个ST数据集（未明确样本数量）
44	2025-09-15	Quantum Annealing for Enhanced Feature Selection in Single-Cell RNA Sequencing Data Analysis 2025-Aug-15, ArXiv PMID:40832053	研究论文	本研究利用量子退火增强的QUBO方法进行单细胞RNA测序数据的特征选择，以识别与细胞分化和抗癌药物耐药性相关的关键基因	首次将量子退火赋能的QUBO方法应用于scRNA-seq数据特征选择，能够发现传统方法可能遗漏的复杂基因表达模式	NA	改进单细胞RNA测序数据分析中的特征选择方法	人类细胞分化系统和抗癌药物耐药性研究中的单细胞RNA测序数据	机器学习	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	QUBO（二次无约束二进制优化）	基因表达数据	NA
45	2025-09-15	Neoadjuvant immunotherapy promotes the formation of mature tertiary lymphoid structures in a remodeled pancreatic tumor microenvironment 2025-Aug-15, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-25-0387 PMID:40815230	研究论文	本研究通过空间多组学分析揭示了新辅助免疫治疗在胰腺癌中促进成熟三级淋巴结构形成及肿瘤微环境重塑的机制	首次构建了免疫治疗下PDAC的空间多组学图谱，并利用机器学习方法鉴定了TLS特异性空间基因表达特征与生存改善的关联	研究样本来源于特定治疗方案患者，结论普适性需进一步验证	探究三级淋巴结构在胰腺癌免疫治疗中的作用及空间特征	胰腺导管腺癌患者肿瘤组织及肿瘤邻近淋巴结	数字病理	胰腺癌	成像质谱流式技术、空间转录组学、机器学习图像分类	无监督学习模型	组织图像、空间转录组数据	接受联合新辅助免疫治疗的PDAC患者样本
46	2025-09-15	Transcriptomic HEPN1 signatures predict treatment response in low grade glioma 2025-Aug-15, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03395-1 PMID:40815398	研究论文	本研究利用单细胞转录组学方法探索HEPN1作为胶质瘤铁死亡治疗反应的关键生物标志物	首次在单细胞分辨率下系统解析HEPN1等铁死亡相关基因的表达模式及其在胶质瘤微环境细胞异质性中的作用	研究主要基于公共数据库和细胞系实验，缺乏大规模临床样本验证	确立HEPN1作为指导胶质瘤铁死亡靶向治疗的关键生物标志物	胶质瘤患者基因表达数据及GL261、BV2细胞系	生物信息学	胶质瘤	单细胞RNA测序, WGCNA, 差异表达分析	基因共表达网络	转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的胶质瘤数据集及GL261/BV2细胞系实验
47	2025-09-15	Preventive role of CD163-positive macrophages in postoperative peritoneal adhesions 2025-Aug-15, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-025-00392-3 PMID:40817081	研究论文	本研究探讨CD163阳性巨噬细胞在预防术后腹膜粘连中的保护作用及其分子机制	首次通过单细胞RNA测序鉴定出CD163阳性巨噬细胞亚群，并揭示其通过调节纤溶系统减少粘连形成的新机制	NA	识别参与粘连形成的巨噬细胞功能亚型并开发术后腹膜粘连防治新策略	人类阑尾炎术后腹膜粘连模型、小鼠盲肠结扎穿孔模型、原代巨噬细胞和间皮细胞系	NA	术后并发症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类术后腹膜粘连样本及小鼠模型
48	2025-09-15	Illuminating photoreceptors: TGFβ signaling modulates the severeness of retinal degeneration 2025-Aug-15, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02685-5 PMID:40817252	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和伪时间分析探索TGFβ信号在光诱导视网膜变性中的作用	结合光诱导视网膜变性小鼠模型与单细胞RNA测序，首次揭示TGFβ信号和RISC在光损伤感光细胞中的关键调控作用	研究基于小鼠模型，人类视网膜变性的分子机制可能存在差异	阐明导致感光细胞死亡的精确分子机制	小鼠视网膜感光细胞	生物医学研究	视网膜变性疾病（如AMD和RP）	单细胞RNA测序，伪时间分析	NA	基因表达数据	光损伤和对照组小鼠感光细胞集群
49	2025-09-15	Immature monocytic cells within tumors differentiate into immunosuppressive cells in resistant tumors to immunotherapy 2025-Aug-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113141 PMID:40822347	研究论文	本文探讨了未成熟单核细胞在免疫治疗耐药肿瘤中分化为免疫抑制细胞的作用及其机制	发现MDP-cMOPs群体在耐药肿瘤中通过CXCR4和IL6R途径促进免疫抑制，并验证联合靶向治疗可改善ICI响应	研究主要基于小鼠模型和公共数据集，人类样本验证仍需进一步开展	解析骨髓细胞在免疫检查点抑制剂耐药性中的作用机制	4T1乳腺癌克隆模型及公共数据库中的乳腺癌、肺癌和结直肠癌患者数据	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	突变处理的ICI敏感和耐药4T1克隆及公共人类癌症数据集
50	2025-09-15	Identification and mechanistic insights of ubiquitin-proteasome system and pyroptosis-related biomarkers in type 2 diabetes mellitus 2025-Aug-15, World journal of diabetes IF:4.2Q1 DOI:10.4239/wjd.v16.i8.104879 PMID:40837339	研究论文	通过生物信息学分析识别2型糖尿病中与泛素-蛋白酶体系统和细胞焦亡相关的生物标志物	首次整合泛素化与细胞焦亡过程，发现四个新型生物标志物（ABCC8、RBP4、RASGRF1、SLC34A2）并揭示其与免疫细胞及药物靶点的关联	依赖公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证机制	探究2型糖尿病中泛素-蛋白酶体系统和细胞焦亡相关基因的作用机制	人类基因表达数据与2型糖尿病样本	生物信息学	2型糖尿病	RNA-seq, qPCR, western blot, 单细胞测序	生物信息学分析（差异表达分析、GSEA、ssGSEA、ceRNA网络）	基因表达数据	三个数据集（GSE76894、GSE41762、GSE86469），包含多个人类样本
51	2025-09-15	Autoimmune origin for immune checkpoint inhibitor-diabetes revealed by deep immune phenotyping of the pancreas 2025-Aug-14, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011818 PMID:40813111	研究论文	通过胰腺深度免疫表型分析揭示免疫检查点抑制剂相关糖尿病（CPI-D）的自身免疫起源	首次利用胰腺手术切除样本进行单细胞RNA测序和免疫表型分析，证实CPI-D为自身免疫而非自身炎症机制起源	研究仅基于单一病例，样本量有限	探究免疫检查点抑制剂相关糖尿病（CPI-D）的发病机制	一名接受CPI治疗转移性黑色素瘤后发生CPI-D并后续发展为胰腺癌的患者	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫表型分析	NA	RNA测序数据，免疫表型数据	1例患者（胰腺手术切除样本）
52	2025-09-15	Decoding the Effects of Bexarotene treatment on brain of AD-like model mice: Single-Cell Transcriptomics and Chromatin Accessibility Analysis 2025-Aug-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7201032/v1 PMID:40831503	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组和染色质可及性分析，探索Bexarotene治疗对AD模型小鼠大脑中RXR介导的调控机制	首次结合snATAC-seq、scRNA-seq和ChIP-seq技术，揭示RXR激活通过现有TF网络调控而非破坏神经元基本调控支架的多层转录级联	研究局限于APP/PS1ΔE9小鼠模型，未涉及人类样本或其他AD模型验证	探究RXR激活对染色质结构和基因表达的影响，为神经退行性疾病提供治疗策略	Bexarotene处理的APP/PS1ΔE9转基因AD模型小鼠	生物信息学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, snATAC-seq, ChIP-seq, TF足迹分析	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据、ChIP-seq数据	NA
53	2025-09-15	Colorectal cancer heterogeneity co-evolves with tumor architecture to determine disease outcome 2025-Aug-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.11.669722 PMID:40832253	研究论文	利用深度学习结合空间转录组学等技术，揭示结直肠癌组织架构与细胞状态间的协同进化关系及其对疾病结局的影响	开发了亚细胞分辨率的高通量图像分析范式，首次发现组织架构与细胞状态间的反馈循环驱动肿瘤异质性演化	研究主要聚焦结直肠癌，尚未验证该范式在其他癌种中的普适性	探究肿瘤异质性与组织架构的协同进化关系及其对临床结局的预测价值	结直肠癌患者组织样本及类器官模型	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学、多重免疫组化、患者来源类器官培养	深度学习	组织图像、转录组数据、蛋白质表达数据	未明确样本数量（结直肠癌患者组织及类器官）
54	2025-09-15	Multi-Ancestry Transcriptome-wide Association Studies Uncover New Insights into Breast Cancer Genetics and Biology 2025-Aug-13, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.08.12.25333509 PMID:40832405	研究论文	通过多祖先转录组范围关联研究（TWAS）发现乳腺癌易感基因并探索其生物学机制	开发了祖先特异性遗传模型，首次系统整合基因表达、选择性剪接和3' UTR多聚腺苷化预测，并发现103个TWAS未报告新基因及46个远离已知风险变异的基因	研究基于正常乳腺组织样本，样本量相对有限（n=652），且功能验证仍需进一步实验支持	识别乳腺癌遗传易感基因并解析其生物学通路	欧洲、非洲和亚洲 ancestry 的178,534例乳腺癌患者和248,300例对照	遗传学	乳腺癌	TWAS, GWAS, 单细胞RNA测序	祖先特异性遗传预测模型	基因组数据、转录组数据	训练集652名女性（正常乳腺组织），验证集426,834人（病例与对照）
55	2025-09-15	LLM-based cell type annotation harmonization across single-cell studies using GCTHarmony 2025-Aug-12, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7151095/v1 PMID:40831495	研究论文	提出一种基于大语言模型的方法GCTHarmony，用于协调单细胞研究中的细胞类型注释不一致问题	利用OpenAI文本嵌入模型将任意细胞类型注释映射到标准化细胞本体术语，并协调不同研究间的注释层级差异	NA	解决单细胞RNA-seq研究整合中细胞类型注释不一致的挑战	单细胞研究中的细胞类型注释	自然语言处理	NA	单细胞RNA-seq	LLM (大语言模型)	文本	NA
56	2025-09-15	CART-GPT: A T Cell-Informed AI Linguistic Framework for Interpreting Neurotoxicity and Therapeutic Outcomes in CAR-T Therapy 2025-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.08.669387 PMID:40832178	研究论文	本文介绍了一种基于Transformer的AI模型CART-GPT，用于预测CAR-T细胞疗法的治疗效果和神经毒性风险	首个针对CAR-T疗法同时预测治疗反应和ICANS神经毒性风险的AI模型，采用创新的细胞聚合策略将单细胞预测与患者层面指标关联	NA	开发AI模型预测CAR-T疗法的个体化治疗效果和神经毒性风险	CAR-T细胞疗法患者和CAR-T细胞单细胞RNA测序数据	自然语言处理	血液系统恶性肿瘤	单细胞RNA测序	Transformer	基因表达数据	112万个CAR-T单细胞RNA测序图谱
57	2025-09-15	Translating the Transcriptome: A Connectomics Approach for Gene-Network Mapping and Clinical Application 2025-Aug-12, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.08.08.25333301 PMID:40832435	研究论文	提出一种结合空间转录组学和规范性功能连接性的基因网络映射框架，用于识别与基因表达相关的大脑网络	开发了基因网络映射方法，能够捕获单个基因的分布式连接模式，并整合同一疾病相关基因的累积遗传影响	NA	研究基因表达如何影响大脑功能连接组，并开发用于精准医学的网络信息诊断和治疗工具	大脑功能连接组和基因表达网络	神经科学	脑部疾病	空间转录组学，规范性功能连接性分析	NA	基因表达数据，功能连接数据	NA
58	2025-09-15	Tissue-Resident Macrophage and Dendritic Cell Cooperation Drives Type I IFN Immunity to Enteroviruses in the Liver 2025-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.12.669977 PMID:40832243	研究论文	本研究通过小鼠模型和单细胞RNA测序揭示了肝脏中组织驻留巨噬细胞和树突状细胞通过驱动I型干扰素免疫应答抵抗肠道病毒感染的合作机制	首次明确库普弗细胞和特定树突状细胞亚群是肝脏中早期I型干扰素应答的主要驱动者，并证明肝细胞依赖免疫细胞产生的保护性干扰素信号	研究基于转基因小鼠模型，结果向人类临床应用的转化需进一步验证	解析I型和III型干扰素在肠道病毒肝脏感染中的保护作用及细胞特异性免疫机制	小鼠模型（表达hFcRn及Ifnar1/Ifnlr1缺陷型）、肝细胞、库普弗细胞、树突状细胞	免疫学	肠道病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、条件性基因敲除小鼠模型	NA	基因表达数据	转基因小鼠模型（具体数量未明确说明）
59	2025-09-15	Profibrotic monocyte-derived alveolar macrophages as a biomarker and therapeutic target in systemic sclerosis-associated interstitial lung disease 2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.07.669006 PMID:40832362	研究论文	本研究探讨了促纤维化单核来源肺泡巨噬细胞（MoAM）在系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）中的生物标志物潜力和治疗靶点价值	首次在SSc-ILD患者中发现MoAM与肺纤维化严重程度相关，并利用空间转录组学揭示间质巨噬细胞向肺泡空间的扩展现象	样本量较小（仅9例患者和13例健康对照），需更大规模研究验证	验证MoAM作为SSc-ILD严重程度生物标志物及潜在治疗靶点的可行性	系统性硬化症相关间质性肺病患者和健康对照者的支气管肺泡灌洗液及肺移植标本	digital pathology	间质性肺病	流式细胞术、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	生物分子数据、空间转录组数据	9例SSc-ILD患者和13例健康对照
60	2025-09-15	Coxiella burnetii strains elicit distinct inflammatory responses in human macrophages 2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.10.669536 PMID:40832301	研究论文	研究不同毒力Coxiella burnetii菌株感染人肺泡巨噬细胞后引发的转录反应和炎症差异	首次通过单细胞RNA测序揭示巨噬细胞对Coxiella burnetii感染的异质性反应，并比较不同毒力菌株的免疫激活特征	仅关注体外巨噬细胞感染模型，未涉及体内免疫反应或临床样本验证	解析宿主-病原体相互作用机制，为Q热靶向治疗提供依据	人肺泡巨噬细胞(hAMs)和三种Coxiella burnetii菌株(NMI, NMII, Dugway)	感染免疫学	Q热	RNA测序, 单细胞RNA测序, 细胞因子检测	体外细胞感染模型	转录组数据	人肺泡巨噬细胞感染三种不同毒力菌株