单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 544 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-05-10 |
A Spatially Coordinated Keratinocyte-Fibroblast Circuit Recruits MMP9+ Myeloid Cells to Drive IFN-I-Driven Inflammation in Photosensitive Autoimmunity
2025-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.19.670635
PMID:40894544
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学等方法，揭示紫外线B通过角化细胞-成纤维细胞-髓系细胞环路驱动光敏感性自身免疫的机制 | 首次发现MMP9+ CD14+髓系细胞是光敏感性的关键效应细胞，并描述了角化细胞-成纤维细胞-髓系细胞多细胞炎症级联环路 | 研究主要基于人类体外模型和临床样本，可能未完全复制体内微环境的复杂性 | 阐明紫外线B暴露如何触发皮肤特异性自身免疫的分子机制 | 皮肤红斑狼疮和皮肌炎患者皮肤组织及健康对照皮肤 | 数字病理学 | 皮肤红斑狼疮, 皮肌炎 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 (seqFISH+), 紫外线B激发, 体外模型 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 涉及皮肤红斑狼疮和皮肌炎患者皮损及非皮损皮肤样本，健康对照皮肤样本，具体数量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | seqFISH+ | NA |
| 42 | 2026-05-09 |
Selective Depletion of CCR8+Treg Cells Enhances the Antitumor Immunity of Cytotoxic T Cells in Lung Cancer by Dendritic Cells
2025-08, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer
IF:21.0Q1
DOI:10.1016/j.jtho.2025.02.029
PMID:40056978
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研究论文 | 该研究探讨了在非小细胞肺癌中通过选择性清除CCR8+调节性T细胞增强细胞毒性T细胞的抗肿瘤免疫作用 | 首次揭示抗CCR8疗法与PD1抑制剂联用通过破坏CCR8+Treg-CCL5+树突状细胞相互作用重塑肿瘤微环境，并明确JAK-STAT通路激活诱导IL-12分泌增强CD8+ T细胞杀伤活性的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型，临床样本量有限且仅观察了晚期非小细胞肺癌患者联合治疗潜力，尚未开展大规模随机临床试验验证安全性与有效性 | 评估抗CCR8单药及联合PD1抑制剂在非小细胞肺癌中的治疗效果及分子机制 | 非小细胞肺癌小鼠模型及晚期患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、单细胞T细胞受体测序、流式细胞术、多色免疫荧光、Luminex检测 | NA | 基因表达数据、免疫表型数据 | 四种非小细胞肺癌小鼠模型及部分晚期非小细胞肺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞T细胞受体测序 | NA | NA |
| 43 | 2026-05-08 |
stImage: a versatile framework for optimizing spatial transcriptomic analysis through customizable deep histology and location informed integration
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf429
PMID:40905789
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研究论文 | stImage是一个开源R包，通过生成深度学习组织学特征并提供54种整合策略，优化空间转录组学分析 | 首次在统一框架中完全协同基因表达、组织学特征和精确空间坐标，并利用诊断图指导用户选择最佳整合策略 | 现有方法在不同数据集和条件下的性能表现不一致，stImage仍需进一步验证其在更多样数据集中的普适性 | 开发一个全面且灵活的空间转录组学分析框架，提升生物学洞察和组织结构理解 | 多个空间转录组学数据集中的组织样本 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 深度学习 | 基因表达数据、组织学图像、空间坐标 | 多个数据集中的组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 44 | 2026-05-08 |
Batch correction methods used in single-cell RNA sequencing analyses are often poorly calibrated
2025-08-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279886.124
PMID:40623818
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研究论文 | 本文比较了八种用于单细胞RNA测序数据批次校正的方法，并发现许多方法存在校准不良的问题，引入了可测量的伪影 | 提出了一种新的衡量方法，从细粒度（细胞间距离）和粗粒度（细胞簇间效应）两个层面评估批次校正对数据的改变程度 | 未提及具体局限性，但测试仅基于特定数据集和设置，可能无法完全代表所有实际情况 | 评估和比较单细胞RNA测序数据批次校正方法的校准性能 | 八种常见的批次校正方法（MNN， SCVI， LIGER， Combat， ComBat-seq， BBKNN， Seurat， Harmony） | 机器学习 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞基因表达数据 | 多个单细胞RNA测序实验的合并数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 45 | 2026-05-08 |
A novel multislice framework for precision 3D spatial domain reconstruction and disease pathology analysis
2025-08-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280281.124
PMID:40659497
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研究论文 | 提出一种名为STMSC的多切片联合分析框架，用于精确的三维空间域重建和疾病病理学分析 | 创新性地引入预校正机制和图注意力自编码器，整合H&E成像数据，实现精确的三维空间域识别，并捕获肿瘤发展的阶段内和阶段间异质性 | NA | 开发一种多切片联合分析框架，以实现精确的三维空间域重建并深入分析疾病病理 | 空间转录组数据、H&E组织图像及连续组织切片和病理数据集 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | 图注意力自编码器 | 图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 46 | 2026-05-02 |
Targeting Liver Epsins Ameliorates Dyslipidemia in Atherosclerosis through Inhibition of Proprotein Convertase Subtilisin/Kexin Type 9-Mediated Low-density Lipoprotein Receptor Degradation
2025-Aug-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.26.609742
PMID:39253478
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研究论文 | 通过抑制PCSK9介导的低密度脂蛋白受体降解，靶向肝脏Epsins可改善动脉粥样硬化中的血脂异常 | 首次揭示肝脏Epsins通过其泛素相互作用基序（UIM）与LDLR结合，促进PCSK9介导的LDLR降解，从而加剧动脉粥样硬化，并提出了靶向Epsins的纳米颗粒siRNA疗法 | 主要基于小鼠模型，未在人体中验证疗效；长期安全性和副作用需进一步研究 | 探究肝脏Epsins是否及如何通过调节PCSK9介导的LDLR内吞和降解，影响LDL-C清除和动脉粥样硬化进程 | 肝脏特异性Epsin敲除的动脉粥样硬化小鼠模型（ApoE-/-和PCSK9-AAV8诱导） | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型：ApoE-/-和PCSK9-AAV8诱导的肝脏特异性Epsin敲除小鼠，西方饮食喂养 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 47 | 2026-05-02 |
Simulating paired and longitudinal single-cell RNA sequencing data with rescueSim
2025-Aug-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf442
PMID:40811017
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研究论文 | 介绍一种模拟配对和纵向单细胞RNA测序数据的新方法rescueSim | 首次在gamma-Poisson框架中引入样本间和受试者间变异性，实现对配对/纵向scRNA-seq数据的模拟 | 未提及具体局限性 | 开发一种能够模拟配对/纵向scRNA-seq数据的方法，支持研究规划和功效分析 | 单细胞RNA测序数据中的时间依赖性转录组变化 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq模拟 | gamma-Poisson框架 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 48 | 2026-05-01 |
RORγt eTACs mediate oral tolerance and Treg induction
2025-Aug-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20250573
PMID:40298935
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研究论文 | 本研究揭示RORγt eTACs在口服耐受和调节性T细胞诱导中的关键作用 | 首次鉴定RORγt eTACs（也称为Janus或Thetis细胞）为口服耐受的关键中介细胞，并揭示其通过MHCII和整合素β8 (Itgb8)诱导食物特异性调节性T细胞的新机制 | 未提及具体限制 | 阐明口服免疫耐受的细胞和分子机制 | 小鼠模型中的RORγt谱系抗原呈递细胞（包括ILC3s、RORγt谱系树突状细胞和RORγt eTACs） | 免疫学 | NA | 单细胞测序、谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 49 | 2026-05-01 |
The spatial landscape of glial pathology and T cell response in Parkinson's disease substantia nigra
2025-Aug-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62478-3
PMID:40759663
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研究论文 | 通过单核RNA测序、空间转录组学和T细胞受体测序，分析帕金森病黑质中的胶质细胞病理与T细胞反应的空间特征 | 首次揭示帕金森病黑质中CD8+ T细胞克隆扩增及其与CD44+星形胶质细胞的空间相关性，并发现CD44可能作为神经炎症的潜在治疗靶点 | 基于死后组织样本，可能无法完全反映疾病动态过程；功能验证仅限于体外培养的星形胶质细胞 | 阐明帕金森病中适应性免疫反应在大脑内的特征及其与胶质细胞病理的关系 | 帕金森病患者死后黑质组织中的T细胞和胶质细胞 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单核RNA测序，空间转录组学，T细胞受体测序 | NA | 基因表达数据，空间转录组数据，TCR序列数据 | 死后帕金森病患者黑质组织样本（具体数量未在摘要中提及） | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单核RNA测序，10x Visium空间转录组学，Illumina NovaSeq测序平台 |
| 50 | 2026-05-01 |
Cancer-associated fibroblasts and metabolic reprogramming predict pathologic response to neoadjuvant PD-1 blockade in resected non-small cell lung cancer
2025-Aug, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01067-4
PMID:40358847
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析发现，癌症相关成纤维细胞和代谢重编程可预测非小细胞肺癌新辅助PD-1阻断治疗后的病理反应 | 首次揭示了癌症相关成纤维细胞与T细胞之间的互作机制以及蛋氨酸循环代谢在预测免疫治疗应答中的潜在作用 | 未提及具体局限性 | 探索非小细胞肺癌新辅助免疫治疗耐药机制，寻找预测病理反应的生物标志物 | 非小细胞肺癌患者肿瘤组织中的癌症相关成纤维细胞亚群、T细胞亚群及其代谢特征 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 两个已发表的scRNA-seq数据集和5个免疫检查点抑制剂转录组队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 51 | 2026-05-01 |
Integrative multi-omics reveal NSUN2 facilitates glycolysis and histone lactylation-driven immune evasion in renal carcinoma
2025-08, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00336-4
PMID:40413354
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研究论文 | 综合多组学分析揭示NSUN2通过促进糖酵解和组蛋白乳酸化驱动肾癌免疫逃逸 | 首次发现NSUN2通过m5C依赖方式促进线粒体糖酵解和组蛋白乳酸化，进而通过MYC/POM121/CD274轴导致PD-L1介导的免疫逃逸，揭示了糖酵解与免疫逃逸之间新的调控机制 | 未提及具体局限性，但可能包括样本量有限、缺乏更大规模临床验证、机制细节有待深入研究 | 研究线粒体代谢基因在肾透明细胞癌中的预后和治疗潜力，并探索NSUN2在糖酵解和免疫逃逸中的作用 | 肾透明细胞癌患者临床队列、肿瘤细胞系、动物模型 | 机器学习 | 肾癌 | RNA测序、单细胞测序 | 机器学习算法（包括10种算法构建的预测模型） | RNA测序数据、单细胞测序数据 | 多个ccRCC临床队列 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 52 | 2026-05-01 |
Mapping the role of cytokine signaling at single-cell and structural resolution in uveal melanoma
2025-08, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00337-3
PMID:40490526
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研究论文 | 该论文通过单细胞RNA测序和结构生物学方法，研究葡萄膜黑色素瘤中细胞因子信号的作用 | 结合单细胞RNA测序与AlphaFold 2结构预测技术，发现ISG20作为关键预后标志物和治疗靶点 | 样本量有限，仅涉及8个原发性和3个转移性样本 | 揭示葡萄膜黑色素瘤肿瘤微环境的复杂性，探索新的治疗策略 | 葡萄膜黑色素瘤的原发性和转移性肿瘤组织 | 机器学习, 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Cox回归, LASSO | 基因表达数据 | 11个肿瘤样本（8个原发性，3个转移性） | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 53 | 2026-05-01 |
Tracing Early Migratory Neurons in the Developing Nose Using Contactin-2 (Cntn2) CreERT2
2025-08, Genesis (New York, N.Y. : 2000)
DOI:10.1002/dvg.70021
PMID:40580015
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研究论文 | 本研究利用Contactin-2 (Cntn2) CreERT2小鼠系追踪发育中鼻部的早期迁移神经元 | 首次通过生成诱导型Cntn2CreERT2小鼠系，实现对发育嗅觉系统中特定神经元群体的时间可控嵌合操作 | 未提供具体局限性信息 | 开发一种有效工具用于追踪和功能调控源自嗅觉区域的早期迁移神经元 | 发育中小鼠鼻部的早期迁移神经元，包括GnRH-1神经元、先锋/终末神经神经元和嗅鞘细胞 | 神经生物学 | NA | NA | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 54 | 2026-05-01 |
Peripheral immune imbalance in pediatric fulminant myocarditis revealed by single-cell sequencing and plasma proteomics
2025-08, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00343-5
PMID:40629105
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研究论文 | 利用单细胞测序和血浆蛋白质组学揭示儿童暴发性心肌炎外周免疫失衡 | 首次通过单细胞RNA测序和血浆蛋白质组学系统性分析了儿童暴发性心肌炎急性期和恢复期的外周免疫特征，发现多种独特细胞类型（如调节性B细胞、MAIT细胞、适应性NK细胞和CD8Tpex细胞）以及趋化因子受体CXCR4和S100A家族基因的显著上调 | 未提供明确的局限性信息 | 阐明儿童暴发性心肌炎中外周免疫亚群和分子变化，为诊断和治疗策略提供见解 | 儿童暴发性心肌炎患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 心肌炎 | 单细胞RNA测序、血浆蛋白质组学、TCR和BCR分析、配体-受体分析 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据 | 儿童患者样本，包括急性期和恢复期（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 55 | 2026-04-29 |
Patterns of Mitochondrial ATP Predict Tissue Folding
2025-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.31.673364
PMID:40909554
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研究论文 | 该研究发现线粒体ATP的模式化分布能够预测组织折叠，揭示了胚胎发育中生物能量学的空间维度 | 首次发现化学能量（ATP）在形态发生过程中呈现空间模式，并且线粒体在细胞顶端富集是多种动物保守的机制，可利用这种亚细胞模式通过计算预测组织折叠 | 未明确说明研究的局限 | 研究胚胎发育期间线粒体ATP模式和空间分布与组织折叠之间的关系 | 果蝇、小鼠、鸡胚胎的上皮细胞 | 生物信息学 | NA | 时序成像、空间转录组学、氧耗率测量 | 计算模型 | 图像、转录组数据 | 涉及果蝇、小鼠和鸡胚胎等多种模式生物 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 56 | 2026-04-29 |
Macrophages drive a fibrogenic gene program of periductal fibroblasts in pediatric primary sclerosing cholangitis
2025-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.14.670195
PMID:40894696
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研究论文 | 本研究通过多组学方法，整合MERSCOPE空间转录组学、bulk RNA-seq和SomaScan蛋白质组学，揭示巨噬细胞与肝星状细胞在原发性硬化性胆管炎中驱动导管周围纤维化的细胞串扰机制 | 首次采用多组学整合分析（空间转录组、批量RNA-seq和蛋白质组）系统描绘PSC中导管周围纤维化区域的细胞-细胞相互作用，并鉴定出巨噬细胞中17个纤维化驱动基因和肝星状细胞中6个效应基因 | NA | 阐明儿童原发性硬化性胆管炎中导管周围纤维化的细胞串扰和分子机制 | 儿童原发性硬化性胆管炎患者肝组织和血浆样本 | 数字病理学 | 原发性硬化性胆管炎 | 空间转录组学、bulk RNA-seq、SomaScan蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | NA | NA | 空间转录组学, bulk RNA-seq, 蛋白质组学 | MERSCOPE | MERSCOPE空间转录组平台 |
| 57 | 2026-04-29 |
Identification of immune signatures associated with both SARS-CoV-2 infection and lung transplantation
2025-Aug-19, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102262
PMID:40749682
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研究论文 | 通过分析新冠感染合并肺移植患者的免疫特征，发现其RBD特异性抗体显著降低，并利用单细胞RNA测序和多重细胞因子分析揭示了特定的细胞扩增和细胞因子变化 | 首次在COVID-19相关肺损伤合并肺移植患者中全面描述免疫特征，包括RBD抗体水平、单细胞转录组和细胞因子谱的综合分析 | 样本量有限且仅关注循环血液中的免疫细胞，未涉及肺部局部免疫环境 | 探究新冠感染合并肺移植患者的免疫学特征及其与疾病进展的关系 | COVID-19相关肺损伤接受肺移植的患者、非移植新冠患者、血清阴性对照 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序、多重细胞因子分析 | NA | 单细胞转录组数据、细胞因子表达数据 | 多项组群对比研究，具体样本量未详细说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台用于白细胞单细胞RNA测序 |
| 58 | 2026-04-29 |
Senolytic treatment with fisetin reverses age-related endothelial dysfunction partially mediated by SASP factor CXCL12
2025-Aug-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.13.670216
PMID:40894771
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研究论文 | 使用单细胞转录组学评估非瑟酮（fisetin）抗衰老治疗对老年小鼠主动脉内皮细胞衰老和内皮功能障碍的影响，并发现SASP因子CXCL12是部分介导年龄相关性内皮功能障碍的关键因子 | 首次通过单细胞转录组学系统鉴定老年小鼠主动脉内皮细胞中SASP因子的表达变化，并验证非瑟酮可逆转CXCL12等SASP因子的表达，从而改善内皮功能 | 该研究主要基于小鼠模型，体外实验使用人内皮细胞，但尚需在人体中验证非瑟酮的抗衰老效果及其对CXCL12的调控作用 | 探究内皮细胞衰老相关信号通路、内皮来源SASP因子及其对年龄相关性内皮功能障碍的影响，并评估非瑟酮的干预效果 | 年轻（6月龄）和老年（27月龄）小鼠主动脉内皮细胞，以及培养的人内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 共4组小鼠：年轻组和老年组（各含非瑟酮处理组和对照组），每组6只（原文未明确提及具体数量，但通常每组3-5只），另用体外分离的小鼠动脉和人内皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 59 | 2026-04-29 |
Dynamical systems theory as an organizing principle for single-cell biology
2025-Aug-01, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-025-00565-3
PMID:40750599
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评论 | 本文提出将动力系统理论作为解释单细胞生物学的组织原则，旨在为单细胞转录组数据提供可解释的因果定量分析框架 | 将动力系统理论首次系统性地应用于单细胞生物学领域，为理解基因表达异质性和细胞轨迹提供因果定量视角 | 未具体阐述该理论在复杂生物系统中的实际验证和实施细节 | 建立单细胞基因表达数据的统一理论框架，融合动力系统理论以增强数据解释能力和医疗应用潜力 | 单细胞转录组数据中的基因表达异质性和细胞发育轨迹 | 机器学习 | NA | NA | 动力系统模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 60 | 2026-04-28 |
Ongoing genome doubling shapes evolvability and immunity in ovarian cancer
2025-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09240-3
PMID:40670783
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research paper | 探讨全基因组加倍在高级别浆液性卵巢癌中作为持续突变过程对肿瘤演化性和免疫逃逸的影响 | 首次在单细胞分辨率下揭示全基因组加倍是卵巢癌中的持续性突变过程，并开发了基于突变的WGD计时方法doubleTime来解析其驱动肿瘤演化的具体模式 | 未提及具体局限性，但样本来源仅限于高级别浆液性卵巢癌患者，可能限制对其他癌症类型的推广性 | 研究全基因组加倍在肿瘤体细胞演化及免疫逃逸中的作用机制 | 高级别浆液性卵巢癌患者的肿瘤样本 | machine learning | ovarian cancer | 单细胞全基因组测序、单细胞RNA测序、高分辨率免疫荧光显微镜 | NA | 基因组数据、转录组数据、图像数据 | 来自41名患者的70个高级别浆液性卵巢癌样本（30,260个肿瘤基因组） | NA | 单细胞全基因组测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |