单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-06-21	Investigating the potential risk of cadmium exposure on Osteoporosis: An integrated multi-omics approach 2025-Aug, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118502 PMID:40517505	研究论文	本研究通过整合多组学方法探讨镉暴露对骨质疏松症的潜在风险	采用多组学数据分析、单细胞RNA测序、孟德尔随机化等多种方法，揭示了镉暴露与骨质疏松症的关系，并发现HMOX1作为潜在治疗靶点	研究主要基于NHANES的横断面分析，可能无法完全确定因果关系	探讨镉暴露在骨质疏松症发病机制中的作用	骨质疏松症患者及镉暴露相关基因	生物信息学	骨质疏松症	多组学分析、单细胞RNA测序、孟德尔随机化、分子对接、分子动力学模拟	机器学习	多组学数据	NA
502	2025-06-21	Single-cell RNA sequencing analysis of intrahepatic cholangiocarcinoma reveals SPP1 facilitates disease progression via interaction with CD4+ T cells 2025-Aug, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2025.15135 PMID:40535101	研究论文	通过单细胞RNA测序分析肝内胆管癌，揭示SPP1通过与CD4+ T细胞相互作用促进疾病进展	首次使用单细胞RNA测序技术探索肝内胆管癌肿瘤微环境的异质性，并发现SPP1-CD44轴在肿瘤细胞与免疫细胞相互作用中的关键作用	研究未涉及SPP1-CD44轴的具体作用机制，且样本量有限	探究肝内胆管癌肿瘤微环境中CD4 T细胞的作用及其与肿瘤进展的关系	肝内胆管癌肿瘤微环境中的CD4 T细胞和肿瘤细胞	肿瘤免疫学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
503	2025-06-11	Progress in single-cell sequencing of retinal vein occlusion or ischemic hypoxic retinopathy 2025-Aug, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110436 PMID:40414336	综述	本文综述了单细胞测序技术在视网膜静脉阻塞（RVO）和缺血性缺氧性视网膜病变（IHR）研究中的最新进展	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术揭示视网膜血管疾病的细胞和分子异质性，探索整合snRNA-seq、空间转录组学和多组学方法以增强视网膜反应的空间和时间映射	当前挑战包括样本保存、视网膜细胞类型注释和跨物种翻译	为临床医生和研究人员提供视网膜缺血性疾病单细胞分析前沿领域的全面更新	视网膜静脉阻塞（RVO）和缺血性缺氧性视网膜病变（IHR）	数字病理学	视网膜疾病	scRNA-seq, snRNA-seq, 空间转录组学, 多组学方法	NA	RNA测序数据	NA
504	2025-06-10	Endothelial Nrf2 deficiency promotes atherosclerotic lesion formation by shaping a proinflammatory niche 2025-Aug-15, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123725 PMID:40404122	research paper	研究探讨了内皮细胞中Nrf2缺乏如何通过促炎性微环境促进动脉粥样硬化斑块形成	揭示了内皮细胞Nrf2缺乏如何通过改变细胞间通讯和促炎性因子分泌促进动脉粥样硬化	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究内皮细胞Nrf2在动脉粥样硬化中的细胞特异性作用和细胞间通讯机制	小鼠主动脉内皮细胞和动脉粥样硬化斑块	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 组织学分析	Nrf2Cdh5tKO小鼠模型	基因表达数据, 组织学数据	Nrf2Cdh5tKO小鼠和对照Nrf2flox/flox小鼠
505	2025-06-10	Single-cell transcriptomics and metabolomics reveal the potential role of ASRGL1 in metabolic reprogramming and invasion of nasopharyngeal carcinoma cells 2025-08, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2025.106788 PMID:40320045	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和代谢组学分析，探讨了ASRGL1在鼻咽癌细胞代谢重编程和侵袭中的潜在作用	首次揭示了ASRGL1在鼻咽癌中的表达特征及其对细胞代谢和侵袭的影响	研究主要基于体外细胞实验，缺乏体内实验验证	探究ASRGL1在鼻咽癌中的功能角色及其作为诊断标志物和治疗靶点的潜力	鼻咽癌细胞系C666-1	癌症研究	鼻咽癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、氨基酸代谢组学、GC-MS顶空代谢组学	NA	转录组数据、代谢组数据	公开数据集GSE150430及C666-1细胞系
506	2025-06-09	mitoXplorer 3.0, A Web Tool for Exploring Mitochondrial Dynamics in Single-cell RNA-seq Data 2025-Aug-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169004 PMID:40133780	研究论文	介绍了一个名为mitoXplorer 3.0的网页工具，用于在单细胞RNA测序数据中探索线粒体动态	mitoXplorer 3.0新增了针对单细胞测序数据的分析功能，包括生成仅包含线粒体相关基因的单细胞表达矩阵，以及基于线粒体基因的细胞亚群分析	未明确提及具体限制，但可能受限于单细胞RNA测序数据的质量和覆盖度	探索线粒体在不同细胞类型及同一细胞类型内的动态变化	线粒体在单细胞水平上的功能和动态	生物信息学	脊髓小脑共济失调1型(SCA1)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但包括SCA1研究中的单细胞转录组数据
507	2025-06-09	TCREMP: A Bioinformatic Pipeline for Efficient Embedding of T-cell Receptor Sequences from Immune Repertoire and Single-cell Sequencing Data 2025-Aug-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169205 PMID:40368275	研究论文	介绍了一个名为TCREMP的生物信息学流程，用于从免疫库和单细胞测序数据中高效嵌入T细胞受体序列	开发了TCREMP流程，通过原型对TCR氨基酸序列进行数字化，为比较分析提供参考点，并有助于解码抗原特异性预测	NA	改进TCR测序数据的处理，并利用其追踪抗原特异性	T细胞受体（TCR）序列	生物信息学	NA	高通量测序，单细胞测序	NA	序列数据	NA
508	2025-06-07	Immune-endothelial cell crosstalk in hepatic endothelial injury of liver fibrotic mice 2025-Aug-05, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177730 PMID:40374060	研究论文	本研究探讨了肝纤维化中肝内皮细胞损伤的机制及细胞间通讯的潜在调控通路	揭示了肝内皮细胞与免疫细胞之间的细胞通讯机制，特别是通过Ptprc-Mrc1和Sell-Podxl信号通路维持肝纤维化过程中的细胞相互作用	研究仅使用了C57BL/6雄性小鼠模型，可能不适用于其他物种或性别	探索肝纤维化中肝内皮细胞损伤的机制及细胞间通讯的调控通路	C57BL/6雄性小鼠的肝内皮细胞和免疫细胞	肝脏病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、扫描电子显微镜（SEM）、PCR技术	NA	基因表达数据、显微图像	24,534个细胞，聚类为10个主要细胞亚群
509	2025-06-07	Transcriptional profile and quantitative proteomics revealed NGF-p75NTR-associated synaptic plasticity and heterogeneity for diabetic encephalopathy and the potential role of CoQ10 for diabetic induced cognitive deficits in mice 2025-Aug, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167823 PMID:40185338	research paper	该研究通过转录组和定量蛋白质组学揭示了NGF-p75NTR相关的突触可塑性和糖尿病脑病的异质性，并探讨了CoQ10在糖尿病诱导认知缺陷中的潜在作用	首次研究了DICD相关及CoQ10处理的蛋白质组变化，以及DICD与对照组之间的异质性变化，并发现NGF-p75NTR信号通路显著参与突触可塑性调节	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床中进行验证	探讨CoQ10在糖尿病诱导认知缺陷（DICD）中的细胞和分子特征及其潜在作用	糖尿病脑病（DE）和糖尿病诱导认知缺陷（DICD）小鼠模型	digital pathology	diabetic encephalopathy	TMT-based quantitative proteomics, scRNA-sequencing, Western blotting	NA	proteomics data, transcriptomics data	小鼠模型（具体数量未明确说明）
510	2025-06-07	CTLA4 modulates B cell receptor signals to inhibit HBsAb secretion in chronic hepatitis B patients 2025-Aug, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167848 PMID:40279930	研究论文	本研究探讨了CTLA4在慢性乙型肝炎(CHB)患者B细胞中对HBsAb分泌的抑制作用及其机制	首次揭示了CTLA4通过结合SHP-1抑制Jak-STAT和B细胞受体信号通路，从而影响HBsAb分泌的新机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，需要进一步临床验证	探索CHB患者B细胞功能缺陷的分子机制及潜在治疗靶点	慢性乙型肝炎患者的B细胞	免疫学	慢性乙型肝炎	单细胞RNA测序	HBV小鼠模型	RNA测序数据	CHB患者外周和肝脏HBsAg特异性B细胞
511	2025-06-07	DSG2 attenuates gemcitabine efficacy through PTX3 in lung adenocarcinoma 2025-Aug, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167881 PMID:40316058	研究论文	本研究探讨了DSG2在肺腺癌中对吉西他滨疗效的影响及其通过PTX3介导的机制	首次揭示了DSG2通过PTX3/NFκB/STAT3通路介导吉西他滨耐药的新机制	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探究DSG2在肺腺癌中对吉西他滨疗效的影响机制	肺腺癌细胞和组织	肿瘤学	肺腺癌	单细胞测序、KEGG和GSEA多组学数据库分析、体外实验	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	TCGA数据库中的肺腺癌组织样本
512	2025-06-07	Fenofibrate inhibits activation of cGAS-STING pathway by alleviating mitochondrial damage to attenuate inflammatory response in diabetic dry eye 2025-Aug-01, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.05.383 PMID:40339725	research paper	本研究探讨了cGAS-STING信号通路在糖尿病干眼症(DDE)中的作用，并研究了非诺贝特通过减轻线粒体损伤抑制该通路的治疗效果及机制	首次揭示了cGAS-STING信号通路在DDE发病机制中的关键作用，并发现非诺贝特通过减轻线粒体损伤抑制该通路的新治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未进行人体临床试验	探究cGAS-STING信号通路在DDE中的作用及非诺贝特的治疗机制	糖尿病干眼症(DDE)小鼠模型和永生化人角膜上皮细胞(HCE-T)	分子生物学	糖尿病干眼症	单细胞RNA测序(scRNA-Seq), 基因表达综合数据库(GEO)分析	STZ诱导的DDE小鼠模型	RNA测序数据, 细胞实验数据	未明确说明样本数量，使用了GEO数据库数据和实验动物模型
513	2025-06-06	Activated Schwann cells promote tumor growth in colon cancer 2025-Aug-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217791 PMID:40349909	research paper	该研究揭示了激活的雪旺细胞在结肠癌中的关键作用及其通过c-Jun依赖的机制促进肿瘤生长的过程	首次详细描述了雪旺细胞在结肠癌微环境中的激活机制及其通过c-Jun依赖的方式促进肿瘤生长的作用	研究主要基于体外和动物模型，临床样本的验证仍需进一步扩大	探究雪旺细胞在结肠癌进展中的作用及其潜在的治疗靶点	结肠癌组织中的雪旺细胞及其与肿瘤细胞、成纤维细胞的相互作用	肿瘤生物学	结肠癌	单细胞RNA测序、共培养实验、基因敲除	NA	基因表达数据、临床样本数据	结肠癌组织样本与正常组织样本的比较
514	2025-06-06	Decipher the single-cell level responses to chemotherapy in pancreatic ductal adenocarcinoma by a cross-time context graph model 2025-Aug-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217751 PMID:40294840	研究论文	通过跨时间上下文图模型解析胰腺导管腺癌中单细胞水平对化疗的反应	提出了一种可扩展的双层图模型scConGraph，用于整合跨时间上下文信息，揭示了干细胞特性和内质网应激对内在耐药性的贡献，以及癌细胞通过激活细胞周期、进入静止状态或诱导上皮-间质转化来获得耐药性的机制	研究基于PDX模型，可能无法完全反映人体内的复杂情况	研究胰腺导管腺癌对吉西他滨化疗的耐药机制	胰腺导管腺癌(PDAC)患者来源的异种移植(PDX)模型	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	scConGraph(双层图模型)	单细胞RNA测序数据	NA
515	2025-06-03	Paricalcitol plus hydroxychloroquine enhances gemcitabine activity and induces mesenchymal to epithelial transition in pancreatic ductal adenocarcinoma: A single cell RNA-seq analysis 2025-Aug-10, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217809 PMID:40409452	研究论文	本研究探讨了帕立骨化醇、羟氯喹与吉西他滨联合治疗对胰腺导管腺癌中上皮-间质转化（EMT）的影响	首次在单细胞RNA测序水平上揭示了GPH联合治疗通过下调纤维连接蛋白（Fn1）和相关信号通路减少EMT的分子机制	研究仅基于KPC-Luc小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索针对胰腺导管腺癌EMT过程的新型联合治疗方案	KPC-Luc原位小鼠模型中的胰腺导管腺癌细胞	肿瘤学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）、细胞间通讯分析	KPC-Luc小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本量（基于KPC-Luc小鼠模型）
516	2025-05-30	Landscape of spatial disruption of homeostasis in the middle temporal gyrus of epileptic patients 2025-Aug-01, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2025.149688 PMID:40350141	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）技术，探讨癫痫患者中颞回（MTG）的细胞和空间稳态破坏	结合单细胞和空间转录组数据，揭示了癫痫患者中颞回的细胞层特异性基因表达模式和空间动态变化，并识别了与空间稳态破坏相关的关键基因	NA	阐明癫痫患者中颞回的细胞和空间稳态破坏机制	癫痫患者的中颞回（MTG）组织	神经科学	癫痫	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	空间转移张量（STT）算法	基因表达数据、空间转录组数据	NA
517	2025-05-25	NR2F2 and its contribution to lymph node metastasis in oral squamous cell carcinoma 2025-Aug, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111814 PMID:40262715	研究论文	探讨NR2F2在口腔鳞状细胞癌淋巴结转移中的作用及其与肿瘤干细胞特性的关系	首次将NR2F2与口腔鳞状细胞癌的淋巴结转移联系起来，并揭示其在肿瘤干细胞亚群中的关键作用	研究主要基于细胞和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	研究NR2F2在口腔鳞状细胞癌淋巴结转移中的分子机制	口腔鳞状细胞癌患者样本、肿瘤细胞系和动物模型	肿瘤生物学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光、Western blot、功能实验、体内实验	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、影像数据	未明确说明患者样本数量，包含细胞系和动物模型
518	2025-05-25	Atlas of temporal molecular pathological alterations after traumatic brain injury based on RNA-Seq 2025-Aug, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115270 PMID:40268159	研究论文	该研究通过RNA测序技术，系统描绘了创伤性脑损伤（TBI）后不同时间点的分子病理变化图谱	首次利用RNA-seq和WGCNA方法，全面揭示了TBI进展过程中时间依赖性的分子病理变化，并重点分析了细胞焦亡在神经炎症过程中的关键作用	研究仅使用了C57/BL6小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	揭示创伤性脑损伤后时间依赖性的分子病理变化机制	C57/BL6小鼠脑组织	生物信息学	创伤性脑损伤	RNA-seq, WGCNA, RT-qPCR, Western blot, 免疫荧光	WGCNA, Mfuzz	RNA测序数据	C57/BL6小鼠在10个时间点（0h至7d）的脑组织样本
519	2025-05-15	The role of lactate metabolism in retinoblastoma tumorigenesis and ferroptosis resistance 2025-Aug, Tissue & cell IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.tice.2025.102893 PMID:40188688	研究论文	本研究探讨了乳酸代谢在视网膜母细胞瘤肿瘤发生和抗铁死亡中的作用	首次揭示了乳酸代谢通过上调MCT1促进视网膜母细胞瘤细胞存活和抗铁死亡的新机制	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床样本验证不足	阐明乳酸代谢相关基因表达谱对视网膜母细胞瘤发生和抗铁死亡的影响	视网膜母细胞瘤细胞系和患者组织样本	肿瘤代谢	视网膜母细胞瘤	单细胞RNA测序	小鼠异种移植模型	转录组数据	患者视网膜组织和视网膜母细胞瘤组织的单细胞RNA测序数据
520	2025-05-12	Revealing NAPSA's role in ccRCC: Insights from single-cell RNA sequencing 2025-Aug-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149478 PMID:40194687	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了NAPSA在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的表达特征及其潜在作用	首次在单细胞水平上研究了NAPSA在ccRCC中的表达模式及其与肿瘤微环境的相互作用	样本量较小(7个肿瘤样本和2个正常样本)，且需要进一步实验验证NAPSA的具体作用机制	探索NAPSA在ccRCC中的分子特征及其临床意义	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)组织和细胞系	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	7个肿瘤样本和2个正常样本