单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-07-25	Rethinking eco-evo studies of gene expression for non-model organisms in the genomic era 2025-Aug, Molecular ecology IF:4.5Q1 DOI:10.1111/mec.17378 PMID:38721834	perspective	探讨基因组时代下非模式生物基因表达研究的生态与进化研究新方向	提出利用长读长测序和单细胞RNA测序技术解决传统RNA测序在非模式生物研究中的局限性	未具体说明技术应用中的实际挑战或数据解读难度	推动生态基因组学中基因表达研究的精度与深度	非模式生物的基因表达	生态基因组学	NA	长读长测序(long-read sequencing), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
442	2025-07-25	NFATc1 Fosters Allergic Contact Dermatitis Responses by Enhancing the Induction of IL-17-Producing CD8 Cells 2025-Aug, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.11.014 PMID:39733935	研究论文	本文研究了NFATc1在过敏性接触性皮炎中对IL-17产生的CD8 T细胞（Tc17细胞）的诱导作用	揭示了NFATc1在调控CD8 T细胞向Tc17细胞分化中的关键作用，并提出了NFATc1作为减轻CD8 T细胞介导的过敏反应的潜在靶点	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究NFATc1在过敏性接触性皮炎中的作用机制	小鼠模型中的CD8 T细胞	免疫学	过敏性接触性皮炎	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	野生型小鼠和Nfatc1xCd4-cre小鼠
443	2025-07-25	Long-Term High-Fat Diet Affected Bone Marrow Microenvironment During Aging at Single-Cell Resolution 2025-Aug, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70276 PMID:40692664	研究论文	本研究通过单细胞分辨率探讨了长期高脂饮食对衰老过程中骨髓微环境的影响	揭示了长期高脂饮食导致骨髓微环境中成骨向成脂转变的机制，并发现了骨髓与大脑之间可能的信号交流轴	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明长期高脂饮食如何影响衰老过程中的骨髓和实体器官	衰老小鼠的骨髓微环境	生物医学	骨质疏松症	单细胞转录组学	LHA小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
444	2025-07-24	Induction of host genes by nested genes during C. elegans development 2025-Aug-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113021 PMID:40686608	研究论文	本研究分析了在胚胎发育过程中，相反嵌套配置的基因组拓扑结构对转录的影响	揭示了嵌套基因如何影响其宿主基因的表达，特别是在神经元中诱导宿主基因的短版本转录	研究仅关注了线虫的胚胎发育，未涉及其他生物或发育阶段	探究相反嵌套配置的基因对宿主基因转录的影响	线虫（C. elegans）的胚胎发育	基因组学	NA	CRISPR基因组工程、单分子FISH、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	数百个蛋白质编码基因的相反嵌套配置，覆盖线虫胚胎发育的单细胞RNA-seq数据
445	2025-07-24	Unraveling asthma through single-cell RNA sequencing in understanding disease mechanisms 2025-Aug, The Journal of asthma : official journal of the Association for the Care of Asthma DOI:10.1080/02770903.2025.2472358 PMID:40014380	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的基本原理及其在哮喘研究中的应用，旨在增进对哮喘病理生理学的理解并指导未来研究方向	利用scRNA-seq技术揭示了哮喘中免疫细胞亚型的多样性及其在疾病发病机制中的特定作用，为靶向治疗策略的开发提供了理论基础	数据整合方法需要进一步优化，当前发现的临床适用性有限，未来研究应关注这些限制的克服、细胞类型注释的改进以及纵向和临床数据的纳入	阐明scRNA-seq的基本原理并总结其在哮喘研究中的应用，以增进对哮喘病理生理学的理解	哮喘的细胞类型异质性及其功能状态，特别是免疫细胞和气道重塑	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
446	2025-07-24	A robust diagnostic model for high-risk MASH: integrating clinical parameters and circulating biomarkers through a multi-omics approach 2025-Aug, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-025-10792-9 PMID:40205303	研究论文	本研究通过多组学方法开发了一个用于高风险MASH的稳健诊断模型	整合了循环生物标志物和临床参数，开发了ABD-LTyG预测模型，并在独立队列中验证了其效能	样本量相对较小，且仅在特定队列中验证	开发一个用于高风险MASH的诊断模型	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)患者	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	蛋白质组学分析、转录组分析、scRNA-seq、免疫荧光双标记、LASSO回归	ABD-LTyG模型	蛋白质组数据、转录组数据、单细胞数据、临床数据	发现队列144人，验证队列171人
447	2025-07-24	Single-cell transcriptomic profiling reveals dysregulation of B-cell subset function in patients with chronic hepatitis B 2025-Aug, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-025-10846-y PMID:40489024	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了慢性乙型肝炎患者B细胞亚群功能的失调	首次在慢性乙型肝炎患者中鉴定了肝脏组织中富集的非典型B细胞(ABC)和FCRL1+ B细胞亚群，并揭示了它们在免疫耐受和免疫激活阶段的不同基因表达特征	样本量相对较小，特别是慢性恢复期患者仅有3例	研究乙型肝炎病毒(HBV)感染不同阶段B细胞亚群的免疫学特征及其临床意义	25名个体的46份肝脏和血液样本中的23,967个B细胞(包括1,677个浆细胞)	免疫学	乙型肝炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	25名个体(6名健康对照，6名免疫耐受期，6名免疫激活期，4名急性恢复期，3名慢性恢复期)，另有验证队列38名个体
448	2025-07-24	Bone marrow tumor microenvironment profiling predicts distinct immunosuppressive phenotypes and immunotherapy potential in AML patients 2025-Aug, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2025.118287 PMID:40555045	研究论文	该研究通过分析急性髓性白血病（AML）的骨髓微环境，预测了不同的免疫抑制表型及其免疫治疗潜力	提出了基于13基因和16基因的多基因标记物来区分AML的不同免疫表型，并通过单细胞RNA测序和共培养实验验证了这些标记物	研究结果需要在大规模临床样本中进一步验证	探索AML的免疫微环境特征及其对免疫治疗的影响	成人及儿童AML患者样本和AML细胞系	肿瘤免疫学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序、xCell算法、TIDE分析、共培养实验	NA	RNA测序数据、单细胞数据	成人及儿童AML患者队列和AML细胞系
449	2025-07-23	Identification of hemocyte types and characterization of their immune function in the house fly based on morphological observation and single-cell RNA sequencing 2025-Aug, Insect biochemistry and molecular biology IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.ibmb.2025.104358 PMID:40617446	研究论文	本研究结合形态学观察和单细胞RNA测序技术，对家蝇幼虫的血细胞类型及其免疫功能进行了分类和功能分析	首次在家蝇幼虫中鉴定出五种血细胞类型，并基于形态学、流式细胞术和基因表达谱分析了它们的免疫功能	研究仅针对家蝇幼虫，未涉及其他发育阶段或其他昆虫物种的血细胞比较	深入了解家蝇的免疫机制	家蝇幼虫的血细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 形态学观察, 流式细胞术	NA	基因表达数据, 图像数据	家蝇幼虫血细胞样本
450	2025-07-23	Resolvin D1-mediated cellular crosstalk protects against MASH 2025-Aug, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101454 PMID:40671835	研究论文	本研究探讨了resolvin D1（RvD1）在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）中的作用及其机制	揭示了RvD1通过减轻内质网应激介导的细胞凋亡，减少肝细胞死亡和DAMP产生，从而抑制Kupffer细胞、T细胞和肝星状细胞的激活，为MASH治疗提供了新的机制见解	研究中使用的样本量相对较小（小鼠n=4-6，人类n=9-10），可能影响结果的普遍性	确定RvD1介导的细胞间通讯在MASH中的作用和机制	小鼠和人类MASH模型中的肝细胞、Kupffer细胞、T细胞和肝星状细胞	肝脏疾病研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	bulk RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、共培养实验	NA	RNA测序数据、细胞培养数据	小鼠n=4-6，人类n=9-10
451	2025-07-22	Single-cell transcriptomic profiling uncovers cellular complexity and microenvironment in gastric tumorigenesis associated with Helicobacter pylori 2025-Aug, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.10.012 PMID:39414226	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了幽门螺杆菌相关胃癌发生过程中的细胞复杂性和微环境变化	首次构建了涵盖胃炎、肠上皮化生和胃癌的单细胞图谱，揭示了幽门螺杆菌阳性样本中特异的细胞间通讯网络	样本量相对较小(18例)，验证队列需要进一步扩大	阐明幽门螺杆菌驱动的胃癌发生过程中的细胞异质性和分子机制	人类胃组织样本(胃炎、肠上皮化生和胃癌)	单细胞组学	胃癌	scRNA-seq, 免疫荧光, 免疫组化, qRT-PCR, 生物信息学分析	NA	单细胞转录组数据	18例胃组织标本(胃炎/肠上皮化生/胃癌)
452	2025-07-22	Derlin-3 manipulates the endoplasmic reticulum stress and IgG4 secretion of plasma cells in lung adenocarcinoma 2025-Aug, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03435-8 PMID:40369338	研究论文	本研究探讨了Derlin-3在肺腺癌肿瘤微环境中通过内质网应激调控浆细胞IgG4分泌的机制	首次揭示了Derlin-3通过Hrd1/p38/PRDM1通路调控浆细胞内质网应激和IgG4分泌的分子机制，并发现其与M2型巨噬细胞极化的关联	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明Derlin-3在肺腺癌肿瘤微环境中的免疫调控功能	肺腺癌组织、B淋巴细胞（特别是浆细胞）和巨噬细胞	肿瘤免疫学	肺腺癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据、组织样本	NA（文中未明确说明具体样本数量）
453	2025-07-22	TREM-1 as a potential biomarker for malignant transformation risk in oral leukoplakia: Insights from bioinformatics and dual immunofluorescence analysis 2025-Aug, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.156088 PMID:40555060	研究论文	本研究通过生物信息学和双重免疫荧光分析探讨TREM-1在口腔白斑(OLK)恶性转化中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	首次将TREM-1与OLK恶性转化风险联系起来，并通过单细胞RNA测序确定巨噬细胞是主要的TREM-1表达细胞	虽然TREM-1表达与恶性转化显著相关，但Cox回归未能确认这一关联	探索TREM-1在OLK恶性转化中的作用机制并评估其作为预后生物标志物的潜力	口腔白斑(OLK)患者组织样本(69例OLK和63例对照组织)	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序, 双重免疫荧光分析	Cox回归模型, Kaplan-Meier分析	基因表达数据, 组织图像数据	69例OLK组织和63例对照组织
454	2025-07-21	Chemokine CCL12 in trigeminal ganglion contributes to CFA-induced mechanical allodynia in mice 2025-Aug-06, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.06.026 PMID:40517940	研究论文	本研究探讨了CCL12在三叉神经节中对CFA诱导的小鼠机械性痛觉过敏的作用	首次揭示CCL12通过促进巨噬细胞浸润及IL-6和TNF-α的产生，在CFA诱导的口面部痛觉过敏中发挥作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究CCL12在慢性炎症性疼痛中的作用机制	小鼠三叉神经节及脊髓三叉神经尾侧核	神经科学	慢性疼痛	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光、腺相关病毒(AAV)干扰	小鼠CFA诱导的口面部疼痛模型	基因表达数据、行为学数据	未明确提及具体样本量，使用小鼠模型
455	2025-07-21	Subtypes of tumor-associated neutrophils and their roles in cancer immunotherapy 2025-Aug, Critical reviews in oncology/hematology DOI:10.1016/j.critrevonc.2025.104763 PMID:40334802	综述	本文总结了肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在癌症免疫治疗中的亚型及其作用	通过单细胞测序技术揭示了TANs的广泛亚型，并探讨了促肿瘤和抗肿瘤亚群之间的区别与共性	目前缺乏全面的TANs分类系统	探讨TANs在癌症免疫治疗中的亚型及其功能	肿瘤相关中性粒细胞（TANs）	肿瘤免疫学	癌症	单细胞测序	NA	NA	NA
456	2025-07-21	Piezo1 regulates fibrocartilage stem cell in cartilage growth and osteoarthritis 2025-Aug, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.04.013 PMID:40345612	研究论文	探讨Piezo1在软骨生长和骨关节炎中对纤维软骨干细胞（FCSC）的调控作用	首次揭示Piezo1作为机械敏感离子通道在颞下颌关节（TMJ）软骨发育和骨关节炎中的关键作用，并证明其在病理条件下的保护性功能	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用有限，且未深入探讨Piezo1的具体分子机制	研究Piezo1在颞下颌关节软骨发育和骨关节炎中的作用及其潜在治疗价值	人类颞下颌关节样本和小鼠模型	骨科学	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、条件性基因敲除（CKO）、组织学和免疫组织化学分析	Gli1-CreERT2; Piezo1fl/fl 条件性敲除小鼠	基因表达数据、组织学图像	人类TMJ样本和小鼠模型（具体数量未明确说明）
457	2025-07-21	Macrophage heterogeneity in autoimmune diseases 2025-Aug, Cellular immunology IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cellimm.2025.104993 PMID:40516246	综述	本文全面探讨了不同自身免疫疾病中巨噬细胞的异质性，并总结了针对巨噬细胞的潜在治疗靶点	利用单细胞RNA测序技术揭示了巨噬细胞的显著异质性，为探索疾病分子机制提供了新视角	自身免疫疾病的病因仍不明确，且巨噬细胞异质性的研究尚处于初级阶段	推进自身免疫疾病的精准治疗及相关研究	巨噬细胞	生命科学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
458	2025-07-21	Timp2-modified gelatinhydroxyphenylpropionic acid hydrogels reverse enhanced scleral recovery and suppress myopia development in mice 2025-Aug, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.101942 PMID:40677403	research paper	研究了一种通过Timp2修饰的巩膜干细胞（SSC）嵌入明胶-羟基苯丙酸（Gtn-HPA）水凝胶的新型治疗策略，用于抑制形觉剥夺性近视（FDM）的发展	首次将Timp2修饰的SSC与Gtn-HPA水凝胶结合，用于促进巩膜恢复并抑制近视发展	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果	开发一种新型治疗策略以抑制形觉剥夺性近视的发展	形觉剥夺性近视（FDM）小鼠模型及人类巩膜成纤维细胞（HSF）	生物医学工程	近视	转录组测序、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、细胞行为数据	小鼠模型及人类巩膜成纤维细胞
459	2025-07-21	Single-cell analysis of mature hepatocytes reveals an IRF1-driven restriction of HDV infection 2025-Aug, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101429 PMID:40677689	研究论文	通过单细胞RNA测序分析成熟肝细胞，发现IRF1在限制HDV感染中起关键作用	首次在单细胞水平上揭示了IRF1作为HDV感染的限制因子，并阐明了其抗病毒机制	研究主要基于体外培养的肝细胞样细胞(HLCs)，可能与体内真实情况存在差异	探究成熟肝细胞中限制HDV感染的分子机制	干细胞衍生的肝细胞样细胞(HLCs)和肝癌细胞系	分子生物学	肝炎	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，使用对照和HDV感染的HLCs进行分析
460	2025-07-20	RORγt eTACs mediate oral tolerance and Treg induction 2025-Aug-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20250573 PMID:40298935	研究论文	该研究揭示了RORγt eTACs在口服耐受性和Treg细胞诱导中的关键作用	首次证明RORγt eTACs是口服耐受性诱导的必要细胞群体，并揭示了其独特的整合素β8表达特征	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性尚需进一步验证	阐明口服耐受性的细胞机制和关键调控细胞	RORγt谱系抗原呈递细胞（包括ILC3s、树突状细胞和R-eTACs）	免疫学	自身免疫疾病	谱系追踪技术、单细胞测序	小鼠基因敲除模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，使用基因工程小鼠模型