单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
401	2025-08-05	Single cell RNA-sequencing reveals BHLHE40 and NDRG1 as key regulatory molecules modulating the trophoblastic senescence in preeclampsia 2025-Aug, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.06.009 PMID:40517485	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示BHLHE40和NDRG1作为调节子痫前期滋养细胞衰老的关键调控分子	首次通过整合生物信息学分析和实验验证，揭示了BHLHE40和NDRG1在子痫前期滋养细胞衰老中的关键调控作用	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，体内功能验证和临床转化仍需进一步研究	探索子痫前期滋养细胞衰老的分子机制和关键调控靶点	子痫前期患者的胎盘组织和LPS诱导的子痫前期大鼠模型	生物信息学	子痫前期	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ChIP检测, 批量转录组测序	WGCNA, nomogram模型	RNA测序数据	来自GEO数据库的多个数据集(GSE173193, GSE24129, GSE75010)以及人类PE胎盘和LPS诱导的PE大鼠模型
402	2025-08-05	Single-Cell Omics Analysis Reveals Immunological Dysregulation in COVID-19 and HIV: Identifying a Shared Abnormality of B Cell Activation via the Unfolded Protein Response and Diagnostic Biomarkers Using Machine Learning Algorithms 2025-Aug, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70538 PMID:40757697	研究论文	通过单细胞组学分析揭示COVID-19和HIV的免疫失调，发现B细胞通过未折叠蛋白反应异常激活的共同机制，并利用机器学习算法开发诊断生物标志物	首次在单细胞水平上揭示了COVID-19和HIV感染之间的相互作用，并发现B细胞中未折叠蛋白反应通路的异常激活是两种疾病的共同发病机制	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平验证	探究COVID-19和HIV共同感染的分子机制	COVID-19和HIV感染患者的外周血细胞亚群	生物信息学	COVID-19, HIV	单细胞转录组测序	机器学习模型	转录组数据	大量批量转录组数据集验证
403	2025-08-04	Identification of m5C-related genes and subclusters in recurrent pregnancy loss 2025-Aug-02, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-025-03580-9 PMID:40751792	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨了m5C相关基因与复发性流产(RPL)发病机制之间的关系	首次将RPL患者分为两个亚群并分析其免疫微环境差异，开发了高精度的RPL诊断模型	样本量较小(48例子宫内膜组织样本)，且机制研究仍需进一步实验验证	探索m5C相关基因与复发性流产发病机制的关联	复发性流产患者的子宫内膜组织样本	生物信息学	复发性流产	GEO数据查询、机器学习、scRNA-seq	多种ML方法(未指定具体模型)	基因表达数据	48例子宫内膜组织样本(24例RPL患者)
404	2025-08-04	Comprehensive Single-Cell RNA Atlas of Human Laryngeal Normal, Preneoplastic, and Tumorigenic States 2025-Aug-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3679 PMID:40407728	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，构建了人类喉部正常、癌前和肿瘤状态的全面单细胞图谱	首次生成了声带息肉(VCP)和声带白斑(VCL)的单细胞图谱，并扩展了喉鳞状细胞癌(LSCC)的癌细胞图谱，揭示了VCL作为良性和恶性状态过渡病变的混合微环境特征	样本量相对有限(36例患者)，且仅基于手术组织标本	阐明声带白斑(VCL)向喉鳞状细胞癌(LSCC)进展的分子机制，为早期诊断和治疗干预提供潜在靶点	36例诊断为声带息肉(VCP)、声带白斑(VCL)和喉鳞状细胞癌(LSCC)患者的手术组织标本	数字病理学	喉癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	36例患者(包含VCP、VCL和LSCC), 共计318,907个细胞和12,679个空间转录组位点
405	2025-08-04	Mapping the peripheral immune landscape of Parkinson's disease patients with single-cell sequencing 2025-Aug-01, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awaf066 PMID:40417848	研究论文	通过单细胞测序技术绘制帕金森病患者外周免疫图谱	首次使用单细胞RNA和T细胞受体测序技术全面分析帕金森病患者外周免疫细胞的转录组变化，揭示了疾病特异性免疫特征和潜在生物标志物	样本量相对较小(10名健康对照和14名帕金森病患者)，且仅分析了外周血单个核细胞	探索帕金森病患者外周免疫特征，寻找早期诊断生物标志物和潜在治疗靶点	帕金森病患者和健康对照者的外周血单个核细胞	单细胞组学	帕金森病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), T细胞受体测序	NA	单细胞转录组数据	24名参与者(10名健康对照和14名帕金森病患者)的78,876个细胞
406	2025-08-04	Early transcriptional states of spermatogonia and marker expressions in the prepubertal human testis following chemotherapy-induced depletion 2025-Aug-01, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deaf103 PMID:40482072	研究论文	通过单细胞转录组分析研究化疗诱导的精原细胞耗竭对青春期前人类睾丸中精原细胞分化状态及标记物表达的影响	首次在青春期前男孩睾丸中确认仅存在未分化精原细胞，并发现化疗诱导的精原细胞耗竭会减少ID4、FGFR3和KIT蛋白的表达	研究人群在年龄和治疗暴露方面存在异质性，无法单独评估特定癌症治疗的影响，组织样本有限降低了统计功效	研究青春期前睾丸中精原细胞的分化状态及化疗对其影响	青春期前男孩睾丸组织样本	生殖医学	癌症	单细胞RNA测序、免疫荧光染色	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	6个健康男孩睾丸样本（0-17岁）、14个生物库对照样本（0.6-13.1岁）、31个癌症患儿睾丸组织样本（0.7-13.1岁）
407	2025-08-04	Batch correction methods used in single-cell RNA sequencing analyses are often poorly calibrated 2025-Aug-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279886.124 PMID:40623818	研究论文	本文比较了八种广泛使用的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据批次校正方法，并提出了一种新方法来评估这些方法在校正过程中对数据的改变程度	提出了一种新的评估方法，用于测量批次校正方法在精细尺度上对数据的改变程度，包括细胞间距离和细胞簇效应	研究仅针对八种批次校正方法进行评估，可能未涵盖所有现有方法	评估和比较不同批次校正方法在scRNA-seq数据分析中的表现	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
408	2025-08-04	A novel multislice framework for precision 3D spatial domain reconstruction and disease pathology analysis 2025-Aug-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.280281.124 PMID:40659497	research paper	提出了一种名为STMSC的多切片联合分析框架，用于精确3D空间域重建和疾病病理分析	STMSC框架引入了预校正机制，能够精确识别复杂的空间域，并通过图注意力自编码器平衡不同层次的生物信息，提高了空间转录组学分析的准确性	现有方法通常过于专注于单一模态或分辨率，阻碍了对多层生物异质性的全面捕捉	开发一个多切片联合分析框架，以精确重建3D空间域并深入分析疾病病理	组织切片和病理数据集	digital pathology	cancer	spatial transcriptomics (ST), H&E imaging	graph attention autoencoder	image, pathological data	连续的组织切片和病理数据集
409	2025-08-03	Proteomic profiling of nasal fluids and serum for type 2 nasal polyps diagnosis 2025-Aug, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology DOI:10.1016/j.anai.2025.04.007 PMID:40280274	研究论文	通过蛋白质组学分析和机器学习框架，识别鼻息肉中的炎症内型和复发模式，为T2 CRSwNP提供简单无创的诊断方法	结合蛋白质组学与机器学习，首次系统性评估鼻液和血清中蛋白质表达对T2 CRSwNP的预测价值，并鉴定出四个关键生物标志物	样本量相对较小（82例患者），且需要进一步验证生物标志物在其他人群中的适用性	评估鼻液和血清中蛋白质表达对T2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉（T2 CRSwNP）的预测价值	82例T2和非T2 CRSwNP患者的鼻液和血清样本	机器学习	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	邻近延伸分析、免疫组织化学、单细胞RNA测序、逆转录定量聚合酶链反应	LASSO回归	蛋白质表达数据	82例患者
410	2025-08-03	CCR2+ monocytes promote memory CD8+ T-cell differentiation via membrane-bound TGF-β 2025-Aug, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-025-01299-2 PMID:40461701	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间分辨转录组学，揭示了CCR2+单核细胞通过膜结合TGF-β促进记忆CD8+ T细胞分化的新机制	发现了单核细胞通过膜结合TGF-β促进记忆CD8 T细胞分化的新空间机制	研究主要关注脾脏中的CD8 T细胞分化，其他组织中的情况尚不清楚	探究急性感染期间效应和记忆CD8 T细胞命运决定的空间机制	CD8 T细胞和单核细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间分辨转录组学	NA	转录组数据	NA
411	2025-08-03	Integrative exome sequencing and machine learning identify MICB and interferon pathway genes as contributors to SSc risk 2025-Aug, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.05.009 PMID:40514331	研究论文	通过整合外显子测序和机器学习方法，识别出MICB和干扰素通路基因作为系统性硬化症(SSc)的风险因素	结合外显子测序(ES)、进化作用-机器学习(EAML)框架、单细胞RNA测序(scRNA-seq)和表达数量性状位点(eQTL)分析，识别新的蛋白质编码变异和致病通路	研究主要基于高加索人群和欧洲人群，可能限制了结果的普适性	识别系统性硬化症(SSc)的新型蛋白质编码变异和致病通路	2,559例SSc患者和893例对照(高加索人群)，以及9,846例SSc患者和18,333例对照(欧洲人群)	复杂疾病遗传学	系统性硬化症(SSc)	外显子测序(ES)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、表达数量性状位点(eQTL)分析	进化作用-机器学习(EAML)	基因组数据、RNA测序数据	初始研究2,559例病例和893例对照，验证阶段9,846例病例和18,333例对照
412	2025-08-03	From roots to nodules: regulation of organogenesis in nitrogen-fixing symbiosis 2025-Aug, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.pbi.2025.102755 PMID:40582138	review	本文综述了固氮共生中根瘤器官发生的分子和细胞机制，特别关注豆科植物亚科	通过比较根瘤和侧根的发育，探讨了导致它们进化分化的调控变化，并介绍了单细胞和空间转录组学等新兴工具	主要关注豆科植物亚科，可能不适用于所有固氮植物	探索固氮共生中根瘤器官发生的调控机制及其进化历史	豆科植物亚科中的根瘤和侧根	植物生物学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学、高级成像技术、系统基因组学	NA	转录组数据、成像数据	NA
413	2025-08-03	The Critical Role of APOE+ Macrophages in the Immune Microenvironment and Prognosis of Lung Adenocarcinoma 2025-Aug, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70731 PMID:40736341	研究论文	本研究探讨了APOE+巨噬细胞在肺腺癌肿瘤微环境中的免疫调节功能及其临床意义	通过单细胞转录组分析揭示了APOE+巨噬细胞的独特亚群，并开发了一个与APOE+巨噬细胞相关的风险模型（ARM），该模型在预后预测中表现出最高准确度	NA	阐明APOE+巨噬细胞在肺腺癌免疫微环境中的作用及其对预后的影响	肺腺癌肿瘤微环境中的APOE+巨噬细胞	数字病理学	肺腺癌	单细胞转录组分析，CellChat分析，多重免疫荧光分析	RSF和Ridge结合的机器学习模型	转录组数据，突变数据，免疫荧光数据	七个公共队列和三个前瞻性免疫治疗队列
414	2025-08-03	Lymph-node-derived stem-like but not tumor-tissue-resident CD8+ T cells fuel anticancer immunity 2025-Aug, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02219-2 PMID:40730900	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和遗传小鼠模型，系统分析了肿瘤和肿瘤引流淋巴结中细胞毒性T细胞的异质性和功能	发现淋巴结来源的干细胞样CD8+ T细胞而非肿瘤组织驻留的CD8+ T细胞在抗肿瘤免疫中起关键作用，并揭示了TGFβ在这一过程中的核心调控作用	研究主要基于小鼠模型，人类癌症中的发现需要进一步验证	阐明不同类型CD8+ T细胞在肿瘤控制和免疫检查点阻断治疗中的相对贡献	肿瘤和肿瘤引流淋巴结中的CD8+ T细胞	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	遗传小鼠模型	基因表达数据	NA
415	2025-08-03	Use of integrated spatial transcriptomics and histopathological analysis in adamantinomatous craniopharyngiomas to identify stromal cells as a new cellular source of leukemia inhibitory factor 2025-Aug-01, Journal of neurosurgery IF:3.5Q1 DOI:10.3171/2025.4.JNS243146 PMID:40749237	研究论文	该研究通过整合空间转录组学和组织病理学分析，鉴定出基质细胞作为白血病抑制因子（LIF）的新细胞来源，并探讨了其在颅咽管瘤（ACP）中的作用	首次证实了ACP中的LIF主要来源于肿瘤微环境基质细胞，并揭示了LIF/LIFR通过PI3K-AKT信号通路在肿瘤干细胞自我更新中的作用	样本量相对较小（39例ACP），且未进行功能验证实验	探索LIF在ACP中的空间分布、细胞来源及潜在生物学功能，为开发新的ACP治疗方法提供依据	39例颅咽管瘤（ACP）患者样本	数字病理学	颅咽管瘤	单细胞测序、空间转录组分析、免疫组织化学、免疫荧光分析	NA	转录组数据、影像数据、组织病理学数据	39例ACP肿瘤样本
416	2025-08-03	Dysregulation of Rho-Associated Coiled-Coil Protein Kinase1 Depletes Neural Stem Cell Pool and Impairs Hippocampal Neurogenesis After Traumatic Brain Injury 2025-Aug-01, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70093 PMID:40749978	研究论文	研究创伤性脑损伤（TBI）后海马神经发生障碍的分子机制，特别是ROCK1在神经干细胞（NSCs）池耗竭和认知功能障碍中的作用	首次揭示了ROCK1在TBI后海马神经干细胞池过度激活和神经发生障碍中的关键作用，并提出了ROCK1-AKT信号轴的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究TBI后海马神经发生障碍的分子机制及潜在治疗策略	创伤性脑损伤（TBI）小鼠模型	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、条件性基因敲除（CKO）	Nestin-GFP报告小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，使用小鼠模型
417	2025-08-03	Exploring the Genetic Landscape of Psoriatic Arthritis: A Narrative Review of Recent Genomic Studies 2025-Aug-01, The Journal of rheumatology IF:3.6Q2 DOI:10.3899/jrheum.2025-0273 PMID:40750314	review	本文回顾了银屑病关节炎（PsA）基因组学的最新研究进展，重点关注可能具有临床意义的基因组变异	综述了PsA基因组学的最新进展，包括转录谱分析、单细胞测序和空间组学等新兴技术的应用	目前尚无针对PsA管理的基因检测方法	探讨PsA的基因组基础及其在早期诊断和治疗导向中的潜力	银屑病关节炎（PsA）患者及其基因组数据	基因组学	银屑病关节炎	NGS, 单细胞测序, 空间组学	NA	基因组数据	大规模基因组数据集
418	2025-08-03	Integrative single-cell and spatial transcriptome analysis reveals the functions of TREM2high macrophages and infarct border dynamics post-myocardial infarction 2025-Aug-01, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05317-9 PMID:40750734	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和批量RNA测序技术，探究了心肌梗死后的复杂细胞和分子动态变化	结合多种测序技术和计算工具，揭示了TREM2高表达巨噬细胞的功能及梗死边缘动态变化，强调了TREM2在心肌细胞存活中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	解析心肌梗死后免疫细胞时空动态变化及其调控网络	小鼠心肌梗死模型和体外培养的心肌细胞与巨噬细胞	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, ST, bulk RNA-seq, RT-qPCR, Western blot, 免疫组化, 免疫荧光	Monocle2, CellPhoneDB, NicheNet, SCENIC	RNA测序数据, 图像数据	小鼠心肌梗死模型和体外细胞培养实验
419	2025-08-03	Single-Cell RNA-Seq Revealed the Immune Microenvironment Reprogramming by Dexmedetomidine Treatment in Ischemic Stroke 2025-Aug-01, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05237-1 PMID:40751033	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了右美托咪定在缺血性卒中中通过免疫微环境重编程发挥神经保护作用的机制	首次结合多组学方法（RNA-seq、代谢组学和单细胞RNA-seq）阐明右美托咪定通过HK2介导的小胶质细胞代谢重编程维持免疫微环境稳态的神经保护机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化仍需进一步验证	探究右美托咪定在脑缺血再灌注损伤中的神经保护机制	大脑中动脉闭塞（MCAO）小鼠模型	神经科学	缺血性卒中	单细胞RNA-seq、RNA-seq、代谢组学	小鼠MCAO模型	单细胞转录组数据、代谢组数据	未明确说明实验动物数量
420	2025-08-03	Dual-expression (primitive enterocyte phenotype and neuroendocrine differentiation) gastric adenocarcinoma: the unique high-aggressive subtype 2025-Aug-01, Virchows Archiv : an international journal of pathology IF:3.4Q1 DOI:10.1007/s00428-025-04191-6 PMID:40751090	research paper	该研究探讨了具有原始肠上皮细胞表型和神经内分泌分化双重表达的胃腺癌（DEGA）的临床病理特征及其预后	首次明确了DEGA作为一种独特的、高侵袭性的胃腺癌亚型，具有独特的分子特征和临床行为	样本量相对较小（186例），且为单中心研究	揭示DEGA亚型的临床病理特征、分子机制及其对预后的影响	胃腺癌患者（186例GAPEP患者）	肿瘤学	胃癌	免疫组化、单细胞RNA测序、体外实验	NA	临床数据、mRNA表达数据、蛋白质表达数据	186例胃腺癌患者（77例DEGA，109例nDEGA）