单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2025-08-06	KAFSTExp: Kernel Adaptive Filtering with Nystrom Approximation for Predicting Spatial Gene Expression from Histology Image 2025-Aug-04, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3595101 PMID:40758493	研究论文	提出了一种名为KAFSTExp的框架，利用核自适应滤波和Nystrom近似从组织学图像预测空间基因表达	结合病理基础模型UNI和核最小均方算法，显著提高了预测准确性并降低了计算成本	在有限的ST数据集上可能面临泛化能力不足的问题	预测组织学图像对应的基因表达，以替代昂贵的空间转录组学检测	空间转录组学数据和病理图像	数字病理	肿瘤	核自适应滤波，Nystrom近似	UNI, 核最小均方算法	图像, 基因表达数据	多个ST数据集
382	2025-08-06	Deciphering neutrophil dynamics in the focal lesion tumor microenvironment to overcome immunosuppression in multiple myeloma 2025-Aug-04, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2025028963 PMID:40758944	研究论文	本研究通过分析多发性骨髓瘤（MM）病灶和骨髓中的髓系细胞，揭示了中性粒细胞在肿瘤微环境中的免疫抑制作用及其临床意义	首次描述了三种不同的CXCR2+成熟中性粒细胞亚群，并发现TREM1+CD10+亚群在病灶中高度富集且具有强效免疫抑制功能	研究主要基于临床前模型，需要进一步临床试验验证CXCR2阻断策略的疗效	阐明中性粒细胞在多发性骨髓瘤肿瘤微环境中的功能机制并探索新的治疗靶点	多发性骨髓瘤患者的病灶组织和骨髓样本	肿瘤免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光成像、功能实验	NA	基因表达数据、影像数据	配对的病灶和骨髓样本（具体数量未明确说明）
383	2025-08-06	Spatial Multi-omics Defines a Shared Tumor Infiltrative Signature at the Resection Margin in High-Grade Gliomas 2025-Aug-04, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-4708 PMID:40759029	研究论文	本研究通过空间多组学技术定义了高级别胶质瘤切除边缘共有的肿瘤浸润特征	首次结合单核RNA测序、单核ATAC测序和空间转录组学数据，系统分析了高级别胶质瘤核心区与边缘区的差异，并鉴定出共有的浸润特征	样本量相对有限（4种亚型共36,811个snRNA-seq和30,705个snATAC-seq核），且仅针对特定分子亚型的高级胶质瘤	揭示高级别胶质瘤在切除边缘的残留病变生物学特征	高级别胶质瘤（HGG）的核心区和边缘区组织	数字病理学	胶质瘤	snRNA-seq, snATAC-seq, 空间转录组学, CRISPR/Cas9, ChIP-seq	NA	单细胞多组学数据、空间转录组数据	4种分子亚型HGG（共36,811个snRNA-seq核和30,705个snATAC-seq核）及2例附加HGG的空间转录组数据
384	2025-08-06	Short-chain fatty acids regulate T cell heterogeneity to alleviate recurrent spontaneous abortion 2025-Aug-04, British journal of pharmacology IF:6.8Q1 DOI:10.1111/bph.70155 PMID:40759431	研究论文	研究肠道微生物衍生的短链脂肪酸（SCFAs）在复发性自然流产（RSA）免疫耐受中的作用	发现SCFAs通过调节CD4+ T细胞分化来缓解RSA，并设计了结肠靶向SCFA递送纳米颗粒系统以优化治疗效果	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证可能有限	探索肠道微生物及其代谢物在RSA免疫调节中的作用	复发性自然流产（RSA）患者和小鼠模型	免疫学	复发性自然流产	单细胞测序、16S rDNA测序、粪便微生物移植（FMT）	小鼠模型	基因组数据、微生物组数据	RSA患者和小鼠模型
385	2025-08-06	Allele-specific expression analysis: pipelines, applications, challenges, and unmet needs 2025-Aug-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110890 PMID:40759060	综述	本文综述了等位基因特异性表达分析的流程、应用、挑战及未满足的需求	对26种前沿的等位基因特异性表达分析流程进行了批判性评估，并提出了未来发展方向	现有流程缺乏端到端解决方案、多组学整合选项有限、对单细胞测序技术支持不足	理解等位基因特异性表达的调控机制及其生物学和临床意义	等位基因特异性表达分析流程	基因组学	NA	单细胞测序、多组学整合	NA	基因组数据	NA
386	2025-08-06	Spatial mutual nearest neighbors for spatial transcriptomics data 2025-Aug-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf403 PMID:40713795	research paper	提出了一种名为spatialMNN的算法，用于整合多个空间转录组样本并识别空间域	该算法首次将空间坐标信息整合到互近邻（MNN）方法中，改进了传统MNN在空间转录组学中的应用	NA	开发一种能够整合空间转录组数据并识别空间域的计算方法	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	k-nearest neighbors (kNN), Louvain算法	空间转录组数据	31个10x Genomics Visium样本
387	2025-08-06	Upregulation of YY1/EZH2 and MLH1 as Therapeutic Targets for Adult T-Cell Leukemia/Lymphoma 2025-Aug, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70095 PMID:40355804	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了YY1/EZH2和MLH1在成人T细胞白血病/淋巴瘤（ATLL）中的调控作用及其作为治疗靶点的潜力	首次在单细胞水平上鉴定了ATLL的表观遗传调控轴，并发现YY1/EZH2过表达与疾病侵袭性相关，同时揭示了MLH1通过YY1/EZH2抑制下调可能是治疗侵袭性ATLL的有效策略	研究样本量有限，且机制研究主要在细胞系中进行，需要进一步在更大规模的临床样本和动物模型中验证	探索ATLL的表观遗传调控机制并寻找新的治疗靶点	成人T细胞白血病/淋巴瘤（ATLL）患者原代细胞和细胞系	肿瘤生物学	白血病/淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、计算机启动子分析（in silico promoter analysis）	NA	单细胞转录组数据	原代ATLL细胞和细胞系（具体数量未明确说明）
388	2025-08-06	Integrated single-cell RNA and ATAC sequencing of B-cell lymphoma-3(Bcl3) and endothelin-2(Edn2) proteins as targets to prevent glaucoma progression 2025-Aug, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145455 PMID:40562139	研究论文	通过单细胞RNA测序和ATAC测序分析，识别Bcl3和Edn2作为青光眼进展的关键蛋白，并通过实验验证其在青光眼中的作用	首次整合单细胞RNA测序和ATAC测序数据，识别Bcl3和Edn2作为青光眼的关键蛋白，并验证其在NF-κB和Hippo信号通路中的作用	研究主要基于生物信息学分析和动物模型，临床样本数量有限，需要进一步的大规模临床验证	探索原发性开角型青光眼(POAG)的分子机制，寻找潜在的治疗靶点	青光眼患者样本、动物模型(R28细胞、视网膜缺血再灌注和NMDA诱导的青光眼大鼠模型)	数字病理学	青光眼	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ATAC-seq, ELISA, RT-qPCR	NA	测序数据、实验数据	多个数据集(GSE203499, GSE212186, GSE241782, GSE212188)中的青光眼和对照样本，以及人类房水和血清样本、动物模型
389	2025-08-06	Microglial landscape and signaling in spinal cord injury 2025-Aug, Spinal cord IF:2.1Q1 DOI:10.1038/s41393-025-01103-y PMID:40624302	研究论文	本研究通过生物信息学分析揭示了脊髓损伤后小胶质细胞的动态变化及其关键信号通路	发现了TGFβ信号通路对小胶质细胞迁移的关键调控作用，以及Trem2介导的神经炎症反应	研究主要依赖于生物信息学分析，缺乏实验验证	揭示脊髓损伤后小胶质细胞的分子机制，促进功能恢复	小胶质细胞及其在脊髓损伤中的动态变化	生物信息学	脊髓损伤	scRNA-seq, ST, bulk RNA-seq	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集
390	2025-08-06	Epiblast-derived CX3CR1+ progenitors generate cardiovascular cells during cardiogenesis 2025-Aug, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00488-z PMID:40551012	research paper	本研究揭示了CX3CR1+细胞在小鼠心脏发育过程中的起源和命运，证明其来源于外胚层细胞，并在心脏生成过程中分化为心肌细胞和内皮细胞	首次发现CX3CR1+细胞不仅生成组织巨噬细胞，还能分化为心肌细胞和内皮细胞，揭示了其在心脏发育中的多能祖细胞特性	研究仅限于小鼠模型，人类心脏发育中CX3CR1+细胞的作用尚不清楚	阐明CX3CR1+细胞在心脏发育过程中的起源和分化命运	小鼠胚胎CX3CR1+细胞及其后代细胞	发育生物学	心血管疾病	遗传谱系追踪、单细胞RNA测序	小鼠模型、胚胎干细胞模型	基因表达数据、细胞表型数据	小鼠胚胎E6.5至成年阶段的心脏组织
391	2025-08-06	A spatial transcriptomic atlas of acute neonatal lung injury across development and disease severity 2025-Aug-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00191.2025 PMID:40748676	research paper	该研究通过基于成像的空间转录组学技术，分析了17个不同发育和损伤阶段的人类婴儿肺组织的基因表达模式，创建了一个包含约120万个细胞的空间转录组图谱	研究首次创建了一个涵盖不同发育和损伤阶段的人类婴儿肺组织的空间转录组图谱，并提出了一个基于胎龄和寿命的简化分类方案，以识别传统二元比较中可能被忽视的细胞类型模式	研究样本量相对较小（17个婴儿肺组织），且分类方案可能无法涵盖所有临床情况	揭示肺器官发育过程中的细胞转变时间和调控机制，以及疾病状态下这些过程的破坏	人类婴儿肺组织	digital pathology	lung cancer	imaging-based spatial transcriptomics	computational clustering	spatial transcriptomic data	17个人类婴儿肺组织，约120万个细胞
392	2025-08-06	BACH2 drives the development and function of group 2 innate lymphoid cells 2025-Aug, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ads4323 PMID:40749046	研究论文	本文揭示了转录因子BACH2在调控2型先天淋巴细胞（ILC2s）的发育和功能中的关键作用	首次发现BACH2在ILC2s及其前体细胞中高表达并表观遗传激活，揭示了BACH2通过调控转录和表观遗传景观影响ILC2s的分化和功能	未探讨BACH2在其他免疫细胞类型中的潜在作用，以及BACH2调控的具体下游靶基因网络	阐明ILC2s发育和功能的调控机制及其在过敏性炎症中的作用	2型先天淋巴细胞（ILC2s）及其前体细胞	免疫学	哮喘	scRNA-seq, ATAC-seq, CUT&Tag-seq	NA	基因组学数据	NA
393	2025-08-06	The bone marrow immune ecosystem shapes daratumumab acquired resistance in plasma cell myeloma 2025-Aug-01, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-025-02712-5 PMID:40750676	研究论文	本研究探讨了骨髓免疫生态系统在多发性骨髓瘤中对达雷妥尤单抗获得性耐药的影响	通过单细胞RNA测序和数字空间分析，揭示了获得性耐药与CD8阳性T细胞耗竭表型、IFN-γ信号以及MYC调控的关联	研究样本量有限，且主要依赖于外部队列数据进行验证	探究多发性骨髓瘤患者对达雷妥尤单抗产生获得性耐药的机制	多发性骨髓瘤患者及其骨髓免疫生态系统	肿瘤免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序、数字空间分析(DSP)	NA	单细胞RNA测序数据、空间分析数据	配对样本（治疗前与获得性耐药后），以及4个外部队列数据（GSE24080, GSE136337, GSE57317, coMMpass）
394	2025-08-03	Correction: Cross-tissue gene expression interactions from bulk, single cell and spatial transcriptomics with crossWGCNA 2025-Aug-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11923-0 PMID:40750841	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
395	2025-08-06	Dihydroartemisinin enhances remyelination by switching microglia to the reparative phenotype 2025-Aug-01, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03510-7 PMID:40750890	研究论文	该研究探讨了双氢青蒿素（DHA）通过调控小胶质细胞表型促进髓鞘再生的机制	首次证明DHA能够通过促进小胶质细胞向修复型表型转变，增强髓鞘再生和神经功能恢复	研究主要基于动物模型，临床转化效果尚需进一步验证	探索DHA在促进髓鞘再生中的作用机制	小胶质细胞和少突胶质前体细胞（OPCs）	神经科学	多发性硬化症	单细胞测序、小胶质细胞清除技术（PLX3397）	EAE模型和CPZ模型	实验数据	动物模型（具体数量未明确说明）
396	2025-08-06	Co-Expression of MHC-II and ANXA1: Mediators of PD-1/PD-L1 Therapy Resistance in Breast Cancer 2025-Aug, Cancer reports (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/cnr2.70291 PMID:40744683	研究论文	本研究探讨了MHC-II和ANXA1在三阴性乳腺癌中对PD-1/PD-L1治疗抵抗的潜在作用	揭示了ANXA1作为PD-1/PD-L1治疗抵抗的潜在介导者，并提出了其作为治疗靶点的可能性	ANXA1表达与总生存率无直接相关性	研究MHC-II在乳腺癌免疫逃逸、肿瘤转移和免疫治疗疗效中的作用，以改进三阴性乳腺癌的治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	肿瘤免疫学	乳腺癌	差异表达分析（Limma）、GO和KEGG通路富集分析（clusterProfiler）、孟德尔随机化分析、单细胞测序数据分析（Scanpy和CellTypist）	UMAP、PCA、Leiden算法	基因表达数据、单细胞测序数据	来自UK Biobank和GEO数据集的样本
397	2025-08-06	Effects of Cholesterol Metabolism on Corneal Endothelial Dysfunction in Patients With Type 1 Diabetes 2025-Aug-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.11.9 PMID:40762538	研究论文	本研究探讨了胆固醇代谢对1型糖尿病患者角膜内皮功能障碍的影响	首次从胆固醇代谢角度揭示了糖尿病诱导角膜内皮功能障碍的机制，并提出了胆固醇补充的保护作用	研究主要基于动物模型和细胞实验，尚未在人体临床试验中验证	揭示糖尿病如何通过胆固醇代谢途径诱导角膜内皮功能障碍	1型糖尿病小鼠模型和高糖培养的B4G12细胞	眼科疾病研究	糖尿病	scRNA-seq, RNA-seq, RT-qPCR, Western blotting, 免疫荧光染色	动物模型（小鼠）和细胞模型	基因表达数据、影像数据	未明确说明样本数量，使用了小鼠模型和细胞系
398	2025-08-05	Single-cell eQTL Mapping Reveals Cell Subtype-specific Genetic Control and Mechanism in Malignant Transformation of Colorectal Cancer 2025-Aug-04, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1561 PMID:40029140	研究论文	本研究通过单细胞转录组、空间转录组和snMultiomes技术，揭示了结直肠癌恶性转化过程中的细胞和分子变化及动态细胞间相互作用	创建了结直肠癌单细胞表达数量性状位点(sc-eQTL)图谱，发现76%以上的sc-eQTL具有细胞类型特异性，且基于sc-eQTL的多基因风险评分显著提高了结直肠癌风险预测能力	NA	探究结直肠癌恶性转化过程中的细胞亚型特异性遗传调控机制	142个多阶段样本中的751,531个单细胞转录组	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组测序、空间转录组、snMultiomes	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、snMultiomes数据	142个多阶段样本，751,531个单细胞
399	2025-08-05	Unraveling Liver Cirrhosis: Bridging Pathophysiology to Innovative Therapeutics 2025-Aug-03, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.70037 PMID:40754005	综述	本文综述了肝硬化的病理生理学、系统性影响及创新治疗方法的最新进展	整合了单细胞转录组学和空间生物学的最新发现，探讨了肠道微生物组在肝硬化中的作用，并介绍了抗纤维化药物、衰老细胞清除剂及干细胞治疗等新型治疗策略	未提及具体临床研究样本量或治疗效果数据	探讨肝硬化的病理机制与创新治疗方法的联系	肝硬化及其相关病理过程	医学研究	肝硬化	单细胞转录组学、空间生物学、弹性成像技术、液体活检	NA	NA	NA
400	2025-08-05	Revealing the core immunotoxicity of di-n-pentyl phthalate exposure in murine models using single-cell RNA sequencing 2025-Aug-02, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118754 PMID:40753775	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示邻苯二甲酸二正戊酯（DNPP）在小鼠模型中的核心免疫毒性	首次使用单细胞RNA测序技术全面评估DNPP对免疫系统的毒性作用，揭示了DNPP对多种免疫细胞功能的影响	研究仅基于小鼠模型，结果可能需要进一步在人体中验证	系统评估DNPP对免疫系统的影响	小鼠脾脏组织和外周血白细胞	免疫毒理学	免疫相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	不同剂量DNPP处理的小鼠脾脏组织