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当前共找到 541 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-11-27 |
Gene editing and multi-omics approaches to study early embryogenesis in cattle
2025-Aug-29, Reproduction, fertility, and development
DOI:10.1071/RD25167
PMID:41292010
|
综述 | 本文综述了多组学分析和基因编辑技术在牛早期胚胎发育研究中的应用与进展 | 整合单细胞多组学技术与多种功能工具（CRISPR/Cas9、RNA编辑、碱基编辑等）研究牛早期胚胎发育机制 | NA | 通过多组学与功能工具研究牛早期胚胎发育机制，提高牛生育能力 | 牛早期胚胎（第一周发育阶段） | NA | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 代谢组学, 蛋白质组学, CRISPR/Cas9, RNA编辑, 碱基编辑, Trim-Away | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 代谢组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 22 | 2025-11-27 |
Large-scale single-cell profiling of stem cells identifies redundant regulators of shoot development and yield trait variation
2025-Aug-25, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.07.024
PMID:40865519
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研究论文 | 通过大规模单细胞分析鉴定植物茎尖分生组织中调控器官发育和产量性状的关键基因 | 首次在玉米和拟南芥中成功捕获大量CLAVATA3和WUSCHEL表达细胞，并通过跨物种比较发现保守的干细胞调控因子 | NA | 鉴定植物茎尖干细胞调控因子及其与产量性状的关联 | 玉米和拟南芥的茎尖分生组织干细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 数千个CLAVATA3和WUSCHEL表达细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2025-11-26 |
Integrated multi-omics analysis identifies lipid metabolism biomarkers in ONFH and reveals therapeutic potential of retinoic acid
2025-Aug-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-13703-y
PMID:40841396
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研究论文 | 通过多组学分析识别股骨头坏死中脂质代谢生物标志物并揭示视黄酸的治疗潜力 | 首次整合多组学分析与机器学习技术识别ONFH脂质代谢生物标志物，并通过单细胞测序验证生物标志物与免疫细胞的关联 | 未明确说明样本量大小及数据来源的具体细节 | 识别股骨头坏死的潜在生物标志物并为疾病治疗提供参考 | 股骨头坏死相关基因和免疫细胞 | 生物信息学 | 股骨头坏死 | 多组学分析、机器学习、分子对接、单细胞测序 | 列线图模型、ROC曲线分析 | 基因组数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 24 | 2025-11-26 |
Subcellular spatial transcriptomics reveals immune-stromal crosstalk within the synovium of patients with juvenile idiopathic arthritis
2025-Aug-08, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.08.05.25332835
PMID:40894156
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研究论文 | 通过亚细胞分辨率空间转录组分析揭示幼年特发性关节炎患者滑膜组织中免疫细胞与基质细胞的空间互作网络 | 开发了新的空间共定位分析流程，首次在亚细胞分辨率揭示JIA滑膜中NOTCH信号介导的内皮-成纤维细胞互作、CXCL9-CXCR3信号轴等微解剖结构 | 研究样本仅来自活动期JIA患者，未涵盖疾病不同阶段；与类风湿关节炎的比较分析样本量有限 | 解析幼年特发性关节炎滑膜组织的空间分子结构 | 幼年特发性关节炎患者的滑膜组织样本 | 空间转录组学 | 幼年特发性关节炎 | 空间转录组测序 | 空间共定位分析流程 | 空间转录组数据 | 活动期JIA患者滑膜组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | 亚细胞分辨率空间转录组分析 |
| 25 | 2025-11-24 |
Deciphering the combinatorial expression pattern and genetic regulatory mechanisms of Beats and Sides in the olfactory circuits of Drosophila
2025-Aug-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.31.657193
PMID:40502011
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和转基因驱动线探索果蝇嗅觉电路中Beat和Side基因家族的组合表达模式及其调控机制 | 首次系统揭示果蝇嗅觉神经元中Beat和Side基因的类别特异性组合表达模式，并发现其在昆虫进化中的保守性 | 干扰Beat-IIa-Side-IV相互作用未在研究的两个肾小球中产生显著错误靶向，功能验证有限 | 解析果蝇嗅觉电路中细胞表面蛋白基因家族的组合表达模式及其遗传调控机制 | 果蝇的嗅觉受体神经元(ORNs)和投射神经元(PNs) | 神经科学 | NA | 单细胞RNA-seq, 基因陷阱转基因技术 | NA | 基因表达数据, 转基因成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 26 | 2025-11-24 |
SCAN-ACT: adoptive T cell therapy target discovery through single-cell transcriptomics
2025-Aug-14, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01514-9
PMID:40814001
|
研究论文 | 开发了一个名为SCAN-ACT的计算流程，通过单细胞转录组学和多组学数据发现和优先排序用于过继性T细胞疗法的靶点 | 首次开发了整合单细胞RNA测序和多组学数据的计算流程，能够同时提名CAR-T和TCR-T细胞治疗的靶点，包括单特异性靶点、双特异性靶点对和肽-MHC靶点 | NA | 加速实体瘤过继性T细胞疗法的靶点发现 | 软组织肉瘤和胶质母细胞瘤 | 生物信息学 | 软组织肉瘤,胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,多组学分析 | 计算分析流程 | 单细胞转录组数据,多组学数据 | 986,749个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,多组学 | NA | NA |
| 27 | 2025-11-19 |
The current landscape and emerging challenges of benchmarking single-cell methods
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf380
PMID:41045508
|
综述 | 本文系统评估了单细胞测序计算方法基准测试的研究现状与新兴挑战 | 提供了最全面的单细胞基准测试研究量化总结，涵盖282篇论文的系统分析 | 基于文献综述，缺乏原始实验数据验证 | 评估单细胞计算方法基准测试领域现状并识别关键挑战 | 单细胞测序计算方法基准测试研究 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 282篇研究论文（130篇纯基准测试论文+152篇方法开发论文） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 28 | 2025-11-17 |
Epiblast-derived CX3CR1+ progenitors generate cardiovascular cells during cardiogenesis
2025-Aug, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00488-z
PMID:40551012
|
研究论文 | 本研究通过遗传谱系追踪揭示了胚胎CX3CR1+细胞作为多能性上胚层来源祖细胞群，在心脏发育过程中生成心肌细胞、内皮细胞和巨噬细胞 | 首次发现CX3CR1+细胞起源于E6.5上胚层细胞，并证实其通过新生分化和细胞融合双重机制生成心血管细胞 | 研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性尚需验证 | 阐明CX3CR1+细胞在心脏发育过程中的起源和命运 | 小鼠胚胎和成年心脏中的CX3CR1+细胞及其谱系细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 遗传谱系追踪、单细胞RNA测序、胚胎干细胞分化 | NA | 基因表达数据、细胞谱系数据 | 小鼠胚胎发育不同阶段（E6.5-E9.5）及成年心脏组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 29 | 2025-11-14 |
Squidiff: Predicting cellular development and responses to perturbations using a diffusion model
2025-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.16.623974
PMID:40909548
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研究论文 | 提出基于扩散模型的生成框架Squidiff，用于预测细胞在不同环境变化下的转录组变化 | 首次将扩散模型应用于预测细胞转录组变化，能够学习瞬态细胞状态并预测高分辨率转录组景观 | NA | 预测细胞在环境变化下的转录组变化，促进精准医学发展 | 细胞分化、基因扰动、药物反应、血管类器官发育、中子辐射和生长因子反应 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 扩散模型 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 30 | 2025-11-14 |
CD38+ Endothelial Remodeling Defines Spatially Diverse Vasculopathy Programs in Rapidly Advancing Oral Inflammation
2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.29.667333
PMID:40766487
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间蛋白质组学揭示了快速进展性口腔炎症中CD38+内皮细胞重塑的空间特异性血管病变模式 | 首次发现CD38+内皮细胞在快速进展性口腔炎症中的空间特异性重塑模式，并开发了三重空间分析方法 | 样本量相对有限，需要更大规模研究验证 | 揭示快速进展性口腔炎症的细胞机制和空间结构特征 | 种植体周围炎和重度牙周炎患者的口腔组织样本 | 单细胞生物学 | 口腔炎症疾病 | 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学, 激光捕获显微切割, 微生物组分析 | NA | 单细胞转录组数据, 空间蛋白质组数据, 微生物组数据 | 总计59个样本，包括36个scRNA-seq样本(121,395个细胞)，15个空间蛋白质组学样本(337,260个细胞)，8个黏膜活检样本(225,137个细胞) | NA | 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 31 | 2025-11-10 |
Spatial and Single-Cell Transcriptomics Reveal Keratinocytes as Key Players in Vulvar Lichen Sclerosus Pathogenesis
2025-Aug-29, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.08.022
PMID:40886965
|
研究论文 | 本研究通过空间和单细胞转录组学技术揭示角化细胞在外阴硬化性苔藓发病机制中的核心作用 | 首次整合空间和单细胞转录组学技术系统揭示外阴硬化性苔藓中角化细胞的双重角色及多细胞类型的统一分子变化 | 未明确说明样本量大小和研究人群特征 | 阐明外阴硬化性苔藓的分子发病机制 | 外阴硬化性苔藓病变组织、非病变组织和健康外阴皮肤组织 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 空间转录组学,单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2025-11-06 |
STEAM: Spatial Transcriptomics Evaluation Algorithm and Metric for clustering performance
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf570
PMID:41171708
|
研究论文 | 提出一种用于评估空间转录组学数据聚类性能的计算框架STEAM | 开发了首个专门针对空间转录组学数据的聚类评估算法和指标，通过机器学习分类预测方法评估聚类结果的一致性和可靠性 | NA | 解决空间转录组学数据缺乏真实标签导致的聚类验证难题 | 空间转录组学数据聚类结果 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | 机器学习分类和预测方法 | 空间转录组数据，空间蛋白质组数据 | 多个公共数据集，涵盖多细胞到单细胞分辨率、正常和病变组织 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 33 | 2025-11-04 |
Integration of phospho-signaling and transcriptomics in single cells reveals distinct Th17 cell fates
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116006
PMID:40674215
|
研究论文 | 开发了一种名为Vivo-seq的创新平台，可在单细胞水平同时捕获转录组和磷酸化信号状态 | 开发了Vivo-seq平台，首次实现单细胞水平转录组与磷酸化信号状态的同步捕获 | NA | 研究Th17细胞分化过程中的信号转导和功能可塑性机制 | T辅助17细胞 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA测序，细胞内转录组和表位索引测序 | NA | 单细胞转录组数据，磷酸化信号数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，单细胞多组学 | Vivo-seq | 使用低共熔溶剂固定细胞的单细胞转录组和表位索引测序平台 |
| 34 | 2025-11-03 |
TissueFormer: a neural network for labeling tissue from grouped single-cell RNA profiles
2025-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.17.670735
PMID:40894666
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研究论文 | 提出一种基于Transformer的神经网络TissueFormer，用于从单细胞RNA谱组中推断群体水平标签 | 首次将Transformer架构应用于分析单细胞RNA谱组，同时保留单细胞分辨率并利用细胞组成信号 | 仅在小鼠大脑空间转录组数据上验证，尚未在其他组织或疾病模型中测试 | 开发能够利用细胞组成信号预测群体水平表型的计算方法 | 小鼠大脑皮层区域的空间转录组数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | Transformer | 单细胞RNA表达谱，空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 35 | 2025-11-03 |
Cancer stem cells: landscape, challenges and emerging therapeutic innovations
2025-Aug-05, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02360-2
PMID:40759634
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综述 | 本文综述了癌症干细胞（CSCs）的特性、挑战及新兴治疗策略 | 整合单细胞测序、空间转录组学和多组学数据揭示CSCs异质性与代谢可塑性，提出双代谢抑制、合成生物学干预等创新疗法 | 缺乏普遍可靠的CSCs生物标志物，难以在不影响正常干细胞的前提下靶向CSCs | 探讨癌症干细胞生物学特性及开发针对性治疗策略 | 癌症干细胞及其与肿瘤微环境的相互作用 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 单细胞测序, 空间转录组学, 多组学整合, CRISPR筛选, AI驱动分析 | 3D类器官模型 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 36 | 2025-11-03 |
Patient-derived liver organoids recapitulate liver epithelial heterogeneity and enable precision modeling of alcohol-related liver disease
2025-Aug-05, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.07.014
PMID:40754225
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研究论文 | 本研究开发了一种源自肝穿刺活检的类器官模型，能够重现酒精相关肝病的上皮异质性并实现精准疾病建模 | 首次从肝穿刺活检而非手术切除组织中生成类器官，成功捕获了肝脏上皮细胞的异质性，并保留了疾病阶段特征 | 研究样本量相对有限，早期阶段28例，晚期阶段34例 | 开发能够准确模拟酒精相关肝病的人类疾病模型 | 酒精相关肝病患者的肝穿刺活检组织 | 疾病建模 | 酒精相关肝病 | 免疫荧光染色、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 图像数据、基因表达数据 | 62例患者（早期28例，晚期34例） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 37 | 2025-11-02 |
Hi-C3: a statistical inference-based model for reconstructing higher-order cell-cell communication networks
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf568
PMID:41159728
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研究论文 | 提出一种基于统计推断的模型Hi-C3，用于从单细胞RNA测序数据重建高阶细胞-细胞通讯网络 | 首次将网络扩散和流行病动力学原理应用于细胞通讯建模，能够同时推断传统的成对通讯和新的高阶通讯模式 | 模型主要基于配体-受体相互作用的假设，可能无法捕获其他类型的细胞通讯机制 | 开发能够揭示多细胞协调信号传导结构的计算框架 | 拟南芥和结直肠癌数据集中的细胞类型 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 统计推断模型, EM算法, PageRank算法 | 单细胞RNA测序数据 | 多个数据集（具体样本数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 38 | 2025-11-02 |
Single-cell multi-omics and machine learning for dissecting stemness in cancer
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf566
PMID:41159730
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综述 | 探讨单细胞多组学与机器学习在解析癌症干细胞特性中的应用 | 从静态标志物定义转向动态功能视角的癌症干细胞研究范式转变 | NA | 解析癌症干细胞特性并开发精准医疗策略 | 癌症干细胞(CSCs) | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序,轨迹推断,空间转录组学,CRISPR筛选 | 人工智能预测模型 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,单细胞多组学 | NA | NA |
| 39 | 2025-10-31 |
Spatial transcriptomics: a bibliometric analysis with large language model on English literatures
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf553
PMID:41139313
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文献计量分析 | 使用大语言模型对空间转录组学英文文献进行文献计量分析 | 首次将大语言模型应用于空间转录组学领域的文献计量分析，使研究结果更加全面和具体 | 仅基于Web of Science数据库的1197篇英文文献（2015-2024年），可能存在文献覆盖不全的局限性 | 分析空间转录组学领域的研究趋势、期刊分布和关键词演变 | 1197篇空间转录组学相关英文文献 | 自然语言处理 | 癌症 | 文献计量分析，大语言模型 | 大语言模型 | 文本 | 1197篇文献 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 40 | 2025-10-31 |
scDETECT: a novel statistical model accounting for cell type correlation in single-cell RNA-seq differential expression analysis
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf556
PMID:41139925
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研究论文 | 开发了一种考虑细胞类型相关性的单细胞RNA-seq差异表达分析新方法 | 首次在单细胞RNA-seq差异表达分析中通过贝叶斯层次模型考虑细胞类型相关性 | NA | 提高单细胞RNA-seq差异表达分析的准确性和统计功效 | 单细胞RNA-seq数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯层次模型 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |