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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-01-13 |
Bile acids activate cancer-associated fibroblasts and induce an immunosuppressive microenvironment in cholangiocarcinoma
2025-Aug-11, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.05.017
PMID:40578361
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研究论文 | 本研究揭示了胆汁酸通过激活癌症相关成纤维细胞中的GPBAR1-CXCL10轴,促进胆管癌的免疫抑制微环境形成 | 首次发现胆汁酸特异性激活胆管癌中癌症相关成纤维细胞的GPBAR1受体,并通过CXCL10招募中性粒细胞形成免疫抑制微环境 | 研究主要基于临床前模型,尚未在人体临床试验中验证 | 探究胆管癌免疫治疗疗效有限的机制并寻找潜在治疗靶点 | 胆管癌细胞、癌症相关成纤维细胞、中性粒细胞 | 肿瘤免疫学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个胆管癌临床前模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 22 | 2026-01-12 |
Exploring Intratumoral Heterogeneity in Mixed Neuroendocrine-Nonneuroendocrine Neoplasms with Spatial Transcriptomics: Even More Diverse Than Anticipated
2025-Aug-20, Endocrine pathology
IF:11.3Q1
DOI:10.1007/s12022-025-09869-w
PMID:40833530
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学和成分特异性测序技术,探索混合神经内分泌-非神经内分泌肿瘤的瘤内异质性,揭示其遗传和转录组特征 | 首次结合空间转录组学和成分特异性测序,在混合神经内分泌-非神经内分泌肿瘤中揭示形态学相似区域内的转录组亚群,并关联化疗反应预测 | 研究仅基于三个病例,样本量有限,且未涉及长期临床随访数据 | 探究混合神经内分泌-非神经内分泌肿瘤的瘤内异质性及其生物学基础 | 三个来自不同解剖部位(回盲部、卵巢、胃)的混合腺癌-神经内分泌癌病例 | 数字病理学 | 神经内分泌肿瘤 | 空间转录组学,成分特异性下一代测序,基因集富集分析 | NA | 空间转录组数据,基因组数据 | 三个病例 | NA | 空间转录组学,下一代测序 | NA | NA |
| 23 | 2026-01-11 |
Coordinated changes in midkine expression and midkine-associated multiomic profile in glioma microenvironment
2025-Aug-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-16253-5
PMID:40835683
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据,揭示了中期因子在胶质母细胞瘤微环境中的表达变化及其对免疫调节的影响 | 首次系统性地整合了四个RNA-Seq数据集,结合单细胞RNA-Seq和功能实验,阐明了MDK在GBM中的多组学特征及其对巨噬细胞分泌组的调控作用 | 研究主要基于回顾性队列和体外实验,缺乏体内模型验证;样本量虽大但异质性可能影响结果 | 探究中期因子在胶质瘤特别是胶质母细胞瘤中的功能及其在肿瘤微环境重塑中的作用 | 成人胶质瘤患者样本(包括胶质母细胞瘤)、匹配的原代细胞培养物以及巨噬细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq | NA | RNA序列数据, 单细胞RNA序列数据 | 1,017例成人胶质瘤(包括256例GBM样本) | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 24 | 2026-01-11 |
Comprehensive analysis of the PLXNA3 gene on prognosis and immune characteristics in breast cancer
2025-Aug-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-13843-1
PMID:40760011
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研究论文 | 本文通过综合分析PLXNA3基因在乳腺癌中的预后价值和免疫特征,揭示了其高表达与不良预后及免疫抑制相关 | 首次系统性地将PLXNA3基因表达与乳腺癌的恶性程度、生存预后、肿瘤免疫微环境特征及抗PD1免疫治疗反应相关联,并验证了其在体外对癌细胞增殖、侵袭和迁移能力的功能影响 | 研究主要基于公共数据库和体外实验,缺乏体内动物模型验证和更大规模的临床队列验证 | 探究PLXNA3基因在乳腺癌中的生物学意义、预后价值及其在肿瘤免疫微环境中的作用 | 乳腺癌患者样本(通过公共数据库获取)及乳腺癌细胞系 | 癌症生物学与生物信息学 | 乳腺癌 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 体外功能实验(基因敲低和过表达) | NA | RNA测序数据, 临床生存数据, 体外实验数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 25 | 2026-01-10 |
Hematopoietic EphA4 Deficiency Alters Microglial Heterogeneity and Improves Chronic Spatial Memory After Brain Injury
2025-Aug-29, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7265717/v1
PMID:40909780
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研究论文 | 本研究通过构建造血细胞特异性EphA4敲除的骨髓嵌合小鼠模型,探究了外周免疫来源的EphA4信号在创伤性脑损伤后对小胶质细胞异质性及长期功能恢复的调控作用 | 首次揭示了造血细胞来源的EphA4信号通过调节小胶质细胞形态、空间分布和转录组异质性,负向调控脑损伤后的长期神经免疫重塑与认知功能恢复 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;单细胞测序仅分析了90天时间点的海马组织,缺乏更全面的时间动态分析 | 探究外周免疫细胞来源的EphA4信号如何调控创伤性脑损伤后的小胶质细胞动态与功能恢复 | 造血细胞特异性EphA4敲除的骨髓嵌合小鼠及其在控制性皮质撞击损伤后的神经免疫反应 | 神经免疫学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序,骨髓嵌合小鼠模型,行为学测试(新物体识别测试,T迷宫) | 动物模型(小鼠) | 单细胞转录组数据,行为学数据,形态学数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及多时间点(3、60、90天)的骨髓嵌合小鼠实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 26 | 2026-01-10 |
Giardia-induced Type 2 mucosal immunity attenuates intestinal inflammation caused by co-infection or colitis in mice
2025-Aug, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-025-02051-2
PMID:40629110
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研究论文 | 本研究揭示了贾第鞭毛虫通过诱导黏膜2型免疫反应,在减轻小鼠肠道炎症中发挥保护作用 | 首次阐明贾第鞭毛虫通过诱导产生IL-10的Th2细胞,在促进自身寄生的同时,对共感染或结肠炎引起的肠道炎症产生保护性作用 | 研究主要基于小鼠模型,在人体中的直接适用性有待验证;保护效应的具体分子机制仍需进一步探索 | 探究贾第鞭毛虫感染如何调节黏膜免疫反应并影响肠道炎症 | 尼日利亚学龄儿童(流行病学数据)和实验小鼠(机制研究) | NA | 肠道感染性疾病,炎症性肠病 | 单细胞RNA测序,多参数流式细胞术 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | 尼日利亚学龄儿童群体(具体数量未明确)及实验小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2026-01-10 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies MMP11+ Cancer-Associated Fibroblasts as Drivers of Angiogenesis and Bladder Cancer Progression
2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202502774
PMID:40552583
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定出MMP11+癌症相关成纤维细胞(CAFs)作为膀胱癌血管生成和进展的关键驱动因素 | 识别了一个新的CAF亚群MMP11 mCAF,揭示了其通过WNT5A-MCAM信号轴调控血管生成,并发现其与多种癌症类型相关 | NA | 探索癌症相关成纤维细胞(CAFs)的异质性及其在肿瘤进展中的作用,以寻找新的治疗靶点 | 膀胱癌中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)、内皮细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 28 | 2026-01-09 |
Single-cell clonal lineage tracing identifies the transcriptional program controlling the cell fate decisions by neoantigen-specific CD8 + T cells
2025-Aug-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.13.670223
PMID:40894735
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研究论文 | 本研究通过单细胞克隆谱系追踪技术,揭示了新抗原特异性CD8+ T细胞命运决定的转录调控程序及其与临床预后的关联 | 首次联合单细胞转录组和TCR分析,在肿瘤和引流淋巴结中绘制了新抗原特异性CD8+ T细胞的克隆扩增与分化图谱,并揭示了TCF1+TOX- T细胞亚群作为分化根源的关键作用 | 研究基于小鼠前列腺癌模型,在人类癌症中的普适性仍需进一步验证 | 阐明新抗原特异性CD8+ T细胞命运决定的转录调控机制及其与免疫治疗反应的关系 | 小鼠前列腺癌模型中的新抗原特异性CD8+ T细胞 | 单细胞组学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组测序, TCR谱分析 | NA | 单细胞RNA-seq数据, TCR序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 29 | 2026-01-07 |
Multi-region spatial transcriptomics reveals region specific differences in response to amyloid beta (Aβ) plaque induced changes in Alzheimer's Disease (AD)
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.31.667719
PMID:40766691
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研究论文 | 本研究利用多区域空间转录组学结合Aβ免疫荧光染色,揭示了阿尔茨海默病中不同脑区对Aβ斑块诱导变化的区域特异性差异 | 首次在多个脑区同时进行空间转录组学与Aβ斑块分析,识别了抑制性神经元和细胞通讯网络的区域特异性变化 | 样本量较小(仅两名患者),且局限于Braak III和Thal 4阶段的AD病例,可能无法代表疾病全谱 | 探究阿尔茨海默病中脑区特异性对Aβ斑块诱导变化的脆弱性和恢复力的细胞与分子机制 | 两名Braak III和Thal 4阶段阿尔茨海默病患者的多个脑区组织,包括内嗅、枕颞、背外侧前额和纹状皮质 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学,免疫荧光染色 | NA | 空间转录组数据,免疫荧光图像 | 两名患者,覆盖四个脑区 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 30 | 2026-01-03 |
Subcellular spatial transcriptomics reveals immune-stromal crosstalk within the synovium of patients with juvenile idiopathic arthritis
2025-Aug-08, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.08.05.25332835
PMID:40894156
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研究论文 | 本研究通过亚细胞分辨率空间转录组学分析活动性幼年特发性关节炎患者的滑膜组织,揭示了免疫细胞与基质细胞的空间互作网络 | 开发了新的空间共定位分析流程,首次在亚细胞分辨率揭示JIA滑膜中NOTCH信号介导的内皮-成纤维细胞互作、CXCL9-CXCR3信号轴等微解剖结构 | 样本量有限,仅针对活动期患者进行分析,缺乏纵向动态观察数据 | 解析幼年特发性关节炎滑膜组织的空间分子架构与细胞互作机制 | 活动性幼年特发性关节炎患者的滑膜组织样本 | 空间转录组学 | 幼年特发性关节炎 | 空间转录组测序 | 空间共定位分析流程 | 空间转录组数据 | 活动性JIA患者滑膜组织(具体数量未明确说明) | NA | 空间转录组学 | NA | 亚细胞分辨率空间转录组分析 |
| 31 | 2026-01-02 |
Miconazole attenuates LPS-induced lung inflammation by modulating alveolar macrophage polarization via promoting lipid metabolic reprogramming
2025-Aug-25, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-025-02082-9
PMID:40853548
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研究论文 | 本研究探讨了咪康唑通过调节肺泡巨噬细胞极化及脂质代谢重编程来减轻LPS诱导的肺部炎症的机制 | 揭示了传统抗真菌药物咪康唑在肺部炎症中的新作用机制,即通过脂质代谢重编程调控巨噬细胞极化,并利用单细胞RNA测序技术解析了肺泡巨噬细胞亚群的变化 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,其结论在人体中的适用性尚需进一步验证 | 探究咪康唑在肺部炎症中的抗炎作用及其分子机制 | LPS诱导的肺部炎症小鼠模型、肺泡巨噬细胞、骨髓来源巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺部炎症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、组织病理学图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2025-12-29 |
Assessing the role of Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in colorectal cancer oncogene expression: insights from microbial colonization phenotypes
2025-Aug-15, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-025-10921-5
PMID:40815346
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研究论文 | 本研究探讨了大肠杆菌和肺炎克雷伯菌在结直肠癌组织中的存在及其对致癌基因表达的影响 | 通过结合培养和分子方法,分析了特定细菌与结直肠癌相关基因表达的关联,并揭示了细菌粘附侵袭表型与致癌通路(如TGF-β、Notch等)的复杂相互作用 | 研究样本量有限(100例),且主要依赖体外细胞模型(Caco-2细胞),未能全面反映体内微环境;未来需采用单细胞RNA测序等更精细技术进行深入验证 | 评估大肠杆菌和肺炎克雷伯菌在结直肠癌致癌基因表达中的作用,并探讨其通过炎症或直接调控影响肿瘤进展的机制 | 结直肠癌患者的组织活检样本(100例)以及从中分离的大肠杆菌和肺炎克雷伯菌菌株 | 微生物组学与癌症生物学 | 结直肠癌 | 细菌培养、分子检测方法(如基因表达分析)、细胞粘附与侵袭实验 | NA | 基因表达数据、临床参数数据 | 100例结直肠癌患者活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2025-12-25 |
Epigenomic subtypes of late-onset Alzheimer's disease reveal distinct microglial signatures
2025-Aug-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7232080/v1
PMID:40799738
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研究论文 | 本研究通过分析死后脑组织的全基因组DNA甲基化数据,识别了晚发性阿尔茨海默病的两种表观基因组亚型,并揭示了它们与特定小胶质细胞特征和功能通路的关联 | 首次在晚发性阿尔茨海默病中识别出两种一致的表观基因组亚型,并深入揭示了它们与特定小胶质细胞炎症状态和功能通路的关联,为疾病异质性提供了新的分子机制见解 | 研究基于死后脑组织样本,可能无法完全反映疾病早期或活体状态下的表观遗传变化,且样本量相对有限 | 识别晚发性阿尔茨海默病的表观基因组亚型,并探索其与细胞类型特异性甲基化、基因表达以及临床病理特征的关系 | 晚发性阿尔茨海默病患者的死后脑组织样本 | 表观基因组学 | 阿尔茨海默病 | 全基因组DNA甲基化分析、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | 无监督聚类方法 | DNA甲基化数据、RNA-seq数据 | 831个死后脑组织样本,来自三个独立队列 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 34 | 2025-12-25 |
Identifying Combinatorial Regulatory Genes for Cell Fate Decision via Reparameterizable Subset Explanations
2025-Aug, KDD : proceedings. International Conference on Knowledge Discovery & Data Mining
DOI:10.1145/3711896.3737000
PMID:41426294
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研究论文 | 本文提出了一种名为MetaVelo的全局特征解释框架,用于识别影响细胞命运转变的关键调控基因组合 | 通过将问题重新参数化为可控数据生成过程,克服了细胞命运动力学的不可微性挑战,并能够区分独立与协同调控基因 | 未在摘要中明确说明 | 识别调控细胞命运决定的组合基因 | 细胞命运决定过程 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经常微分方程 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 35 | 2025-12-22 |
Integrative exome sequencing and machine learning identify MICB and interferon pathway genes as contributors to SSc risk
2025-Aug, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.05.009
PMID:40514331
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研究论文 | 本研究通过整合外显子组测序、机器学习、单细胞RNA测序和表达数量性状位点分析,识别了系统性硬化症的新风险基因位点和致病通路 | 采用进化作用-机器学习框架整合多组学数据,首次发现MICB和干扰素通路基因在系统性硬化症风险中的关键作用 | 研究主要基于高加索和欧洲血统人群,结果可能不适用于其他种族群体 | 识别系统性硬化症的蛋白质编码变异和致病通路 | 系统性硬化症患者和对照组的遗传与表达数据 | 机器学习 | 系统性硬化症 | 外显子组测序, 单细胞RNA测序, 表达数量性状位点分析 | 机器学习 | 遗传数据, 表达数据 | 初始GWAS包括2,559例病例和893例对照,复制阶段包括9,846例病例和18,333例对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 36 | 2025-12-20 |
Inhibition of astrocyte signaling leads to sex-specific changes in microglia phenotypes in a diet-based model of cerebral small vessel disease
2025-Aug-09, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03523-2
PMID:40783543
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研究论文 | 本研究通过饮食诱导的高同型半胱氨酸血症小鼠模型,探讨了星形胶质细胞信号对微胶质细胞表型的性别特异性影响 | 揭示了星形胶质细胞通过CN/NFAT信号通路对微胶质细胞表型调控存在性别二态性,为脑小血管病的性别差异提供了新的机制见解 | 样本量较小,需要更多生物学重复和更严格的统计分析来验证结论 | 探究星形胶质细胞信号在脑小血管病背景下对微胶质细胞表型的调控作用及其性别差异 | C57BL/6J小鼠(7-8周龄,雄性和雌性) | 神经科学 | 脑小血管病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组织化学、Western blot | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | 未明确具体数量,但文中提及基于小样本量 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 37 | 2025-12-20 |
Progress and new challenges in image-based profiling
2025-Aug-07, ArXiv
PMID:40799808
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综述 | 本文回顾了基于图像的细胞表型分析在计算领域的发展历程,包括当前流程、局限性和未来方向 | 深度学习重塑了图像特征提取、可扩展性和多模态数据整合,单细胞分析和批次效应校正等方法的进步提升了分析精度 | 该领域仍面临重大挑战,需要创新解决方案 | 为研究人员提供基于图像分析的进展和新挑战的路线图 | 细胞表型分析 | 计算机视觉 | NA | 显微镜成像 | 深度学习 | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2025-12-17 |
Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data
2025-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.20.629785
PMID:39763720
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研究论文 | 本文提出了一种名为RASP的新型空间感知降维方法,用于高效处理高分辨率空间转录组学数据 | 提出了一种计算效率极高的空间感知降维方法,比现有技术快几个数量级,可扩展到超过10万个位置的数据集,并支持灵活整合非转录组协变量 | NA | 开发一种计算高效的方法,用于高分辨率空间转录组学数据的降维和空间域识别 | 人类和小鼠组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 随机化PCA框架 | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | 10x Visium, 10x Xenium, 以及Stereo-Seq和MERFISH技术 |
| 39 | 2025-12-16 |
A spatiotemporal atlas of mouse gastrulation and early organogenesis to explore axial patterning and project in vitro models onto in vivo space
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116047
PMID:40728928
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研究论文 | 本研究构建了一个小鼠原肠胚形成和早期器官发生时空图谱,用于探索轴向模式,并将体外模型投射到体内空间 | 整合了E7.25和E7.5天的空间转录组数据与现有E8.5空间及E6.5-E9.5单细胞RNA-seq图谱,创建了包含超过15万个细胞、82种精细细胞类型注释的时空图谱,揭示了原条中胚层命运决定的空间逻辑 | 研究主要聚焦于特定胚胎发育阶段(E6.5-E9.5),可能未完全覆盖更早期或更晚期的发育事件 | 探索小鼠原肠胚形成和早期器官发生过程中的空间转录组动态和轴向模式 | 小鼠胚胎(E6.5-E9.5发育阶段) | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 计算分析流程 | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 超过150,000个细胞 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 40 | 2025-12-15 |
Regulatory KIR+CD8+ T cells are elevated during human pregnancy
2025-Aug-06, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adm7697
PMID:40768597
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研究论文 | 本研究探讨了表达抑制性杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)的CD8+ T细胞在人类妊娠期间的作用及其与母胎耐受性的关系 | 首次发现KIR+CD8+ T细胞在妊娠期间频率升高,特别是在怀有男性胎儿的孕妇中,并揭示了该细胞亚群通过抑制针对胎儿特异性抗原的母体T细胞反应来促进母胎耐受的新机制 | 研究主要基于外周血和早期妊娠蜕膜组织样本,缺乏对妊娠全过程及更多妊娠并发症的系统性分析 | 探究KIR+CD8+ T细胞在人类妊娠免疫调节中的作用及其与妊娠结局的关联 | 孕妇外周血、脐带血细胞及早期妊娠蜕膜组织中的CD8+ T细胞 | 免疫学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序、体外细胞共培养实验、纵向分析 | NA | 基因表达数据、细胞频率数据 | 妊娠期女性外周血样本、早期妊娠蜕膜组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |