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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome sequencing (scRNA-seq) reveals dynamic gene expression trajectories regulating vascular cell senescence in Hylocereus undatus
2025-Aug-05, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149718
PMID:40774524
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了火龙果采后维管细胞衰老过程中的基因表达动态变化 | 首次在火龙果中构建单细胞图谱,识别维管细胞衰老的关键调控因子HuCEP和HuSCPL48,并发现物质运输和能量代谢相关基因的显著上调 | 研究仅聚焦于火龙果果皮组织,未涉及其他水果或植物器官的验证 | 探索火龙果采后维管细胞衰老的分子机制 | 火龙果(Hylocereus undatus)果皮组织 | 植物生物学 | NA | 单细胞转录组测序(scRNA-seq) | SCODE | 单细胞RNA测序数据 | 13个细胞簇,其中维管细胞主要位于簇10 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 362 | 2025-10-06 |
Spatial Analysis of Hereditary Diffuse Gastric Cancer Reveals Indolent Phenotype of Signet Ring Cell Precursors
2025-Aug-04, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-1039
PMID:40192595
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序分析遗传性弥漫性胃癌中印戒细胞前体病变的分子表型特征 | 首次揭示遗传性弥漫性胃癌中印戒细胞前体病变具有惰性表型特征,缺乏已知胃癌驱动基因突变 | 样本量较小(20例),仅针对CDH1变异携带者 | 阐明早期印戒细胞病变与晚期弥漫性胃癌的分子差异 | CDH1胚系变异携带者的全胃切除标本 | 数字病理学 | 胃癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | 转录组数据, 基因表达数据 | 20例人全胃切除标本 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 363 | 2025-10-06 |
Local inflammation at the salmon louse (Lepeophtheirus salmonis) attachment site contributes to copepodid rejection in coho salmon (Oncorhynchus kisutch)
2025-Aug, Cell and tissue research
IF:3.2Q3
DOI:10.1007/s00441-025-03976-0
PMID:40464919
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研究论文 | 本研究比较了四种鲑鱼对鲑鱼虱的易感性,并分析了银鲑和大西洋鲑在寄生虫附着部位的细胞反应差异 | 首次结合组织学、蛋白质组学和空间转录组学分析鲑鱼对寄生虫的局部炎症反应机制 | 仅在前两次试验中未能成功感染所有物种,可能影响结果的一致性 | 探究不同鲑鱼物种对鲑鱼虱的易感性及宿主防御机制 | 大西洋鲑和太平洋鲑物种(粉鲑、银鲑和奇努克鲑) | 寄生虫学 | 寄生虫感染 | 组织学分析、蛋白质组学、空间转录组学 | NA | 组织样本、蛋白质数据、基因表达数据 | 四种鲑鱼物种在感染后12、24、36、48、60和168小时采集的皮肤和鳍样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 364 | 2025-10-06 |
Inflammatory monocyte-derived amphiregulin mediates intestinal fibrosis in Crohn's disease by activating PI3K/AKT
2025-Aug, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2025.05.008
PMID:40480418
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研究论文 | 本研究揭示了炎症性单核细胞来源的双调蛋白通过激活PI3K/AKT通路促进克罗恩病肠道纤维化的机制 | 首次阐明炎症性单核细胞来源的AREG通过PI3K/AKT通路驱动肠道纤维化的具体分子机制 | 动物模型与人类疾病存在差异,需要进一步临床验证 | 阐明双调蛋白介导肠道纤维化的分子机制 | 克罗恩病患者组织标本、小鼠结肠炎模型、人肠道成纤维细胞 | 分子病理学 | 克罗恩病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 动物模型 | NA | 基因表达数据, 组织样本 | CD患者狭窄与非狭窄病变组织,肠憩室正常组织,野生型和Areg基因敲除小鼠 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 365 | 2025-10-06 |
Prediction and validation based on scRNA-seq: ETS2 targets CEBPB to mediate osteoclast differentiation in osteoarthritis progression
2025-Aug, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145639
PMID:40602581
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现ETS2通过靶向CEBPB调控破骨细胞分化,从而影响骨关节炎进展 | 首次揭示ETS2作为关键转录因子通过靶向CEBPB调控破骨细胞分化在骨关节炎进展中的作用机制 | 研究主要基于小鼠DMM模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 识别驱动破骨细胞介导的骨关节炎进展的关键分子靶点并探索其潜在机制 | 破骨细胞、骨关节炎小鼠模型 | 单细胞基因组学 | 骨关节炎 | scRNA-seq, ATAC-seq, Cut&Tag, 体外扰动实验, 体内实验 | NA | 单细胞RNA测序数据, 表观基因组数据 | DMM模型小鼠 | NA | single-cell RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 366 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing and PANDORA-seq reveal the pivotal role of piRNA in heat stress-induced testicular injury
2025-Aug, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145674
PMID:40609925
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和PANDORA-seq技术揭示了piRNA在热应激诱导睾丸损伤中的关键作用 | 首次发现piRNA是热应激反应最敏感的小RNA,并鉴定出piR_021767作为精子发生障碍的关键调控因子 | 研究主要基于小鼠模型,在猪等哺乳动物中的验证仍需进一步研究 | 探究piRNA在热应激诱导睾丸损伤中的分子机制 | 猪精液质量数据和小鼠睾丸热应激模型 | 单细胞组学 | 男性生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序,PANDORA-seq,双荧光素酶报告实验 | NA | 单细胞RNA测序数据,小RNA测序数据 | 23,385个猪数据点和小鼠睾丸热应激模型 | NA | 单细胞RNA测序,小RNA测序 | NA | NA |
| 367 | 2025-10-06 |
Hypoxia-induced cellular responses in the gills of juvenile Eleutheronema tetradactylum: Insights from single-cell RNA sequencing
2025-Aug, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145749
PMID:40617425
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术首次揭示了四指马鲅鳃组织在缺氧应激下的细胞异质性和分子响应机制 | 首次结合单细胞RNA测序、批量RNA测序和形态学评估,系统解析四指马鲅鳃组织在缺氧条件下的细胞异质性和分子响应机制 | 研究仅针对幼鱼鳃组织,未涉及其他组织或发育阶段;候选生物标志物的功能验证仍需进一步研究 | 阐明四指马鲅对缺氧应激的细胞和分子响应机制 | 四指马鲅幼鱼鳃组织 | 单细胞生物学 | 缺氧应激 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 苏木精-伊红染色, 透射电子显微镜 | NA | 基因表达数据, 组织形态图像 | 幼鱼鳃组织样本(缺氧与常氧条件对比) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 368 | 2025-10-06 |
Causal Association Between Immune Cell Traits and Risk of Multiple Malignant and Nonmalignant CNS Diseases: A Mendelian Randomization and Single-Cell Transcriptomic Analysis
2025-Aug, Brain and behavior
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/brb3.70632
PMID:40760788
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研究论文 | 通过孟德尔随机化和单细胞转录组分析,揭示免疫细胞特征与多种中枢神经系统疾病的因果关系 | 首次大规模整合731种免疫细胞特征与13种脑部疾病,结合eQTL和单细胞RNA测序数据建立胶质母细胞瘤风险标志 | 研究结果可能受到人群特异性和数据来源的限制 | 阐明免疫细胞特征与中枢神经系统疾病的因果关系 | 731种免疫细胞特征与13种脑部疾病(包括胶质母细胞瘤、阿尔茨海默病、肌萎缩侧索硬化等) | 生物信息学 | 中枢神经系统疾病 | 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 表达数量性状位点分析, 非负矩阵分解 | 孟德尔随机化模型, NMF | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 369 | 2025-10-06 |
New insights into interstitial cystitis/bladder pain syndrome at single-cell resolution
2025-Aug, BJUI compass
IF:1.6Q3
DOI:10.1002/bco2.70051
PMID:40765664
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综述 | 通过单细胞RNA测序技术对间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征的细胞异质性进行系统性综述 | 首次在单细胞分辨率水平系统揭示IC/BPS中膀胱细胞亚型的改变特征,发现TLR3-NR2F6信号通路异常、特定成纤维细胞亚型及HPV感染可能病因 | 基于已发表研究的二次分析,缺乏原始实验数据验证;物种间差异(人类与小鼠模型)尚未完全阐明 | 总结单细胞RNA测序在间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征研究中的最新发现 | 健康与IC/BPS患者的膀胱组织细胞,包括尿路上皮细胞、间质细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 泌尿系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 370 | 2025-10-06 |
CXCR4-Mediated Chemokine Signaling Orchestrates the Progression of Conjunctival Melanocytic Lesions
2025-Aug-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.11.23
PMID:40778698
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了CXCR4介导的趋化因子信号通路在结膜黑色素瘤恶性进展中的关键作用 | 首次在单细胞水平系统描绘结膜黑色素病变微环境异质性,并证实CXCR4拮抗剂AMD3100通过抑制PI3K/Akt和MEK/ERK通路发挥抗肿瘤作用 | 样本量有限,需要更大规模研究验证临床转化潜力 | 阐明结膜良恶性黑色素病变的微环境差异及趋化因子信号在病变进展中的作用机制 | 结膜黑色素病变组织标本、PIG1黑色素细胞、结膜黑色素瘤细胞系(CRMM1, CRMM2, CM2005.1) | 数字病理学 | 结膜黑色素瘤 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 实时定量PCR, 蛋白质印迹法, 免疫组织化学, 免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 组织图像数据 | 多个细胞系和未明确数量的组织标本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 371 | 2025-10-06 |
HDGF derived from Müller cells enhances the activation of microglia in diabetic retinopathy
2025-Aug-25, Journal of biomedical research
IF:2.2Q3
DOI:10.7555/JBR.38.20240386
PMID:40770862
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研究论文 | 本研究揭示了Müller细胞来源的HDGF在糖尿病视网膜病变中通过激活小胶质细胞促进炎症反应的作用机制 | 首次发现HDGF在糖尿病视网膜病变中主要由Müller细胞产生并靶向作用于小胶质细胞,阐明了HDGF-整合素β2-NCL信号轴在介导小胶质细胞过度活化中的新机制 | 研究主要基于细胞和小鼠模型,尚未在人类临床样本中充分验证 | 探究HDGF在糖尿病视网膜病变炎症反应中的具体作用机制 | 糖尿病视网膜病变患者房水样本、Müller细胞、小胶质细胞、糖尿病小鼠模型 | 眼科疾病分子机制研究 | 糖尿病视网膜病变 | ELISA, qPCR, western blot, 荧光免疫染色, 单细胞RNA测序分析 | NA | 分子生物学数据, 单细胞测序数据, 免疫荧光图像 | 未明确说明具体样本数量,包括患者房水、细胞培养和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 372 | 2025-10-06 |
Coordinated regulation of self-renewal and cell cycle during human lympho-myeloid lineage restriction
2025-Aug-07, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024026936
PMID:40258184
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研究论文 | 本研究开发了支持早期B淋巴细胞分化的培养系统,揭示了人类淋巴-髓系限制过程中自我更新能力丧失与细胞周期加速的协调调控机制 | 开发了新型培养系统支持早期人类淋巴样分化,首次发现B淋巴细胞和中性粒细胞/单核细胞谱系限制过程中伴随共享的细胞周期加速和转录异质性 | 研究主要基于脐带血CD34+细胞,可能不适用于其他来源的造血干细胞 | 阐明人类淋巴-髓系谱系限制过程中的生物学和分子变化 | 人类脐带血CD34+细胞及其分化的B淋巴细胞、中性粒细胞/单核细胞和树突状细胞前体 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组分析,克隆培养系统 | NA | 转录组数据 | 人类脐带血CD34+细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 373 | 2025-10-06 |
Insight into pericytes in glioblastoma angiogenesis: In vivo tracking by two-photon microscopy and proteomic profiling
2025-Aug-07, Animal models and experimental medicine
IF:3.8Q2
DOI:10.1002/ame2.70073
PMID:40772404
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研究论文 | 本研究通过双光子显微镜活体追踪和蛋白质组学分析,揭示了胶质母细胞瘤中周细胞在血管生成中的时空动态和分子重编程 | 首次结合活体成像和蛋白质组学技术,系统揭示了周细胞在胶质母细胞瘤血管生成中的时空动态和分子重编程机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 探究胶质母细胞瘤中周细胞的时空动态和分子变化在肿瘤血管生成中的作用 | PDGFRβ阳性周细胞、胶质母细胞瘤血管系统 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 双光子显微镜、LC-MS/MS蛋白质组学、单细胞RNA测序、流式细胞分选 | 转基因小鼠模型 | 图像、蛋白质组数据、基因表达数据 | 转基因小鼠模型,FACS分选的Pdgfrb+细胞 | NA | 蛋白质组学,单细胞RNA测序 | LC-MS/MS | 液相色谱-串联质谱分析 |
| 374 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing reveals potential novel insights into appendage-patterning and joint-development in a spider
2025-Aug-07, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists
IF:2.0Q3
DOI:10.1002/dvdy.70069
PMID:40772585
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研究论文 | 通过单细胞测序技术分析蜘蛛胚胎中与附肢模式和关节发育相关的细胞簇及其标记基因 | 发现了参与节肢动物关节发育的新遗传因子(dysf、spz3、svp)并在远缘螯肢动物中验证其进化起源 | 研究结果主要基于基因表达模式分析,功能验证实验尚不充分 | 探索节肢动物附肢模式和关节发育的遗传机制 | 蜘蛛Parasteatoda tepidariorum胚胎和收割者Phalangium opilio的直系同源基因 | 发育生物学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 蜘蛛胚胎细胞簇 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 375 | 2025-10-06 |
N-Oxide-Driven Heme-Activatable Biomolecule Labeling for Visualization of Labile Heme in Living Cells and Mouse Brain
2025-Aug-06, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c04990
PMID:40720736
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研究论文 | 开发了一种基于N-氧化物驱动血红素激活的生物分子标记策略,用于活细胞和小鼠脑中不稳定血红素的可视化检测 | 首次报道了N-氧化物驱动的不稳定血红素激活探针,能够在活体系统中实现选择性标记和检测 | NA | 开发新型化学探针以研究不稳定血红素在生理和病理过程中的作用 | 不稳定血红素(原卟啉IX与铁离子复合物) | 化学生物学 | NA | 荧光成像、3D组织可视化、蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | 图像、蛋白质组数据、转录组数据 | 活细胞和小鼠脑组织 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 376 | 2025-10-06 |
Unveiling the Role of Sdc4+ Monocytes in NASH: A Single-Cell RNA Sequencing Study
2025-Aug-06, Immunological investigations
IF:2.9Q3
DOI:10.1080/08820139.2025.2544180
PMID:40768295
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究揭示了Sdc4+单核细胞在非酒精性脂肪性肝炎中的作用机制 | 首次在单细胞水平揭示NASH中单核细胞亚群的异质性和功能转化,发现Sdc4+单核细胞的特异性作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 探究单核细胞在非酒精性脂肪性肝炎发病机制中的作用 | NASH小鼠和患者的肝脏非实质细胞,特别是单核细胞亚群 | 单细胞组学 | 非酒精性脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序, 转染, 共培养, 免疫荧光, qPCR | NA | 单细胞转录组数据 | NASH和对照小鼠的肝脏非实质细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 377 | 2025-10-06 |
Function of chemokines in embryo implantation
2025-Aug-06, Placenta
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.placenta.2025.07.092
PMID:40769846
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综述 | 本文综述了趋化因子在胚胎植入过程中通过调节免疫微环境维持母胎免疫稳态的核心作用 | 系统整合了趋化因子网络在胚胎植入关键过程中的调控机制,并强调单细胞测序等新技术在解码趋化因子介导调控中的应用 | 作为综述文章,未涉及原始实验研究,主要基于现有文献综合分析 | 探讨趋化因子在胚胎植入过程中的功能机制 | 胚胎植入过程中的趋化因子网络和免疫微环境 | 生殖免疫学 | 生殖系统疾病 | 单细胞测序、微流控、人工智能 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 378 | 2025-10-06 |
Multi-omics prediction of axillary treatment response and tumour microenvironment alterations in lymph node-positive luminal breast cancer
2025-Aug-04, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07877-6
PMID:40759637
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研究论文 | 本研究开发了一种多组学模型用于预测淋巴结阳性luminal乳腺癌患者新辅助化疗后的腋窝治疗反应 | 首次结合影像组学、临床病理特征和单细胞RNA测序构建多组学预测模型,并探索了肿瘤免疫微环境与治疗反应的关系 | 回顾性研究设计,样本量有限(仅5名患者的14个样本),需要更大规模的前瞻性验证 | 预测luminal乳腺癌患者新辅助化疗后的病理淋巴结完全缓解状态,以减少不必要的腋窝手术 | 淋巴结阳性的luminal乳腺癌患者 | 数字病理 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,影像组学分析 | 多组学预测模型 | 影像数据,临床数据,病理数据,单细胞RNA测序数据 | 两个中心的回顾性数据,包含5名患者的14个单细胞测序样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 379 | 2025-10-06 |
Optimized summary-statistic-based single-cell eQTL meta-analysis
2025-Aug-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-08808-3
PMID:40759673
|
研究论文 | 本文比较了不同策略并为跨单细胞RNA测序数据集的eQTL加权荟萃分析提供最佳实践建议 | 提出了针对单细胞eQTL研究的联邦加权荟萃分析方法,解决了基因型数据共享隐私限制和技术差异问题 | 单细胞研究样本量有限,不同数据集存在mRNA捕获效率、实验方案和测序策略的技术差异 | 提高检测细胞类型特异性表达数量性状位点(eQTLs)的统计功效 | 跨多个单细胞RNA测序数据集的eQTL汇总统计量 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 加权荟萃分析模型 | 基因表达数据、基因型数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 380 | 2025-10-06 |
Semi-supervised contrastive learning variational autoencoder Integrating single-cell multimodal mosaic datasets
2025-Aug-04, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06239-5
PMID:40759922
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研究论文 | 提出基于变分自编码器的半监督对比学习框架scGCM,用于整合单细胞多模态镶嵌数据集并消除批次效应 | 开发了灵活的整合框架,专门针对单细胞多模态镶嵌数据(部分模态缺失)的整合问题,结合了半监督对比学习和变分自编码器技术 | 未在摘要中明确说明研究的局限性 | 整合单细胞多模态镶嵌数据并消除批次效应 | 单细胞多模态镶嵌数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序技术 | 变分自编码器(VAE), 对比学习 | 单细胞多模态组学数据 | 多个数据集(未指定具体样本数量) | NA | 单细胞多模态组学 | NA | NA |