单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-08-09	Inflammatory monocyte-derived amphiregulin mediates intestinal fibrosis in Crohn's disease by activating PI3K/AKT 2025-Aug, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.05.008 PMID:40480418	研究论文	本研究揭示了炎症性单核细胞衍生的双调蛋白（AREG）通过激活PI3K/AKT通路促进克罗恩病（CD）肠道纤维化的机制	首次阐明炎症性单核细胞来源的AREG通过PI3K/AKT通路促进肠道纤维化的具体机制，并证实AREG缺失可减轻纤维化	研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本验证仍需扩大样本量	阐明AREG介导克罗恩病肠道纤维化的分子机制	克罗恩病患者肠道组织标本、DSS诱导的小鼠结肠炎模型、人肠道成纤维细胞（HIFs）	分子病理学	克罗恩病	RNA-seq、单细胞RNA-seq、细胞移植实验	基因敲除小鼠模型（Areg-/-）	基因表达数据、组织病理数据	CD患者狭窄/非狭窄病变组织标本、肠憩室正常组织对照、WT/Areg-/-小鼠模型
322	2025-08-09	Prediction and validation based on scRNA-seq: ETS2 targets CEBPB to mediate osteoclast differentiation in osteoarthritis progression 2025-Aug, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145639 PMID:40602581	研究论文	本研究旨在识别驱动骨关节炎（OA）进展中破骨细胞（OC）分化的关键分子靶点，并探索其潜在机制	发现转录因子ETS2通过靶向并增强CEBPB的表达来调控OC分化，为OA的发病机制和治疗提供了新的见解	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚未进行	探索骨关节炎进展中破骨细胞分化的分子机制	破骨细胞（OC）和骨关节炎（OA）	生物医学	骨关节炎	scRNA-seq, ATAC-seq, Cut&Tag	DMM模型小鼠	基因表达数据	NA
323	2025-08-09	Single-cell RNA sequencing and PANDORA-seq reveal the pivotal role of piRNA in heat stress-induced testicular injury 2025-Aug, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145674 PMID:40609925	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和PANDORA-seq技术揭示了piRNA在热应激诱导的睾丸损伤中的关键作用	首次发现piR_021767作为精子生成障碍的关键调控因子，并揭示了其通过抑制BAX表达调控精原细胞凋亡的分子机制	研究主要基于小鼠模型，在人类中的适用性需要进一步验证	探究piRNA在热应激诱导的睾丸损伤中的分子机制	猪和小鼠的精子生成细胞	生殖生物学	男性不育症	单细胞RNA测序, PANDORA-seq, 双荧光素酶报告实验	小鼠睾丸热应激模型	RNA测序数据	23,385个猪数据点和小鼠模型
324	2025-08-09	Hypoxia-induced cellular responses in the gills of juvenile Eleutheronema tetradactylum: Insights from single-cell RNA sequencing 2025-Aug, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145749 PMID:40617425	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，首次揭示了四指马鲅幼鱼鳃在缺氧条件下的细胞和分子响应	首次结合单细胞RNA测序、批量RNA测序和形态学评估，系统分析了四指马鲅幼鱼鳃在缺氧条件下的细胞异质性，并鉴定了潜在的细胞生物标志物	研究仅针对幼鱼阶段，成年鱼的缺氧响应可能有所不同	探究四指马鲅对缺氧条件的细胞和分子响应机制	四指马鲅（Eleutheronema tetradactylum）幼鱼的鳃组织	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、苏木精-伊红染色（HE staining）、透射电子显微镜（TEM）	NA	RNA测序数据、显微图像	NA
325	2025-08-09	Causal Association Between Immune Cell Traits and Risk of Multiple Malignant and Nonmalignant CNS Diseases: A Mendelian Randomization and Single-Cell Transcriptomic Analysis 2025-Aug, Brain and behavior IF:2.6Q3 DOI:10.1002/brb3.70632 PMID:40760788	研究论文	通过孟德尔随机化和单细胞转录组分析，研究免疫细胞特征与多种中枢神经系统疾病风险之间的因果关系	结合孟德尔随机化和单细胞转录组分析，首次系统评估免疫细胞特征对多种脑部疾病的因果影响，并建立了胶质母细胞瘤风险特征	样本量可能限制某些关联的检测效力，且结果需要进一步实验验证	阐明免疫细胞特征与脑部疾病之间的因果关系，并探索胶质母细胞瘤的生物标志物	731种免疫细胞特征与13种脑部疾病的关系	生物医学	胶质母细胞瘤、阿尔茨海默病、肌萎缩侧索硬化症、重度抑郁症等	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、表达数量性状位点(eQTL)分析、非负矩阵分解(NMF)	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	涉及731种免疫细胞特征和13种脑部疾病的大规模数据分析
326	2025-08-09	New insights into interstitial cystitis/bladder pain syndrome at single-cell resolution 2025-Aug, BJUI compass IF:1.6Q3 DOI:10.1002/bco2.70051 PMID:40765664	综述	本文总结了单细胞RNA测序在间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征(IC/BPS)研究中的最新发现，重点关注膀胱细胞群体，特别是尿路上皮细胞、间质细胞和免疫细胞	通过单细胞RNA测序揭示了IC/BPS中膀胱细胞的异质性，包括尿路上皮细胞的改变、间质细胞的亚型以及免疫景观的特征，并发现了潜在的病毒病因和性别差异	需要整合多组学方法并探索基于尿液的非侵入性单细胞RNA测序以改进诊断和治疗	深入了解间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征(IC/BPS)的细胞异质性和潜在治疗靶点	健康人和IC/BPS患者的膀胱细胞亚型，以及小鼠模型	单细胞测序	间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	已发表的scRNA-seq研究数据
327	2025-08-09	CXCR4-Mediated Chemokine Signaling Orchestrates the Progression of Conjunctival Melanocytic Lesions 2025-Aug-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.11.23 PMID:40778698	研究论文	本研究探讨了CXCR4介导的趋化因子信号在结膜黑色素瘤病变进展中的作用	揭示了CXCR4在结膜黑色素瘤恶性病变中的显著上调及其通过PI3K/Akt和MEK/ERK通路的作用机制	研究样本量有限，且未涉及CXCR4靶向治疗的长期效果评估	阐明结膜黑色素瘤病变微环境差异及CXCR4信号通路的调控作用	结膜黑色素瘤细胞系(CRMM1、CRMM2、CM2005.1)及PIG1黑色素细胞	肿瘤微环境研究	结膜黑色素瘤	RNA测序（bulk和单细胞）、定量实时PCR、Western blotting、免疫组化、免疫荧光	体外细胞模型和体内肿瘤模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	多个结膜黑色素瘤细胞系和黑色素细胞系
328	2025-08-08	HDGF derived from Müller cells enhances the activation of microglia in diabetic retinopathy 2025-Aug-25, Journal of biomedical research IF:2.2Q3 DOI:10.7555/JBR.38.20240386 PMID:40770862	研究论文	本研究探讨了肝细胞瘤衍生生长因子（HDGF）在糖尿病视网膜病变（DR）中介导炎症的作用	首次揭示了HDGF在DR中主要由Müller细胞产生并靶向小胶质细胞，促进其激活和炎症反应	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行人体临床试验	阐明HDGF在糖尿病视网膜病变炎症反应中的作用机制	Müller细胞和小胶质细胞	眼科疾病研究	糖尿病视网膜病变	ELISA、qPCR、western blot、荧光免疫染色	动物模型（DR小鼠）	RNA测序数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，涉及体外培养细胞和DR小鼠模型
329	2025-08-08	Coordinated regulation of self-renewal and cell cycle during human lympho-myeloid lineage restriction 2025-Aug-07, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026936 PMID:40258184	研究论文	本研究开发了支持早期B淋巴细胞分化的大量和克隆培养系统，揭示了人类淋巴-髓系限制过程中自我更新和细胞周期的协调调控机制	开发了新型培养系统支持早期人类淋巴分化，揭示了增殖控制的共享机制及B和NM谱系限制过程中的生物学和转录异质性	研究主要基于体外培养系统，可能无法完全反映体内情况	阐明人类淋巴-髓系限制过程中自我更新和细胞周期的调控机制	CD34+人类脐带血细胞	细胞生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	人类脐带血CD34+细胞
330	2025-08-08	Insight into pericytes in glioblastoma angiogenesis: In vivo tracking by two-photon microscopy and proteomic profiling 2025-Aug-07, Animal models and experimental medicine IF:3.8Q2 DOI:10.1002/ame2.70073 PMID:40772404	研究论文	本研究通过双光子显微镜和蛋白质组学分析，探讨了胶质母细胞瘤血管生成中周细胞的动态变化和分子重编程	揭示了周细胞在胶质母细胞瘤血管生成中的时空角色和分子变化，并开发了集成的成像-蛋白质组学框架	研究主要基于转基因小鼠模型，人类样本验证有限	探究胶质母细胞瘤血管生成中周细胞的作用和分子机制	胶质母细胞瘤中的周细胞和血管系统	数字病理学	胶质母细胞瘤	双光子显微镜、LC-MS/MS蛋白质组学、scRNA-seq	转基因小鼠模型	图像、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	转基因小鼠模型和人类胶质母细胞瘤样本
331	2025-08-08	Single-cell sequencing reveals potential novel insights into appendage-patterning and joint-development in a spider 2025-Aug-07, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.70069 PMID:40772585	研究论文	通过单细胞测序技术研究蜘蛛胚胎中附肢模式和关节发育的潜在新遗传因子	发现了与附肢模式和关节发育相关的新基因，如dysfusion (dysf)、spätzle3 (spz3)和seven-up (svp)，并研究了这些基因在远缘螯肢动物中的进化起源	研究仅基于蜘蛛和螯肢动物的胚胎数据，未涉及其他节肢动物或更广泛的物种比较	理解节肢动物附肢模式和关节发育的基因调控网络	蜘蛛Parasteatoda tepidariorum和螯肢动物Phalangium opilio的胚胎	发育生物学	NA	单细胞测序(SCS)	NA	基因表达数据	蜘蛛和螯肢动物的胚胎细胞群
332	2025-08-08	N-Oxide-Driven Heme-Activatable Biomolecule Labeling for Visualization of Labile Heme in Living Cells and Mouse Brain 2025-Aug-06, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.5c04990 PMID:40720736	研究论文	开发了一种新型化学探针，用于活细胞、固定样本和体内模型中不稳定血红素的检测	利用N-氧化物驱动的血红素可激活生物分子标记策略，首次实现了在活细胞和小鼠脑中对不稳定血红素的荧光成像和3D组织可视化	未提及该方法在其它组织或更复杂生物系统中的适用性	研究不稳定血红素在生理和病理过程中的作用	不稳定血红素（原卟啉IX与铁离子复合物）	化学生物学	NA	荧光成像、3D组织可视化、蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	图像、组学数据	活细胞和小鼠脑组织
333	2025-08-08	Unveiling the Role of Sdc4+ Monocytes in NASH: A Single-Cell RNA Sequencing Study 2025-Aug-06, Immunological investigations IF:2.9Q3 DOI:10.1080/08820139.2025.2544180 PMID:40768295	研究论文	通过单细胞RNA测序研究揭示了Sdc4+单核细胞在非酒精性脂肪性肝炎(NASH)中的作用	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了NASH中单核细胞的异质性和功能转化，特别是Sdc4+单核细胞的促炎作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究NASH中单核细胞的亚群及其在疾病进展中的作用	NASH小鼠和患者的肝脏非实质细胞，特别是单核细胞亚群	单细胞组学	非酒精性脂肪性肝炎	scRNA-seq, 转染, 共培养, 免疫荧光, qPCR	NA	单细胞转录组数据	NASH和对照小鼠的肝脏非实质细胞，部分人类样本
334	2025-08-08	Regulatory KIR+CD8+ T cells are elevated during human pregnancy 2025-Aug-06, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adm7697 PMID:40768597	研究论文	研究探讨了在人类妊娠期间，表达抑制性杀伤细胞免疫球蛋白样受体（KIRs）的CD8 T细胞作为调节性亚群的作用	首次发现KIR+CD8+ T细胞在妊娠期间频率增加，尤其是在怀有男性胎儿的孕妇中，并揭示了这些细胞在调节母胎耐受性中的作用	研究主要基于外周血和体外实验，对母胎界面KIR+CD8+ T细胞的具体作用机制仍需进一步研究	探讨KIR+CD8+ T细胞在妊娠期间的作用及其与妊娠相关疾病的关联	孕妇外周血和蜕膜组织中的CD8 T细胞	免疫学	妊娠相关疾病（自然流产和子痫前期）	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	孕妇外周血和蜕膜组织样本
335	2025-08-08	Function of chemokines in embryo implantation 2025-Aug-06, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.07.092 PMID:40769846	综述	本文综述了趋化因子在胚胎植入过程中的功能及其在维持母胎免疫稳态中的作用	整合了趋化因子网络在关键植入过程中的作用，并强调了单细胞测序、微流控和人工智能在解码趋化因子介导的调控中的应用	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	探讨趋化因子在胚胎植入过程中的功能及其机制	胚胎植入过程中的趋化因子网络及其调控机制	生殖免疫学	NA	单细胞测序、微流控、人工智能	NA	NA	NA
336	2025-08-08	A Large-Scale Single-Cell Atlas Reveals the Peripheral Immune Panorama of Bacterial Pneumonia 2025-Aug-04, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202501-0217OC PMID:40758632	研究论文	通过大规模单细胞转录组图谱揭示了细菌性肺炎外周免疫的全景	首次构建了细菌性肺炎患者外周血免疫细胞的大规模单细胞转录组图谱，揭示了不同疾病严重程度下外周免疫景观的深刻重塑	样本量相对有限（100例），且仅关注外周血免疫细胞，未涉及肺部局部免疫反应	阐明细菌性肺炎的免疫学机制，识别疾病严重程度的关键细胞和分子驱动因素	100名个体（39例重症细菌性肺炎，31例轻症，30例健康对照）的外周血免疫细胞	免疫学	细菌性肺炎	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	100名个体（39重症+31轻症+30对照）
337	2025-08-08	Multi-omics prediction of axillary treatment response and tumour microenvironment alterations in lymph node-positive luminal breast cancer 2025-Aug-04, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07877-6 PMID:40759637	研究论文	本研究通过多组学模型预测淋巴结阳性luminal乳腺癌的腋窝治疗反应及肿瘤微环境变化	首次构建多组学模型预测腋窝淋巴结转移luminal乳腺癌患者对新辅助化疗的病理完全缓解，并通过单细胞RNA测序分析揭示不同疗效患者的肿瘤免疫微环境差异	样本量较小(14个样本来自5名患者)，且为回顾性研究	开发术前评估腋窝淋巴结转移对新辅助化疗反应的方法	淋巴结阳性luminal乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	多组学预测模型	影像学数据、临床数据、病理数据	14个样本来自5名患者
338	2025-08-08	Optimized summary-statistic-based single-cell eQTL meta-analysis 2025-Aug-04, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08808-3 PMID:40759673	研究论文	本文比较了不同的策略，并为跨单细胞RNA测序数据集的eQTL加权荟萃分析提供了最佳实践建议	提出了一种联邦加权荟萃分析方法，整合不同数据集的摘要统计量，解决了基因型数据共享的隐私限制和技术差异问题	单细胞研究的样本量有限，可能影响细胞类型特异性eQTL的发现	提高检测细胞类型特异性eQTL的能力，以更好地解释疾病相关的遗传变异	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	WMA	基因表达数据	NA
339	2025-08-08	Semi-supervised contrastive learning variational autoencoder Integrating single-cell multimodal mosaic datasets 2025-Aug-04, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06239-5 PMID:40759922	research paper	提出了一种基于变分自编码器的半监督对比学习框架scGCM，用于整合单细胞多模态镶嵌数据集并消除批次效应	开发了一种灵活的整合框架scGCM，针对单细胞多模态镶嵌数据的高维度和稀疏性问题，以及批次效应挑战，相比现有方法在聚类精度和数据一致性上具有显著优势	未明确提及具体局限性	整合单细胞多模态镶嵌数据并消除批次效应	单细胞多模态镶嵌数据集	生物信息学	NA	单细胞测序技术	变分自编码器（Variational Autoencoder）	单细胞多模态数据	多个数据集，涵盖不同单细胞数据模态
340	2025-08-08	Repurposed clindamycin suppresses pyroptosis in tumor-associated macrophages through Inhibition of caspase-1 2025-Aug-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03478-5 PMID:40759978	研究论文	本研究通过计算和实验方法发现克林霉素可抑制肿瘤相关巨噬细胞中的caspase-1活性，从而减少炎症小体激活和细胞焦亡	开发了一种结合单细胞转录组学、网络分析和药物对接模拟的新型计算流程，用于筛选可重新利用的药物，并首次发现克林霉素对caspase-1的抑制作用	研究仅在体外实验验证了克林霉素的作用，尚未进行体内实验或临床试验	探索肿瘤相关巨噬细胞的免疫调节方法，以改善葡萄膜黑色素瘤的肿瘤微环境	肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)和葡萄膜黑色素瘤(UM)	计算生物学	葡萄膜黑色素瘤	单细胞转录组学、网络分析、多标准决策技术、药效团对接模拟	NA	单细胞转录组数据	NA