单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 555 篇文献，本页显示第 301 - 320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2025-10-05 |
Singletrome enhances detection of long noncoding RNAs in single cell transcriptomes
2025-Aug-12, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-13528-9
PMID:40796606
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研究论文 | 介绍Singletrome工具，用于增强单细胞转录组中长链非编码RNA的检测 | 开发了Singularity镜像工具，整合蛋白质编码和lncRNA基因注释，考虑基因的正反义重叠，生成增强注释 | NA | 改进单细胞RNA测序中长链非编码RNA的检测和分析 | 长链非编码RNA和蛋白质编码基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 302 | 2025-10-05 |
Multi-omics single-cell data alignment and integration with enhanced contrastive learning and differential attention mechanism
2025-Aug-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf443
PMID:40795161
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研究论文 | 提出一种用于单细胞多组学数据对齐和整合的新方法scECDA | 采用增强对比学习和差异注意力机制，能自主学习各组学数据集的特征分布并减少噪声干扰 | NA | 提高单细胞多组学数据整合的准确性和细胞类型识别能力 | 单细胞多组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞多组学测序 | 自编码器,对比学习 | 单细胞多组学数据 | 八个配对单细胞多组学数据集 | 10x Genomics | 单细胞多组学 | 10X Multiome, CITE-seq, TEA-seq | 多种单细胞多组学技术平台生成的数据 |
| 303 | 2025-10-05 |
A Single-Cell Atlas-Inspired Hitchhiking Therapeutic Strategy for Acute Pancreatitis by Restricting ROS in Neutrophils
2025-Aug, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202502200
PMID:40395143
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示急性胰腺炎中中性粒细胞亚群组成及极化过程，并开发了一种基于二氧化锰纳米反应器的靶向治疗策略 | 首次构建急性胰腺炎中性粒细胞单细胞图谱，并创新性地提出基于中性粒细胞搭便车递送的纳米治疗策略，实现原位合成抗氧化剂 | NA | 开发针对急性胰腺炎的靶向治疗策略，通过限制中性粒细胞中活性氧来减轻胰腺炎症 | 急性胰腺炎中的中性粒细胞 | 单细胞测序 | 急性胰腺炎 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 304 | 2025-10-05 |
Decoding neuronal diversity: Mechanisms governing neural cell fate in Drosophila
2025-Aug, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2025.103061
PMID:40482397
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综述 | 本文综述了果蝇神经细胞命运决定机制的最新研究进展 | 整合单细胞转录组学和全脑连接组学新技术，系统阐述神经细胞命运决定的三大关键机制 | 主要聚焦果蝇模型，对哺乳动物神经发育的普适性有待验证 | 解析神经干细胞如何产生神经元多样性的分子机制 | 果蝇神经系统发育 | 发育神经生物学 | NA | 单细胞转录组学、全脑连接组学、经典遗传学、标记技术 | NA | 基因表达数据、神经连接数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 305 | 2025-10-05 |
Principles of synaptogenesis: Insights from Caenorhabditiselegans
2025-Aug, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2025.103056
PMID:40483740
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综述 | 基于秀丽隐杆线虫模型阐述突触发生的原理、组织与精细化调控机制 | 整合基因编辑、显微成像、单细胞转录组与计算分析等前沿技术解析突触发育机制 | NA | 揭示突触组装、精细化与重塑的遗传基础与调控机制 | 秀丽隐杆线虫神经系统 | 神经科学 | NA | 基因编辑, 显微成像, 单细胞转录组分析, 计算分析 | NA | 基因表达数据, 显微图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 306 | 2025-10-05 |
Molecular characterization and functional prioritization of CD46, IL6R, KLRC1, LEAP2 and SMOX as candidate targets in acute kidney injury
2025-Aug, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146096
PMID:40683494
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研究论文 | 通过多组学整合框架鉴定并验证急性肾损伤的候选治疗靶点 | 建立遗传信息指导的多组学整合框架，系统筛选具有治疗潜力的候选靶点，并结合计算药物重定位和实验验证 | NA | 识别和验证急性肾损伤的潜在治疗靶点 | CD46、IL6R、KLRC1、LEAP2和SMOX基因及其编码蛋白 | 生物信息学 | 急性肾损伤 | 多组学整合分析、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、计算机药物重定位 | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 307 | 2025-10-05 |
Computational methods for alternative polyadenylation and splicing in post-transcriptional gene regulation
2025-Aug, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01496-z
PMID:40804481
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综述 | 全面概述选择性多聚腺苷酸化和选择性剪接的计算分析方法及其在转录后基因调控中的作用 | 系统总结了单细胞RNA测序专用的APA和AS分析技术，提供了从群体到单细胞水平的基因调控新见解 | 作为综述文章，主要总结现有方法而非提出新算法，依赖已有文献的覆盖范围 | 探讨选择性多聚腺苷酸化和选择性剪接在转录后基因调控中的计算分析方法 | 基因转录本和调控机制 | 生物信息学 | NA | RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 308 | 2025-10-05 |
Steatohepatitis alters lymphocytes cytotoxicity and localization, accelerating colorectal liver metastases
2025-Aug-28, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2025.101222
PMID:40882404
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研究论文 | 本研究探讨脂肪性肝炎如何通过改变淋巴细胞毒性和定位来加速结直肠癌肝转移 | 首次揭示MASH通过改变CD8+T细胞和NK细胞的定位与功能，而非单纯数量变化，来促进肝转移的新机制 | 研究基于小鼠模型，需要人类样本验证；未详细探讨其他免疫细胞亚群的作用 | 阐明MAFLD中代谢应激引起的肝脏免疫细胞变化及其对结直肠癌肝转移早期阶段的影响 | 小鼠模型中的肝脏免疫细胞和MC38癌细胞 | 免疫肿瘤学 | 结直肠癌肝转移 | 单细胞RNA测序，RT-PCR，免疫组织化学 | NA | 基因表达数据，组织图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 309 | 2025-10-05 |
Nitrogen-Driven Orchestration of Lateral Root Development: Molecular Mechanisms and Systemic Integration
2025-Aug-21, Biology
DOI:10.3390/biology14081099
PMID:40906392
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综述 | 本文系统综述了氮素如何通过分子机制调控植物侧根发育过程及其系统整合 | 整合了单细胞转录组学和先进成像技术揭示的侧根对氮素响应的细胞异质性，强调了氮素作为主调节器通过分子枢纽同步营养感应与根形态发生的动态重编程机制 | 作为综述文章，主要整合现有研究而非提出新的实验证据 | 阐明氮素感知、信号传导及其与侧根发育途径整合的分子机制，旨在提高作物氮素利用效率 | 植物侧根发育过程，包括起始、原基形成、出现和伸长 | 植物分子生物学 | NA | 单细胞转录组学，先进成像技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 310 | 2025-10-05 |
Integrative analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq to identify lactylation-related gene signatures in lung ischemia-reperfusion injury after lung transplantation
2025-Aug-19, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115361
PMID:40914702
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别肺移植后缺血再灌注损伤中与乳酸化相关的基因特征 | 首次将乳酸化相关基因特征与肺移植缺血再灌注损伤关联，并通过多组学整合和机器学习方法识别诊断生物标志物 | 研究主要基于公共数据集，实验验证仅限于小鼠模型 | 识别肺移植后缺血再灌注损伤中乳酸化相关的关键调控基因 | 肺移植患者的转录组数据和小鼠肺缺血再灌注损伤模型 | 生物信息学 | 肺缺血再灌注损伤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 乳酸测定, 蛋白质印迹, 免疫组织化学, 免疫荧光, RT-qPCR | LASSO, 随机森林 | 转录组数据, 单细胞数据 | GSE145989和GSE18995数据集，小鼠肺IRI模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 311 | 2025-10-05 |
Novel Insights into T-Cell Exhaustion and Cancer Biomarkers in PDAC Using ScRNA-Seq
2025-Aug-07, Biology
DOI:10.3390/biology14081015
PMID:40906153
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析胰腺导管腺癌中T细胞耗竭和癌症生物标志物 | 鉴定出16个癌症和T细胞的新型标志物，揭示了PDAC中T细胞耗竭的新机制 | 需要进一步的临床研究来验证这些新型标志物作为PDAC患者潜在治疗靶点的有效性 | 研究胰腺导管腺癌中T细胞耗竭机制并识别相关生物标志物 | 人类PDAC数据集中的癌细胞和T细胞 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, PPI分析, 生存分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 来自原发性肿瘤和邻近正常组织的细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 312 | 2025-10-05 |
Mechanistic Study of NT5E in Reg3β-Induced Macrophage Polarization and Cooperation with Plasma Proteins in Myocarditis Injury and Repair
2025-Aug-07, Biology
DOI:10.3390/biology14081017
PMID:40906170
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研究论文 | 本研究探讨NT5E通过Reg3β调控巨噬细胞极化并与血浆蛋白协同影响心肌炎的机制 | 首次揭示NT5E在Reg3β诱导的巨噬细胞M2极化中的双重作用，并通过孟德尔随机化识别了81个与心肌炎因果相关的血浆蛋白 | 研究主要基于体外实验和生物信息学分析，需要进一步的体内实验验证 | 探索NT5E调控巨噬细胞极化及与血浆蛋白协同作用在心肌炎发生发展中的分子机制 | 巨噬细胞极化、血浆蛋白、心肌炎发病机制 | 分子生物学与免疫学 | 心肌炎 | RNA测序, Western blotting, qPCR, 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 分子对接 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 313 | 2025-10-05 |
Tracking clonal dynamics of CD8 T cells and immune dysregulation in progression of systemic lupus erythematosus with nephritis
2025-Aug, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01504-2
PMID:40744996
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA和T细胞受体测序分析系统性红斑狼疮患者的免疫细胞动态变化 | 揭示了干扰素驱动机制与细胞毒性T细胞功能障碍在SLE发作中的关键联系，并发现效应CD8 T细胞克隆扩增是疾病恶化的主要驱动因素 | 样本量相对有限（6名SLE患者），需要更大规模研究验证 | 探究系统性红斑狼疮疾病进展中CD8 T细胞克隆动态和免疫失调机制 | 系统性红斑狼疮患者和健康捐赠者的外周血单个核细胞 | 单细胞生物学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序, 批量RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据, TCR测序数据, 批量RNA测序数据 | 6名SLE患者（19个样本）和32名健康捐赠者，另验证数据集包括79名对照和62名SLE患者的批量数据，以及99名健康对照和162名SLE患者的单细胞数据 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 314 | 2025-10-06 |
Cytoplasmic dynamics are overlooked in single nuclei RNA-seq but can be rescued by CytoRescue, a generative AI model to recover cytoplasm enriched gene
2025-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.15.670239
PMID:40894560
|
研究论文 | 开发了一种名为CytoRescue的生成式AI模型，用于恢复单核RNA测序数据中被削弱的细胞质富集基因表达信号 | 首次提出专门针对单核RNA测序数据中细胞质信号恢复的生成式AI模型，能够有效恢复细胞质富集基因的表达 | 未明确说明模型在哪些特定组织类型或条件下的适用性限制 | 解决单核RNA测序技术中细胞质信号缺失的根本限制，增强其转录组分析的全面性 | 单核RNA测序数据中的细胞质富集基因 | 机器学习 | 肺癌 | 单核RNA测序，生成式AI | 生成式AI模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 315 | 2025-10-06 |
Spatial and multi-omic profiling reveals genes and pathways associated with cytotoxic lymphocyte infiltration in malignant rhabdoid tumor
2025-Aug-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7303174/v1
PMID:40894019
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和多组学分析揭示恶性横纹肌样瘤中细胞毒性淋巴细胞浸润的相关基因和通路 | 首次结合空间转录组学和多组学技术系统分析MRT肿瘤免疫微环境特征，发现候选肿瘤抗原多样性、抗原加工呈递基因上调与'热'肿瘤免疫微环境的强关联 | 样本量有限，未明确说明具体样本数量；部分基因名称在摘要中未完整呈现 | 探究恶性横纹肌样瘤中免疫细胞浸润的分子机制和特征 | 恶性横纹肌样瘤样本 | 空间转录组学 | 恶性横纹肌样瘤 | 空间转录组学, 多组学分析 | NA | 空间转录组数据, 多组学数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 316 | 2025-10-06 |
Systematic characterization of cell type-specific master metabolic regulators in Alzheimer's disease
2025-Aug-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7207381/v1
PMID:40894034
|
研究论文 | 本研究开发了scFUMES算法，系统性地识别了阿尔茨海默病中细胞类型特异性的主要代谢调控因子 | 开发了整合多组学数据的scFUMES算法，首次在细胞类型特异性水平系统揭示了AD中的主要代谢调控因子及其网络基础 | 研究主要基于计算预测，实验验证相对有限，需要更多功能研究确认调控机制 | 揭示阿尔茨海默病中细胞类型特异性的代谢调控网络和主要代谢调控因子 | 人脑组织中的神经元、小胶质细胞等脑细胞类型 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 相互作用组学, 基因组学, 转录组学, 代谢组学 | scFUMES算法 | 多组学数据 | 来自大型人脑生物样本库的样本，涉及中颞回和背外侧前额叶皮层两个AD易感区域 | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学整合分析 | NA | NA |
| 317 | 2025-09-06 |
The Pdgfd-Pdgfrb axis orchestrates tumor-nerve crosstalk in pancreatic cancer
2025-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.26.672505
PMID:40909696
|
研究论文 | 本研究揭示了Pdgfd-Pdgfrb信号轴在胰腺癌中介导肿瘤-神经交互作用并促进神经周围侵袭的机制 | 首次发现Pdgfd信号通过协调癌细胞、神经元和胶质细胞的多方面相互作用促进神经侵袭，并证明该轴可作为治疗靶点 | NA | 探究胰腺导管腺癌中肿瘤-神经相互作用的分子机制及其对神经周围侵袭的影响 | 胰腺导管腺癌（PDAC）中的肿瘤细胞、神经及胶质细胞 | 肿瘤微环境研究 | 胰腺癌 | 全转录组测序、单细胞空间转录组学 | NA | 转录组数据、空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 318 | 2025-09-06 |
Cross-species analysis identifies genotype-driven vulnerabilities in lung adenocarcinoma
2025-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.24.671070
PMID:40909610
|
研究论文 | 通过跨物种单细胞分析揭示肺腺癌基因型驱动的肿瘤微环境特征和代谢依赖性 | 首次通过人鼠跨物种保守性分析揭示致癌基因突变对肿瘤微环境的特异性免疫印记 | 样本量有限（57例人类和18例小鼠样本），需进一步验证 | 解析肺腺癌主要基因突变亚型对肿瘤细胞和微环境的特异性影响 | 人类和小鼠肺腺癌样本 | 计算生物学 | 肺腺癌 | scRNA-seq（单细胞RNA测序） | 跨物种比较分析 | 单细胞转录组数据 | 57例人类样本和18例小鼠样本 | NA | NA | NA | NA |
| 319 | 2025-09-06 |
High-Resolution Spatial Transcriptomics Reveals Fibroblast and Neuroimmune Microenvironments in Endometriosis Lesions
2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.20.671344
PMID:40909522
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研究论文 | 本研究通过高分辨率空间转录组学揭示了子宫内膜异位症病灶中的成纤维细胞和神经免疫微环境 | 首次建立人类卵巢和腹膜病灶的精确空间转录组图谱，发现跨病灶类型的共享空间特征并验证上皮-神经元相互作用组 | NA | 探究子宫内膜异位症疼痛症状和疾病进展的机制 | 人类卵巢和腹膜子宫内膜异位症病灶 | 空间转录组学 | 子宫内膜异位症 | 空间转录组学，3D共培养模型 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 320 | 2025-09-06 |
Single-Cell Network Analysis Identifies CLEC4E as a Key Mediator of Proinflammatory mDC Responses in Influenza Infection
2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.21.671587
PMID:40909530
|
研究论文 | 本研究通过单细胞网络分析发现CLEC4E是流感感染中促炎性mDC反应的关键介质 | 采用整合单细胞共表达网络方法，首次识别出CLEC4E作为调节病理性炎症反应的上游驱动因子 | NA | 揭示流感感染中特定免疫细胞内的关键分子驱动机制 | 髓样树突状细胞(mDCs)和流感感染模型 | 生物信息学 | 流感感染 | 单细胞RNA测序，网络分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 流感感染患者的独立单细胞数据集和小鼠流感模型 | NA | NA | NA | NA |