本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics reveals human cortical layer and area specification
2025-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09010-1
PMID:40369074
|
研究论文 | 通过空间转录组技术揭示人类胎儿大脑皮层分层和区域特化的分子机制 | 首次结合MERFISH技术和深度学习核分割,在空间单细胞分辨率下系统绘制人类胎儿皮层发育图谱,发现皮层区域特化的两种不同模式 | 研究仅聚焦胎儿发育阶段,未涵盖出生后皮层发育过程 | 解析人类大脑皮层分层和区域特化的空间分子机制 | 人类胎儿大脑皮层组织 | 空间转录组学 | NA | MERFISH, 单核RNA测序, 深度学习核分割 | 深度学习 | 空间转录组数据, 图像数据 | 超过1800万个单细胞,涵盖7个发育时间点和8个皮层区域 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 多重错误鲁棒荧光原位杂交(MERFISH) |
| 302 | 2025-10-06 |
Taurine from tumour niche drives glycolysis to promote leukaemogenesis
2025-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09018-7
PMID:40369079
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术发现肿瘤微环境中的牛磺酸通过驱动糖酵解促进白血病发生 | 首次系统描绘白血病进展过程中基质信号的动态变化,鉴定牛磺酸-TAUT轴作为侵袭性髓系白血病的关键依赖性通路 | 研究主要聚焦于髓系白血病,对其他类型白血病的适用性需进一步验证 | 探索肿瘤微环境对白血病干细胞的支持机制 | 白血病干细胞、骨髓基质细胞、小鼠模型和患者来源的急性髓系白血病细胞 | 单细胞生物学 | 白血病 | 单细胞RNA测序、CRISPR筛选、多组学分析 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据、基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 303 | 2025-10-06 |
Exploiting the endothelial-immune axis to improve radiotherapy efficacy
2025-Aug-01, The British journal of radiology
DOI:10.1093/bjr/tqaf114
PMID:40419861
|
综述 | 探讨放射治疗中内皮细胞与免疫系统的相互作用机制及其对治疗效果的影响 | 提出通过靶向内皮-免疫轴来增强放射治疗疗效的新策略 | NA | 改善放射治疗的疗效并减少副作用 | 血管内皮细胞与免疫细胞在放射治疗中的相互作用 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 304 | 2025-10-06 |
ChemPerturb-seq screen identifies a small molecule cocktail enhancing human beta cell survival after subcutaneous transplantation
2025-Aug-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.06.002
PMID:40562034
|
研究论文 | 开发了化学扰动测序技术,通过单细胞RNA测序筛选出能增强人β细胞皮下移植后存活的小分子组合 | 将化学筛选与单细胞RNA测序相结合,创建ChemPerturb-seq平台,实现系统性分析小分子处理后人β细胞的分子变化 | 发现的小分子组合仅对雌性小鼠有效,对雄性小鼠无效 | 筛选能增强人β细胞移植后存活和功能的小分子组合 | 人β细胞和原代胰岛 | 单细胞组学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | 人工智能 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 305 | 2025-10-06 |
Impact of Curcumin on the IL-17A-Mediated p53-Fibrinolytic System: Mouse Proteomics and Integrated Human Fibrosis scRNAseq Insights
2025-Aug, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02167-3
PMID:39424752
|
研究论文 | 本研究探讨姜黄素通过调节IL-17A介导的p53-纤溶系统对急性肺损伤向特发性肺纤维化发展的影响机制 | 首次整合小鼠蛋白质组学与人类肺纤维化单细胞RNA测序数据,揭示IL-17A在p53-纤溶系统中的新作用及姜黄素的调节机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据验证相对有限 | 阐明IL-17A在急性肺损伤向肺纤维化进展中的作用机制及姜黄素的治疗潜力 | C57BL/6小鼠和人类IPF肺组织标本 | 生物信息学 | 肺纤维化 | 蛋白质组学,单细胞RNA测序,分子对接 | Schroedinger分子对接模型 | 蛋白质组数据,单细胞RNA测序数据 | 20例IPF患者和10例对照肺组织标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 306 | 2025-10-06 |
Multiple Machine Learning Identifies Key Gene PHLDA1 Suppressing NAFLD Progression
2025-Aug, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02164-6
PMID:39496918
|
研究论文 | 本研究通过多种机器学习方法鉴定出PHLDA1基因在抑制非酒精性脂肪肝疾病进展中的关键作用 | 首次通过整合多种机器学习策略和单细胞RNA测序数据,系统鉴定PHLDA1作为NAFLD的新型生物标志物,并验证其在细胞和小鼠模型中的功能 | 研究主要基于公共数据库数据,临床样本验证有限,机制研究仍需深入 | 识别非酒精性脂肪肝疾病的新型生物标志物和治疗靶点 | 非酒精性脂肪肝疾病相关基因表达数据、细胞模型和小鼠模型 | 机器学习 | 非酒精性脂肪肝疾病 | 差异表达分析,WGCNA,机器学习,ROC分析,单细胞RNA测序,基因集富集分析 | 多种机器学习策略 | 基因表达数据,转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 三个NAFLD数据集中的23个重叠差异表达基因 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 307 | 2025-10-06 |
Comprehensive Analysis of Sialylation-Related Gene Profiles and Their Impact on the Immune Microenvironment in Periodontitis
2025-Aug, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02177-1
PMID:39609348
|
研究论文 | 通过综合分析唾液酸化相关基因谱及其对牙周炎免疫微环境的影响 | 首次系统鉴定牙周炎中唾液酸化相关核心基因并构建诊断模型,结合单细胞测序揭示唾液酸化对单核细胞发育和细胞通讯的影响 | 研究基于公共数据集,需要实验验证;样本量有限 | 识别与牙周炎相关的唾液酸化相关基因并探索其对牙周免疫微环境的影响 | 牙周炎患者 | 生物信息学 | 牙周炎 | 单细胞测序,差异表达分析,机器学习,加权基因共表达网络分析,伪时间序列分析,细胞通讯分析 | 机器学习诊断模型 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 308 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA-seq Reveals Increased and Activated Post-Capillary Venule Endothelial Cells in Erythrodermic Psoriasis
2025-Aug, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02216-x
PMID:39786459
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了红皮病型银屑病中毛细血管后微静脉内皮细胞显著增加和激活的现象 | 首次在单细胞水平发现红皮病型银屑病中毛细血管后微静脉内皮细胞的异常增加和激活状态 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 探究红皮病型银屑病中血管内皮细胞的病理变化 | 人类和小鼠的红皮病型银屑病皮肤组织样本 | 单细胞组学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序,免疫荧光,流式细胞术 | 轨迹分析 | 单细胞转录组数据,图像数据,流式数据 | 人类患者活检样本和小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 309 | 2025-10-06 |
A Functional Variant rs2122031 in ATG7 Is Associated with the Risk of Radiation Pneumonitis
2025-Aug, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0238OC
PMID:39847703
|
研究论文 | 本研究探讨了自噬相关基因ATG7的功能性变异rs2122031与放射性肺炎风险的关联 | 首次发现ATG7基因的功能性变异与放射性肺炎风险相关,并通过多组学方法验证了其分子机制 | 样本量相对有限(301例患者),仅分析了5个自噬相关基因的13个SNP | 研究自噬相关基因遗传变异与放射性肺炎风险的关联 | 接受放疗的301例患者、成纤维细胞和条件性基因敲除小鼠 | 医学遗传学 | 放射性肺炎 | MassArray基因分型、Sanger测序、qRT-PCR、免疫组化、单细胞RNA测序 | Cox风险比例模型 | 基因型数据、临床影像数据、基因表达数据 | 301例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 310 | 2025-10-06 |
Gene regulatory networks and essential transcription factors for de novo-originated genes
2025-Aug, Nature ecology & evolution
IF:13.9Q1
DOI:10.1038/s41559-025-02747-y
PMID:40659874
|
研究论文 | 本研究通过计算方法和单细胞RNA测序数据识别调控de novo基因表达的关键转录因子 | 首次揭示了转录因子在调控de novo基因表达中的特异性作用,并发现某些转录因子更倾向于调控de novo基因 | 研究主要基于果蝇模型,在哺乳动物中的普适性需要进一步验证 | 探究de novo起源基因的调控网络和关键转录因子 | 果蝇中的de novo基因及其调控机制 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 计算方法, 遗传学工具, 基因组学工具 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 311 | 2025-10-06 |
Multi-omics insights of immune cells in the risk and prognosis of idiopathic membranous nephropathy
2025-Aug-10, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08642-3
PMID:40783650
|
研究论文 | 本研究通过多组学数据分析揭示了CD39调节性T细胞在特发性膜性肾病风险与预后中的关键作用 | 首次通过孟德尔随机化分析确定CD39 Tregs与IMN的因果关系,并构建了107个复合机器学习模型识别MN | 研究样本量有限,需要更大规模验证 | 探究免疫细胞在特发性膜性肾病风险与预后中的作用机制 | 731种免疫细胞表型与特发性膜性肾病患者 | 生物信息学 | 肾脏疾病 | 多组学分析, 孟德尔随机化, 多重免疫荧光染色, 单细胞转录组分析, 流式细胞术 | 机器学习模型 | 基因组数据, 转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 312 | 2025-10-06 |
Mitochondrial metabolic reprogramming in colorectal cancer: mechanisms of resistance and future clinical interventions
2025-Aug-09, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02670-y
PMID:40783392
|
综述 | 探讨结直肠癌中线粒体代谢重编程在治疗抵抗中的作用机制及潜在临床干预策略 | 系统阐述线粒体代谢重编程作为结直肠癌治疗抵抗的核心适应机制,并评估空间转录组学等新技术在个性化治疗中的转化价值 | NA | 分析线粒体代谢重编程导致结直肠癌治疗抵抗的机制并探索临床干预方向 | 结直肠癌细胞及其线粒体代谢机制 | NA | 结直肠癌 | 空间转录组学, 蛋白质组学, 患者来源类器官 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 313 | 2025-10-06 |
CAR-engineered cytolytic Tregs reverse pulmonary fibrosis and remodel the fibrotic niche with limited CRS
2025-Aug-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.182050
PMID:40627450
|
研究论文 | 本研究开发了靶向FAP1的CAR工程化细胞毒性调节T细胞,用于治疗特发性肺纤维化 | 结合CAR-T细胞的靶向杀伤优势和Treg细胞的免疫抑制功能,首次开发CAR-cTregs治疗肺纤维化 | 研究基于博来霉素诱导的肺纤维化模型,尚未在人体临床试验中验证 | 开发治疗特发性肺纤维化的新型细胞免疫疗法 | FAP1+肺泡成纤维细胞和CAR工程化细胞毒性调节T细胞 | 细胞免疫治疗 | 特发性肺纤维化 | 单细胞转录组测序,CAR-T细胞工程 | NA | 基因表达数据,病理学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 314 | 2025-10-06 |
Regulation of cortical neurogenesis by MED13L via transcriptional priming and its implications for MED13L syndrome
2025-Aug-08, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08532-8
PMID:40775066
|
研究论文 | 本研究通过基因敲除小鼠模型揭示了MED13L通过转录启动调控大脑皮层神经发生的分子机制 | 首次发现MED13L通过结合中介体复合物启动关键发育基因的转录激活,阐明了MED13L综合征的发育机制 | 研究基于小鼠模型,在人类中的直接适用性需要进一步验证 | 探究MED13L综合征的发育和分子机制 | MED13L基因敲除小鼠模型 | 神经发育生物学 | 神经发育障碍 | 单细胞转录组学,免疫荧光,多组学分析 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据,蛋白质定位数据 | MED13L敲除胚胎和成年小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq,多组学分析 | NA | NA |
| 315 | 2025-10-06 |
A human NK cell progenitor that originates in the thymus and generates KIR+NKG2A- NK cells
2025-Aug-08, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adv9650
PMID:40779632
|
研究论文 | 本研究发现了人类胸腺来源的NK细胞前体细胞,能够生成KIR+NKG2A- NK细胞 | 首次鉴定出胸腺来源的cILC1前体细胞(thyILC1),揭示了胸腺依赖性NK细胞分化途径 | NA | 探索KIR+NKG2A- NK细胞的发育起源和分化途径 | 人类天然杀伤细胞(NK细胞)和先天淋巴样细胞(ILC) | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 包括健康供体和22q11.2缺失综合征患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 316 | 2025-10-06 |
Rapid generation of functional vascular organoids via simultaneous transcription factor activation of endothelial and mural lineages
2025-Aug-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.05.014
PMID:40516530
|
研究论文 | 开发了一种通过同时激活内皮和壁细胞谱系转录因子快速生成功能性血管类器官的方法 | 通过正交激活ETV2和NKX3.1转录因子,实现内皮细胞和壁细胞的高效共分化,5天内生成无需ECM包埋的功能性3D血管类器官 | NA | 建立快速生成功能性血管类器官的平台,用于血管建模、疾病研究和再生细胞治疗 | 诱导多能干细胞(iPSCs)、血管类器官、免疫缺陷小鼠 | 再生医学 | 血管疾病 | 单细胞RNA测序、多西环素诱导系统、修饰RNA系统 | NA | 基因表达数据、成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 317 | 2025-10-06 |
Bacterial ADP-heptose triggers stem cell regeneration in the intestinal epithelium following injury
2025-Aug-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.06.009
PMID:40651470
|
研究论文 | 本研究揭示了细菌代谢物ADP-庚糖通过ALPK1-TIFA信号通路触发肠道干细胞再生机制 | 首次发现细菌ADP-庚糖通过激活ALPK1-TIFA信号通路诱导肠道损伤后再生干细胞(revSCs)的形成 | ALPK1-TIFA信号通路在生理环境中的具体功能仍需进一步研究 | 探究ALPK1-TIFA信号通路在肠道上皮干细胞再生中的作用机制 | 肠道上皮干细胞、潘氏细胞 | 细胞生物学 | 肠道损伤 | 单细胞转录组测序、谱系追踪 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 318 | 2025-10-06 |
Mendelian randomization analysis of inflammatory biomarkers and hepatocellular carcinoma risk: genetic causality and single-cell transcriptomics
2025-Aug-07, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03357-7
PMID:40775116
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化分析和单细胞转录组学验证炎症生物标志物与肝细胞癌风险的因果关系 | 首次结合孟德尔随机化分析和单细胞转录组学方法系统评估炎症生物标志物与肝细胞癌的因果关系 | 样本量有限(仅4个HCC样本),需要更大规模研究验证 | 探究炎症生物标志物与肝细胞癌风险的因果关系 | 肝细胞癌患者和炎症生物标志物 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 孟德尔随机化分析,单细胞RNA测序 | MR Egger,加权中位数,逆方差加权,加权模式,简单模式 | 遗传数据,单细胞转录组数据 | 4个肝细胞癌样本(BT1306,BT1307,scrSOL004,scrSOL006) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 319 | 2025-10-06 |
Integrative multi-omics reveals a regulatory and exhausted T-cell landscape in CLL and identifies galectin-9 as an immunotherapy target
2025-Aug-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61822-x
PMID:40775219
|
研究论文 | 通过整合多组学分析揭示慢性淋巴细胞白血病中T细胞的调控和耗竭状态,并鉴定galectin-9作为免疫治疗靶点 | 首次整合单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和组织成像技术,系统揭示CLL淋巴结中T细胞的独特特征,并发现galectin-9作为新的免疫治疗靶点 | 研究样本来源有限,主要基于患者样本和小鼠模型,需要进一步临床验证 | 探索慢性淋巴细胞白血病中T细胞耗竭的机制并寻找免疫治疗新靶点 | CLL患者的血液、骨髓和淋巴结T细胞,以及CLL小鼠模型 | 单细胞多组学 | 慢性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术, 组织成像, T细胞受体测序 | predicTCR分类器 | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据, 组织图像数据 | CLL患者多个组织部位样本及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术, 空间转录组学 | NA | NA |
| 320 | 2025-10-06 |
Multi-omics data reveal that SAA1 + fibroblasts exacerbate periodontitis by regulating macrophage inflammation and chemotaxis
2025-Aug-07, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06925-1
PMID:40775345
|
研究论文 | 本研究通过多组学技术揭示了SAA1+成纤维细胞通过调节巨噬细胞炎症和趋化作用加剧牙周炎的机制 | 首次系统鉴定SAA1+成纤维细胞亚群在牙周炎中的关键作用,阐明其通过分泌趋化因子介导巨噬细胞浸润并促进炎症的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞系实验,在人类临床样本中的验证仍需进一步开展 | 探究牙周微环境中细胞间相互作用的调控网络,寻找牙周炎治疗新靶点 | 牙周组织细胞、小鼠牙周炎模型、L929细胞、RAW264.7巨噬细胞 | 单细胞组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量转录组测序, 生物信息学分析, 动物实验, 细胞共培养 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 批量转录组数据 | 65,979个牙周组织细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |