单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-08-11	Epithelial characteristics of ovarian clear cell carcinoma at single-cell resolution 2025-Aug-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08617-4 PMID:40764744	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，建立了卵巢透明细胞癌(OCCC)的转录组图谱，并分析了恶性上皮细胞的特性	首次在单细胞分辨率下描绘了OCCC的恶性上皮细胞特征，并鉴定了173个与OCCC相关的候选因子及6个关键转录因子	样本量相对有限，且主要关注转录组层面的变化，未涉及蛋白质组或表观遗传学的深入分析	探究卵巢透明细胞癌中恶性上皮细胞的分子特征及其在癌症发生和复发中的作用	正常卵巢组织、卵巢子宫内膜异位症组织、原发性OCCC组织和复发性OCCC组织	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	未明确说明具体样本数量，包含多种卵巢组织类型
262	2025-08-11	PTEN restrains SHH medulloblastma growth through cell autonomous and nonautonomous mechanisms 2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.31.667996 PMID:40766638	research paper	该研究探讨了PTEN基因通过细胞自主和非自主机制抑制SHH型髓母细胞瘤生长的作用	揭示了PTEN基因在SHH型髓母细胞瘤中的双重作用机制，包括细胞自主和非自主效应	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明PTEN基因在SHH型髓母细胞瘤生长调控中的作用机制	SHH型髓母细胞瘤小鼠模型和小脑颗粒细胞前体细胞(GCPs)	癌症生物学	髓母细胞瘤	scRNA-seq	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多种基因型小鼠模型
263	2025-08-11	Adverse prognosis gene expression patterns in metastatic castration-resistant prostate cancer 2025-Aug, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70001 PMID:39985777	研究论文	本研究通过分析1012个mCRPC组织样本，探讨了基因表达通路与临床结果及肿瘤异质性的关联	首次全面分析了mCRPC中预后不良的基因表达通路，并识别了五个关键通路簇	生存数据仅来自272名患者，样本量相对有限	探索mCRPC中基因表达通路与临床预后的关系	769名患者的1012个mCRPC组织样本	数字病理学	前列腺癌	scRNA-seq, 基因集变异分析	NA	基因表达数据	1012个组织样本（来自769名患者）
264	2025-08-11	Spatial transcriptomics reveals human cortical layer and area specification 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09010-1 PMID:40369074	研究论文	利用MERFISH技术和深度学习核分割方法，研究人类胎儿皮层分子、细胞和细胞结构的发育，揭示皮层分层和区域特化的早期建立过程	发现皮层区域特化的两种不同模式，挑战了中孕期皮层区域化仅涉及梯度样转变的观点	研究仅涵盖胎儿发育阶段，未涉及出生后皮层发育	探究人类大脑皮层分层和区域特化的分子基础	人类胎儿皮层	数字病理学	NA	MERFISH, 单核RNA测序	深度学习	空间转录组数据	超过1800万个单细胞，涵盖7个发育时间点的8个皮层区域
265	2025-08-11	Taurine from tumour niche drives glycolysis to promote leukaemogenesis 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09018-7 PMID:40369079	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓基质微环境中的牛磺酸-牛磺酸转运体(TAUT)轴在促进白血病干细胞(LSCs)生长和白血病发生中的关键作用	首次系统性地描绘了白血病进展过程中基质信号的动态变化，并鉴定出牛磺酸作为髓系恶性肿瘤的关键调节因子	研究主要聚焦于髓系白血病，对其他类型白血病的适用性尚需验证	探索骨髓微环境信号在白血病发生发展中的作用机制	白血病干细胞(LSCs)和骨髓基质细胞	肿瘤微环境研究	急性髓系白血病(AML)	单细胞RNA测序(scRNA-seq), CRISPR筛选, 多组学分析	TAUT基因功能缺失小鼠模型	单细胞转录组数据, 患者来源的AML细胞数据	患者来源的AML细胞和小鼠模型
266	2025-08-11	Association of DNA damage response signals and oxidative stress status with nivolumab efficacy in patients with Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-Aug, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03032-2 PMID:40410274	研究论文	研究DNA损伤反应信号和氧化应激状态与头颈部鳞状细胞癌患者对nivolumab疗效的关联	首次在头颈部鳞状细胞癌患者中，通过外周血单核细胞（PBMCs）测量DNA损伤反应信号和氧化应激状态，发现这些指标与免疫检查点抑制剂的疗效相关	样本量较小（50名患者），需要进一步验证	探索DNA损伤反应信号和氧化应激状态作为预测头颈部鳞状细胞癌患者对nivolumab疗效的生物标志物	头颈部鳞状细胞癌患者和健康对照者的外周血单核细胞（PBMCs）及组织活检样本	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	空间转录组学	NA	RNA原位数据和PBMCs测量数据	50名头颈部鳞状细胞癌患者和26名健康对照者
267	2025-08-11	Temporal control of progenitor competence shapes maturation in GABAergic neuron development in mice 2025-Aug, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01999-y PMID:40629142	研究论文	本研究探讨了小鼠胚胎中GABA能神经元发育过程中祖细胞能力的时间控制如何影响其成熟和分化	揭示了神经发生的时间进程如何影响神经节隆起祖细胞的成熟能力，以及染色质重塑和转录因子NFIB及其靶基因如何调控晚期出生神经元的成熟能力	研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种	理解GABA能神经元发育过程中祖细胞能力的时间控制机制	小鼠胚胎中的GABA能投射神经元和中间神经元	神经发育生物学	NA	单细胞转录组学、染色质可及性分析、谱系追踪、出生日期标记、跨发育阶段移植和扰动测序	NA	转录组数据、染色质可及性数据	小鼠胚胎
268	2025-08-11	A molecular cell atlas of mouse lemur, an emerging model primate 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09113-9 PMID:40739356	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术创建了小鼠狐猴的转录组图谱，定义了超过750种分子细胞类型及其基因表达谱	首次系统地描述了小鼠狐猴的细胞和分子生物学特征，并发现了数十种以前未识别或描述不足的细胞类型	研究仅基于四只捐赠者的样本，样本量相对有限	为研究这种新兴的灵长类模型生物提供细胞和分子基础	小鼠狐猴的27个器官中的226,000个细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（droplet-based和plate-based）	NA	转录组数据	来自四只小鼠狐猴捐赠者的27个器官中的226,000个细胞
269	2025-08-11	Mouse lemur cell atlas informs primate genes, physiology and disease 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09114-8 PMID:40739355	研究论文	该研究通过大规模单细胞RNA测序构建了鼠狐猴细胞图谱，揭示了其基因、生理和疾病特征	首次构建了鼠狐猴的细胞图谱，发现了数千个新基因和剪接位点，并系统探索了其免疫系统特征	研究主要基于鼠狐猴，结果向其他灵长类动物的推广性需要进一步验证	探索鼠狐猴的基因特征、生理功能和疾病机制	鼠狐猴的27个器官的细胞	基因组学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	27个器官的细胞
270	2025-08-11	Multi-omics profiling identifies TNFRSF18 as a novel marker of exhausted CD8⁺ T cells and reveals tumour-immune dynamics in colorectal cancer 2025-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70425 PMID:40770837	研究论文	该研究通过多组学分析揭示了结直肠癌(CRC)中CD8⁺ T细胞耗竭的动态模式及其与肿瘤免疫逃逸的关系	首次发现TNFRSF18作为CD8⁺ T细胞耗竭的新标志物，并揭示了核糖体干性在肿瘤免疫逃逸中的作用	样本量较小(仅6名患者)，需要在更大队列中验证	探究结直肠癌中CD8⁺ T细胞耗竭的动态演变及其临床意义	结直肠癌患者肿瘤组织和癌旁组织中的CD8⁺ T细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	scRNA-seq, scVDJ-seq, 空间转录组学, 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 免疫组化数据	6名CRC患者的20个组织样本(涵盖不同TNM分期)
271	2025-08-11	scCOSMIX: A Mixed-Effects Framework for Differential Coexpression and Transcriptional Interactions Modeling in Single-Cell RNA-Seq 2025-Aug, Statistics in medicine IF:1.8Q1 DOI:10.1002/sim.70213 PMID:40772737	研究论文	本文提出了一种混合效应框架scCOSMiX，用于在单细胞RNA测序数据中建模差异共表达和转录相互作用	scCOSMiX框架考虑了单细胞实验中常见的多主体层次设计，通过基于copula的方法允许零膨胀、边缘和关联参数作为协变量的函数建模，并包含主体级随机效应	未明确提及具体局限性	开发一个能够系统研究单细胞分辨率下基因-基因相互作用的统计框架	单细胞RNA测序数据中的基因共表达和转录相互作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	混合效应模型	基因表达数据	两个scRNA-seq数据集(GSE266919和GSE108989)
272	2025-08-11	CXCL16 Producing Tumor Clones Are Shaping Immunosuppressive Microenvironment in Squamous Cell Carcinoma via CXCR6 Regulatory T Cell 2025-Aug, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.71060 PMID:40776410	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组分析，揭示了鳞状细胞癌中CXCL16产生肿瘤克隆通过CXCR6调节性T细胞塑造免疫抑制微环境的机制	首次发现SCC特异性COL6A1+/ITGA5+癌细胞产生CXCL16，并通过CXCL16/CXCR6轴招募Tregs形成免疫抑制微环境	样本量较小（5例BCC、3例SCCIS和2例SCC），需要更大规模验证	探究鳞状细胞癌肿瘤演化的详细机制和免疫微环境形成	皮肤鳞状细胞癌（cSCC）和基底细胞癌（BCC）	肿瘤免疫学	鳞状细胞癌	scRNA-seq, TCR克隆分析, 空间转录组分析(GeoMx DSP)	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	5例BCC、3例SCCIS和2例SCC样本，共计117,663个细胞
273	2025-08-11	Molecular Subtypes and Risk Prediction Model Based on Malignant Cell Differentiation Trajectories in Breast Cancer 2025-Aug, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70680 PMID:40778650	研究论文	基于乳腺癌恶性细胞分化轨迹的分子亚型和风险预测模型研究	整合单细胞RNA-seq、空间转录组和大块RNA-seq数据，构建了新的乳腺癌分层系统和预后模型	模型的预测准确度中等（AUC=0.708），需要进一步验证	解析乳腺癌的分子景观，开发新的分子分层和预后预测方法	乳腺癌患者及其恶性细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA-seq、空间转录组、大块RNA-seq	LASSO回归	RNA-seq数据	1097例TCGA-BRCA队列样本和2493个恶性位点
274	2025-08-10	CYBB as a potential therapeutic target through influencing ferroptosis and macrophage in ovarian cancer 2025-Aug-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02891-8 PMID:40782134	研究论文	本研究探讨了CYBB基因在卵巢癌中通过调节铁死亡和巨噬细胞浸润的作用及其机制	首次发现CYBB基因在卵巢癌中通过调节巨噬细胞极化和铁死亡发挥关键作用，并验证其作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索CYBB基因在卵巢癌进展中的作用机制及其作为治疗靶点的潜力	卵巢癌相关基因CYBB及其对巨噬细胞和铁死亡的影响	肿瘤免疫学	卵巢癌	生物信息学分析、单细胞测序、体外细胞实验	TAMs共培养模型	基因表达数据、单细胞测序数据	4410个免疫相关卵巢基因和483个铁死亡相关基因
275	2025-08-10	Single cell approaches define the murine leptomeninges:cortical brain interface as a distinct cellular neighborhood comprised of neural and nonneural cell types 2025-Aug-08, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0046-25.2025 PMID:40780964	研究论文	利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，描述了成年小鼠皮层界面屏障的细胞组成及其相互作用	首次定义了皮层界面屏障由三种主要细胞类型组成，并揭示了这些细胞间的生长因子mRNA富集及相互作用机制	研究仅限于成年小鼠模型，人类或其他物种的适用性尚不明确	阐明大脑表面与相邻脑膜之间界面屏障的细胞组成及其调控机制	成年小鼠皮层界面屏障的细胞类型	神经科学	NA	scRNA-seq, 单细胞空间转录组学, 形态学谱系追踪, 免疫染色	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	成年小鼠皮层组织
276	2025-08-10	Durable B-Cell Impairment While Sparing IgA B Cells After Ocrelizumab Therapy in Multiple Sclerosis 2025-Aug-08, Annals of clinical and translational neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/acn3.70135 PMID:40781066	research paper	该研究评估了多发性硬化症患者在ocrelizumab治疗前、治疗期间及治疗停止15个月后的早期B细胞谱变化	揭示了ocrelizumab治疗期间部分保留记忆IgA B细胞的现象，并发现治疗后重新出现的B细胞主要为具有炎症和迁移表型的幼稚B细胞	样本量较小，特别是治疗停止后仅分析了3名患者的数据	探究ocrelizumab在多发性硬化症中的作用机制及疾病病理生理学	早期未经治疗的多发性硬化症患者和健康志愿者	免疫学	多发性硬化症	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞表型数据、基因表达数据	18名多发性硬化症患者和10名健康志愿者，其中3名患者在治疗停止后进行了进一步分析
277	2025-08-10	SWIFT-seq enables comprehensive single-cell transcriptomic profiling of circulating tumor cells in multiple myeloma and its precursors 2025-Aug-08, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-01006-0 PMID:40781193	研究论文	本文介绍了一种名为SWIFT-seq的单细胞测序工作流程，用于分析多发性骨髓瘤及其前体中的循环肿瘤细胞（CTCs）	开发了SWIFT-seq单细胞测序工作流程，能够对少量肿瘤细胞进行全面的转录组分析，并提出了基于测序的CTC计数策略和CTC分类器	未明确提及具体局限性	推进基于血液的多发性骨髓瘤诊断、监测和预后评估，并揭示肿瘤扩散的生物学机制	多发性骨髓瘤及其前体中的循环肿瘤细胞（CTCs）	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序，B细胞受体测序	CTC分类器	单细胞转录组数据	101名患者和健康捐赠者的配对骨髓和CTC样本
278	2025-08-10	LSGI: interpretable spatial gradient analysis for spatial transcriptomics data 2025-Aug-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03716-1 PMID:40781324	research paper	介绍了一种名为LSGI的计算框架，用于从空间转录组数据中系统识别具有显著且可解释的空间转录组梯度的空间位置	提出了一种新的计算框架LSGI，能够系统地识别和解释空间转录组梯度，揭示了肿瘤生物学中的新见解	未提及具体的样本量或数据集的多样性限制	研究空间转录组梯度在肿瘤异质性中的作用	肿瘤空间转录组数据	digital pathology	肿瘤	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
279	2025-08-10	Combining single-cell and bulk RNA sequencing to identify CAF-related signature for prognostic prediction and treatment response in patients with melanoma 2025-Aug-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-14979-w PMID:40781483	研究论文	结合单细胞和批量RNA测序技术，识别与癌症相关成纤维细胞（CAF）相关的特征，用于黑色素瘤患者的预后预测和治疗反应评估	首次通过单细胞RNA测序数据识别黑色素瘤患者中的CAF，并构建了一个28基因的CAF特征模型，该模型在预测生存率和治疗反应方面表现出色	研究依赖于公开数据集和有限的独立验证队列，可能需要更大样本量的进一步验证	探索CAF在黑色素瘤肿瘤微环境中的作用，并开发预后预测模型	黑色素瘤患者和相关的CAF	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）、批量RNA测序、免疫组织化学（IHC）、免疫荧光（IF）、定量PCR（qPCR）	LASSO回归	RNA测序数据、临床样本	TCGA数据集和独立验证队列GSE65904，具体样本数量未明确说明
280	2025-08-10	Targeting immune microenvironment in cervical cancer: current research and advances 2025-Aug-08, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06896-3 PMID:40781691	综述	本文全面探讨了宫颈癌肿瘤免疫微环境（TIME）的细胞和分子组成，包括免疫细胞浸润模式、免疫检查点分子和细胞因子/趋化因子网络	重点介绍了通过高分辨率空间映射和单细胞测序技术理解TIME异质性的最新进展，以及针对不同疾病阶段和治疗方法的差异	NA	旨在提供针对TIME的转化视角，以改善宫颈癌患者的治疗效果	宫颈癌的肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	宫颈癌	高分辨率空间映射、单细胞测序	NA	分子和细胞数据	NA