单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 541 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2025-10-06 |
Cytoplasmic dynamics are overlooked in single nuclei RNA-seq but can be rescued by CytoRescue, a generative AI model to recover cytoplasm enriched gene
2025-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.15.670239
PMID:40894560
|
研究论文 | 开发了一种名为CytoRescue的生成式AI模型，用于恢复单核RNA测序数据中被削弱的细胞质富集基因表达信号 | 首次提出专门针对单核RNA测序数据中细胞质信号恢复的生成式AI模型，能够有效恢复细胞质富集基因的表达 | 未明确说明模型在哪些特定组织类型或条件下的适用性限制 | 解决单核RNA测序技术中细胞质信号缺失的根本限制，增强其转录组分析的全面性 | 单核RNA测序数据中的细胞质富集基因 | 机器学习 | 肺癌 | 单核RNA测序，生成式AI | 生成式AI模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 262 | 2025-10-06 |
Spatial and multi-omic profiling reveals genes and pathways associated with cytotoxic lymphocyte infiltration in malignant rhabdoid tumor
2025-Aug-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7303174/v1
PMID:40894019
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和多组学分析揭示恶性横纹肌样瘤中细胞毒性淋巴细胞浸润的相关基因和通路 | 首次结合空间转录组学和多组学技术系统分析MRT肿瘤免疫微环境特征，发现候选肿瘤抗原多样性、抗原加工呈递基因上调与'热'肿瘤免疫微环境的强关联 | 样本量有限，未明确说明具体样本数量；部分基因名称在摘要中未完整呈现 | 探究恶性横纹肌样瘤中免疫细胞浸润的分子机制和特征 | 恶性横纹肌样瘤样本 | 空间转录组学 | 恶性横纹肌样瘤 | 空间转录组学, 多组学分析 | NA | 空间转录组数据, 多组学数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 263 | 2025-10-06 |
Systematic characterization of cell type-specific master metabolic regulators in Alzheimer's disease
2025-Aug-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7207381/v1
PMID:40894034
|
研究论文 | 本研究开发了scFUMES算法，系统性地识别了阿尔茨海默病中细胞类型特异性的主要代谢调控因子 | 开发了整合多组学数据的scFUMES算法，首次在细胞类型特异性水平系统揭示了AD中的主要代谢调控因子及其网络基础 | 研究主要基于计算预测，实验验证相对有限，需要更多功能研究确认调控机制 | 揭示阿尔茨海默病中细胞类型特异性的代谢调控网络和主要代谢调控因子 | 人脑组织中的神经元、小胶质细胞等脑细胞类型 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 相互作用组学, 基因组学, 转录组学, 代谢组学 | scFUMES算法 | 多组学数据 | 来自大型人脑生物样本库的样本，涉及中颞回和背外侧前额叶皮层两个AD易感区域 | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学整合分析 | NA | NA |
| 264 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics reveals distinct cell type dynamics following opioid dependence in mice with the common human variant in the μ-opioid receptor, Oprm1 A118G
2025-Aug-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7199524/v1
PMID:40894067
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术揭示了携带人类μ-阿片受体A118G变体的小鼠在阿片依赖后不同细胞类型的动态变化 | 首次结合空间转录组学系统评估A118G变异对阿片依赖中细胞动态的影响，发现神经胶质细胞而非神经元功能障碍在遗传风险中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型，人类样本验证尚需进行；A118G变异的确切分子机制仍未完全阐明 | 探究μ-阿片受体A118G基因变异如何影响阿片依赖风险的神经生物学机制 | 携带人类Oprm1 A118G变体的小鼠模型 | 空间转录组学 | 阿片使用障碍 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 阿片暴露小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 265 | 2025-10-06 |
TET2-mutant myeloid cells mitigate Alzheimer's disease progression via CNS infiltration and enhanced phagocytosis in mice
2025-Aug-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.06.006
PMID:40609533
|
研究论文 | 本研究发现TET2突变的克隆性造血可通过外周髓系细胞浸润减轻阿尔茨海默病进展 | 首次揭示TET2特异性突变（而非其他CH驱动因子）对AD的保护作用，并阐明其通过增强髓系细胞脑内浸润和吞噬功能的机制 | 研究主要基于小鼠模型和UK Biobank数据，人类直接证据有限 | 探究克隆性造血与阿尔茨海默病的相互作用机制 | TET2突变髓系细胞、AD小鼠模型、人诱导多能干细胞衍生小胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序，iPSC分化，骨髓移植 | 小鼠AD模型 | 基因测序数据，行为学数据，病理学数据 | UK Biobank人群数据，小鼠实验模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 266 | 2025-09-06 |
The Pdgfd-Pdgfrb axis orchestrates tumor-nerve crosstalk in pancreatic cancer
2025-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.26.672505
PMID:40909696
|
研究论文 | 本研究揭示了Pdgfd-Pdgfrb信号轴在胰腺癌中介导肿瘤-神经交互作用并促进神经周围侵袭的机制 | 首次发现Pdgfd信号通过协调癌细胞、神经元和胶质细胞的多方面相互作用促进神经侵袭，并证明该轴可作为治疗靶点 | NA | 探究胰腺导管腺癌中肿瘤-神经相互作用的分子机制及其对神经周围侵袭的影响 | 胰腺导管腺癌（PDAC）中的肿瘤细胞、神经及胶质细胞 | 肿瘤微环境研究 | 胰腺癌 | 全转录组测序、单细胞空间转录组学 | NA | 转录组数据、空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 267 | 2025-09-06 |
Cross-species analysis identifies genotype-driven vulnerabilities in lung adenocarcinoma
2025-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.24.671070
PMID:40909610
|
研究论文 | 通过跨物种单细胞分析揭示肺腺癌基因型驱动的肿瘤微环境特征和代谢依赖性 | 首次通过人鼠跨物种保守性分析揭示致癌基因突变对肿瘤微环境的特异性免疫印记 | 样本量有限（57例人类和18例小鼠样本），需进一步验证 | 解析肺腺癌主要基因突变亚型对肿瘤细胞和微环境的特异性影响 | 人类和小鼠肺腺癌样本 | 计算生物学 | 肺腺癌 | scRNA-seq（单细胞RNA测序） | 跨物种比较分析 | 单细胞转录组数据 | 57例人类样本和18例小鼠样本 | NA | NA | NA | NA |
| 268 | 2025-09-06 |
High-Resolution Spatial Transcriptomics Reveals Fibroblast and Neuroimmune Microenvironments in Endometriosis Lesions
2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.20.671344
PMID:40909522
|
研究论文 | 本研究通过高分辨率空间转录组学揭示了子宫内膜异位症病灶中的成纤维细胞和神经免疫微环境 | 首次建立人类卵巢和腹膜病灶的精确空间转录组图谱，发现跨病灶类型的共享空间特征并验证上皮-神经元相互作用组 | NA | 探究子宫内膜异位症疼痛症状和疾病进展的机制 | 人类卵巢和腹膜子宫内膜异位症病灶 | 空间转录组学 | 子宫内膜异位症 | 空间转录组学，3D共培养模型 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 269 | 2025-09-06 |
Single-Cell Network Analysis Identifies CLEC4E as a Key Mediator of Proinflammatory mDC Responses in Influenza Infection
2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.21.671587
PMID:40909530
|
研究论文 | 本研究通过单细胞网络分析发现CLEC4E是流感感染中促炎性mDC反应的关键介质 | 采用整合单细胞共表达网络方法，首次识别出CLEC4E作为调节病理性炎症反应的上游驱动因子 | NA | 揭示流感感染中特定免疫细胞内的关键分子驱动机制 | 髓样树突状细胞(mDCs)和流感感染模型 | 生物信息学 | 流感感染 | 单细胞RNA测序，网络分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 流感感染患者的独立单细胞数据集和小鼠流感模型 | NA | NA | NA | NA |
| 270 | 2025-09-06 |
The spleen tyrosine kinase inhibitor entospletinib resolves inflammation to promote repair following acute kidney injury
2025-Aug-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.189601
PMID:40857403
|
研究论文 | 研究脾酪氨酸激酶抑制剂entospletinib在急性肾损伤后通过缓解炎症促进修复的作用机制 | 首次证明选择性SYK抑制剂entospletinib可靶向白细胞表达的SYK，阻断促炎巨噬细胞活化，从而解决肾炎症并促进修复 | 研究基于小鼠模型，人类临床应用效果尚需进一步验证 | 探索entospletinib在急性肾损伤向慢性肾病转变过程中的治疗潜力及机制 | 小鼠肾脏（单侧肾缺血再灌注损伤模型） | 肾脏病学 | 急性肾损伤与慢性肾病 | 单细胞RNA测序、数字空间分析、活体显微镜、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据、影像数据 | 小鼠肾脏样本（14天内动态分析） | NA | NA | NA | NA |
| 271 | 2025-10-06 |
Paracrine Orchestration of Tumor Microenvironment Remodeling Induced by GLO1 Potentiates Lymph Node Metastasis in Breast Cancer
2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202500722
PMID:40492378
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了乳腺癌淋巴结转移中肿瘤微环境的重塑机制，并发现GLO1在促进淋巴管生成和转移中的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序系统描绘乳腺癌淋巴结转移的完整生态系统，发现GLO1通过维持GSH和ROS平衡促进转移的新机制 | 样本量相对有限（23名患者的28个淋巴结样本），需要更大规模研究验证 | 探究乳腺癌淋巴结转移中肿瘤微环境重塑的分子机制 | 乳腺癌患者的淋巴结样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 23名患者的28个淋巴结样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 272 | 2025-10-06 |
β-Mangostin Attenuates TET2-Mediated DNA Demethylation of Prkcg in the Prevention of Intervertebral Disc Degeneration
2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202505077
PMID:40558107
|
研究论文 | 研究β-芒果苷通过调控TET2介导的Prkcg DNA去甲基化来预防椎间盘退变 | 首次揭示β-芒果苷通过TET2-Prkcg轴调控DNA甲基化状态，同时靶向炎症失调和基质稳态的双重作用机制 | 未提及具体样本量和实验模型细节 | 探索β-芒果苷在椎间盘退变治疗中的潜在作用机制 | 椎间盘髓核细胞和巨噬细胞 | 分子生物学 | 椎间盘退变 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 273 | 2025-10-06 |
Advances in Single-Cell Sequencing for Infectious Diseases: Progress and Perspectives
2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202415678
PMID:40613694
|
综述 | 本文综述了单细胞测序技术在传染病研究中的进展与应用 | 系统总结了真核、原核（如MATQ-seq和BacDrop）及双端（如PatH-Cap）单细胞测序技术的最新进展，揭示了宿主-病原体相互作用的共同机制 | NA | 促进强大诊断或治疗策略的开发，推动精准医学发展 | 传染病中的宿主细胞和病原体 | 生物医学 | 传染病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 274 | 2025-10-06 |
Identification of Schwann Cells in Human Intracranial Arteries: Potential Regulatory Role in Atherosclerotic Plaque Progression
2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202503033
PMID:40574459
|
研究论文 | 本研究通过多模态分析发现人类颅内动脉中存在雪旺细胞，并揭示其在动脉粥样硬化斑块进展中的潜在调控作用 | 首次在人类颅内动脉中鉴定出雪旺细胞，发现斑块血管中雪旺细胞来源的髓鞘显著增加，并揭示SPP1-ITGB1信号通路介导的雪旺细胞-血管平滑肌细胞相互作用 | 样本量有限（16例捐赠者），仅使用尸检样本可能无法完全反映活体状态 | 探究雪旺细胞在颅内动脉粥样硬化病理生物学中的作用 | 人类颅内动脉样本（含斑块和无斑块区域） | 神经血管生物学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序，超微结构评估，细胞间通讯分析，配体-受体分析 | NA | 单细胞转录组数据，超微结构图像数据 | 16例尸检捐赠者的颅内动脉样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 275 | 2025-10-06 |
Single cell-RNA sequencing reveal TOP2A as a key driver of hepatocellular carcinoma progression
2025-Aug-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-16785-w
PMID:40887474
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和功能分析发现TOP2A是肝细胞癌进展的关键致癌驱动因子 | 首次通过单细胞RNA测序揭示TOP2A通过SPP1-CD44轴促进Tmem向Tex分化，从而驱动肝癌免疫逃逸 | 研究主要基于体外细胞实验，缺乏体内动物模型验证 | 探讨TOP2A在肝细胞癌中的生物学功能及其作为治疗靶点的潜力 | 肝细胞癌细胞系HepG2和Huh-7 | 单细胞组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, QPCR, Western Blotting, siRNA干扰, CCK8检测, 伤口愈合实验, Transwell实验, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据, 细胞功能数据 | 两种肝癌细胞系(HepG2和Huh-7) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 276 | 2025-10-06 |
Protocol optimization improves the performance of multiplexed RNA imaging
2025-Aug-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-17477-1
PMID:40887478
|
研究论文 | 本研究通过系统优化MERFISH技术的实验方案，提高了在细胞培养和组织样本中的RNA成像性能 | 首次系统性地研究了多种实验方案选择对MERFISH性能的影响，并提出了针对探针设计、杂交、缓冲液储存和组成的优化方案 | 研究主要针对MERFISH技术，其他空间转录组学技术的适用性可能需要进一步验证 | 优化多重RNA成像技术的实验方案以提高性能 | 细胞培养物和组织样本 | 空间转录组学 | NA | 多重错误鲁棒荧光原位杂交(MERFISH), 单分子荧光原位杂交(smFISH) | NA | RNA成像数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单分子荧光原位杂交 | NA | NA |
| 277 | 2025-10-06 |
scSorterDL: a deep neural network-enhanced ensemble LDAs for single cell classifications
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf446
PMID:40889117
|
研究论文 | 提出一种结合惩罚线性判别分析、群体学习和深度神经网络的单细胞分类方法scSorterDL | 首次将惩罚线性判别分析、群体学习和深度神经网络集成到单细胞分类中，通过数据子集生成和模型输出整合提高分类精度 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的细胞类型注释 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 惩罚线性判别分析(pLDA), 深度神经网络(DNN) | 基因表达数据 | 13个真实scRNA-seq数据集和20对跨平台数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 278 | 2025-10-06 |
Piezo1 promotes colitis progression by modulating the Nrf2/NF-κB/NLRP3 signaling pathway
2025-Aug-29, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2025.117293
PMID:40886854
|
研究论文 | 本研究探讨了机械敏感性离子通道Piezo1通过调节Nrf2/NF-κB/NLRP3信号通路促进结肠炎发展的机制 | 首次揭示Piezo1在结肠炎中通过调控Nrf2/NF-κB/NLRP3信号通路加剧炎症损伤的新机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证 | 探究Piezo1在肠道炎症病理生理中的作用及其对信号通路的调控机制 | 野生型和Piezo1Lyz2基因修饰小鼠的溃疡性结肠炎模型 | 分子生物学 | 炎症性肠病 | 单细胞测序,RNA测序 | NA | 基因表达数据,病理学数据 | 小鼠结肠炎模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 279 | 2025-10-06 |
Pro-inflammatory immune microenvironment and Thrombospondin-1-positive monocytes as drivers of osteoclastogenesis in postmenopausal osteoporosis
2025-Aug-24, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjaf083
PMID:40515615
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析绝经后骨质疏松症患者骨髓微环境，揭示促炎免疫微环境和THBS1阳性单核细胞在破骨细胞生成中的驱动作用 | 首次在单细胞水平系统描绘PMOP骨髓细胞异质性，发现三种具有破骨细胞生成潜能的单核细胞亚群及其相关信号通路 | 样本量相对有限（20例），主要基于转录组数据，需要进一步功能验证 | 阐明绝经后骨质疏松症的骨髓微环境细胞组成和破骨细胞生成机制 | 绝经后骨质疏松症患者和对照组的骨髓细胞 | 单细胞转录组学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序，组织学验证，体外通路调控 | NA | 单细胞转录组数据 | 10例PMOP患者和10例对照，总计93,867个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 280 | 2025-10-06 |
Interpretable machine learning coupled to spatial transcriptomics unveils mechanisms of macrophage-driven fibroblast activation in ischemic cardiomyopathy
2025-Aug-24, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.08.18.25333841
PMID:40894159
|
研究论文 | 本研究结合可解释机器学习和空间转录组学揭示了缺血性心肌病中巨噬细胞驱动成纤维细胞活化的机制 | 开发了结合可解释机器学习(SLIDE)、调控网络推断和计算机模拟扰动的新工作流程，发现了传统分析会遗漏的细胞程序 | NA | 揭示缺血性心肌病中巨噬细胞微环境介导的成纤维细胞活化机制 | 缺血性心肌病患者的巨噬细胞、静息和活化心脏成纤维细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | SLIDE(可解释机器学习) | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |