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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2025-10-05 |
A fibroblast-centric network drives cold fibrosis in the tumor microenvironment of lung squamous cell carcinoma
2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.25.668405
PMID:40909739
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析揭示了肺鳞癌肿瘤微环境中由癌症相关成纤维细胞驱动的冷纤维化网络 | 首次将非癌性纤维化中的热/冷纤维化概念应用于肺鳞癌,发现了由CAF自分泌生长因子环路维持的冷纤维化结构 | 样本量相对较小(16例患者),仅针对初治患者进行研究 | 探究慢性炎症相关癌症中纤维化基质的组织原则 | 肺鳞癌患者的肿瘤和癌旁正常组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 16例初治肺鳞癌患者的匹配肿瘤和癌旁组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 222 | 2025-10-05 |
Genomic Insights into Tumorigenesis in Newly Diagnosed Multiple Myeloma
2025-Aug-23, Diagnostics (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/diagnostics15172130
PMID:40941618
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析新诊断多发性骨髓瘤患者的遗传突变,揭示疾病进展的分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序比较MGUS、SMM和新诊断MM各阶段的遗传突变特征,发现新的肿瘤发生相关基因 | 样本数量未明确说明,研究仅关注遗传突变而可能忽略其他分子机制 | 识别导致多发性骨髓瘤进展和肿瘤发生的遗传突变 | MGUS、SMM和新诊断多发性骨髓瘤患者样本 | 基因组学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | 计算分析流程 | 基因组序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 223 | 2025-10-05 |
Dynamic Intercellular Networks in the CNS: Mechanisms of Crosstalk from Homeostasis to Neurodegeneration
2025-Aug-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26178155
PMID:40943076
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综述 | 本文综述了中枢神经系统中动态细胞间通讯网络在健康稳态到神经退行性疾病过程中的作用机制 | 通过整合单细胞和空间转录组学最新发现,系统比较了不同疾病背景下细胞间通讯网络的动态变化 | 作为综述文章,主要基于现有文献分析,缺乏原始实验数据验证 | 探讨中枢神经系统中细胞间通讯网络在健康稳态和疾病状态下的作用机制 | 神经元、星形胶质细胞、小胶质细胞、少突胶质细胞等中枢神经系统细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 224 | 2025-10-05 |
Plasma Proteomics Reveals Dysregulated Pathways Across the Spectrum LMNA Cardiomyopathy
2025-Aug, Circulation. Genomic and precision medicine
DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004924
PMID:40509996
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研究论文 | 通过血浆蛋白质组学分析揭示LMNA心肌病发展过程中的失调通路 | 首次在LMNA心肌病中鉴定出EDA2R、MYL4等新型蛋白标志物,并发现26个蛋白在心肌细胞中呈现一致性差异表达 | 样本量相对有限(LMNA组41例,肌小节组18例),需要更大规模研究验证 | 探索LMNA基因致病变异相关的蛋白质和生物学通路 | 遗传性扩张型心肌病患者(LMNA和肌小节变异)及表型阴性家族成员 | 蛋白质组学 | 心血管疾病 | 血浆蛋白质组学分析,单细胞测序 | 主成分分析 | 蛋白质表达数据,基因表达数据 | 114例(41例LMNA DCM,18例肌小节DCM,55例表型阴性个体) | OLINK | 血浆蛋白质组学 | OLINK平台 | 测量约3000种血浆蛋白质 |
| 225 | 2025-10-05 |
Autophagy-related biomarkers in non-obstructive azoospermia: insights from transcriptomics and single-cell sequencing
2025-Aug, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03559-6
PMID:40587077
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研究论文 | 本研究通过转录组学和单细胞测序技术筛选非梗阻性无精子症中的自噬相关生物标志物 | 首次结合差异表达分析、WGCNA和机器学习算法筛选NOA的自噬相关生物标志物,并在单细胞水平验证其表达模式 | 研究主要依赖公共数据库数据,需要进一步实验验证生物标志物的功能机制 | 探索自噬相关基因在非梗阻性无精子症中的作用并筛选诊断生物标志物 | 非梗阻性无精子症患者的睾丸组织样本 | 生物信息学 | 男性不育症 | 转录组测序, 单细胞测序, RT-qPCR, 机器学习 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 多个公共数据集(包括GSE9210和GSE145467) | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 226 | 2025-09-14 |
Comparative spatial transcriptomics of pancreatic cancer with ductal and acinar origins in mouse models
2025-Aug, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70416
PMID:40717219
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 227 | 2025-10-05 |
spammR: an R package designed for analysis and integration of spatial multi-omic measurements
2025-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.26.672472
PMID:40909542
|
研究论文 | 开发了一个用于空间多组学数据分析和整合的R软件包 | 专门针对质谱衍生的空间组学数据集设计,能够处理小样本量、空间稀疏性、大量缺失值且无需先验知识的完全数据驱动分析 | 主要针对质谱平台数据,对其他空间组学技术的适用性可能有限 | 开发空间多组学测量数据的分析和整合工具 | 空间多组学测量数据,特别是质谱衍生的空间组学数据 | 生物信息学 | NA | 质谱分析,空间多组学技术 | NA | 空间多组学数据,质谱数据 | 小样本量数据集 | NA | 空间多组学,质谱分析 | NA | NA |
| 228 | 2025-10-05 |
Expanding canonical cortical cell type markers in the era of single-cell transcriptomics
2025-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.26.672469
PMID:40909566
|
研究论文 | 本研究通过分析近50万个单细胞核转录组数据,扩展了大脑皮层细胞类型的经典标记物,并开发了评估标记物表达保真度的统计框架 | 开发了评估细胞标记物表达保真度的统计框架,首次系统量化了标记物在目标细胞类型中的表达保真度和背景表达,并识别出具有改进保真度的新标记物 | 研究主要基于已有研究的单细胞数据,可能受到原始数据质量和注释准确性的限制 | 扩展和优化大脑皮层细胞类型的标记物,提高单细胞转录组数据中细胞类型注释的准确性 | 人类大脑皮层细胞类型 | 单细胞转录组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 统计框架 | 单细胞转录组数据 | 近500,000个高质量单细胞核转录组图谱,来自19项研究 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 229 | 2025-10-05 |
Immune dysregulation in the prostates of C57BL/6Aire-/- mice mirrors that seen in human benign prostatic hyperplasia
2025-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.12.669857
PMID:40832162
|
研究论文 | 本研究通过建立C57BL/6 Aire-/-小鼠慢性前列腺炎症模型,揭示了其免疫失调特征与人类良性前列腺增生相似 | 首次在C57BL/6背景小鼠中建立转录因子缺陷型非消退性慢性炎症模型,并证明其免疫特征与人类BPH高度相似 | 研究仅使用小鼠模型,需要进一步验证在人类中的适用性;样本采集时间点有限(仅21天和35天) | 研究前列腺慢性炎症在良性前列腺增生发病机制中的作用 | C57BL/6 Aire-/-小鼠前列腺组织和人类良性前列腺增生组织 | 单细胞生物学 | 前列腺疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,组织学分析 | 动物疾病模型 | 单细胞转录组数据,组织图像数据 | C57BL/6小鼠前列腺组织(21天和35天时间点),人类BPH scRNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 230 | 2025-10-05 |
Integrated spatial and functional metabolic profiling identified the thick ascending limb as a mitochondrial vulnerability hub in acute kidney injury
2025-Aug-22, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2025.07.021
PMID:40850621
|
研究论文 | 本研究通过整合空间和功能代谢分析,发现肾小管粗升支是急性肾损伤中的线粒体脆弱性枢纽 | 首次通过整合空间转录组学、单细胞转录组学和同位素示踪成像技术,系统揭示了肾小管粗升支在急性肾损伤中的特殊代谢脆弱性 | 研究主要基于动物模型和有限的临床样本,需要在更大规模的人群研究中进一步验证 | 探索急性肾损伤的代谢机制和肾脏能量代谢的空间分布特征 | 小鼠模型和人类肾移植患者的肾脏组织 | 空间生物学 | 急性肾损伤 | 空间转录组学, 单细胞转录组学, 免疫荧光, 同位素示踪成像 | NA | 转录组数据, 图像数据, 代谢数据 | 小鼠模型和人类肾移植患者样本 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 231 | 2025-10-05 |
FAHD1-mediated pyruvate metabolism in hepatocellular carcinoma: Multi-omics and causal genetic evidence
2025-Aug-14, HGG advances
DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100494
PMID:40814172
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了FAHD1在肝细胞癌中调控丙酮酸代谢的因果机制及其在肿瘤微环境中的空间分布特征 | 首次整合单细胞转录组学、空间定位和遗传因果推断方法,识别出丙酮酸高活性上皮亚群及其与肿瘤核心区域的代谢分区特征,发现FAHD1作为丙酮酸代谢的因果驱动因子 | 研究主要基于观察性数据和体外模型验证,需要进一步的体内实验和临床试验确认FAHD1靶向治疗的临床价值 | 探索肝细胞癌中丙酮酸代谢的因果调控机制及其在肿瘤微环境中的空间分布特征 | 肝细胞癌肿瘤微环境中的上皮细胞亚群、癌症相关成纤维细胞及其相互作用 | 多组学整合分析 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组测序、空间转录组、孟德尔随机化分析、分子对接 | NA | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 232 | 2025-10-05 |
Loeys-Dietz syndrome subtypes exhibit distinct clinical behavior and aortic cellular transcriptomic profiles
2025-Aug, JTCVS open
DOI:10.1016/j.xjon.2025.06.013
PMID:40923070
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研究论文 | 本研究整合Loeys-Dietz综合征患者主动脉根部置换术后的纵向临床结果与主动脉平滑肌细胞转录组分析,探讨不同亚型特异性主动脉脆弱性的机制 | 首次通过单细胞RNA测序比较TGFBR1/2和SMAD3变异患者的主动脉平滑肌细胞表型,揭示亚型特异性基因调控模式 | 单机构研究,样本量有限(特别是单细胞RNA测序仅8例样本),随访时间中位6.16年 | 研究Loeys-Dietz综合征不同亚型的临床行为差异及其分子机制 | Loeys-Dietz综合征患者(62例,包括TGFBR1/2和SMAD3变异亚型) | 单细胞转录组学 | Loeys-Dietz综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据和单细胞RNA测序数据 | 62例患者(其中59例基因确认),单细胞RNA测序分析8例(3例TGFBR1/2,5例SMAD3) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 233 | 2025-10-05 |
Segmentation Matters: Recognizing the Cell Segmentation Challenge in Spatial Transcriptomics
2025-Aug-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.25.672145
PMID:40909538
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研究论文 | 系统评估空间转录组学中细胞分割方法的性能并提出改进策略 | 首次系统评估多种自动分割方法在人类感觉神经节神经元中的表现,并提出结合人工质量检查的改进方案 | 研究主要关注人类感觉神经节神经元,结果可能不适用于其他细胞类型或组织 | 解决空间转录组学中细胞分割准确性的挑战 | 人类感觉神经节神经元和非神经元细胞 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学,探针杂交技术 | 神经网络 | 空间转录组图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 234 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing of mouse cornea during wound healing after infrared laser irradiation
2025-Aug-29, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110615
PMID:40886962
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析红外激光损伤后小鼠角膜伤口愈合过程中的细胞动态变化 | 首次使用单细胞RNA测序技术绘制小鼠角膜伤口愈合过程中的细胞图谱,揭示了三个新分化的上皮亚群和免疫细胞动态变化 | 研究仅使用C57BL/6J小鼠模型,样本量相对有限 | 研究角膜伤口愈合过程中的细胞类型变化和动态相互作用 | C57BL/6J小鼠的角膜组织 | 单细胞组学 | 角膜损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 12,956个细胞,来自10个健康角膜 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 235 | 2025-10-05 |
LXR-β regulates microglial efferocytosis and neuroinflammation in CPSP via STAT6 activation
2025-Aug-21, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2025.106089
PMID:40848997
|
研究论文 | 本研究探讨LXR-β通过激活STAT6调控小胶质细胞胞葬作用缓解脑卒中后中枢性疼痛的机制 | 首次揭示LXR-β通过p-STAT6信号通路调控小胶质细胞胞葬作用缓解神经炎症的新机制 | 研究主要基于动物模型和细胞实验,尚未进行临床验证 | 探究LXR-β调控小胶质细胞胞葬作用缓解中枢性卒中后疼痛的分子机制 | 脑出血患者单细胞测序数据、CPSP大鼠模型、BV2小胶质细胞系 | 神经科学 | 神经病理性疼痛 | 单细胞测序, 行为学测试, 分子生物学检测 | 动物模型, 细胞模型 | 基因表达数据, 行为数据, 分子标记数据 | 大鼠模型和细胞系,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 236 | 2025-10-05 |
Pediatric Atopic Dermatitis Exhibits Distinctive Patterns in JAK/STAT Pathway Activation and CD6-ALCAM Signaling
2025-Aug, Immune network
IF:4.3Q2
DOI:10.4110/in.2025.25.e26
PMID:40917795
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析比较了儿童和成人特应性皮炎的免疫特征差异 | 首次发现儿童特应性皮炎缺乏成人患者中观察到的JAK/STAT通路上调,并独特激活CD6-ALCAM通路 | 样本量较小(9例儿童和12例成人患者) | 识别儿童特应性皮炎的独特免疫特征并比较儿童与成人患者的差异 | 特应性皮炎患者的外周血单个核细胞(PBMCs) | 单细胞转录组学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 9例儿童患者(6-16岁)和12例成人患者(20-60岁),以及年龄和性别匹配的健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 237 | 2025-10-05 |
Rethinking large-scale phylogenomics with EukPhylo v.1.0, a flexible toolkit to enable phylogeny-informed data curation and analyses of diverse eukaryotic lineages
2025-Aug-27, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01770-25
PMID:40862604
|
研究论文 | 介绍EukPhylo v.1.0工具包,用于真核生物系统发育基因组学数据管理和分析 | 开发了模块化、用户友好的流程,通过系统发育信息指导的污染去除和同源基因家族估计来改进真核生物系统发育分析 | 未明确说明工具在处理特定类型污染或极端数据情况下的局限性 | 解决真核生物系统发育基因组学分析中的数据污染和可重复性问题 | 真核生物、细菌和古菌的多样化谱系 | 生物信息学 | NA | 系统发育基因组学分析、单细胞测序、同源基因家族分析 | NA | 基因组序列数据、基因家族数据 | 1,000个多样化物种,包含约15,000个古老基因家族 | NA | 系统发育分析、基因家族估计、多序列比对 | EukPhylo v.1.0工具包 | 包含Hook数据库(约15,000个古老基因家族)和独立实用程序套件的模块化流程 |
| 238 | 2025-10-05 |
An engineered glioblastoma model yields macrophage-secreted drivers of invasion
2025-Aug-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.181903
PMID:40857405
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研究论文 | 本研究通过工程化胶质母细胞瘤模型揭示肿瘤相关巨噬细胞分泌的侵袭驱动因子 | 结合工程化3D水凝胶肿瘤微环境模型与多组学分析,首次发现并验证TGFBI作为巨噬细胞分泌的可靶向促肿瘤因子 | 对肿瘤相关巨噬细胞功能的认知仍不完整,临床转化效果需进一步验证 | 研究肿瘤相关巨噬细胞与胶质母细胞瘤干细胞之间的相互作用机制 | 胶质母细胞瘤干细胞和M2极化巨噬细胞 | 肿瘤微环境研究 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组学,蛋白质组学,3D水凝胶模型 | 工程化3D水凝胶肿瘤微环境模型 | 转录组数据,蛋白质组数据 | 胶质母细胞瘤患者单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 239 | 2025-10-05 |
A Low Sodium Diet Activates HSD2 Neurons in the Nucleus Tractus Solitarii to Promote Sodium Appetite Via the cAMP/MAPK Signaling Pathway
2025-Aug-26, Journal of integrative neuroscience
IF:2.5Q3
DOI:10.31083/JIN42286
PMID:40919635
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研究论文 | 本研究揭示了低钠饮食通过激活NTS中HSD2神经元促进钠食欲的神经机制 | 首次阐明低钠饮食通过cAMP/MAPK信号通路激活HSD2神经元促进钠食欲的具体机制 | 研究仅使用小鼠模型,未在其它物种验证;未探讨长期低钠饮食的影响 | 探究低钠饮食条件下HSD2神经元在调节钠食欲中的神经生物学机制 | 小鼠模型中的HSD2神经元及其神经环路 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序,药理学干预,顺行追踪,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,生理参数数据,行为数据 | 小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 240 | 2025-10-05 |
Stem cells within the HPA axis in tissue homeostasis and disease
2025-Aug-22, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxaf039
PMID:40590582
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综述 | 本文综述了HPA轴内干细胞在组织稳态和疾病中的作用,重点关注其起源、定位及功能 | 总结了单细胞RNA测序揭示的HPA轴干细胞群体异质性,并讨论了体外分化干细胞替代疗法的新策略 | 对HPA轴动态组织可塑性机制的理解仍有限,特别是在人类研究方面 | 探讨HPA轴中干细胞在组织稳态维持和疾病发生发展中的作用机制 | 下丘脑-垂体-肾上腺轴中的干细胞和祖细胞 | 发育生物学 | 代谢疾病、癌症、应激相关疾病 | 单细胞RNA测序、谱系追踪、体外分化 | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |