单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 539 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2025-10-05 |
Computational methods for alternative polyadenylation and splicing in post-transcriptional gene regulation
2025-Aug, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01496-z
PMID:40804481
|
综述 | 全面概述选择性多聚腺苷酸化和选择性剪接的计算分析方法及其在转录后基因调控中的作用 | 系统总结了单细胞RNA测序专用的APA和AS分析技术，提供了从群体到单细胞水平的基因调控新见解 | 作为综述文章，主要总结现有方法而非提出新算法，依赖已有文献的覆盖范围 | 探讨选择性多聚腺苷酸化和选择性剪接在转录后基因调控中的计算分析方法 | 基因转录本和调控机制 | 生物信息学 | NA | RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 222 | 2025-10-05 |
stImage: a versatile framework for optimizing spatial transcriptomic analysis through customizable deep histology and location informed integration
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf429
PMID:40905789
|
研究论文 | 开发了一个名为stImage的开源R包，用于优化空间转录组分析 | 首次在统一框架中完全整合基因表达、组织学特征和精确空间坐标，并提供54种整合策略 | NA | 优化空间转录组分析，提高生物学见解 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习 | 基因表达数据、组织学图像、空间坐标 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 223 | 2025-10-05 |
Steatohepatitis alters lymphocytes cytotoxicity and localization, accelerating colorectal liver metastases
2025-Aug-28, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2025.101222
PMID:40882404
|
研究论文 | 本研究探讨脂肪性肝炎如何通过改变淋巴细胞毒性和定位来加速结直肠癌肝转移 | 首次揭示MASH通过改变CD8+T细胞和NK细胞的定位与功能，而非单纯数量变化，来促进肝转移的新机制 | 研究基于小鼠模型，需要人类样本验证；未详细探讨其他免疫细胞亚群的作用 | 阐明MAFLD中代谢应激引起的肝脏免疫细胞变化及其对结直肠癌肝转移早期阶段的影响 | 小鼠模型中的肝脏免疫细胞和MC38癌细胞 | 免疫肿瘤学 | 结直肠癌肝转移 | 单细胞RNA测序，RT-PCR，免疫组织化学 | NA | 基因表达数据，组织图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 224 | 2025-10-05 |
Nitrogen-Driven Orchestration of Lateral Root Development: Molecular Mechanisms and Systemic Integration
2025-Aug-21, Biology
DOI:10.3390/biology14081099
PMID:40906392
|
综述 | 本文系统综述了氮素如何通过分子机制调控植物侧根发育过程及其系统整合 | 整合了单细胞转录组学和先进成像技术揭示的侧根对氮素响应的细胞异质性，强调了氮素作为主调节器通过分子枢纽同步营养感应与根形态发生的动态重编程机制 | 作为综述文章，主要整合现有研究而非提出新的实验证据 | 阐明氮素感知、信号传导及其与侧根发育途径整合的分子机制，旨在提高作物氮素利用效率 | 植物侧根发育过程，包括起始、原基形成、出现和伸长 | 植物分子生物学 | NA | 单细胞转录组学，先进成像技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 225 | 2025-10-05 |
Integrative analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq to identify lactylation-related gene signatures in lung ischemia-reperfusion injury after lung transplantation
2025-Aug-19, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115361
PMID:40914702
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别肺移植后缺血再灌注损伤中与乳酸化相关的基因特征 | 首次将乳酸化相关基因特征与肺移植缺血再灌注损伤关联，并通过多组学整合和机器学习方法识别诊断生物标志物 | 研究主要基于公共数据集，实验验证仅限于小鼠模型 | 识别肺移植后缺血再灌注损伤中乳酸化相关的关键调控基因 | 肺移植患者的转录组数据和小鼠肺缺血再灌注损伤模型 | 生物信息学 | 肺缺血再灌注损伤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 乳酸测定, 蛋白质印迹, 免疫组织化学, 免疫荧光, RT-qPCR | LASSO, 随机森林 | 转录组数据, 单细胞数据 | GSE145989和GSE18995数据集，小鼠肺IRI模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 226 | 2025-10-05 |
Novel Insights into T-Cell Exhaustion and Cancer Biomarkers in PDAC Using ScRNA-Seq
2025-Aug-07, Biology
DOI:10.3390/biology14081015
PMID:40906153
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析胰腺导管腺癌中T细胞耗竭和癌症生物标志物 | 鉴定出16个癌症和T细胞的新型标志物，揭示了PDAC中T细胞耗竭的新机制 | 需要进一步的临床研究来验证这些新型标志物作为PDAC患者潜在治疗靶点的有效性 | 研究胰腺导管腺癌中T细胞耗竭机制并识别相关生物标志物 | 人类PDAC数据集中的癌细胞和T细胞 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, PPI分析, 生存分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 来自原发性肿瘤和邻近正常组织的细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 227 | 2025-10-05 |
Mechanistic Study of NT5E in Reg3β-Induced Macrophage Polarization and Cooperation with Plasma Proteins in Myocarditis Injury and Repair
2025-Aug-07, Biology
DOI:10.3390/biology14081017
PMID:40906170
|
研究论文 | 本研究探讨NT5E通过Reg3β调控巨噬细胞极化并与血浆蛋白协同影响心肌炎的机制 | 首次揭示NT5E在Reg3β诱导的巨噬细胞M2极化中的双重作用，并通过孟德尔随机化识别了81个与心肌炎因果相关的血浆蛋白 | 研究主要基于体外实验和生物信息学分析，需要进一步的体内实验验证 | 探索NT5E调控巨噬细胞极化及与血浆蛋白协同作用在心肌炎发生发展中的分子机制 | 巨噬细胞极化、血浆蛋白、心肌炎发病机制 | 分子生物学与免疫学 | 心肌炎 | RNA测序, Western blotting, qPCR, 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 分子对接 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 228 | 2025-10-05 |
Tracking clonal dynamics of CD8 T cells and immune dysregulation in progression of systemic lupus erythematosus with nephritis
2025-Aug, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01504-2
PMID:40744996
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA和T细胞受体测序分析系统性红斑狼疮患者的免疫细胞动态变化 | 揭示了干扰素驱动机制与细胞毒性T细胞功能障碍在SLE发作中的关键联系，并发现效应CD8 T细胞克隆扩增是疾病恶化的主要驱动因素 | 样本量相对有限（6名SLE患者），需要更大规模研究验证 | 探究系统性红斑狼疮疾病进展中CD8 T细胞克隆动态和免疫失调机制 | 系统性红斑狼疮患者和健康捐赠者的外周血单个核细胞 | 单细胞生物学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序, 批量RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据, TCR测序数据, 批量RNA测序数据 | 6名SLE患者（19个样本）和32名健康捐赠者，另验证数据集包括79名对照和62名SLE患者的批量数据，以及99名健康对照和162名SLE患者的单细胞数据 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 229 | 2025-10-06 |
Hair follicle epithelial stem cells contribute to interfollicular epidermis during homeostasis
2025-Aug-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.193496
PMID:40627455
|
研究论文 | 本研究揭示了毛囊KROX20标记的干细胞群体在稳态期间对毛囊间表皮的贡献 | 首次发现KROX20转录因子标记的毛囊干细胞可迁移至毛囊间表皮并参与表皮稳态调控 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类皮肤中验证 | 探究毛囊干细胞在表皮稳态维持中的作用机制 | 小鼠毛囊干细胞和毛囊间表皮 | 发育生物学 | NA | 谱系追踪, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 230 | 2025-10-06 |
Bridging the gap of late-gestation nephrogenesis using a non-human primate model
2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.18.670897
PMID:40894529
|
研究论文 | 本研究利用非人灵长类动物模型探索晚期妊娠肾单位生成机制 | 首次在恒河猴中发现晚期妊娠特有的分化肾单位祖细胞谱系分支，揭示了WNT和SEMA信号通路成分在侧支肾单位生成期间的组成变化 | 研究样本量有限，且依赖于公共数据库的人类数据整合 | 阐明晚期妊娠肾单位生成的分子机制 | 恒河猴胎儿肾脏细胞和人类胎儿肾脏细胞 | 发育生物学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, RNAScope验证 | NA | 单细胞转录组数据 | 9个恒河猴胎儿肾脏样本和8个人类胎儿肾脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 231 | 2025-10-06 |
Single-cell spatial transcriptomics unravels the cellular landscape of abdominal aortic aneurysm
2025-Aug-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.190534
PMID:40857411
|
研究论文 | 本研究利用超高分辨率空间转录组技术解析腹主动脉瘤的细胞空间景观 | 首次应用Seq-Scope超高分辨率空间转录组技术揭示腹主动脉瘤中细胞类型的空间异质性，发现GPNMB高表达巨噬细胞通过CD44信号通路诱导平滑肌细胞表型转换的新机制 | 研究基于小鼠模型，需要在人类样本中进一步验证 | 解析腹主动脉瘤微环境中的细胞空间组织和分子机制 | Apoe-/-小鼠的腹主动脉瘤组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学,单细胞RNA测序,免疫荧光染色 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | Seq-Scope | Seq-Scope超高分辨率空间转录组技术 |
| 232 | 2025-10-06 |
Cytoplasmic dynamics are overlooked in single nuclei RNA-seq but can be rescued by CytoRescue, a generative AI model to recover cytoplasm enriched gene
2025-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.15.670239
PMID:40894560
|
研究论文 | 开发了一种名为CytoRescue的生成式AI模型，用于恢复单核RNA测序数据中被削弱的细胞质富集基因表达信号 | 首次提出专门针对单核RNA测序数据中细胞质信号恢复的生成式AI模型，能够有效恢复细胞质富集基因的表达 | 未明确说明模型在哪些特定组织类型或条件下的适用性限制 | 解决单核RNA测序技术中细胞质信号缺失的根本限制，增强其转录组分析的全面性 | 单核RNA测序数据中的细胞质富集基因 | 机器学习 | 肺癌 | 单核RNA测序，生成式AI | 生成式AI模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 233 | 2025-10-06 |
Macrophages drive a fibrogenic gene program of periductal fibroblasts in pediatric primary sclerosing cholangitis
2025-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.14.670195
PMID:40894696
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示巨噬细胞通过细胞间通讯驱动小儿原发性硬化性胆管炎中胆管周围成纤维细胞的纤维化基因程序 | 首次整合空间转录组学、批量RNA测序和蛋白质组学揭示巨噬细胞与肝星状细胞在PSC胆管周围纤维化中的特异性相互作用网络 | 研究样本主要来自儿科患者，结果在成人PSC中的普适性需要进一步验证 | 阐明原发性硬化性胆管炎中胆管周围纤维化的细胞相互作用机制 | 小儿原发性硬化性胆管炎患者的肝组织样本和血浆样本 | 空间生物学 | 原发性硬化性胆管炎 | MERSCOPE空间转录组学, 批量RNA-seq, SomaScan蛋白质组学 | NA | 空间转录组数据, 批量RNA测序数据, 蛋白质组数据 | 包含早期和晚期PSC患者以及自身免疫性肝炎患者的肝组织和血浆样本 | Vizgen, Illumina, SomaLogic | 空间转录组学, 批量RNA-seq, 蛋白质组学 | MERSCOPE, NovaSeq, SomaScan | MERSCOPE空间转录组技术用于细胞定位分析，批量RNA-seq用于基因表达验证，SomaScan用于血浆蛋白检测 |
| 234 | 2025-10-06 |
Spatial and multi-omic profiling reveals genes and pathways associated with cytotoxic lymphocyte infiltration in malignant rhabdoid tumor
2025-Aug-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7303174/v1
PMID:40894019
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和多组学分析揭示恶性横纹肌样瘤中细胞毒性淋巴细胞浸润的相关基因和通路 | 首次结合空间转录组学和多组学技术系统分析MRT肿瘤免疫微环境特征，发现候选肿瘤抗原多样性、抗原加工呈递基因上调与'热'肿瘤免疫微环境的强关联 | 样本量有限，未明确说明具体样本数量；部分基因名称在摘要中未完整呈现 | 探究恶性横纹肌样瘤中免疫细胞浸润的分子机制和特征 | 恶性横纹肌样瘤样本 | 空间转录组学 | 恶性横纹肌样瘤 | 空间转录组学, 多组学分析 | NA | 空间转录组数据, 多组学数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 235 | 2025-10-06 |
Systematic characterization of cell type-specific master metabolic regulators in Alzheimer's disease
2025-Aug-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7207381/v1
PMID:40894034
|
研究论文 | 本研究开发了scFUMES算法，系统性地识别了阿尔茨海默病中细胞类型特异性的主要代谢调控因子 | 开发了整合多组学数据的scFUMES算法，首次在细胞类型特异性水平系统揭示了AD中的主要代谢调控因子及其网络基础 | 研究主要基于计算预测，实验验证相对有限，需要更多功能研究确认调控机制 | 揭示阿尔茨海默病中细胞类型特异性的代谢调控网络和主要代谢调控因子 | 人脑组织中的神经元、小胶质细胞等脑细胞类型 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 相互作用组学, 基因组学, 转录组学, 代谢组学 | scFUMES算法 | 多组学数据 | 来自大型人脑生物样本库的样本，涉及中颞回和背外侧前额叶皮层两个AD易感区域 | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学整合分析 | NA | NA |
| 236 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics reveals distinct cell type dynamics following opioid dependence in mice with the common human variant in the μ-opioid receptor, Oprm1 A118G
2025-Aug-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7199524/v1
PMID:40894067
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术揭示了携带人类μ-阿片受体A118G变体的小鼠在阿片依赖后不同细胞类型的动态变化 | 首次结合空间转录组学系统评估A118G变异对阿片依赖中细胞动态的影响，发现神经胶质细胞而非神经元功能障碍在遗传风险中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型，人类样本验证尚需进行；A118G变异的确切分子机制仍未完全阐明 | 探究μ-阿片受体A118G基因变异如何影响阿片依赖风险的神经生物学机制 | 携带人类Oprm1 A118G变体的小鼠模型 | 空间转录组学 | 阿片使用障碍 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 阿片暴露小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 237 | 2025-10-06 |
TET2-mutant myeloid cells mitigate Alzheimer's disease progression via CNS infiltration and enhanced phagocytosis in mice
2025-Aug-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.06.006
PMID:40609533
|
研究论文 | 本研究发现TET2突变的克隆性造血可通过外周髓系细胞浸润减轻阿尔茨海默病进展 | 首次揭示TET2特异性突变（而非其他CH驱动因子）对AD的保护作用，并阐明其通过增强髓系细胞脑内浸润和吞噬功能的机制 | 研究主要基于小鼠模型和UK Biobank数据，人类直接证据有限 | 探究克隆性造血与阿尔茨海默病的相互作用机制 | TET2突变髓系细胞、AD小鼠模型、人诱导多能干细胞衍生小胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序，iPSC分化，骨髓移植 | 小鼠AD模型 | 基因测序数据，行为学数据，病理学数据 | UK Biobank人群数据，小鼠实验模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 238 | 2025-09-06 |
The Pdgfd-Pdgfrb axis orchestrates tumor-nerve crosstalk in pancreatic cancer
2025-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.26.672505
PMID:40909696
|
研究论文 | 本研究揭示了Pdgfd-Pdgfrb信号轴在胰腺癌中介导肿瘤-神经交互作用并促进神经周围侵袭的机制 | 首次发现Pdgfd信号通过协调癌细胞、神经元和胶质细胞的多方面相互作用促进神经侵袭，并证明该轴可作为治疗靶点 | NA | 探究胰腺导管腺癌中肿瘤-神经相互作用的分子机制及其对神经周围侵袭的影响 | 胰腺导管腺癌（PDAC）中的肿瘤细胞、神经及胶质细胞 | 肿瘤微环境研究 | 胰腺癌 | 全转录组测序、单细胞空间转录组学 | NA | 转录组数据、空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 239 | 2025-09-06 |
Multi-omics reveals changes in astrocyte fatty acid metabolism during early stages of Alzheimer's disease
2025-Aug-30, Neurochemistry international
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.neuint.2025.106049
PMID:40889558
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示阿尔茨海默病早期星形胶质细胞脂肪酸代谢异常 | 首次结合转录组、蛋白质组和空间代谢组学动态追踪AD模型星形胶质细胞代谢变化，并验证人类早期AD样本的保守性 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证需进一步扩展 | 探究阿尔茨海默病早期星形胶质细胞的分子动态变化 | APP/PS1转基因小鼠和野生型小鼠的星形胶质细胞，以及人类脑组织样本 | 多组学分析 | 阿尔茨海默病 | 转录组学、蛋白质组学、空间代谢组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、代谢物空间分布数据 | 5个时间点（2/4/6/9/12月龄）的小鼠模型，人类早期AD与对照脑样本 | NA | NA | NA | NA |
| 240 | 2025-09-06 |
Cross-species analysis identifies genotype-driven vulnerabilities in lung adenocarcinoma
2025-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.24.671070
PMID:40909610
|
研究论文 | 通过跨物种单细胞分析揭示肺腺癌基因型驱动的肿瘤微环境特征和代谢依赖性 | 首次通过人鼠跨物种保守性分析揭示致癌基因突变对肿瘤微环境的特异性免疫印记 | 样本量有限（57例人类和18例小鼠样本），需进一步验证 | 解析肺腺癌主要基因突变亚型对肿瘤细胞和微环境的特异性影响 | 人类和小鼠肺腺癌样本 | 计算生物学 | 肺腺癌 | scRNA-seq（单细胞RNA测序） | 跨物种比较分析 | 单细胞转录组数据 | 57例人类样本和18例小鼠样本 | NA | NA | NA | NA |