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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2025-10-06 |
β-Mangostin Attenuates TET2-Mediated DNA Demethylation of Prkcg in the Prevention of Intervertebral Disc Degeneration
2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202505077
PMID:40558107
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研究论文 | 研究β-芒果苷通过调控TET2介导的Prkcg DNA去甲基化来预防椎间盘退变 | 首次揭示β-芒果苷通过TET2-Prkcg轴调控DNA甲基化状态,同时靶向炎症失调和基质稳态的双重作用机制 | 未提及具体样本量和实验模型细节 | 探索β-芒果苷在椎间盘退变治疗中的潜在作用机制 | 椎间盘髓核细胞和巨噬细胞 | 分子生物学 | 椎间盘退变 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 222 | 2025-10-06 |
Advances in Single-Cell Sequencing for Infectious Diseases: Progress and Perspectives
2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202415678
PMID:40613694
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在传染病研究中的进展与应用 | 系统总结了真核、原核(如MATQ-seq和BacDrop)及双端(如PatH-Cap)单细胞测序技术的最新进展,揭示了宿主-病原体相互作用的共同机制 | NA | 促进强大诊断或治疗策略的开发,推动精准医学发展 | 传染病中的宿主细胞和病原体 | 生物医学 | 传染病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 223 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies MMP11+ Cancer-Associated Fibroblasts as Drivers of Angiogenesis and Bladder Cancer Progression
2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202502774
PMID:40552583
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序鉴定MMP11+癌症相关成纤维细胞作为膀胱癌血管生成和进展的驱动因素 | 发现新型MMP11 mCAF亚群,揭示其通过WNT5A-MCAM信号轴调控血管生成的新机制 | NA | 探索癌症相关成纤维细胞异质性及其在肿瘤进展中的作用机制 | 膀胱癌组织中的癌症相关成纤维细胞和内皮细胞 | 单细胞测序分析 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 224 | 2025-10-06 |
Identification of Schwann Cells in Human Intracranial Arteries: Potential Regulatory Role in Atherosclerotic Plaque Progression
2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202503033
PMID:40574459
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研究论文 | 本研究通过多模态分析发现人类颅内动脉中存在雪旺细胞,并揭示其在动脉粥样硬化斑块进展中的潜在调控作用 | 首次在人类颅内动脉中鉴定出雪旺细胞,发现斑块血管中雪旺细胞来源的髓鞘显著增加,并揭示SPP1-ITGB1信号通路介导的雪旺细胞-血管平滑肌细胞相互作用 | 样本量有限(16例捐赠者),仅使用尸检样本可能无法完全反映活体状态 | 探究雪旺细胞在颅内动脉粥样硬化病理生物学中的作用 | 人类颅内动脉样本(含斑块和无斑块区域) | 神经血管生物学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序,超微结构评估,细胞间通讯分析,配体-受体分析 | NA | 单细胞转录组数据,超微结构图像数据 | 16例尸检捐赠者的颅内动脉样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 225 | 2025-10-06 |
Single cell-RNA sequencing reveal TOP2A as a key driver of hepatocellular carcinoma progression
2025-Aug-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-16785-w
PMID:40887474
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和功能分析发现TOP2A是肝细胞癌进展的关键致癌驱动因子 | 首次通过单细胞RNA测序揭示TOP2A通过SPP1-CD44轴促进Tmem向Tex分化,从而驱动肝癌免疫逃逸 | 研究主要基于体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证 | 探讨TOP2A在肝细胞癌中的生物学功能及其作为治疗靶点的潜力 | 肝细胞癌细胞系HepG2和Huh-7 | 单细胞组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, QPCR, Western Blotting, siRNA干扰, CCK8检测, 伤口愈合实验, Transwell实验, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据, 细胞功能数据 | 两种肝癌细胞系(HepG2和Huh-7) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 226 | 2025-10-06 |
Protocol optimization improves the performance of multiplexed RNA imaging
2025-Aug-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-17477-1
PMID:40887478
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研究论文 | 本研究通过系统优化MERFISH技术的实验方案,提高了在细胞培养和组织样本中的RNA成像性能 | 首次系统性地研究了多种实验方案选择对MERFISH性能的影响,并提出了针对探针设计、杂交、缓冲液储存和组成的优化方案 | 研究主要针对MERFISH技术,其他空间转录组学技术的适用性可能需要进一步验证 | 优化多重RNA成像技术的实验方案以提高性能 | 细胞培养物和组织样本 | 空间转录组学 | NA | 多重错误鲁棒荧光原位杂交(MERFISH), 单分子荧光原位杂交(smFISH) | NA | RNA成像数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单分子荧光原位杂交 | NA | NA |
| 227 | 2025-10-06 |
scSorterDL: a deep neural network-enhanced ensemble LDAs for single cell classifications
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf446
PMID:40889117
|
研究论文 | 提出一种结合惩罚线性判别分析、群体学习和深度神经网络的单细胞分类方法scSorterDL | 首次将惩罚线性判别分析、群体学习和深度神经网络集成到单细胞分类中,通过数据子集生成和模型输出整合提高分类精度 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的细胞类型注释 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 惩罚线性判别分析(pLDA), 深度神经网络(DNN) | 基因表达数据 | 13个真实scRNA-seq数据集和20对跨平台数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 228 | 2025-10-06 |
Piezo1 promotes colitis progression by modulating the Nrf2/NF-κB/NLRP3 signaling pathway
2025-Aug-29, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2025.117293
PMID:40886854
|
研究论文 | 本研究探讨了机械敏感性离子通道Piezo1通过调节Nrf2/NF-κB/NLRP3信号通路促进结肠炎发展的机制 | 首次揭示Piezo1在结肠炎中通过调控Nrf2/NF-κB/NLRP3信号通路加剧炎症损伤的新机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究Piezo1在肠道炎症病理生理中的作用及其对信号通路的调控机制 | 野生型和Piezo1Lyz2基因修饰小鼠的溃疡性结肠炎模型 | 分子生物学 | 炎症性肠病 | 单细胞测序,RNA测序 | NA | 基因表达数据,病理学数据 | 小鼠结肠炎模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 229 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing defines developmental progression and reproductive transitions of Pneumocystis carinii
2025-Aug-25, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.01277-25
PMID:40853149
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序绘制了卡氏肺孢子虫的发育进程和生殖转变图谱 | 首次构建卡氏肺孢子虫的单细胞RNA测序图谱,揭示了13个转录特征不同的发育阶段集群 | 该真菌无法连续培养,依赖宿主环境获取营养,研究受限于样本获取 | 阐明卡氏肺孢子虫的完整生命周期和生殖转变过程 | 从感染大鼠支气管肺泡灌洗液中分离的卡氏肺孢子虫 | 单细胞生物学 | 肺炎 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR | NA | 单细胞转录组数据 | 87,716个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 230 | 2025-10-06 |
A mouse organoid platform for modeling cerebral cortex development and cis-regulatory evolution in vitro
2025-Aug-25, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.08.001
PMID:40876454
|
研究论文 | 开发了一种从小鼠外胚层干细胞生成大脑皮层类器官的可重复方案,用于模拟皮层发育和顺式调控进化 | 首次建立了能够重现胚胎皮层发育时序和细胞分化程序的小鼠大脑皮层类器官平台,并利用该系统全面绘制了发育中皮层细胞类型的顺式作用转录调控变异 | 研究仅限于小鼠模型,且为体外类器官系统,可能无法完全模拟体内环境 | 研究大脑皮层发育的基因调控网络和顺式调控进化机制 | 小鼠大脑皮层类器官,来源于实验室小鼠(C57BL/6J)和四种野生近交系杂交的F1代外胚层干细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 来自5个小鼠品系(包括C57BL/6J和4个野生近交系)杂交的F1代外胚层干细胞生成的皮层类器官 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 231 | 2025-10-06 |
Pro-inflammatory immune microenvironment and Thrombospondin-1-positive monocytes as drivers of osteoclastogenesis in postmenopausal osteoporosis
2025-Aug-24, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjaf083
PMID:40515615
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析绝经后骨质疏松症患者骨髓微环境,揭示促炎免疫微环境和THBS1阳性单核细胞在破骨细胞生成中的驱动作用 | 首次在单细胞水平系统描绘PMOP骨髓细胞异质性,发现三种具有破骨细胞生成潜能的单核细胞亚群及其相关信号通路 | 样本量相对有限(20例),主要基于转录组数据,需要进一步功能验证 | 阐明绝经后骨质疏松症的骨髓微环境细胞组成和破骨细胞生成机制 | 绝经后骨质疏松症患者和对照组的骨髓细胞 | 单细胞转录组学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序,组织学验证,体外通路调控 | NA | 单细胞转录组数据 | 10例PMOP患者和10例对照,总计93,867个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 232 | 2025-10-06 |
Interpretable machine learning coupled to spatial transcriptomics unveils mechanisms of macrophage-driven fibroblast activation in ischemic cardiomyopathy
2025-Aug-24, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.08.18.25333841
PMID:40894159
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研究论文 | 本研究结合可解释机器学习和空间转录组学揭示了缺血性心肌病中巨噬细胞驱动成纤维细胞活化的机制 | 开发了结合可解释机器学习(SLIDE)、调控网络推断和计算机模拟扰动的新工作流程,发现了传统分析会遗漏的细胞程序 | NA | 揭示缺血性心肌病中巨噬细胞微环境介导的成纤维细胞活化机制 | 缺血性心肌病患者的巨噬细胞、静息和活化心脏成纤维细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | SLIDE(可解释机器学习) | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 233 | 2025-10-06 |
MODE: high-resolution digital dissociation with deep multimodal autoencoder
2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.02.631152
PMID:40894791
|
研究论文 | 提出一种名为MODE的多模态自编码器流程,用于高分辨率数字解离组织样本 | 通过多模态自编码器将多维特征关联,联合预测个性化多组学谱和细胞组成,利用内部非转录组参考和外部scRNA-seq数据构建伪批量数据 | NA | 开发能够同时处理多组学数据的组织数字解离方法 | 单细胞生物学中的组织样本 | 机器学习 | NA | 多组学分析,单细胞RNA测序 | 多模态自编码器 | 多组学数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,多组学分析 | NA | NA |
| 234 | 2025-10-06 |
Development of Drug-resistant Cell Lines for Experimental Procedures
2025-Aug-12, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68957
PMID:40889269
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研究论文 | 本文介绍了药物耐药细胞系的开发方法及其在癌症治疗研究中的应用 | 建立了通过逐步增加药物浓度筛选耐药细胞系的标准方法,并采用IC50值比较验证耐药性发展 | 未提及具体应用的癌症类型或药物种类,缺乏临床验证数据 | 开发药物耐药细胞系以研究耐药机制和克服治疗失败的策略 | 癌症细胞系及其衍生的耐药细胞系 | 癌症生物学 | 癌症 | 细胞活力测定、非线性回归分析、微阵列、单细胞测序 | NA | 实验数据、测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 235 | 2025-10-06 |
Ongoing genome doubling shapes evolvability and immunity in ovarian cancer
2025-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09240-3
PMID:40670783
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示全基因组加倍是卵巢癌中持续发生的突变过程,促进肿瘤进化能力和免疫失调 | 开发了基于突变的WGD时序分析方法doubleTime,首次在单细胞分辨率揭示WGD作为持续突变过程对肿瘤进化和免疫调控的影响 | 研究样本仅限于高级别浆液性卵巢癌,未涵盖其他癌症类型 | 探究全基因组加倍对肿瘤体细胞进化和免疫逃逸的影响机制 | 高级别浆液性卵巢癌患者肿瘤样本 | 基因组学 | 卵巢癌 | 单细胞全基因组测序,单细胞RNA测序,高分辨率免疫荧光显微镜 | NA | 基因组数据,转录组数据,图像数据 | 41名患者的70个肿瘤样本,包含30,260个肿瘤基因组 | NA | 单细胞全基因组测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 236 | 2025-10-06 |
Cathepsin K as a key regulator of myocardial fibrosis in dilated cardiomyopathy and a promising therapeutic target
2025-Aug, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110421
PMID:40578558
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现组织蛋白酶K是扩张型心肌病中心肌纤维化的关键调控因子 | 首次通过单细胞RNA测序技术鉴定出CTSK在心脏成纤维细胞中的特异性表达,并证实其通过PDGF-BB通路调控细胞增殖 | CTSK敲低对TGF-β1诱导的心脏成纤维细胞向肌成纤维细胞转分化无抑制作用 | 探索扩张型心肌病中心肌纤维化的分子机制 | 扩张型心肌病患者心脏组织和人心脏成纤维细胞 | 分子生物学 | 扩张型心肌病 | scRNA-seq, 加权基因共表达网络分析, 蛋白质互作分析, Masson三色染色, 免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | DCM患者与正常心室组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 237 | 2025-10-06 |
Autophagy Regulates Müller Glial Cell Inflammatory Activation
2025-Aug-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.11.74
PMID:40879296
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研究论文 | 本研究探讨自噬如何调节视网膜Müller胶质细胞的炎症激活状态 | 首次证明自噬通过调控Müller细胞的激活状态来维持眼部免疫特权,揭示了自噬缺陷导致细胞均一性激活的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性需进一步验证;炎症诱导使用LPS,可能不完全模拟生理性炎症 | 探究自噬在Müller胶质细胞炎症反应调控中的作用机制 | 小鼠视网膜Müller胶质细胞 | 细胞生物学 | 眼部炎症疾病 | 单细胞RNA测序,免疫荧光共聚焦显微镜,流式细胞术,siRNA敲低 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,图像数据,细胞计数数据 | 对照和Atg5缺陷小鼠的视网膜Müller细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 238 | 2025-10-06 |
Mitochondrial One-Carbon Metabolism Drives CD34-Lineage Cells to Differentiate Into T Follicular Helper Cells to Form Tertiary Lymphoid Organs in Transplant Arteriosclerosis
2025-Aug-26, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究揭示了线粒体一碳代谢通过调控CD34谱系细胞向滤泡辅助T细胞分化,促进移植动脉粥样硬化中三级淋巴器官形成的机制 | 首次发现CD34谱系细胞是移植动脉中T细胞群的主要来源,并阐明线粒体一碳代谢关键酶MTHFD2在Tfh细胞分化中的核心作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究移植动脉粥样硬化中T滤泡辅助细胞的起源和调控机制 | 小鼠移植动脉模型中的CD34谱系细胞和T滤泡辅助细胞 | 免疫学 | 移植动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫荧光染色, 超高效液相色谱, 高分辨率质谱代谢组学 | 谱系追踪小鼠模型, CD4+ T细胞特异性MTHFD2敲除小鼠 | 单细胞转录组数据, 代谢组数据, 流式细胞数据, 免疫组织化学数据 | 移植后2周和4周的小鼠动脉组织 | NA | 单细胞RNA测序, 代谢组学 | NA | NA |
| 239 | 2025-10-06 |
Perturb-Multimodal: A platform for pooled genetic screens with imaging and sequencing in intact mammalian tissue
2025-Aug-21, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.05.022
PMID:40513557
|
研究论文 | 开发了一种结合成像和测序的多模态平台,用于在完整哺乳动物组织中进行大规模遗传筛选 | 首次实现了在完整组织中同时进行成像和测序的配对多模态遗传筛选方法 | 目前仅在小鼠肝脏中进行了应用验证 | 构建大规模多模态基因型-表型图谱,解析组织功能的遗传调控基础 | 小鼠肝脏组织中的数百种遗传扰动 | 机器学习 | NA | 单细胞测序,成像技术 | NA | 图像,基因表达数据 | 数百种遗传扰动的小鼠肝脏样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | Perturb-Multimodal(Perturb-Multi)平台 |
| 240 | 2025-10-06 |
Cholinergic neuronal activity promotes diffuse midline glioma growth through muscarinic signaling
2025-Aug-21, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.05.031
PMID:40541184
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研究论文 | 本研究揭示了中脑胆碱能神经元通过毒蕈碱信号通路促进弥漫性中线胶质瘤生长的机制 | 首次发现中脑胆碱能神经元活动通过M1/M3受体依赖方式促进弥漫性中线胶质瘤增殖,揭示了不同脑区特异性神经环路对肿瘤生长的调控作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类患者中的临床相关性需要进一步验证 | 探究胆碱能神经元活动对弥漫性中线胶质瘤生长的影响及其分子机制 | 弥漫性中线胶质瘤细胞、少突胶质前体细胞、中脑胆碱能神经元 | 神经肿瘤学 | 弥漫性中线胶质瘤 | 光遗传学刺激、单细胞RNA测序、药理学阻断、遗传学阻断 | 动物疾病模型 | 基因表达数据、细胞增殖数据、神经活动记录 | DMG荷瘤小鼠模型及原代DMG样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |