单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-08-31	Immune signaling mediates stromal changes to support epithelial reprogramming in celiac duodenum 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116039 PMID:40694474	研究论文	通过单细胞RNA测序分析乳糜泻十二指肠中免疫信号介导的基质变化以支持上皮重编程	构建了迄今最全面的乳糜泻单细胞RNA测序数据集，揭示了成纤维细胞通过IL-1β和IFN-γ介导支持上皮干细胞重编程的新机制	NA	研究乳糜泻中细胞间通信机制及组织水平细胞动态响应	乳糜泻患者和对照组的十二指肠组织样本	单细胞测序分析	乳糜泻	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	21例活动性乳糜泻和11例对照十二指肠样本，共203,555个细胞
222	2025-08-31	A STAT3/integrin axis accelerates pancreatic cancer initiation and progression 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116010 PMID:40701148	研究论文	本研究揭示了STAT3通过调控ITGB3表达加速胰腺癌发生发展的新机制	发现STAT3通过染色质可及性调控ITGB3表达的塑性调控机制，并建立了一个18基因特征用于生存分层	NA	探究STAT3信号通路在胰腺导管腺癌进展中的调控机制	胰腺导管腺癌细胞	癌症生物学	胰腺癌	ChIP-seq, 单细胞转录组学	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
223	2025-08-31	Cancer-associated fibroblast-derived fibulin-5 promotes radioresistance in non-small-cell lung cancer 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116018 PMID:40711881	研究论文	本研究探讨癌症相关成纤维细胞（CAFs）来源的Fibulin-5通过抑制铁死亡促进非小细胞肺癌放疗抵抗的机制	首次揭示CAFs通过分泌Fibulin-5激活整合素αVβ5/Src-STAT3通路并抑制ACSL4表达，从而削弱放疗诱导的铁死亡过程	NA	鉴定预测放疗疗效的CAF表达分子并阐明非小细胞肺癌放疗抵抗机制	非小细胞肺癌患者组织样本、癌症相关成纤维细胞及癌细胞系	肿瘤生物学	肺癌	空间转录组学、单细胞RNA测序、基因敲低、临床组织分析	NA	基因表达数据、临床数据	复发患者组织样本（具体数量未明确说明）
224	2025-08-31	A basophil-fibroblast pro-inflammatory axis fuels type 2 skin inflammation 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116114 PMID:40782349	研究论文	本研究通过单细胞时空图谱揭示了嗜碱性粒细胞与成纤维细胞之间的促炎轴在2型皮肤炎症中的关键作用	首次发现嗜碱性粒细胞通过分泌OSM和IL-4协同激活促炎性成纤维细胞，形成正向反馈循环驱动免疫细胞招募	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	解析2型皮肤炎症的细胞机制并识别治疗靶点	小鼠皮肤炎症模型（MC903和oxazolone诱导的皮炎）	免疫学	特应性皮炎	MERFISH, scRNA-seq	NA	单细胞空间转录组数据	约430,000个细胞
225	2025-08-31	Gut commensal microbiota drive tailored macrophage responses 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116157 PMID:40828655	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类巨噬细胞对多种共生菌的响应，揭示其异质性和菌种特异性	首次大规模使用单细胞RNA测序（74,476个细胞）研究人类巨噬细胞对15种共生菌的响应，发现菌种特异性和Gram状态影响的转录簇	研究使用单核细胞衍生的巨噬细胞，可能不完全代表体内原生巨噬细胞行为	探究人类巨噬细胞对不同共生菌的异质性免疫响应机制	人类单核细胞衍生的巨噬细胞和15种主要共生细菌	免疫学	肠道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	74,476个单核细胞衍生的巨噬细胞，暴露于15种细菌
226	2025-08-31	Biallelic BRF2 mutations disrupt redox homeostasis as etiological factors in syndromic immunodeficiency and developmental disorders 2025-Aug-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.006 PMID:40781771	研究论文	本研究通过鉴定双等位基因BRF2突变，揭示了其通过破坏RNA Pol III转录导致氧化还原稳态失衡，进而引发综合征性免疫缺陷和发育异常的分子机制	首次建立BRF2功能缺陷与氧化还原稳态破坏之间的致病性联系，并发现其对GPX1和GPX4等关键氧化还原调节基因的特异性影响	研究基于单个家族病例，样本规模有限，且分子机制的深入验证仍需进一步实验	阐明BRF2突变相关遗传疾病的分子发病机制及其与多系统异常、恶性肿瘤和原发性免疫缺陷的关联	携带复合杂合BRF2变异的家族病例，表现为多系统异常、恶性肿瘤和原发性免疫缺陷	遗传学与分子病理学	免疫缺陷疾病	全外显子组测序，单细胞RNA测序	NA	基因组数据，转录组数据	1个家族病例（包含先证者及其家系成员）
227	2025-08-29	Integrated multi-omics analysis reveals diagnostic biomarkers and therapeutic targets for systemic lupus erythematosus 2025-Aug-15, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042290 PMID:40826785	研究论文	通过整合多组学分析识别系统性红斑狼疮的诊断生物标志物和治疗靶点	发现载脂蛋白A2、MANSC结构域包含蛋白1和蛋白酶体亚基β5作为关键基因，并构建高精度诊断列线图模型（AUC=0.968）	NA	探究血浆蛋白与系统性红斑狼疮的因果关系并寻找诊断与治疗靶点	系统性红斑狼疮相关基因组数据及血浆蛋白	生物信息学	系统性红斑狼疮	全基因组关联研究、双样本孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、分子对接模拟	列线图诊断模型	基因组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据	NA
228	2025-08-29	Improving reproducibility of differentially expressed genes in single-cell transcriptomic studies of neurodegenerative diseases through meta-analysis 2025-Aug-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62579-z PMID:40796563	研究论文	通过开发一种非参数元分析方法SumRank，提高神经退行性疾病单细胞转录组研究中差异表达基因的可重复性	提出基于跨数据集相对差异表达排名可重复性的SumRank方法，显著提升差异表达基因的预测能力和生物学可解释性	未明确说明样本规模或数据来源的具体限制，可能受原始数据集质量和异质性影响	提高单细胞RNA测序研究中差异表达基因检测的可重复性和可靠性	帕金森病(PD)、亨廷顿病(HD)、阿尔茨海默病(AD)、精神分裂症(SCZ)和COVID-19的单细胞转录组数据	生物信息学	神经退行性疾病	scRNA-seq, 元分析	非参数统计方法(SumRank)	基因表达数据	NA
229	2025-08-29	Galectin-9 inhibition of the MIF-CD74/CD44 pathway suppresses chronic arthritis 2025-Aug-11, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.016 PMID:40798883	研究论文	研究galectin-9通过抑制MIF-CD74/CD44通路来抑制慢性关节炎的机制	发现MIF亚群并通过sGal-9作为新型抗MIF剂有效抑制RA-FLSs的破坏性表型	NA	探索治疗类风湿关节炎的新靶点和治疗策略	类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞(RA-FLSs)和小鼠关节炎模型	NA	类风湿关节炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
230	2025-08-29	Impact of intercellular adhesion molecule 1-positive dental pulp stem cells in deep caries progression 2025-08, International endodontic journal IF:5.4Q1 DOI:10.1111/iej.14248 PMID:40343788	研究论文	本研究探讨了ICAM1阳性牙髓干细胞在深龋进展中的免疫调节作用及其机制	首次在深龋牙髓组织中鉴定出ICAM1+ DPSCs亚群，并揭示其通过分泌促炎因子增强巨噬细胞炎症活性的新机制	研究主要基于体外实验和动物模型，人类体内验证尚需进一步开展	阐明深龋病变中ICAM1+ DPSCs的免疫调控功能并开发治疗策略	人及小鼠的深龋牙髓组织、牙髓干细胞（DPSCs）和THP-1单核细胞系	干细胞生物学	牙科疾病	单细胞测序、免疫荧光/流式细胞术、RT-qPCR、Western Blot、ELISA、SCENIC、RNA-seq	NA	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据、细胞成像数据	人及小鼠的深龋与健康牙髓组织样本（具体数量未明确说明）
231	2025-08-29	Astrocytic AEG-1 drives neuroinflammation and enhances seizure susceptibility 2025-08, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106957 PMID:40383165	研究论文	本研究探讨星形胶质细胞中AEG-1基因在神经炎症和癫痫易感性中的作用及其机制	首次通过单细胞RNA测序揭示表达AEG-1的星形胶质细胞亚群与炎症反应相关，并证实AEG-1通过NF-κB信号通路介导神经炎症和癫痫效应	研究主要基于LPS诱导的小鼠模型和体外培养模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究星形胶质细胞AEG-1在神经炎症和癫痫易感性中的功能及作用机制	小鼠模型和体外星形胶质细胞培养模型	神经科学	神经炎症性疾病	单细胞RNA测序，体外细胞培养	NA	基因表达数据	小鼠模型和体外培养细胞（具体数量未明确说明）
232	2025-08-29	Multi-omics characterization of oncosis in spinal cord injury 2025-08, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106982 PMID:40467009	研究论文	本研究通过多组学方法首次系统描绘了脊髓损伤后oncosis（胀亡）相关基因的时空表达动态和细胞定位	首次在脊髓损伤背景下揭示oncosis的时空基因调控图谱，并发现Trp53、Casp3等关键基因的细胞特异性表达模式	研究主要基于大鼠模型和体外细胞实验，人类临床相关性仍需进一步验证	探究脊髓损伤后oncosis的分子机制和潜在治疗靶点	大鼠脊髓损伤模型和LPS处理的PC12细胞系	生物信息学	脊髓损伤	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, qRT-PCR, 免疫荧光, 透射电镜(TEM)	NA	基因表达数据, 空间转录组数据, 显微镜图像	大鼠脊髓损伤模型（具体数量未明确说明）和PC12细胞系
233	2025-08-29	Emerging molecular Therapeutic targets in breast Cancer: Pathologic identification and clinical implications 2025-Aug, Human pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1016/j.humpath.2025.105881 PMID:40759284	综述	本文总结乳腺癌当前及新兴分子生物标志物及其在精准肿瘤学中的应用前景	涵盖液体活检、空间转录组学等新技术发现的生物标志物，并强调肿瘤微环境在治疗调控中的作用	标准化、可重复性及临床验证方面仍存在挑战	推进乳腺癌精准诊断、预后评估及治疗决策	乳腺癌分子生物标志物及肿瘤微环境	数字病理	乳腺癌	NGS, 液体活检, 空间转录组学, 多重免疫荧光	NA	基因组数据, 液体活检样本, 肿瘤微环境数据	NA
234	2025-08-11	Multi-omics insights of immune cells in the risk and prognosis of idiopathic membranous nephropathy 2025-Aug-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08642-3 PMID:40783650	研究论文	该研究利用多组学数据和多种方法评估了731种免疫细胞表型与特发性膜性肾病(IMN)之间的因果关系，发现CD39调节性T细胞(Treg)与IMN风险及预后显著相关	首次通过孟德尔随机化分析发现CD39 Tregs与IMN的因果关系，并构建了107个复合机器学习模型用于MN识别	仅发现CD39 Tregs这一种免疫细胞亚型与IMN显著相关，可能忽略了其他潜在重要免疫细胞类型	探究免疫细胞在特发性膜性肾病(IMN)发病风险和预后中的作用机制	731种免疫细胞表型，重点关注CD39调节性T细胞(Tregs)	生物医学	特发性膜性肾病	多组学分析、孟德尔随机化、多重免疫荧光染色、单细胞转录组分析、流式细胞术、机器学习建模	复合机器学习模型	多组学数据、单细胞转录组数据、流式细胞数据	未明确说明样本量，涉及731种免疫细胞表型分析
235	2025-08-11	Mitochondrial metabolic reprogramming in colorectal cancer: mechanisms of resistance and future clinical interventions 2025-Aug-09, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02670-y PMID:40783392	综述	探讨结直肠癌中线粒体代谢重编程在治疗抵抗中的作用及其临床干预策略	深入分析了线粒体代谢重编程如何通过代谢可塑性、氧化还原平衡和细胞器质量控制促进结直肠癌治疗抵抗，并讨论了相关技术在个体化治疗中的应用	主要聚焦于结直肠癌，对其他癌症类型的适用性有待验证	阐明线粒体代谢重编程在结直肠癌治疗抵抗中的作用机制并探索潜在临床干预手段	结直肠癌细胞及其线粒体代谢过程	肿瘤代谢	结直肠癌	空间转录组学、蛋白质组学、患者来源类器官	NA	NA	NA
236	2025-08-11	Comprehensive multi-omics analysis reveals the core role of glycerophospholipid metabolism in the influence of short-chain fatty acids on the development of sepsis 2025-Aug-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-13322-7 PMID:40783504	研究论文	通过多组学分析揭示了短链脂肪酸通过甘油磷脂代谢影响脓毒症发展的核心作用	整合小鼠模型、非靶向代谢组学、人类转录组学、单细胞RNA测序和孟德尔随机化等多种方法，首次系统性地研究了短链脂肪酸在脓毒症中的作用机制	研究主要基于小鼠模型和公共数据库数据，需要进一步临床验证	阐明短链脂肪酸改善脓毒症预后的具体分子机制	脓毒症患者和小鼠模型	多组学分析	脓毒症	非靶向代谢组学、转录组学、单细胞RNA测序、孟德尔随机化	SVM-RFE、LASSO回归	代谢组数据、转录组数据、单细胞数据	60只C57BL/6小鼠和多个公共数据库(GSE185263, GSE54514, GSE167363)
237	2025-08-11	CAR-engineered cytolytic Tregs reverse pulmonary fibrosis and remodel the fibrotic niche with limited CRS 2025-Aug-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182050 PMID:40627450	研究论文	该研究开发了一种靶向FAP1的CAR-cTregs细胞疗法，用于治疗特发性肺纤维化(IPF)，并在体外和体内模型中验证了其效果	首次将CAR-T细胞的靶向杀伤优势与Treg细胞的免疫抑制功能相结合，开发出CAR-cTregs用于治疗纤维化疾病	研究仅在体外和动物模型中进行验证，尚未进行临床试验	开发一种新型细胞疗法用于治疗特发性肺纤维化	FAP1+肺泡成纤维细胞和CAR-cTregs细胞	细胞免疫治疗	特发性肺纤维化	单细胞转录组分析、CAR-T细胞技术	CAR-cTregs细胞模型	基因表达数据、细胞实验数据	博来霉素诱导的肺纤维化动物模型
238	2025-08-11	Regulation of cortical neurogenesis by MED13L via transcriptional priming and its implications for MED13L syndrome 2025-Aug-08, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08532-8 PMID:40775066	研究论文	本研究通过生成MED13L综合征的基因敲除小鼠模型，揭示了MED13L通过转录启动调控皮质神经发生及其在MED13L综合征中的作用机制	首次揭示了MED13L通过结合核心中介复合物，启动关键发育基因的转录激活，从而调控皮质神经发生的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类MED13L综合征的分子机制可能更为复杂	探究MED13L综合征的发育和分子机制	MED13L基因敲除小鼠模型	神经发育生物学	神经发育障碍	单细胞转录组学、免疫荧光、整合多组学分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、图像数据	MED13L基因敲除小鼠胚胎及出生后小鼠
239	2025-08-11	A human NK cell progenitor that originates in the thymus and generates KIR+NKG2A- NK cells 2025-Aug-08, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv9650 PMID:40779632	研究论文	研究揭示了胸腺中存在的thyILC1细胞是KIR+NKG2A- NK细胞的来源，这些细胞具有检测HLA-I单体型下调的独特能力	首次鉴定了胸腺中的thyILC1细胞作为KIR+NKG2A- NK细胞的祖细胞，并揭示了其胸腺依赖性发育途径	研究未详细探讨thyILC1细胞向KIR+NKG2A- NK细胞分化的具体分子机制	探索KIR+NKG2A- NK细胞的发育起源及其与胸腺的关系	胸腺中的thyILC1细胞和循环中的cILC1细胞	免疫学	病毒感染和恶性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括健康个体和TBX1单倍体不足患者
240	2025-08-11	Potential function exploration of lncRNAs in idiopathic pulmonary fibrosis: insights from whole transcriptome sequencing data analysis 2025-Aug-08, Clinics (Sao Paulo, Brazil) DOI:10.1016/j.clinsp.2025.100732 PMID:40782499	研究论文	通过全转录组测序数据分析探索lncRNA在特发性肺纤维化中的潜在功能	识别了541个差异表达的lncRNA，并发现这些lncRNA与DEmRNA在表达水平上显著相关，特别是上调的lncRNA与细胞外基质相关的生物学功能有关	样本量较小（12名IPF患者和5名对照），可能影响结果的普遍性	探索lncRNA在特发性肺纤维化中的功能和表达模式	特发性肺纤维化患者和对照组的RNA测序数据	生物信息学	特发性肺纤维化	RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA	NA	RNA测序数据	12名IPF患者和5名对照组