单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-09-05	Effects of esketamine on electrophysiology and metabolic reprogramming in brain organoids: insights into antidepressant mechanisms 2025-Aug-30, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-025-03198-4 PMID:40885845	研究论文	本研究探讨艾氯胺酮对源自健康对照和抑郁症患者iPSC的脑类器官电生理和代谢重编程的影响	首次使用人源脑类器官模型揭示艾氯胺酮通过能量代谢途径调控NMDAR活性和电生理的浓度和时间依赖性机制	NA	阐明艾氯胺酮的抗抑郁药理机制	源自健康对照和抑郁症患者iPSC的脑类器官	神经科学	抑郁症	单细胞RNA测序，电生理监测，代谢分析	NA	电生理数据，基因表达数据，代谢数据	使用健康对照和抑郁症患者来源的iPSC脑类器官（具体数量未明确说明）
182	2025-09-05	Piezo1 promotes colitis progression by modulating the Nrf2/NF-κB/NLRP3 signaling pathway 2025-Aug-29, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2025.117293 PMID:40886854	研究论文	本研究探讨机械敏感离子通道Piezo1通过调控Nrf2/NF-κB/NLRP3信号通路促进结肠炎进展的机制	首次揭示Piezo1在结肠炎中通过调节Nrf2/NF-κB/NLRP3信号通路加剧炎症损伤的作用机制	研究仅限于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究Piezo1在肠道炎症病理生理中的作用及其信号调控机制	野生型和Piezo1Lyz2基因敲除小鼠的溃疡性结肠炎模型	分子病理学	炎症性肠病	单细胞测序、RNA测序、DSS诱导结肠炎模型	NA	基因表达数据、病理学数据	小鼠结肠炎模型（具体数量未明确说明）
183	2025-09-05	Mechanical confinement governs phenotypic plasticity in melanoma 2025-Aug-27, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09445-6 PMID:40866703	研究论文	本研究揭示机械限制通过染色质重塑介导黑色素瘤表型可塑性转换	首次发现机械限制通过HMGB2蛋白调控染色质构象，驱动增殖态与侵袭态的表型转换	NA	探究黑色素瘤表型转换的外部触发机制	斑马鱼黑色素瘤模型及人类样本中的肿瘤界面细胞	肿瘤细胞生物学	黑色素瘤	空间转录组学、单细胞转录组学、定量建模	NA	转录组数据、形态学数据	斑马鱼模型与人类样本联合研究
184	2025-09-05	Aggrecan protects against plaque accumulation and is essential for proper microglial responses to plaques 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116064 PMID:40748756	研究论文	本研究探讨了聚集蛋白聚糖（ACAN）在阿尔茨海默病中对斑块积累的抑制作用及其对小胶质细胞反应的关键调控作用	首次通过基因敲除模型证明ACAN缺失会导致斑块沉积增加、形态异常，并发现其对疾病相关小胶质细胞（DAM）表型的调控作用	研究基于5xFAD转基因小鼠模型，结果向人类疾病的转化需进一步验证	探究神经元周围网络（PNNs）在阿尔茨海默病发病机制中的作用	5xFAD转基因小鼠模型和ACAN条件性敲除小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	基因敲除技术、单细胞空间转录组学	条件性基因敲除模型	基因表达数据、组织形态学数据	转基因小鼠模型群体（具体数量未明确说明）
185	2025-09-05	Single-cell RNA sequencing defines developmental progression and reproductive transitions of Pneumocystis carinii 2025-Aug-25, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.01277-25 PMID:40853149	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术首次绘制了卡氏肺孢子虫的发育进程和生殖转换图谱	首次建立卡氏肺孢子虫的单细胞转录组图谱，揭示其13个转录特征不同的发育阶段	依赖宿主环境且无法连续培养的病原体研究存在技术挑战	解析宿主专性真菌病原体的完整生命周期和生殖转换机制	卡氏肺孢子虫（Pneumocystis carinii）	基因组学	肺部感染	scRNA-seq（10× Genomics平台）, RT-qPCR	NA	单细胞转录组数据	87,716个细胞（来自感染大鼠的支气管肺泡灌洗液）
186	2025-09-05	A mouse organoid platform for modeling cerebral cortex development and cis-regulatory evolution in vitro 2025-Aug-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.08.001 PMID:40876454	研究论文	开发了一种利用小鼠上皮干细胞生成大脑皮层类器官的可重复协议，用于模拟皮层发育和顺式调控进化	首次建立了能够重现胚胎皮层时序和细胞分化程序的小鼠皮层类器官平台，并利用杂交干细胞系统全面绘制发育过程中顺式调控变异	NA	研究大脑皮层发育的基因调控机制和跨物种顺式调控进化	小鼠大脑皮层类器官	发育生物学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	类器官模型	基因表达数据	来自实验室小鼠（C57BL/6J）与四种野生近交系杂交产生的F1杂交上皮干细胞
187	2025-09-05	Pro-inflammatory immune microenvironment and Thrombospondin-1-positive monocytes as drivers of osteoclastogenesis in postmenopausal osteoporosis 2025-Aug-24, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjaf083 PMID:40515615	研究论文	通过单细胞RNA测序分析绝经后骨质疏松症患者骨髓微环境，揭示促炎免疫微环境和特定单核细胞亚群在破骨细胞生成中的驱动作用	首次在单细胞水平描绘PMOP骨髓细胞异质性，鉴定出THBS1+单核细胞亚群及其通过NOD样受体通路促进破骨细胞生成的新机制	样本量较小（10例患者+10例对照），主要发现仍需进一步体内外实验验证	解析绝经后骨质疏松症的骨髓微环境细胞组成和破骨细胞生成关键通路	绝经后骨质疏松症患者骨髓细胞及小鼠模型	单细胞转录组学	骨质疏松症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，组织学验证，体外通路调控	NA	单细胞转录组数据	20例样本（10例PMOP患者+10例对照），共93,867个细胞
188	2025-09-05	MODE: high-resolution digital dissociation with deep multimodal autoencoder 2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.02.631152 PMID:40894791	研究论文	提出一种名为MODE的多模态自编码器流程，用于高分辨率数字解离，联合预测个性化多组学谱和细胞组成	通过结合内部非转录组参考和外部scRNA-seq数据构建伪批量数据，实现多维度特征关联，解决了传统方法依赖模糊细胞标记和参考目标差异的问题	NA	开发适用于多组学数据的组织数字解离方法，提升细胞图谱构建和肿瘤微环境分解能力	批量组织样本的多组学数据	计算生物学	肿瘤	多组学分析，scRNA-seq	多模态自编码器	多组学数据	多种组织类型的真实多组学数据（具体数量未明确说明）
189	2025-09-05	Single-cell clonal lineage tracing identifies the transcriptional program controlling the cell fate decisions by neoantigen-specific CD8 + T cells 2025-Aug-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.13.670223 PMID:40894735	研究论文	本研究通过单细胞克隆谱系追踪揭示了新抗原特异性CD8+T细胞命运决定的转录调控程序	首次联合单细胞转录组和TCR分析技术，系统描绘了新抗原特异性CD8+T细胞在肿瘤和引流淋巴结中的克隆扩增与分化轨迹	研究基于小鼠前列腺癌模型，人类临床适用性仍需进一步验证	解析新抗原特异性CD8+T细胞命运决定的转录调控机制及其与临床疗效的关联	新抗原特异性CD8+T细胞	免疫学	前列腺癌	单细胞转录组测序、TCR谱分析	NA	单细胞转录组数据、TCR序列数据	小鼠前列腺癌模型中的肿瘤和引流淋巴结样本
190	2025-09-05	Development of Drug-resistant Cell Lines for Experimental Procedures 2025-Aug-12, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/68957 PMID:40889269	研究论文	本文介绍了耐药细胞系的开发方法及其在癌症治疗研究中的应用	详细描述了通过逐步增加药物浓度筛选耐药细胞系的标准实验流程	NA	开发耐药细胞系以研究耐药机制和克服治疗失败的策略	癌细胞系	NA	癌症	细胞活力测定、非线性回归分析、微阵列、单细胞测序	NA	实验数据	NA
191	2025-09-05	Ongoing genome doubling shapes evolvability and immunity in ovarian cancer 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09240-3 PMID:40670783	研究论文	本研究通过单细胞全基因组测序揭示全基因组加倍（WGD）是高级别浆液性卵巢癌中持续发生的突变过程，并探讨其如何促进肿瘤进化与免疫失调	开发了基于突变的WGD时序分析方法doubleTime，首次在单细胞分辨率揭示WGD作为持续突变过程驱动肿瘤进化的多种模式及其对免疫通路的差异化影响	研究样本仅针对高级别浆液性卵巢癌，结论在其他癌种中的普适性尚未验证	探究全基因组加倍对肿瘤体细胞进化与免疫逃逸的影响机制	高级别浆液性卵巢癌患者肿瘤样本	癌症基因组学	卵巢癌	单细胞全基因组测序，单细胞RNA测序，高分辨率免疫荧光显微镜	NA	基因组数据，转录组数据，图像数据	41名患者的70个肿瘤样本（包含30,260个肿瘤基因组）
192	2025-09-05	Cathepsin K as a key regulator of myocardial fibrosis in dilated cardiomyopathy and a promising therapeutic target 2025-Aug, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110421 PMID:40578558	研究论文	本研究揭示了组织蛋白酶K（CTSK）作为扩张型心肌病中心肌纤维化的关键调节因子及潜在治疗靶点	首次通过scRNA-seq技术发现CTSK在心脏成纤维细胞中的特异性表达，并证实其通过PDGF-BB通路调控细胞增殖而非TGF-β1诱导的转分化	未明确CTSK调控纤维化的具体分子机制，且体外实验未能完全模拟体内复杂环境	探究扩张型心肌病中心肌纤维化的分子机制并寻找治疗靶点	人类心脏成纤维细胞（HCFs）及扩张型心肌病患者心脏组织	心血管疾病研究	扩张型心肌病	scRNA-seq, 加权基因共表达网络分析, 蛋白质互作分析, Masson三色染色, 免疫荧光染色	NA	基因表达数据, 组织切片图像	人类心脏组织样本及体外培养的心脏成纤维细胞
193	2025-09-05	Autophagy Regulates Müller Glial Cell Inflammatory Activation 2025-Aug-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.11.74 PMID:40879296	研究论文	本研究探讨自噬在小鼠视网膜Müller细胞中对炎症激活的调控作用及其对眼部免疫豁免的维持机制	首次揭示自噬通过调控Müller细胞的异质性激活状态来限制炎症反应，并发现自噬缺陷导致所有Müller细胞均呈现激活状态	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类视网膜中的适用性尚需验证	探究自噬是否通过调控Müller细胞来维持眼部的免疫豁免状态	小鼠视网膜Müller细胞	细胞生物学	眼部炎症疾病	基因敲除、单细胞RNA测序、免疫荧光共聚焦显微镜、流式细胞术、siRNA敲低	NA	基因表达数据、细胞图像数据、流式细胞数据	对照组和Atg5缺陷型小鼠的视网膜Müller细胞
194	2025-09-03	Mitochondrial One-Carbon Metabolism Drives CD34-Lineage Cells to Differentiate Into T Follicular Helper Cells to Form Tertiary Lymphoid Organs in Transplant Arteriosclerosis 2025-Aug-26, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.125.073691 PMID:40552421	研究论文	本研究揭示线粒体一碳代谢通过驱动CD34谱系细胞分化为滤泡辅助T细胞，促进移植动脉粥样硬化中三级淋巴器官的形成	首次发现CD34谱系细胞是移植动脉中T细胞分化的主要来源，并证实线粒体一碳代谢关键酶MTHFD2调控Tfh细胞分化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究移植动脉粥样硬化中T滤泡辅助细胞的起源和调控机制	小鼠模型中的CD34谱系细胞和T滤泡辅助细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光染色、超高效液相色谱-高分辨质谱代谢组学	基因敲除小鼠模型	基因组数据、代谢组数据、细胞图像数据	移植后2周和4周的小鼠动脉组织样本
195	2025-09-03	Perturb-Multimodal: A platform for pooled genetic screens with imaging and sequencing in intact mammalian tissue 2025-Aug-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.022 PMID:40513557	研究论文	开发了一种结合成像和测序的平台Perturb-Multi，用于在完整哺乳动物组织中进行大规模多模态基因型-表型图谱构建	首次实现原位组织中的 pooled 遗传扰动与多模态（成像+测序）表型分析的整合	NA	解析体内遗传调控对细胞和组织表型的影响机制	小鼠肝脏组织中的数百种遗传扰动	计算生物学	肝脏疾病	成像技术、单细胞测序、全转录组分析	NA	图像、基因表达数据	数百种遗传扰动的小鼠肝脏细胞
196	2025-09-03	Cholinergic neuronal activity promotes diffuse midline glioma growth through muscarinic signaling 2025-Aug-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.031 PMID:40541184	研究论文	本研究揭示中脑胆碱能神经元活动通过毒蕈碱信号通路促进弥漫性中线胶质瘤生长	首次发现脑干胆碱能神经元通过特定神经环路调控DMG增殖，并证实M1/M3受体在其中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究胆碱能神经元活动对弥漫性中线胶质瘤生长的调控机制	弥漫性中线胶质瘤（DMG）细胞、少突胶质前体细胞（OPCs）、小鼠模型	神经肿瘤学	脑胶质瘤	光遗传学刺激、单细胞RNA测序、药理学阻断	动物模型（小鼠）、细胞共培养模型	基因表达数据、细胞增殖数据、电生理数据	原发性DMG样本（具体数量未明确说明）、DMG荷瘤小鼠模型
197	2025-09-03	Single-cell epigenomic and transcriptomic analysis unveils the pivotal role of GATA5/ISL1+ fibroblasts in cardiac repair post-myocardial infarction 2025-Aug-14, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvaf101 PMID:40460294	研究论文	通过单细胞表观基因组和转录组分析揭示GATA5/ISL1+成纤维细胞在心肌梗死后心脏修复中的关键作用	首次整合scRNA-seq和scATAC-seq技术鉴定出心肌梗死后心脏组织中两个新型成纤维细胞亚群，并发现GATA5/ISL1+成纤维细胞通过调控Wnt信号通路促进心脏修复	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	阐明心肌梗死后心脏组织的基因组调控景观及修复机制	心肌梗死小鼠模型及人类心肌梗死患者的心脏组织	单细胞组学	心血管疾病	scRNA-seq, scATAC-seq, RNA sequencing, 蛋白质组学分析	NA	单细胞转录组数据、表观基因组数据、蛋白质组数据	心肌梗死小鼠在1、3、7、14天多个时间点的心脏组织，以及人类心肌梗死患者的瘢痕组织
198	2025-09-03	Single-cell analysis of ovarian myeloid cells identifies age-associated changes in macrophages and signaling dynamics† 2025-Aug-13, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf122 PMID:40459236	研究论文	通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析年轻与老年小鼠卵巢中的髓系细胞，揭示衰老相关的巨噬细胞亚群和信号通路变化	首次在老年小鼠卵巢中发现独特的Cx3cr1lowCd81hi巨噬细胞亚群，并揭示ANNEXIN和TGFβ信号通路的年龄相关性改变	研究仅限于小鼠模型，人类卵巢中的适用性尚需验证	探究髓系细胞在卵巢衰老过程中的功能特征和分子机制	年轻（3月龄）和老年（14-17月龄）小鼠的卵巢CD45+ CD11b+髓系细胞	单细胞生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	基因表达数据，细胞表型数据	年轻组和老年组小鼠卵巢髓系细胞（具体数量未明确说明）
199	2025-09-03	CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL axis drives NEPC transdifferentiation via induction of EMT and downregulation of REST 2025-Aug-13, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100916 PMID:40499539	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL轴通过诱导EMT和抑制REST驱动神经内分泌前列腺癌（NEPC）转分化的机制	首次发现CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL轴作为NEPC转分化的关键调控通路，并证明其通过表观遗传重编程促进肿瘤表型转换	研究基于单一PDX模型（LTL331），需在更多临床样本中验证	探究前列腺癌神经内分泌转分化的分子调控机制	LTL331前列腺腺癌患者来源异种移植（PDX）模型	癌症生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序	PDX模型	基因表达数据	NA
200	2025-09-03	CREB Drives Acinar to Ductal Cells Reprogramming and Promotes Pancreatic Cancer Progression in Preclinical Models of Alcoholic Pancreatitis 2025-Aug-12, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101606 PMID:40812683	研究论文	本研究探讨了在酒精性慢性胰腺炎背景下，CREB与致癌Kras协同驱动腺泡细胞向导管细胞重编程并促进胰腺癌进展的机制	揭示了CREB在炎症驱动胰腺癌中的关键作用，并证明靶向CREB可抑制肿瘤进展	研究基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	解析CREB与Kras在慢性炎症环境下促进胰腺癌发展的分子机制	转基因小鼠模型（Ptf1aCreERTM/+;LSL-KrasG12D/+）及CREB缺失模型	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、Western blotting、磷酸激酶阵列、qPCR、谱系追踪	NA	基因表达数据、组织学图像、蛋白质印迹数据	多种遗传工程小鼠模型，包括KC和KCC-/-基因型