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当前共找到 541 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-02-11 |
Decoding Cellular Stress States for Toxicology Using Single-Cell Transcriptomics
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.657506
PMID:40766395
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研究论文 | 本研究利用TempO-LINC平台生成单细胞转录组数据，解码HepaRG细胞在多种化学物质暴露下的应激状态，以应用于毒理学分析 | 采用单细胞转录组学技术系统分析多种化学物质诱导的细胞应激反应通路，并通过聚类揭示细胞状态动态变化 | 研究仅针对HepaRG细胞系和24小时暴露时间，可能无法完全反映体内复杂环境或长期效应 | 解码细胞应激状态以应用于毒理学研究，揭示化学物质暴露下的细胞适应性反应和死亡过渡 | HepaRG细胞系暴露于七种化学物质（如依托泊苷、布雷菲德菌素A等） | 单细胞转录组学 | 毒理学相关细胞应激 | 单细胞转录组测序 | 基于文献基因签名的评分和广义Jaccard度量的聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 约40,000个HepaRG细胞 | TempO-LINC | 单细胞RNA-seq | TempO-LINC平台 | 用于生成单细胞转录组图谱的平台 |
| 2 | 2026-02-09 |
Prediction of cell states and key transcription factors of the human cornea through integrated single-cell omics analyses
2025-Aug, PNAS nexus
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/pnasnexus/pgaf235
PMID:40838019
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研究论文 | 本研究通过整合多个已发表的人类角膜单细胞RNA-seq数据，创建了一个角膜细胞状态元图谱，并开发了机器学习工具cPredictor进行细胞状态注释，同时结合染色质可及性数据识别关键转录因子 | 整合多个单细胞RNA-seq研究数据创建统一的人类角膜细胞状态元图谱，开发了cPredictor机器学习流程进行细胞状态注释，并首次将单细胞转录组数据与染色质可及性数据整合进行基因调控网络分析 | 研究依赖于已发表数据，可能存在批次效应；cPredictor的准确性需要在更多独立数据集中验证；多能干细胞来源的角膜类器官与真实角膜的差异需要进一步研究 | 解决人类角膜研究中细胞状态注释不一致的问题，建立可靠的角膜细胞状态参考图谱 | 人类角膜组织、多能干细胞来源的角膜类器官 | 单细胞组学 | 角膜疾病 | 单细胞RNA-seq、染色质可及性分析、机器学习 | 机器学习管道（cPredictor） | 单细胞转录组数据、染色质可及性数据、免疫组化图像 | 整合了四个已发表研究的人类角膜单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2026-02-08 |
Immune-responsive gene 1: The mitochondrial key to Th17 cell pathogenicity in CNS autoimmunity
2025-Aug-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2427052122
PMID:40758870
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研究论文 | 本文探讨了免疫响应基因1（IRG1）在CNS自身免疫性疾病中调控致病性Th17细胞的关键作用 | 首次揭示IRG1通过NLRP3/IL-1β轴抑制巨噬细胞MHC II类表达，从而防止髓鞘特异性CD4+ T细胞向致病性Th17细胞极化 | 研究主要基于EAE动物模型，尚未在人类MS患者中直接验证IRG1的保护机制 | 阐明IRG1在CNS自身免疫性疾病中对致病性Th17细胞的调控机制 | 实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型中的免疫细胞（包括巨噬细胞、CD4+ T细胞、B细胞） | 免疫学 | 多发性硬化症 | RNA-seq，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确指定样本数量，使用EAE小鼠模型及基因敲除小鼠 | NA | RNA-seq，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2026-02-08 |
A recurrent de novo damaging variant in EMP2 causes progressive symmetric erythrokeratoderma
2025-Aug-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2509896122
PMID:40758889
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研究论文 | 本文发现EMP2基因的一个反复出现的从头错义变异与进行性对称性红斑角化病相关，并通过单细胞空间转录组学揭示了其通过EGFR信号通路导致皮肤增厚的机制 | 首次将EMP2基因变异与进行性对称性红斑角化病联系起来，并利用单细胞空间转录组学技术揭示了突变导致EGFR信号通路异常激活的功能获得性机制 | NA | 研究遗传性皮肤疾病中导致皮肤增厚和红斑的基因变异及其分子机制 | 进行性对称性红斑角化病患者及其皮肤组织 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞空间转录组学，Western blotting | NA | 转录组数据，蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 5 | 2026-02-08 |
Spatial Analysis of Hereditary Diffuse Gastric Cancer Reveals Indolent Phenotype of Signet Ring Cell Precursors
2025-Aug-04, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-1039
PMID:40192595
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序分析遗传性弥漫性胃癌，揭示了早期印戒细胞病变的惰性表型及其与晚期胃癌的分子差异 | 首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序，系统比较了CDH1变异携带者中早期印戒细胞病变与晚期弥漫性胃癌的分子特征，发现早期病变缺乏已知胃癌驱动基因突变 | 样本量较小（仅20例），且仅针对CDH1变异携带者，可能不适用于其他类型的胃癌 | 探究遗传性弥漫性胃癌中早期印戒细胞病变的分子表型及其与晚期胃癌的差异 | 人类全胃切除标本中的早期印戒细胞病变和晚期弥漫性胃癌组织 | 数字病理学 | 胃癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 20例人类全胃切除标本 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2026-02-06 |
Directed and efficient generation of calretinin interneurons from human pluripotent stem cells
2025-Aug-27, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04603-z
PMID:40867008
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研究论文 | 本研究建立了一种从人多能干细胞高效生成钙视网膜蛋白中间神经元的方法 | 开发了一种高效（约80%产率）的定向分化方案，首次实现了从人多能干细胞大规模生成钙视网膜蛋白中间神经元 | 研究主要基于体外分化和小鼠移植模型，尚未在更复杂的人体环境或疾病模型中验证其长期功能和整合效果 | 建立高效生成钙视网膜蛋白中间神经元的方案，以促进对其发育和功能的研究，并为再生医学、疾病建模和药物筛选提供工具 | 人多能干细胞（hPSCs）及其分化的神经上皮干细胞（NESCs）和钙视网膜蛋白中间神经元 | 再生医学与干细胞生物学 | 精神分裂症、自闭症、癫痫 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞移植 | NA | 基因表达数据（转录组）、电生理数据 | 未明确具体样本数量，涉及人多能干细胞来源的细胞群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2026-02-06 |
Integration of phospho-signaling and transcriptomics in single cells reveals distinct Th17 cell fates
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116006
PMID:40674215
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Vivo-seq的创新平台，该平台整合了单细胞RNA测序和细胞内转录组及表位测序，以同时捕获单细胞中的转录和磷酸化信号状态 | 开发了Vivo-seq平台，首次在单细胞水平上同时捕获转录和磷酸化信号信息，揭示了Th17细胞分化中的关键信号通路和功能可塑性 | 未明确提及样本量或实验重复次数，可能限制统计效力；技术依赖于特定固定剂，可能影响某些生物分子的检测 | 研究Th17细胞分化过程中的信号网络和细胞状态，以理解其功能可塑性 | T辅助17（Th17）细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），细胞内转录组和表位测序 | NA | 转录组数据，磷酸化信号数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞多组学 | Vivo-seq | Vivo-seq平台，使用深共熔溶剂固定细胞，整合scRNA-seq和细胞内索引测序 |
| 8 | 2026-02-05 |
Drought recovery in plants triggers a cell-state-specific immune activation
2025-Aug-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63467-2
PMID:40883303
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研究论文 | 本研究通过RNA测序、单核转录组分析和空间转录组技术，揭示了植物在干旱恢复过程中细胞类型特异性免疫激活的机制 | 首次在植物干旱恢复中识别出细胞类型特异性转录状态，并发现恢复诱导的自主免疫系统激活，增强了多种植物的病原体抗性 | 研究主要基于模式植物拟南芥和番茄，可能未涵盖所有植物物种的干旱恢复机制 | 探究植物从干旱中恢复的分子机制，特别是细胞类型特异性响应和免疫激活 | 拟南芥、野生番茄和驯化番茄的叶片细胞 | 植物生物学 | NA | RNA测序、单核转录组分析、空间转录组学、MERFISH | NA | 转录组数据、空间基因表达数据 | 未明确指定样本数量，但涉及多种植物叶片细胞类型 | NA | 单核转录组分析、空间转录组学 | NA | NA |
| 9 | 2026-02-05 |
Dissecting the heterogeneity and tumor-associated dynamics of human liver group I ILC via scRNA sequencing data
2025-Aug-23, Immunologic research
IF:3.3Q3
DOI:10.1007/s12026-025-09665-y
PMID:40848166
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研究论文 | 本研究通过整合分析小鼠和人类肝脏免疫细胞的单细胞转录组数据，鉴定了人类肝脏ILC1s，并揭示了其在肝癌微环境中的动态变化和功能异质性 | 首次在单细胞水平上系统鉴定了人类肝脏ILC1s，发现了一个兼具NK细胞和ILC1s特征的中间固有淋巴细胞亚群，并揭示了EOMES转录因子在人类与小鼠模型中的表达差异及其调控意义的变化 | 研究主要基于单细胞转录组数据，缺乏功能实验的直接验证；样本来源和数量可能限制了结论的普适性 | 探究人类肝脏I型固有淋巴细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的动态变化 | 人类和小鼠的肝脏免疫细胞，特别是I型固有淋巴细胞及其在肝细胞癌中的亚群 | 单细胞组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，涉及小鼠和人类肝脏免疫细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-02-03 |
A novel multislice framework for precision 3D spatial domain reconstruction and disease pathology analysis
2025-Aug-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280281.124
PMID:40659497
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研究论文 | 本文提出了一种名为STMSC的多切片联合分析框架，用于精确三维空间域重建和疾病病理分析 | STMSC框架引入了预校正机制，通过结合H&E成像数据增强切片对齐精度，利用图注意力自编码器平衡不同层次的生物信息，从而精确识别复杂空间域并深入解析癌症环境 | NA | 开发一个多切片联合分析框架，以实现精确的三维空间域重建和疾病病理分析 | 连续组织切片和病理数据集 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学 | 图注意力自编码器 | 图像、空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 11 | 2026-01-26 |
Coordinated regulation of self-renewal and cell cycle during human lympho-myeloid lineage restriction
2025-Aug-07, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024026936
PMID:40258184
|
研究论文 | 本文通过开发支持早期B淋巴细胞分化的培养系统，揭示了人类淋巴-髓系限制过程中自我更新与细胞周期的协调调控机制 | 开发了新型培养系统以支持早期人类淋巴分化，并首次揭示了淋巴-髓系限制过程中细胞周期加速与自我更新潜能丧失的共享机制 | 研究主要基于脐带血CD34+细胞，可能无法完全代表其他来源或发育阶段的造血细胞 | 阐明人类淋巴-髓系限制过程中的生物学和分子变化 | 人类脐带血CD34+细胞及其分化的B淋巴细胞、中性粒细胞/单核细胞和树突状细胞前体 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 2026-01-25 |
Comparative single-cell lineage tracing identifies distinct adipocyte precursor dynamics in skin and inguinal fat
2025-Aug-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.07.004
PMID:40744015
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序谱系追踪，比较了皮肤和腹股沟脂肪组织中脂肪前体细胞的动态差异 | 识别了未表征的未成熟前脂肪细胞群，揭示了脂肪前体细胞的不同分化潜能，并重新定义了皮肤脂肪组织中快速脂肪生成的细胞层次和分子机制 | NA | 比较皮肤和腹股沟脂肪组织中脂肪前体细胞的动态差异，以理解快速脂肪生成的机制 | 脂肪前体细胞（包括祖细胞和前脂肪细胞） | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2026-01-24 |
Correction to: Integration of scRNA-seq and bulk tissue RNA-seq data to identify cancer-associated fibroblast-related gene RGMA as a potential treatment target for esophageal cancer
2025-Aug-12, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01681-3
PMID:40789770
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2026-01-20 |
Numbat-multiome: inferring copy number variations by combining RNA and chromatin accessibility information from single-cell data
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf516
PMID:41104806
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Numbat-multiome的新算法，该算法通过结合单细胞RNA测序和染色质可及性数据来推断拷贝数变异 | Numbat-multiome扩展了原始Numbat算法的功能，使其能够从scRNA-seq和scATAC-seq数据中单独或整合地进行CNV推断，通过基于共同基因组坐标系统的分箱策略统一不同模态的数据 | NA | 开发一种能够从单细胞多组学数据中准确推断拷贝数变异的算法，以更好地理解癌症中的遗传和表观遗传变化 | 癌症样本，包括早期多发性骨髓瘤和由慢性淋巴细胞白血病引发的Richter综合征 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞RNA-seq数据, 单细胞ATAC-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 15 | 2026-01-20 |
Interpretable and integrative analysis of single-cell multiomics with scMKL
2025-Aug-06, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08533-7
PMID:40770488
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研究论文 | 介绍一种基于多核学习（scMKL）的创新方法，用于单细胞多组学数据的可解释和整合分析 | 结合复杂模型的预测能力和线性方法的可解释性，在单细胞多组学数据整合中实现高精度且可解释的结果，识别关键转录组和表观遗传特征及多模态通路 | NA | 提供一种可解释且整合的单细胞多组学分析方法，以增强对癌症生物学和肿瘤进展的理解 | 健康与癌性细胞群体，包括乳腺癌、淋巴癌、前列腺癌和肺癌 | 机器学习 | 乳腺癌, 淋巴癌, 前列腺癌, 肺癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 多组学分析 | 多核学习（MKL） | 单细胞多组学数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | 10x Multiome | NA |
| 16 | 2026-01-19 |
Deciphering the combinatorial expression pattern and genetic regulatory mechanisms of Beats and Sides in the olfactory circuits of Drosophila
2025-Aug-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.31.657193
PMID:40502011
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研究论文 | 本文通过分析果蝇嗅觉电路中Beat和Side基因家族的表达模式，探索其在嗅觉神经元组合识别和电路组装中的作用 | 利用公开单细胞RNA-seq数据集和新生成的基因陷阱转基因驱动线，首次系统揭示了Beat和Side基因在嗅觉受体神经元及其突触目标投射神经元中的类别特异性组合表达模式，并发现这种模式在昆虫进化中具有保守性 | 虽然研究了Beat-IIa-Side-IV相互作用的扰动，但未观察到显著的靶向错误，表明可能需要更广泛的基因组合扰动来验证其功能 | 探究果蝇嗅觉电路中Beat和Side基因家族的组合表达模式及其遗传调控机制，以理解它们如何贡献于嗅觉电路的组装 | 果蝇的嗅觉受体神经元和投射神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA-seq，基因陷阱转基因驱动线 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2026-01-18 |
Human iPSC-derived spinal neural progenitors enhance sensorimotor recovery in spinal cord-injured NOD-SCID mice via differentiation and microenvironment regulation
2025-Aug-22, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07961-x
PMID:40846836
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研究论文 | 本研究开发了一种通过移植人iPSC来源的脊髓神经祖细胞治疗脊髓损伤的方法，并在小鼠模型中验证了其通过促进神经元分化和调节微环境来改善感觉运动功能恢复的双重机制 | 首次利用人iPSC来源的脊髓神经祖细胞在脊髓损伤模型中同时实现神经元分化和损伤微环境调节，并通过单细胞测序技术系统揭示了细胞移植后的分化轨迹和宿主微环境的变化 | 研究在免疫缺陷小鼠模型中进行，未能完全模拟人类脊髓损伤后的免疫反应；长期安全性和疗效仍需进一步验证 | 开发基于干细胞移植的脊髓损伤治疗新策略 | 脊髓损伤的NOD-SCID小鼠模型 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序, 单核转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单核转录组学 | NA | NA |
| 18 | 2026-01-15 |
HDGF derived from Müller cells enhances the activation of microglia in diabetic retinopathy
2025-Aug-07, Journal of biomedical research
IF:2.2Q3
DOI:10.7555/JBR.38.20240386
PMID:40770862
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研究论文 | 本研究探讨了肝细胞瘤衍生生长因子（HDGF）在糖尿病视网膜病变（DR）中介导炎症的作用，发现HDGF主要由Müller细胞产生并靶向小胶质细胞，促进其激活和炎症反应 | 首次揭示HDGF在DR中作为Müller细胞来源的炎症介质，通过靶向小胶质细胞并上调整合素β2来驱动炎症过程，并验证了HDGF中和作为潜在治疗策略 | 研究主要基于体外细胞培养和小鼠模型，尚未在人类临床样本中全面验证HDGF阻断的治疗效果，且具体信号通路机制有待进一步阐明 | 阐明HDGF在糖尿病视网膜病变炎症反应中的作用机制，并探索其作为治疗靶点的潜力 | 糖尿病视网膜病变患者房水样本、公共单细胞RNA测序数据集、培养的Müller细胞和小胶质细胞、DR小鼠模型 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序、酶联免疫吸附试验、定量逆转录PCR、Western印迹、荧光免疫染色 | NA | RNA测序数据、蛋白质表达数据、免疫荧光图像 | 未明确样本数量，但包括患者房水、公共数据集、细胞培养和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2026-01-14 |
Population analysis and immunologic landscape of melanoma in people living with HIV
2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.17.648995
PMID:40313919
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研究论文 | 本研究通过分析电子健康记录、空间免疫转录组学和多重免疫荧光技术，揭示了HIV感染者（PLWH）黑色素瘤的临床特征和免疫抑制性肿瘤微环境 | 首次结合大规模人群队列分析与空间转录组学技术，系统揭示了HIV感染者黑色素瘤的免疫抑制性肿瘤微环境特征及其与临床预后差的相关性 | 样本量相对较小（空间转录组学n=11，多重免疫荧光n=29），且为回顾性研究，可能存在选择偏倚 | 剖析HIV感染者黑色素瘤的临床和免疫学特征，以解释其比HIV阴性患者更差的临床结局 | HIV感染者（PLWH）和HIV阴性者（PLw/oH）的黑色素瘤患者 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间免疫转录组学，多重免疫荧光 | NA | 电子健康记录，空间转录组数据，免疫荧光图像 | 电子健康记录：1,019名PLWH和373,121名PLw/oH；空间转录组学：11个黑色素瘤样本；多重免疫荧光：15名PLWH和14名PLw/oH样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 20 | 2026-01-13 |
Squidiff: Predicting cellular development and responses to perturbations using a diffusion model
2025-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.16.623974
PMID:40909548
|
研究论文 | 本文提出了一种基于扩散模型的生成框架Squidiff，用于预测不同细胞类型在环境变化下的转录组变化 | 利用扩散模型通过连续去噪和语义特征整合，学习瞬时细胞状态并预测高分辨率转录组景观 | NA | 预测细胞发育和对扰动的响应，以促进精准医学 | 细胞分化、基因扰动、药物响应、血管类器官发育、中子辐射和生长因子响应 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 扩散模型 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |