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当前共找到 541 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-12-17 |
Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data
2025-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.20.629785
PMID:39763720
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研究论文 | 本文提出了一种名为RASP的新型空间感知降维方法，用于高效处理高分辨率空间转录组学数据 | 提出了一种计算效率极高的空间感知降维方法，比现有技术快几个数量级，可扩展到超过10万个位置的数据集，并支持灵活整合非转录组协变量 | NA | 开发一种计算高效的方法，用于高分辨率空间转录组学数据的降维和空间域识别 | 人类和小鼠组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 随机化PCA框架 | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | 10x Visium, 10x Xenium, 以及Stereo-Seq和MERFISH技术 |
| 2 | 2025-12-16 |
A spatiotemporal atlas of mouse gastrulation and early organogenesis to explore axial patterning and project in vitro models onto in vivo space
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116047
PMID:40728928
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研究论文 | 本研究构建了一个小鼠原肠胚形成和早期器官发生时空图谱，用于探索轴向模式，并将体外模型投射到体内空间 | 整合了E7.25和E7.5天的空间转录组数据与现有E8.5空间及E6.5-E9.5单细胞RNA-seq图谱，创建了包含超过15万个细胞、82种精细细胞类型注释的时空图谱，揭示了原条中胚层命运决定的空间逻辑 | 研究主要聚焦于特定胚胎发育阶段（E6.5-E9.5），可能未完全覆盖更早期或更晚期的发育事件 | 探索小鼠原肠胚形成和早期器官发生过程中的空间转录组动态和轴向模式 | 小鼠胚胎（E6.5-E9.5发育阶段） | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 计算分析流程 | 空间转录组数据，单细胞RNA测序数据 | 超过150,000个细胞 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2025-12-15 |
Progress and new challenges in image-based profiling
2025-Aug-07, ArXiv
PMID:40799808
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综述 | 本文回顾了基于图像的细胞表型分析在计算方法上的演变，包括当前流程、局限性及未来发展方向 | 深度学习重塑了图像分析，提升了特征提取、可扩展性和多模态数据整合能力，并借鉴单细胞转录组学推动了单细胞分析和批次效应校正等方法的进步 | 该领域仍面临重大挑战，需要创新解决方案 | 为研究人员提供基于图像的细胞表型分析领域进展和新挑战的路线图 | 基于图像的细胞表型分析的计算方法 | 计算机视觉 | NA | 显微镜成像 | 深度学习 | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4 | 2025-12-15 |
Regulatory KIR+CD8+ T cells are elevated during human pregnancy
2025-Aug-06, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adm7697
PMID:40768597
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研究论文 | 本研究探讨了表达抑制性杀伤细胞免疫球蛋白样受体（KIR）的CD8+ T细胞在人类妊娠期间的作用及其与母胎耐受性的关系 | 首次发现KIR+CD8+ T细胞在妊娠期间频率升高，特别是在怀有男性胎儿的孕妇中，并揭示了该细胞亚群通过抑制针对胎儿特异性抗原的母体T细胞反应来促进母胎耐受的新机制 | 研究主要基于外周血和早期妊娠蜕膜组织样本，缺乏对妊娠全过程及更多妊娠并发症的系统性分析 | 探究KIR+CD8+ T细胞在人类妊娠免疫调节中的作用及其与妊娠结局的关联 | 孕妇外周血、脐带血细胞及早期妊娠蜕膜组织中的CD8+ T细胞 | 免疫学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序、体外细胞共培养实验、纵向分析 | NA | 基因表达数据、细胞频率数据 | 妊娠期女性外周血样本、早期妊娠蜕膜组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2025-12-13 |
Comprehensive analysis of the PLXNA3 gene on prognosis and immune characteristics in breast cancer
2025-Aug-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-13843-1
PMID:40760011
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研究论文 | 本研究通过分析PLXNA3基因在乳腺癌中的表达、预后意义及其对肿瘤免疫微环境的影响，揭示了其作为乳腺癌不良预后指标和潜在治疗靶点的重要性 | 首次在乳腺癌中系统研究PLXNA3的生物学功能，发现其高表达与肿瘤恶性程度、不良预后及抗PD1免疫治疗反应差相关，并明确了其在肿瘤细胞簇而非免疫细胞中的特异性富集 | 研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏大规模临床队列验证和体内动物模型实验 | 探究PLXNA3基因在乳腺癌中的预后价值、生物学功能及其与肿瘤免疫微环境的相互作用 | 乳腺癌细胞、乳腺癌患者的转录组数据 | 生物信息学与肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | bulk RNA测序、单细胞RNA测序、体外细胞功能实验 | NA | RNA测序数据、临床生存数据、细胞实验数据 | 未明确具体样本数量，基于公共数据库和体外细胞系 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2025-12-13 |
The Genomics of Aging at the Single-Cell Scale
2025-08, Annual review of genomics and human genetics
IF:7.7Q1
|
综述 | 本文综述了单细胞测序技术在研究衰老相关细胞变化中的应用，总结了衰老对哺乳动物器官中细胞类型特异性种群的影响 | 通过整合近期单细胞研究，系统性地总结了衰老对哺乳动物全身细胞类型特异性种群的影响，填补了系统性理解衰老相关细胞变化的知识空白 | NA | 阐明衰老对哺乳动物器官中细胞类型特异性种群变化的影响，为衰老及相关疾病提供潜在治疗靶点 | 哺乳动物器官中的细胞类型特异性种群 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2025-12-12 |
Cancer-associated fibroblast-derived fibulin-5 promotes radioresistance in non-small-cell lung cancer
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116018
PMID:40711881
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研究论文 | 本研究揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过分泌Fibulin-5促进非小细胞肺癌放疗抵抗的机制 | 首次发现CAFs来源的Fibulin-5通过整合素αVβ5受体激活Src-STAT3通路，下调ACSL4，抑制辐射诱导的铁死亡，从而介导放疗抵抗 | NA | 鉴定预测放疗疗效的CAFs表达分子并阐明非小细胞肺癌的放疗抵抗机制 | 非小细胞肺癌 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2025-12-11 |
Recent developments in omics studies and artificial intelligence in depression and suicide
2025-Aug-11, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-025-03497-y
PMID:40790016
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综述 | 本文系统综述了与抑郁症和自杀相关的转录组学、非编码RNA和人工智能领域的最新进展 | 整合了高通量测序技术、多组学数据与人工智能方法，探讨了空间转录组学等新研究途径，并提出了未来研究方向 | NA | 寻找抑郁症和自杀的新分子通路、有效生物标志物和药物靶点，以提供有效的诊断、预后和治疗方案 | 重度抑郁症患者、自杀相关样本（血液样本、人尸检脑组织）以及各种动物模型 | 自然语言处理, 机器学习 | 抑郁症 | 高通量测序技术, 全基因组分析 | NA | 组学数据（转录组、表观基因组、蛋白质组） | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 9 | 2025-12-10 |
Hematopoietic EphA4 Deficiency Alters Microglial Heterogeneity and Improves Chronic Spatial Memory After Brain Injury
2025-Aug-29, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7265717/v1
PMID:40909780
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研究论文 | 本研究通过构建造血细胞特异性EphA4敲除的骨髓嵌合小鼠模型，探究了外周免疫细胞来源的EphA4信号在创伤性脑损伤后对小胶质细胞动态及长期功能恢复的调控作用 | 首次揭示了外周免疫细胞来源的EphA4信号通过调节小胶质细胞异质性，负向调控脑损伤后的长期神经免疫重塑与功能恢复 | 研究主要基于小鼠模型，其结论在人类中的适用性有待验证；单细胞测序仅针对90天后的海马组织，未能覆盖更完整的时空动态 | 探究外周免疫细胞来源的EphA4信号在创伤性脑损伤后对小胶质细胞动态及功能恢复的影响 | 造血细胞特异性EphA4敲除的骨髓嵌合小鼠 | 神经免疫学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序，骨髓嵌合小鼠模型，受控皮质撞击损伤模型 | 动物模型（小鼠） | 单细胞转录组数据，行为学数据，形态学数据 | 未在摘要中明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2025-12-10 |
Deciphering Precursor Cell Dynamics in Esophageal Preneoplasia via Genetic Barcoding and Single-Cell Transcriptomics
2025-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.26.637920
PMID:40060545
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研究论文 | 本研究通过结合遗传条形码技术与单细胞RNA测序，追踪食管癌前病变细胞的谱系，揭示了高可塑性祖细胞样群体及其在肿瘤早期发生中的作用 | 首次将遗传条形码与单细胞RNA测序结合用于食管癌前病变细胞谱系追踪，并开发了新的评分系统来映射高可塑性细胞 | NA | 阐明食管癌前病变细胞的起源、轨迹及其在早期肿瘤发生中的动态 | 食管癌前病变细胞 | 数字病理学 | 食管鳞状细胞癌 | 遗传条形码，单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据，空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 11 | 2025-12-09 |
Metabolic reprogramming of arachidonic acid in clear cell renal carcinoma promotes an immunosuppressive microenvironment by activating MDK signaling pathway
2025-Aug-13, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01807-8
PMID:40802073
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，探讨了透明细胞肾细胞癌中代谢重编程与免疫耗竭的关系，并揭示了花生四烯酸代谢异常通过激活MDK信号通路促进免疫抑制微环境的机制 | 首次结合单细胞和批量RNA测序技术，构建了ccRCC的代谢亚型，并发现花生四烯酸代谢异常通过MDK信号通路驱动免疫抑制，为免疫治疗提供了新的生物标志物和治疗靶点 | 研究主要基于测序数据和体外实验，缺乏大规模临床队列验证，且免疫治疗模型的体内效果需进一步确认 | 探究透明细胞肾细胞癌中代谢重编程与免疫耗竭的关联机制 | 透明细胞肾细胞癌患者样本及肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 免疫组化, Western blotting, ELISA, 细胞共培养 | Scissor算法, 细胞间通讯分析 | RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 未明确样本数量，但涉及ccRCC患者分组及细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2025-12-09 |
Decoding Cellular Stress States for Toxicology Using Single-Cell Transcriptomics
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.657506
PMID:40766395
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术解码HepaRG细胞在多种化学物质暴露下的应激状态，揭示细胞适应性应激反应和潜在死亡过渡的动态变化 | 应用TempO-LINC平台生成大规模单细胞转录组数据，结合文献来源的应激反应通路基因签名对单个细胞进行评分和聚类，系统可视化化学物质诱导的细胞亚群动态变化 | 研究仅针对HepaRG细胞系在24小时暴露下的反应，未涉及其他细胞类型或更长时间点的动态变化 | 利用单细胞转录组学解码细胞应激状态，为毒理学研究提供新的见解 | HepaRG细胞 | 单细胞转录组学 | 毒理学 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约40,000个HepaRG细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | TempO-LINC | TempO-LINC平台用于生成单细胞转录组图谱 |
| 13 | 2025-12-06 |
Identification of prognostic genes related to T cell proliferation in papillary thyroid cancer based on single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing data
2025-Aug-02, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01826-5
PMID:40753315
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别与T细胞增殖相关的预后基因，以评估其在甲状腺乳头状癌中的预后价值和分子机制 | 结合单细胞和批量RNA测序数据，识别出KLRB1、TSHZ2和TRABD2A作为新的预后基因，并构建风险模型，为PTC的预后和治疗策略提供新见解 | 研究基于公共数据库数据，可能受样本异质性限制，且未进行实验验证 | 评估T细胞增殖相关基因在甲状腺乳头状癌中的预后价值和潜在分子机制 | 甲状腺乳头状癌患者 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Cox回归, 机器学习算法 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2025-12-05 |
Direct oHSV Infection Induces DC Maturation and a Tumor Therapeutic Response
2025-Aug-19, Viruses
DOI:10.3390/v17081134
PMID:40872847
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研究论文 | 本文探讨了溶瘤性单纯疱疹病毒直接感染树突状细胞如何促进其成熟并增强抗肿瘤免疫反应 | 揭示了oHSV直接感染DC而非仅通过肿瘤细胞感染来激活抗肿瘤免疫的新机制，为癌症免疫治疗提供了新视角 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体中进行验证，且oHSV感染DC为流产性感染，其长期效果和安全性需进一步评估 | 探究溶瘤性单纯疱疹病毒通过直接感染树突状细胞增强抗肿瘤免疫治疗的机制 | 溶瘤性单纯疱疹病毒、树突状细胞、CT-2A胶质瘤细胞、T细胞 | 免疫治疗 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2025-12-05 |
Identification of Novel Lactylation-Related Biomarkers for COPD Diagnosis Through Machine Learning and Experimental Validation
2025-Aug-18, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13082006
PMID:40868258
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研究论文 | 本研究通过机器学习筛选和实验验证，鉴定出CBR1和PRDX1作为与乳酸化相关的慢性阻塞性肺疾病诊断生物标志物 | 首次将乳酸化修饰与COPD诊断生物标志物发现相结合，并采用多算法集成筛选与单细胞转录组学分析进行验证 | 研究主要基于公共数据集和体外CSE诱导模型，需要在更大临床队列和体内模型中进一步验证 | 鉴定COPD中临床相关的乳酸化相关生物标志物并探究其在疾病发病机制中的潜在作用 | 慢性阻塞性肺疾病患者基因表达数据、香烟烟雾提取物诱导的COPD细胞模型 | 机器学习 | 慢性阻塞性肺疾病 | 转录组学分析、单细胞RNA测序、qRT-PCR、免疫荧光 | LASSO回归、支持向量机递归特征消除、加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 来自GSE21359和GSE76925数据集的COPD患者样本，以及GSE173896单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2025-12-04 |
APOBEC3B Promotes SARS-CoV-2 Through Activation of PKR/eIF2⍺ and AMPD2 Dysregulation
2025-Aug-28, Viruses
DOI:10.3390/v17091176
PMID:41012606
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研究论文 | 本研究揭示了APOBEC3B通过激活PKR/eIF2α通路和调控AMPD2表达，在SARS-CoV-2感染中发挥促病毒作用 | 首次发现A3B在重症COVID-19患者中过表达，并通过整合应激反应和嘌呤代谢调控网络促进SARS-CoV-2感染 | 研究主要基于细胞模型和测序数据，缺乏体内实验验证；不同细胞系中A3B的作用机制存在差异 | 阐明APOBEC3B在SARS-CoV-2感染中的分子机制及其与COVID-19严重程度的关联 | 支气管肺泡灌洗液细胞、Caco-2细胞、A549-ACE2细胞、重症与轻症COVID-19患者样本 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、基因敲降、机器学习预测 | Transformer（Geneformer） | RNA测序数据、临床样本数据 | 未明确样本数量，包括重症与轻症COVID-19患者的BALF细胞及多种细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2025-12-04 |
Enhanced M2 Polarization of Retinal Microglia in Streptozotocin-Induced Diabetic Mice upon Autoimmune Stimulation
2025-Aug-22, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13092049
PMID:41007615
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研究论文 | 本研究探讨了糖尿病环境对实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎（EAU）发展的影响以及眼内小胶质细胞的激活状态 | 首次在链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠模型中，结合单细胞RNA测序技术，揭示了糖尿病环境下小胶质细胞向抗炎M2表型极化的转变及其对EAU的抑制作用 | 研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证，且糖尿病模型的特定诱导方式可能影响结果的普适性 | 探究糖尿病环境如何影响自身免疫性疾病EAU的发病机制及小胶质细胞的激活状态 | 野生型小鼠和链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、免疫组织化学、眼底镜检查、光学相干断层扫描（OCT） | NA | 基因表达数据、图像数据 | 未明确指定样本数量，但涉及野生型和糖尿病小鼠组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2025-12-03 |
Coxiella burnetii strains elicit distinct inflammatory responses in human macrophages
2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.10.669536
PMID:40832301
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研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序，揭示了不同毒力Coxiella burnetii菌株感染人肺泡巨噬细胞后诱导的差异性炎症反应 | 首次在单细胞分辨率下比较不同毒力Coxiella burnetii菌株感染人巨噬细胞后的转录组差异，揭示了菌株特异性和细胞异质性对免疫应答的影响 | 研究仅使用人肺泡巨噬细胞，未涉及其他免疫细胞类型；体外感染模型可能无法完全模拟体内感染环境 | 阐明Coxiella burnetii不同菌株与宿主巨噬细胞相互作用的分子机制，为Q热治疗提供新见解 | 人肺泡巨噬细胞感染不同毒力Coxiella burnetii菌株（NMI、G、NMII、Dugway） | 感染免疫学 | Q热 | RNA测序，单细胞RNA测序，细胞因子检测 | NA | 转录组数据，单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2025-12-03 |
Multi-region spatial transcriptomics reveals region specific differences in response to amyloid beta (Aβ) plaque induced changes in Alzheimer's Disease (AD)
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.31.667719
PMID:40766691
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研究论文 | 本研究利用多区域空间转录组学技术，揭示了阿尔茨海默病中不同脑区对淀粉样蛋白斑块诱导变化的区域特异性差异 | 首次在AD研究中同时进行匹配的多区域空间转录组学和Aβ免疫荧光染色，揭示了Aβ斑块微环境中细胞类型比例、基因表达和细胞间通讯的区域特异性差异 | 研究样本量较小（仅2名Braak III和Thal 4期AD患者），且仅分析了特定脑区，可能无法代表AD的完整疾病谱系 | 阐明AD中不同脑区对Aβ斑块诱导变化表现出不同脆弱性和恢复力的细胞类型和分子机制 | 两名Braak III和Thal 4期AD患者的四个脑区：内嗅皮层、颞枕皮层、背外侧前额叶皮层和纹状皮层 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学，免疫荧光染色 | NA | 空间转录组数据，免疫荧光图像 | 2名AD患者的4个脑区组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 20 | 2025-11-28 |
Integrating single-cell and single-nucleus datasets improves bulk RNA-seq deconvolution
2025-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.20.671333
PMID:40894744
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研究论文 | 本研究系统评估了整合单细胞和单核RNA测序数据以改进批量RNA-seq反卷积的方法 | 首次系统比较多种整合策略，发现过滤跨模态差异表达基因和使用条件变分自编码器可显著提升反卷积精度 | 研究仅基于四种组织类型，对于更广泛组织类型的适用性需要进一步验证 | 提高批量RNA测序反卷积的准确性 | 单细胞RNA测序和单核RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 批量RNA测序 | 变分自编码器, 主成分分析 | 基因表达数据 | 四种不同组织类型 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |