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当前共找到 539 篇文献,本页显示第 1 - 20 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-03-28
A Benchmark of Semi-Supervised scRNA-seq Integration Methods in Real-World Scenarios
2025-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究首次系统性地评估了五种主流半监督单细胞RNA测序整合方法在真实场景下的性能 首次在多种真实标注场景下系统比较半监督与无监督单细胞RNA测序整合方法,揭示了现有半监督方法在实际应用中的局限性 仅评估了五种半监督方法,未涵盖所有现有方法;评估数据集数量有限(六个) 评估半监督单细胞RNA测序整合方法在真实标注场景下的实际性能优势 单细胞RNA测序数据整合方法 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序 scANVI, scGEN, ssSTACAS, scDREAMER, ItClust, scCRAFT 单细胞RNA测序数据 六个不同数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2 2026-03-25
Single-cell RNA sequencing reveals hemocyte heterogeneity, differentiation trajectories, and viral tropism in shrimp (Macrobrachium rosenbergii) infected with decapodiridovirus litopenaeus1
2025-08-19, Journal of virology IF:4.0Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了罗氏沼虾在感染十足目虹彩病毒1(DIV1)后血细胞的异质性、分化轨迹及病毒嗜性 首次在单细胞分辨率下构建了DIV1感染下虾类血细胞的转录图谱,揭示了血细胞亚群的转录异质性、分化动态及特定细胞簇对病毒的易感性与抗性 研究主要基于转录组数据,功能验证实验相对有限,且样本可能未覆盖所有感染阶段或环境条件 探究虾类血细胞在DIV1病毒感染下的转录异质性、分化轨迹及免疫反应机制 罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)的血细胞 单细胞组学 病毒感染 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未明确指定样本数量,但涉及感染前后的血细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
3 2026-03-24
CD38+ Endothelial Remodeling Defines Spatially Diverse Vasculopathy Programs in Rapidly Advancing Oral Inflammation
2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过微生物分析、单细胞RNA测序和空间蛋白质组学,揭示了快速进展的口腔炎症(如种植体周围炎和重度牙周炎)中CD38+内皮细胞重塑的空间特异性血管病变模式 首次结合单细胞转录组和空间蛋白质组学,在解剖学定位的组织中识别出CD38+内皮细胞扩张作为快速进展口腔炎症的特异性空间血管病变标志 样本量相对有限(总计59个样本),且主要关注特定炎症类型,可能无法完全代表所有口腔疾病 阐明快速进展口腔炎症疾病的细胞机制和空间结构特征 种植体周围炎、低中重度牙周炎患者的口腔组织样本 数字病理学 牙周炎 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间蛋白质组学(sp-proteomics)、激光捕获显微切割、微生物组分析 NA 单细胞转录组数据、空间蛋白质组数据、微生物组数据 总计59个样本(36个单细胞RNA测序样本,15个空间蛋白质组样本,8个匹配活检样本),涵盖121,395个单细胞和337,260个空间分析细胞 NA 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学 NA NA
4 2026-03-24
Inhibition of interferon signaling improves rabbit calicivirus replication in biliary organoid cultures
2025-08-19, Journal of virology IF:4.0Q2
研究论文 本文报道了使用干扰素信号通路抑制剂Ruxolitinib增强兔肝来源类器官单层细胞中兔出血症病毒复制,并首次实现该病毒在细胞培养中的连续传代 首次发现干扰素信号通路抑制剂能促进兔出血症病毒在类器官培养系统中的复制和连续传代,突破了该病毒长期缺乏可靠细胞培养系统的瓶颈 研究仅基于兔肝来源类器官系统,未在体内模型中验证;连续传代仅进行了四次,长期传代稳定性未知 开发支持兔出血症病毒复制的可靠细胞培养系统 兔出血症病毒及兔肝来源胆管细胞类器官 病毒学与细胞生物学 病毒感染 实时定量PCR、免疫荧光分析、单细胞RNA测序 类器官培养系统 基因表达数据、荧光图像数据 未明确说明具体样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
5 2026-03-21
Single-Cell RNA Sequencing of Peripheral Blood Mononuclear Cells in Patients With Single Ventricle/Hypoplastic Left Heart Syndrome
2025-08, The journal of gene medicine IF:3.2Q2
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术,分析了单心室/左心发育不全综合征患者外周血单个核细胞的转录组特征,揭示了疾病对不同细胞类型的差异影响 首次在SV/HLHS患者中应用单细胞RNA测序技术,系统性地揭示了PBMCs中不同细胞类型的转录组变化,并强调了MYC和IFN-γ活性的精确调控在疾病中的新见解 样本量相对较小(33名患者和33名对照),且仅关注了PBMCs,未涉及其他组织或器官的免疫细胞变化 探究SV/HLHS患者外周血单个核细胞的转录组特征,以理解疾病对免疫系统的影响 33名儿科SV/HLHS患者(10名女性和23名男性)的外周血单个核细胞,并与33名无心脏病的对照进行比较 单细胞转录组学 心血管疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 66名参与者(33名SV/HLHS患者和33名对照) NA 单细胞RNA-seq NA NA
6 2026-03-20
A simple liquid 3D cell culture paradigm models oxidative mitochondrial metabolism of epithelial breast cancer cells with relevance for lung metastases
2025-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究比较了两种三维细胞培养模型(乳腺球培养和栓子培养)在模拟乳腺癌细胞生物学特性方面的差异,重点关注其对线粒体氧化代谢和肺转移潜能的影响 开发并验证了一种新型的“栓子培养”三维模型,该模型通过培养基粘度和机械摇动来富集上皮特征,能更好地模拟肿瘤组织的核与线粒体特征,并揭示了其与肺转移相关的独特代谢表型 研究仅使用了三种乳腺癌细胞系(SUM149、IBC-3、MDA-MB-468),且栓子培养模型最初是为炎性乳腺癌设计的,其普遍适用性有待进一步验证 比较和评估不同的三维细胞培养模型在模拟乳腺癌肿瘤生物学、特别是与转移相关的代谢和信号通路方面的适用性 乳腺癌细胞系(SUM149、IBC-3、MDA-MB-468) 数字病理 乳腺癌 蛋白质组学、单细胞转录组学、代谢通量分析、电子显微镜超微结构定量分析 NA 蛋白质组数据、转录组数据、代谢通量数据、电子显微镜图像 三种乳腺癌细胞系 NA 单细胞转录组学 NA NA
7 2026-03-18
Single-Cell Transcriptome and RNA Sequencing Reveal Immune-Related Markers of Preeclampsia
2025-08, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.)
研究论文 本研究通过单细胞和RNA测序技术,比较了先兆子痫与非先兆子痫胎盘样本的免疫微环境,旨在发现调控先兆子痫的关键靶基因 首次在单细胞水平上对先兆子痫胎盘的免疫微环境进行系统分析,并识别出巨噬细胞中调控先兆子痫的7个关键靶基因(SLC9A9、SH2B3、SDC3、RCC2、F13A1、CCL2、CBLB) 研究样本量未明确说明,且分析主要基于公共数据集,需要进一步实验验证这些靶基因的功能 探索先兆子痫胎盘免疫微环境中的关键调控基因 先兆子痫与非先兆子痫患者的胎盘组织 数字病理学 先兆子痫 单细胞RNA测序,RNA测序 Scenic包用于转录因子分析,伪时间分析,细胞间通讯分析 单细胞转录组数据,RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
8 2026-03-18
The Genomics of Aging at the Single-Cell Scale
2025-08, Annual review of genomics and human genetics IF:7.7Q1
综述 本文综述了单细胞测序技术在研究衰老相关细胞变化中的应用,总结了衰老对哺乳动物器官中细胞类型特异性群体变化的影响 通过整合过去十年的单细胞研究数据,系统性地总结了衰老对哺乳动物全身细胞类型特异性群体的影响,并探讨了性别和抗衰老干预对细胞群体动态的影响 NA 阐明衰老对哺乳动物细胞类型特异性群体变化的影响,为衰老和年龄相关疾病提供潜在治疗靶点 哺乳动物器官中的细胞类型特异性群体 基因组学 老年疾病 单细胞测序技术 NA 单细胞测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
9 2026-03-16
CD81+ senescent-like fibroblasts exaggerate inflammation and activate neutrophils via C3/C3aR1 axis in periodontitis
2025-Aug-13, eLife IF:6.4Q1
研究论文 本研究探讨了细胞衰老在牙周炎发病机制中的作用,发现CD81+衰老样成纤维细胞通过C3/C3aR1轴加剧炎症并激活中性粒细胞 首次鉴定出CD81在衰老牙龈成纤维细胞中高表达,并揭示了其通过C3/C3aR1轴招募中性粒细胞、维持炎症的新机制 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本,临床转化潜力仍需进一步验证 探究细胞衰老在牙周炎发病机制中的作用及具体分子机制 人类牙周炎样本、小鼠牙周炎模型、牙龈成纤维细胞 单细胞组学 牙周炎 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 人类牙周炎样本及小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
10 2026-03-16
Defining the Ovarian Cancer Precancerous Landscape through Modeling Fallopian Tube Epithelium Reprogramming Driven by Extracellular Vesicles
2025-Aug-01, Cancer research communications IF:2.0Q3
研究论文 本研究通过微流体组织培养平台结合空间转录组学和蛋白质组学分析,探索卵巢癌来源的小细胞外囊泡如何驱动输卵管上皮细胞重编程,揭示卵巢癌前病变的分子机制 开发了一个结合空间转录组学和蛋白质组学读出的微流体组织培养平台,首次同时捕获组织对细胞外囊泡的短期转录组变化和长期分泌囊泡蛋白质组变化,为研究细胞外囊泡-组织相互作用提供了新工具 研究基于体外模型,可能无法完全模拟体内复杂微环境;样本规模有限,需要进一步验证 探索卵巢癌来源的细胞外囊泡如何驱动输卵管上皮细胞重编程,以理解卵巢癌前病变的分子机制 人输卵管上皮细胞(hFTE)及其对卵巢癌来源小细胞外囊泡(sEV)的响应 数字病理学 卵巢癌 空间转录组学,蛋白质组学,微流体组织培养 微流体组织培养平台 转录组数据,蛋白质组数据 未明确指定具体样本数量,但涉及人输卵管上皮细胞培养 NA 空间转录组学,蛋白质组学 NA NA
11 2026-03-14
Cholinergic Waves Have a Modest Influence on the Transcriptome of Retinal Ganglion Cells
2025-08-27, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序探究胆碱能波对小鼠视网膜神经节细胞转录组的调控作用 首次在单细胞水平揭示胆碱能波对视网膜神经节细胞转录组的影响具有类型特异性且程度有限 研究仅关注出生后第一周,未涵盖其他发育阶段;样本量相对有限 探究胆碱能波对视网膜神经节细胞基因表达的调控机制 野生型和β2KO小鼠的视网膜神经节细胞 单细胞转录组学 视觉系统发育异常 单细胞RNA测序,原位杂交,全细胞记录 β2KO小鼠模型 单细胞转录组数据 未明确样本数量,使用野生型和β2KO小鼠视网膜神经节细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
12 2026-03-14
Rapid generation of functional vascular organoids via simultaneous transcription factor activation of endothelial and mural lineages
2025-Aug-07, Cell stem cell IF:19.8Q1
研究论文 本文介绍了一种通过同时激活内皮细胞和平滑肌细胞谱系的转录因子,从诱导多能干细胞快速生成功能性血管类器官的简化方法 通过正交激活转录因子ETV2和NKX3.1,实现了内皮细胞和平滑肌细胞的高效共分化,无需ECM包埋即可在5天内生成功能性3D血管类器官 NA 开发一种快速、多功能的血管类器官平台,用于血管建模、疾病研究和再生细胞治疗 诱导多能干细胞(iPSCs)、内皮细胞(iECs)、平滑肌细胞(iMCs)以及生成的血管类器官(VOs) 再生医学 心血管疾病 单细胞RNA测序、Dox诱导系统、modRNA系统 NA RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
13 2026-03-14
Decoding Cellular Stress States for Toxicology Using Single-Cell Transcriptomics
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用单细胞转录组学技术分析HepaRG细胞在多种化学物质暴露下的应激反应状态 应用TempO-LINC平台生成大规模单细胞转录组数据,通过文献来源的应激反应通路基因特征对单个细胞进行评分,揭示细胞应激状态的异质性动态变化 仅使用HepaRG细胞系,暴露时间固定为24小时,未涵盖更长时间点或其他细胞类型 解码细胞在毒理学相关化学物质暴露下的应激状态,理解细胞适应性与终末反应之间的转换机制 HepaRG细胞(约40,000个) 单细胞转录组学 毒理学 单细胞转录组测序 广义Jaccard度量聚类分析 单细胞转录组数据 约40,000个HepaRG细胞 NA 单细胞RNA-seq TempO-LINC平台 TempO-LINC单细胞转录组平台
14 2026-03-06
Intercellular signaling reinforces single-cell level phenotypic transitions and facilitates robust re-equilibrium of heterogeneous cancer cell populations
2025-Aug-28, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞转录组数据,揭示了细胞间信号在癌症细胞表型可塑性和肿瘤内异质性维持中的关键作用 提出了一种多尺度推断方法,结合配体-受体相互作用、转录因子活性和因果信号网络重建,从单细胞RNA测序数据中推断细胞间信号网络,并利用数学模型分析其在群体水平表型动态中的作用 方法主要基于计算推断和数学模型,需要实验验证来确认信号相互作用的具体机制 探究细胞间通讯在癌症细胞表型可塑性(特别是上皮-间质转化)和肿瘤内异质性中的作用机制 小细胞肺癌(SCLC)及其他多种癌症类型的癌细胞 计算生物学 肺癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 多尺度推断框架(结合CellChat、decoupleR、CORNETO)和常微分方程数学模型 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
15 2026-03-06
Targeting Impaired Type I Interferon-IL-27 Signaling Rescues T Regulatory Cell Suppressive Function in Relapsing-Remitting Multiple Sclerosis
2025-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了复发缓解型多发性硬化症患者T调节细胞功能受损与I型干扰素-IL-27信号通路下调相关,并利用cGAMP微粒靶向治疗在实验性自身免疫性脑脊髓炎模型中恢复了Treg的抑制功能 首次在单细胞水平揭示RRMS患者Treg功能受损与I型干扰素-IL-27信号通路缺陷的关联,并开发cGAMP微粒靶向激活STING通路的新型治疗策略 研究主要基于体外实验和小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证IL-27预刺激的治疗效果 探究复发缓解型多发性硬化症患者T调节细胞功能受损的分子机制并开发恢复其功能的新疗法 复发缓解型多发性硬化症患者的T调节细胞、健康对照者的T调节细胞、实验性自身免疫性脑脊髓炎小鼠模型 免疫学 多发性硬化症 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 RRMS患者和匹配健康对照者的分选Treg细胞(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
16 2026-03-06
Inhibition of astrocyte signaling leads to sex-specific changes in microglia phenotypes in a diet-based model of cerebral small vessel disease
2025-Aug-09, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1
研究论文 本研究探讨了在高同型半胱氨酸血症诱导的小鼠脑小血管病模型中,星形胶质细胞信号对微胶质细胞表型的性别特异性影响 揭示了星形胶质细胞通过CN/NFAT信号通路对微胶质细胞表型调控的性别二态性,并首次在饮食诱导的脑小血管病模型中结合单细胞RNA测序进行验证 样本量较小,需要更多生物学重复和更严格的统计分析来加强结论 研究星形胶质细胞信号在脑小血管病背景下对微胶质细胞表型的影响及其性别差异 7-8周龄雄性和雌性C57BL/6J小鼠 神经科学 脑小血管病 单细胞RNA测序,免疫组织化学,Western印迹分析 NA 基因表达数据,蛋白质数据 未明确具体数量,但文中提到样本量较小 NA 单细胞RNA测序 NA NA
17 2026-03-06
Bacterial ADP-heptose triggers stem cell regeneration in the intestinal epithelium following injury
2025-Aug-07, Cell stem cell IF:19.8Q1
研究论文 本研究揭示了革兰氏阴性菌代谢物ADP-heptose通过ALPK1-TIFA信号通路触发肠道上皮干细胞再生以应对损伤的机制 首次阐明细菌代谢物ADP-heptose通过激活ALPK1-TIFA信号通路,诱导肠道干细胞凋亡并启动潘氏细胞转化为再生干细胞的新机制 研究主要基于小鼠模型,人体内ALPK1-TIFA信号通路的具体功能仍需进一步验证 探究ALPK1-TIFA信号通路在肠道上皮干细胞再生中的生理功能 肠道上皮干细胞、潘氏细胞、ALPK1-TIFA信号通路 细胞生物学 肠道损伤 单细胞转录组测序、谱系追踪 NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
18 2026-03-04
Epigenomic subtypes of late-onset Alzheimer's disease reveal distinct microglial signatures
2025-Aug-04, Research square
研究论文 本研究通过分析晚期阿尔茨海默病(LOAD)的死后脑组织DNA甲基化数据,识别出两种不同的表观基因组亚型,并揭示了它们与特定小胶质细胞签名和功能机制的关联 首次在LOAD中基于全基因组DNA甲基化数据识别出两种一致的表观基因组亚型,并整合单细胞RNA-seq数据揭示了亚型特异性小胶质细胞炎症状态 研究基于死后脑组织样本,可能无法完全反映疾病早期或活体状态;样本量相对有限(N=831),且为回顾性分析 识别LOAD的表观基因组亚型,并探索其与小胶质细胞签名、功能机制及临床病理特征的关系 晚期阿尔茨海默病患者的死后脑组织样本 表观基因组学 阿尔茨海默病 全基因组DNA甲基化分析、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq 无监督聚类方法 DNA甲基化数据、RNA-seq数据 831个死后脑组织样本(来自三个独立队列) NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
19 2026-03-04
Gene regulatory networks and essential transcription factors for de novo-originated genes
2025-Aug, Nature ecology & evolution IF:13.9Q1
研究论文 本研究通过计算方法和单细胞RNA测序数据,识别了调控de novo基因表达的关键转录因子,并利用果蝇遗传工具验证了这些转录因子的作用 首次揭示了de novo基因的调控程序,识别了关键转录因子如achintya和vismay,并探讨了转录因子复制与de novo基因表达调控的关联 研究主要基于果蝇模型,结果在其他物种中的普适性有待验证,且调控机制的实验验证可能有限 探究de novo起源基因的调控网络和关键转录因子 果蝇中的de novo基因及其调控转录因子 自然语言处理 NA 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
20 2026-03-03
Population analysis and immunologic landscape of melanoma in people living with HIV
2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过分析HIV感染者(PLWH)与HIV阴性者(PLw/oH)的黑色素瘤临床数据,结合空间免疫转录组学和多色免疫荧光技术,揭示了PLWH患者肿瘤微环境的免疫抑制特征及其与不良临床结局的关联 首次在HIV感染背景下,结合大规模临床队列分析与空间免疫转录组学技术,系统揭示了黑色素瘤肿瘤微环境的免疫抑制特征及其与治疗延迟、脑转移风险增加和生存率降低的关联 样本量相对有限(空间转录组学n=11,多色免疫荧光n=29),且为回顾性研究,可能受混杂因素影响 剖析HIV感染者黑色素瘤的临床和免疫学特征,以解释其比HIV阴性患者更差的临床结局 HIV感染者(PLWH)和HIV阴性者(PLw/oH)的黑色素瘤患者 数字病理学 黑色素瘤 空间免疫转录组学,多色免疫荧光 NA 电子健康记录,空间转录组数据,免疫荧光图像 临床队列:1,019名PLWH和373,121名PLw/oH;空间转录组:11个肿瘤样本;多色免疫荧光:15名PLWH和14名PLw/oH的样本 NA 空间转录组学 NA NA
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