单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-15	SOD2 expression in patients with triple-negative breast cancer is associated with tumor-infiltrating lymphocytes and prognosis 2025-Aug, Breast cancer research and treatment IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s10549-025-07775-7 PMID:40634732	研究论文	本研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）中超氧化物歧化酶2（SOD2）的表达及其与肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和预后的关系	首次发现SOD2表达与TNBC患者的免疫反应和生存结果显著相关，并揭示了其在肿瘤微环境中的潜在调节作用	研究主要依赖于回顾性队列分析，且样本量虽大但来自不同数据库，可能存在异质性	探究SOD2在TNBC中的表达模式及其临床意义	三阴性乳腺癌（TNBC）患者的手术样本、活检样本及公共数据库中的TNBC样本	数字病理学	乳腺癌	免疫组织化学（IHC）、蛋白质组学、RNA表达分析、单细胞RNA测序	NA	组织样本、RNA测序数据	229例手术样本、144例活检样本、403例福尔马林固定石蜡包埋样本（质量控制后336例）、91例TCGA数据样本、534例公共数据库样本
2	2025-07-14	Impact of intercellular adhesion molecule 1-positive dental pulp stem cells in deep caries progression 2025-Aug, International endodontic journal IF:5.4Q1 DOI:10.1111/iej.14248 PMID:40343788	research paper	本研究探讨了深龋进展中ICAM1阳性牙髓干细胞（ICAM1+ DPSCs）的作用及其在免疫微环境中的功能	首次揭示了ICAM1+ DPSCs在深龋牙髓组织中的促炎作用及其对巨噬细胞炎症活性的增强机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，临床样本数量有限，需进一步验证	开发针对深龋的治疗策略	牙髓干细胞（DPSCs）和单核巨噬细胞	口腔医学	龋齿	单细胞测序、免疫荧光/流式细胞术、RT-qPCR、Western Blot、ELISA、SCENIC、RNA-seq	人类和小鼠模型	基因表达数据和细胞表型数据	人类和小鼠的深龋及健康牙髓组织
3	2025-07-14	Integrative Proteomics and Genomics Identify Novel Biomarkers and Therapeutic Targets in Vitiligo via Mendelian Randomization 2025-Aug, Dermatology and therapy IF:3.5Q1 DOI:10.1007/s13555-025-01448-5 PMID:40536728	研究论文	通过整合蛋白质组学和基因组学，结合孟德尔随机化方法，识别白癜风的新型生物标志物和治疗靶点	首次采用蛋白质组范围的孟德尔随机化（MR）结合转录组测序分析，鉴定与白癜风风险相关的候选蛋白标志物和治疗靶点	样本量相对较小（60例白癜风病例和402,672例对照；95例白癜风病例和337,064例对照），且数据主要来自欧洲人群，可能限制结果的普适性	识别白癜风的生物标志物和治疗靶点，改善其诊断和治疗	白癜风患者及其相关蛋白质和基因	基因组学与蛋白质组学	白癜风	孟德尔随机化（MR）、转录组测序（RNA-seq）、单细胞RNA-seq、生物信息学分析、分子对接	NA	基因组数据、蛋白质组数据、RNA-seq数据	60例白癜风病例和402,672例对照（EBI数据库）；95例白癜风病例和337,064例对照（UK Biobank）
4	2025-07-14	EIF4A3 Promotes Muscle Atrophy and Aging by Inhibiting the FAK Pathway Through NEDD9 mRNA Destabilization 2025-Aug, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle DOI:10.1002/jcsm.70010 PMID:40641186	研究论文	本研究探讨了EJC核心RNA解旋酶EIF4A3在肌肉萎缩和衰老中的作用及其机制	首次揭示了EIF4A3通过促进NEDD9 mRNA降解抑制FAK通路导致肌肉萎缩的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本数量有限(n=5)	探究外显子连接复合体(EJC)在肌肉萎缩中的作用	肌肉组织、肌管细胞、年轻与老年人类和小鼠样本	分子生物学	肌肉萎缩	单细胞转录组分析、RNA-seq、RIP-seq、RT-qPCR、免疫印迹	NA	转录组数据、蛋白质数据	人类样本：5例(年轻vs老年)；小鼠样本：6-10例/组；体外实验n=6
5	2025-07-12	Construction and validation of a lipid metabolism-related genes prognostic signature for skin cutaneous melanoma 2025-Aug-15, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152115 PMID:40460484	研究论文	该研究构建并验证了一个与脂质代谢相关基因的预后特征，用于预测皮肤黑色素瘤患者的生存结果	首次探索了脂质代谢相关基因在皮肤黑色素瘤中的预后价值，并识别出CCNA2作为潜在治疗靶点	研究结果需要进一步的临床验证，且样本来源仅限于公开数据库	研究脂质代谢相关基因在皮肤黑色素瘤中的功能和预后意义	皮肤黑色素瘤患者	数字病理学	皮肤黑色素瘤	mRNA测序、单细胞RNA测序	NMF、WGCNA、LASSO回归、Cox回归	基因表达数据、临床数据	来自TCGA和GEO数据库的多个队列（包括GSE65904、GSE54467、GSE72056）
6	2025-07-12	Cancer-associated fibroblasts and metabolic reprogramming predict pathologic response to neoadjuvant PD-1 blockade in resected non-small cell lung cancer 2025-Aug, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-025-01067-4 PMID:40358847	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究癌症相关成纤维细胞（CAFs）和T细胞在非小细胞肺癌（NSCLC）新辅助免疫治疗中的作用及其与病理反应的关联	揭示了CAFs和T细胞在免疫治疗反应中的相互作用，以及甲硫氨酸循环作为T细胞分化和良好病理反应的预测因子	研究依赖于已发表的单细胞RNA测序数据集和局部队列，可能受限于样本量和数据来源的多样性	探索非小细胞肺癌患者对新辅助免疫治疗产生抵抗的潜在机制	非小细胞肺癌患者，特别是接受新辅助免疫治疗的III期患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	两个已发表的scRNA-seq数据集和一个局部队列，以及四个公开的ICI转录组队列
7	2025-07-11	Identify critical genes of breast cancer and corresponding leading natural product compounds of potential therapeutic targets 2025-Aug, Molecular diversity IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11030-024-11035-z PMID:39656376	研究论文	通过多组学研究识别乳腺癌的关键基因及潜在天然产物治疗靶点	采用多组学方法（WGCNA、差异基因表达分析、ChIP-seq、scRNA-seq和空间转录组学）综合识别乳腺癌关键基因，并通过大规模虚拟筛选发现靶向SQLE的天然产物化合物	未提及具体样本量及临床验证阶段的局限性	识别乳腺癌的关键基因、治疗靶点及潜在天然产物疗法	乳腺癌细胞系及天然产物化合物	生物信息学	乳腺癌	WGCNA, ChIP-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, 虚拟筛选	NA	基因表达数据、表观遗传数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	NA
8	2025-07-11	RNA binding proteins PCBP1 and PCBP2 regulate pancreatic β cell translation 2025-Aug, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102175 PMID:40451383	研究论文	研究RNA结合蛋白PCBP1和PCBP2在调节胰腺β细胞翻译中的作用	揭示了PCBP1和PCBP2在维持β细胞mRNA翻译和葡萄糖稳态中的关键作用，特别是通过结合和稳定核心翻译起始因子和核糖体mRNAs	研究主要基于小鼠模型，结果在人类β细胞中的适用性尚需进一步验证	探究PCBP1和PCBP2在β细胞稳态和翻译调控中的关系	胰腺β细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序、qRT-PCR、western blot、RNA免疫沉淀、CRISPR-Cas9、shRNA、嘌呤霉素标记	NA	RNA序列数据、蛋白质数据	小鼠β细胞特异性缺失Pcbp1和Pcbp1/2的小鼠模型
9	2025-07-11	METRNL represses beta-to-alpha cell trans-differentiation to maintain beta cell function under diabetic metabolic stress in mice 2025-Aug, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06459-7 PMID:40495021	研究论文	本研究探讨了METRNL蛋白在糖尿病代谢压力下维持β细胞功能和防止β细胞向α细胞转分化中的作用	首次揭示了METRNL在维持β细胞完整性和功能中的关键作用，特别是在代谢压力下防止β细胞向α细胞转分化	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究METRNL在糖尿病中维持β细胞功能和身份的作用	小鼠β细胞	糖尿病研究	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 葡萄糖刺激胰岛素分泌(GSIS)测定	基因敲除小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质数据	未明确说明具体数量，但使用了多种小鼠模型(正常饮食、高脂饮食、db/db小鼠)
10	2025-05-12	RETRACTION: Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Intratumoral Heterogeneity in Lung Adenocarcinoma 2025-Aug, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24531 PMID:40346999	撤稿声明	该文章因同行评审过程存在问题而被撤稿	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
11	2025-07-10	Tracing Early Migratory Neurons in the Developing Nose Using Contactin-2 (Cntn2) CreERT2 2025-Aug, Genesis (New York, N.Y. : 2000) DOI:10.1002/dvg.70021 PMID:40580015	研究论文	本研究通过生成可诱导的Cntn2CreERT2小鼠系，追踪了发育中嗅觉系统中Cntn2的表达，以研究早期迁移神经元	利用Cntn2CreERT2小鼠系作为时间控制的工具，特异性操纵感兴趣的神经元群体	可用的分子标记数量有限，可能限制了研究的广泛性	研究发育中嗅觉系统的神经元迁移过程	早期迁移神经元，特别是起源于嗅觉区域的神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序，可诱导的CreERT2系统	Cntn2CreERT2小鼠模型	基因表达数据	NA
12	2025-07-06	Exploring the untapped potential of single-cell and spatial omics in plant biology 2025-Aug, The New phytologist DOI:10.1111/nph.70220 PMID:40398874	综述	本文探讨了单细胞和空间组学技术在植物生物学中的未开发潜力及其当前应用	强调了单细胞和空间组学技术在植物生物学中的新兴应用及其未来潜力	植物特有的技术挑战如细胞壁复杂性和抗体资源有限	推动植物科学领域的重大发现	植物生物学中的单细胞和空间组学技术	植物生物学	NA	单细胞转录组、染色质可及性分析、空间转录组学、多组学、谱系追踪、分子记录、高通量遗传和化学扰动表型分析	NA	分子和细胞动态数据	多个模型植物物种
13	2025-07-05	Scalable inference of transcriptional variability with BASiCS 2025-Aug-21, Journal of theoretical biology IF:1.9Q3 DOI:10.1016/j.jtbi.2025.112157 PMID:40479909	研究论文	本文介绍了一种扩展的BASiCS模型，用于单细胞RNA测序数据的可扩展贝叶斯推断	提出了一种分治推理方案，使BASiCS能够处理大规模数据集，并在准确性和可扩展性上优于标准MCMC和变分推理方法	未提及该方法在特定生物场景或复杂细胞类型中的适用性限制	开发可扩展的贝叶斯推断方法用于单细胞RNA测序数据分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	BASiCS（贝叶斯层次模型）	基因表达数据	未明确提及具体样本量，但针对大规模数据集
14	2025-07-03	Hydroxychloroquine cures autoimmune myocarditis by inhibiting the innate immune system via the C-X-C motif chemokine ligand 16 and C-X-C motif receptor 6 axis between macrophages and T cells 2025-Aug, British journal of pharmacology IF:6.8Q1 DOI:10.1111/bph.70028 PMID:40222951	研究论文	本研究评估了羟氯喹（HCQ）通过抑制先天免疫系统中的CXCL16和CXCR6轴治疗自身免疫性心肌炎的疗效	揭示了HCQ通过抑制YY1转录因子下调CXCL16表达，从而减少Th17和NKT细胞的趋化作用，改善心肌炎的新机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	评估HCQ治疗心肌炎的疗效及其作用机制	实验性自身免疫性心肌炎（EAM）小鼠模型	免疫学	心肌炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blotting	小鼠EAM模型	基因表达数据、蛋白质数据、影像数据	未明确提及具体样本数量，使用EAM小鼠模型
15	2025-07-03	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Functional Exhaustion of T Cells in Oral Lichen Planus 2025-Aug, Molecular oral microbiology IF:2.8Q3 DOI:10.1111/omi.12495 PMID:40366262	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示口腔扁平苔藓中T细胞的功能耗竭	首次使用单细胞RNA测序技术揭示口腔扁平苔藓中T细胞的组成和异质性，并发现CD8+耗竭T细胞的增加	样本量较小（仅3名患者和3名健康个体），且动物模型可能无法完全模拟人类疾病	研究口腔扁平苔藓的发病机制，特别是T细胞在其中的作用	口腔扁平苔藓患者和健康个体的口腔黏膜组织，以及小鼠慢性炎症模型	单细胞测序	口腔扁平苔藓	scRNA-seq, RT-qPCR, HE染色, 免疫荧光染色	小鼠慢性炎症模型	单细胞RNA测序数据, 基因表达数据, 组织病理学数据	3名口腔扁平苔藓患者和3名健康个体的口腔黏膜组织
16	2025-07-02	TSC2/mTORC1 integrates deoxynivalenol signals recognized by membrane receptors IR and EGFR to restrict intestinal stem cell function 2025-Aug-15, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138769 PMID:40466374	研究论文	该研究探讨了脱氧雪腐镰刀菌烯醇（DON）如何通过膜受体IR和EGFR整合信号，进而通过TSC2/mTORC1通路限制肠道干细胞功能	揭示了DON通过膜受体IR和EGFR与TSC2/mTORC1通路的相互作用机制，以及IR/EGFR过表达对DON诱导的肠道干细胞损伤的修复作用	研究主要基于体外和离体模型，未在完整动物模型中验证	探究DON如何通过膜受体信号通路影响肠道干细胞功能	猪肠道类器官和IPEC-J2细胞系	细胞生物学	肠道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、等温滴定量热法（ITC）	NA	基因表达数据	NA
17	2025-07-01	Development and Validation of a Flow-Dependent Endothelialized 3D Model of Intracranial Atherosclerotic Disease 2025-Aug, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01310-4 PMID:39537986	研究论文	开发并验证了一种基于流动依赖的内皮化3D颅内动脉粥样硬化疾病模型	通过患者特异性神经影像数据创建可内皮化的中脑动脉模型，结合计算流体动力学和单细胞RNA测序技术，揭示了流动依赖的内皮基因表达和细胞亚群	模型依赖于特定患者的影像数据，可能无法完全覆盖所有ICAD病例的多样性	开发用于研究颅内动脉粥样硬化疾病(ICAD)的实验模型，以促进新疗法的开发	颅内动脉粥样硬化疾病(ICAD)和中脑动脉(MCA)	数字病理学	心血管疾病	CT血管造影, 计算流体动力学, 单细胞RNA测序, 共聚焦显微镜	3D生物模型	影像数据, 基因表达数据	使用SAMMPRIS临床试验的影像数据
18	2025-06-27	CCN1 Is a Therapeutic Target for Reperfused Ischemic Brain Injury 2025-Aug, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01279-0 PMID:39028413	研究论文	本研究探讨了CCN1在缺血再灌注脑损伤中的治疗潜力及其通过脑膜淋巴系统调节系统性炎症的机制	首次揭示了CCN1在脑-CLN轴系统性炎症中的关键作用，并证明其作为缺血再灌注损伤治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究脑膜淋巴系统在缺血再灌注阶段调节系统性炎症的作用机制	缺血再灌注脑损伤小鼠模型	神经科学	缺血性脑卒中	单细胞RNA测序	动物模型	基因表达数据	未明确说明样本量（小鼠模型）
19	2025-06-26	A multimorphic variant in ThPOK causes an inborn error of immunity with T cell defects and fibrosis 2025-Aug-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20241174 PMID:40392549	研究论文	本文报道了由ThPOK基因变异引起的首例人类疾病，该变异导致T细胞缺陷和纤维化	首次发现ThPOK基因的致病性变异，揭示了其在CD4+ T细胞发育、TCR激活及纤维化调控中的新作用	研究仅基于单个患者，样本量有限	探究ThPOK基因变异对人类免疫系统及纤维化的影响	一名携带ThPOKK360N变异的患者及其细胞模型	免疫学	免疫缺陷病	单细胞RNA测序	NA	基因测序数据、转录组数据	1名患者及其细胞模型
20	2025-06-26	Nuclear Profilin-1 for DNA Damage Repair Is Involved in Phagocytic Impairment of Senescent Microglia 2025-Aug, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70028 PMID:40317528	研究论文	本研究探讨了profilin-1（PFN1）在DNA损伤修复中的作用及其与衰老小胶质细胞吞噬功能受损的关系	首次揭示了PFN1在DNA双链断裂（DSBs）修复中的核质转运机制及其与衰老小胶质细胞功能障碍的关联	研究主要基于体外实验和公开的单细胞RNA测序数据，缺乏直接的人体组织验证	阐明PFN1在DNA损伤修复中的作用及其对衰老小胶质细胞功能的影响	小胶质细胞	细胞生物学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	体外培养的小胶质细胞及公开的小鼠脑部单细胞RNA测序数据