单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 845 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-10-06 |
Integrated system for screening tumor-specific TCRs, epitopes, and HLA subtypes using single-cell sequencing data
2025-Jul-31, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012029
PMID:40744664
|
研究论文 | 开发了一种集成系统，用于从单细胞测序数据中筛选肿瘤特异性TCR、表位和HLA亚型 | 开发了快速TCR组装方法，可在2天内构建TCR文库，并建立了HLA敲除的抗原呈递系统和Jurkat NFAT-GFP报告细胞系 | 仅通过小规模筛选验证了HPV16特异性TCR，需要更大规模的验证 | 开发高效可扩展的方法识别肿瘤特异性TCR以推进TCR-T免疫治疗 | 宫颈癌患者的HPV16特异性T细胞 | 免疫治疗 | 宫颈癌 | 单细胞测序，TCR组装，抗原呈递系统，报告细胞系筛选 | NA | 单细胞测序数据 | HPV16阳性宫颈癌患者数据集 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 162 | 2025-10-06 |
Integrative network pharmacology and multi-omics reveal anisodamine hydrobromide's multi-target mechanisms in sepsis
2025-Jul-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-13187-w
PMID:40744980
|
研究论文 | 通过整合网络药理学和多组学方法揭示氢溴酸山莨菪碱在脓毒症中的多靶点作用机制 | 首次整合网络药理学、机器学习、免疫学分析、分子模拟和单细胞转录组学，系统阐明氢溴酸山莨菪碱在脓毒症中的多靶点作用机制 | NA | 阐明氢溴酸山莨菪碱在脓毒症治疗中的作用机制 | 脓毒症患者和动物模型 | 生物信息学 | 脓毒症 | 网络药理学, 机器学习, 免疫学分析, 分子模拟, 单细胞转录组学 | 生存模型, 分子对接模型, 分子动力学模拟 | 转录组数据, 蛋白质相互作用数据, 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 163 | 2025-10-06 |
Multi-omics analysis unveiled fibroblast-mediated pathogenesis in male genital lichen sclerosus
2025-Jul-31, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-025-01453-3
PMID:40745572
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示成纤维细胞在男性生殖器硬化性苔藓发病机制中的关键作用 | 首次构建男性生殖器硬化性苔藓的细胞图谱，发现成纤维细胞通过胶原-CD44轴和APP-CD74信号通路分别与T细胞和角质形成细胞的相互作用机制 | NA | 阐明男性生殖器硬化性苔藓的发病机制和关键生物标志物 | 男性生殖器硬化性苔藓组织样本 | 生物信息学 | 皮肤疾病 | 多组学分析,单细胞RNA测序,全基因组关联分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,基因组关联数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 164 | 2025-08-04 |
Single-cell sequencing-based study of ferroptosis mechanisms in heat stroke: identification of key biomarkers and dynamic analysis of the immune microenvironment
2025-Jul-31, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-025-02188-3
PMID:40745616
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 165 | 2025-10-06 |
Comprehensive single-cell transcriptomic analysis reveals fibroblast subpopulations and the prognostic association of COMT in prostate cancer progression， COMT ， COMT
2025-Jul-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-10624-8
PMID:40721434
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示前列腺癌中成纤维细胞亚群及其与预后的关联 | 首次在前列腺癌中通过单细胞RNA测序鉴定出三个不同的成纤维细胞亚群，并发现COMT基因在肿瘤来源成纤维细胞中的关键作用 | 需要进一步研究验证结果并探索COMT在前列腺癌进展和治疗抵抗中的机制作用 | 探索前列腺癌中成纤维细胞的分子景观并评估COMT表达的预后意义 | 前列腺癌样本中的成纤维细胞亚群 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光检测 | Cox回归风险评分模型 | 单细胞转录组数据, 临床数据 | 来自GEO数据库和TCGA数据库的前列腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 166 | 2025-10-06 |
Negative pressure mechanical signal increases the phosphorylation of eNOS Ser1177 by upregulating HSP90 expression to promote wound angiogenesis
2025-Jul-26, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.07.041
PMID:40721022
|
研究论文 | 本研究揭示了负压伤口治疗通过GNAS/CREB1/HSP90轴促进eNOS Ser1177磷酸化从而加速伤口血管生成的机制 | 首次阐明了负压机械信号通过GNAS/CREB1/HSP90信号轴调控eNOS磷酸化促进血管生成的分子机制 | 研究主要基于体外机械拉伸模型和大鼠动物模型，临床验证尚需进一步研究 | 探究负压伤口治疗促进血管生成的生物力学机制 | 血管内皮细胞和大鼠背部伤口模型 | 分子生物学 | 慢性伤口 | 单细胞测序,Ch-IP,Co-IP,分子对接,分子生物学技术 | 机械拉伸模型,动物伤口模型 | 蛋白质表达数据,测序数据 | 大鼠背部伤口模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 167 | 2025-10-06 |
DNFE: Directed network flow entropy for detecting tipping points during biological processes
2025-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013336
PMID:40729372
|
研究论文 | 开发了一种基于有向网络流熵的方法，用于检测生物过程中的临界状态和驱动网络 | 提出了有向网络流熵方法，能够将组学数据转换为有向网络，相比传统无向网络方法具有更好的鲁棒性和有效性 | NA | 识别生物过程中的临界状态和驱动网络，预测活跃转录因子和暗基因 | 基因调控网络、转录因子、暗基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、批量测序 | 有向网络流熵算法 | 组学数据、单细胞数据、批量数据 | 六个真实数据集（三个单细胞数据集、两个批量肿瘤数据集、一个血液数据集） | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 168 | 2025-10-06 |
Phenotypic Analysis of Nasal CD69+ CD4+ Tissue-Resident Memory T Cells in Eosinophilic Chronic Rhinosinusitis With Nasal Polyps
2025-Jul, Journal of rhinology : official journal of the Korean Rhinologic Society
DOI:10.18787/jr.2025.00025
PMID:40744699
|
研究论文 | 本研究通过流式细胞术分析嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者鼻腔CD69+ CD4+组织驻留记忆T细胞的表型和功能特征 | 首次发现鼻腔CD69+ CD103- CD4+ TRM细胞高频率表达Th2细胞标志物，并与疾病严重程度相关 | 样本来源仅限于手术患者，未涉及疾病早期阶段或不同亚型的比较分析 | 阐明嗜酸性慢性鼻窦炎中组织驻留记忆T细胞的表型和功能特征 | 嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的鼻腔息肉组织和外周血样本 | 免疫学 | 慢性鼻窦炎 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 流式细胞数据, 单细胞RNA测序数据 | 接受内窥镜鼻窦手术的ECRS患者鼻腔组织和/或外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 169 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals biomarker heterogeneity linked to CDK4/6 Inhibitor resistance in breast cancer cell lines
2025-Jul-31, NPJ breast cancer
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s41523-025-00803-1
PMID:40738893
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示乳腺癌细胞系中CDK4/6抑制剂耐药性相关的生物标志物异质性 | 首次在单细胞水平揭示CDK4/6抑制剂耐药标志物存在显著的细胞系内和细胞系间异质性，并在临床试验中验证了这一发现 | 研究基于细胞系模型，需要在更多临床样本中进一步验证 | 探究CDK4/6抑制剂耐药机制及生物标志物异质性 | 七种luminal乳腺癌细胞系及其palbociclib耐药衍生物，FELINE临床试验样本 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 七种乳腺癌细胞系及其耐药衍生物，FELINE临床试验样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 170 | 2025-10-06 |
Isorhapontigenin alleviates pulmonary fibrosis by inhibiting oxidative stress-induced senescence via STAT3/PRDX2 signals in alveolar epithelial cells
2025-Jul-31, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115287
PMID:40749611
|
研究论文 | 本研究揭示异丹叶大黄素通过STAT3/PRDX2信号通路抑制氧化应激诱导的肺泡上皮细胞衰老，从而缓解肺纤维化 | 首次发现异丹叶大黄素通过上调PRDX2表达抑制氧化应激诱导的细胞衰老，为肺纤维化治疗提供新靶点 | 研究主要基于动物模型和细胞系，尚未进行临床试验验证 | 探究异丹叶大黄素治疗特发性肺纤维化的分子机制 | 肺泡上皮细胞和肺纤维化组织 | 分子生物学 | 肺纤维化 | 网络药理学,蛋白质组学,分子对接,DARTS检测,LC-MS/MS,单细胞测序 | NA | 蛋白质组数据,单细胞测序数据 | 博来霉素诱导的小鼠模型和TGF-β处理的BEAS-2B细胞 | NA | 单细胞测序,蛋白质组学 | NA | NA |
| 171 | 2025-10-06 |
Comprehensive analysis of cholesterol metabolism-related genes in prostate cancer: integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing
2025-Jul-30, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03294-5
PMID:40736630
|
研究论文 | 本研究构建并验证了基于胆固醇代谢基因的前列腺癌预后特征模型 | 整合单细胞和bulk RNA测序数据构建胆固醇代谢基因预后特征，并探索其与生物学通路、免疫景观和药物敏感性的关联 | 研究基于公共数据库的回顾性数据，需要进一步实验验证 | 构建胆固醇代谢基因相关的预后特征以预测前列腺癌患者预后 | 前列腺腺癌患者 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | TCGA前列腺癌数据集和三个外部验证队列 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 172 | 2025-10-06 |
Comprehensive insight on immune landscape in intracerebral hemorrhage patients with single-cell RNA sequencing: from blood to hematoma
2025-Jul-30, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03518-z
PMID:40739271
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术全面解析脑出血患者血肿和血液样本中的免疫细胞景观 | 首次从脑出血患者血肿样本中获取免疫细胞进行单细胞转录组分析，揭示了Toll样受体4在免疫炎症和代谢中的作用 | 样本量较小（4名患者和3名健康对照），需要更大规模研究验证发现 | 研究脑出血患者免疫细胞的转录特征和动态炎症过程 | 脑出血患者的血肿和血液样本，以及健康志愿者的血液样本 | 单细胞组学 | 脑出血 | 单细胞RNA测序 | 细胞轨迹推断，细胞间通讯分析 | 单细胞转录组数据 | 4名脑出血患者和3名健康志愿者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 173 | 2025-10-06 |
CanCellCap: robust cancer cell capture across tissue types on single-cell RNA-seq data by multi-domain learning
2025-Jul-30, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02337-1
PMID:40739511
|
研究论文 | 提出一种基于多领域学习的CanCellCap框架，用于在单细胞RNA测序数据中跨组织类型识别癌细胞 | 整合领域对抗学习和专家混合模型，能够同时提取不同组织中癌细胞和正常细胞的通用和特异性基因表达模式，并通过掩码重建策略适应不同测序平台 | NA | 开发一个能够在不同组织、癌症类型和测序平台上稳健识别癌细胞的通用框架 | 单细胞RNA测序数据中的癌细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 多领域学习框架，包含领域对抗学习和专家混合模型 | 单细胞RNA测序数据，空间转录组数据 | 在13种组织类型、23种癌症类型和7种测序平台的基准数据集上进行评估 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 174 | 2025-10-06 |
Nitidine chloride may mediate its antitumor effects by targeting kinesin family member 20A in colorectal cancer cells
2025-Jul-24, World journal of clinical oncology
IF:2.6Q3
DOI:10.5306/wjco.v16.i7.108666
PMID:40741189
|
研究论文 | 本研究探讨氯化硝基苯胺通过靶向KIF20A抑制结直肠癌细胞的抗肿瘤机制 | 首次揭示氯化硝基苯胺与KIF20A的高亲和力结合及其在结直肠癌治疗中的潜在作用机制 | 需要进一步通过KIF20A敲除实验验证NC的结合特异性和机制作用 | 研究KIF20A在结直肠癌细胞中的表达特征及其作为NC潜在靶基因的作用 | 结直肠癌细胞系（HCT116等）和416例临床组织样本（208例癌组织+208例对照组织） | 癌症研究 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,mRNA表达谱分析,免疫组织化学染色,CRISPR基因编辑,分子对接,RNA测序 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据,临床样本数据 | 416例临床组织样本（208对癌与癌旁组织）和多种结直肠癌细胞系 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,RNA测序 | NA | NA |
| 175 | 2025-10-06 |
Integration of Untargeted Metabolomics, Network Pharmacology, Single-Cell RNA Sequencing, and Molecular Dynamics Simulation Reveals GOT1, CYP1A2, and CA2 as Potential Targets of Huang Qin Decoction Preventing Colorectal Cancer Liver Metastasis
2025-Jul-17, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18071052
PMID:40732339
|
研究论文 | 本研究通过整合非靶向代谢组学、网络药理学、单细胞RNA测序和分子动力学模拟，揭示了黄芩汤预防结直肠癌肝转移的潜在作用靶点GOT1、CYP1A2和CA2 | 首次整合多种组学技术和计算方法系统阐明黄芩汤治疗结直肠癌肝转移的多靶点作用机制 | 研究主要基于计算预测和体外实验，需要进一步的体内实验验证 | 探究黄芩汤预防结直肠癌肝转移的活性成分、作用靶点和分子机制 | 结直肠癌肝转移小鼠模型和结直肠癌细胞 | 计算生物学 | 结直肠癌 | 非靶向代谢组学, 网络药理学, 单细胞RNA测序, 分子动力学模拟, 原子力显微镜 | 分子对接, 分子动力学模拟 | 代谢组数据, 单细胞转录组数据, 分子结构数据 | 小鼠模型和细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 176 | 2025-10-06 |
A Novel Hypoxia-Immune Signature for Gastric Cancer Prognosis and Immunotherapy: Insights from Bulk and Single-Cell RNA-Seq
2025-Jul-16, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47070552
PMID:40729021
|
研究论文 | 开发了一个基于缺氧和免疫相关基因的胃癌预后特征，并探索其与免疫治疗反应的关系 | 首次结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据构建胃癌缺氧-免疫特征，识别了5个关键基因并在单细胞水平验证了其表达模式 | 研究基于公共数据库的回顾性数据，需要前瞻性临床研究进一步验证 | 开发胃癌预后评估和免疫治疗指导的基因特征 | 胃癌患者 | 生物信息学 | 胃癌 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Cox回归分析 | 转录组数据 | TCGA-STAD队列和独立验证队列GSE84437 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 177 | 2025-10-06 |
DGAT: A Dual-Graph Attention Network for Inferring Spatial Protein Landscapes from Transcriptomics
2025-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.05.662121
PMID:40672156
|
研究论文 | 提出一种双图注意力网络DGAT，用于从空间转录组数据推断空间蛋白质表达景观 | 首次构建整合转录组、蛋白质组和空间信息的异质图，通过图注意力网络学习RNA-蛋白质关系 | 依赖空间CITE-seq数据集进行训练，在缺乏此类数据的组织中应用受限 | 从仅含转录组的空间数据推断蛋白质表达水平 | 扁桃体、乳腺癌、胶质母细胞瘤和恶性间皮瘤组织样本 | 计算生物学 | 多种癌症 | 深度学习，图注意力网络 | DGAT（双图注意力网络） | 空间转录组数据，蛋白质表达数据 | 公共和内部数据集，包含多种组织类型 | NA | 空间转录组，CITE-seq | NA | NA |
| 178 | 2025-10-06 |
A New Tool to Decrease Interobserver Variability in Biomarker Annotation in Solid Tumor Tissue for Spatial Transcriptomic Analysis
2025-Jul-09, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47070531
PMID:40728999
|
研究论文 | 开发了一种基于MATLAB的新工具，用于减少空间转录组分析中生物标志物注释的观察者间变异性 | 开发了首个能够对多细胞斑点进行自动图像分析的工具，通过研究者定义的参数标准减少人工注释的变异性 | 研究仅针对γH2AX标志物在胶质母细胞瘤组织中的应用，未验证其他生物标志物或肿瘤类型 | 解决空间转录组与免疫荧光数据整合中的观察者间变异性问题 | 辐照处理的胶质母细胞瘤组织 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 免疫荧光, 空间转录组学, 图像分析 | 基于MATLAB的图像分析工具 | 图像, 基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 空间转录组学, 免疫荧光 | NA | NA |
| 179 | 2025-10-06 |
Genetic deficiency of EXOSC10 ribonuclease disrupts spermatogenesis and male fertility in mice
2025-Jul, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110364
PMID:40513949
|
研究论文 | 本研究探讨EXOSC10核糖核酸酶在小鼠雄性生殖细胞减数分裂中的关键作用 | 首次揭示EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂中的具体功能机制，包括对精原细胞分化和减数分裂进程的调控 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他哺乳动物中验证 | 探究EXOSC10核糖核酸酶在雄性生殖细胞减数分裂调控中的作用机制 | 小鼠雄性生殖细胞 | 生殖生物学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序，条件性基因敲除 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 180 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptome Analysis Reveals Diverse Human Burn Wound Microenvironment
2025 Jul-Aug, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society
IF:3.8Q1
DOI:10.1111/wrr.70061
PMID:40579885
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组技术分析人类烧伤创面微环境，揭示不同烧伤深度区域的基因表达差异 | 首次将空间转录组技术应用于烧伤组织分析，能够在保留空间位置信息的同时识别不同烧伤深度区域的独特基因表达模式 | 提供了该技术在烧伤组织应用中存在的局限性，为未来研究提供指导 | 探索人类烧伤创面微环境的分子特征和空间异质性 | 人类烧伤组织样本 | 空间转录组学 | 烧伤 | 空间转录组学，RNA测序 | NA | 空间基因表达数据，组织图像 | NA | NA | 空间转录组学，bulk RNA-seq | NA | NA |