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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-10-05 |
Dermatopathological Challenges in Objectively Characterizing Immunotherapy Response in Mycosis Fungoides
2025-Jul-29, Dermatopathology (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/dermatopathology12030022
PMID:40843796
|
综述 | 探讨蕈样肉芽肿免疫治疗反应客观评估的挑战与新兴解决方案 | 提出将黑色素瘤研究方法应用于蕈样肉芽肿的免疫治疗评估,并倡导采用多光谱成像和空间转录组学等新技术 | 缺乏统一的病理生物标志物,难以区分治疗过程中的反应性淋巴细胞与恶性淋巴细胞 | 改进蕈样肉芽肿免疫治疗反应的客观评估方法 | 蕈样肉芽肿(皮肤T细胞淋巴瘤)患者 | 数字病理学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 多光谱成像,空间转录组学,高通量T细胞受体基因重排分析 | NA | 组织病理图像,基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 142 | 2025-10-05 |
Impact of Cattle Breed in scRNA-Seq Reference on Muscle Fiber Type Deconvolution from Bulk RNA-Seq: A Comparison of Software Tools
2025-Jul-25, Biotech (Basel (Switzerland))
DOI:10.3390/biotech14030056
PMID:40843779
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研究论文 | 比较不同软件工具在使用不同牛品种scRNA-seq参考数据对肌肉纤维类型反卷积分析的影响 | 首次证明参考scRNA-seq数据中使用的牛品种会显著影响反卷积结果 | 仅研究晚期妊娠荷斯坦奶牛,未涵盖其他品种或生理状态 | 评估不同牛品种scRNA-seq参考数据对肌肉纤维类型反卷积分析的影响 | 晚期妊娠荷斯坦多产奶牛的肌肉组织 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | CIBERSORTx, Cellanneal, DeconvR-NNLS, DeconvR-RLM | RNA测序数据 | 使用Brahman和Wagyu牛品种的scRNA-seq参考数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 143 | 2025-10-05 |
Mapping mesenchymal diversity in the developing human intestine and organoids
2025-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.22.665939
PMID:40777494
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研究论文 | 构建人类小肠发育过程中间充质细胞多样性的空间图谱并用于评估肠道类器官 | 首次创建了覆盖人类肠道细胞类型多样性的定制Xenium空间转录组基因panel,揭示了发育过程中成纤维细胞群体的动态空间重塑 | 研究主要聚焦于发育中的间充质群体,其他细胞类型分析相对有限 | 解析人类肠道发育过程中间充质细胞的空间组织与多样性 | 发育中的人类小肠组织及多能干细胞衍生的肠道类器官 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间定位数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | Xenium | 定制Xenium空间转录组基因panel |
| 144 | 2025-10-05 |
Activation of IL-17+ ILC subsets in IL-18R-deficient mice during fungal allergen exposure
2025-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.17.665289
PMID:40777291
|
研究论文 | 本研究探讨IL-18受体缺陷小鼠在真菌过敏原暴露下ILC亚群中IL-17的激活机制 | 首次揭示IL-18信号通过抑制ILC2s产生IL-17A来调控肺部嗜酸性粒细胞增多 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究IL-18/IL-18R信号通路在肺部ILC2应答中的作用机制 | IL-18受体敲除小鼠和野生型对照小鼠的肺组织免疫细胞 | 免疫学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序,细胞因子检测 | NA | 基因表达数据,细胞因子数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 145 | 2025-10-05 |
ETS1 Orchestrates a Hybrid EMT Program Driving in vivo Metastasis and Immune Evasion
2025-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.17.665404
PMID:40777467
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了转录因子ETS1在上呼吸道鳞状细胞癌中协调混合上皮间质转化程序,驱动体内转移和免疫逃逸的双重作用 | 首次发现ETS1作为混合上皮间质转化程序的主调控因子,同时驱动肿瘤转移和免疫抑制,并鉴定出HSP90抑制剂作为针对ETS1高表达肿瘤的靶向治疗策略 | 研究主要聚焦于上呼吸道鳞状细胞癌,其他癌症类型的普适性需要进一步验证 | 探索上呼吸道鳞状细胞癌中转录异质性程序如何驱动肿瘤转移和免疫逃逸 | 上呼吸道鳞状细胞癌细胞和患者肿瘤组织 | 癌症生物学 | 上呼吸道鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个患者队列的肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 146 | 2025-10-05 |
Motor learning drives region-specific transcriptomic remodeling in the motor cortex and dorsal striatum
2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.11.664268
PMID:40791319
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研究论文 | 本研究通过结合活动依赖性遗传标记和单细胞RNA测序,揭示了运动学习过程中运动皮层和背侧纹状体细胞类型特异性转录组重塑 | 首次构建了行为参与细胞的无偏倚、细胞类型分辨的转录组图谱,发现了Htr3a中间神经元在运动学习中的特异性招募 | 研究主要关注前肢够取任务,可能不适用于其他类型的运动学习 | 阐明运动学习相关的分子机制和突触回路重塑 | 小鼠运动皮层和背侧纹状体的神经元和胶质细胞 | 神经科学 | NA | 活动依赖性遗传标记(TRAP), 单细胞RNA测序, 双光子钙成像 | NA | 基因表达数据, 成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 147 | 2025-10-05 |
Single-cell profiling of EZH2-mediated immune signaling perturbations in NSCLC
2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.12.663845
PMID:40791397
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析EZH2抑制对非小细胞肺癌免疫信号的影响 | 首次在单细胞水平揭示EZH2抑制通过非甲基转移酶功能调节T细胞分化的新机制 | 研究主要基于计算分析,需要实验验证 | 探索EZH2抑制对肺癌肿瘤微环境免疫信号的影响 | 非小细胞肺癌肿瘤微环境中的免疫细胞 | 单细胞分析 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 计算分析 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 148 | 2025-10-05 |
Cellular basis for cortical network aging in primates
2025-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.08.663725
PMID:40672262
|
研究论文 | 本研究通过整合皮层相似性网络与全脑空间转录组学,揭示了灵长类动物大脑皮层网络老化的细胞基础 | 首次将皮层相似性网络与全脑空间转录组学整合,在跨物种水平上揭示了大脑网络老化的细胞机制 | 样本数量相对有限(N=64),且研究主要聚焦于猕猴模型 | 探索灵长类动物大脑皮层网络老化的细胞基础 | 猕猴寿命队列(1-26岁,N=64) | 空间转录组学 | 老年疾病 | 空间转录组学,成像-转录组整合分析 | NA | 转录组数据,网络数据 | 64只猕猴(年龄1-26岁) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 149 | 2025-10-05 |
Reg2ST: recognizing potential patterns from gene expression for spatial transcriptomics prediction
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf425
PMID:40825238
|
研究论文 | 开发了一种名为Reg2ST的深度学习模型,用于从基因表达中识别潜在模式并进行空间转录组学预测 | 提出了一种新颖的方法来捕获spots之间的关系,而不是使用K-最近邻方法;采用对比学习最小化空间转录组学和病理图像之间的距离 | NA | 解决现有空间转录组学预测方法存在的问题,提高预测性能 | 人类乳腺癌和皮肤鳞状细胞癌数据集 | 空间转录组学 | 乳腺癌,皮肤鳞状细胞癌 | 空间转录组学,深度学习 | 对比学习 | 基因表达数据,病理图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 150 | 2025-10-05 |
Advances in Collateral Neuroimaging for Acute Ischemic Stroke: Redefining Time and Tissue Windows in the Reperfusion Era
2025 Jul-Aug, Journal of neuroimaging : official journal of the American Society of Neuroimaging
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/jon.70079
PMID:40820581
|
综述 | 本文系统综述了急性缺血性卒中侧支循环神经影像学评估技术的最新进展及其在精准医疗中的应用 | 提出基于侧支循环状态重新定义缺血半暗带时间窗,整合多模态影像与分子影像技术实现精准评估 | 存在技术异质性、验证数据有限且缺乏标准化评估体系 | 探讨神经影像学技术在卒中侧支循环评估中的临床应用价值 | 急性缺血性卒中患者 | 医学影像 | 脑血管疾病 | CT血管成像、灌注成像、磁共振成像、PET成像、空间转录组学 | NA | 医学影像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 151 | 2025-10-05 |
Diabetes-Kidney-Heart Continuum and Its Implication on Therapeutic Management
2025-Jul, Cureus
DOI:10.7759/cureus.88561
PMID:40861717
|
综述 | 本文系统阐述了2型糖尿病-肾脏-心脏连续体的病理机制、分期管理策略及新型诊疗方法 | 首次整合糖尿病-肾脏-心脏连续体的多阶段管理框架,并系统评估新型生物标志物与单细胞技术的临床应用价值 | 作为叙述性综述缺乏原始数据支持,未对纳入研究进行系统性质量评价 | 探讨糖尿病相关心肾并发症的连续发展机制及优化治疗策略 | 2型糖尿病患者的血管并发症(心血管疾病与慢性肾脏病) | 医学研究 | 糖尿病并发症 | 单细胞转录组测序,生物标志物检测 | NA | 临床研究数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 152 | 2025-10-05 |
Barcoded monoclonal embryoids are a potential solution to confounding bottlenecks in mosaic organoid screens
2025-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655669
PMID:40475436
|
研究论文 | 本研究开发了条形码单克隆胚胎体技术,解决了嵌合体类器官筛选中因细胞瓶颈导致的统计效力不足和结果混淆问题 | 开发了可扩展的单克隆胚胎体协议,通过遗传条形码技术解决了嵌合体类器官筛选中细胞瓶颈导致的统计效力限制 | 研究仍处于概念验证阶段,需要在更广泛的遗传扰动和表型分析中进一步验证 | 解决嵌合体类器官遗传筛选中因细胞瓶颈导致的统计效力不足和结果不可重复性问题 | 小鼠胚胎干细胞和胚胎体 | 发育生物学 | NA | CRISPR筛选,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 153 | 2025-10-05 |
A hybrid 1DCNN-GRU deep learning framework for classifying caprine granulosa cell fertility potential using single-cell transcriptomics
2025-Jul, Veterinary world
IF:1.7Q2
DOI:10.14202/vetworld.2025.1922-1935
PMID:40926859
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研究论文 | 开发混合1DCNN-GRU深度学习模型,利用单细胞转录组数据对山羊颗粒细胞生育潜力进行分类 | 首次将深度学习应用于山羊颗粒细胞的生育潜力分类,结合1DCNN和GRU的混合架构 | 需要在更大数据集和跨物种中进行进一步验证 | 开发基于单细胞转录组数据的颗粒细胞生育潜力分类方法 | 山羊颗粒细胞 | 机器学习 | 生殖疾病 | 单细胞RNA测序 | 1DCNN-GRU混合模型 | 基因表达数据 | 公开可用的单胎和多胎山羊scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 154 | 2025-10-05 |
CREB drives acinar cells to ductal reprogramming and promotes pancreatic cancer progression in preclinical models of alcoholic pancreatitis
2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.05.574376
PMID:38903082
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研究论文 | 本研究揭示了CREB在酒精性胰腺炎中驱动腺泡细胞向导管重编程并促进胰腺癌进展的机制 | 首次阐明CREB与致癌Kras在慢性炎症环境下协同促进胰腺癌进展的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究CREB在酒精性胰腺炎促进胰腺癌进展中的作用机制 | 遗传修饰小鼠模型(Ptf1aCreERTM/+;LSL-KrasG12D/+)和腺泡细胞 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, Western blotting, 磷酸激酶阵列, 定量PCR, 谱系追踪 | 遗传小鼠模型 | 基因表达数据, 组织学图像, 蛋白质印迹数据 | 多种遗传背景的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 155 | 2025-10-05 |
Single-cell analysis of dup15q syndrome reveals developmental and postnatal molecular changes in autism
2025-Jul-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61184-4
PMID:40615364
|
研究论文 | 通过单细胞分析研究dup15q综合征在自闭症中的发育和出生后分子变化 | 首次结合皮质类器官和死后脑样本的单细胞测序,揭示dup15q综合征在胎儿期和青少年-成人期的细胞类型特异性分子变化 | 研究样本数量未明确说明,且依赖死后脑组织可能存在保存质量问题 | 研究dup15q综合征在自闭症发病机制中的分子基础 | dup15q患者来源的iPSCs皮质类器官和死后脑样本 | 数字病理学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学,基因共表达网络分析 | NA | RNA测序数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 156 | 2025-10-05 |
Obesity hinders the efficacy of adipose-derived stem cells for knee osteoarthritis by reducing the proportion of DPP4+ stem cells
2025-Jul-24, Stem cells translational medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1093/stcltm/szaf004
PMID:40913785
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研究论文 | 本研究探讨肥胖如何通过减少DPP4+干细胞比例影响脂肪来源干细胞对膝骨关节炎的治疗效果 | 首次揭示肥胖通过改变脂肪来源干细胞亚群比例(特别是DPP4+细胞减少)影响其治疗效果的机制 | 研究主要基于小鼠模型,需要进一步在人类患者中验证 | 探究肥胖对脂肪来源干细胞治疗骨关节炎疗效的影响机制 | 野生型和ob/ob肥胖小鼠的脂肪来源干细胞 | 干细胞治疗 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序, 荧光激活细胞分选, 组织学分析 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据, 行为数据, 组织学图像 | 野生型和肥胖小鼠的脂肪组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 157 | 2025-10-05 |
Synovial tissue atlas in juvenile idiopathic arthritis reveals pathogenic niches associated with disease severity
2025-Jul-02, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adt6050
PMID:40601776
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研究论文 | 本研究通过单细胞技术构建了幼年特发性关节炎滑膜组织图谱,揭示了与疾病严重程度相关的致病微环境 | 首次在初治JIA患儿中建立滑膜组织细胞图谱,识别了与关节炎严重程度相关的空间组织微环境和特定细胞群体 | 样本来自疾病早期初治患者,可能无法代表所有JIA亚型或疾病阶段 | 解析幼年特发性关节炎滑膜组织的细胞组成和空间结构,指导靶向治疗 | 幼年特发性关节炎患儿的滑膜组织活检样本、滑液和外周血 | 数字病理学 | 幼年特发性关节炎 | 单细胞RNA测序,多重免疫荧光,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,免疫荧光图像 | 初治JIA患儿的滑膜组织活检样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 158 | 2025-10-05 |
Single-cell analysis unveils immune dysregulation and EBV-driven lymphoproliferative disorder in pediatric liver transplant recipients
2025-Jul, Human immunology
IF:3.1Q3
DOI:10.1016/j.humimm.2025.111309
PMID:40263002
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示小儿肝移植受者中EB病毒驱动的淋巴增殖性疾病的免疫失调机制 | 首次在单细胞水平系统描绘PTLD患者的免疫微环境特征,揭示EBV感染特异性靶向记忆B细胞和浆细胞的机制 | 样本量有限,未涉及组织样本分析,未能验证功能性恢复策略 | 阐明小儿肝移植后EBV相关淋巴增殖性疾病的免疫病理机制 | 小儿肝移植受者外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 淋巴增殖性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 四组人群:EBV阳性PTLD患者、EBV阳性非PTLD移植受者、EBV阴性移植受者、健康儿童 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 159 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomic Changes in Patient-Derived Glioma and U87 Glioblastoma Cell Cultures Infected with the Oncolytic Virus VV-GMCSF-Lact
2025-07-20, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26146983
PMID:40725231
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析溶瘤病毒VV-GMCSF-Lact感染人胶质瘤细胞后的转录组变化 | 首次在单细胞水平比较患者来源胶质瘤细胞、非恶性脑细胞和U87胶质母细胞瘤细胞对溶瘤病毒的转录反应 | 研究仅针对特定溶瘤病毒株VV-GMCSF-Lact,未与其他病毒疗法比较 | 探究溶瘤病毒治疗胶质瘤的细胞特异性反应机制 | 患者来源胶质瘤细胞、非恶性脑细胞、U87胶质母细胞瘤细胞系 | 单细胞转录组学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 患者来源胶质瘤细胞培养物和U87细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 160 | 2025-09-06 |
Progress in the Application of Single-Cell Sequencing in Neoadjuvant Therapy for Esophageal Cancer
2025-Jul, Cureus
DOI:10.7759/cureus.89163
PMID:40895953
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综述 | 本文探讨单细胞测序技术在食管癌新辅助治疗中的应用进展及其对肿瘤微环境和治疗策略的启示 | 提供了评估新辅助治疗有效性的新视角,并通过单细胞水平分析揭示个体细胞差异 | 未明确提及具体研究限制,但属于技术应用综述而非实证研究 | 推动食管癌新辅助治疗策略的优化和个性化治疗发展 | 食管癌肿瘤微环境及接受新辅助治疗的患者群体 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞测序(sc-seq) | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |