单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 806 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals that a high salt diet increases IL6R-JAK1-STAT3 gene signaling pathway activity in intestinal B cells and Tfh cells of salt-sensitive hypertension animal model
2025-Jul-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-11100-z
PMID:40670501
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示高盐饮食通过增强肠道B细胞和Tfh细胞中IL6R-JAK1-STAT3信号通路活性促进盐敏感性高血压的机制 | 首次在盐敏感性高血压模型中应用单细胞RNA测序技术分析肠道免疫细胞，发现高盐饮食特异性激活B细胞和Tfh样细胞中IL-6R-JAK-STAT信号通路 | 研究仅使用Dahl SS大鼠模型，样本量较小，未在人类样本中验证 | 阐明肠道免疫在盐敏感性高血压发展中的作用机制 | Dahl盐敏感性高血压大鼠模型的肠道和血液免疫细胞 | 单细胞基因组学 | 高血压 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6周龄Dahl SS大鼠，正常盐饮食和高盐饮食两组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 142 | 2025-10-06 |
Targeting HK3 in tumor-associated macrophages enhances antitumor immunity through augmenting antigen cross-presentation in cervical cancer
2025-Jul-15, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011948
PMID:40664447
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研究论文 | 本研究揭示了肿瘤相关巨噬细胞中HK3通过mTOR-TFEB信号轴抑制抗原交叉呈递的机制，并证明靶向HK3可增强抗肿瘤免疫 | 首次发现HK3在TAMs中作为CD8+ T细胞与巨噬细胞交叉调控的关键节点，并阐明其通过mTOR-TFEB通路影响溶酶体活性的新机制 | 临床样本量有限（119例），机制研究主要基于 preclinical 模型 | 探索靶向肿瘤相关巨噬细胞中HK3增强抗肿瘤免疫的治疗策略 | 宫颈癌患者样本、肿瘤相关巨噬细胞、CD8+ T细胞 | 肿瘤免疫学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫共沉淀, 共聚焦显微镜, 体外共培养 | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据, 细胞影像数据 | 119例宫颈癌患者 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 143 | 2025-10-06 |
Deciphering the role of CAPZA2 in neurodevelopmental disorders: insights from mouse models
2025-Jul-15, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08385-1
PMID:40659881
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研究论文 | 通过小鼠模型研究CAPZA2基因在神经发育障碍中的作用机制 | 首次系统揭示CAPZA2基因缺陷导致神经发育障碍的分子机制和表型特征 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证 | 探究CAPZA2基因在神经发育障碍中的致病机制 | CAPZA2杂合敲除和点突变小鼠模型 | 神经科学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序,行为学分析,形态学分析 | 基因编辑小鼠模型 | 基因表达数据,行为数据,形态学数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 144 | 2025-10-06 |
SPaSE: Spatially resolved pathology scores using optimal transport on spatial transcriptomics data
2025-Jul-16, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101301
PMID:40480226
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研究论文 | 开发了一种基于最优传输算法的空间病理评分方法SPaSE，用于分析空间转录组数据 | 首次将最优传输算法应用于空间转录组数据分析，能够量化每个空间位置的病理影响程度 | 未明确说明算法的计算复杂度和在大规模数据集上的可扩展性 | 开发空间分辨的病理评分方法以识别组织中的病理变化区域 | 心肌梗死小鼠模型、创伤性脑损伤小鼠模型、杜氏肌营养不良小鼠模型以及人类心肌梗死数据 | 空间转录组学 | 心血管疾病, 神经系统疾病, 肌肉疾病 | 空间转录组技术, 最优传输算法 | 最优传输模型 | 空间转录组数据 | 多个小鼠疾病模型和人类疾病数据 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 145 | 2025-10-06 |
Linking single-cell transcriptomes with secretion using SEC-seq
2025-07, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01112-w
PMID:39979460
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研究论文 | 开发了一种名为SEC-seq的新方法，能够将单个细胞的转录组与其分泌蛋白量关联起来 | 首次实现了在单细胞水平上同时测量转录组和分泌蛋白量的技术，通过纳米孔技术和寡核苷酸条形码标记系统 | 需要特定的纳米孔技术和设备，可能对某些实验室来说设备要求较高 | 研究细胞分泌表型与基因表达状态之间的关联 | T细胞、间充质基质细胞、浆细胞等分泌型细胞 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA测序，流式细胞术，微流控技术 | NA | 单细胞转录组数据，分泌蛋白定量数据 | 数千个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 微流控油包水乳液系统 |
| 146 | 2025-10-06 |
Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115909
PMID:40570367
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研究论文 | 研究细胞因子混合物对人THP-1巨噬细胞向阿尔茨海默病相关表型重编程的作用 | 首次使用特定细胞因子组合（IL-4、CSF1、IL-34和TGF-β）在体外将人巨噬细胞重编程为AD相关表型 | 研究仅限于体外THP-1巨噬细胞模型，未在体内验证 | 开发阿尔茨海默病相关的体外巨噬细胞模型 | 人THP-1巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序，转录组分析，功能测定 | NA | 基因表达数据，单细胞测序数据 | THP-1巨噬细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 147 | 2025-10-06 |
Resolving the design principles that control post-natal vascular growth and scaling
2025-Jul-16, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101324
PMID:40628258
|
研究论文 | 本研究通过多尺度实验和计算方法揭示了出生后主动脉生长的设计原则 | 发现了主动脉扩张遵循独特的生长原则，包括与血流对齐的两个时空协调的增殖波，以及通过细胞挤出维持稳态尺寸的新机制 | 研究主要关注主动脉，其他器官的生长原则可能不同 | 解析控制出生后血管生长和尺寸缩放的设计原则 | 小鼠主动脉组织 | 计算生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 数学建模 | 数学模型 | 基因表达数据, 细胞增殖数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 148 | 2025-10-06 |
Unveiling the mechanisms of CEBPD-orchestrated TAM polarization through RGS2/PAR2 pathway and its impact on ICB efficacy in clear cell renal cell carcinoma
2025-Jul-13, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010898
PMID:40659446
|
研究论文 | 本研究揭示CEBPD通过RGS2/PAR2轴调控透明细胞肾细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞极化并影响免疫检查点阻断剂疗效的机制 | 首次发现CEBPD作为关键转录因子通过RGS2/PAR2轴调控TAM极化状态，并证实其与ICB疗效的关联 | NA | 探索CEBPs在ccRCC免疫微环境中调控TAM极化的机制及其对免疫检查点阻断治疗的影响 | 透明细胞肾细胞癌中的肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 肾细胞癌 | 单细胞转录组测序, 蛋白质印迹, 免疫荧光, 体外极化实验, 染色质免疫沉淀测序, 双荧光素酶报告实验, 电泳迁移率变动分析 | NA | 转录组数据, 蛋白质数据, 临床标本数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 149 | 2025-10-06 |
Tranquillyzer: A Flexible Neural Network Framework for Structural Annotation and Demultiplexing of Long-Read Transcriptomes
2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.25.666829
PMID:40766630
|
研究论文 | 提出了一种用于长读长单细胞转录组结构注释和解码的灵活神经网络框架 | 采用混合神经网络架构和全局上下文感知设计，能够精确识别结构元件，即使元件因测序噪声或文库构建变异性而发生移位、部分降解或重复 | NA | 开发用于处理长读长单细胞RNA测序数据的深度学习框架 | 长读长单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，长读长测序 | 混合神经网络 | 测序数据 | NA | Oxford Nanopore Technologies | 单细胞RNA-seq | ONT | Oxford Nanopore长读长测序平台 |
| 150 | 2025-10-06 |
Impact of integration on persistent homology clustering and biological signal detection in scRNA-seq data
2025-Jul-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.24.666637
PMID:40766507
|
研究论文 | 本研究应用持久同调分析单细胞RNA测序数据，评估数据整合对拓扑特征和生物学信号检测的影响 | 首次将拓扑数据分析中的持久同调技术系统应用于评估scRNA-seq数据整合效果，提供了一种变形不变的结构模式捕捉框架 | 研究仅基于八种组织类型的数据集，未涵盖所有可能的生物条件和实验协议 | 评估数据整合对单细胞RNA测序数据拓扑特征和生物学可解释性的影响 | 八种不同组织类型的单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 拓扑数据分析 | 持久同调聚类 | 基因表达数据 | 涵盖八种组织类型的多个scRNA-seq数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 151 | 2025-10-06 |
Integrating 12 Spatial and Single Cell Technologies to Characterise Tumour Neighbourhoods and Cellular Interactions in three Skin Cancer Types
2025-Jul-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.25.666708
PMID:40766555
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研究论文 | 整合12种空间和单细胞技术系统表征三种皮肤癌类型的肿瘤微环境和细胞相互作用 | 首次整合12种互补空间单细胞技术构建正交验证的细胞特征、空间图谱和相互作用网络，发现黑色素细胞-成纤维细胞-T细胞共定位的癌症群落及CD44-FGF2等关键相互作用 | NA | 深入表征皮肤癌微环境并揭示细胞间相互作用机制 | 皮肤鳞状细胞癌(cSCC)、基底细胞癌(BCC)和黑色素瘤三种主要皮肤癌类型 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 空间转录组学、蛋白质组学、糖组学、配体-受体分析、遗传关联图谱 | NA | 空间转录组数据、蛋白质组数据、糖组数据、遗传数据 | 超过500,000个体遗传数据 | NA | 空间转录组学,单细胞技术,多组学整合 | Opal Polaris, RNAScope, Proximal Ligation Assay | 整合四种空间转录组平台，使用Opal Polaris、RNAScope和邻近连接分析进行验证 |
| 152 | 2025-10-06 |
Platelet-Rich Plasma in Cardiovascular Regeneration: Mechanistic Insights, Technological Innovations, and Future Directions
2025-Jul, Reviews in cardiovascular medicine
IF:1.9Q3
DOI:10.31083/RCM39383
PMID:40776966
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综述 | 本文探讨富血小板血浆在心血管再生医学中的生物学机制、临床应用及技术创新 | 提出结合纳米技术靶向递送系统、CRISPR编辑外泌体和人工智能驱动的个性化治疗策略 | PRP成分因制备方法差异存在变异性，且存在安全性问题 | 推动PRP从经验性治疗向数据驱动型精准干预转变 | 心血管再生医学 | 再生医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，纳米技术，CRISPR基因编辑 | 人工智能 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 153 | 2025-10-06 |
Stem cell-derived small extracellular vesicles containing miR-27b-3p attenuated osteoarthritis through inhibition of leukaemia inhibitory factor
2025-Jul, Fundamental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.fmre.2023.02.005
PMID:40777809
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研究论文 | 本研究揭示人脐带间充质干细胞来源的小细胞外囊泡通过递送miR-27b-3p靶向抑制白血病抑制因子表达，从而缓解骨关节炎 | 首次发现U-sEVs优先被FLSs和SFCs摄取，并鉴定miR-27b-3p/LIF轴作为治疗骨关节炎的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，临床转化潜力需进一步验证 | 探究间充质干细胞来源小细胞外囊泡治疗骨关节炎的作用机制 | 小鼠骨关节炎模型、人脐带间充质干细胞、成纤维样滑膜细胞和软骨表层细胞 | 细胞治疗 | 骨关节炎 | miRNA测序, 单细胞RNA测序, RNA测序, 荧光素酶报告基因检测 | NA | 基因表达数据, 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | NA |
| 154 | 2025-10-06 |
The revelation of UCHL1 in malignant epithelial cells of TNBC reinforcing cisplatin resistance by modulating ferroptosis based on single-cell transcriptome data
2025-Jul, Journal of clinical biochemistry and nutrition
IF:2.0Q3
DOI:10.3164/jcbn.24-206
PMID:40777820
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据分析揭示UCHL1在三阴性乳腺癌恶性上皮细胞中通过调控铁死亡增强顺铂耐药性的分子机制 | 首次在单细胞水平识别TNBC恶性上皮细胞中的耐药与敏感细胞簇，并发现UCHL1通过抑制铁死亡通路介导顺铂耐药的新机制 | 研究仅基于9个TNBC样本的单细胞数据，样本量有限；机制验证主要在细胞系中进行，缺乏体内实验验证 | 探索三阴性乳腺癌化疗耐药的关键分子机制 | 三阴性乳腺癌恶性上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 9个TNBC样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 155 | 2025-10-06 |
Discovery of protein lactylation-associated biomarkers and their potential pathogenic mechanisms in recurrent spontaneous abortion
2025-Jul-18, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146004
PMID:40685048
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法，发现复发性自然流产中蛋白质乳酸化相关生物标志物及其致病机制 | 首次在复发性自然流产中系统研究蛋白质乳酸化作用，发现四个乳酸化相关枢纽基因并揭示S100A11通过p38 MAPK-TGF-β1-SMAD-IL-10信号通路调控免疫反应的新机制 | 研究主要基于生物信息学分析和体外功能验证，缺乏体内实验验证和更大样本的临床验证 | 探索蛋白质乳酸化在复发性自然流产中的生物学功能和致病机制 | 复发性自然流产患者样本数据及滋养层细胞 | 生物信息学 | 复发性自然流产 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习, 免疫浸润分析, 功能实验 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 三个公共数据集(GSE214607, GSE26787, GSE165004) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 156 | 2025-10-06 |
Immunosuppressive JAG2+ tumor-associated neutrophils hamper PD-1 blockade response in ovarian cancer by mediating the differentiation of effector regulatory T cells
2025-Jul, Cancer communications (London, England)
DOI:10.1002/cac2.70021
PMID:40120139
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研究论文 | 本研究揭示了JAG2+肿瘤相关中性粒细胞通过促进效应调节性T细胞分化导致卵巢癌免疫抑制和PD-1阻断治疗抵抗的机制 | 首次阐明JAG2+ TANs通过Notch信号通路促进初始CD4+ T细胞分化为eTregs的具体分子机制，并验证靶向该通路可增强PD-1抗体疗效 | 研究主要聚焦于高级别浆液性卵巢癌，其他类型肿瘤的适用性需进一步验证 | 阐明JAG2+肿瘤相关中性粒细胞在高级别浆液性卵巢癌免疫抑制微环境中的作用机制 | 高级别浆液性卵巢癌患者样本、患者来源肿瘤类器官、荷瘤小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 卵巢癌 | 多重免疫组织化学、流式细胞术、单细胞RNA测序、体外共培养系统 | NA | 单细胞RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组织化学图像 | 304例HGSOC样本（274例组成两个独立队列，30例用于建立PDTOs） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 157 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomic applications in orthopedics
2025-Jul, Connective tissue research
IF:2.8Q1
DOI:10.1080/03008207.2025.2501703
PMID:40347072
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综述 | 本文综述空间转录组学在骨科研究中的应用及其对肌肉骨骼组织基因表达模式解析的变革性影响 | 系统评估多种空间转录组技术（10X Visium、10X Xenium、seqFISH+、MERFISH、NanoString GeoMx DSP）在骨科领域的应用现状 | 仅基于29篇已发表文献进行分析，样本数量有限 | 探讨空间转录组学技术在骨科研究中的应用价值和发展前景 | 肌肉骨骼组织（软骨、关节、骨骼、肌腱、韧带和滑膜） | 空间转录组学 | 骨科疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 29篇已发表论文 | 10X Genomics, NanoString | 空间转录组学 | 10X Visium, 10X Xenium, NanoString GeoMx DSP | 10X Visium（22篇论文使用）、10X Xenium、seqFISH+、MERFISH、NanoString GeoMx DSP |
| 158 | 2025-10-06 |
Identification of matrix stiffness-related molecular subtypes in HCC via integrating multi-omics analysis and machine learning algorithms
2025-Jul-01, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06733-7
PMID:40598539
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研究论文 | 通过整合多组学分析和机器学习算法识别肝细胞癌中基质硬度相关的分子亚型 | 整合10种聚类算法和101种机器学习组合构建了包含57个基因的基质硬度相关特征，并发现PPARG是关键基因 | NA | 研究基质硬度在肝细胞癌预后和治疗反应中的作用 | 肝细胞癌患者和多组学数据 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 多组学分析,单细胞RNA测序,空间转录组学 | 机器学习算法组合 | 多组学数据,基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 159 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals anterograde trans-synaptic degeneration and exacerbated synaptic remodeling in myopia
2025-Jul, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01489-y
PMID:40610752
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示近视中前向跨突触退化和突触重塑加剧的机制 | 首次发现近视可加剧视网膜神经节细胞凋亡并诱导前向跨突触退化，为理解近视发病机制提供新实验依据 | 研究未明确说明样本来源和具体数量 | 探究前向跨突触退化在近视发生发展中的作用机制 | 视网膜神经节细胞和视觉皮层突触 | 单细胞测序分析 | 近视 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 160 | 2025-10-06 |
Innate Immune Remodeling Drives Therapy Resistance via Macrophage-NK Cell Crosstalk
2025-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.22.666055
PMID:40777338
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了靶向治疗过程中肿瘤免疫微环境的动态演变，发现巨噬细胞-NK细胞相互作用是治疗耐药的关键机制 | 首次识别了治疗过程中的免疫转折点，发现独特的巨噬细胞亚群通过CCR2/5信号调控NK细胞招募，并证实Ptpn22抑制可恢复NK细胞浸润 | 主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限，需要更大规模临床研究确认 | 探究靶向治疗过程中肿瘤免疫微环境的动态变化及其对治疗耐药的影响 | 小鼠黑色素瘤模型、人类黑色素瘤和肺癌患者样本 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤, 肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和人类患者样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |