单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-07-11	Genomic evolution reshapes cell-type diversification in the amniote brain 2025-Jul-07, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.014 PMID:40367951	研究论文	该研究通过构建爬行动物、鸟类和哺乳动物的单细胞图谱，揭示了羊膜动物大脑细胞类型在进化过程中的保守性和多样性	首次在单细胞分辨率下比较了多种羊膜动物大脑细胞类型的基因表达模式，并发现了鸟类特有的Purkinje细胞亚型及其相关基因通路	研究仅关注了端脑和小脑的部分区域，未涵盖整个大脑	探索羊膜动物大脑复杂性和认知能力进化的遗传机制	乌龟、斑胸草雀、鸽子、小鼠和猕猴的端脑与小脑细胞	基因组学	NA	单细胞空间转录组学	NA	单细胞基因表达数据	超过130万个细胞，来自5个不同物种
142	2025-07-11	Molecular Mechanisms of Perivascular Macrophages in Alzheimer's Disease: Insights from Single-Cell Sequencing and Mendelian Randomization 2025-Jul-07, Cellular and molecular neurobiology IF:3.6Q2 DOI:10.1007/s10571-025-01590-w PMID:40622473	研究论文	本研究通过单细胞测序和孟德尔随机化分析探讨了血管周围巨噬细胞在阿尔茨海默病中的分子机制	结合单细胞测序与孟德尔随机化分析，识别出四个与AD风险显著相关的关键基因，并揭示了PVMs在免疫调节和代谢通路中的作用	研究主要基于已有数据集分析，需要进一步实验验证	探索血管周围巨噬细胞在阿尔茨海默病发病机制中的分子作用	血管周围巨噬细胞(PVMs)及其相关基因	生物医学	阿尔茨海默病	单细胞测序, 孟德尔随机化(MR)分析	NA	单细胞测序数据, eQTL数据	基于GSE264648和eQTLGen数据集的分析
143	2025-07-11	Single-nucleus rna sequencing identifies universal camk1d upregulation and dysregulated c-ltmr subtypes as key drivers of paclitaxel-induced neuropathy 2025-Jul-07, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-10065-z PMID:40622640	研究论文	通过单核RNA测序技术研究紫杉醇诱导的神经病变疼痛的分子机制	首次使用单核RNA测序技术揭示紫杉醇诱导神经病变疼痛的细胞类型特异性改变，特别是C_LTMR亚型的转录组变化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探索紫杉醇诱导神经病变疼痛的分子机制	小鼠背根神经节(DRG)细胞	神经科学	神经病变疼痛	单核RNA测序(snRNA-seq)	NA	RNA测序数据	紫杉醇处理的小鼠背根神经节细胞
144	2025-07-11	Single-cell transcriptomic analysis identifies systemic immunosuppressive myeloid cells and local monocytes/macrophages as key regulators in polytrauma-induced immune dysregulation 2025-Jul-07, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00444-x PMID:40623986	研究论文	通过单细胞转录组分析，识别了系统性免疫抑制性髓系细胞和局部单核细胞/巨噬细胞作为多发伤诱导免疫失调的关键调节因子	首次同时研究系统性及局部免疫细胞，发现TIM细胞群体和Spp1单核细胞/巨噬细胞在免疫失调中的作用	研究基于大鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究多发伤诱导的免疫失调及其对骨折愈合的影响	大鼠多发伤模型中的血液、骨髓和局部缺损软组织	免疫学	多发伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
145	2025-07-11	Single-cell transcriptomic profiling of immune landscape in triple-negative breast cancer during neoadjuvant chemotherapy 2025-Jul-07, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00549-3 PMID:40624003	研究论文	通过单细胞转录组测序技术研究三阴性乳腺癌在新辅助化疗期间的免疫景观	首次发现并计算了S100АMHC单核细胞群体中的髓系来源抑制细胞（MDSC）特征评分，并验证了其在非响应患者中的升高	样本量有限，且仅关注了新辅助化疗的初始阶段	探究三阴性乳腺癌患者在新辅助化疗期间的免疫系统功能状态及其对化疗效果的影响	三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括响应和非响应新辅助化疗的三阴性乳腺癌患者
146	2025-07-11	Integrated bioinformatics analysis identifies CHAD association with osteoporosis and in vitro chondrogenic effects of Wogonin 2025-Jul-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-05861-w PMID:40624035	研究论文	本研究通过整合生物信息学方法识别与骨质疏松症相关的基因，并探索中药化合物对软骨生成的体外影响	首次将CHAD基因与骨质疏松症关联，并发现汉黄芩素对软骨生成的促进作用	仅进行了体外实验，尚未进行动物或临床验证	探索骨质疏松症的新型治疗靶点和中药替代疗法	骨质疏松症相关基因和中药化合物	生物信息学	骨质疏松症	RNA测序、分子对接、qRT-PCR	ATDC5细胞模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
147	2025-07-11	Neurogenomic and behavioral principles shape freezing dynamics and synergistic performance in Drosophila melanogaster 2025-Jul-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61313-z PMID:40624091	研究论文	本研究通过大规模行为实验和GWAS分析，揭示了果蝇在面对威胁时集体行为的神经和遗传基础	发现了影响视觉神经元发育和行为的基因位点Ptp99A和kirre，并验证了遗传多样性对集体行为的促进作用	研究仅针对果蝇这一模式生物，结果在其他物种中的普适性尚待验证	探究集体行为的神经和遗传机制	黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)	神经科学	NA	GWAS、单细胞转录组学、功能实验、基于代理的模拟	NA	行为数据、基因表达数据	大规模果蝇群体
148	2025-07-11	Novel single-cell preservation and RNA sequencing technology unlocks field studies for Plasmodium natural infections 2025-Jul-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08765-x PMID:40624152	研究论文	本文介绍了一种新型单细胞保存和RNA测序技术，用于疟原虫自然感染现场研究	开发了适用于低资源环境的单细胞RNA保存和测序技术，首次在自然感染疟原虫的现场研究中应用单细胞RNA测序	目前仅在P. knowlesi疟原虫中进行了验证，尚未在其他疟原虫物种或更广泛的现场环境中测试	开发适用于疟原虫自然感染现场研究的单细胞RNA测序技术	疟原虫(P. knowlesi)单细胞	基因组学	疟疾	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	6个样本中的22,345个P. knowlesi单细胞转录组
149	2025-07-09	Author Correction: Spatial transcriptomics reveals regionally altered gene expression that drives retinal degeneration 2025-Jul-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08451-8 PMID:40624286	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
150	2025-07-11	Integrated analysis of polytranscriptomics reveals TNFSF ligand genes in pancreatic cancer prognosis and immune regulation 2025-Jul-07, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-025-00733-4 PMID:40624624	研究论文	本研究通过整合分析多转录组数据，揭示了TNFSF配体基因在胰腺癌预后和免疫调节中的作用	首次基于TNFSF配体表达谱对胰腺癌进行分子分型，并发现TNFSF4在B细胞中的高表达与良好预后及免疫治疗反应相关	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证TNFSF4的具体作用机制	探究TNF配体家族成员在胰腺癌中的表达模式及预后意义	胰腺癌(PC)患者样本	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(bulk RNA-seq)、qRT-PCR	非负矩阵分解(NMF)	基因表达数据	GSE212966和TCGA-PAAD数据集中的样本
151	2025-07-11	Current insight into HIV-1 persistence from single-cell transcriptome profiling in acutely treated cohorts of infection 2025-Jul-07, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000962 PMID:40638066	综述	本文综述了利用单细胞转录组学技术研究急性HIV-1感染治疗队列中病毒持久性的最新进展	利用单细胞RNA测序技术揭示HIV-1感染急性期治疗队列中的免疫反应变化、新型限制因子和潜伏因子，以及病毒储存细胞的标志物	NA	研究HIV-1病毒在宿主中的持久性机制	HIV-1感染者的单细胞	基因组学	HIV感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	数十万个单细胞
152	2025-07-11	Microgravity modulates keratinocyte, fibroblast, and endothelial cell communication during wound healing 2025-Jul-06, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123842 PMID:40628314	综述	本文综述了微重力环境下皮肤伤口愈合过程中角质形成细胞、成纤维细胞和内皮细胞之间通讯的调节机制	强调了单细胞转录组学等先进技术在微重力环境下皮肤伤口愈合机制研究中的应用	微重力环境下伤口愈合的具体分子机制仍需进一步研究	探讨微重力对皮肤伤口愈合过程中细胞通讯的影响	角质形成细胞、成纤维细胞和内皮细胞	生物医学	皮肤损伤	单细胞转录组学	NA	NA	NA
153	2025-07-11	The reprogramming impact of SMAC-mimetic on glioblastoma stem cells and the immune tumor microenvironment evolution 2025-Jul-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03452-1 PMID:40616096	研究论文	本研究评估了SMAC模拟物Xevinapant对胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）和肿瘤免疫微环境（TME）的重编程影响	首次在单细胞水平上评估Xevinapant对GBM的抗肿瘤和免疫调节作用，并发现其能激活抗肿瘤效应免疫反应	研究主要基于体外和小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	开发针对胶质母细胞瘤干细胞同时重编程肿瘤微环境的新型治疗策略	胶质母细胞瘤干细胞和肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外存活实验、原位移植模型	NA	基因表达数据、生存数据	人类和小鼠的胶质母细胞瘤干细胞模型
154	2025-07-11	SpotSweeper: spatially aware quality control for spatial transcriptomics 2025-Jul, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02713-3 PMID:40481362	research paper	介绍了一种名为SpotSweeper的空间感知质量控制方法，用于空间转录组学数据	SpotSweeper利用局部邻域校正空间混杂效应，能够识别局部异常值和区域伪影，填补了现有方法在识别SRT特有组织伪影方面的空白	NA	开发一种针对空间转录组学数据的质量控制方法，确保数据可靠性	空间转录组学数据	digital pathology	NA	spatially resolved transcriptomics (SRT)	NA	spatial transcriptomics data	公开可用的Visium条形码点数据
155	2025-07-11	Spotiflow: accurate and efficient spot detection for fluorescence microscopy with deep stereographic flow regression 2025-Jul, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02662-x PMID:40481364	研究论文	提出了一种名为Spotiflow的深度学习方法，用于荧光显微镜图像中亚像素级精确的斑点检测	将斑点检测问题重新定义为多尺度热图和立体流回归问题，支持2D和3D图像，具有更高的时间和内存效率	未明确提及具体局限性	开发一种高效准确的斑点检测方法，用于荧光显微镜图像分析	荧光显微镜图像中的斑点状结构	计算机视觉	NA	深度学习	立体流回归模型	图像	多种数据集（未明确数量）
156	2025-07-11	HECLIP: histology-enhanced contrastive learning for imputation of transcriptomics profiles 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf363 PMID:40569046	research paper	提出了一种名为HECLIP的深度学习框架，用于从H&E染色组织学图像推断空间基因表达谱	采用以图像为中心的对比学习策略，减少对空间转录组数据的依赖，实现准确且有生物学意义的基因表达预测	未提及具体样本量或数据集的局限性	开发可扩展的计算方法，弥合成像与转录组学之间的差距	H&E染色组织学图像	digital pathology	NA	spatial transcriptomics (ST)	contrastive learning	image	NA
157	2025-07-11	dbscATAC: a resource of single-cell super-enhancers/enhancers and gene markers derived from scATAC-seq data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf364 PMID:40581357	研究论文	介绍了一个名为dbscATAC的专用单细胞数据库，用于注释来自scATAC-seq数据的超级增强子、基因标记和增强子-基因相互作用	利用改进的机器学习算法，从大量scATAC-seq数据中识别出超级增强子、基因标记和增强子-基因相互作用，并开发了一个易于使用的在线平台	未明确提及具体限制，但可能涉及数据覆盖范围或算法性能的局限性	促进单细胞表观基因组学中增强子景观、基因调控和细胞类型特异性特征的探索	来自13个物种的1,668,076个单细胞，涵盖1028种组织/细胞类型	表观基因组学	NA	scATAC-seq	改进的机器学习算法	单细胞表观基因组数据	1,668,076个单细胞，涵盖1028种组织/细胞类型，来自13个物种
158	2025-07-11	Cancer-associated fibroblast-derived extracellular vesicles loaded with GLUT1 inhibitor synergize anti-PD-L1 to suppress tumor growth via degrading matrix stiffness and remodeling tumor microenvironment 2025-Jul-01, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society IF:10.5Q1 DOI:10.1016/j.jconrel.2025.113998 PMID:40609836	研究论文	该研究通过利用癌症相关成纤维细胞(CAFs)衍生的细胞外囊泡(cEVs)靶向递送GLUT1抑制剂BAY-876，结合抗PD-L1治疗，重塑肿瘤微环境(TME)并抑制肿瘤生长	首次使用CAFs衍生的细胞外囊泡作为载体靶向递送GLUT1抑制剂，结合抗PD-L1治疗实现协同抗肿瘤效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索通过靶向肿瘤微环境代谢重塑来提高癌症免疫治疗效果的新策略	肺癌肿瘤细胞系和癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用公共数据集和小鼠模型
159	2025-07-11	Dynamic WT1 expression during gastrulation specifies peritoneal smooth muscle fate independently of mesothelial fate 2025-Jul-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204332 PMID:40554754	research paper	研究揭示了WT1在小鼠原肠胚形成期间动态表达，独立于间皮命运指定腹膜平滑肌细胞命运的新机制	首次发现WT1在原肠胚形成期间表达，并独立于间皮形成指定平滑肌细胞命运	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性需要进一步验证	探究WT1在平滑肌细胞发育谱系中的作用机制	小鼠胚胎发育过程中的平滑肌前体细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、共聚焦显微镜、他莫昔芬诱导的遗传谱系追踪	NA	基因表达数据、显微镜图像	小鼠胚胎（E7.5-E12.5阶段）
160	2025-07-11	The foraging gene coordinates brain and heart networks to modulate socially cued interval timing in Drosophila 2025-Jul, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011752 PMID:40627675	研究论文	本研究探讨了果蝇中foraging基因在间隔时间行为中的作用，特别是交配时长，揭示了其通过神经和非神经机制调节行为的复杂性	发现foraging基因通过Pdfr阳性神经元和fru阳性心脏细胞调控交配时长，揭示了基因在整合社会线索与生理状态中的新作用	研究仅基于果蝇模型，结果在更高等生物中的普适性尚待验证	探究foraging基因在间隔时间行为调控中的作用机制	果蝇（Drosophila melanogaster）及其foraging基因的两种等位基因变体rover（forR）和sitter（forS）	行为遗传学	NA	单细胞RNA测序、基因敲除实验、CaLexA信号观察	NA	基因表达数据、钙信号数据	果蝇模型中的不同基因型个体