单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-07-12	Single-Cell Analysis Clarifies Pathological Heterogeneity in Tenosynovial Giant Cell Tumor and Identifies Biomarkers for Predicting Disease Recurrence 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415835 PMID:40126353	研究论文	通过单细胞RNA测序分析弥漫型和局限型腱鞘巨细胞瘤的转录差异，揭示病理异质性并鉴定预测疾病复发的生物标志物	发现D-TGCT中独特的肿瘤细胞簇及其通过COL6A3-(ITGAV+ITGB8)相互作用调控成纤维细胞分化的机制，并鉴定出预测复发的生物标志物ROR1和PRKD1	样本来源和数量未明确说明，机制验证实验需进一步开展	阐明弥漫型腱鞘巨细胞瘤侵袭性行为的分子机制并寻找治疗靶点	人类弥漫型(D-TGCT)和局限型(L-TGCT)腱鞘巨细胞瘤病变组织	单细胞组学	腱鞘巨细胞瘤	scRNA-seq(单细胞RNA测序)	NA	单细胞转录组数据	NA
122	2025-07-12	CeiTEA: Adaptive Hierarchy of Single Cells with Topological Entropy 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503539 PMID:40245302	研究论文	介绍了一种基于拓扑熵的自适应层次聚类算法CeiTEA，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞类型和亚型复杂层次结构	提出了一种结合自底向上和自顶向下策略的新算法，通过最小化拓扑熵构建多叉分割树，优化细胞类型关系和多样性的表示	未提及算法在大规模数据集上的计算效率或内存消耗问题	解决现有聚类方法难以捕捉细胞类型复杂层次结构的问题	单细胞RNA测序数据中的细胞类型和亚型	生物信息学	肿瘤异质性	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	自适应层次聚类算法	基因表达数据	模拟和真实世界的scRNA-seq数据集（具体数量未提及）
123	2025-07-12	CellNEST reveals cell-cell relay networks using attention mechanisms on spatial transcriptomics 2025-Jul, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02721-3 PMID:40481363	research paper	介绍了一种名为CellNEST的新方法，用于在空间转录组学中检测细胞间通讯网络	提出了一种新的中继网络通讯检测方法，能够识别配体-受体-配体-受体的通讯模式	未明确提及具体局限性	解决当前单细胞RNA测序和空间转录组学方法在检测细胞间通讯时的高假阳性率和局限性	人类淋巴结中的T细胞归巢信号、肺腺癌和结直肠癌中的侵袭性癌症通讯、胰腺癌中的中继网络通讯	空间转录组学	癌症、糖尿病	单细胞RNA测序、空间转录组学	注意力机制	空间转录组数据	NA
124	2025-07-12	MatriCom, a single-cell RNA-sequencing data mining tool to infer cell-extracellular matrix interactions 2025-Jul-01, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.263927 PMID:40501363	研究论文	介绍了一个名为MatriCom的网络应用和R包，用于从单细胞RNA测序数据推断细胞外基质（ECM）成分之间以及不同细胞群体与ECM之间的通讯	开发了MatriCom工具，利用独特的MatriComDB数据库和超过25,000个经过筛选的相互作用来推断ECM通讯，首次构建了人类肾脏基质通讯网络	NA	推断细胞外基质（ECM）成分之间以及细胞与ECM之间的通讯，以揭示ECM组装和细胞-ECM相互作用的保守和多样化机制	单细胞RNA测序数据集中的细胞外基质（ECM）成分和细胞群体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	单细胞RNA测序数据	46个健康成人组织的scRNA-Seq数据集
125	2025-07-12	Understanding disease-associated metabolic changes in human colonic epithelial cells using the iColonEpithelium metabolic reconstruction 2025-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013253 PMID:40609069	研究论文	本研究通过构建首个特定细胞类型的人类结肠上皮细胞基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，探索了结肠上皮细胞在健康和疾病状态下的代谢特征	首次构建了人类结肠上皮细胞特异性基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，并包含独特的运输反应区室以模拟与肠道微生物组的代谢相互作用	研究仅初步验证了模型在探索宿主与肠道菌群代谢相互作用中的应用潜力	解析人类结肠上皮细胞的详细代谢活动及其在炎症性肠病中的变化	人类结肠上皮细胞及其在克罗恩病和溃疡性结肠炎中的代谢特征	代谢组学	炎症性肠病	基因组尺度代谢模型(GEM), 单细胞RNA测序	iColonEpithelium代谢网络模型	单细胞RNA测序数据	克罗恩病和溃疡性结肠炎样本的scRNA-seq数据
126	2025-07-12	IGF2BP2 binding to CPSF6 facilitates m6A-mediated alternative polyadenylation of PUM2 and promotes malignant progression in ovarian cancer 2025-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70388 PMID:40629911	研究论文	本研究揭示了m6A通过IGF2BP2和CPSF6的相互作用调控卵巢癌中PUM2的选择性多聚腺苷酸化，从而促进恶性肿瘤进展的新机制	首次发现m6A通过IGF2BP2与CPSF6的相互作用调控APA加工，揭示了PUM2通过m6A甲基化和APA处理促进卵巢癌恶性进展的机制	研究主要基于体外实验和公共数据库分析，临床样本验证有限	探究m6A依赖性APA调控在卵巢癌中的作用机制	卵巢癌细胞和临床样本	分子生物学	卵巢癌	RNA甲基化测序、单细胞测序、RNA pull-down、免疫沉淀、质谱分析、PAS-seq、eCLIP-seq、RIP-seq、meRIP-seq等	NA	RNA测序数据、蛋白质相互作用数据	公共数据库中的临床样本和实验室培养的卵巢癌细胞
127	2025-07-12	Underlining the Molecular Mechanism of Nonalcoholic Fatty Liver Disease and Coronary Artery Disease in Lipid Metabolism by Combining Multiple Sets of Data Sets 2025-Jul, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.70040 PMID:40631874	研究论文	本研究通过整合多组数据集，揭示了非酒精性脂肪肝病（NAFLD）和冠状动脉疾病（CAD）在脂质代谢中的共享遗传特征和分子机制	确定了GPD1、MVK和PIK3R2作为NAFLD和CAD在脂质代谢中的关键基因，并发现它们与相关调控基因的显著相关性	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明NAFLD和CAD在脂质代谢中的共享分子机制	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）和冠状动脉疾病（CAD）患者	生物信息学	非酒精性脂肪肝病和冠状动脉疾病	单细胞测序分析	NA	基因表达数据	NA
128	2025-07-12	Single-Cell Transcriptome Analysis Uncovers La Ribonucleoprotein 6 (LARP6) as a Dual Regulator of Proliferation and Immune Infiltration in Triple-Negative Breast Cancer 2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70709 PMID:40635123	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示La核糖核蛋白6（LARP6）在三阴性乳腺癌中作为增殖和免疫浸润的双重调节因子	首次发现LARP6在三阴性乳腺癌中显著上调，并揭示其在细胞增殖和免疫浸润中的双重作用	研究主要基于已有数据集，缺乏实验验证	识别三阴性乳腺癌特异性标记物以推进治疗方法开发	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	超过260,000个细胞，来自ER阳性、HER2阳性和TNBC样本
129	2025-07-11	FAM83A Promotes the Progression and Metastasis of Head and Neck Squamous Cell Carcinoma via PKM2-Mediated Aerobic Glycolysis 2025-Jul-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500989RR PMID:40637278	研究论文	本研究首次探讨了FAM83A与PKM2在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的关系，揭示了FAM83A通过PKM2介导的有氧糖酵解促进HNSCC的进展和转移	首次发现FAM83A通过激活Wnt/β-catenin信号通路促进PKM2的转录激活，进而调控HNSCC的糖代谢重编程	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探究FAM83A在HNSCC代谢中的作用及其与PKM2的调控关系	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）	肿瘤代谢	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、RNA测序分析	NA	基因表达数据、临床样本数据	HNSCC临床样本及小鼠模型
130	2025-07-11	The mechanism of Akkermansia muciniphila inhibiting the proliferation of colorectal cancer cells via ferroptosis 2025-Jul-10, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-025-03984-0 PMID:40637947	研究论文	本研究探讨了Akkermansia muciniphila通过铁死亡途径抑制结直肠癌细胞增殖的机制	首次揭示了Akkermansia muciniphila代谢物通过铁死亡途径抑制结直肠癌细胞增殖的具体机制	研究仅使用了Caco-2细胞系，未进行体内实验验证	阐明Akkermansia muciniphila抑制结直肠癌细胞增殖的分子机制	Caco-2结直肠癌细胞系	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞转录组分析、流式细胞术、细胞划痕实验	NA	细胞实验数据	使用Caco-2细胞系进行的体外实验
131	2025-07-11	Myeloid MAS-driven macrophage efferocytosis promotes resolution in ischemia-stressed mouse and human livers 2025-Jul-09, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adr2725 PMID:40632838	研究论文	本研究探讨了MAS受体在骨髓细胞先天免疫和维持肝组织稳态中的具体作用，特别是在肝脏缺血再灌注损伤（LIRI）中的保护机制	揭示了MAS受体通过PKA/CREB信号通路调控KLF4/MERTK轴在巨噬细胞胞葬作用中的新机制，并证明了其在人和小鼠缺血应激肝脏中的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	阐明MAS受体在肝脏缺血再灌注损伤中的保护机制	小鼠和人类缺血应激肝脏中的巨噬细胞和衰老中性粒细胞	分子生物学与免疫学	肝脏疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、活体成像	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、影像数据	未明确说明具体样本数量，但涉及基因修饰小鼠和人类肝脏样本
132	2025-07-11	STING agonists drive recruitment and intrinsic type I interferon responses in monocytic lineage cells for optimal anti-tumor immunity 2025-Jul-09, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf131 PMID:40633091	研究论文	本研究探讨了单核细胞谱系细胞在STING激动剂诱导的IFN-I信号传导中的作用及其在抗肿瘤免疫中的关键功能	揭示了STING激动剂通过CCR5依赖性迁移机制招募单核细胞谱系细胞，并促进其获得炎症性单核细胞表型，进而增强CD8+ T细胞抗肿瘤反应	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	阐明单核细胞谱系细胞在STING激动剂诱导的抗肿瘤免疫应答中的作用机制	单核细胞谱系细胞(MCs)及其与CD8+ T细胞或自然杀伤细胞的相互作用	肿瘤免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	CCR2缺陷小鼠模型、Lyz2-Cre-IFNAR1fl/fl小鼠模型	基因表达数据	MC38和B16F10肿瘤小鼠模型
133	2025-07-11	Guard cells on the adaxial and abaxial leaf surfaces use different compositions of potassium ion channels to drive light-induced stomatal opening 2025-Jul-09, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-025-02026-5 PMID:40634560	研究论文	本研究探讨了草本植物叶片上下表面气孔对光响应差异的分子机制	揭示了上下表皮保卫细胞利用不同钾离子通道驱动光诱导气孔开放的分子机制	研究仅使用了拟南芥和烟草两种模式植物，结果在其他植物中的普适性有待验证	探究植物叶片上下表面气孔对光响应差异的分子基础	拟南芥和烟草的保卫细胞	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序、转录组测序、OnGuard计算机模拟	NA	基因表达数据	两种模式植物(拟南芥和烟草)的保卫细胞
134	2025-07-11	Comprehensive molecular characterization of craniopharyngiomas using whole transcriptome and spatial transcriptomics approaches 2025-Jul-09, Brain tumor pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s10014-025-00509-z PMID:40634824	研究论文	本研究通过全转录组和空间转录组学方法对颅咽管瘤进行了全面的分子特征分析	首次结合全转录组测序和高分辨率空间转录组学技术，全面分析颅咽管瘤的分子差异	样本量相对较小（24个肿瘤样本），且健康垂体数据来自公共数据库	阐明颅咽管瘤两种亚型的分子差异，为诊断和治疗提供依据	颅咽管瘤（包括ACP和PCP亚型）和健康垂体组织	分子病理学	颅咽管瘤	全转录组测序、空间转录组学、RNA测序、Sanger测序	CTAT突变分析流程	转录组数据、空间基因表达数据	24个肿瘤样本（来自患者）和GTEx数据库中的健康垂体数据
135	2025-07-11	UBE2D1 as a key biomarker in systemic juvenile idiopathic arthritis: a new perspective on diagnosis and disease activity assessment 2025-Jul-09, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-025-03606-8 PMID:40635084	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，发现UBE2D1作为系统性幼年特发性关节炎(sJIA)的潜在生物标志物，并探讨其在疾病活动性评估中的作用	首次将UBE2D1与sJIA的疾病活动性水平联系起来，并揭示其通过激活NLRs通路促进疾病进展的机制	研究结果需要进一步验证，且样本来自中国人群，可能限制结果的普适性	寻找sJIA的非侵入性生物标志物以提高早期诊断效率	系统性幼年特发性关节炎(sJIA)患者的外周血单个核细胞(PBMCs)	数字病理学	幼年特发性关节炎	scRNA-seq, Bulk RNA-seq, Western blot, Co-IP	NA	RNA测序数据, 蛋白质数据	中国sJIA队列的PBMCs样本
136	2025-07-11	KAT6A Promotes Macrophage Inflammation and Periodontitis 2025-Jul-09, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.14203 PMID:40635126	研究论文	本研究探讨了KAT6A在牙周炎中通过调控巨噬细胞炎症反应的作用机制	首次揭示了KAT6A通过调节巨噬细胞表型影响牙周炎进展的分子机制，并发现其通过H3K27乙酰化调控炎症基因表达	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探究KAT6A在牙周炎发病机制中的作用	巨噬细胞和牙周炎小鼠模型	表观遗传学与免疫学	牙周炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、RNA-seq、流式细胞术、Cut&tag技术	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、表观遗传数据、细胞表型数据	未明确说明样本量，使用基因敲除小鼠和野生型对照小鼠
137	2025-07-11	Single-cell transcriptome analysis reveals the malignant characteristics of tumour cells and the immunosuppressive landscape in HER2-positive inflammatory breast cancer 2025-Jul-08, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03454-z PMID:40624675	研究论文	通过单细胞转录组技术分析HER2阳性炎症性乳腺癌的肿瘤微环境，揭示其恶性特征和免疫抑制景观	首次使用单细胞转录组技术全面比较HER2阳性炎症性乳腺癌与非炎症性乳腺癌的肿瘤微环境，发现PTN分子在肿瘤细胞中的高表达与其高侵袭性和免疫抑制微环境的强烈相关性	样本量较小（仅3例HER2阳性炎症性乳腺癌患者），且部分数据来自公共数据库	阐明HER2阳性炎症性乳腺癌肿瘤微环境的细胞组成和分子特征，为诊断和治疗提供新方向	HER2阳性炎症性乳腺癌患者的肿瘤组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	3例HER2阳性炎症性乳腺癌患者的15,832个细胞
138	2025-07-11	Analysis of Single-Cell RNA-Seq Data to Investigate Tumor Cell Heterogeneity in Uroepithelial Bladder Cancer and Predict Immunotherapy Response 2025-Jul-08, Current cancer drug targets IF:2.3Q3 DOI:10.2174/0115680096377593250626133719 PMID:40635219	研究论文	通过分析膀胱尿路上皮癌的单细胞RNA测序数据，研究肿瘤细胞异质性并预测免疫治疗反应	识别了与血管生成和肿瘤转移相关的缺氧肿瘤亚群，并基于Ste.genes构建了预测免疫检查点抑制剂(ICI)反应的机器学习模型	研究仅基于单细胞RNA测序数据，未进行实验验证	探究膀胱尿路上皮癌中肿瘤干细胞与免疫治疗耐药性的关系	膀胱尿路上皮癌(UBC)的单细胞RNA测序数据	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	机器学习模型	RNA测序数据	NA
139	2025-07-11	Telomeric repeat-containing RNA increases in aged human cells 2025-Jul-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf597 PMID:40637232	研究论文	本研究通过TERRA-capture RNA-seq和Oxford Nanopore直接RNA测序技术，解析了人类T2T-CHM13参考基因组中TERRA的转录区域，并发现TERRA在衰老的人类细胞中增加	开发了生物信息学工具TERRA-QUANT用于量化TERRA，并首次将TERRA与人类衰老及阿尔茨海默病早期阶段联系起来	未明确说明样本的具体数量及实验设计的详细限制	探究TERRA在人类衰老和疾病中的作用	人类血液、大脑和成纤维细胞中的TERRA	基因组学	阿尔茨海默病	TERRA-capture RNA-seq, Oxford Nanopore直接RNA测序, 逆转录定量聚合酶链反应, 单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	未明确说明具体数量，涉及血液、大脑和成纤维细胞等多种样本
140	2025-07-11	Pancreatic alpha and beta cell fate choice is directed by apical-basal polarity dynamics 2025-Jul-07, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.02.008 PMID:40056911	research paper	该研究揭示了顶端-基底极性作为调节多潜能胰腺Neurogenin3内分泌祖细胞分化为β或α细胞命运的主要调控因子	首次发现顶端-基底极性状态决定内分泌祖细胞向α或β细胞谱系分化的命运选择	研究主要基于人类内分泌祖细胞，尚未在完整器官或体内环境中验证	探索细胞外信号如何调控动态变化微环境中多潜能祖细胞的分化机制	人类胰腺Neurogenin3内分泌祖细胞(EPs)	developmental biology	diabetes	single-cell RNA sequencing	NA	gene expression data	NA