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当前共找到 797 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2025-12-29 |
A systematic review of single-cell RNA sequencing applications and insights in Oryza sativa response to environmental stresses
2025-Jul-19, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-025-10836-1
PMID:40682700
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综述 | 本文系统综述了2017年至2024年间单细胞RNA测序（scRNA-seq）在水稻（Oryza sativa）研究中的应用，重点关注其在解析水稻对不同环境胁迫响应中的转录异质性方面的进展 | 首次针对水稻（而非拟南芥）的scRNA-seq应用进行系统性综述，整合了多种新兴转录组技术（如ATCT-seq、snRNA-seq、Stereo-seq）在水稻胁迫响应研究中的最新成果 | 作为综述文章，未涉及原始实验数据；且主要基于2017-2024年间已发表研究，可能未涵盖最新技术突破 | 系统总结scRNA-seq技术在水稻环境胁迫响应研究中的应用与见解，为作物改良策略提供参考 | 水稻（Oryza sativa）的根、叶、花、种子等组织，及其对低氮、高盐、缺铁和褐飞虱胁迫的响应 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ATCT-seq、snRNA-seq、Stereo-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 122 | 2025-12-27 |
Unraveling the role of gut microbiota on the formation of nephrolithiasis: insights from integrated analysis of GWAS, single-cell transcriptomics, bulk RNA sequencing and network Pharmacology
2025-Jul-15, Urolithiasis
IF:2.0Q2
DOI:10.1007/s00240-025-01809-x
PMID:40664942
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研究论文 | 本研究通过整合GWAS、单细胞转录组学、bulk RNA测序和网络药理学分析，探讨了肠道微生物群在肾结石形成中的分子机制 | 首次结合孟德尔随机化、单细胞分析和网络药理学，系统揭示了肠道微生物群与肾结石之间的因果关系及关键基因PALLD和R3HDM1的作用 | 研究依赖于公共数据库数据，未进行实验验证，且样本来源和人群特征可能有限 | 探索肠道微生物群相关关键基因在肾结石形成中的分子机制 | 肾结石患者相关基因组、肠道微生物群数据及基因表达数据 | 生物信息学 | 肾结石 | GWAS, 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 网络药理学, 分子对接 | 孟德尔随机化模型, 差异表达分析, 富集分析 | 基因组数据, 转录组数据, 微生物组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 123 | 2025-12-27 |
CD8a + GZMK + T Cells Inhibit Osteoclastogenesis in Postmenopausal Osteoporosis via the p38-MAPK Pathway
2025-Jul-07, Calcified tissue international
IF:3.3Q2
DOI:10.1007/s00223-025-01402-9
PMID:40622431
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和功能实验，鉴定并表征了绝经后骨质疏松症（PMOP）中CD8a+GZMK+T细胞亚群，揭示其通过分泌GzmK抑制破骨细胞生成的新机制 | 首次在PMOP中鉴定出CD8a+GZMK+T细胞亚群，并阐明其通过GzmK-p38-MAPK通路抑制破骨细胞生成的新功能机制 | 研究主要基于小鼠模型，人体样本验证不足；体内功能验证和临床转化潜力需进一步探索 | 探究绝经后骨质疏松症（PMOP）中骨髓T细胞的异质性及其在破骨细胞生成中的调控作用 | 小鼠股骨骨髓T细胞、原代骨髓巨噬细胞（BMMs） | 单细胞组学 | 骨质疏松症 | 单细胞转录组测序、流式细胞术、TRAP染色、免疫荧光染色、qPCR、RNA测序、Western blot | NA | 单细胞转录组数据、基因表达数据、蛋白质印迹数据 | 小鼠股骨骨髓样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 124 | 2025-12-26 |
Setdb1 ablation in macrophages attenuates fibrosis in heart allografts
2025-Jul, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2424534122
PMID:40553495
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了巨噬细胞中Setdb1介导的组蛋白甲基化在心脏同种异体移植物和肿瘤组织纤维化中的关键作用，并提出了靶向FN1与受体相互作用的抗纤维化治疗策略 | 首次在单细胞水平上阐明巨噬细胞中Setdb1通过CCR2-Creb/Setdb1轴调控Fn1表达，进而通过ITGA5和PIRA受体促进纤维化的新机制，并发现该通路在移植排斥和肿瘤免疫排斥中的双重作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限；纤维化抑制对肿瘤发展的长期影响尚未明确；具体受体信号通路细节需进一步解析 | 探究巨噬细胞中Setdb1介导的组蛋白甲基化在组织纤维化中的作用机制，并开发针对纤维化相关疾病的治疗靶点 | 人类和小鼠的心脏同种异体移植物、肿瘤组织、巨噬细胞、成纤维细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 未明确样本数量，包含人类和小鼠心脏移植物及肿瘤组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 125 | 2025-12-23 |
Cmpk2 Protects Against Acute Lung Injury in Mice
2025-Jul-05, Lung
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s00408-025-00829-z
PMID:40616692
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研究论文 | 本研究探讨了线粒体代谢酶Cmpk2在铜绿假单胞菌诱导的急性肺损伤中的作用及其保护机制 | 首次揭示了Cmpk2通过STING依赖的机制增强中性粒细胞吞噬功能并减轻肺部炎症，从而在急性肺损伤中发挥保护作用 | 研究主要基于小鼠和斑马鱼模型，在人体中的直接验证尚不充分，且STING通路的具体调控机制有待进一步阐明 | 探究Cmpk2在急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征中的功能与分子机制 | Cmpk2基因敲除小鼠、斑马鱼胚胎、ARDS患者样本 | 数字病理学 | 急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、ELISA、GO/KEGG分析、苏木精-伊红染色 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据、病理图像、细胞计数数据 | 未明确样本数量，但使用了小鼠模型、斑马鱼胚胎及公共数据库（GEO）中ARDS患者数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 126 | 2025-12-22 |
Single-cell and spatial transcriptomics of stricturing Crohn's disease highlights a fibrosis-associated network
2025-Jul, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02225-y
PMID:40562913
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研究论文 | 本研究结合单细胞和空间转录组学技术，分析了克罗恩病（CD）狭窄病变中的纤维化相关网络 | 首次在CD狭窄病变中配对应用单细胞和空间转录组学，揭示了免疫细胞、炎症成纤维细胞等关键亚群的空间共定位，并将基因表达与肠道生物地理学及遗传风险位点关联 | 样本量相对有限（61个样本来自31名患者），且未涉及长期随访或治疗干预效果评估 | 探究克罗恩病狭窄病变的纤维化机制和细胞网络 | 克罗恩病患者和非炎症性肠病患者的肠道组织样本 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间数据 | 61个样本来自21名CD患者和10名非IBD患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 127 | 2025-12-19 |
scPlantLLM: A Foundation Model for Exploring Single-cell Expression Atlases in Plants
2025-07-11, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf024
PMID:40094454
|
研究论文 | 本文开发了一个名为scPlantLLM的Transformer基础模型，用于处理和分析植物单细胞RNA测序数据，以解决批次整合、细胞类型注释和基因调控网络推断等挑战 | 开发了首个针对植物单细胞数据的Transformer基础模型，采用包含掩码语言建模和细胞类型注释任务的顺序预训练策略，在零样本学习场景下实现了高达0.91的准确率 | 模型主要基于拟南芥数据集进行验证，在其他植物系统中的泛化能力有待进一步评估 | 开发一个先进的计算模型，以解决植物单细胞RNA测序数据分析中的关键挑战，包括批次整合、细胞类型注释和基因调控网络推断 | 植物单细胞RNA测序数据，特别是拟南芥的单细胞表达图谱 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer | 单细胞基因表达数据 | 数百万个植物单细胞数据点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 128 | 2025-12-16 |
Developmental Origins and Oncogenesis in Medulloblastoma
2025-07, Annual review of neuroscience
IF:12.1Q1
|
综述 | 本文综述了髓母细胞瘤的发育起源和致癌机制，重点讨论了其分子亚群的细胞起源、可塑性、异质性以及相关的遗传和表观遗传改变 | 整合了最新的单细胞转录组学研究，提出了各分子亚群特异性遗传-表观遗传改变导致神经发育程序停滞并引发肿瘤的新观点，并强调了靶向特定致癌脆弱性的治疗进展 | NA | 探讨髓母细胞瘤的细胞起源、肿瘤发生机制以及相关治疗策略 | 髓母细胞瘤及其分子亚群 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 129 | 2025-12-13 |
Evolution of SARS-CoV-2 T cell responses as a function of multiple COVID-19 boosters
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115907
PMID:40580476
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研究论文 | 本研究通过一项为期3年的队列研究，探讨了重复接种COVID-19疫苗对适应性免疫的长期影响 | 首次通过长达3年的纵向研究，结合单细胞RNA测序技术，系统揭示了重复疫苗接种后T细胞反应的动态变化与表型特征，并发现了无症状感染对免疫应答的独特影响 | 样本量相对较小（78人），且依赖于自我报告的无症状感染证据，可能存在漏报或误报 | 评估重复COVID-19疫苗接种对适应性免疫（特别是T细胞反应）的长期影响 | 78名未报告有症状感染的个体 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 78名个体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 130 | 2025-12-13 |
Molecular Mechanisms of Perivascular Macrophages in Alzheimer's Disease: Insights from Single-Cell Sequencing and Mendelian Randomization
2025-Jul-07, Cellular and molecular neurobiology
IF:3.6Q2
DOI:10.1007/s10571-025-01590-w
PMID:40622473
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研究论文 | 本研究结合单细胞测序和孟德尔随机化分析，探讨了阿尔茨海默病中血管周围巨噬细胞的分子机制 | 首次将单细胞测序与孟德尔随机化分析结合，系统研究血管周围巨噬细胞在阿尔茨海默病中的分子机制，并识别出四个关键基因 | 研究主要基于公共数据集分析，缺乏实验验证；样本来源和数量可能限制结果的普适性 | 揭示血管周围巨噬细胞在阿尔茨海默病发病和进展中的具体分子机制 | 阿尔茨海默病患者中的血管周围巨噬细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序, 孟德尔随机化分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 表达数量性状位点数据 | 基于GSE264648和eQTLGen数据集，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 131 | 2025-12-06 |
Combined bulk and single-cell transcriptomic analysis reveals cell-type-specific inflammatory crosstalk in pancreatic cancer
2025-Jul-25, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01815-8
PMID:40711603
|
研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞转录组数据，揭示了胰腺导管腺癌中细胞类型特异性的炎症信号串扰，识别了关键调控非编码RNA、枢纽蛋白编码基因及细胞间通讯通路 | 结合bulk和单细胞转录组学分析，首次在PDAC中构建了ceRNA网络并利用单细胞数据解析了枢纽基因的细胞来源，发现了巨噬细胞-内皮细胞CXCL8-ACKR1信号轴 | 研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证；数据来源于公共数据库，可能存在批次效应；单细胞数据样本量有限 | 阐明胰腺导管腺癌的复杂分子和细胞景观，识别可作为预后生物标志物和治疗靶点的关键调控元件 | 胰腺导管腺癌组织及癌旁正常组织 | 生物信息学 | 胰腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | ceRNA网络, PPI网络 | 转录组数据 | 多个GEO数据集中的PDAC和正常组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 132 | 2025-12-06 |
Identification of a fibroblast-derived gene signature reveals prognostic and therapeutic insights in pancreatic cancer
2025-Jul-18, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01801-0
PMID:40676405
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研究论文 | 本研究基于胰腺导管腺癌（PDAC）中成纤维细胞特异性基因特征，构建了一个预后模型，并识别了潜在的治疗靶点基因 | 利用单细胞RNA测序数据，通过高维加权基因共表达网络分析识别PDAC中富集的成纤维细胞亚群，并构建了一个包含14个关键基因的成纤维细胞相关预后特征 | NA | 开发基于成纤维细胞特异性基因特征的预后模型，并识别可作为治疗靶点的关键基因 | 胰腺导管腺癌（PDAC）及癌旁正常组织 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO Cox回归 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 133 | 2025-12-06 |
Single-cell RNA sequencing in human atherosclerotic plaques reveals a novel smooth muscle cell subtype that possesses multi differentiation potential and shapes the microenvironment
2025-Jul-16, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01735-7
PMID:40668312
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据，在人类冠状动脉粥样硬化斑块中发现了一种新型平滑肌细胞亚型SMC_C5，该亚型具有多向分化潜能并能重塑微环境 | 首次在人类冠状动脉粥样硬化斑块中鉴定出SMC_C5这一新型平滑肌细胞亚型，并揭示其与转录因子GABP1的关联及通过ALDOA基因调控代谢、缺氧反应和免疫微环境的新功能 | 研究主要基于生物信息学分析，虽使用ApoE小鼠模型进行验证，但人类样本的验证和机制研究仍需进一步深入 | 探究动脉粥样硬化斑块中平滑肌细胞亚型的异质性及其在疾病发生中的作用 | 人类冠状动脉粥样硬化斑块和平滑肌细胞，以及ApoE小鼠的主动脉斑块 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | pySCENIC | RNA测序数据 | 整合了三个单细胞RNA测序数据集，并使用ApoE小鼠模型进行验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 134 | 2025-12-06 |
Exploring SERTAD4 as a prognostic biomarker and therapeutic target in breast cancer: insights from multidatabase analyses and in vitro studies
2025-Jul-14, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01792-y
PMID:40658117
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研究论文 | 本文通过多数据库分析和体外实验，探讨了SERTAD4作为乳腺癌预后生物标志物和治疗靶点的潜力 | 首次系统性地研究了SERTAD4在乳腺癌中的表达、临床相关性及其作为预后因子和治疗靶点的作用，并揭示了其与PI3K/AKT信号通路的关联 | 研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证，且临床样本量可能有限 | 探索SERTAD4在乳腺癌中的生物学功能、临床意义及其作为治疗靶点的潜力 | 乳腺癌细胞、临床乳腺癌样本、单细胞测序数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、siRNA敲低、分子对接、免疫共沉淀 | NA | 基因表达数据、临床数据、单细胞测序数据 | 临床乳腺癌样本（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 135 | 2025-12-05 |
Eed controls craniofacial osteoblast differentiation and mesenchymal proliferation from the neural crest
2025-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.13.584903
PMID:38558995
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研究论文 | 本研究揭示了PRC2复合物核心亚基Eed在神经嵴诱导后对颅面成骨细胞分化和间充质细胞增殖的关键调控作用 | 首次结合小鼠遗传学、单细胞RNA测序和表观遗传分析，系统阐明了Eed在神经嵴细胞迁移后阶段通过表观遗传调控转录因子程序驱动颅面发育的分子机制 | 研究主要聚焦于胚胎发育阶段，对出生后颅面维持和成年疾病关联的探讨有限 | 探究PRC2复合物在神经嵴诱导后对颅面发育的调控机制 | 小鼠胚胎神经嵴细胞、颅面间充质细胞、原代颅面细胞培养物 | 发育生物学 | 先天性颅面畸形 | 单细胞RNA测序、表观遗传分析 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 136 | 2025-12-05 |
Linear structure unfolding : application to mouse brain in spatial transcriptomics
2025-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference
DOI:10.1109/EMBC58623.2025.11251850
PMID:41335925
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研究论文 | 本文提出了一种用于空间转录组学中分析细长弯曲形状或点云的方法，通过展开线性结构来研究细胞或转录本类型沿主轴的分布 | 结合k-means聚类和旅行商问题优化自动计算形状的中心线，实现沿中心线或垂直方向的细胞或转录本空间分布分析 | NA | 解决空间转录组学中特定形状区域（如细长弯曲结构）的计算分析问题 | 小鼠大脑组织中的细胞或RNA分子点云 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | k-means聚类，旅行商问题优化 | 图像，点云数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 137 | 2025-12-01 |
Deciphering the tumor immune microenvironment: single-cell and spatial transcriptomic insights into cervical cancer fibroblasts
2025-Jul-05, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03432-5
PMID:40616092
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学技术解析宫颈癌肿瘤免疫微环境中成纤维细胞的异质性及其功能 | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和反卷积分析系统鉴定宫颈癌中6种成纤维细胞亚型，发现C0 MYH11+成纤维细胞通过MDK-SDC1信号轴在肿瘤进展中的关键作用 | 研究结果仅部分揭示了CAFs在宫颈癌免疫微环境中的可能作用，需要进一步验证 | 探索宫颈癌肿瘤免疫微环境中成纤维细胞的异质性及其在肿瘤进展和治疗抵抗中的作用 | 宫颈癌组织样本和细胞系 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,反卷积分析,伪时间轨迹映射,荧光激活细胞分选,多重免疫荧光,免疫组织化学 | 预后模型 | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据,批量RNA测序数据,图像数据 | 人类宫颈癌组织样本和培养细胞 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 138 | 2025-11-27 |
Heterochronic parabiosis uncovers AdipoR1 as a critical player in retinal rejuvenation
2025-Jul-18, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adv6642
PMID:40668916
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研究论文 | 本研究通过异时共生模型结合单细胞RNA测序技术，揭示AdipoR1在视网膜年轻化过程中的关键作用 | 首次通过异时共生模型系统分析视网膜衰老的转录组变化，并鉴定AdipoR1-AMPK信号通路作为视网膜年轻化的核心机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类视网膜中验证 | 探索视网膜衰老的分子驱动因素并鉴定抗衰老靶点 | 年轻、年老及异时共生配对小鼠的视网膜组织 | 单细胞转录组学 | 视网膜衰老 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻、年老及异时共生配对小鼠视网膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 139 | 2025-11-24 |
Spatial transcriptomics defines the cell-specific RNA landscape of equine dorsal root ganglia
2025-Jul, Veterinary pathology
IF:2.3Q1
DOI:10.1177/03009858241312623
PMID:39916473
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术绘制了马背根神经节细胞特异性RNA图谱 | 首次将人类细胞标记物成功应用于马背根神经节的空间转录组分析，并验证了其在马组织中的适用性 | 研究仅针对健康成年马匹，尚未应用于疾病状态 | 定义健康成年马背根神经节的空间转录组景观 | 马背根神经节组织 | 空间转录组学 | 神经退行性疾病 | 数字空间分析 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiling | GeoMx数字空间分析平台 |
| 140 | 2025-11-22 |
Epigenetic Adaptation Drives Monocyte Differentiation into Microglia-Like Cells Upon Engraftment into the Central Nervous System
2025-Jul-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612126
PMID:39314467
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示单核细胞在进入中枢神经系统后通过表观遗传重编程获得小胶质细胞特异性标记物表达的能力 | 挑战了传统认为单核细胞与驻留小胶质细胞可通过特定标记物区分的范式，首次证明单核细胞能在中枢神经系统中通过表观遗传适应转化为小胶质细胞样细胞 | NA | 探究单核细胞在中枢神经系统中的表观遗传适应机制及其对小胶质细胞标记物特异性的影响 | 骨髓嵌合体模型中的单核细胞和小胶质细胞 | 表观遗传学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 流式细胞术, 免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 流式细胞数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |