单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-08-03	Cell-type-directed network-correcting combination therapy for Alzheimer's disease 2025-Jul-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.06.035 PMID:40695276	研究论文	本文提出了一种基于细胞类型特异性、多靶点的药物发现策略，用于阿尔茨海默病的治疗	结合单细胞转录组学、药物扰动数据库和临床记录，开发了一种针对不同细胞类型的组合疗法	研究结果基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	开发针对阿尔茨海默病的细胞类型导向的组合疗法	阿尔茨海默病小鼠模型	精准医学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组数据、临床记录	阿尔茨海默病小鼠模型
122	2025-08-03	DGAT: A Dual-Graph Attention Network for Inferring Spatial Protein Landscapes from Transcriptomics 2025-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.05.662121 PMID:40672156	研究论文	提出了一种名为DGAT的双图注意力网络，用于从转录组数据推断空间蛋白质景观	DGAT通过构建整合转录组、蛋白质组和空间信息的异构图，利用图注意力网络学习RNA-蛋白质关系，从而从仅含转录组的空间转录组数据中预测蛋白质表达	NA	填补空间组学中蛋白质水平测量的空白，增强对癌症、免疫学和精准医学的功能解释	空间转录组数据	机器学习	癌症（包括乳腺癌、胶质母细胞瘤和恶性间皮瘤）	空间转录组技术、CITE-seq	双图注意力网络（DGAT）	转录组和蛋白质组数据	公共和内部数据集（包括扁桃体、乳腺癌、胶质母细胞瘤和恶性间皮瘤样本）
123	2025-08-03	A New Tool to Decrease Interobserver Variability in Biomarker Annotation in Solid Tumor Tissue for Spatial Transcriptomic Analysis 2025-Jul-09, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47070531 PMID:40728999	研究论文	开发了一种新工具以减少在固体肿瘤组织中生物标志物注释的观察者间变异性，用于空间转录组分析	开发了一种基于MATLAB的新工具，通过研究者定义的参数自动注释γH2AX阳性或阴性区域，减少了人工注释的变异性	工具的性能依赖于研究者定义的参数，可能在不同实验室或不同条件下需要调整	减少空间转录组数据分析中的观察者间变异性，提高数据注释的准确性和可重复性	辐照后的胶质母细胞瘤组织中的γH2AX标记	数字病理学	胶质母细胞瘤	免疫荧光和空间转录组学	NA	图像和RNA表达数据	NA
124	2025-08-03	Spatia: Multimodal Model for Prediction and Generation of Spatial Cell Phenotypes 2025-Jul-07, ArXiv PMID:40671942	研究论文	提出了一种名为Spatia的多模态模型，用于预测和生成空间细胞表型，整合细胞形态、基因表达和空间背景信息	Spatia模型通过跨注意力机制融合细胞形态和转录组数据，并使用transformer模块在生态位和组织水平上捕获空间依赖性，同时采用生成扩散解码器合成高分辨率细胞图像	未明确提及具体局限性	学习统一的、空间感知的表征，整合细胞形态、基因表达和空间背景信息	细胞形态、基因表达和空间组织	数字病理学	NA	空间转录组学	transformer, 生成扩散模型	图像, 基因表达数据	来自49名捐赠者的1700万细胞-基因对、100万生态位-基因对和1万组织-基因对，涵盖17种组织类型和12种疾病状态
125	2025-08-03	Genetic deficiency of EXOSC10 ribonuclease disrupts spermatogenesis and male fertility in mice 2025-Jul, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110364 PMID:40513949	研究论文	本研究探讨了EXOSC10核糖核酸酶在小鼠雄性生殖细胞减数分裂中的关键作用	首次揭示了EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂中的具体功能及其对精子发生和雄性生育力的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂调控中的作用机制	小鼠雄性生殖细胞	生殖生物学	男性不育症	条件性基因敲除、单细胞RNA-Seq分析	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，使用基因工程小鼠模型
126	2025-08-03	Spatial Transcriptome Analysis Reveals Diverse Human Burn Wound Microenvironment 2025 Jul-Aug, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society IF:3.8Q1 DOI:10.1111/wrr.70061 PMID:40579885	研究论文	该研究利用空间转录组学技术揭示了人类烧伤伤口微环境的多样性	首次应用空间转录组学技术检测烧伤组织中空间基因表达模式，揭示了不同烧伤深度区域的基因表达差异	提供了该技术在烧伤组织研究中的注意事项，需要未来研究进一步验证	理解人类烧伤伤口微环境并识别具有再生潜力的特定区域	人类烧伤组织	数字病理学	烧伤	空间转录组学	NA	空间基因表达数据	未明确说明样本数量
127	2025-08-03	Cross-tissue gene expression interactions from bulk, single cell and spatial transcriptomics with crossWGCNA 2025-Jul-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11747-y PMID:40597567	研究论文	提出了一种基于共表达的跨组织基因表达相互作用分析方法crossWGCNA，用于研究乳腺癌中基质-上皮细胞的通讯	开发了crossWGCNA方法，能够无偏地识别高度相互作用的基因，适用于批量、单细胞和空间转录组数据	未明确提及具体局限性	研究生物系统中细胞、组织或器官间的分子相互作用	乳腺癌中的基质-上皮细胞通讯	生物信息学	乳腺癌	bulk, single cell和spatial transcriptomics	crossWGCNA	转录组数据	NA
128	2025-08-03	cytoKernel: robust kernel embeddings for assessing differential expression of single-cell data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf399 PMID:40658464	研究论文	提出了一种基于核嵌入的稳健方法cytoKernel，用于评估单细胞数据的差异表达	cytoKernel利用单细胞数据的全概率分布模式，能够检测到传统方法忽略的多模态特征变化	方法主要针对单细胞RNA测序和高维流式或质谱细胞术数据，可能不适用于其他类型的数据	开发一种更全面的单细胞数据差异表达分析方法	单细胞RNA测序数据和高维流式或质谱细胞术数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 高维流式细胞术, 质谱细胞术	核嵌入方法	单细胞数据	多个公开可用的单细胞RNAseq和质谱细胞术数据集
129	2025-08-03	Single-cell analysis of gene regulatory networks in the mammary glands of P4HA1-knockout mice 2025-Jul, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011505 PMID:40694594	研究论文	通过单细胞分析研究P4HA1基因敲除小鼠乳腺中基因调控网络的作用	采用单细胞网络推断方法整合单细胞RNA测序与SCENIC流程，构建了基底上皮细胞的基因调控网络，并识别了与癌症起始和进展相关的独特亚群	单细胞数据固有的挑战性可能影响结果的可靠性	探究P4HA1在小鼠乳腺中的作用及其在乳腺癌治疗中的潜在应用	P4HA1敲除小鼠和对照小鼠的基底上皮细胞	基因调控网络分析	乳腺癌	单细胞RNA测序, SCENIC流程	NA	单细胞RNA测序数据	两组小鼠（5Ht对照和6Ho P4HA1敲除）
130	2025-08-01	Pan-cancer Analyses Refine the Single-Cell Portrait of Tumor-Infiltrating Dendritic Cells 2025-Jul-31, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3595 PMID:40742316	研究论文	通过整合33种癌症类型中超过2500个样本的单细胞RNA测序数据，建立了人类树突状细胞（DCs）的全面蓝图，揭示了肿瘤浸润DCs的异质性及其功能潜力	发现了肿瘤中罕见的DCs亚群（如AXL+SIGLEC6+ DCs和Langerhans细胞样DCs），并展示了它们的功能潜力及其转录组特征，同时开发了机器学习模型以指导DCs注释	研究主要基于计算分析，需要进一步的实验验证来确认DCs亚群的功能及其在免疫治疗中的应用潜力	探索肿瘤微环境中DCs的异质性及其在抗肿瘤免疫中的作用，为开发基于DCs的免疫疗法提供见解	肿瘤浸润的树突状细胞（DCs）	数字病理学	泛癌	单细胞RNA测序	机器学习模型	RNA测序数据	超过2500个样本，涵盖33种癌症类型
131	2025-08-01	Identification and validation of tricarboxylic acid cycle-related diagnostic biomarkers for diabetic nephropathy via weighted gene co-expression network analysis and single-cell transcriptome analysis 2025-Jul-31, Acta diabetologica IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s00592-025-02557-5 PMID:40742465	研究论文	通过加权基因共表达网络分析和单细胞转录组分析，识别并验证了三羧酸循环相关的糖尿病肾病诊断生物标志物	首次将三羧酸循环相关基因作为糖尿病肾病的诊断生物标志物进行研究，并构建了诊断模型	研究依赖于公开数据集，未进行独立队列验证	探索三羧酸循环相关基因在糖尿病肾病诊断中的潜力	糖尿病肾病患者的基因表达数据	生物信息学	糖尿病肾病	加权基因共表达网络分析(WGCNA), 单样本基因集富集分析(ssGSEA), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	机器学习模型	基因表达数据	GSE131882和GSE30122数据集中的样本
132	2025-07-30	Dose-escalation studies of mesenchymal stromal cell therapy for decompensated liver cirrhosis: phase Ia/Ib results and immune modulation insights 2025-Jul-29, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02318-4 PMID:40721581	研究论文	该研究通过Ia/Ib期临床试验评估了间充质基质细胞(MSC)治疗失代偿性肝硬化(DLC)的安全性和耐受性，并探讨了其免疫调节效应	首次在人体中证实MSC治疗的剂量效应关系，并鉴定MX1单核细胞作为MSC免疫调节的关键介质	样本量相对较小，且为单臂研究设计	评估MSC治疗DLC的安全性和免疫调节机制	失代偿性肝硬化患者	细胞治疗	肝硬化	单细胞RNA测序、飞行时间质谱细胞术	NA	临床数据、多组学数据	Ia期4个剂量组，Ib期2个剂量组
133	2025-07-30	Interplay between Matrix Viscoelasticity and Integrin Engagement Modulates Cancer-Associated Fibroblast States 2025-Jul-29, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202500389 PMID:40726283	研究论文	本研究探讨了基质粘弹性和整合素结合如何调节癌症相关成纤维细胞（CAFs）的状态，首次在体外模型中展示了这种调控机制	首次展示了基质粘弹性和整合素结合如何共同调节CAFs的状态，并开发了可用于研究CAF功能和靶向治疗的新模型	研究仅在体外模型中进行，尚未在体内验证	理解CAFs亚群的功能并开发治疗策略	癌症相关成纤维细胞（CAFs）	细胞生物学	癌症	单细胞转录组学，藻酸盐水凝胶培养	体外CAF模型	转录组数据，形态学数据	患者来源的CAFs
134	2025-07-30	Ligilactobacillus Murinus and Lactobacillus Johnsonii Suppress Macrophage Pyroptosis in Atherosclerosis through Butyrate-GPR109A-GSDMD Axis 2025-Jul-29, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501707 PMID:40726432	研究论文	研究发现两种肠道益生菌Ligilactobacillus murinus和Lactobacillus johnsonii通过丁酸盐-GPR109A-GSDMD轴抑制动脉粥样硬化中的巨噬细胞焦亡	首次揭示了阿司匹林通过调节肠道菌群及其代谢产物丁酸盐来抑制动脉粥样硬化的机制	研究主要基于小鼠模型和人类队列，需要进一步验证在更广泛人群中的适用性	探索药物-微生物群-代谢物相互作用在动脉粥样硬化中的作用	Ligilactobacillus murinus和Lactobacillus johnsonii两种肠道益生菌	微生物组学	心血管疾病	宏基因组学和代谢组学分析，单细胞测序	NA	微生物组数据，代谢组数据，单细胞测序数据	小鼠模型和人类队列
135	2025-07-30	Refining the resolution of the yeast genotype-phenotype map using single-cell RNA-sequencing 2025-Jul-28, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.93906 PMID:40720279	研究论文	利用单细胞RNA测序技术提高酵母基因型-表型图谱的分辨率	通过大规模单细胞RNA测序数据整合到基因型-表型图谱中，揭示了表型变异与转录组变异之间的新关联	研究仅针对酵母细胞，可能不适用于其他生物系统	提高基因型-表型图谱的分辨率，理解转录组调控在性状变异中的作用	4489个F2分离株的18,233个酵母细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 表达数量性状位点(eQTL)定位	NA	RNA测序数据	18,233个酵母细胞来自4,489个F2分离株
136	2025-07-30	Enhanced Media Optimize Bovine Myogenesis in 2D and 3D Models for Cultivated Meat Applications 2025-Jul-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413998 PMID:40720723	研究论文	本研究通过多组学方法表征了牛肌肉祖细胞（MPCs）体外分化的分子景观，并探索了小分子对其的增强作用，从而在2D和3D培养模型中鉴定出优于传统方法的增强培养基	利用多组学技术和小分子调控，开发出能增强牛肌肉祖细胞分化的新型培养基，并在2D和3D培养模型中验证其效果	研究仅针对牛肌肉祖细胞，未涉及其他物种或细胞类型	开发可持续的体外肉类生产技术	牛肌肉祖细胞（MPCs）	细胞培养与组织工程	NA	多组学分析（转录组学和蛋白质组学），单细胞转录组学	2D培养和3D骨骼肌构建体	分子数据（转录组和蛋白质组数据）	未明确说明具体样本数量
137	2025-07-30	Impact of ATP Synthase Subunit β on TLR Signaling Pathway in Promoting Airway Remodeling and Heterogeneity of Small Airway Epithelial Cells in Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2025-Jul-28, Journal of innate immunity IF:4.7Q2 DOI:10.1159/000547329 PMID:40720940	研究论文	本研究探讨了ATP合成酶亚基β（ATP5B）在慢性阻塞性肺疾病（COPD）发病机制中的作用，重点关注上皮细胞异质性和气道重塑	首次发现ATP5B通过激活TLR信号通路促进COPD气道重塑，并揭示其作为诊断生物标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	阐明COPD中气道重塑和上皮细胞功能障碍的调控机制	小气道上皮细胞和BEAS-2B细胞系	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CS/LPS诱导的COPD小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用BEAS-2B细胞系和小鼠模型
138	2025-07-30	Integrated in vivo combinatorial functional genomics and spatial transcriptomics of tumours to decode genotype-to-phenotype relationships 2025-Jul-28, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-025-01437-1 PMID:40721510	研究论文	开发了一种名为PERTURB-CAST的方法，用于在组织层面识别扰动，并结合空间转录组学技术研究肿瘤的基因型与表型关系	提出了PERTURB-CAST方法和CHOCOLAT-G2P框架，整合了空间转录组学和功能基因组学，用于研究肿瘤异质性	未提及具体样本量或实验验证的广泛性	解码肿瘤的基因型与表型关系	肿瘤组织	功能基因组学	肝癌	空间转录组学（10X Visium）	NA	转录组数据	NA
139	2025-07-30	Leveraging single-cell spatial transcriptomics and connectomics to resolve brain circuit function in psychiatry 2025-Jul-28, Neuropsychopharmacology : official publication of the American College of Neuropsychopharmacology IF:6.6Q1 DOI:10.1038/s41386-025-02178-0 PMID:40721521	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
140	2025-07-30	Deciphering state-dependent immune features from multi-layer omics data at single-cell resolution 2025-Jul-28, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02266-3 PMID:40721531	研究论文	通过单细胞转录组学、宿主遗传学、血浆蛋白质组学和肠道宏基因组学等多层组学数据，构建了一个免疫细胞图谱，揭示了免疫细胞状态依赖的动态调控特征	首次在单细胞分辨率下构建了包含日本人群的多层组学免疫细胞图谱，并揭示了细胞状态依赖的免疫特征	研究主要基于日本人群，可能不适用于其他种族群体	解析免疫细胞状态依赖的特征及其与遗传变异的关系	235名日本人的外周血单个核细胞，包括COVID-19患者和健康个体	生物信息学	COVID-19	单细胞转录组学、血浆蛋白质组学、肠道宏基因组学	NA	单细胞转录组数据、遗传数据、蛋白质组数据、宏基因组数据	235名日本人（包括COVID-19患者和健康个体）的超过150万个外周血单个核细胞