单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 820 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2025-10-06 |
A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis
2025-Jul, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09002-1
PMID:40369080
|
研究论文 | 本研究揭示了人类特异性增强子HARE5通过调控神经祖细胞增殖和神经发生能力来精细调节大脑皮层发育和连接 | 首次证明人类特异性增强子HARE5通过放大经典WNT信号通路调控神经祖细胞行为，促进大脑皮层扩张 | 研究主要依赖基因编辑动物模型和类器官，与真实人类大脑发育存在差异 | 探索人类加速区域HARs在物种特异性大脑皮层发育中的功能作用 | 基因编辑小鼠模型、灵长类模型、人类和黑猩猩神经祖细胞、皮层类器官 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序、基因组编辑、活体成像、谱系分析 | NA | 基因表达数据、成像数据、电生理数据 | 多种基因编辑动物模型和细胞模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 122 | 2025-10-06 |
NFATC3 enhances osteosarcoma progression by increasing PD-L1 and CXCL2 levels
2025-Jul-29, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-02850-x
PMID:40728758
|
研究论文 | 本研究探讨了NFATC3基因通过增加PD-L1和CXCL2表达促进骨肉瘤进展的机制 | 首次揭示NFATC3通过调控PD-L1配体和炎症因子表达促进骨肉瘤进展，并发现其在肿瘤微环境T细胞和巨噬细胞中的高表达 | 研究主要基于细胞系实验，缺乏体内动物模型验证 | 探究NFATC3基因在骨肉瘤中的表达及其对肿瘤进展的影响机制 | 骨肉瘤细胞系(143B、SJSA、HOS、MG63、MNNG)和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 骨肉瘤 | qRT-PCR、单细胞测序、肿瘤细胞与巨噬细胞共培养系统 | 细胞系模型 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 5种骨肉瘤细胞系和多个骨肉瘤测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 123 | 2025-10-06 |
Bi-allelic variants in POPDC2 cause an autosomal recessive syndrome presenting with cardiac conduction defects and hypertrophic cardiomyopathy
2025-Jul-03, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2025.04.016
PMID:40409267
|
研究论文 | 本研究证实POPDC2基因的双等位基因变异会导致常染色体隐性遗传的心脏综合征，表现为心脏传导缺陷和肥厚型心肌病 | 首次发现POPDC2基因变异与人类心脏传导疾病和肥厚型心肌病之间的因果关系，并阐明其通过cAMP结合能力受损影响TREK-1钾通道功能的机制 | 研究样本量较小（仅四个家系），肌肉活检未显示明显的肌病特征 | 探究POPDC2基因变异与心脏传导系统疾病和心肌病的关联机制 | 四个携带POPDC2双等位基因变异的家系患者及人类心脏组织 | 遗传学 | 心脏传导疾病和肥厚型心肌病 | 同源建模，体外电生理研究，单细胞RNA测序，群体遗传数据分析 | NA | 基因组数据，电生理数据，RNA测序数据 | 四个家系，超过100万人的群体遗传数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 124 | 2025-10-06 |
Dose-escalation studies of mesenchymal stromal cell therapy for decompensated liver cirrhosis: phase Ia/Ib results and immune modulation insights
2025-Jul-29, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02318-4
PMID:40721581
|
研究论文 | 本研究通过Ia/Ib期剂量递增试验评估间充质基质细胞治疗失代偿性肝硬化的安全性和免疫调节机制 | 首次在人体中揭示MSC治疗的剂量效应关系和最佳给药方案，并鉴定MX1单核细胞作为MSC诱导免疫调节的关键介质 | 单臂设计、样本量有限、随访时间较短（仅28天） | 评估MSC治疗失代偿性肝硬化的安全性、耐受性和免疫调节作用 | 失代偿性肝硬化患者 | 临床医学 | 肝硬化 | 单细胞RNA测序, 飞行时间细胞术, 多组学分析 | NA | 临床数据, 分子数据 | 多个剂量队列患者（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 125 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome-wide Mendelian randomization and colocalization analyses uncover cell-specific mechanisms in atherosclerotic cardiovascular disease
2025-Jul-03, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2025.06.001
PMID:40555237
|
研究论文 | 本研究开发了一个单细胞水平上的孟德尔随机化和共定位分析流程，用于揭示动脉粥样硬化性心血管疾病的细胞特异性机制 | 首次将顺式孟德尔随机化与共定位分析结合应用于单细胞水平，相比传统的批量RNA测序TWAS方法，能够发现更多细胞特异性的基因-表型关联 | 单细胞eQTL数据集的样本量相对较小 | 通过单细胞转录组分析揭示动脉粥样硬化性心血管疾病的细胞特异性遗传机制 | 14种免疫细胞类型，包括单核细胞和斑块巨噬细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学，全基因组关联分析 | 孟德尔随机化，共定位分析 | 单细胞转录组数据，GWAS数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 126 | 2025-10-06 |
HECLIP: histology-enhanced contrastive learning for imputation of transcriptomics profiles
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf363
PMID:40569046
|
研究论文 | 提出一种名为HECLIP的深度学习框架，能够直接从H&E染色的组织学图像推断空间基因表达谱 | 采用以图像为中心的对比学习策略，减少对空间转录组数据的依赖，实现准确且有生物学意义的基因表达预测 | NA | 开发可扩展的计算方法，弥合组织学成像与转录组学之间的差距 | H&E染色的组织学图像和空间基因表达谱 | 数字病理学 | NA | 深度学习，对比学习 | 深度学习框架 | 图像，基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 127 | 2025-10-06 |
Tryptamine Metabolism and Functionalization in Gut Commensal Bacteria Expand Human Tryptamine Signaling Responses
2025-Jul-18, ACS chemical biology
IF:3.5Q2
DOI:10.1021/acschembio.5c00313
PMID:40577169
|
研究论文 | 本研究通过筛选人类粪便来源的细菌培养物上清液，发现肠道共生菌代谢色胺产生的新型小分子信号分子及其对多种GPCR受体的激动作用 | 首次发现肠道共生菌代谢色胺产生的新型小分子代谢物，并阐明这些代谢物对多种GPCR受体（包括褪黑素受体、P2RY11和GPR55）的激动作用 | 研究主要基于体外实验和动物模型，在人类体内的生理相关性需要进一步验证 | 探索肠道微生物产生的功能性小分子对人类G蛋白偶联受体的调节作用 | 人类粪便来源的肠道共生菌及其代谢产物 | 微生物代谢组学 | NA | 生物活性辅助分离、化学结构表征、单细胞RNA测序 | NA | 化学分析数据、受体活性数据、基因表达数据 | 人类粪便来源的细菌培养物、小鼠肠道组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 128 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals that a high salt diet increases IL6R-JAK1-STAT3 gene signaling pathway activity in intestinal B cells and Tfh cells of salt-sensitive hypertension animal model
2025-Jul-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-11100-z
PMID:40670501
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示高盐饮食通过增强肠道B细胞和Tfh细胞中IL6R-JAK1-STAT3信号通路活性促进盐敏感性高血压的机制 | 首次在盐敏感性高血压模型中应用单细胞RNA测序技术分析肠道免疫细胞，发现高盐饮食特异性激活B细胞和Tfh样细胞中IL-6R-JAK-STAT信号通路 | 研究仅使用Dahl SS大鼠模型，样本量较小，未在人类样本中验证 | 阐明肠道免疫在盐敏感性高血压发展中的作用机制 | Dahl盐敏感性高血压大鼠模型的肠道和血液免疫细胞 | 单细胞基因组学 | 高血压 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6周龄Dahl SS大鼠，正常盐饮食和高盐饮食两组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 129 | 2025-10-06 |
Targeting HK3 in tumor-associated macrophages enhances antitumor immunity through augmenting antigen cross-presentation in cervical cancer
2025-Jul-15, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011948
PMID:40664447
|
研究论文 | 本研究揭示了肿瘤相关巨噬细胞中HK3通过mTOR-TFEB信号轴抑制抗原交叉呈递的机制，并证明靶向HK3可增强抗肿瘤免疫 | 首次发现HK3在TAMs中作为CD8+ T细胞与巨噬细胞交叉调控的关键节点，并阐明其通过mTOR-TFEB通路影响溶酶体活性的新机制 | 临床样本量有限（119例），机制研究主要基于 preclinical 模型 | 探索靶向肿瘤相关巨噬细胞中HK3增强抗肿瘤免疫的治疗策略 | 宫颈癌患者样本、肿瘤相关巨噬细胞、CD8+ T细胞 | 肿瘤免疫学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫共沉淀, 共聚焦显微镜, 体外共培养 | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据, 细胞影像数据 | 119例宫颈癌患者 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 130 | 2025-10-06 |
Deciphering the role of CAPZA2 in neurodevelopmental disorders: insights from mouse models
2025-Jul-15, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08385-1
PMID:40659881
|
研究论文 | 通过小鼠模型研究CAPZA2基因在神经发育障碍中的作用机制 | 首次系统揭示CAPZA2基因缺陷导致神经发育障碍的分子机制和表型特征 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证 | 探究CAPZA2基因在神经发育障碍中的致病机制 | CAPZA2杂合敲除和点突变小鼠模型 | 神经科学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序,行为学分析,形态学分析 | 基因编辑小鼠模型 | 基因表达数据,行为数据,形态学数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 131 | 2025-10-06 |
SPaSE: Spatially resolved pathology scores using optimal transport on spatial transcriptomics data
2025-Jul-16, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101301
PMID:40480226
|
研究论文 | 开发了一种基于最优传输算法的空间病理评分方法SPaSE，用于分析空间转录组数据 | 首次将最优传输算法应用于空间转录组数据分析，能够量化每个空间位置的病理影响程度 | 未明确说明算法的计算复杂度和在大规模数据集上的可扩展性 | 开发空间分辨的病理评分方法以识别组织中的病理变化区域 | 心肌梗死小鼠模型、创伤性脑损伤小鼠模型、杜氏肌营养不良小鼠模型以及人类心肌梗死数据 | 空间转录组学 | 心血管疾病, 神经系统疾病, 肌肉疾病 | 空间转录组技术, 最优传输算法 | 最优传输模型 | 空间转录组数据 | 多个小鼠疾病模型和人类疾病数据 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 132 | 2025-10-06 |
Patient phenotyping for molecular profiling of neck and low back pain - Study protocol
2025 Jul-Dec, Neurobiology of pain (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1016/j.ynpai.2025.100186
PMID:40501484
|
研究论文 | 介绍颈部和腰痛患者分子特征分析的研究方案 | 首次在慢性疼痛研究中整合全面的患者表型分析与多种转录组学技术 | 研究方案描述性文章，尚未展示具体研究结果 | 通过分子特征分析揭示颈部和腰痛的神经生物学机制 | 颈部和腰痛患者及器官捐献者的对照组织 | 数字病理学 | 慢性疼痛 | bulk转录组学, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 临床表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 133 | 2025-10-06 |
Linking single-cell transcriptomes with secretion using SEC-seq
2025-07, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01112-w
PMID:39979460
|
研究论文 | 开发了一种名为SEC-seq的新方法，能够将单个细胞的转录组与其分泌蛋白量关联起来 | 首次实现了在单细胞水平上同时测量转录组和分泌蛋白量的技术，通过纳米孔技术和寡核苷酸条形码标记系统 | 需要特定的纳米孔技术和设备，可能对某些实验室来说设备要求较高 | 研究细胞分泌表型与基因表达状态之间的关联 | T细胞、间充质基质细胞、浆细胞等分泌型细胞 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA测序，流式细胞术，微流控技术 | NA | 单细胞转录组数据，分泌蛋白定量数据 | 数千个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 微流控油包水乳液系统 |
| 134 | 2025-10-06 |
Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115909
PMID:40570367
|
研究论文 | 研究细胞因子混合物对人THP-1巨噬细胞向阿尔茨海默病相关表型重编程的作用 | 首次使用特定细胞因子组合（IL-4、CSF1、IL-34和TGF-β）在体外将人巨噬细胞重编程为AD相关表型 | 研究仅限于体外THP-1巨噬细胞模型，未在体内验证 | 开发阿尔茨海默病相关的体外巨噬细胞模型 | 人THP-1巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序，转录组分析，功能测定 | NA | 基因表达数据，单细胞测序数据 | THP-1巨噬细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 135 | 2025-10-06 |
Resolving the design principles that control post-natal vascular growth and scaling
2025-Jul-16, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101324
PMID:40628258
|
研究论文 | 本研究通过多尺度实验和计算方法揭示了出生后主动脉生长的设计原则 | 发现了主动脉扩张遵循独特的生长原则，包括与血流对齐的两个时空协调的增殖波，以及通过细胞挤出维持稳态尺寸的新机制 | 研究主要关注主动脉，其他器官的生长原则可能不同 | 解析控制出生后血管生长和尺寸缩放的设计原则 | 小鼠主动脉组织 | 计算生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 数学建模 | 数学模型 | 基因表达数据, 细胞增殖数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 136 | 2025-10-06 |
Unveiling the mechanisms of CEBPD-orchestrated TAM polarization through RGS2/PAR2 pathway and its impact on ICB efficacy in clear cell renal cell carcinoma
2025-Jul-13, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010898
PMID:40659446
|
研究论文 | 本研究揭示CEBPD通过RGS2/PAR2轴调控透明细胞肾细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞极化并影响免疫检查点阻断剂疗效的机制 | 首次发现CEBPD作为关键转录因子通过RGS2/PAR2轴调控TAM极化状态，并证实其与ICB疗效的关联 | NA | 探索CEBPs在ccRCC免疫微环境中调控TAM极化的机制及其对免疫检查点阻断治疗的影响 | 透明细胞肾细胞癌中的肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 肾细胞癌 | 单细胞转录组测序, 蛋白质印迹, 免疫荧光, 体外极化实验, 染色质免疫沉淀测序, 双荧光素酶报告实验, 电泳迁移率变动分析 | NA | 转录组数据, 蛋白质数据, 临床标本数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 137 | 2025-10-06 |
Tranquillyzer: A Flexible Neural Network Framework for Structural Annotation and Demultiplexing of Long-Read Transcriptomes
2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.25.666829
PMID:40766630
|
研究论文 | 提出了一种用于长读长单细胞转录组结构注释和解码的灵活神经网络框架 | 采用混合神经网络架构和全局上下文感知设计，能够精确识别结构元件，即使元件因测序噪声或文库构建变异性而发生移位、部分降解或重复 | NA | 开发用于处理长读长单细胞RNA测序数据的深度学习框架 | 长读长单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，长读长测序 | 混合神经网络 | 测序数据 | NA | Oxford Nanopore Technologies | 单细胞RNA-seq | ONT | Oxford Nanopore长读长测序平台 |
| 138 | 2025-10-06 |
Impact of integration on persistent homology clustering and biological signal detection in scRNA-seq data
2025-Jul-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.24.666637
PMID:40766507
|
研究论文 | 本研究应用持久同调分析单细胞RNA测序数据，评估数据整合对拓扑特征和生物学信号检测的影响 | 首次将拓扑数据分析中的持久同调技术系统应用于评估scRNA-seq数据整合效果，提供了一种变形不变的结构模式捕捉框架 | 研究仅基于八种组织类型的数据集，未涵盖所有可能的生物条件和实验协议 | 评估数据整合对单细胞RNA测序数据拓扑特征和生物学可解释性的影响 | 八种不同组织类型的单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 拓扑数据分析 | 持久同调聚类 | 基因表达数据 | 涵盖八种组织类型的多个scRNA-seq数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 139 | 2025-10-06 |
Integrating 12 Spatial and Single Cell Technologies to Characterise Tumour Neighbourhoods and Cellular Interactions in three Skin Cancer Types
2025-Jul-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.25.666708
PMID:40766555
|
研究论文 | 整合12种空间和单细胞技术系统表征三种皮肤癌类型的肿瘤微环境和细胞相互作用 | 首次整合12种互补空间单细胞技术构建正交验证的细胞特征、空间图谱和相互作用网络，发现黑色素细胞-成纤维细胞-T细胞共定位的癌症群落及CD44-FGF2等关键相互作用 | NA | 深入表征皮肤癌微环境并揭示细胞间相互作用机制 | 皮肤鳞状细胞癌(cSCC)、基底细胞癌(BCC)和黑色素瘤三种主要皮肤癌类型 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 空间转录组学、蛋白质组学、糖组学、配体-受体分析、遗传关联图谱 | NA | 空间转录组数据、蛋白质组数据、糖组数据、遗传数据 | 超过500,000个体遗传数据 | NA | 空间转录组学,单细胞技术,多组学整合 | Opal Polaris, RNAScope, Proximal Ligation Assay | 整合四种空间转录组平台，使用Opal Polaris、RNAScope和邻近连接分析进行验证 |
| 140 | 2025-10-06 |
Platelet-Rich Plasma in Cardiovascular Regeneration: Mechanistic Insights, Technological Innovations, and Future Directions
2025-Jul, Reviews in cardiovascular medicine
IF:1.9Q3
DOI:10.31083/RCM39383
PMID:40776966
|
综述 | 本文探讨富血小板血浆在心血管再生医学中的生物学机制、临床应用及技术创新 | 提出结合纳米技术靶向递送系统、CRISPR编辑外泌体和人工智能驱动的个性化治疗策略 | PRP成分因制备方法差异存在变异性，且存在安全性问题 | 推动PRP从经验性治疗向数据驱动型精准干预转变 | 心血管再生医学 | 再生医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，纳米技术，CRISPR基因编辑 | 人工智能 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |