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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2025-10-06 |
Discovery of protein lactylation-associated biomarkers and their potential pathogenic mechanisms in recurrent spontaneous abortion
2025-Jul-18, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146004
PMID:40685048
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,发现复发性自然流产中蛋白质乳酸化相关生物标志物及其致病机制 | 首次在复发性自然流产中系统研究蛋白质乳酸化作用,发现四个乳酸化相关枢纽基因并揭示S100A11通过p38 MAPK-TGF-β1-SMAD-IL-10信号通路调控免疫反应的新机制 | 研究主要基于生物信息学分析和体外功能验证,缺乏体内实验验证和更大样本的临床验证 | 探索蛋白质乳酸化在复发性自然流产中的生物学功能和致病机制 | 复发性自然流产患者样本数据及滋养层细胞 | 生物信息学 | 复发性自然流产 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习, 免疫浸润分析, 功能实验 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 三个公共数据集(GSE214607, GSE26787, GSE165004) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 122 | 2025-10-06 |
Integrative scATAC-seq and mtDNA mutation analysis reveals disease-driven regulatory aberrations in AML
2025-Jul-16, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2025.07.009
PMID:40781032
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞ATAC测序和线粒体DNA突变分析,揭示了急性髓系白血病中疾病驱动的调控异常 | 开发了线粒体单细胞ATAC测序技术(mtscATAC-seq),结合单细胞RNA-seq和机器学习模型,首次系统识别了AML中与复发相关的调控异常和白血病干细胞样克隆 | NA | 解析急性髓系白血病的进展机制并识别预后生物标志物 | 急性髓系白血病细胞 | 单细胞多组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 线粒体DNA追踪, 机器学习建模 | 机器学习模型 | 单细胞染色质可及性数据, 单细胞转录组数据, 线粒体DNA突变数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 线粒体单细胞ATAC测序(mtscATAC-seq) |
| 123 | 2025-10-06 |
Immunosuppressive JAG2+ tumor-associated neutrophils hamper PD-1 blockade response in ovarian cancer by mediating the differentiation of effector regulatory T cells
2025-Jul, Cancer communications (London, England)
DOI:10.1002/cac2.70021
PMID:40120139
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研究论文 | 本研究揭示了JAG2+肿瘤相关中性粒细胞通过促进效应调节性T细胞分化导致卵巢癌免疫抑制和PD-1阻断治疗抵抗的机制 | 首次阐明JAG2+ TANs通过Notch信号通路促进初始CD4+ T细胞分化为eTregs的具体分子机制,并验证靶向该通路可增强PD-1抗体疗效 | 研究主要聚焦于高级别浆液性卵巢癌,其他类型肿瘤的适用性需进一步验证 | 阐明JAG2+肿瘤相关中性粒细胞在高级别浆液性卵巢癌免疫抑制微环境中的作用机制 | 高级别浆液性卵巢癌患者样本、患者来源肿瘤类器官、荷瘤小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 卵巢癌 | 多重免疫组织化学、流式细胞术、单细胞RNA测序、体外共培养系统 | NA | 单细胞RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组织化学图像 | 304例HGSOC样本(274例组成两个独立队列,30例用于建立PDTOs) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 124 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomic applications in orthopedics
2025-Jul, Connective tissue research
IF:2.8Q1
DOI:10.1080/03008207.2025.2501703
PMID:40347072
|
综述 | 本文综述空间转录组学在骨科研究中的应用及其对肌肉骨骼组织基因表达模式解析的变革性影响 | 系统评估多种空间转录组技术(10X Visium、10X Xenium、seqFISH+、MERFISH、NanoString GeoMx DSP)在骨科领域的应用现状 | 仅基于29篇已发表文献进行分析,样本数量有限 | 探讨空间转录组学技术在骨科研究中的应用价值和发展前景 | 肌肉骨骼组织(软骨、关节、骨骼、肌腱、韧带和滑膜) | 空间转录组学 | 骨科疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 29篇已发表论文 | 10X Genomics, NanoString | 空间转录组学 | 10X Visium, 10X Xenium, NanoString GeoMx DSP | 10X Visium(22篇论文使用)、10X Xenium、seqFISH+、MERFISH、NanoString GeoMx DSP |
| 125 | 2025-10-06 |
Identification of matrix stiffness-related molecular subtypes in HCC via integrating multi-omics analysis and machine learning algorithms
2025-Jul-01, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06733-7
PMID:40598539
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研究论文 | 通过整合多组学分析和机器学习算法识别肝细胞癌中基质硬度相关的分子亚型 | 整合10种聚类算法和101种机器学习组合构建了包含57个基因的基质硬度相关特征,并发现PPARG是关键基因 | NA | 研究基质硬度在肝细胞癌预后和治疗反应中的作用 | 肝细胞癌患者和多组学数据 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 多组学分析,单细胞RNA测序,空间转录组学 | 机器学习算法组合 | 多组学数据,基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 126 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals anterograde trans-synaptic degeneration and exacerbated synaptic remodeling in myopia
2025-Jul, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01489-y
PMID:40610752
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示近视中前向跨突触退化和突触重塑加剧的机制 | 首次发现近视可加剧视网膜神经节细胞凋亡并诱导前向跨突触退化,为理解近视发病机制提供新实验依据 | 研究未明确说明样本来源和具体数量 | 探究前向跨突触退化在近视发生发展中的作用机制 | 视网膜神经节细胞和视觉皮层突触 | 单细胞测序分析 | 近视 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 127 | 2025-10-06 |
Innate Immune Remodeling Drives Therapy Resistance via Macrophage-NK Cell Crosstalk
2025-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.22.666055
PMID:40777338
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了靶向治疗过程中肿瘤免疫微环境的动态演变,发现巨噬细胞-NK细胞相互作用是治疗耐药的关键机制 | 首次识别了治疗过程中的免疫转折点,发现独特的巨噬细胞亚群通过CCR2/5信号调控NK细胞招募,并证实Ptpn22抑制可恢复NK细胞浸润 | 主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限,需要更大规模临床研究确认 | 探究靶向治疗过程中肿瘤免疫微环境的动态变化及其对治疗耐药的影响 | 小鼠黑色素瘤模型、人类黑色素瘤和肺癌患者样本 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤, 肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和人类患者样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 128 | 2025-10-06 |
Programmable microparticles rewire CAR signaling to enable super-physiological expansion of human T cells in vitro
2025-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.17.665438
PMID:40777491
|
研究论文 | 利用可编程PLGA微粒重编程CAR信号通路,实现人类T细胞的超生理扩增 | 首次使用可编程微粒通过外部控制CAR信号通路,实现人类CAR-T细胞持续100天以上的超生理扩增 | 研究仅限于体外实验,尚未进行体内验证 | 探索如何通过外部编程最大化人类CAR-T细胞的增殖能力 | 人类CD8 CAR-T细胞 | 细胞工程 | NA | 单细胞测序,转录组分析 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 129 | 2025-10-06 |
Pan-cancer human brain metastases atlas at single-cell resolution
2025-Jul-14, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.025
PMID:40215980
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析构建泛癌种人类脑转移图谱,揭示脑转移的细胞特征和肿瘤微环境 | 首次在单细胞分辨率下构建跨癌种的脑转移综合图谱,识别出脑转移相关的恶性细胞元程序和五种不同的脑转移生态型 | 样本量相对有限,可能无法完全代表所有脑转移亚型 | 研究不同癌种脑转移的细胞状态特征和肿瘤微环境重塑 | 108例脑转移样本和111例原发肿瘤样本 | 单细胞基因组学 | 脑转移癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 219个样本(108个脑转移,111个原发肿瘤) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 130 | 2025-10-06 |
Gland- and cell-level heterogeneity in the prostate: A narrative review of related diseases
2025-Jul, Current urology
IF:0.9Q4
DOI:10.1097/CU9.0000000000000269
PMID:40765528
|
综述 | 本文综述了前列腺腺体和细胞水平异质性与相关疾病的关系 | 系统阐述了前列腺不同区域细胞类型分布异质性及其对疾病分布的影响,提出了club/hillock细胞的干细胞特性和免疫细胞诱导的炎症环境对疾病机制的新解释 | 当前研究尚无法精确回答前列腺异质性的具体机制问题 | 探讨前列腺腺体和细胞水平异质性及其与疾病分布的关系 | 前列腺组织、良性前列腺增生(BPH)、前列腺癌(PCa) | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞测序技术、分子组学研究 | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 131 | 2025-10-06 |
CYCLONE: recycle contrastive learning for integrating single-cell gene expression data
2025-Jul-30, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06214-0
PMID:40739171
|
研究论文 | 提出一种基于循环对比学习的单细胞基因表达数据整合方法CYCLONE | 采用循环对比学习网络,通过循环更新MNN对并增强KNN对来识别批次特异性细胞类型,避免批次效应过度校正 | NA | 整合单细胞转录组测序数据以减少批次效应 | 单细胞基因表达数据 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习网络, VAE | 基因表达数据 | 模拟和真实scRNA-seq数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 132 | 2025-10-06 |
Columbianadin targets TRIM7 to maintain P2X7 palmitoylation, inhibiting cuproptosis in synovial M2 macrophages
2025-Jul-30, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157091
PMID:40768810
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研究论文 | 本研究揭示了天然植物化学物质Columbianadin通过靶向TRIM7维持P2X7棕榈酰化,从而抑制滑膜M2巨噬细胞铜死亡的分子机制 | 首次鉴定TRIM7作为新型铜死亡警报蛋白,并阐明了CBN通过TRIM7-ZDHHC5-P2X7轴调控铜流出的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值仍需进一步验证 | 探究CBN治疗创伤性滑膜炎的分子机制,为其临床转化提供理论依据 | 小鼠滑膜组织和M2巨噬细胞 | 分子生物学 | 创伤性滑膜炎 | 单细胞测序,生物信息学分析,荧光共定位,ICP-MS,酰基-生物素交换实验 | NA | 基因表达数据,蛋白质定位数据,金属离子浓度数据 | 小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 133 | 2025-10-06 |
Exploration and Application of Malignant Cell Heterogeneity Analysis with Single-Cell Transcriptome Sequencing Technology
2025-Jul-25, Aging and disease
IF:7.0Q1
DOI:10.14336/AD.2025.0836
PMID:40768639
|
综述 | 探讨单细胞转录组测序技术在恶性肿瘤细胞异质性分析中的应用与前景 | 提出将单细胞测序技术的研究重点从肿瘤微环境中的免疫和基质细胞转向恶性肿瘤细胞本身的范式转变 | 当前单细胞RNA测序应用仍主要集中于免疫和基质细胞群体,对肿瘤细胞异质性的研究相对不足 | 阐明肿瘤细胞异质性,提高诊断精度和治疗效果 | 恶性肿瘤细胞及其异质性 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 134 | 2025-10-06 |
Role of APE1 redox function in chronic rhinosinusitis pathogenesis: Implications for targeted therapy
2025-Jul-17, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.07.004
PMID:40683569
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研究论文 | 本研究探讨APE1氧化还原功能在慢性鼻窦炎发病机制中的作用及其靶向治疗潜力 | 首次系统阐明APE1氧化还原功能在慢性鼻窦炎伴鼻息肉发病中的关键作用,并验证其抑制剂C10的治疗效果 | 研究样本来源和数量未明确说明,动物模型与人体病理可能存在差异 | 阐明APE1氧化还原功能在慢性鼻窦炎发病机制中的作用并评估其靶向治疗潜力 | 人类鼻组织、CRS小鼠模型、气液界面培养的人鼻上皮细胞和BEAS-2B细胞 | 病理机制研究 | 慢性鼻窦炎 | 单细胞RNA测序、免疫组化、Western blot、定量RT-PCR、转录组分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、组织图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 135 | 2025-10-06 |
Single-cell and spatial transcriptomics map senescent vascular cells in arterial remodeling during atherosclerosis in mice
2025-Jul-14, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-00889-z
PMID:40660002
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学技术绘制了小鼠动脉粥样硬化过程中衰老血管细胞的图谱 | 首次系统揭示了动脉粥样硬化中衰老血管细胞的异质性,并鉴定出包含Spp1、Ctsb和Tnfrsf11b的血管特异性衰老转录组特征 | 研究主要基于小鼠模型,人类验证仅限于体外VSMC衰老模型 | 系统研究动脉粥样硬化中衰老血管细胞的异质性及其在血管重塑中的作用 | 小鼠主动脉血管细胞(血管平滑肌细胞、成纤维细胞、T细胞)和人类VSMC体外模型 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 两种小鼠动脉粥样硬化模型(p16-tdTomato和Ldlr;p16-3MR) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 136 | 2025-10-06 |
miRNA centered regulatory networks identify FN1 and miR27b as metastatic drivers in HPV negative head and neck cancer
2025-Jul-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-08646-3
PMID:40593296
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研究论文 | 本研究通过构建miRNA中心调控网络,识别了FN1和miR-27b作为HPV阴性头颈癌转移的关键驱动因子 | 开发了基于miRNA调控网络的转移预测模型,在大型HPV阴性HNSC队列中验证了FN1/miR-27b轴在转移中的作用机制 | 研究主要基于转录组数据,需要进一步的功能验证和临床前瞻性研究 | 揭示HPV阴性头颈鳞状细胞癌转移的调控机制并开发预测模型 | HPV阴性头颈鳞状细胞癌患者肿瘤样本 | 生物信息学 | 头颈癌 | 转录组测序,单细胞RNA测序,体外功能验证 | miRNA中心调控网络模型 | RNA-seq数据,单细胞RNA-seq数据 | 333例HPV阴性HNSC肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 137 | 2025-10-06 |
Deciphering antigen-specific T cell navigation tactics and cancer immune evasion in co-cultures
2025-Jul-31, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08568-w
PMID:40745217
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研究论文 | 本研究通过共培养系统揭示了抗原特异性T细胞的导航策略和癌细胞免疫逃逸机制 | 首次系统研究了共培养后T细胞运动行为的演变,揭示了T细胞方向持久性增强和与癌细胞形成持久相互作用的新机制 | 研究基于2.5D共培养系统,可能与体内真实微环境存在差异 | 阐明T细胞在肿瘤微环境中的导航策略和癌细胞免疫逃逸机制 | 抗原特异性T细胞和癌细胞 | 癌症免疫学 | 癌症 | 定量细胞轨迹分析,计算建模,RNA测序 | 计算模型 | 细胞轨迹数据,基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 138 | 2025-10-06 |
Single-cell map of the healthy human immune system across the lifespan reveals unique infant immune signatures
2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.28.667181
PMID:40766403
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研究论文 | 通过单细胞技术绘制健康人类免疫系统在整个生命周期中的变化图谱,揭示婴儿期独特的免疫特征 | 首次在生命周期尺度上结合单细胞转录组和染色质可及性分析,系统揭示婴儿免疫系统的独特组成和SOX4+ naïve T细胞群的特征 | 样本量相对有限(95人),仅分析外周血单个核细胞,未涉及组织驻留免疫细胞 | 阐明人类免疫系统从婴儿期到老年期的连续重塑过程 | 95名健康个体(2个月至88岁)的外周血单个核细胞,包括婴儿、儿童、成人和老年人 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞核ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据 | 95名健康个体(婴儿27人, 儿童23人, 成人18人, 老年人27人) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 139 | 2025-10-06 |
Maternal opioid use with and without hepatitis C infection disrupts the structure and immune landscape of the maternal-fetal interface
2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.30.667651
PMID:40766448
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示母体阿片类药物使用障碍对胎盘结构和免疫环境的破坏作用 | 首次结合空间转录组学和单细胞转录组学系统分析OUD对母胎界面的影响,并考虑HCV感染的协同作用 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证发现 | 探究母体阿片类药物使用障碍对胎盘组织结构和免疫功能的影响 | 胎盘组织及母胎界面细胞 | 空间生物学 | 成瘾性疾病与肝炎 | 流式细胞术,组织学,空间转录组学,单细胞转录组学,CellChat分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据,流式细胞数据,组织学图像 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 140 | 2025-10-06 |
A Novel 14-Gene Panel Associated With Efferocytosis for Predicting Pancreatic Cancer Prognosis Through Bulk and Single-Cell Databases
2025-Jul-30, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/FBL40818
PMID:40765357
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量转录组数据,识别了一个与胞葬作用相关的14基因预后特征面板,用于预测胰腺癌预后 | 首次构建了基于胞葬作用的14基因预后特征面板,并通过深度学习建立了ER风险评分系统 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限,需要进一步的功能研究确认机制 | 探索胞葬作用在胰腺导管腺癌进展中的作用,并建立预后预测模型 | 胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本和肿瘤微环境中的细胞 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序, 免疫组织化学, 细胞周期分析, 多重免疫荧光染色 | LASSO回归, 随机生存森林, 深度学习 | 基因表达数据, 临床生存数据 | 来自TCGA和GEO数据库的多个数据集,包含167个ER特征 | NA | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 | NA | NA |