单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-08-05	Comparative ScRNA-Seq Profiling of Antigen-Specific CD4+ T cells in Semi-Allogeneic Transplantation and Pregnancy Reveals Intersecting Signatures of Rejection and Tolerance 2025-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.06.663404 PMID:40672265	研究论文	通过单细胞RNA测序比较半同种异体移植和妊娠中抗原特异性CD4+ T细胞的转录状态，揭示排斥和耐受的交叉特征	首次在移植和妊娠模型中系统比较了抗原特异性CD4+ T细胞的转录状态，发现了排斥和成功妊娠中激活的滤泡和非滤泡效应表型的显著重叠	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证有限	探索移植和妊娠免疫中抗原特异性CD4+ T细胞的转录状态差异	抗原特异性CD4+ T细胞（包括常规T细胞和调节性T细胞）	免疫学	移植排斥/妊娠免疫	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠模型（包括初次妊娠、父系皮肤致敏妊娠模型、同种异体心脏移植模型）及部分人类数据集
102	2025-08-05	Metabolic Analysis of Tumor Cells Within Ameloblastoma at the Single-Cell Level 2025-Jul, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15239 PMID:39737843	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了成釉细胞瘤肿瘤细胞的代谢异质性	首次在单细胞水平上揭示了成釉细胞瘤肿瘤细胞的代谢异质性，并确定了线粒体编程和糖酵解是影响肿瘤细胞代谢特征的主要因素	研究仅基于3个供体的17,284个细胞，样本量相对较小	表征成釉细胞瘤肿瘤细胞在单细胞分辨率下的代谢异质性	成釉细胞瘤肿瘤细胞	单细胞组学	成釉细胞瘤	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	3个供体的17,284个细胞
103	2025-08-05	CCL19+ Fibroblasts Promote Tertiary Lymphoid Structure in Oral Lichen Planus: A Retrospective Study 2025-Jul, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15266 PMID:39962879	研究论文	本研究探讨了口腔扁平苔藓(OLP)中适应性免疫的启动机制，特别关注诱导性三级淋巴结构(iTLSs)和基质-免疫微环境的作用	首次在单细胞分辨率水平上揭示了OLP中iTLSs的细胞组成和成纤维细胞-免疫细胞相互作用，并发现CCL19+成纤维细胞在T细胞趋化中的关键作用	这是一项回顾性研究，样本量有限，且机制研究主要在组织水平进行	阐明口腔扁平苔藓的发病机制，特别是三级淋巴结构和基质-免疫微环境的作用	口腔扁平苔藓患者组织和临床数据	数字病理学	口腔疾病	单细胞RNA测序，多重免疫荧光染色	NA	基因表达数据，图像数据	回顾性收集的OLP患者临床数据
104	2025-08-04	Integrated system for screening tumor-specific TCRs, epitopes, and HLA subtypes using single-cell sequencing data 2025-Jul-31, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-012029 PMID:40744664	研究论文	开发了一种利用单细胞测序数据筛选肿瘤特异性TCRs、表位和HLA亚型的集成系统	提出了一种快速组装TCR的方法，并开发了HLA敲除的HEK-293T细胞作为抗原呈递细胞，以及Jurkat NFAT-GFP报告细胞系用于筛选抗原反应性TCRs	仅在小规模HPV16特异性TCRs筛选中验证了系统效能，样本量有限	推进TCR-T免疫治疗，开发高效、可扩展的方法识别肿瘤特异性TCRs	肿瘤特异性TCRs、表位和HLA亚型	免疫治疗	宫颈癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	来自HPV16阳性宫颈癌患者的已发表数据集
105	2025-08-04	Integrative network pharmacology and multi-omics reveal anisodamine hydrobromide's multi-target mechanisms in sepsis 2025-Jul-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-13187-w PMID:40744980	研究论文	本文通过整合网络药理学、机器学习、免疫学分析、分子模拟和单细胞转录组学，揭示了氢溴酸山莨菪碱在脓毒症中的多靶点作用机制	首次整合多种技术方法揭示氢溴酸山莨菪碱在脓毒症中的多靶点作用机制，并发现ELANE和CCL5作为核心调控因子	研究结果需要进一步的临床验证	阐明氢溴酸山莨菪碱在脓毒症治疗中的作用机制	氢溴酸山莨菪碱及其在脓毒症中的作用靶点	网络药理学与多组学分析	脓毒症	网络药理学、机器学习、免疫学分析、分子模拟、单细胞转录组学	生存模型（AUC: 0.72-0.95）	多组学数据（转录组、蛋白质相互作用网络等）	NA
106	2025-08-04	Multi-omics analysis unveiled fibroblast-mediated pathogenesis in male genital lichen sclerosus 2025-Jul-31, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01453-3 PMID:40745572	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了成纤维细胞在男性生殖器硬化性苔藓发病机制中的关键作用	首次构建了男性生殖器硬化性苔藓的全面细胞图谱，揭示了成纤维细胞通过胶原-CD44轴和APP-CD74信号通路与T细胞及角质形成细胞的相互作用机制	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步功能验证	阐明男性生殖器硬化性苔藓的发病机制和潜在组织学生物标志物	男性生殖器硬化性苔藓患者组织样本	数字病理学	皮肤病/硬化性苔藓	多组学分析（包括单细胞RNA测序和全基因组关联研究）	NA	基因组数据/转录组数据	NA
107	2025-08-04	Single-cell sequencing-based study of ferroptosis mechanisms in heat stroke: identification of key biomarkers and dynamic analysis of the immune microenvironment 2025-Jul-31, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02188-3 PMID:40745616	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
108	2025-08-04	Comprehensive single-cell transcriptomic analysis reveals fibroblast subpopulations and the prognostic association of COMT in prostate cancer progression， COMT ， COMT 2025-Jul-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10624-8 PMID:40721434	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示前列腺癌中成纤维细胞亚群及COMT在癌症进展中的预后关联	首次在前列腺癌中通过单细胞RNA测序鉴定出三种不同的成纤维细胞亚群，并发现COMT作为肿瘤微环境的关键调节因子和预后标志物	需要进一步研究验证COMT在前列腺癌进展和治疗抵抗中的机制作用	探索前列腺癌中成纤维细胞的分子特征及COMT表达的预后意义	前列腺癌样本中的成纤维细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫荧光检测	Cox回归模型	RNA测序数据, 临床数据	来自GEO数据库和TCGA数据库的前列腺癌样本
109	2025-08-04	Negative pressure mechanical signal increases the phosphorylation of eNOS Ser1177 by upregulating HSP90 expression to promote wound angiogenesis 2025-Jul-26, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.07.041 PMID:40721022	研究论文	本研究探讨了负压伤口治疗（NPWT）通过上调HSP90表达促进伤口血管生成的生物力学机制	揭示了GNAS/CREB1/HSP90轴在NPWT诱导的机械刺激中的作用机制，为治疗干预提供了新靶点	研究主要在体外和动物模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	阐明负压伤口治疗促进血管生成的生物力学机制	伤口血管生成过程及相关分子机制	生物医学工程	慢性伤口	单细胞测序、Ch-IP、Co-IP、分子对接	大鼠背部伤口模型	分子生物学数据	未明确说明
110	2025-08-04	DNFE: Directed network flow entropy for detecting tipping points during biological processes 2025-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013336 PMID:40729372	research paper	提出了一种名为DNFE的方法，用于在生物过程中检测临界点及其驱动网络	开发了基于有向网络的流熵方法（DNFE），能够处理高维小样本数据，特别是单细胞数据，并在识别临界状态和动态网络生物标志物方面表现出色	未明确提及方法的计算复杂度或在大规模数据集上的实际应用限制	识别生物过程中的临界点及其驱动网络，以预防或延迟灾难性结果	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和批量数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	DNFE	omics数据	六个真实数据集，包括三个单细胞数据集、两个批量肿瘤数据集和一个血液数据集
111	2025-08-04	Phenotypic Analysis of Nasal CD69+ CD4+ Tissue-Resident Memory T Cells in Eosinophilic Chronic Rhinosinusitis With Nasal Polyps 2025-Jul, Journal of rhinology : official journal of the Korean Rhinologic Society DOI:10.18787/jr.2025.00025 PMID:40744699	研究论文	本研究分析了嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者鼻腔CD69+ CD4+组织驻留记忆T细胞的表型和功能特征	首次详细描述了嗜酸性慢性鼻窦炎患者鼻腔CD69+ CD103- CD4+ T细胞的表型特征及其与疾病严重程度的关系	样本来源仅限于接受内窥镜鼻窦手术的患者，可能无法代表所有患者群体	阐明嗜酸性慢性鼻窦炎发病机制中组织驻留记忆T细胞的作用	嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的鼻腔组织和外周血样本	免疫学	慢性鼻窦炎	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	流式细胞数据、RNA测序数据	接受内窥镜鼻窦手术的嗜酸性慢性鼻窦炎患者样本
112	2025-08-03	Single-cell transcriptomics reveals biomarker heterogeneity linked to CDK4/6 Inhibitor resistance in breast cancer cell lines 2025-Jul-31, NPJ breast cancer IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s41523-025-00803-1 PMID:40738893	研究论文	通过单细胞转录组学揭示乳腺癌细胞系中与CDK4/6抑制剂耐药性相关的生物标志物异质性	首次在单细胞水平上展示了CDK4/6抑制剂耐药性的生物标志物和通路的显著异质性，并提出了一个潜在的耐药性特征	研究主要基于细胞系模型，临床样本验证有限	探究乳腺癌细胞系中CDK4/6抑制剂耐药性的生物标志物异质性	七种未接触过palbociclib的luminal乳腺癌细胞系及其耐药衍生细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	七种乳腺癌细胞系及其耐药衍生细胞
113	2025-08-03	Protocol for automated graph-based clustering of single-cell RNA-seq data with application in mouse intestinal stem cells 2025-Jul-31, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.104000 PMID:40748762	研究论文	本文介绍了一种从小鼠肠道中分离高度纯化的隐窝上皮细胞进行单细胞RNA测序的协议，并展示了其在肠道干细胞数据集中的应用	提出了一个优化的单细胞RNA测序协议，并引入了ACDC这一高效的Python包，用于自动化基于图的细胞群体聚类	协议主要针对小鼠空肠优化，虽然可以适应其他肠道区域，但可能需要额外调整	开发并验证一个高效的单细胞RNA测序数据分析流程，用于识别细胞群体	小鼠肠道隐窝上皮细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基于图的聚类	基因表达数据	NA
114	2025-08-03	Isorhapontigenin alleviates pulmonary fibrosis by inhibiting oxidative stress-induced senescence via STAT3/PRDX2 signals in alveolar epithelial cells 2025-Jul-31, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115287 PMID:40749611	研究论文	本文研究了异鼠李素通过抑制氧化应激诱导的衰老来缓解肺纤维化的作用机制	发现异鼠李素通过STAT3/PRDX2信号通路抑制氧化应激诱导的肺泡上皮细胞衰老，为肺纤维化治疗提供了新的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和BEAS-2B细胞，尚未进行临床试验	探索异鼠李素在肺纤维化治疗中的作用机制	肺泡上皮细胞和肺纤维化组织	生物医学	肺纤维化	网络药理学、蛋白质组学、分子对接、DARTS分析、LC-MS/MS、单细胞测序	小鼠模型和BEAS-2B细胞模型	蛋白质组学数据和单细胞测序数据	未明确提及样本数量，但使用了小鼠模型和BEAS-2B细胞
115	2025-08-03	Comprehensive analysis of cholesterol metabolism-related genes in prostate cancer: integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing 2025-Jul-30, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03294-5 PMID:40736630	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建并验证了一个与胆固醇代谢基因相关的预后特征，用于预测前列腺癌患者的预后	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，构建胆固醇代谢基因相关的预后特征，并探索其生物学、临床和治疗意义	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	构建和验证一个胆固醇代谢基因相关的预后特征，以预测前列腺癌患者的预后	前列腺癌患者	数字病理	前列腺癌	RNA测序, 单细胞RNA测序	LASSO	RNA测序数据	TCGA PRAD数据集及三个外部队列
116	2025-08-03	Comprehensive insight on immune landscape in intracerebral hemorrhage patients with single-cell RNA sequencing: from blood to hematoma 2025-Jul-30, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03518-z PMID:40739271	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探究了脑出血患者血肿和血液样本中免疫细胞的转录组特征	首次从血肿样本中研究脑出血患者的免疫细胞转录组特征，并揭示了Toll样受体4在脑出血中的作用	样本量较小（4名脑出血患者和3名健康志愿者）	探究脑出血患者血肿和血液中免疫细胞的转录组特征及其在疾病中的作用	脑出血患者的血肿和血液样本，以及健康志愿者的血液样本	单细胞转录组学	脑出血	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	RNA测序数据	4名脑出血患者和3名健康志愿者
117	2025-08-03	CanCellCap: robust cancer cell capture across tissue types on single-cell RNA-seq data by multi-domain learning 2025-Jul-30, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02337-1 PMID:40739511	研究论文	提出了一种名为CanCellCap的多领域学习框架，用于在单细胞RNA测序数据中跨组织类型识别癌细胞	结合领域对抗学习和专家混合模型，同时提取不同组织中基因表达谱的共同和特定模式，并通过掩蔽-重建策略适应不同测序平台的数据	未明确提及具体局限性	开发一个鲁棒且准确的框架，用于跨平台、组织类型和癌症类型识别癌细胞	单细胞RNA测序数据中的癌细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	多领域学习框架(结合领域对抗学习和Mixture of Experts)	单细胞RNA测序数据	在13种组织类型、23种癌症类型和7种测序平台的33个基准数据集上进行测试
118	2025-08-03	Nitidine chloride may mediate its antitumor effects by targeting kinesin family member 20A in colorectal cancer cells 2025-Jul-24, World journal of clinical oncology IF:2.6Q3 DOI:10.5306/wjco.v16.i7.108666 PMID:40741189	研究论文	本研究探讨了氯化硝基嘧啶（NC）通过靶向驱动蛋白家族成员20A（KIF20A）在结直肠癌细胞中发挥抗肿瘤作用的机制	首次揭示了NC与KIF20A的高亲和力结合及其在结直肠癌细胞中的表达下调作用	需要进一步通过KIF20A敲除实验确认NC的结合特异性和机制作用	研究KIF20A在结直肠癌细胞中的表达特征及其作为NC抑制结直肠癌治疗的潜在靶基因	结直肠癌细胞及临床样本（208例结直肠癌组织和208例非癌对照组织）	癌症研究	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、免疫组织化学染色、CRISPR技术、分子对接、RNA测序	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据、分子对接数据	416例临床样本（208例结直肠癌组织和208例非癌对照组织）及多种结直肠癌细胞系
119	2025-08-03	Integration of Untargeted Metabolomics, Network Pharmacology, Single-Cell RNA Sequencing, and Molecular Dynamics Simulation Reveals GOT1, CYP1A2, and CA2 as Potential Targets of Huang Qin Decoction Preventing Colorectal Cancer Liver Metastasis 2025-Jul-17, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/ph18071052 PMID:40732339	研究论文	本研究通过整合代谢组学、网络药理学、单细胞RNA测序和分子动力学模拟，揭示了黄芩汤预防结直肠癌肝转移的潜在靶点GOT1、CYP1A2和CA2	首次整合多种技术手段（代谢组学、网络药理学、scRNA-seq、分子动力学模拟）系统解析黄芩汤抗结直肠癌肝转移的多靶点作用机制	研究主要基于计算预测和体外实验，缺乏大规模临床样本验证	阐明黄芩汤治疗结直肠癌肝转移的活性成分、作用靶点及分子机制	黄芩汤（HQD）及其对结直肠癌肝转移的治疗作用	网络药理学	结直肠癌	非靶向代谢组学、网络药理学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子动力学模拟、原子力显微镜（AFM）	分子对接模型、分子动力学模拟模型	代谢组数据、单细胞转录组数据、分子相互作用数据	小鼠模型（具体数量未明确）及体外细胞实验
120	2025-08-03	A Novel Hypoxia-Immune Signature for Gastric Cancer Prognosis and Immunotherapy: Insights from Bulk and Single-Cell RNA-Seq 2025-Jul-16, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47070552 PMID:40729021	研究论文	本研究开发了一种新的缺氧-免疫相关基因特征，用于胃癌的预后评估和免疫治疗策略指导	整合了bulk和单细胞RNA-seq数据，识别了与缺氧和免疫相关的五个关键基因，构建了一个新的预后特征	研究依赖于公开数据库的数据，未进行实验验证	开发胃癌预后评估和免疫治疗响应的生物标志物	胃癌患者	生物信息学	胃癌	RNA-seq（包括bulk和单细胞）	Cox回归分析	基因表达数据	TCGA-STAD数据集和GSE84437队列