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当前共找到 801 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2025-12-06 |
Single-cell RNA sequencing in human atherosclerotic plaques reveals a novel smooth muscle cell subtype that possesses multi differentiation potential and shapes the microenvironment
2025-Jul-16, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01735-7
PMID:40668312
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据，在人类冠状动脉粥样硬化斑块中发现了一种新型平滑肌细胞亚型SMC_C5，该亚型具有多向分化潜能并能重塑微环境 | 首次在人类冠状动脉粥样硬化斑块中鉴定出SMC_C5这一新型平滑肌细胞亚型，并揭示其与转录因子GABP1的关联及通过ALDOA基因调控代谢、缺氧反应和免疫微环境的新功能 | 研究主要基于生物信息学分析，虽使用ApoE小鼠模型进行验证，但人类样本的验证和机制研究仍需进一步深入 | 探究动脉粥样硬化斑块中平滑肌细胞亚型的异质性及其在疾病发生中的作用 | 人类冠状动脉粥样硬化斑块和平滑肌细胞，以及ApoE小鼠的主动脉斑块 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | pySCENIC | RNA测序数据 | 整合了三个单细胞RNA测序数据集，并使用ApoE小鼠模型进行验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 102 | 2025-12-06 |
Exploring SERTAD4 as a prognostic biomarker and therapeutic target in breast cancer: insights from multidatabase analyses and in vitro studies
2025-Jul-14, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01792-y
PMID:40658117
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研究论文 | 本文通过多数据库分析和体外实验，探讨了SERTAD4作为乳腺癌预后生物标志物和治疗靶点的潜力 | 首次系统性地研究了SERTAD4在乳腺癌中的表达、临床相关性及其作为预后因子和治疗靶点的作用，并揭示了其与PI3K/AKT信号通路的关联 | 研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证，且临床样本量可能有限 | 探索SERTAD4在乳腺癌中的生物学功能、临床意义及其作为治疗靶点的潜力 | 乳腺癌细胞、临床乳腺癌样本、单细胞测序数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、siRNA敲低、分子对接、免疫共沉淀 | NA | 基因表达数据、临床数据、单细胞测序数据 | 临床乳腺癌样本（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 103 | 2025-12-06 |
Study on the prediction model of liver cancer based on chronic liver disease and the related molecular mechanism
2025 Jul-Dec, Annals of hepatology
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.aohep.2024.101572
PMID:39278407
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研究论文 | 本研究基于慢性肝病数据，开发了一个用于预测肝细胞癌预后的模型，并探讨了相关分子机制 | 通过整合肝炎、肝硬化和肝细胞癌数据集，识别了10个与预后相关的肝病进展基因，并基于这些基因建立了预后模型，同时利用单细胞测序揭示了MIF信号通路在肝细胞癌进展中的作用 | 研究依赖于公开数据库数据，可能受数据质量和样本异质性限制，且模型需进一步外部验证 | 开发一个新型预测模型以准确分类肝细胞癌，改善患者生存率 | 肝细胞癌患者数据，包括肝炎、肝硬化和肝细胞癌相关基因表达数据 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序，多变量Cox回归分析，生存分析，药物敏感性分析 | 预后模型（基于多变量Cox分析） | 基因表达数据 | 从TCGA和GEO数据库获取的HCV、肝硬化和肝细胞癌数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 104 | 2025-12-05 |
Eed controls craniofacial osteoblast differentiation and mesenchymal proliferation from the neural crest
2025-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.13.584903
PMID:38558995
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研究论文 | 本研究揭示了PRC2复合物核心亚基Eed在神经嵴诱导后对颅面成骨细胞分化和间充质细胞增殖的关键调控作用 | 首次结合小鼠遗传学、单细胞RNA测序和表观遗传分析，系统阐明了Eed在神经嵴细胞迁移后阶段通过表观遗传调控转录因子程序驱动颅面发育的分子机制 | 研究主要聚焦于胚胎发育阶段，对出生后颅面维持和成年疾病关联的探讨有限 | 探究PRC2复合物在神经嵴诱导后对颅面发育的调控机制 | 小鼠胚胎神经嵴细胞、颅面间充质细胞、原代颅面细胞培养物 | 发育生物学 | 先天性颅面畸形 | 单细胞RNA测序、表观遗传分析 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 105 | 2025-12-05 |
Linear structure unfolding : application to mouse brain in spatial transcriptomics
2025-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference
DOI:10.1109/EMBC58623.2025.11251850
PMID:41335925
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研究论文 | 本文提出了一种用于空间转录组学中分析细长弯曲形状或点云的方法，通过展开线性结构来研究细胞或转录本类型沿主轴的分布 | 结合k-means聚类和旅行商问题优化自动计算形状的中心线，实现沿中心线或垂直方向的细胞或转录本空间分布分析 | NA | 解决空间转录组学中特定形状区域（如细长弯曲结构）的计算分析问题 | 小鼠大脑组织中的细胞或RNA分子点云 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | k-means聚类，旅行商问题优化 | 图像，点云数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 106 | 2025-12-01 |
Deciphering the tumor immune microenvironment: single-cell and spatial transcriptomic insights into cervical cancer fibroblasts
2025-Jul-05, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03432-5
PMID:40616092
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学技术解析宫颈癌肿瘤免疫微环境中成纤维细胞的异质性及其功能 | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和反卷积分析系统鉴定宫颈癌中6种成纤维细胞亚型，发现C0 MYH11+成纤维细胞通过MDK-SDC1信号轴在肿瘤进展中的关键作用 | 研究结果仅部分揭示了CAFs在宫颈癌免疫微环境中的可能作用，需要进一步验证 | 探索宫颈癌肿瘤免疫微环境中成纤维细胞的异质性及其在肿瘤进展和治疗抵抗中的作用 | 宫颈癌组织样本和细胞系 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,反卷积分析,伪时间轨迹映射,荧光激活细胞分选,多重免疫荧光,免疫组织化学 | 预后模型 | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据,批量RNA测序数据,图像数据 | 人类宫颈癌组织样本和培养细胞 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 107 | 2025-11-27 |
Heterochronic parabiosis uncovers AdipoR1 as a critical player in retinal rejuvenation
2025-Jul-18, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adv6642
PMID:40668916
|
研究论文 | 本研究通过异时共生模型结合单细胞RNA测序技术，揭示AdipoR1在视网膜年轻化过程中的关键作用 | 首次通过异时共生模型系统分析视网膜衰老的转录组变化，并鉴定AdipoR1-AMPK信号通路作为视网膜年轻化的核心机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类视网膜中验证 | 探索视网膜衰老的分子驱动因素并鉴定抗衰老靶点 | 年轻、年老及异时共生配对小鼠的视网膜组织 | 单细胞转录组学 | 视网膜衰老 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻、年老及异时共生配对小鼠视网膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 108 | 2025-11-24 |
Spatial transcriptomics defines the cell-specific RNA landscape of equine dorsal root ganglia
2025-Jul, Veterinary pathology
IF:2.3Q1
DOI:10.1177/03009858241312623
PMID:39916473
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术绘制了马背根神经节细胞特异性RNA图谱 | 首次将人类细胞标记物成功应用于马背根神经节的空间转录组分析，并验证了其在马组织中的适用性 | 研究仅针对健康成年马匹，尚未应用于疾病状态 | 定义健康成年马背根神经节的空间转录组景观 | 马背根神经节组织 | 空间转录组学 | 神经退行性疾病 | 数字空间分析 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiling | GeoMx数字空间分析平台 |
| 109 | 2025-11-22 |
Epigenetic Adaptation Drives Monocyte Differentiation into Microglia-Like Cells Upon Engraftment into the Central Nervous System
2025-Jul-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612126
PMID:39314467
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示单核细胞在进入中枢神经系统后通过表观遗传重编程获得小胶质细胞特异性标记物表达的能力 | 挑战了传统认为单核细胞与驻留小胶质细胞可通过特定标记物区分的范式，首次证明单核细胞能在中枢神经系统中通过表观遗传适应转化为小胶质细胞样细胞 | NA | 探究单核细胞在中枢神经系统中的表观遗传适应机制及其对小胶质细胞标记物特异性的影响 | 骨髓嵌合体模型中的单核细胞和小胶质细胞 | 表观遗传学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 流式细胞术, 免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 流式细胞数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 110 | 2025-11-15 |
scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution
2025-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.613754
PMID:39345504
|
研究论文 | 提出首个从DNA序列建模单细胞分辨率多组学数据的框架scooby | 首个在单细胞分辨率从序列建模scRNA-seq覆盖度和scATAC-seq插入谱的框架，通过细胞特异性解码器和预训练模型微调实现 | NA | 理解调控DNA元件如何影响单个细胞中的基因表达，建立统一的基因调控模型 | 造血系统数据集中的单细胞多组学数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 多组学分析 | 基于Borzoi预训练模型的深度学习框架 | 基因组序列, 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 111 | 2025-11-07 |
PLIN2 promotes colorectal cancer progression through CD36-mediated epithelial-mesenchymal transition
2025-Jul-10, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07836-1
PMID:40640171
|
研究论文 | 本研究揭示了PLIN2通过稳定CD36蛋白表达促进结直肠癌上皮-间质转化和肿瘤进展的分子机制 | 首次发现PLIN2通过抑制CD36蛋白的蛋白酶体降解途径稳定其表达，进而促进EMT过程和结直肠癌进展 | NA | 构建可靠的预后预测模型并阐明结直肠癌进展的关键分子机制 | 结直肠癌细胞、临床标本、组织芯片 | 生物信息学 | 结直肠癌 | WGCNA、单细胞RNA测序、空间转录组、免疫沉淀、免疫荧光 | LASSO回归、Cox回归、Kaplan-Meier生存分析 | 基因表达谱、临床数据 | 120个免疫细胞表达谱及临床标本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | NA |
| 112 | 2025-10-28 |
CROPseq-multi: a universal solution for multiplexed perturbation in high-content pooled CRISPR screens
2025-Jul-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.17.585235
PMID:38558968
|
研究论文 | 开发了一种名为CROPseq-multi的多重CRISPR筛选系统，用于在高质量集合筛选中实现通用多重扰动 | 开发了具有多功能读出兼容性的CROPseq-inspired慢病毒系统，支持单个和组合扰动，在条形码识别和扰动性能方面表现优异 | NA | 开发兼容多种筛选方法的多重CRISPR扰动系统 | CRISPR筛选系统和遗传扰动技术 | 基因编辑技术 | NA | CRISPR-Cas9基因编辑，单细胞RNA测序，光学集合筛选 | NA | 基因表达数据，条形码序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，光学集合筛选 | NA | NA |
| 113 | 2025-07-17 |
Unveiling new therapeutic targets for esophageal cancer treatment through single-cell transcriptomics: pH-responsive nanobubbles enhance the efficacy of 125I radiotherapy
2025-Jul-15, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03552-2
PMID:40665303
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 114 | 2025-10-23 |
MerQuaCo: a computational tool for quality control in image-based spatial transcriptomics
2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.04.626766
PMID:39677693
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研究论文 | 开发用于图像空间转录组学数据质量控制的自动化计算工具MerQuaCo | 首个能够自动检测和量化空间转录组学数据缺陷的计算工具，无需人工输入 | 研究基于641个小鼠脑切片数据，主要针对Vizgen MERSCOPE平台 | 开发空间转录组学数据质量控制的自动化方法 | 641个新鲜冷冻成年小鼠脑切片 | 空间转录组学 | NA | 图像空间转录组学 | NA | 空间转录组图像数据 | 641个小鼠脑切片 | Vizgen | 空间转录组学 | MERSCOPE | Vizgen MERSCOPE平台 |
| 115 | 2025-10-22 |
Single cell RNA-sequencing reveals no evidence for meiotic sex chromosome inactivation in the threespine stickleback fish
2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.26.625488
PMID:39651240
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示三刺棘鱼在精子发生过程中不存在减数分裂性染色体失活现象 | 首次在三刺棘鱼中发现性染色体在减数分裂期间保持基因表达活性，未形成浓缩的性染色体小体，这与哺乳动物等物种的MSCI模式截然不同 | 研究仅针对三刺棘鱼一个物种，需要更多鱼类物种的验证来确认MSCI在硬骨鱼类中的保守性 | 探究三刺棘鱼在精子发生过程中是否存在减数分裂性染色体失活现象 | 三刺棘鱼的性染色体(X和Y染色体)及其在精子发生过程中的基因表达模式 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, 免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 免疫荧光图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 116 | 2025-10-16 |
Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher
2025-Jul-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03682-8
PMID:40702544
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研究论文 | 提出一种名为Decipher的深度生成模型，用于整合单细胞基因组学数据并可视化正常与异常细胞状态间的转变 | 开发首个能联合建模和可视化正常与扰动单细胞RNA-seq数据中基因表达和细胞状态的深度生成模型 | NA | 开发计算工具以整合跨条件的单细胞基因组学数据并表征正常到异常细胞状态的转变 | 单细胞RNA测序数据中的细胞状态 | 机器学习 | 胰腺炎、急性髓系白血病、胃癌 | 单细胞RNA测序 | 深度生成模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 117 | 2025-10-05 |
Snail1 as a key prognostic biomarker of cancer-associated fibroblasts in breast tumors
2025-07, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189316
PMID:40222423
|
综述 | 本文总结了Snail1作为癌症相关成纤维细胞关键预后生物标志物在乳腺肿瘤中的作用 | 揭示了Snail1相关基因特征在CAFs中的预后潜力，并强调了表达Snail1的成纤维细胞的纤维化和免疫抑制作用 | 基于现有研究的综述性分析，缺乏原始实验数据验证 | 探讨CAF生物标志物在癌症预后中的价值，特别关注Snail1的作用 | 乳腺癌患者样本和小鼠模型中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 118 | 2025-10-05 |
CXCL13 as a Prognostic Biomarker and Modulator of the Tumor Microenvironment in Colorectal Cancer
2025 Jul-Aug, Journal of digestive diseases
IF:2.3Q3
DOI:10.1111/1751-2980.70001
PMID:40804009
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研究论文 | 本研究探讨CXCL13作为预后生物标志物在结直肠癌肿瘤微环境中的作用 | 首次系统评估CXCL13在结直肠癌中的预后价值及其与CD8+T细胞的相互作用机制 | 研究基于多个独立队列但需要进一步实验验证CXCL13调控CD8+T细胞功能的具体机制 | 探究CXCL13对结直肠癌患者预后和肿瘤免疫微环境的影响 | 结直肠癌患者和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 免疫组织化学,多重免疫组织化学,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,组织切片图像,单细胞测序数据 | 四个独立队列(包括TCGA队列和Renji医院队列) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 119 | 2025-10-06 |
Single-cell profiling of bone metastasis ecosystems from multiple cancer types reveals convergent and divergent mechanisms of bone colonization
2025-Jul-09, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100888
PMID:40412393
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析多种癌症类型骨转移生态系统的异质性 | 首次在多种癌症类型的骨转移中识别出三种不同的生态系统原型，并发现骨转移原型与组织来源相关性较弱 | 样本量相对有限(42例骨转移样本)，需要更大规模研究验证 | 研究不同癌症类型骨转移生态系统的异质性和趋同机制 | 8种癌症类型的42例骨转移样本 | 单细胞组学 | 骨转移癌 | 单细胞RNA测序,免疫组化,生物信息学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,组织切片图像,批量RNA测序数据 | 42例骨转移样本(单细胞测序),158例骨转移样本(验证分析) | NA | 单细胞RNA测序,空间转录omics | NA | NA |
| 120 | 2025-10-05 |
An Intrinsic-hoc Framework for Heterogeneous Cellular Senescence Elucidation Using Deep Graph Representation Learning and Experimental Validation
2025-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.01.662364
PMID:40631080
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研究论文 | 提出一种基于深度图表示学习的框架DeepSAS，用于从单细胞RNA-seq数据中解析衰老细胞的异质性 | 开发了首个结合深度图表示学习和实验验证的本征框架，能够稳健地识别衰老细胞类型及其相关基因 | NA | 解析衰老细胞的异质性及其相关基因，增进对衰老和年龄相关疾病的理解 | 健康眼部细胞图谱和特发性肺纤维化数据集中的衰老细胞 | 机器学习 | 年龄相关疾病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 深度图表示学习 | 单细胞RNA-seq数据，空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组学验证平台 |