单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-07-12	Distinct roles of HMOX1 on tumor epithelium and macrophage for regulation of immune microenvironment in ovarian cancer 2025-Jul-09, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002829 PMID:40638251	研究论文	本研究探讨了铁死亡相关因子HMOX1在卵巢癌免疫微环境调控中的双重作用	揭示了HMOX1在肿瘤上皮细胞和巨噬细胞中的不同作用及其通过不同信号通路调控免疫微环境的机制	仅针对卵巢癌进行研究，未涉及其他癌症类型	阐明铁死亡相关因子在免疫微环境调控中的作用	卵巢癌样本中的肿瘤上皮细胞和巨噬细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	scRNA-seq, 免疫组化, western blot, mIHC	小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质表达数据	来自TCGA、GTEx、GEO数据库的卵巢癌样本及小鼠模型
102	2025-07-12	Integrated single-cell sequencing for the development of a GJA4-based precision immuno-prognostic model in melanoma 2025-Jul-09, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102450 PMID:40639089	研究论文	通过整合单细胞测序技术，开发了一个基于GJA4的精准免疫预后模型，用于黑色素瘤的研究	首次将GJA4识别为肿瘤相关内皮细胞中的关键标记基因，并建立了一个基于GJA4的风险模型，用于预测黑色素瘤的预后和治疗靶点	研究主要依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制，且实验验证部分仍需进一步扩展	探索肿瘤相关内皮细胞与肿瘤之间的相互作用及其分子机制，开发精准免疫预后模型	黑色素瘤患者和胶质瘤患者的RNA-seq、微阵列数据及单细胞RNA测序数据	数字病理	黑色素瘤	RNA-seq、微阵列、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	基于GJA4的风险模型	RNA-seq数据、微阵列数据、scRNA-seq数据	来自TCGA和GEO数据库的黑色素瘤和胶质瘤患者数据
103	2025-07-12	Novel multi-omics analysis revealing metabolic heterogeneity of breast cancer cell and subsequent development of associated prognostic signature 2025-Jul-09, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102444 PMID:40639090	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和临床数据，揭示了乳腺癌细胞的代谢异质性，并开发了相关的预后特征	揭示了乳腺癌中与糖酵解重编程和免疫调节相关的代谢异质性，并构建了一个具有强大预后能力的代谢风险特征	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于PDCD1基因的功能研究	提高乳腺癌的预后预测和治疗策略	乳腺癌细胞及其肿瘤微环境	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序, WGCNA	机器学习算法	RNA测序数据, 临床数据	多个队列的乳腺癌患者样本
104	2025-07-12	Enhancer-driven gene regulatory networks reveal transcription factors governing T cell adaptation and differentiation in the tumor microenvironment 2025-Jul-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.04.030 PMID:40425012	研究论文	通过增强子驱动的基因调控网络揭示转录因子在肿瘤微环境中调控T细胞适应和分化的机制	利用单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序的多组学数据，揭示了KLF2和BATF转录因子在调控Trm样TIL形成中的相反作用，以及TGF-β信号通路的重要性	研究主要基于模型系统，未涉及人类患者样本的验证	探究肿瘤微环境中CD8 T细胞异质性及组织驻留记忆T细胞（Trm）样TIL的形成机制	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）中的CD8 T细胞	免疫学	实体瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	感染和癌症模型中的T细胞受体（TCR）匹配的CD8 T细胞
105	2025-07-12	Cholinergic neuron-to-glioblastoma synapses in a human iPSC-derived co-culture model 2025-Jul-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102534 PMID:40541171	研究论文	该研究通过人类诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的胆碱能神经元与患者来源的胶质母细胞瘤（GBM）类器官共培养系统，揭示了胆碱能神经元与GBM细胞之间的突触连接及其对肿瘤进展的影响	首次在人类细胞系统中研究了胆碱能神经元与GBM的突触连接，并揭示了这些连接通过CHRM3受体促进肿瘤增殖的机制	研究仅基于体外共培养系统，未在体内模型中验证结果	探究胆碱能神经元与胶质母细胞瘤之间的相互作用及其对肿瘤生物学的影响	人类诱导多能干细胞衍生的胆碱能神经元和患者来源的胶质母细胞瘤类器官	癌症神经科学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、钙成像、电子显微镜	hiPSC衍生的共培养模型	基因表达数据、图像数据	患者来源的GBM类器官和hiPSC衍生的胆碱能神经元共培养系统
106	2025-07-12	Integrin β1 activity controls colony morphology during human pluripotent stem cell state transitions 2025-Jul-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102538 PMID:40541174	research paper	该研究探讨了整合素β1在调节人类诱导多能干细胞（hiPSCs）原始和初始状态中的作用	揭示了整合素β1在调节多能干细胞状态中的新作用，并展示了整合素抑制剂如何帮助在体外微调hiPSC的功能和特性	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境的影响	研究整合素β1在人类诱导多能干细胞状态转换中的调控作用	人类诱导多能干细胞（hiPSCs）	干细胞生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA
107	2025-07-12	Chronic cerebral hypoperfusion induces venous dysfunction via EPAS1 regulation in mice 2025-Jul-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61614-3 PMID:40628749	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示了慢性脑低灌注通过EPAS1调控诱导静脉功能障碍的机制	首次发现EPAS1在静脉细胞中的特异性激活及其与脑血管异常的关联	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限	探究脑血管损伤导致血管性痴呆的分子机制	小鼠皮层血管细胞和人类血管内皮细胞	神经科学	血管性痴呆	单细胞转录组测序、活体成像	小鼠双侧颈总动脉狭窄模型	基因表达数据、影像数据	小鼠模型及人类血管内皮细胞样本
108	2025-07-12	Identifying propionate metabolism-related genes as biomarkers of sepsis development and therapeutic targets 2025-Jul-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06463-2 PMID:40628770	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析脓毒症患者和健康对照者外周血单个核细胞中丙酸代谢的差异，并构建脓毒症诊断模型	首次将丙酸代谢相关基因作为脓毒症发展的生物标志物和治疗靶点进行研究，并使用机器学习构建诊断模型	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步验证	探索丙酸代谢在脓毒症中的作用机制，并开发诊断模型	脓毒症患者和健康对照者的外周血单个核细胞	生物信息学	脓毒症	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习	LASSO, XGBoost, CatBoost, NGBoost	RNA-seq数据	NA
109	2025-07-12	Thioredoxin regulates T cell proliferation and aggravates the severity of influenza a virus infection 2025-Jul-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10676-w PMID:40629048	研究论文	该研究通过多组学方法鉴定了TXN作为T细胞增殖的关键靶基因，并阐明了其与甲型流感病毒(IAV)感染的密切关联	首次将TXN鉴定为IAV感染期间T细胞增殖的靶基因，并提出了T细胞死亡新机制的非凋亡形式假说	未明确解释IAV感染后T细胞发育是否受到负调控	探究IAV感染期间T细胞的免疫变化及相关靶基因	甲型流感病毒(IAV)感染过程中的T淋巴细胞	免疫学	流感	转录组分析、单细胞转录组分析、差异分析、WGCNA、Friends分析	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
110	2025-07-12	CAF-derived GLUT1 and its role in modulating ovarian cancer progression: a multi-dimensional analysis of the tumor microenvironment 2025-Jul-08, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08380-6 PMID:40629043	研究论文	本研究通过多维分析揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）中GLUT1在卵巢癌微环境中的作用及其对肿瘤进展的影响	首次发现GLUT1在CAFs中的高表达并通过TGF-β1/p38/MMP2/MMP9通路促进卵巢癌细胞增殖和迁移，同时利用单细胞RNA测序和3D生物打印模型验证了这一机制	研究主要基于体外模型和生物信息学分析，缺乏临床样本的验证	探究CAFs中葡萄糖代谢重编程在卵巢癌进展中的作用机制	卵巢癌微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤微环境研究	卵巢癌	单细胞RNA测序、生物信息学分析、3D生物打印	3D生物打印模型	RNA测序数据、生物信息学数据	NA
111	2025-07-12	Single-cell analysis links DCUN1D5 to immune remodeling and cisplatin resistance in recurrent osteosarcoma 2025-Jul-08, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08409-w PMID:40629059	研究论文	通过单细胞分析揭示了DCUN1D5在复发性骨肉瘤中的免疫重塑和顺铂耐药性中的作用	首次将DCUN1D5基因与骨肉瘤的免疫微环境重塑和顺铂耐药性联系起来，并发现其通过外泌体影响破骨细胞前体成熟	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的体内实验验证	探究骨肉瘤复发和顺铂耐药的机制，特别是从肿瘤微环境的角度	复发性骨肉瘤及其微环境	肿瘤生物学	骨肉瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	NA	RNA测序数据	整合了多个单细胞RNA测序数据集（具体样本量未明确说明）
112	2025-07-12	Integrating single-cell and spatial transcriptomics reveals the cellular heterogeneity of vestibular schwannoma 2025-Jul-08, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01028-y PMID:40629113	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组学技术，揭示了前庭神经鞘瘤的细胞异质性	发现了一种富含VEGFA的施万细胞亚型，并通过空间转录组学验证了其存在，同时构建了前庭神经鞘瘤组织的初步细胞图谱	样本量较小（3个单细胞RNA测序样本和2个空间转录组样本），可能影响结果的普遍性	探索前庭神经鞘瘤的发展和空间异质性机制	前庭神经鞘瘤组织	数字病理学	前庭神经鞘瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	3个单细胞RNA测序样本（VS1-3）和2个空间转录组样本（VS_S1-2）
113	2025-07-12	Mechanistic study of CTHRC1 in promoting Wilms' tumor progression by regulating M2-type tumor-associated macrophages polarization 2025-Jul-08, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06752-4 PMID:40629408	研究论文	本研究探讨了CTHRC1在Wilms瘤进展中的作用及其通过调节M2型肿瘤相关巨噬细胞极化的分子机制	揭示了CTHRC1通过TNFSF9-TNFRSF9轴调控M2-TAMs极化的新机制，并发现M2-TAMs通过激活PI3K/Akt通路促进Wilms瘤进展	未明确说明样本量大小及具体实验条件限制	探究CTHRC1在Wilms瘤进展中的作用机制	Wilms瘤组织和M2型肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤生物学	Wilms瘤	单细胞测序、RT-qPCR、Western blot、免疫组化、免疫荧光、转录组测序	异种移植模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织切片图像	NA
114	2025-07-12	Horizontal gene transfer-mediated enhancement of gut antifungal defense facilitates host plant adaptation in an invasive pest 2025-Jul-08, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115970 PMID:40638393	研究论文	该研究揭示了入侵性害虫通过水平基因转移获取几丁质酶基因以增强肠道抗真菌防御，从而适应新寄主植物的机制	首次发现入侵性害虫通过水平基因转移获取细菌来源的几丁质酶基因，并证实该基因在肠道抗真菌免疫和寄主适应性中的关键作用	研究仅针对一种入侵性害虫和特定寄主植物，其他物种或寄主系统中的普适性尚未验证	探究水平基因转移在入侵性害虫适应新寄主植物过程中的作用机制	入侵性害虫美国白蛾(Hyphantria cunea)及其五种寄主植物	进化生物学	NA	比较转录组学、单细胞转录组学、系统发育分析、RNA干扰、重组蛋白功能验证	NA	转录组数据、蛋白活性数据	五种寄主植物和人工饲料饲养的幼虫样本
115	2025-07-12	Global transcriptome characterization of peripheral blood mononuclear cells in individuals with chronic HIV infection 2025-Jul-08, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111082 PMID:40639496	研究论文	本研究通过RNA-seq技术探索了不同HIV感染群体外周血单核细胞（PBMCs）的免疫代谢差异	首次在不同HIV感染群体（IRs、INRs、TPs和ECs）中系统比较了PBMCs的免疫代谢特征差异，并发现CD8+ T细胞亚群的代谢通路特异性变化	样本量较小（仅18例），且未验证代谢变化与临床结局的因果关系	揭示HIV感染不同进展阶段的免疫代谢特征差异	HIV感染者的外周血单核细胞（包括4例IRs、5例INRs、5例TPs和4例ECs）	免疫代谢组学	HIV感染/艾滋病	RNA-seq单细胞测序	NA	转录组数据	18例HIV感染者PBMCs样本（4IRs+5INRs+5TPs+4ECs）
116	2025-07-12	Smpd3 regulates odontoblast differentiation through the Shh-Gli1 pathway 2025-Jul-08, Bone IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.bone.2025.117587 PMID:40639673	研究论文	本研究探讨了Smpd3通过Shh-Gli1通路调控成牙本质细胞分化的分子机制	首次发现Smpd3在成牙本质细胞分化中的关键作用，并揭示其通过Shh-Gli1通路调控牙本质形成的分子机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类细胞中进行验证	探索牙本质形成过程中成牙本质细胞分化的分子调控机制	小鼠牙乳头细胞(mDPCs)和牙胚	发育生物学	牙科疾病	单细胞RNA测序、siRNA敲低、RNA测序、体外培养	NA	RNA测序数据、分子标记数据	小鼠牙乳头细胞和牙胚样本
117	2025-07-12	SUMO-activating enzyme subunit 1 (SAE1) promotes non-small cell lung cancer metastasis by promoting the epithelial-mesenchymal transition through the SUMOylation of N-cadherin 2025-Jul-08, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-023-2662-y PMID:40643801	研究论文	本研究揭示了SUMO激活酶亚基1（SAE1）通过SUMO化N-钙黏蛋白促进非小细胞肺癌转移的机制	首次发现SAE1通过SUMO化N-钙黏蛋白促进上皮-间质转化（EMT），从而推动非小细胞肺癌的转移	未明确SAE1在其他类型癌症中的作用，临床样本量有限	探究SAE1在非小细胞肺癌转移中的作用机制	非小细胞肺癌细胞及患者痰液样本	癌症生物学	非小细胞肺癌	蛋白表达谱分析、单细胞测序、痰液薄片技术	NA	蛋白质组数据、单细胞测序数据、临床样本数据	非小细胞肺癌组织样本及患者痰液样本（数量未明确）
118	2025-07-12	Identification of biomarkers and exploration of mechanisms for atopic dermatitis based on transcriptome and scRNA-seq data analysis 2025-Jul-04, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042291 PMID:40629565	research paper	本研究通过生物信息学方法识别特应性皮炎的生物标志物并探索其机制	结合转录组和单细胞RNA测序数据分析，识别出7个关键基因作为AD的潜在生物标志物，并通过伪时间分析探索了角质形成细胞在AD发病机制中的作用	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证	识别特应性皮炎的生物标志物并探索其发病机制	特应性皮炎(AD)	生物信息学	特应性皮炎	转录组测序, scRNA-seq	NA	基因表达数据	两个转录组数据集(GSE16161和GSE32924)和一个scRNA-seq数据集(GSE180885)
119	2025-07-12	Large-Scale Production of Expandable Hepatoblast Organoids and Polarised Hepatocyte Organoids From hESCs Under 3D Static and Dynamic Suspension Conditions 2025-Jul, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70001 PMID:39921573	研究论文	开发了一种新的培养系统，用于在3D静态和动态悬浮条件下从人类胚胎干细胞(hESCs)大规模生产可扩展的肝母细胞类器官(HB-orgs)和成熟的极化肝细胞类器官(P-hep-orgs)	使用低浓度Matrigel支持的3D悬浮条件，开发了新的培养系统，能够大规模生产功能性的肝细胞类器官	NA	开发大规模生产功能性hESC衍生肝细胞的方法，用于细胞治疗、疾病建模、药理学和毒理学研究	人类胚胎干细胞(hESCs)	细胞生物学	NA	scRNA-seq	NA	NA	NA
120	2025-07-12	Klotho Regulates Club Cell Senescence and Differentiation in Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2025-Jul, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70000 PMID:39930762	研究论文	探讨Klotho（KL）在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中调节俱乐部细胞衰老和分化的作用	首次揭示了KL通过调节hnRNPA2/B1和neddylation影响俱乐部细胞衰老的机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证有限	阐明KL在COPD炎症和俱乐部细胞衰老中的作用机制	COPD患者肺组织和香烟烟雾诱导的COPD小鼠模型	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），SA-β-gal染色	KL基因敲除小鼠模型	基因表达数据，组织病理学数据	未明确说明具体样本数量，涉及人类COPD肺组织和小鼠模型