单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-08-07	Targeting FGFR4 abrogates HNF1A-driven metastasis in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Jul-29, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02408-5 PMID:40731412	研究论文	本研究揭示了HNF1A通过上调FGFR4驱动胰腺导管腺癌（PDAC）转移的机制，并验证了FGFR4抑制作为潜在治疗策略的有效性	首次发现HNF1A-FGFR4轴在PDAC转移中的关键作用，并验证了两种FGFR4抑制剂对转移的阻断效果	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未进行临床转化验证	探究HNF1A在PDAC转移中的作用机制并寻找靶向治疗策略	胰腺导管腺癌细胞（ATCC和患者来源细胞）及小鼠转移模型	肿瘤学	胰腺癌	scRNA-seq, TMA分析, UMAP空间分析, RNA干扰, 药物抑制实验	小鼠异种移植模型	基因表达数据, 组织芯片数据, 空间转录组数据	未明确说明患者样本数量，包含多种PDAC细胞系和小鼠模型
82	2025-08-07	Evaluating Integrative Strategies for Incorporating Phenotypic Features in Spatial Transcriptomics 2025-Jul-29, ArXiv PMID:40766882	研究论文	评估在空间转录组学中整合表型特征的策略	使用变分自编码器（VAE）从细胞裁剪中提取信息丰富的低维表示，并评估其在多模态整合中的效果	研究在有限数据集大小、类别不平衡和基于边界框分割等现实实验约束下进行	探索如何最佳利用空间上下文并将空间转录组学与基于成像的模态整合	小鼠回肠MERFISH数据集	数字病理学	NA	MERFISH, 变分自编码器（VAE）	VAE	图像, 转录组数据	公开可用的小鼠回肠MERFISH数据集
83	2025-08-07	Single-cell antigen receptor sequencing in pigs with influenza 2025-Jul-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08507-9 PMID:40715353	研究论文	本研究开发了猪特异性T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）富集引物，用于配对单细胞RNA测序（scRNAseq）和免疫受体分析，以研究流感病毒感染下猪的免疫反应	开发了与10× Genomics VDJ测序协议兼容的猪特异性TCR和BCR富集引物，用于单细胞免疫受体分析	研究仅针对猪模型，结果可能不直接适用于人类或其他动物	研究自然杀伤T（NKT）细胞对猪肺部TCR和BCR受体库的影响，并追踪流感病毒感染后T细胞的克隆扩增	CD1D表达和CD1D缺陷猪的冷冻保存肺细胞，以及流感A病毒（IAV）疫苗接种和感染猪的肺液T细胞	免疫学	流感	单细胞RNA测序（scRNAseq），10× Genomics VDJ测序	NA	单细胞RNA测序数据	CD1D表达和CD1D缺陷猪的肺细胞，以及IAV疫苗接种和感染猪的肺液T细胞
84	2025-08-07	Identification and Mechanistic Studies of Key Genes in Thalamic Hemorrhage Pain by Multi-omics 2025-Jul-25, Journal of integrative neuroscience IF:2.5Q3 DOI:10.31083/JIN38130 PMID:40767016	研究论文	通过多组学方法识别并研究丘脑出血疼痛中的关键基因及其机制	整合转录组学、蛋白质组学、代谢组学、核糖体分析和单细胞RNA测序等多组学数据，识别出8个关键基因及其相关分子通路	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	阐明丘脑出血疼痛的发病机制并寻找潜在治疗靶点	丘脑出血疼痛小鼠模型	多组学分析	丘脑出血疼痛	转录组学、蛋白质组学、代谢组学、Ribo-seq、scRNA-seq	小鼠模型	多组学数据	THP小鼠模型及对照组
85	2025-08-07	Rs61731397-C in OR2A25 increases the risk of chronic rhinosinusitis in the Chinese population 2025-Jul-14, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.06.032 PMID:40669566	研究论文	该研究通过全基因组关联研究发现了与中国人群慢性鼻窦炎(CRS)风险相关的遗传变异rs61731397-C，并探讨了其潜在机制	首次发现嗅觉受体基因OR2A25中的rs61731397-C变异与CRS风险相关，并揭示了该变异通过降低OR2A25蛋白稳定性影响鼻黏膜免疫反应的机制	研究主要基于中国人群，结果在其他族群中的普适性需要进一步验证	鉴定中国人群CRS的遗传风险变异并阐明其机制	中国人群中的慢性鼻窦炎患者	遗传学	慢性鼻窦炎	全基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序、Western blot	NA	基因组数据、RNA测序数据、蛋白质数据	基于昆山的人群队列和北京的临床队列
86	2025-08-07	KMT2D Regulates Tooth Enamel Development 2025-Jul, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345251320922 PMID:40103013	研究论文	本研究探讨了KMT2D基因在牙釉质发育中的具体作用及其机制	首次通过条件性敲除小鼠模型揭示了KMT2D在牙釉质形成中的关键作用，并鉴定了其直接调控的8个靶基因	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明KMT2D在牙釉质发育过程中的分子机制	KMT2D基因及其在牙釉质形成中的作用	发育生物学	牙釉质发育不全	条件性基因敲除、micro-CT、扫描电镜、RNA测序、CUT&RUN测序、单细胞RNA测序	条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、影像数据	KMT2D条件性敲除小鼠及其对照组
87	2025-08-06	A lipid metabolism-related gene signature predicts prognosis after tamoxifen treatment in ER + breast cancer and reflects tumor microenvironment heterogeneity through single-cell analysis 2025-Jul-31, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02194-5 PMID:40745642	研究论文	本研究通过整合脂质代谢基因表达和机器学习数据，开发了一个基于基因表达的预后模型，用于预测ER阳性乳腺癌患者接受他莫昔芬治疗后的预后	利用脂质代谢相关基因特征预测ER阳性乳腺癌患者的预后，并通过单细胞分析揭示肿瘤微环境异质性	研究样本量有限，且仅针对ER阳性乳腺癌患者	开发一个预后模型，预测ER阳性乳腺癌患者接受他莫昔芬治疗后的生存结果	ER阳性乳腺癌患者	机器学习	乳腺癌	基因表达分析，单细胞测序	机器学习模型	基因表达数据	TCGA-ER+BRCA数据集（N=183），GSE17705（N=298），GSE22219（N=134），GSE42568（N=70），GSE58644（N=147）
88	2025-08-06	Dual lineage origins contribute to neocortical astrocyte diversity 2025-Jul-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61829-4 PMID:40738880	research paper	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了小鼠大脑皮层中五种星形胶质细胞亚型的分子特征、空间分布和功能，并阐明了它们形成的调控机制	发现了两种不同的谱系来源（Emx1放射状胶质细胞和Olig2标记的谱系）共同贡献于大脑皮层星形胶质细胞的多样性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他高等哺乳动物中验证	探索大脑皮层星形胶质细胞多样性的发育起源机制	小鼠大脑皮层的星形胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、TrackerSeq谱系追踪	NA	基因表达数据、空间分布数据	NA（未明确说明样本数量）
89	2025-08-06	SETDB1 ensures the continuity of embryonic to adult neural stem cells through metabolic alterations in the dentate gyrus 2025-Jul-29, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424315122 PMID:40699919	research paper	该研究揭示了SETDB1通过代谢改变在胚胎神经祖细胞向成人神经干细胞（aNSCs）转变过程中的关键作用	首次发现SETDB1通过调控代谢状态（特别是COX6B2和OXPHOS）影响aNSCs的生成，防止其向星形胶质细胞分化	研究主要集中在大脑海马齿状回区域，其他脑区的情况尚不明确	探索胚胎神经祖细胞如何转变为成人神经干细胞并维持其池的分子机制	胚胎神经祖细胞和成人神经干细胞（aNSCs）	神经科学	神经系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了单细胞RNA测序技术
90	2025-08-06	Time-coexpress: temporal trajectory modeling of dynamic gene co-expression patterns using single-cell transcriptomics data 2025-Jul-29, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06218-w PMID:40731381	研究论文	提出了一种基于copula的框架TIME-CoExpress，用于建模单细胞转录组数据中基因共表达的非线性动态变化	采用数据驱动的平滑函数建模非线性基因共表达变化，并整合了scRNAseq数据的过离散和零膨胀特性	未明确说明计算复杂度或在大规模数据集上的适用性	开发更灵活准确的方法来分析单细胞转录组数据中的基因共表达动态变化	单细胞RNA测序数据中的基因共表达模式	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	copula模型	基因表达数据	垂体胚胎发育过程中的scRNAseq数据集（包括突变型和野生型小鼠）
91	2025-08-06	"Small extracellular vesicles: messengers at the service of breast cancer agenda in the primary and distant microenvironments" 2025-Jul-21, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03471-y PMID:40691627	综述	本文综述了小细胞外囊泡（small EVs）在乳腺癌原发和远处微环境中的作用及其在诊断和治疗中的潜在应用	强调小EVs在免疫调节、基质重塑和转移灶形成中的关键作用，并探讨其在液体活检和个性化治疗中的潜力	小EVs的异质性和追踪限制仍是主要挑战，临床转化仍需解决靶向效率、体内稳定性和免疫原性等问题	探讨小EVs在乳腺癌微环境中的功能及其在精准肿瘤学中的应用	乳腺癌及其微环境中的小细胞外囊泡	精准医学	乳腺癌	超速离心、免疫亲和、微流控系统、单细胞转录组学、多组学方法	NA	蛋白质、脂质、DNA、非编码RNA	NA
92	2025-08-06	Image-based inference of tumor cell trajectories enables large-scale cancer progression analysis 2025-Jul-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv9466 PMID:40680117	研究论文	开发了一种基于人工智能的模型，利用细胞形态学特征和组织学空间组织从H&E染色全切片图像中推断肿瘤细胞分化状态和动态轨迹	提出了一种成本效益高的方法，通过常规病理切片大规模分析肿瘤进展动态，克服了单细胞RNA测序的高成本和资源密集限制	方法依赖于H&E染色图像的质量和可用性，可能不适用于所有类型的肿瘤	开发一种成本效益高的方法来大规模分析肿瘤进展动态	肺腺癌患者的肿瘤细胞	数字病理学	肺癌	AI模型	NA	图像	三个独立的肺腺癌队列
93	2025-08-06	Artifacts in spatial transcriptomics data: their detection, importance, prevalence, and prevention 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf306 PMID:40748322	研究论文	本文介绍了一种名为BLADE的新方法，用于检测和去除空间转录组学数据中的三种常见伪影	开发了BLADE这一跨平台的自动化统计方法，能够检测并去除空间转录组学数据中的边界效应、组织边缘效应和位置批次故障	研究主要基于10x Visium和CosMx平台的数据，可能不适用于其他空间转录组学技术	提高空间转录组学数据的质量，减少伪影对研究结果的影响	人类和小鼠的肝脏及脂肪组织样本	空间转录组学	NA	空间转录组学技术（Visium和CosMx）	统计方法（BLADE）	空间转录组数据	37个10x Visium样本（来自人类和小鼠的肝脏和脂肪组织）
94	2025-08-06	PoweREST: Statistical power estimation for spatial transcriptomics experiments to detect differentially expressed genes between two conditions 2025-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013293 PMID:40729405	研究论文	开发了一个名为PoweREST的统计功效估计工具，用于空间转录组学实验中检测两种条件下差异表达基因	首次提出了针对10X Genomics Visium数据的差异表达基因检测的统计功效估计工具，支持实验前和初步数据收集后的功效分析	仅适用于10X Genomics Visium数据，未涵盖其他空间转录组学技术	解决空间转录组学实验中差异表达基因检测的统计功效计算问题	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
95	2025-08-05	Preliminary Study on GZMA- and GSDMB-Associated Pyroptosis and CD8+ T Cell-Mediated Immune Evasion in Skin Cutaneous Melanoma 2025-Jul-31, Current topics in medicinal chemistry IF:2.9Q3 DOI:10.2174/0115680266416033250731102049 PMID:40755114	研究论文	本研究探讨了GZMA和GSDMB相关的细胞焦亡及CD8+ T细胞介导的免疫逃逸在皮肤黑色素瘤中的作用	首次基于单细胞和批量RNA-seq数据，结合细胞焦亡特征，揭示了GZMA和GSDMB在皮肤黑色素瘤中的表达模式及其与预后的关系	未发现显著的细胞焦亡相关差异表达基因，且细胞焦亡通路在肿瘤组未被激活	揭示皮肤黑色素瘤基于细胞焦亡特征的潜在发病机制	皮肤黑色素瘤(SKCM)患者	肿瘤免疫学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序, qRT-PCR, CCK-8, 伤口愈合实验, Transwell实验	NA	RNA-seq数据, 临床信息	来自TCGA和GEO数据库的SKCM患者数据
96	2025-08-05	Traditional medicine Kuanxiong Aerosol alleviates atherosclerotic plaque inflammation by mitigating CX3CR1+ macrophage apoptosis via the cGAS-STING pathway 2025-Jul-30, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.157120 PMID:40753933	research paper	研究探讨传统中药宽胸气雾剂通过cGAS-STING通路减轻动脉粥样硬化斑块炎症的机制	首次阐明宽胸气雾剂对巨噬细胞亚群的调控作用及其抗凋亡功能	研究主要基于ApoE-/-小鼠模型，人类样本验证不足	探索宽胸气雾剂治疗动脉粥样硬化的潜力及机制	ApoE-/-小鼠及CX3CR1+巨噬细胞亚群	心血管疾病研究	心血管疾病	UHPLC-HRMS、单细胞RNA测序、生物信息学分析、分子对接	ApoE-/-小鼠动脉粥样硬化模型	基因表达数据、组织学数据	未明确提及具体样本量，使用ApoE-/-小鼠模型
97	2025-08-05	Analyses of Nogo-Family Genes in Mouse and Human Microglia Omics Datasets Identify LINGO1 as a Candidate Drug Target in Alzheimer's Disease 2025-Jul-30, Current neuropharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.2174/011570159X359944250722061312 PMID:40754867	研究论文	本研究通过分析小鼠和人类小胶质细胞组学数据集，探讨了Nogo家族基因的表达模式，并发现LINGO1作为阿尔茨海默病的潜在药物靶点	首次在小鼠和人类小胶质细胞中全面分析Nogo家族基因的表达模式，并发现LINGO1在人类AD小胶质细胞中的高度富集	研究主要依赖公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索Nogo信号系统在小胶质细胞中的功能及其在阿尔茨海默病中的作用	小鼠和人类小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	RNA-seq, RiboTag翻译分析, 单细胞测序	NA	组学数据	21个人类脑细胞单细胞测序数据集
98	2025-08-05	Single-Cell Transcriptomics: Technical Advances, Applications and Challenges in Cancer Drug Discovery 2025-Jul-30, Current cancer drug targets IF:2.3Q3 DOI:10.2174/0115680096372729250715050452 PMID:40754872	综述	本文全面概述了单细胞RNA测序技术的基本流程、发展轨迹及其在癌症药物发现中的应用，并探讨了该技术面临的挑战和未来方向	单细胞RNA测序技术为癌症药物发现提供了高分辨率的基因表达分析，能够深入理解肿瘤异质性并识别潜在药物靶点	文章讨论了单细胞RNA测序技术面临的挑战，但未具体说明技术限制或样本量不足等问题	增强读者对单细胞测序的理解，启发肿瘤药物开发的新思路，支持临床研究的转化应用	单细胞RNA测序技术在癌症药物发现中的应用	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
99	2025-08-05	NNMT inhibition in cancer-associated fibroblasts restores antitumour immunity 2025-Jul-23, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09303-5 PMID:40702186	研究论文	本文探讨了NNMT在高级别浆液性卵巢癌中的作用及其作为治疗靶点的潜力	发现NNMT通过诱导H3K27me3低甲基化驱动CAFs分泌补体，吸引免疫抑制性MDSCs，并开发了特异性NNMT抑制剂以恢复抗肿瘤免疫	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	研究NNMT在肿瘤微环境中的免疫调节作用及其作为治疗靶点的潜力	高级别浆液性卵巢癌、乳腺癌和结肠癌的癌症相关成纤维细胞(CAFs)和免疫细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌、乳腺癌、结肠癌	空间转录组学、单细胞RNA测序、高通量筛选	小鼠肿瘤模型	RNA测序数据、免疫组化数据	多种小鼠癌症模型
100	2025-08-05	Renin Cells Drive Kidney Neurovascular Development and Arterial Remodeling when Renin Activity is Deficient 2025-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.08.663706 PMID:40672316	研究论文	该研究通过新型超亮肾素细胞特异性tdTomato报告小鼠、高分辨率3D成像和单细胞RNA测序技术，揭示了肾素细胞在肾脏神经血管发育和动脉重塑中的作用	使用新型超亮肾素细胞特异性tdTomato报告小鼠和高分辨率3D成像技术，首次详细描绘了肾素细胞与神经纤维及周围细胞的相互作用	研究依赖于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探索肾素细胞在肾脏神经血管发育和动脉重塑中的功能	肾素细胞及其与周围神经纤维和细胞的相互作用	细胞生物学	肾脏疾病	单细胞RNA-Seq, 高分辨率3D成像	tdTomato报告小鼠	图像, 基因表达数据	小鼠模型