单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-07-12	Integration of scRNA-seq and bulk tissue RNA-seq data to identify cancer-associated fibroblast-related gene RGMA as a potential treatment target for esophageal cancer 2025-Jul-11, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01660-8 PMID:40643758	研究论文	该研究通过整合scRNA-seq和批量组织RNA-seq数据，识别出与癌症相关成纤维细胞（CAFs）相关的基因RGMA，作为食管癌的潜在治疗靶点	首次发现RGMA在食管癌中的肿瘤抑制作用，并揭示其通过调节Akt信号通路和肿瘤促进趋化因子表达影响CAFs的转化	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床样本验证有限	寻找食管癌中CAFs相关的治疗靶点	食管癌组织和细胞系	癌症研究	食管癌	scRNA-seq, WGCNA, RT-qPCR, western blot	NA	基因表达数据	TCGA-ESCA队列和GSE196756数据集
82	2025-07-12	Human neuron subtype programming via single-cell transcriptome-coupled patterning screens 2025-Jul-10, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adn6121 PMID:40638726	研究论文	通过单细胞转录组耦合模式筛选，探索人类神经元亚型编程的多样性	结合转录因子过表达和发育信号通路调控，扩展了体外可编程神经元亚型的多样性	研究主要基于体外模型，可能无法完全模拟体内神经元的复杂性	探索人类多能干细胞生成的神经元亚型多样性及其编程策略	人类多能干细胞衍生的神经元	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	700,000个细胞
83	2025-07-12	Malevolent alliance of MYBL2hi cancer stem cell and SPP1+ macrophage confers resistance to neoadjuvant immunotherapy in bladder cancer 2025-Jul-10, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011319 PMID:40639849	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间RNA测序揭示了膀胱癌中MYBL2hi癌症干细胞与SPP1+巨噬细胞的恶性联盟导致新辅助免疫治疗耐药的机制	首次发现MYBL2hi癌症干细胞与SPP1+巨噬细胞之间的双向串扰机制，以及CCL15-CCR1-SPP1信号轴在介导免疫治疗耐药中的作用	样本量相对较小(12例患者)，且需要更多临床验证	探索膀胱癌对新辅助免疫检查点阻断治疗耐药的分子机制	膀胱癌患者的外周血单个核细胞、肿瘤组织、癌旁正常组织和转移淋巴结	肿瘤免疫学	膀胱癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间RNA测序、多重免疫组化、小鼠原位膀胱癌模型、流式细胞术	小鼠原位膀胱癌模型	单细胞转录组数据、空间转录组数据	12例膀胱癌患者(2例未治疗，10例接受nICB治疗，其中5例应答者和5例无应答者)
84	2025-07-12	Modulation of infiltrating CD206-positive macrophages restricts progression of pulmonary lymphangioleiomyomatosis (LAM) 2025-Jul-10, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.00084-2025 PMID:40639874	研究论文	该研究探讨了肺淋巴管平滑肌瘤病（LAM）中CD206阳性巨噬细胞的调控及其对疾病进展的限制作用	首次揭示了LAM细胞通过招募和极化巨噬细胞为M2表型促进疾病进展，并验证了靶向M2巨噬细胞的治疗潜力	研究主要基于临床前小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索LAM疾病进展的新治疗靶点和策略	肺淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者样本和TSC2缺陷型肿瘤小鼠模型	肿瘤免疫学	肺淋巴管平滑肌瘤病（LAM）	单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫荧光染色	小鼠皮下肿瘤模型	转录组数据、图像数据	人类肺LAM标本和TSC2缺陷型小鼠模型
85	2025-07-12	Novel Copper-Responsive Cell Subtypes in Oyster Gills: scRNA-Seq Uncovers Detoxification Strategy and Intraspecific Accumulation Variation 2025-Jul-10, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.5c05244 PMID:40639921	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术构建了牡蛎鳃的首个细胞图谱，揭示了铜积累差异的细胞调控网络	首次在牡蛎鳃中鉴定出铜特异性积累的嗜铜细胞，并确认了嗜铜细胞丰度与铜含量的直接相关性	NA	研究牡蛎鳃对金属的吸收和解毒机制	牡蛎鳃细胞	单细胞转录组学	NA	scRNA-Seq	NA	单细胞转录组数据	高铜积累和低铜积累的牡蛎鳃样本
86	2025-07-12	Insights into chondrocyte populations in cartilaginous tissues at the single-cell level 2025-Jul-10, Nature reviews. Rheumatology DOI:10.1038/s41584-025-01275-0 PMID:40640375	research paper	该论文探讨了单细胞多组学技术在软骨组织中对软骨细胞群体的研究，揭示了细胞异质性及其在软骨形成、维持和疾病进展中的作用	利用单细胞转录组学技术对软骨细胞亚型进行更精细的功能注释分类，为骨关节炎和椎间盘疾病等疾病的靶向治疗提供了新途径	需要将先进的单细胞技术与计算模型相结合，以揭示软骨细胞群体的动态相互作用	研究软骨细胞群体在软骨组织中的异质性及其在疾病中的作用，为精准医学和再生疗法提供基础	软骨细胞群体	生物医学	骨关节炎, 椎间盘疾病	单细胞转录组学	NA	单细胞多组学数据	NA
87	2025-07-12	Cancer-associated fibroblasts are associated with neo-adjuvant treatment response in oesophageal adenocarcinoma 2025-Jul-10, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03080-8 PMID:40640495	研究论文	本研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAF）在食管腺癌（EAC）新辅助治疗（NAT）反应中的作用	首次揭示了CAF在EAC新辅助治疗反应中的具体作用机制，并提出了一个两基因NAT纤维化特征作为独立的预后指标	体外模型仅能部分重现CAF表型，且样本量较小（26例患者）	探索肿瘤微环境（TME）中CAF对新辅助治疗反应的影响	食管腺癌患者及其肿瘤微环境中的CAF	数字病理学	食管腺癌	单细胞RNA测序、转录组分析	NA	基因表达数据、病理数据	26例患者
88	2025-07-12	Integrative multiomics elucidate crotonylation-associated GCDH in Parkinson's disease pathogenesis via metabolome remodeling 2025-Jul-10, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10151-x PMID:40640550	研究论文	该研究通过整合多组学数据，揭示了巴豆酰化相关基因GCDH通过代谢组重塑在帕金森病发病机制中的作用	首次将孟德尔随机化框架与中介分析相结合，系统阐明了巴豆酰化相关基因与帕金森病之间的因果关系及代谢物介导的机制	研究主要基于公开数据库的遗传和转录组数据，缺乏实验验证	探究巴豆酰化修饰在帕金森病发病机制中的作用	巴豆酰化相关基因（特别是GCDH）及其介导的代谢物	生物信息学	帕金森病	孟德尔随机化(MR)、中介分析、单细胞转录组分析	NA	遗传数据、代谢组数据、单细胞转录组数据	来自eQTLGen数据集和GEO数据库的公开数据
89	2025-07-12	Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Hair Cell-Specific Molecular Responses to Polystyrene Nanoplastics in a Zebrafish Embryo Model 2025-Jul-10, Biotechnology and applied biochemistry IF:3.2Q2 DOI:10.1002/bab.70028 PMID:40641182	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了斑马鱼胚胎中毛细胞对聚苯乙烯纳米塑料的特异性分子响应	首次在斑马鱼胚胎模型中利用单细胞RNA测序技术研究聚苯乙烯纳米塑料对毛细胞的分子影响	研究仅关注了斑马鱼胚胎模型，未涉及其他生物或发育阶段	评估聚苯乙烯纳米塑料对水生生态系统的潜在毒理学影响	斑马鱼胚胎	环境毒理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	斑马鱼胚胎样本
90	2025-07-12	Phenotypic heterogeneity and plasticity in colorectal cancer metastasis 2025-Jul-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100881 PMID:40393458	研究论文	研究结直肠癌转移中的表型异质性和可塑性及其调控机制	揭示了再生和炎症表型的癌细胞状态及其关键调控因子AP-1和NF-κB，并预测了激活这些表型的配体-受体相互作用	调控因素和外在信号驱动表型异质性的具体机制仍不完全清楚	探索结直肠癌转移中的表型异质性和可塑性的调控机制	结直肠癌患者的原发性和转移性肿瘤样本	癌症生物学	结直肠癌	单细胞多组学和空间转录组学	NA	单细胞多组学数据和空间转录组学数据	原发性和转移性结直肠癌患者的样本
91	2025-07-12	Single-cell profiling of bone metastasis ecosystems from multiple cancer types reveals convergent and divergent mechanisms of bone colonization 2025-Jul-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100888 PMID:40412393	研究论文	通过单细胞RNA测序分析多种癌症类型的骨转移生态系统，揭示了骨转移的趋同和趋异机制	首次在多种癌症类型的骨转移中识别出三种不同的生态系统原型，每种原型由特定的免疫细胞富集特征定义	样本量相对有限（42例骨转移样本），且未涵盖所有可能的癌症类型	探究不同癌症类型骨转移的分子特征和免疫微环境异质性	42例来自8种癌症类型的骨转移样本	单细胞组学	多癌种骨转移	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化、生物信息学分析	NA	单细胞转录组数据、批量RNA测序/微阵列数据	42例骨转移样本（8种癌症类型）用于scRNA-seq，158例骨转移样本（10+种癌症类型）用于验证
92	2025-07-12	SpaLinker identifies phenotype-associated spatial tumor microenvironment features by integrating bulk and spatial sequencing data 2025-Jul-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100893 PMID:40480216	研究论文	SpaLinker通过整合大量和空间测序数据，识别与表型相关的空间肿瘤微环境特征	开发了一个创新的集成框架SpaLinker，利用空间转录组学数据在分子、细胞和组织结构水平上解析空间分辨的肿瘤微环境，并通过整合大量RNA测序数据评估空间定义特征的预后意义	空间测序样本的临床注释稀缺性可能限制研究的广泛适用性	提高空间测序技术的临床效用，识别与表型相关的空间肿瘤微环境特征	肿瘤微环境	数字病理学	泛癌	空间转录组学(ST), RNA-seq	NA	空间转录组学数据, 大量RNA测序数据	多样化的肿瘤ST数据集
93	2025-07-12	Advancements in single-cell techniques for examining the HIV reservoir: pathways to a cure 2025-Jul-09, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00655-25 PMID:40488537	综述	本文综述了单细胞技术在研究HIV病毒库中的应用及其对治愈HIV的潜在贡献	强调了单细胞测序、染色质可及性检测和多组学技术在揭示HIV病毒库异质性和持久性方面的创新应用	未提及具体实验样本量或技术实施的具体限制	深入理解HIV病毒库的特性，以设计针对性干预措施	HIV病毒库中的静息CD4 T细胞和其他长寿细胞如巨噬细胞	生物医学研究	HIV感染	单细胞测序、染色质可及性检测、多组学技术	NA	单细胞基因表达数据、染色质可及性数据	NA
94	2025-07-12	Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state 2025-Jul-09, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkaf079 PMID:40509864	研究论文	通过靶向单细胞表达谱分析，识别了睡眠与代谢状态整合的关键神经元	首次在果蝇中利用单细胞测序技术鉴定出响应饥饿状态的LHLK神经元转录变化，并发现多个调控睡眠-代谢互作的新基因	研究仅聚焦于果蝇的LHLK神经元，在哺乳动物中的普适性有待验证	探究神经元如何整合睡眠与代谢状态	果蝇(Drosophila melanogaster)的Lateral Horn Leucokinin (LHLK)神经元	神经科学	NA	单细胞CEL-Seq测序	NA	单细胞转录组数据	24小时饥饿处理与正常喂养的果蝇LHLK神经元对比
95	2025-07-12	Sjögren's syndrome is associated with a reduction in the surface area of the right caudal anterior cingulate gyrus 2025-Jul-09, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04205-9 PMID:40629343	研究论文	该研究通过孟德尔随机化和脑部MRI扫描，探讨了干燥综合征（SS）与脑皮质结构变化之间的遗传因果关系	首次使用孟德尔随机化方法揭示SS与脑结构变化的遗传因果关系，并识别出相关基因和细胞类型	样本量有限，且仅针对治疗初治的SS患者	探究干燥综合征对脑皮质结构的影响及其潜在机制	干燥综合征患者及其脑皮质结构变化	神经科学	干燥综合征	孟德尔随机化(MR), GWAS, RNA-seq, scRNA-seq, MRI	逆方差加权(IVW), MR-Egger, 加权中位数(WM)	基因组数据, 影像数据, 转录组数据	一组治疗初治的SS患者
96	2025-07-12	Identification of a novel ferroptosis-induced immunogenic cell death related signature based on a machine learning framework in colorectal cancer 2025-Jul-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03147-1 PMID:40632358	研究论文	该研究基于机器学习框架，在结直肠癌中鉴定了一种新型铁死亡诱导的免疫原性细胞死亡相关特征	首次整合铁死亡和免疫原性细胞死亡（F-ICD）的特征，开发了预测结直肠癌预后和肿瘤免疫环境的有价值模型	研究依赖于机器学习算法的预测性能，且外部验证数据集的AUC值较低（0.61和0.58）	探索铁死亡和免疫原性细胞死在结直肠癌中的联合调控效应及其预后价值	结直肠癌患者样本中的免疫细胞（NK细胞、T细胞和部分B细胞）	机器学习	结直肠癌	单细胞转录组学分析、WGCNA分析、DESeq2差异分析	RSF算法	转录组数据	三个数据集（具体样本数量未明确说明）
97	2025-07-12	Leveraging machine learning models to evaluate immune infiltration in the ovarian cancer microenvironment: a single-cell analysis approach 2025-Jul-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03018-9 PMID:40632369	研究论文	本研究利用机器学习和单细胞RNA测序数据，建立了一个评估卵巢癌肿瘤微环境中免疫浸润的客观模型	首次在单细胞水平上结合机器学习模型评估卵巢癌的免疫浸润状态，并识别出与免疫浸润相关的关键基因特征	研究未进行临床试验验证，且依赖于公共数据库的数据	为卵巢癌的个体化免疫治疗提供客观评估工具	卵巢癌肿瘤微环境中的免疫细胞	机器学习	卵巢癌	单细胞RNA测序	RandomForest, SVM	基因表达数据	来自多个公共数据库的卵巢癌样本，包含不同组织学亚型和免疫浸润水平
98	2025-07-12	Therapeutic targeting of FOSL1 and RELA-dependent transcriptional mechanisms to suppress pancreatic cancer metastasis 2025-Jul-09, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07810-x PMID:40634284	研究论文	该研究揭示了炎症和致癌信号通路如何协同作用驱动胰腺导管腺癌（PDAC）转移的新机制，并探讨了糖皮质激素受体激动剂在抑制肿瘤细胞迁移中的治疗潜力	发现了TNFα和EGF信号通过激活NF-κB和AP-1转录因子共同调控PDAC细胞迁移的新机制，并首次证明GR混合激动剂可通过抑制NF-κB转录活性显著减少PDAC细胞迁移	研究主要基于体外和体内模型，尚未在临床患者中进行验证	探索炎症和致癌信号通路对PDAC转移的表观遗传调控机制，并寻找潜在治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）细胞	肿瘤学	胰腺癌	单细胞RNA测序，体外和体内模型	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
99	2025-07-12	Triggering AHR resolves TGF-β1 induced fibroblast activation and promotes AT1 cell regeneration in alveolar organoids 2025-Jul-09, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08446-5 PMID:40634525	研究论文	本研究通过3D器官培养和高通量筛选，发现激活AHR可以促进AT1细胞再生并减少TGF-β1诱导的成纤维细胞活化	首次使用高通量筛选系统鉴定出能促进AT1细胞分化的化合物，并揭示AHR激活在对抗TGF-β1信号通路中的作用	研究仅在体外3D器官培养模型中进行，尚未在体内模型或临床环境中验证	探索在病理条件下促进肺泡上皮再生的方法	肺泡上皮细胞（AT2和AT1细胞）和成纤维细胞	细胞生物学	肺纤维化间质性肺病	3D器官培养, 高通量筛选(HTS), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	3D器官模型	基因表达数据	约16,800种化合物进行筛选
100	2025-07-12	Liver-specific expression of ANGPTL8 promotes Alzheimer's disease progression through activating microglial pyroptosis 2025-Jul-09, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03487-3 PMID:40634935	研究论文	研究揭示了肝脏特异性表达的ANGPTL8通过激活小胶质细胞焦亡促进阿尔茨海默病进展的机制	首次发现ANGPTL8通过PirB/NLRP3通路加剧小胶质细胞焦亡，从而加速AD发病	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究肝脏分泌因子ANGPTL8在阿尔茨海默病进展中的作用机制	ANGPTL8基因敲除小鼠和5×FAD转基因小鼠	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、批量RNA测序、透射电子显微镜	小鼠疾病模型	基因表达数据、行为学数据、组织学数据	ANGPTL8-/-小鼠和5×FAD小鼠杂交群体