单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
901	2025-05-27	Ophiopogonin C protects against acute lung injury by fatal sepsis through pyroptosis macrophage 2025-Jul, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156698 PMID:40397999	research paper	研究揭示了麦冬皂苷C通过抑制巨噬细胞焦亡来对抗致命性脓毒症引起的急性肺损伤的保护机制	发现麦冬皂苷C通过抑制DDX3X与NLRP3的相互作用来减少巨噬细胞焦亡，从而保护急性肺损伤	研究仅在小鼠模型和单细胞数据中进行，尚未进行人体临床试验	揭示麦冬皂苷C对致命性脓毒症引起的急性肺损伤的保护机制	小鼠模型和脓毒症患者的单细胞数据	医学研究	急性肺损伤	单细胞RNA测序、分子对接模型	小鼠脓毒症模型	实验数据、单细胞数据	小鼠模型及脓毒症患者的单细胞数据
902	2025-05-25	Unraveling the immune activation mechanisms of DAMPs in coronary artery disease through transcriptomic and single-cell analyses 2025-Jul, Cytokine IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cyto.2025.156952 PMID:40306092	研究论文	本研究通过转录组学和单细胞分析探讨了损伤相关分子模式（DAMPs）在冠状动脉疾病（CAD）中触发免疫激活的机制	揭示了P2RY14和IFIH1基因在CAD中的显著表达差异及其在免疫反应和炎症过程中的潜在作用，以及单细胞分析中免疫细胞的独特聚类模式	NA	探究DAMPs在CAD中触发免疫激活的机制	冠状动脉疾病（CAD）患者	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	转录组数据, 单细胞数据	来自GSE202625、GSE242046和GSE159677数据集的RNA-seq和单细胞RNA-seq数据
903	2025-05-25	Unveiling the spatiotemporal strategies of plants in response to biotic and abiotic stresses:A comprehensive review 2025-Jul, Plant physiology and biochemistry : PPB IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.plaphy.2025.109967 PMID:40315636	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）技术在研究植物应对生物和非生物胁迫的细胞水平响应中的应用	首次全面探讨了scRNA-seq和ST技术在植物环境胁迫响应研究中的应用，填补了先前综述的空白	植物组织解离的挑战限制了单细胞技术在植物研究中的广泛应用	揭示植物在细胞水平上应对环境胁迫的时空策略	植物细胞和组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据, 空间转录组数据	NA
904	2025-05-20	Spatial multi-omics analysis of metabolic heterogeneity in zebrafish exposed to microcystin-LR and its disinfection byproducts 2025-Jul-15, Water research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.watres.2025.123599 PMID:40209558	研究论文	本研究采用空间多组学方法，探究了斑马鱼暴露于微囊藻毒素-LR及其消毒副产物后的代谢异质性	首次将空间多组学技术应用于研究环境污染物对斑马鱼的代谢异质性影响	研究仅针对斑马鱼模型，结果可能无法完全反映对人类的影响	探究微囊藻毒素-LR及其消毒副产物的生物效应	斑马鱼	环境毒理学	NA	空间多组学（包括代谢组学、空间代谢组学和空间转录组学）	NA	代谢组数据和转录组数据	NA
905	2025-05-20	TransAnno-Net: A Deep Learning Framework for Accurate Cell Type Annotation of Mouse Lung Tissue Using Self-supervised Pretraining 2025-Jul, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108809 PMID:40315689	研究论文	提出了一种基于自监督预训练的深度学习框架TransAnno-Net，用于小鼠肺组织中细胞类型的准确注释	利用自监督预训练策略减少标注成本，并采用Transformer架构提高模型效率和可迁移性	需要在小规模标注数据集上进行微调，且在处理细胞类型不平衡问题时采用了随机过采样技术	开发一种高效且准确的单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法	小鼠肺组织的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肺癌	scRNA-seq	Transformer	基因表达数据	约100,000个细胞
906	2025-05-17	Hyperglycemia as driver of glioblastoma progression: Insights from Mendelian randomization and single-cell transcriptomics 2025-Jul-01, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2025.149636 PMID:40210146	研究论文	该研究通过孟德尔随机化和单细胞转录组学探讨高血糖与胶质母细胞瘤（GBM）进展之间的因果关系及其机制	首次结合孟德尔随机化和单细胞转录组学方法，揭示了高血糖通过改变肿瘤微环境和激活GBM相关通路促进GBM进展的机制	研究主要基于遗传关联分析和动物模型，需要进一步临床研究验证	探究高血糖与GBM进展之间的因果关系及其分子机制	GBM患者和小鼠模型	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因集富集分析(GSEA)	GBM小鼠模型	基因组数据、转录组数据	UK Biobank和FinnGen数据库的GWAS数据、GBM小鼠模型
907	2025-05-17	Ferroptosis and low-grade Glioma: The breakthrough potential of NUAK2 2025-Jul, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.04.035 PMID:40286882	研究论文	本研究通过整合多组学数据，探讨了铁死亡相关基因（FRGs）在低级别胶质瘤（LGG）预后和肿瘤微环境调控中的作用，特别关注NUAK2基因的关键作用	首次全面分析了FRGs在LGG中的预后价值，并确定了NUAK2基因作为肿瘤进展和免疫逃逸的关键驱动因子	需要在更大的队列中验证NUAK2的作用，并探索其作为生物标志物和治疗靶点的临床应用	探讨铁死亡相关基因在低级别胶质瘤预后和肿瘤微环境调控中的作用	低级别胶质瘤（LGG）患者	肿瘤基因组学	低级别胶质瘤	多组学数据分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、伪时间轨迹分析	NA	基因组数据、转录组数据	来自TCGA、CGGA和GEO数据库的多组学数据
908	2025-05-13	COL1A1-positive endothelial cells promote gastric cancer progression via the ANGPTL4-SDC4 axis driven by endothelial-to-mesenchymal transition 2025-Jul-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217731 PMID:40254092	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了COL1A1阳性内皮细胞通过ANGPTL4-SDC4轴促进胃癌进展的机制	首次建立了胃癌内皮细胞单细胞图谱，并发现COL1A1阳性内皮细胞亚群通过EndoMT过程促进肿瘤侵袭和转移	研究样本量相对较小（97例），且机制验证主要在细胞水平进行	探究内皮-间质转化（EndoMT）在胃癌进展中的具体作用和分子机制	胃癌患者样本中的内皮细胞	digital pathology	gastric cancer	scRNA-seq, ssGSEA, Monocle2, CellChat, 多重免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据	97例胃癌样本（来自6个scRNA-seq队列）
909	2025-05-13	Spatial lipidomics reveals sphingolipid metabolism as anti-fibrotic target in the liver 2025-Jul, Metabolism: clinical and experimental DOI:10.1016/j.metabol.2025.156237 PMID:40127860	研究论文	本研究通过空间脂质组学等方法揭示了鞘脂代谢作为肝脏抗纤维化靶点的重要性	首次结合空间脂质组学、转录组学和成像质谱细胞术等多组学方法，系统研究了鞘脂代谢在肝纤维化中的作用	研究样本量有限，且主要在动物模型和体外实验中进行验证	探究肝纤维化中脂毒性机制和鞘脂代谢的作用	SLD患者肝组织和3种小鼠模型	数字病理学	肝病	空间脂质组学、转录组学、成像质谱细胞术(IMC)、scRNA-seq	NA	组织样本、测序数据、质谱数据	SLD患者肝组织和3种小鼠模型
910	2025-05-13	Pan-cancer analysis reveals BAF complexes as immune-related biomarkers and validation in triple-negative breast cancer 2025-Jul-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123607 PMID:40194763	research paper	通过泛癌分析揭示BAF复合物作为免疫相关生物标志物，并在三阴性乳腺癌中进行验证	首次强调BAF复合物模型对患者预后的重要性，并证实BAF复合物在泛癌进展中作为免疫相关生物标志物的作用，特别是ACTL6A在三阴性乳腺癌中的双重作用	研究主要基于数据库分析，实验验证部分可能不足	解码特定BAF复合物在癌症病理、免疫和靶向治疗中的潜力	BAF复合物，特别是ACTL6A，在三阴性乳腺癌中的作用	digital pathology	breast cancer	RNA sequencing, single-cell RNA sequencing	BAFs model and nomogram	gene expression data	数据来自The Cancer Genome Atlas, Gene Expression Omnibus, 和 IMvigor210数据库
911	2025-05-13	Fibroblast to macrophage-like cell transition in renal inflammatory injury through the MR/CSF1 pathway induced by aldosterone 2025-Jul-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123627 PMID:40216224	research paper	该研究验证了成纤维细胞向巨噬细胞样细胞转变是参与肾脏炎症性损伤的巨噬细胞新来源	揭示了醛固酮通过MR/CSF1信号通路诱导成纤维细胞向巨噬细胞样细胞转变的新机制	研究主要基于大鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证有限	探究肾脏炎症性损伤中巨噬细胞的新来源及其机制	Wistar大鼠和人类慢性肾脏病患者的肾脏样本	肾脏病学	慢性肾脏病	流式细胞术、免疫荧光染色、单细胞RNA测序	动物模型（大鼠）和体外细胞模型	基因表达数据和免疫组织化学数据	Wistar大鼠分组实验和人类肾脏活检样本
912	2025-05-06	Systems biology of Haemonchus contortus - Advancing biotechnology for parasitic nematode control 2025 Jul-Aug, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108567 PMID:40127743	综述	本文综述了Haemonchus contortus的分子生物学、遗传多样性及宿主-寄生虫相互作用的关键进展，并探讨了其在抗寄生虫药物和疫苗开发中的应用	整合了基因组学、转录组学和蛋白质组学技术，利用机器学习和人工智能驱动的蛋白质结构预测工具，以及单细胞测序和空间转录组学技术，深入解析宿主-寄生虫相互作用	未提及具体实验样本量或数据集的详细描述	推动寄生虫线虫控制技术的进步，解决全球抗寄生虫药物耐药性问题	Haemonchus contortus及其与宿主的相互作用	分子寄生虫学	寄生虫感染	基因组学、转录组学、蛋白质组学、单细胞测序、空间转录组学	机器学习算法、人工智能驱动的蛋白质结构预测	基因组、转录组、蛋白质组数据	NA
913	2025-04-23	scCorrect: Cross-modality label transfer from scRNA-seq to scATAC-seq using domain adaptation 2025-Jul, Analytical biochemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.ab.2025.115847 PMID:40154828	研究论文	提出了一种名为scCorrect的新型神经网络框架，用于从scRNA-seq到scATAC-seq的跨模态标签转移，以提高细胞类型注释的准确性	scCorrect通过两个阶段的操作解决了scRNA-seq和scATAC-seq数据之间的模态差异问题，包括数据对齐阶段和纠正网络训练阶段	未明确提及具体局限性，但可能包括对数据质量和规模的依赖	提高单细胞染色质可及性测序(scATAC-seq)中的细胞类型注释准确性	scRNA-seq和scATAC-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	神经网络	单细胞测序数据	多个数据集（未明确提及具体数量）
914	2025-04-15	Macrophage polarization-mediated PKM2/mTORC1/YME1L signaling pathway activation in fibrosis associated with Cardiorenal syndrome 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111664 PMID:39961408	研究论文	本文研究了巨噬细胞极化介导的PKM2/mTORC1/YME1L信号通路在心肾综合征相关纤维化中的作用	首次揭示了HIF-1α诱导的M1巨噬细胞极化通过PKM2/mTORC1/YME1L信号轴驱动肾纤维化的机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床样本验证不足	探索心肾综合征中肾纤维化的分子机制	巨噬细胞极化过程及其下游信号通路	分子病理学	心肾综合征	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CRISPR/Cas9基因编辑、慢病毒载体	CRS小鼠模型	基因表达数据、组织学图像	未明确说明具体样本数量，使用CRS小鼠模型和体外共培养系统
915	2025-04-15	Identification of potential biomarkers in cardiovascular calcification based on bioinformatics combined with single-cell RNA-seq and multiple machine learning analysis 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111705 PMID:40024421	研究论文	本研究通过生物信息学结合单细胞RNA测序和多种机器学习分析，识别心血管钙化的潜在生物标志物	结合单细胞RNA测序和多种机器学习方法识别新的心血管钙化生物标志物，并探索其与免疫过程的关联	研究样本量有限，且主要依赖公共数据集，需进一步实验验证	探索血管钙化的分子和遗传机制，识别相关生物标志物	巨噬细胞中的钙化标志物相关基因	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 机器学习, ELISA, 免疫组化	多种机器学习方法	基因表达数据	公共数据集GSE104140和GSE235995，以及GSE159677单细胞RNA测序数据
916	2025-04-15	Single-cell RNA sequencing reveals B cell dynamics and osteoclast activation in Talaromycosis-related bone destruction 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111708 PMID:40032159	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了马尔尼菲篮状菌病相关骨破坏中B细胞动态和破骨细胞活化的机制	首次使用单细胞RNA测序技术分析马尔尼菲篮状菌感染后小鼠胫骨骨髓中B细胞组成的变化，并探讨了其与骨破坏的潜在关联	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探索马尔尼菲篮状菌病引起的骨破坏及其潜在机制	马尔尼菲篮状菌感染的小鼠模型	单细胞测序	马尔尼菲篮状菌病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、Micro CT、流式细胞术、qRT-PCR、Western blot	NA	单细胞RNA测序数据、影像数据、蛋白质数据	小鼠模型(具体数量未明确说明)
917	2025-04-15	Therapeutic potential of Da Cheng Qi Decoction and its ingredients in regulating ferroptosis via the NOX2-GPX4 signaling pathway to alleviate and predict severe acute pancreatitis 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111733 PMID:40081545	research paper	本研究探讨了大承气汤及其成分通过调节NOX2-GPX4信号通路中的铁死亡来缓解和预测重症急性胰腺炎的治疗潜力	首次揭示了大承气汤通过NOX2/GPX4通路抑制铁死亡的机制，并开发了基于机器学习的预测模型和列线图用于急性胰腺炎风险评估	样本量相对有限（32名健康对照和87名AP患者），且需要进一步临床验证	阐明大承气汤对重症急性胰腺炎的保护作用机制，并建立急性胰腺炎风险评估的预测模型	胰腺腺泡细胞和急性胰腺炎患者	生物医学研究	急性胰腺炎	微阵列分析、机器学习算法（LASSO回归）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、HPLC分析	预测性列线图模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	32名健康对照和87名AP患者
918	2025-04-15	OTUB1 promotes glioma progression by stabilizing TRAF4 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111704 PMID:40090557	研究论文	本研究探讨了OTUB1在胶质瘤中的功能作用及其对TRAF4稳定性的影响，以寻找潜在的治疗靶点	揭示了OTUB1通过抑制TRAF4的泛素化来稳定TRAF4，从而促进胶质瘤细胞的增殖和侵袭	样本量较小（12名患者），且仅在LN229和U87MG细胞系中进行了体外实验	研究OTUB1在胶质瘤中的功能作用及其对TRAF4稳定性的影响，寻找潜在的治疗靶点	胶质瘤组织和细胞系（LN229和U87MG）	肿瘤生物学	胶质瘤	单细胞测序、Western blot、qPCR、免疫共沉淀、泛素化实验	裸鼠异种移植模型	测序数据、蛋白质表达数据	12名胶质瘤患者的20,145个胶质瘤细胞
919	2025-04-15	Fibroblast-derived versican exacerbates periodontitis progression by regulating macrophage migration and inflammatory cytokine secretion 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111755 PMID:40112905	研究论文	研究探讨了纤维母细胞衍生的Versican（VCAN）在牙周炎进展中的作用及其通过调节巨噬细胞迁移和炎症因子分泌加剧疾病的机制	首次揭示了VCAN在牙周炎中主要由纤维母细胞产生，并通过激活巨噬细胞的MAPK信号通路加剧炎症反应	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探讨VCAN在牙周炎中的病理作用及其调控机制	牙周炎中的纤维母细胞和巨噬细胞	分子病理学	牙周炎	RNA测序（bulk RNA和单细胞RNA测序）、定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）、免疫组织化学染色、免疫荧光染色	动物模型和细胞模型（L929细胞和RAW264.7细胞）	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及动物模型和细胞实验
920	2025-03-11	Corrigendum to "ScRNA-seq reveals trained immunity-engaged Th17 cell activation against Edwardsiella piscicida-induced intestinal inflammation in teleost" [Microbiol. Res. 289 (2024) 127912] 2025-Jul, Microbiological research IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.micres.2025.128137 PMID:40058996	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA