单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
861	2025-06-15	Biomarkers Related to Interferon-γ Pathway in Myocardial Ischemia-Reperfusion Injury and the Potential Molecular Mechanisms 2025-Jul, Cardiovascular toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1007/s12012-025-09999-x PMID:40346414	研究论文	研究干扰素-γ通路在心肌缺血再灌注损伤（MIRI）中的分子机制及其潜在生物标志物	通过挖掘转录组和单细胞测序数据，鉴定了与干扰素-γ通路相关的两个关键基因Myd88和Trp53作为MIRI的生物标志物，并揭示了其在细胞通讯和伪时间分析中的作用	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证	阐明干扰素-γ通路在心肌缺血再灌注损伤中的分子机制	心肌缺血再灌注损伤（MIRI）	生物信息学	心血管疾病	转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	三个数据集（GSE160516、GSE83472、GSE227088）和182个干扰素-γ通路相关基因
862	2025-06-15	From cells to clinic: Single-cell transcriptomics shaping the future of orthopedics 2025-Jul, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.05.001 PMID:40510239	review	探讨单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）在骨科研究和临床实践中的潜在影响	scRNA-seq技术能够精细表征细胞亚群的变化及其在疾病进展中的作用，为骨科疾病研究提供新视角	NA	评估scRNA-seq技术在骨科研究和临床实践中的应用前景	骨关节炎、类风湿性关节炎、椎间盘退变和骨肉瘤等骨科疾病	digital pathology	geriatric disease	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
863	2025-06-14	New insights into cancer immune checkpoints landscape from single-cell RNA sequencing 2025-07, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189298 PMID:40088992	review	本文通过单细胞RNA测序技术深入探讨了癌症免疫检查点的异质性及其在免疫检查点阻断疗法中的作用	利用单细胞RNA测序技术高分辨率地描绘了免疫检查点之间以前未被认识的功能性相互作用，并识别了新的免疫检查点作为癌症免疫治疗的潜在靶点	未提及具体样本量或实验设计的局限性	探讨免疫检查点阻断疗法中肿瘤微环境的异质性及其对治疗效果的影响	肿瘤微环境中的免疫细胞和肿瘤细胞	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
864	2025-06-14	Snail1 as a key prognostic biomarker of cancer-associated fibroblasts in breast tumors 2025-07, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189316 PMID:40222423	综述	本文总结了乳腺癌患者样本和小鼠模型中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的最新研究发现，重点关注通过单细胞RNA测序鉴定的CAF亚型及其对癌症预后的预测价值	揭示了Snail1在CAFs中的表达与恶性肿瘤的关联，并发现了一个新的与Snail1相关的基因特征，具有乳腺癌和其他实体瘤的预后潜力	主要基于现有研究的总结，缺乏新的实验数据验证	探讨CAFs在肿瘤进展中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	乳腺癌患者样本和小鼠模型中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
865	2025-06-14	Patient phenotyping for molecular profiling of neck and low back pain - Study protocol 2025 Jul-Dec, Neurobiology of pain (Cambridge, Mass.) DOI:10.1016/j.ynpai.2025.100186 PMID:40501484	研究论文	本文概述了用于分子剖析颈部和腰部疼痛的患者表型研究的方案	应用批量、单细胞和空间转录组学技术研究颈部和腰部疼痛的分子神经生物学和神经免疫学机制	研究依赖于手术获取的组织样本，可能限制了样本的多样性和数量	通过分子剖析揭示颈部和腰部疼痛的机制，以发现治疗靶点	颈部和腰部疼痛患者的手术组织样本及器官捐赠者的对照组织	分子神经生物学	颈部和腰部疼痛	批量、单细胞和空间转录组学	NA	组织样本	颈部和腰部疼痛患者的手术组织样本及器官捐赠者的对照组织
866	2025-06-13	Microglial colonization routes and their impacts on cellular diversity 2025-Jul, Neuroscience research IF:2.4Q3 DOI:10.1016/j.neures.2025.04.004 PMID:40288616	review	本文探讨小胶质细胞在脑发育过程中的多样性形成机制，重点关注其不同的定植路线	综述了小胶质细胞多样性的两种可能形成机制，特别强调了不同定植路线的影响	主要关注理论假设，缺乏实验验证数据	探索小胶质细胞多样性形成的机制	小胶质细胞	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	NA	NA
867	2025-06-13	Insights into Keratinocyte and Immunologic Landscape in Cutaneous Graft-Versus-Host Disease through Single-Cell Transcriptomics 2025-Jul, JID innovations : skin science from molecules to population health DOI:10.1016/j.xjidi.2025.100373 PMID:40492027	研究论文	通过单细胞转录组学揭示皮肤移植物抗宿主病（GVHD）中角质形成细胞和免疫细胞的复杂反应	首次使用单细胞RNA测序技术比较慢性GVHD与健康对照样本的转录组，揭示了角质形成细胞和免疫细胞的非免疫和免疫学变化	研究样本量未明确说明，可能限制结果的普遍性	探讨皮肤GVHD的发病机制，特别是角质形成细胞和其他皮肤结构细胞的作用	慢性GVHD患者的表皮和真皮样本与健康对照样本	单细胞转录组学	皮肤移植物抗宿主病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
868	2025-06-12	Skeletal site-specific variations in myeloid cells: insights from single-cell RNA sequencing of the mandible and femur 2025-Jul, JBMR plus IF:3.4Q2 DOI:10.1093/jbmrpl/ziaf074 PMID:40486046	research paper	通过单细胞RNA测序研究下颌骨和股骨骨髓中CD11b+髓系细胞的差异，揭示下颌骨来源细胞具有独特的炎症基因特征	首次通过单细胞RNA测序揭示下颌骨与股骨骨髓中CD11b+髓系细胞的转录组差异，并发现KLF4基因在下颌骨来源细胞分化中的特异性作用	研究仅使用2月龄C57BL/6小鼠样本，未涉及其他年龄段或品系	探究不同骨骼部位（下颌骨与股骨）髓系细胞群的生物学差异	2月龄C57BL/6小鼠下颌骨和股骨骨髓中的CD11b+髓系细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），转座酶可及染色质测序（ATAC-seq），定量逆转录PCR（qRT-PCR）	NA	单细胞转录组数据，表观遗传数据	2月龄C57BL/6小鼠的下颌骨和股骨骨髓样本
869	2025-06-11	Targeting SPP1+ macrophages via the SPP1-CD44 axis reveals a key mechanism of immune suppression and tumor progression in ovarian cancer 2025-Jul-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114906 PMID:40446696	研究论文	该研究通过整合分析卵巢癌单细胞测序数据，揭示了SPP1+巨噬细胞通过SPP1-CD44轴促进T细胞耗竭和免疫抑制的机制	首次发现SPP1+巨噬细胞亚群通过SPP1-CD44轴驱动卵巢癌中的免疫抑制和T细胞耗竭，并验证了nilotinib作为潜在SPP1抑制剂的治疗潜力	研究主要基于单细胞测序数据和体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索卵巢癌中肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)促进免疫抑制和肿瘤进展的分子机制	高级别浆液性卵巢癌(HGSOC)中的肿瘤相关巨噬细胞和T细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞测序、分子对接、分子动力学模拟	NA	单细胞测序数据	六个HGSOC单细胞测序数据集
870	2025-06-11	Mefunidone treats pulmonary fibrosis by targeting SDH to regulate fibro-promoting macrophages 2025-Jul-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114971 PMID:40449267	研究论文	本研究揭示了Mefunidone通过靶向SDH并调节促纤维化巨噬细胞转化来治疗肺纤维化的新机制	首次发现Mefunidone通过结合并抑制SDH活性来抑制琥珀酸生成，进而调控促纤维化巨噬细胞表型转化	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	阐明Mefunidone治疗肺纤维化的分子靶点和潜在机制	博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型和促纤维化巨噬细胞	基础医学研究	肺纤维化	单细胞测序技术	动物模型	实验数据	博来霉素诱导的肺纤维化小鼠
871	2025-06-11	Multi-omics identifies OSM-OSMR as a key receptor-ligand in the tumor environment of endometrial adenocarcinoma 2025-Jul-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114933 PMID:40450916	研究论文	本研究通过多组学方法识别了OSM-OSMR作为子宫内膜腺癌肿瘤微环境中的关键受体-配体，并构建了一个预后模型	首次发现OSM信号在子宫内膜癌组织中的细胞通讯中显著升高，并基于OSM基因集将子宫内膜腺癌分为四种亚型，构建了七基因特征的预后模型	研究主要基于公开数据集和细胞系实验，缺乏大规模临床样本验证	探索子宫内膜腺癌肿瘤微环境中细胞间的配体-受体关系并构建预后模型	子宫内膜腺癌组织和细胞系	肿瘤微环境研究	子宫内膜腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组测序、批量RNA测序	随机生存森林模型	RNA测序数据和临床数据	来自GEO和TCGA的公开数据集及Ishikawa细胞系
872	2025-06-11	Phillyrin for sepsis-related acute lung injury: A potential strategy suppressing GSK-3β 2025-Jul, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2025.04.017 PMID:40359720	研究论文	本研究探讨了连翘苷（PHN）通过抑制GSK-3β信号通路缓解脓毒症相关急性肺损伤（ALI/ARDS）的潜在机制	首次发现PHN能与GSK-3β形成稳定复合物，并证实其通过抑制GSK-3β促进M2巨噬细胞极化和减少中性粒细胞募集来缓解ALI/ARDS	研究主要基于LPS诱导的炎症模型，临床转化效果需进一步验证	阐明PHN缓解脓毒症相关ALI/ARDS的分子机制	连翘苷（PHN）、GSK-3β信号通路、ALI/ARDS动物模型	分子药理学	急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征	分子对接、动力学模拟、孟德尔随机化分析、单细胞测序	LPS诱导的小鼠和斑马鱼炎症模型	基因表达数据、蛋白质活性数据、细胞表型数据	从公共数据库筛选8331个ALI/ARDS相关靶基因，并进行了体内外实验验证
873	2025-06-10	Single-cell transcriptional profiling reveals cellular senescence and inflammatory persistence as key features of type 1 diabetes partial remission 2025-Jul, Diabetes, obesity & metabolism DOI:10.1111/dom.16384 PMID:40183401	研究论文	通过单细胞RNA测序研究1型糖尿病部分缓解期的免疫机制	揭示了1型糖尿病部分缓解期未被认识的免疫失调特征，包括单细胞亚群的分子特征和动态变化	研究仅基于外周血单个核细胞，未涉及其他免疫细胞或组织	探究1型糖尿病部分缓解期的免疫机制	健康对照者、新诊断的1型糖尿病患者和处于部分缓解期的患者	单细胞转录组学	1型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	健康对照者、新诊断T1D患者和PR阶段患者的PBMCs样本
874	2025-06-10	A survey of the methodological process of modeling, inference, and evaluation of gene regulatory networks using scRNA-Seq data 2025-Jul, Bio Systems DOI:10.1016/j.biosystems.2025.105464 PMID:40409400	综述	本文综述了利用scRNA-Seq数据建模、推断和评估基因调控网络的方法学过程	揭示了scRNA-Seq技术在基因调控网络推断中的技术和方法学挑战，并提出了更稳健的方法学过程建议	缺乏关于真实网络的知识以及评估指标的非标准化，导致算法性能比较困难	探讨scRNA-Seq数据在基因调控网络推断中的方法学挑战和改进方向	基因调控网络（GRNs）	生物信息学	NA	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	NA
875	2025-06-09	Delivery of Itgb1-siRNA by triptolide-modified and anti-Flt1 peptide-guided ionizable cationic LNPs for targeted therapy of corneal neovascularization 2025-Jul-10, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society IF:10.5Q1 DOI:10.1016/j.jconrel.2025.113811 PMID:40324532	研究论文	本研究开发了一种新型的离子化阳离子脂质纳米颗粒（icLNPs），用于递送Itgb1-siRNA，以靶向治疗角膜新生血管（CoNV）	通过结合抗Flt1肽引导和雷公藤甲素修饰，提高了icLNPs的靶向性和抗炎性能，有效抑制血管内皮细胞增殖和迁移	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	开发一种新型的非侵入性治疗方法，用于治疗角膜新生血管	角膜新生血管（CoNV）及其相关血管内皮细胞和周细胞	生物医学工程	眼科疾病	单细胞测序、siRNA递送技术	NA	NA	小鼠模型
876	2025-06-09	Intercellular communication after myocardial infarction: Macrophage as the centerpiece 2025-Jul, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2025.102757 PMID:40320153	综述	本文综述了心肌梗死后巨噬细胞作为核心的细胞间通讯及其在损伤修复中的作用	总结了巨噬细胞亚群动态变化及以巨噬细胞为中心的细胞间通讯，提出了新的靶向治疗策略和免疫代谢调控潜力	NA	探讨心肌梗死后巨噬细胞在损伤修复中的核心作用及其治疗潜力	心肌梗死后巨噬细胞及其与其他心脏细胞的相互作用	心血管疾病	心肌梗死	单细胞测序	NA	基因表达谱	NA
877	2025-06-09	Single-cell transcriptomic analyses provide insights into the tumor microenvironment heterogeneity and invasion phenotype in retinoblastoma 2025-Jul, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.156009 PMID:40378583	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了视网膜母细胞瘤（RB）肿瘤微环境（TME）的异质性及其与侵袭表型的关系	首次系统描绘了RB中TME的细胞亚群特征及细胞间通讯网络，并发现特定TME亚群（如MG1巨噬细胞和AC1星形胶质样细胞）与RB眼外侵袭的相关性	研究样本量有限，且机制研究主要基于生物信息学分析，需进一步实验验证	探究视网膜母细胞瘤肿瘤微环境异质性及其在肿瘤侵袭中的作用机制	视网膜母细胞瘤组织样本及其肿瘤微环境细胞	数字病理	视网膜母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CellChat细胞通讯分析、Monocle拟时序分析、CIBERSORT免疫细胞浸润分析	NA	单细胞转录组数据、微阵列数据	未明确说明样本数量（包含侵袭性和非侵袭性RB样本）
878	2025-06-09	Crosstalk between kidney and bones: New perspective for modulating osteoporosis 2025-Jul, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2025.102776 PMID:40389172	review	探讨肾脏与骨骼之间的相互作用及其在骨质疏松症中的调节作用	从分子生物学到临床视角综合分析肾脏与骨骼的相互作用，并提出新的体外模型和潜在治疗策略	NA	研究肾脏与骨骼之间的相互作用及其在骨质疏松症中的调节作用	肾脏、骨骼及其相互作用	NA	骨质疏松症	细胞共培养、器官芯片、单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
879	2025-06-09	stDGAC: A novel identifying spatial domains method via graph attention contrastive network for spatial transcriptomics data 2025-Jul, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110280 PMID:40403639	研究论文	提出了一种名为stDGAC的新方法，通过结合使用去噪自编码器和图注意力对比网络，更准确地识别空间转录组数据中的空间域	stDGAC方法首次联合使用去噪自编码器和图注意力对比网络，有效利用高维且噪声较多的空间转录组数据，提高了空间域识别的准确性	未提及具体的样本量或数据来源限制	开发一种更准确识别空间转录组数据中空间域的方法	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组测序	去噪自编码器（denoising autoencoder）和图注意力对比网络（graph attention contrastive network）	空间转录组数据	NA
880	2025-06-09	Integrating multi-omics data with artificial intelligence to decipher the role of tumor-infiltrating lymphocytes in tumor immunotherapy 2025-Jul, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.156035 PMID:40435910	综述	本文综述了人工智能在评估肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）中的应用进展，包括自动化定量、亚群识别和空间分布模式分析	整合多组学数据与人工智能技术，探索TILs在肿瘤免疫治疗中的作用，并探讨AI与其他新兴技术（如单细胞测序、多重免疫荧光等）的结合	未提及具体AI模型的性能比较或临床验证结果	阐明TILs在各种癌症中的预后价值及其对免疫治疗和新辅助治疗反应的预测能力	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）	数字病理学	癌症	单细胞测序、多重免疫荧光、空间转录组学	CNN	图像	NA