单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
821	2025-07-03	Exploring the interconnection between PANoptosis and chronic inflammatory diseases: identifying key targets and therapeutic strategies for periodontitis and ulcerative colitis 2025-Jul-02, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-04320-7 PMID:40600991	研究论文	本研究探讨了PANoptosis与慢性炎症性疾病（如牙周炎和溃疡性结肠炎）之间的关联，并识别了关键靶点和治疗策略	首次将PANoptosis与牙周炎和溃疡性结肠炎联系起来，识别了BAG3、LYN和APOE等核心基因作为潜在治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析和小鼠模型，需要进一步临床验证	探索PANoptosis在慢性炎症性疾病中的作用机制并识别潜在治疗靶点	牙周炎(PD)和溃疡性结肠炎(UC)	生物医学	牙周炎, 溃疡性结肠炎	差异表达分析, 加权基因共表达网络分析, GO和KEGG富集分析, LASSO和SVM-RFE算法, 单细胞RNA测序, 分子对接模拟	DSS诱导的UC小鼠模型	基因表达数据	GSE16134(PD)和GSE87466(UC)数据集, 实验小鼠模型
822	2025-07-03	Gene expression and hormonal signaling in osteoporosis: from molecular mechanisms to clinical breakthroughs 2025-Jul, Journal of biomaterials science. Polymer edition DOI:10.1080/09205063.2024.2445376 PMID:39729311	综述	本文综述了骨质疏松症管理中基因表达和激素调控的最新发现，包括单细胞RNA测序和长链非编码RNA等新方法	介绍了骨质疏松症治疗中的最新方法，如单细胞RNA测序、长链非编码RNA研究，以及基于遗传和激素变异的个性化治疗策略	需要进一步研究和科学家与临床医生的合作，以将这些新发现应用于实际医疗中	探讨骨质疏松症的分子机制和临床治疗突破	骨质疏松症的基因表达和激素信号传导	医学研究	骨质疏松症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
823	2025-07-03	Comparison of Droplet- and Microwell-based Methods to Analyze Cryopreserved Human BAL Cells by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0467MA PMID:40392631	研究论文	比较基于液滴和微孔的方法对冷冻保存的人类BAL细胞进行单细胞RNA测序的效果	首次比较了两种冷冻保存和单细胞RNA测序方法在人类BALF细胞中的应用效果，特别是对肺泡巨噬细胞、上皮细胞、肥大细胞和T细胞的转录本和基因计数有显著差异	研究仅基于四个BALF样本，样本量较小	解决人类样本冷冻保存和单细胞RNA测序方法的选择问题	人类BALF细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	四个BALF样本
824	2025-07-03	Integrating AI/ML and multi-omics approaches to investigate the role of TNFRSF10A/TRAILR1 and its potential targets in pancreatic cancer 2025-Jul, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110432 PMID:40424767	研究论文	该研究通过整合AI/ML和多组学方法，探讨了TNFRSF10A/TRAILR1在胰腺癌中的潜在治疗靶点作用	结合了多组学分析、深度学习驱动的QSAR建模和基于transformer的深度学习方法SELFormer，首次预测并验证了TNFRSF10A作为胰腺癌的治疗靶点	研究结果需要进一步的实验验证，且样本来源和数量未明确说明	探索胰腺癌中TNFRSF10A/TRAILR1的潜在治疗靶点作用	胰腺导管腺癌(PDAC)及其微环境中的癌细胞	数字病理学	胰腺癌	多组学分析（基因组学、单细胞空间转录组学、蛋白质组学、ceRNA网络分析）、QSAR建模、分子动力学模拟	transformer-based deep learning (SELFormer), QSAR	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、化学结构数据	NA
825	2025-07-03	Analysis of Hyperexpanded T Cell Clones in SARS-CoV-2 Vaccine-Associated Liver Injury by Spatial Proteomics and Transcriptomics 2025-Jul, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.70172 PMID:40522253	研究论文	通过空间蛋白质组学和转录组学分析SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤中的超扩增T细胞克隆	使用新型的mIF-RISH结合方法和Xenium原位平台进行单细胞空间转录组学分析，首次在SV ALI患者肝脏样本中定位和表征超扩增CD8+ T细胞克隆	研究仅基于一例严重SV ALI患者的肝脏样本，样本量较小	阐明SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤(SV ALI)的免疫病理机制	SV ALI患者的肝脏移植样本中的T细胞克隆	空间多组学	肝损伤	T细胞受体测序、多重免疫荧光(mIF)、RNA原位杂交(RISH)、Xenium原位单细胞空间转录组学	NA	空间多组学数据(蛋白质组+转录组)	1例SV ALI患者的肝脏移植样本
826	2025-07-03	Integration of Machine Learning Algorithms and Single-Cell Sequencing Analysis Reveals the Efferocytosis-Related Molecular Subtype and Prognostic Scoring Index in Colon Adenocarcinoma 2025-Jul, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16985 PMID:40296254	研究论文	通过整合机器学习算法和单细胞测序分析，揭示了结肠腺癌中与胞葬作用相关的分子亚型和预后评分指数	首次在结肠腺癌中整合多组学数据和机器学习算法，开发了与胞葬作用相关的分子亚型及预后评分系统，并验证了TIMP1作为关键调节因子的作用	研究结果需要进一步的临床验证，且样本来源仅限于公共数据库	探究结肠腺癌中胞葬作用相关基因的分子特征及其临床意义	结肠腺癌患者的多组学数据及体外功能实验	生物信息学	结肠腺癌	单细胞测序、多组学整合分析、机器学习算法	机器学习算法（未指定具体模型）	多组学数据（基因表达、单细胞测序等）	162个胞葬作用相关基因，22个在结肠腺癌中异常表达的基因
827	2025-07-03	Single-nuclei sequencing of Moricandia arvensis reveals bundle sheath cell function in the photorespiratory shuttle of C3-C4 intermediate Brassicaceae 2025-Jul-01, Journal of experimental botany IF:5.6Q1 DOI:10.1093/jxb/eraf245 PMID:40590299	研究论文	本研究通过单核RNA测序技术揭示了Moricandia arvensis中束鞘细胞在C3-C4中间型光合作用中的功能	首次利用单核RNA测序技术研究Brassicaceae科C3-C4中间型植物的细胞特异性表达模式，揭示了与光呼吸反应相关的基因表达变化	研究仅限于Brassicaceae科中的一个物种，结果可能不具有广泛代表性	探究C3-C4中间型植物中细胞特异性如何影响相互关联的代谢途径	Moricandia arvensis（具有C3-C4中间型特征的Brassicaceae植物）和拟南芥（C3植物）	植物分子生物学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 电子显微镜免疫金标记	NA	RNA测序数据, 显微镜图像	Moricandia arvensis和拟南芥的叶片组织
828	2025-07-03	Salidroside Alleviates Renal Ischemia-reperfusion Injury by Inhibiting Macrophage Pyroptosis Through HIF Signaling 2025-Jul-01, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02328-y PMID:40591075	研究论文	研究红景天中的活性成分红景天苷（Sa）通过抑制HIF信号通路减轻巨噬细胞焦亡，从而缓解肾缺血再灌注损伤（RIRI）的保护作用	揭示了红景天苷通过抑制ROS-HIF-1α正反馈环路，减少NLRP3炎症小体激活和巨噬细胞焦亡的新机制	需要进一步研究验证其临床潜力和分子特异性	探索红景天苷在肾缺血再灌注损伤中的保护作用及其机制	小鼠RIRI模型和巨噬细胞	病理学	肾缺血再灌注损伤	多组学分析、单细胞RNA测序、网络药理学	小鼠模型	实验数据、测序数据	小鼠模型和巨噬细胞样本
829	2025-07-03	ScReNI: Single-cell Regulatory Network Inference Through Integrating scRNA-seq and scATAC-seq Data 2025-Jul-01, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf060 PMID:40591481	research paper	本文提出了一种名为ScReNI的新算法，用于通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）数据推断单细胞水平的基因调控网络	ScReNI算法通过整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，利用最近邻算法和修改后的随机森林推断基因表达与染色质可及性之间的非线性调控关系，能够分析配对和非配对数据集，并在基于网络的细胞聚类中表现出更高的准确性	NA	开发一种能够推断单细胞特异性调控网络的新算法	单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	随机森林	单细胞测序数据	NA
830	2025-07-03	LEGEND: Identifying Co-expressed Genes in Multimodal Transcriptomic Sequencing Data 2025-Jul-01, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf056 PMID:40591483	研究论文	介绍了一种名为LEGEND的计算方法，用于整合单细胞RNA测序和空间转录组数据，以识别共表达基因	LEGEND是一种新颖的计算方法，首次整合了scRNA-seq和SRT数据，采用创新的层次聚类算法，最大化簇内冗余和簇间互补性，从而更有效地捕捉基因共表达和空间一致性的细微模式	未明确提及具体限制，但可能包括数据整合的复杂性和计算资源需求	揭示生物或病理过程中共功能基因的共表达模式	共表达基因	生物信息学	NA	scRNA-seq, SRT	层次聚类算法	转录组数据	NA
831	2025-07-03	Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Conserved IFNγ-IL8 Signaling-Induced Antibacterial Neutrophil States during Bacterial Infection 2025-Jul-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504840 PMID:40598825	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了细菌感染期间保守的IFNγ-IL8信号通路诱导的抗菌中性粒细胞状态	首次在尼罗罗非鱼中通过单细胞转录组和流式细胞术分析揭示了IFNγ驱动的il8⁺中性粒细胞转变，并验证了IL8在增强抗菌反应中的作用	研究主要基于尼罗罗非鱼模型，人类中性粒细胞验证数据有限	探究细菌感染期间免疫细胞亚型的动态变化及其调控机制	尼罗罗非鱼和人类的中性粒细胞	免疫学	细菌感染	单细胞转录组测序，流式细胞术	NA	单细胞转录组数据，流式细胞数据	113,356个来自头肾和脾脏的免疫单细胞，多个感染时间点
832	2025-07-02	From injury to recovery: Spatiotemporal dynamics of the visual pathway during spontaneous structural and functional regeneration after optic nerve transection in zebrafish 2025-07-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2025.020 PMID:40567162	研究论文	本研究系统描述了成年斑马鱼在视神经横断后5周内的再生动态，包括视网膜、视神经和大脑的时空协调恢复过程	首次全面揭示了斑马鱼视觉通路在视神经损伤后的时空再生动态，并建立了与功能恢复的关联	研究仅聚焦于斑马鱼模型，结果向哺乳动物（尤其是人类）的转化潜力仍需进一步验证	阐明斑马鱼视觉系统自发再生的时空动态机制	成年斑马鱼的视觉通路（视网膜、视神经和大脑）	神经再生	视神经损伤	H&E染色、免疫组化、透射电镜、单细胞RNA测序、视动反应(OKR)行为评估	斑马鱼模型	组织学图像、转录组数据、行为数据	未明确说明样本数量，研究持续5周时间
833	2025-07-02	Cancer stem cells-derived exosomal TSPAN8 enhances non-stem cancer cells stemness and promotes malignant progression in PDAC 2025-Jul, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03412-1 PMID:40251391	研究论文	本研究探讨了胰腺导管腺癌(PDAC)中癌症干细胞(CSC)通过外泌体TSPAN8增强非干细胞癌细胞(NSCC)的干细胞特性并促进恶性进展的机制	首次发现CSC分泌的TSPAN8富集外泌体通过激活Sonic Hedgehog信号通路增强NSCC的干细胞特性	研究主要基于体外和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明PDAC中CSC通过外泌体介导的细胞间通讯机制	胰腺导管腺癌(PDAC)中的癌症干细胞(CSC)和非干细胞癌细胞(NSCC)	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、外泌体分析	NA	RNA测序数据、外泌体蛋白数据	未明确说明样本数量，使用PDAC细胞系和动物模型
834	2025-07-02	Neuroprotective liver portal area macrophages attenuate hepatic inflammation 2025-Jul, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02190-y PMID:40537510	research paper	该研究通过整合全肝叶成像和小鼠肝脏中CX3CR1细胞的单细胞RNA测序分析，发现了一种新型的肝门区巨噬细胞（LPAMs），其在维持肝脏免疫稳态中发挥重要作用	识别了一种新型的CX3CR1CD63肝门区巨噬细胞（LPAMs），并揭示了其在肝脏免疫稳态中的独特功能和与交感神经的密切互动	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究肝脏中特定巨噬细胞亚群的功能及其在肝脏免疫稳态中的作用	小鼠肝脏中的CX3CR1细胞	免疫学	非酒精性脂肪性肝炎	全肝叶成像、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	小鼠肝脏样本
835	2025-02-17	Comprehensive analysis of cytokine and chemokine gene expression in IgG4-related disease by spatial transcriptomics 2025-Jul, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.alit.2024.12.010 PMID:39952877	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
836	2025-06-30	Amelioration of Liver Fibrosis via In Situ Hepatic Stellate Cell Conversion Through Co-Inhibition of TGF-β and GSK-3 Signalling 2025-Jul, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.70187 PMID:40575954	研究论文	本研究评估了一种针对肝星状细胞(HSCs)的联合疗法，通过抑制TGF-β和GSK-3信号通路来改善肝纤维化并促进肝脏修复	提出了一种新型小分子鸡尾酒疗法SBCH，不仅能抑制HSC活化和纤维化活性，还能诱导活化的HSCs转化为肝细胞样细胞(ciHeps)，实现肝脏组织修复和功能恢复	研究仅在三种动物模型中进行，尚未进行人体临床试验	探索治疗肝纤维化和肝硬化的新型治疗策略	肝星状细胞(HSCs)和肝纤维化动物模型	肝脏疾病治疗	肝纤维化/肝硬化	单细胞RNA测序、体内示踪技术	NA	分子生物学数据、组织学数据	三种肝纤维化动物模型(CCl4诱导、胆管结扎(BDL)和非酒精性脂肪性肝炎(NASH)联合二乙基亚硝胺(DEN)诱导)
837	2025-06-29	Molecular characterization of benign intracranial glioependymal and arachnoid cysts suggest heterogeneous mechanisms of action 2025-Jul-01, Journal of neuropathology and experimental neurology IF:3.2Q2 DOI:10.1093/jnen/nlaf029 PMID:40197611	研究论文	本研究对良性颅内胶质室管膜囊肿和蛛网膜囊肿进行了分子特征分析，揭示了其不同的发病机制	首次通过单细胞测序和RNA表达谱比较，揭示了胶质室管膜囊肿和蛛网膜囊肿具有不同的细胞特征和表达谱	样本量较小（仅16例患者），且仅对部分病例进行了液体成分分析	探究良性颅内囊肿的形成和生长机制	16例接受手术治疗的良性颅内囊肿患者	神经病理学	颅内囊肿	H&E染色、免疫荧光染色、单细胞测序、RNA表达谱分析	NA	组织样本、液体样本、基因表达数据	16例患者（8例病理样本，4例液体样本）
838	2025-06-27	The human infertility single-cell testis atlas (HISTA): an interactive molecular scRNA-Seq reference of the human testis 2025-Jul, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.13637 PMID:38577799	研究论文	本文介绍了人类不育单细胞睾丸图谱(HISTA)的生成和使用，这是一个通过scRNA-Seq分析理解人类精子发生的交互式网络工具	整合了来自多个供体、发育年龄和生育状态的scRNA-Seq数据，创建了一个交互式网络工具，支持简单的统计假设检验，并包含机器学习衍生的基因模块	数据来源于12个供体，样本量相对有限，且需要进一步的研究社区输入以更新和优化	构建一个整合的单细胞RNA测序参考图谱，以促进睾丸研究	人类睾丸组织，包括健康成人对照、青少年和多种不育病例	生物信息学	不育症	scRNA-Seq	机器学习	单细胞RNA测序数据	12个供体的scRNA-Seq数据集
839	2025-06-27	Applications of spatial transcriptomics in studying spermatogenesis 2025-Jul, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70043 PMID:40202007	综述	本文综述了空间转录组学在研究精子发生过程中的应用	利用空间转录组学技术研究精子发生过程中的分子特征及细胞间相互作用	NA	探讨空间转录组学在理解精子发生及男性不育症中的应用	哺乳动物睾丸中的细胞类型及其相互作用	基因组学	男性不育症	空间转录组学	NA	分子特征数据	NA
840	2025-06-27	Single-Cell Transcriptomics and Lineage Tracing Unveil Parallels in Lymphatic Muscle and Venous Smooth Muscle Development, Identity, and Function 2025-Jul, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.125.322567 PMID:40371470	研究论文	该研究通过单细胞转录组学和谱系追踪揭示了淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs）在发育、特性和功能上的相似性	首次揭示了LMCs和静脉SMCs在转录组和功能上的高度相似性，并确定了它们共同的WT1+中胚层祖细胞来源	研究主要基于小鼠模型，人类LMCs的特性可能有所不同	探究淋巴肌肉细胞的分子特征和发育起源	淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs）	细胞生物学	淋巴水肿	单细胞RNA测序、遗传谱系追踪、全标本免疫染色、活体成像	NA	基因表达数据、图像数据	小鼠后肢和腹股沟-腋窝区域的LMCs和SMCs