单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-08-10	Spatial transcriptomic applications in orthopedics 2025-Jul, Connective tissue research IF:2.8Q1 DOI:10.1080/03008207.2025.2501703 PMID:40347072	综述	本文综述了空间转录组学在骨科研究中的变革性影响，重点介绍了其在解析肌肉骨骼组织中复杂基因表达模式的应用	空间转录组学方法用于识别新的细胞群体和细胞信号通路，调控发育和疾病	NA	探讨空间转录组学在骨科研究中的应用及其潜力	肌肉骨骼组织（软骨、关节、骨、肌腱、韧带和滑膜）	数字病理学	骨科疾病	空间转录组学方法（10X Visium, 10X Xenium, seqFISH+, MERFISH, NanoString GeoMx DSP）	NA	基因表达数据	29篇已发表的论文涉及软骨、骨、肌腱、滑膜和椎间盘
62	2025-08-10	Identification of matrix stiffness-related molecular subtypes in HCC via integrating multi-omics analysis and machine learning algorithms 2025-Jul-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06733-7 PMID:40598539	研究论文	通过整合多组学分析和机器学习算法，识别与基质硬度相关的HCC分子亚型	构建了一个包含57个基因的基质硬度相关特征，并通过多种机器学习算法验证了PPARG在HCC中的关键作用	研究依赖于公开的多组学数据，可能受到数据质量和样本量的限制	研究基质硬度在肝细胞癌（HCC）中的分子机制及其对预后和治疗反应的影响	肝细胞癌（HCC）患者的多组学数据和单细胞RNA测序数据	机器学习	肝癌	多组学分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	多种机器学习算法组合	多组学数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	未明确提及具体样本数量，但使用了公开的LIHC数据集
63	2025-08-10	Single-cell RNA sequencing reveals anterograde trans-synaptic degeneration and exacerbated synaptic remodeling in myopia 2025-Jul, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01489-y PMID:40610752	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了近视中视网膜神经节细胞的凋亡信号激活及视觉皮层突触重塑	首次发现近视可加剧视网膜神经节细胞凋亡，诱导顺行性跨突触变性并加重突触重塑	未明确说明样本量及具体实验模型	探究跨突触变性在近视发病机制中的作用	视网膜神经节细胞(RGCs)和视觉皮层	digital pathology	myopia	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	NA
64	2025-08-09	Innate Immune Remodeling Drives Therapy Resistance via Macrophage-NK Cell Crosstalk 2025-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.22.666055 PMID:40777338	研究论文	研究探讨了靶向治疗过程中肿瘤免疫微环境（TME）的动态演变及其对治疗反应和耐药性的影响	发现了一个之前未被识别的转折点，即在肿瘤消退期间炎症性TME（以NK细胞浸润为特征）转变为药物耐受残留疾病时的免疫排斥状态，并揭示了一种独特的巨噬细胞亚群（F4/80+CCL5⁺MHCII⁺CD63⁺）通过CCR2/5信号在消退期间调控NK细胞招募	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩展	探究靶向治疗过程中免疫微环境的动态变化及其对治疗耐药性的影响	小鼠黑色素瘤模型和人类黑色素瘤及肺癌患者样本	肿瘤免疫学	黑色素瘤, 肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	小鼠模型和人类黑色素瘤及肺癌患者样本
65	2025-08-09	Programmable microparticles rewire CAR signaling to enable super-physiological expansion of human T cells in vitro 2025-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.17.665438 PMID:40777491	research paper	该研究利用可编程PLGA微粒（CAREp）重新连接CAR信号，实现人类T细胞在体外的超生理扩增	首次证明通过纳米级控制的细胞外信号可重新编程CAR-T细胞的增殖能力，实现持续100天以上的扩增和10^5倍的累积扩增	研究仅限于体外实验，尚未进行体内疗效验证	探索如何通过外部编程最大化人类CAR-T细胞的增殖能力	人类CD8 CAR-T细胞	免疫治疗	NA	单细胞测序、转录组分析	NA	基因表达数据	NA
66	2025-08-09	Disruption of E-cadherin in the airway led to dysplastic stressed cells and asthma-like phenotypes 2025-Jul-18, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.030 PMID:40683251	research paper	研究揭示了E-cadherin在气道细胞命运调控中的作用及其缺失如何导致气道重塑和类似哮喘的表型	首次展示了E-cadherin在气道上皮祖细胞中的特异性缺失如何独立于过敏原暴露引发哮喘样表型，并揭示了上皮细胞内在的免疫防御机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究E-cadherin在气道细胞命运调控和气道重塑中的作用机制	小鼠气道上皮细胞（特别是club细胞）	分子生物学	哮喘	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	NA
67	2025-08-09	Pan-cancer human brain metastases atlas at single-cell resolution 2025-Jul-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.025 PMID:40215980	研究论文	通过单细胞RNA测序分析108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本，研究跨癌症谱系和亚群的细胞状态和组成的特征及重塑	首次在单细胞分辨率下构建了泛癌人类脑转移图谱，揭示了恶性细胞的染色体不稳定性、增殖和血管生成特征，以及神经样脑转移相关元程序	样本量虽较以往研究有所增加，但仍可能不足以涵盖所有癌症类型的脑转移特征	探索脑转移生物学特征及其与临床特征的关系	108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本	癌症生物学	脑转移	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本
68	2025-08-09	Gland- and cell-level heterogeneity in the prostate: A narrative review of related diseases 2025-Jul, Current urology IF:0.9Q4 DOI:10.1097/CU9.0000000000000269 PMID:40765528	review	本文综述了前列腺在腺体和细胞水平上的异质性及其与良性前列腺增生(BPH)和前列腺癌(PCa)的关系	探讨了新发现的细胞类型对BPH和PCa治疗的意义，以及单细胞测序技术在解析前列腺不同区域细胞类型和基因表达模式中的应用	当前研究尚无法精确回答前列腺异质性的相关问题	研究前列腺异质性及其与疾病分布、表现和特征的关系	前列腺腺体和细胞	digital pathology	prostate cancer	单细胞测序技术	NA	NA	NA
69	2025-08-08	CYCLONE: recycle contrastive learning for integrating single-cell gene expression data 2025-Jul-30, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06214-0 PMID:40739171	research paper	本文介绍了一种名为CYCLONE的新方法，用于通过循环对比学习网络整合单细胞基因表达数据	CYCLONE通过循环更新MNN对和结合KNN对来识别批次特异性细胞类型，避免了批次效应过度校正的问题	NA	整合单细胞转录组测序数据以减少批次效应，提高对细胞身份和功能的理解	单细胞基因表达数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	对比学习网络和VAE模型	基因表达数据	模拟和真实的scRNA-seq数据集
70	2025-08-08	Columbianadin targets TRIM7 to maintain P2X7 palmitoylation, inhibiting cuproptosis in synovial M2 macrophages 2025-Jul-30, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.157091 PMID:40768810	研究论文	本研究探讨了天然植物化学物质Columbianadin (CBN)通过靶向TRIM7维持P2X7棕榈酰化，抑制滑膜M2巨噬细胞铜死亡的分子机制	首次将TRIM7鉴定为铜死亡警报蛋白，并揭示了CBN通过TRIM7-ZDHHC5-P2X7轴调控铜流出的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	阐明CBN治疗创伤性滑膜炎的分子机制，为其临床转化提供理论基础	创伤性滑膜炎小鼠模型和TRIM7条件性敲除小鼠	分子病理学	创伤性滑膜炎	单细胞测序、生物信息学分析、荧光共定位、电感耦合等离子体质谱、酰基生物素交换实验	小鼠前交叉韧带非破坏性撕裂模型	基因表达数据、蛋白质互作数据、金属离子浓度数据	未明确说明具体样本数量，使用基因工程小鼠模型
71	2025-08-08	Exploration and Application of Malignant Cell Heterogeneity Analysis with Single-Cell Transcriptome Sequencing Technology 2025-Jul-25, Aging and disease IF:7.0Q1 DOI:10.14336/AD.2025.0836 PMID:40768639	研究论文	本文探讨了利用单细胞转录组测序技术分析恶性肿瘤细胞异质性及其应用	强调了单细胞RNA测序技术在解析肿瘤细胞异质性方面的创新应用，尤其是在肿瘤细胞本身的研究上，而不仅限于免疫和基质细胞群	当前单细胞RNA测序技术的应用仍主要集中于免疫和基质细胞群体，对肿瘤细胞本身的研究相对较少	阐明肿瘤的生物学机制，以提高诊断精度和治疗效果	恶性肿瘤细胞及其异质性	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
72	2025-08-08	Role of APE1 redox function in chronic rhinosinusitis pathogenesis: Implications for targeted therapy 2025-Jul-17, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.07.004 PMID:40683569	研究论文	本文探讨了APE1氧化还原功能在慢性鼻窦炎发病机制中的作用及其靶向治疗的潜力	揭示了APE1氧化还原功能在慢性鼻窦炎中驱动2型炎症、线粒体氧化应激、黏液产生和上皮屏障功能障碍的新机制，并评估了APE1氧化还原抑制剂C10的治疗潜力	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，需要进一步临床验证	阐明APE1氧化还原功能在慢性鼻窦炎发病机制中的作用并评估其靶向治疗的潜力	人类鼻组织、CRS小鼠模型、气液界面培养的人鼻上皮细胞和BEAS-2B细胞	病理生理学	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序、免疫组化、Western blot、定量RT-PCR	CRS小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，涉及人类鼻组织、小鼠模型和细胞系
73	2025-08-08	Single-cell and spatial transcriptomics map senescent vascular cells in arterial remodeling during atherosclerosis in mice 2025-Jul-14, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00889-z PMID:40660002	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统性地研究了小鼠动脉粥样硬化中衰老血管细胞的异质性	发现了动脉粥样硬化中血管特异性衰老转录组特征，包括Spp1、Ctsb和Tnfrsf11b mRNAs的富集	研究主要基于小鼠模型，人类VSMC衰老的体外模型验证有限	探究动脉粥样硬化中衰老血管细胞的异质性及其转录组特征	小鼠主动脉中的血管平滑肌细胞(VSMCs)、成纤维细胞和T细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学	p16-tdTomato和Ldlr; p16-3MR小鼠模型	RNA序列数据	使用两种小鼠动脉粥样硬化模型和人类VSMC体外模型
74	2025-08-08	miRNA centered regulatory networks identify FN1 and miR27b as metastatic drivers in HPV negative head and neck cancer 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08646-3 PMID:40593296	研究论文	本研究通过分析HPV阴性头颈部鳞状细胞癌的转录组数据，开发了一个基于miRNA调控网络的转移预测模型，并识别了miR-27b和FN1作为转移的关键驱动因素	开发了一个基于miRNA调控网络的转移预测模型，识别了miR-27b和FN1作为HPV阴性头颈部鳞状细胞癌转移的关键驱动因素，并验证了其在单细胞水平和体外实验中的作用	研究样本量虽大但仍可能存在一定的偏差，且体外实验结果需要在体内进一步验证	探究HPV阴性头颈部鳞状细胞癌转移的调控机制并开发预测模型	HPV阴性头颈部鳞状细胞癌患者	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	转录组测序，单细胞RNA-seq	miRNA调控网络模型	RNA-seq数据	333例HPV阴性HNSC肿瘤样本
75	2025-08-07	Deciphering antigen-specific T cell navigation tactics and cancer immune evasion in co-cultures 2025-Jul-31, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08568-w PMID:40745217	研究论文	本研究通过定量细胞轨迹分析、计算建模和批量/单细胞RNA测序，系统表征了细胞相互作用对T细胞运动行为和癌症免疫逃逸的影响	揭示了在2.5D共培养系统中，癌症特异性T细胞表现出增强的方向持久性，并形成与癌细胞的长时间相互作用，同时发现癌细胞亚群具有免疫抑制特性	研究基于2.5D共培养系统，可能与体内实际情况存在差异	探究T细胞在肿瘤微环境中的运动行为及癌症免疫逃逸机制	抗原特异性T细胞和癌细胞	癌症免疫学	癌症	定量细胞轨迹分析、计算建模、批量/单细胞RNA测序	NA	细胞轨迹数据、RNA测序数据	NA
76	2025-08-07	Single-cell map of the healthy human immune system across the lifespan reveals unique infant immune signatures 2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.28.667181 PMID:40766403	research paper	该研究通过单细胞测序技术绘制了健康人类免疫系统从婴儿到老年的连续变化图谱，揭示了婴儿免疫系统的独特特征	首次在单细胞水平上全面描绘了人类免疫系统在整个生命周期中的动态变化，并特别强调了婴儿免疫系统的独特特征	样本量相对有限（95人），且仅研究了外周血单个核细胞，未涉及其他免疫组织	揭示人类免疫系统从婴儿期到老年期的连续重塑过程	95名健康人（年龄2个月至88岁）的外周血单个核细胞	免疫学	NA	scRNA-seq, snATAC-seq	NA	单细胞转录组数据，染色质可及性数据	95名健康人（婴儿27名，儿童23名，成人18名，老年人27名）
77	2025-08-07	Maternal opioid use with and without hepatitis C infection disrupts the structure and immune landscape of the maternal-fetal interface 2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.30.667651 PMID:40766448	研究论文	本研究探讨了母体阿片类药物使用障碍（OUD）对胎盘结构和免疫环境的影响，特别关注了伴随丙型肝炎病毒（HCV）感染的情况	首次结合流式细胞术、组织学、空间转录组学和单细胞转录组学技术，全面揭示了OUD对胎盘组织的多层面影响，并分析了HCV感染的附加效应	研究样本量未明确说明，且未探讨不同阿片类药物类型可能产生的差异效应	阐明母体OUD对母胎界面结构和免疫环境的破坏机制	胎盘组织及其免疫细胞群体	生殖医学	药物成瘾与肝炎	流式细胞术、组织学分析、空间转录组学、单细胞转录组学、CellChat分析	NA	组织样本、转录组数据、细胞表型数据	NA
78	2025-08-07	Cannabidiol exerts anti-inflammatory effects but maintains T effector memory cell differentiation: A Single-Cell Study in Humans 2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.30.667742 PMID:40766582	研究论文	该研究通过单细胞分析探讨了人类服用大麻二酚（CBD）后对外周免疫细胞分布的影响	首次在人类研究中发现CBD在增加T效应记忆细胞比例的同时表现出混合的免疫调节作用	样本量较小（23名参与者），且未明确说明参与者基线特征	评估CBD对免疫系统的调节作用	人类外周免疫细胞	免疫学	肾脏疾病	scRNA-seq、流式细胞术、细胞增殖检测、细胞因子检测、串联质谱	NA	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	23名接受口服CBD的参与者
79	2025-08-07	SmartImpute is a targeted imputation framework for single-cell transcriptome data 2025-Jul-30, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101122 PMID:40763742	研究论文	介绍了一种针对单细胞转录组数据的靶向插补框架SmartImpute，该框架专注于预定义的标记基因以提高生物相关性和计算效率	SmartImpute采用改进的生成对抗插补网络（GAIN）和多任务判别器，在插补缺失值的同时保留真实的生物零值	NA	提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的插补效果，以更深入地了解细胞异质性和疾病进展	单细胞RNA测序数据，包括头颈部鳞状细胞癌、人类骨髓和肺癌的数据集	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌、肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	生成对抗插补网络（GAIN）	单细胞转录组数据、空间转录组数据	超过一百万个细胞的数据集
80	2025-08-07	A Novel 14-Gene Panel Associated With Efferocytosis for Predicting Pancreatic Cancer Prognosis Through Bulk and Single-Cell Databases 2025-Jul-30, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/FBL40818 PMID:40765357	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和大规模转录组数据，识别了一个与胰腺导管腺癌预后相关的14基因面板，并构建了一个基于深度学习的ER风险评分系统	首次提出了一个与efferocytosis相关的14基因面板，用于预测胰腺导管腺癌的预后，并通过实验验证了关键基因的功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分有限，未来需要更多实验和临床数据支持	探索efferocytosis在胰腺导管腺癌进展中的作用，并开发预后预测模型	胰腺导管腺癌(PDAC)的肿瘤微环境中的肿瘤细胞、基质细胞和免疫细胞	digital pathology	pancreatic cancer	scRNA-seq, bulk transcriptomic data analysis, Boyden chamber analyses, immunohistochemical staining, cell cycle analyses, multiplex immunofluorescence staining	LASSO regression, random survival forest (RSF), deep learning	RNA-seq data, clinical data	来自TCGA和GEO数据库的数据，以及多个生物信息学网站的额外数据库