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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 761 | 2025-10-06 |
Integration of Machine Learning Algorithms and Single-Cell Sequencing Analysis Reveals the Efferocytosis-Related Molecular Subtype and Prognostic Scoring Index in Colon Adenocarcinoma
2025-Jul, Journal of gastroenterology and hepatology
IF:3.7Q2
DOI:10.1111/jgh.16985
PMID:40296254
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研究论文 | 通过整合机器学习算法和单细胞测序分析,揭示了结肠腺癌中胞葬作用相关的分子亚型和预后评分系统 | 首次系统鉴定结肠腺癌中胞葬作用相关基因并建立预后评分模型,结合单细胞测序验证关键基因TIMP1的功能 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步临床验证 | 探索胞葬作用相关基因在结肠腺癌中的预后价值和治疗意义 | 结肠腺癌患者样本和细胞系 | 机器学习 | 结肠癌 | 单细胞测序,多组学整合分析,体外功能实验 | 机器学习算法 | 多组学数据,单细胞测序数据 | 162个胞葬作用相关基因,22个在结肠腺癌中异常表达 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 762 | 2025-10-06 |
Salidroside Alleviates Renal Ischemia-reperfusion Injury by Inhibiting Macrophage Pyroptosis Through HIF Signaling
2025-Jul-01, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-025-02328-y
PMID:40591075
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研究论文 | 本研究探讨红景天活性成分红景天苷通过抑制巨噬细胞焦亡减轻肾缺血再灌注损伤的作用机制 | 首次揭示红景天苷通过ROS-HIF-1α正反馈环路调控巨噬细胞焦亡的新机制 | 需要进一步研究验证其临床潜力和分子特异性 | 探究红景天苷对肾缺血再灌注损伤的保护作用及机制 | 小鼠肾缺血再灌注损伤模型和巨噬细胞 | 生物医学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 多组学分析, 功能实验 | 动物模型 | 基因表达数据, 功能实验数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 763 | 2025-10-06 |
LEGEND: Identifying Co-expressed Genes in Multimodal Transcriptomic Sequencing Data
2025-Jul-01, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf056
PMID:40591483
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研究论文 | 提出一种名为LEGEND的计算方法,整合单细胞RNA测序和空间转录组数据识别共表达基因 | 开发了创新的分层聚类算法,最大化簇内冗余和簇间互补性,首次实现跨数据类型的共表达基因识别 | NA | 识别跨组织区域和细胞类型的共表达基因,揭示生物或病理过程中的共功能基因 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组数据中的基因表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | 分层聚类算法 | 基因表达数据, 空间位置数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 764 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Conserved IFNγ-IL8 Signaling-Induced Antibacterial Neutrophil States during Bacterial Infection
2025-Jul-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202504840
PMID:40598825
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示了细菌感染期间IFNγ-IL8信号通路诱导的保守性抗菌中性粒细胞状态 | 首次在尼罗罗非鱼模型中系统描绘了细菌感染期间的免疫细胞动态,并发现IFNγ-IL8信号通路在脊椎动物中的保守性机制 | 研究主要基于鱼类模型,在人类中的验证仍需进一步研究 | 探究细菌感染期间免疫细胞亚型的动态变化和调控机制 | 尼罗罗非鱼的头肾和脾脏免疫细胞 | 单细胞组学 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 113,356个单免疫细胞,涵盖多个感染时间点(0,1,5,10,75天感染后和3天再感染后) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 765 | 2025-10-06 |
Cancer stem cells-derived exosomal TSPAN8 enhances non-stem cancer cells stemness and promotes malignant progression in PDAC
2025-Jul, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03412-1
PMID:40251391
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研究论文 | 本研究揭示了胰腺导管腺癌中癌症干细胞通过富含TSPAN8的外泌体增强非干细胞癌细胞的干性并促进恶性进展的机制 | 首次发现癌症干细胞分泌的富含TSPAN8的外泌体可通过激活Sonic Hedgehog信号通路增强非干细胞癌细胞的干性 | 具体靶向治疗策略仍需进一步研究 | 探索胰腺导管腺癌中癌症干细胞与非干细胞癌细胞间的通讯机制及其在恶性进展中的作用 | 胰腺导管腺癌(PDAC)细胞系和动物模型 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,外泌体分析 | NA | 基因表达数据,功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 766 | 2025-10-06 |
Neuroprotective liver portal area macrophages attenuate hepatic inflammation
2025-Jul, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02190-y
PMID:40537510
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研究论文 | 本研究通过整合全肝叶成像和单细胞RNA测序技术,发现了一种具有神经保护功能的肝脏门静脉区巨噬细胞亚群 | 首次识别出CX3CR1+CD63+肝脏门静脉区巨噬细胞(LPAMs)这一新亚群,揭示了其与交感神经的相互作用及其在肝脏免疫稳态中的保护功能 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类肝脏中得到验证 | 探究肝脏巨噬细胞亚群的空间分布和功能特性 | 小鼠肝脏中的CX3CR1+细胞 | 单细胞生物学 | 非酒精性脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序,全肝叶成像 | NA | 单细胞转录组数据,空间成像数据 | 小鼠肝脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 767 | 2025-10-06 |
Amelioration of Liver Fibrosis via In Situ Hepatic Stellate Cell Conversion Through Co-Inhibition of TGF-β and GSK-3 Signalling
2025-Jul, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.70187
PMID:40575954
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研究论文 | 本研究评估了通过同时抑制TGF-β和GSK-3信号通路的小分子鸡尾酒疗法SBCH,在多种肝纤维化模型中改善纤维化并促进肝脏修复的效果 | 首次发现SBCH联合疗法不仅能抑制肝星状细胞活化,还能诱导活化的肝星状细胞转分化为肝细胞样细胞(ciHeps) | 研究仅在动物模型中进行,尚未进行临床试验验证 | 开发治疗肝纤维化和肝硬化的新型治疗策略 | 肝星状细胞(HSCs)和肝纤维化模型 | 肝脏疾病研究 | 肝纤维化、肝硬化 | 单细胞RNA测序、体内示踪、表型分析 | 动物疾病模型 | 基因表达数据、组织学数据 | 三种肝纤维化模型:CCl4诱导、胆管结扎(BDL)和非酒精性脂肪性肝炎(NASH)伴二乙基亚硝胺(DEN)模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 768 | 2025-10-06 |
Molecular characterization of benign intracranial glioependymal and arachnoid cysts suggest heterogeneous mechanisms of action
2025-Jul-01, Journal of neuropathology and experimental neurology
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/jnen/nlaf029
PMID:40197611
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研究论文 | 本研究通过分子特征分析揭示了良性颅内神经胶质室管膜囊肿和蛛网膜囊肿的异质性发病机制 | 首次通过单细胞测序和RNA表达谱比较揭示两种囊肿具有不同的细胞谱系和分子特征,并提出了不同的发病机制假说 | 样本量较小(仅16例患者),仅对部分样本进行了囊肿壁病理分析(n=8)和囊肿液检测(n=4) | 探究良性颅内囊肿的形成和生长机制 | 接受手术治疗的良性颅内囊肿患者及其囊肿组织样本 | 神经病理学 | 颅内囊肿 | 单细胞测序, RNA表达谱分析, H&E染色, 免疫荧光染色 | NA | 单细胞测序数据, RNA表达数据, 病理图像数据 | 16例患者,8例囊肿壁样本,4例囊肿液样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 769 | 2025-10-06 |
Skeletal site-specific variations in myeloid cells: insights from single-cell RNA sequencing of the mandible and femur
2025-Jul, JBMR plus
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/jbmrpl/ziaf074
PMID:40486046
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序比较小鼠下颌骨和股骨骨髓中CD11b+髓系细胞的转录组差异 | 首次从单细胞水平揭示下颌骨来源的髓系细胞具有独特的炎症基因特征,并发现KLF4基因在下颌骨细胞分化中的特异性作用 | 研究仅使用2月龄C57BL/6小鼠,样本来源和年龄范围有限 | 探究不同骨骼部位(下颌骨与股骨)髓系细胞的转录组差异 | 2月龄C57BL/6小鼠下颌骨和股骨骨髓中的CD11b+髓系细胞 | 单细胞组学 | 骨骼疾病 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, ATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据, 表观遗传数据 | C57BL/6小鼠下颌骨和股骨骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 770 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomics and Lineage Tracing Unveil Parallels in Lymphatic Muscle and Venous Smooth Muscle Development, Identity, and Function
2025-Jul, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.125.322567
PMID:40371470
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和谱系追踪揭示了淋巴管肌细胞与静脉平滑肌细胞在发育、特性和功能上的相似性 | 首次发现淋巴管肌细胞和静脉平滑肌细胞具有相似的转录组特征,并确定它们都来源于WT1+中胚层祖细胞 | 研究主要集中在小鼠后肢和腹股沟-腋窝区域,需要验证是否适用于其他解剖部位 | 探究淋巴管肌细胞的细胞和分子基础及其与静脉平滑肌细胞的发育关系 | 小鼠淋巴管肌细胞和静脉平滑肌细胞 | 单细胞生物学 | 淋巴水肿 | 单细胞RNA测序, 遗传谱系追踪, 全标本免疫染色, 活体成像 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 771 | 2025-10-06 |
PRRX1 is a key regulator in the phenotypic transition between human normal dermal and keloid fibroblasts
2025-Jul, Journal of dermatological science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.jdermsci.2025.05.002
PMID:40517126
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研究论文 | 本研究通过比较人类胎儿皮肤、出生后皮肤和瘢痕疙瘩组织,探索了PRRX1在调控正常皮肤和瘢痕疙瘩成纤维细胞表型转换中的关键作用 | 首次发现PRRX1阳性成纤维细胞比例从胎儿皮肤到出生后皮肤再到瘢痕疙瘩逐渐增加,并验证了PRRX1在调控瘢痕形成中的关键作用 | 研究样本类型和数量有限,需要进一步扩大验证 | 探索影响伤口愈合结果的关键因素,寻找促进无瘢痕愈合的潜在治疗靶点 | 人类胎儿皮肤、出生后皮肤和瘢痕疙瘩组织 | 空间转录组学 | 皮肤瘢痕 | 空间转录组学、组织学成像、三维人类瘢痕疙瘩模型 | NA | 空间转录组数据、组织图像 | 人类胎儿皮肤、出生后皮肤和瘢痕疙瘩组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 772 | 2025-10-06 |
Identification of two molecularly and prognostically distinct subtypes in acral melanoma using network prediction method
2025-Jul, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV
IF:8.4Q1
DOI:10.1111/jdv.20335
PMID:39282977
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研究论文 | 本研究通过多组学分析和网络预测方法识别了肢端黑色素瘤的两种分子和预后显著不同的亚型 | 首次使用网络预测方法识别肢端黑色素瘤的两种分子亚型,并发现具有高区分度的生物标志物组合 | 研究结果需要在不同队列中进行进一步验证 | 阐明肢端黑色素瘤的分子景观及其亚型与临床特征的相关性 | 肢端黑色素瘤患者样本 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,多组学数据分析,网络预测算法 | 网络预测方法 | 单细胞RNA测序数据,临床样本数据 | 临床验证样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 773 | 2025-10-06 |
The human infertility single-cell testis atlas (HISTA): an interactive molecular scRNA-Seq reference of the human testis
2025-Jul, Andrology
IF:3.2Q1
DOI:10.1111/andr.13637
PMID:38577799
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研究论文 | 开发了一个名为HISTA的交互式单细胞RNA测序参考图谱,用于研究人类睾丸的基因表达 | 整合了来自多个供体、发育年龄和生育状态的单细胞RNA测序数据,创建了首个交互式人类睾丸分子图谱工具 | 数据集仅包含12个供者样本,样本量相对有限 | 构建人类睾丸单细胞转录组参考图谱,帮助科学家理解和研究人类精子发生过程 | 人类睾丸组织样本,包括健康成人对照、青少年和多种不孕症病例 | 生物信息学 | 不孕症 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | 机器学习 | 单细胞转录组数据 | 12个供者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 774 | 2025-10-06 |
Applications of spatial transcriptomics in studying spermatogenesis
2025-Jul, Andrology
IF:3.2Q1
DOI:10.1111/andr.70043
PMID:40202007
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综述 | 探讨空间转录组学技术在研究生精过程中的应用价值 | 系统阐述空间转录组学如何突破单细胞测序技术丢失空间信息的局限,在组织原位解析基因表达空间模式 | 作为综述文章未涉及具体实验数据验证 | 阐明空间转录组学在研究生精细胞发育调控机制中的应用前景 | 哺乳动物睾丸组织 | 空间转录组学 | 男性不育症 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 775 | 2025-10-06 |
Superloaded Multiplexed scRNA-seq Data Preserves Primary Immune Cell Heterogeneity but Necessitates Stringent Doublet Removal
2025-Jul, Immunological investigations
IF:2.9Q3
DOI:10.1080/08820139.2025.2457039
PMID:39882751
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研究论文 | 比较超载和标准载入对单细胞RNA测序数据质量的影响,特别关注T细胞受体分析 | 首次系统评估超载对多路复用单细胞基因表达和T细胞受体数据的影响,并提出基于TCR配置的双联体去除方法 | 研究仅针对人类胸腺和血液样本,结果可能不适用于其他组织类型 | 评估超载对单细胞RNA测序数据质量的影响并优化双联体去除方法 | 人类胸腺和血液样本中的免疫细胞 | 单细胞测序分析 | NA | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序 | NA | 基因表达数据, T细胞受体序列数据 | 人类胸腺和血液样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 776 | 2025-10-06 |
The Role of Omics Techniques in Diabetic Wound Healing: Recent Insights into the Application of Single-Cell RNA Sequencing, Bulk RNA Sequencing, Spatial Transcriptomics, and Proteomics
2025-Jul, Advances in therapy
IF:3.4Q2
DOI:10.1007/s12325-025-03212-9
PMID:40381157
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综述 | 概述组学技术在糖尿病伤口愈合研究中的最新应用进展 | 系统整合单细胞RNA测序、空间转录组学等多种前沿组学技术在糖尿病足溃疡研究中的应用 | NA | 探讨组学技术对糖尿病足溃疡分子机制和治疗策略的研究进展 | 糖尿病足溃疡的临床前动物模型和人类临床研究 | NA | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 空间转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 空间转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 777 | 2025-10-06 |
scRNA-Seq and Bulk-Seq Identify Novel Markers Associated With Calcium Regulation and Immunomodulation in Acute Pancreatitis
2025-Jul-01, Pancreas
IF:1.7Q3
DOI:10.1097/MPA.0000000000002421
PMID:40536508
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析构建ceRNA网络,识别与急性胰腺炎钙调节和免疫调节相关的新型生物标志物 | 首次结合scRNA-seq和bulk RNA-seq构建AP的ceRNA网络,发现与钙信号通路和免疫调节相关的新基因 | 研究主要基于小鼠模型,需要进一步临床验证 | 探索急性胰腺炎的发病机制并识别新的潜在生物标志物 | 急性胰腺炎小鼠模型 | 生物信息学 | 急性胰腺炎 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, qRT-PCR | ceRNA网络分析 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 778 | 2025-10-06 |
Mucosal Macrophages Govern Intestinal Regeneration in Response to Injury
2025-Jul, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2025.01.252
PMID:40086603
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研究论文 | 本研究揭示了黏膜巨噬细胞在辐射损伤后通过分泌神经调节蛋白1和骨桥蛋白诱导肠道上皮细胞胎儿样重编程和增殖,从而驱动肠道再生的关键机制 | 首次发现巨噬细胞通过特定分泌因子直接调控肠道干细胞区室的再生程序,并证实该机制在人类细胞中具有保守性 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限;巨噬细胞亚型的具体功能分化需要进一步解析 | 探究辐射性肠炎中肠道再生程序的激活机制 | 小鼠模型和人类肠道类器官 | 细胞生物学 | 辐射性肠炎 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 流式细胞术, 细胞谱系追踪, 细胞轨迹分析 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 小鼠模型和人类肠道类器官共培养体系 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 779 | 2025-10-06 |
Targeting FGFR Attenuates Tumor Growth in an Anal Squamous Cell Carcinoma Patient Derived Xenograft Model
2025-Jul, Molecular carcinogenesis
IF:3.0Q2
DOI:10.1002/mc.23919
PMID:40256931
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研究论文 | 本研究通过建立肛门鳞状细胞癌患者来源异种移植模型,发现FGFR抑制剂可显著抑制肿瘤生长 | 首次在ASCC PDX模型中应用单细胞RNA测序技术揭示肿瘤异质性,并验证FGFR靶向治疗的疗效 | 研究仅基于单个患者样本,样本量有限 | 探索肛门鳞状细胞癌的有效治疗靶点 | 肛门鳞状细胞癌患者来源的肿瘤样本 | 数字病理学 | 肛门鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 傅里叶变换红外光谱 | 患者来源异种移植模型 | 基因表达数据, 光谱数据, 图像数据 | 1例转移性ASCC样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 780 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis of proximal tubular cells with different DNA content reveals functional heterogeneity in the acute kidney injury to chronic kidney disease transition
2025-Jul, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2025.03.025
PMID:40268163
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞在急性肾损伤向慢性肾病转变过程中的功能异质性 | 首次揭示不同DNA含量(特别是多倍体细胞)的近端肾小管上皮细胞在AKI向CKD转变中的功能异质性及其促纤维化作用机制 | 研究仅关注缺血再灌注损伤模型,未验证其他AKI模型中的普适性 | 探究不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞在急性肾损伤向慢性肾病转变过程中的功能异质性 | 急性肾损伤后不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | AKI后第3天和第14天分离的近端肾小管上皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |