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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 721 | 2025-10-06 |
Gremlin1 repression-mediated mitochondrial network hyperfunction contributes to TCE-induced zebrafish cardiac defects
2025-Jul-01, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02314-9
PMID:40597303
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研究论文 | 本研究揭示三氯乙烯通过抑制Gremlin1基因导致线粒体网络功能亢进,从而引起斑马鱼心脏发育缺陷的机制 | 首次发现Gremlin1基因在心脏发育中的关键作用,并阐明环境污染物通过调控该基因导致心脏缺陷的新机制 | 研究主要基于斑马鱼模型,在人类中的直接相关性需要进一步验证 | 探究三氯乙烯诱导先天性心脏病的分子机制 | 斑马鱼胚胎和人类多能干细胞来源的心肌细胞 | 发育生物学 | 先天性心脏病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, CRISPR/dCas9基因编辑 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 斑马鱼胚胎和hPSC-CMs细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 722 | 2025-10-06 |
Multiple cell types guided by neurocytes orchestrate horn bud initiation in dairy goats
2025-Jul-01, Genetics, selection, evolution : GSE
DOI:10.1186/s12711-025-00981-3
PMID:40597626
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术解析了奶山羊早期角芽发育过程中细胞异质性和命运轨迹 | 首次揭示了神经细胞引导下多种细胞类型协同调控山羊角芽起始的发育机制 | 研究仅聚焦于胚胎期角芽发育,未涉及出生后角形成过程 | 阐明奶山羊角芽起始的细胞和分子机制 | 奶山羊胚胎期角芽组织 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, HE染色, 免疫组织化学 | 伪时间分析 | 单细胞转录组数据, 组织图像 | 奶山羊胚胎期角芽组织(E50, E60, E70阶段) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 723 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome of mouse hippocampus identifies neural precursor-like cells, and reveals IL15Rα knock out-mediated neuron remodeling
2025-Jul-01, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11785-6
PMID:40597645
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了IL15Rα敲除对小鼠海马体细胞功能的影响,并鉴定出一种具有前体样属性的新型神经细胞 | 发现前体样神经元这一新型细胞类型,提出'极化评分'方法评估细胞聚集程度,揭示IL15Rα敲除通过影响神经元可塑性调节兴奋-抑制平衡 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;单细胞测序技术本身存在技术偏差 | 研究IL15Rα敲除对成年小鼠海马体细胞功能的影响 | 野生型和IL15Rα敲除小鼠的海马体组织 | 单细胞转录组学 | 精神疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 64,399个单细胞转录组(来自WT和KO小鼠) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 724 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing reveals the role of SALL4 in cervical cancer development
2025-Jul-01, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-14469-2
PMID:40597906
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术探讨SALL4在宫颈癌发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 首次结合单细胞测序技术和体内外实验系统揭示SALL4在宫颈癌进展中的关键调控作用 | 研究主要基于HeLa细胞系,临床样本验证不足 | 探究SALL4在宫颈癌发展中的作用及其治疗靶点潜力 | 宫颈癌细胞系HeLa | 单细胞测序 | 宫颈癌 | 单细胞测序,转录组分析,免疫荧光,体内外实验 | NA | 单细胞测序数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 725 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics and time-series metabolite profiling reveal the spatiotemporal regulation of flavonoid biosynthesis genes and phytohormone homeostasis by PAP1 in Arabidopsis
2025-Jul-01, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02297-6
PMID:40598113
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和时序代谢物分析,揭示了PAP1在拟南芥中调控类黄酮生物合成基因和植物激素稳态的时空调控机制 | 首次结合单细胞转录组和时序代谢组学,在细胞类型特异性水平解析PAP1对类黄酮生物合成途径的时空调控网络 | 研究仅针对拟南芥模型植物,结果在其他物种中的普适性需要进一步验证 | 阐明PAP1转录因子在植物类黄酮生物合成和植物激素稳态中的细胞特异性调控机制 | 拟南芥野生型和pap1-D突变体叶片 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 代谢物分析 | NA | 单细胞转录组数据, 代谢组数据 | 拟南芥野生型和pap1-D突变体叶片样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 代谢组学 | NA | NA |
| 726 | 2025-10-06 |
Mechanical force-induced oncostatin M secretion by Jun-positive neutrophils promotes craniofacial bone regeneration for midface hypoplasia treatment
2025-Jul-01, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04458-4
PMID:40598376
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研究论文 | 本研究揭示了机械力通过Jun阳性中性粒细胞分泌制瘤素M促进颅面骨再生的新机制 | 首次发现Jun阳性中性粒细胞亚群在机械力诱导的骨再生中的关键作用,并阐明其通过分泌制瘤素M促进缝线来源干细胞成骨分化的机制 | 研究基于小鼠模型,临床转化需要进一步验证;未探讨其他细胞类型在骨再生中的潜在作用 | 探究经缝牵引成骨技术促进颅面骨再生的分子机制 | C57BL/6小鼠颧颌缝区域的中性粒细胞和缝线来源干细胞 | 骨再生生物学 | 颅面畸形 | 单细胞RNA测序,细胞通讯分析,体外拉伸实验 | 小鼠TSDO模型,HL-60细胞分化模型 | 基因表达数据,细胞信号通路数据 | 4周龄C57BL/6小鼠和中性粒细胞缺失小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 727 | 2025-10-06 |
A single-cell transcriptomic atlas of human lens epithelium: identification and functional insights into lens stem/progenitor cells
2025-Jul-01, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04436-w
PMID:40598599
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序构建了人类晶状体上皮细胞的转录组图谱,识别了晶状体干细胞/祖细胞并提供了功能见解 | 首次在人类晶状体上皮中识别出瞬时扩增细胞(TACs)和晶状体祖细胞样细胞(LPLCs),确定了TOP2A作为TAC的生物标志物,揭示了PTN信号在晶状体稳态中的关键作用 | 样本量相对较小(8对样本),仅包含人类供体样本,需要进一步的功能验证实验 | 识别和表征人类晶状体上皮中的干细胞/祖细胞亚群,理解晶状体细胞分化轨迹和衰老相关变化 | 人类供体晶状体上皮样本、人类晶状体、晶状体类器官、兔再生晶状体、小鼠晶状体和细胞系 | 单细胞生物学 | 白内障 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、轨迹推断、细胞间通讯分析、转录组测序、免疫荧光 | UMAP、CytoTRACE | 单细胞转录组数据、基因表达数据 | 8对人类供体晶状体上皮样本(4个非老年<65岁,4个老年>65岁) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 728 | 2025-10-06 |
Identification of Crucial Genes Associated With MYCN-Driven Neuroblastoma Based on Single-Cell Analysis and Machine Learning
2025-Jul, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71008
PMID:40600620
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析和机器学习方法识别与MYCN驱动神经母细胞瘤相关的关键基因 | 结合单细胞转录组分析和随机生存森林机器学习方法识别预后相关基因,并揭示其在免疫微环境调控中的作用 | 样本量有限,需要更大规模验证;机制研究仍需深入 | 阐明MYCN扩增神经母细胞瘤的分子机制并识别关键预后基因 | 神经母细胞瘤患者样本和细胞系 | 机器学习 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,RT-qPCR | 随机生存森林(RSF),列线图分析 | 单细胞转录组数据,基因表达数据 | GSE218450数据集中的神经母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 729 | 2025-10-06 |
Enhancing genetic transformation efficiency in cucurbit crops through AtGRF5 overexpression: Mechanistic insights and applications
2025-Jul, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.13912
PMID:40213927
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研究论文 | 通过过表达AtGRF5基因显著提高葫芦科作物的遗传转化效率,并阐明其分子机制 | 发现AtGRF5通过促进愈伤组织增殖和增加致密细胞来增强遗传转化效率,开发了ABA诱导型AtGRF5表达系统以减轻多效性影响 | NA | 提高葫芦科作物的遗传转化和基因编辑效率 | 葫芦科作物(黄瓜等) | 植物生物技术 | NA | 单细胞RNA测序, DAP-seq, 时间序列转录组学 | NA | 基因表达数据, 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 730 | 2025-10-06 |
Distinct transcriptional changes in hematopoietic progenitor subsets on LPS-induced emergency granulopoiesis
2025-Jul, Experimental hematology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.exphem.2025.104792
PMID:40316244
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了LPS诱导的应急粒细胞生成过程中不同造血祖细胞亚群的转录变化 | 首次在单细胞水平揭示非谱系定型多能祖细胞在炎症刺激下向髓系和红系祖细胞重编程的动态过程 | 研究仅使用小鼠模型,未在人类样本中验证 | 探究不同多能祖细胞亚群在LPS诱导的应急粒细胞生成中的作用 | 野生型小鼠的多能祖细胞(MPPs) | 单细胞生物学 | 感染性疾病 | 单细胞RNA测序, 移植实验, 假时序分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 对照组和LPS处理组小鼠的MPPs | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 731 | 2025-10-06 |
Differentiable graph clustering with structural grouping for single-cell RNA-seq data
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf347
PMID:40511990
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研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA测序数据的可微分图聚类方法,通过结构分组整合图聚类信息 | 设计了可微分聚类机制将离散的K路归一化割转化为可微分学习目标,通过谱松弛实现图聚类信息的整合 | 未在抽象中明确说明研究局限性 | 改进单细胞RNA测序数据的细胞聚类分析 | 单细胞RNA测序数据中的细胞亚群 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络, 自编码器, 图注意力自编码器 | 单细胞RNA测序数据 | 14个单细胞RNA测序基准数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 732 | 2025-10-06 |
Innovative Single-Cell Sequencing Techniques for B-Cell Analysis and Their Implications for Rational HIV-1 Vaccine Design
2025-Jul-01, Current HIV research
IF:0.8Q4
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在B细胞分析中的最新进展及其对HIV-1疫苗设计的启示 | 通过单细胞技术实现B细胞免疫库、基因表达和表型的多维度分析,为疫苗设计提供新视角 | NA | 探讨单细胞测序技术在传染病和疫苗接种背景下B细胞反应分析的应用 | B细胞及其在免疫反应中的动态变化 | 单细胞分析 | HIV-1感染 | 单细胞测序 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 733 | 2025-10-06 |
Gene expression and hormonal signaling in osteoporosis: from molecular mechanisms to clinical breakthroughs
2025-Jul, Journal of biomaterials science. Polymer edition
DOI:10.1080/09205063.2024.2445376
PMID:39729311
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综述 | 本文综述骨质疏松症的分子机制与临床突破,重点关注基因表达和激素信号调控 | 整合单细胞RNA测序、长链非编码RNA等最新技术,提出基于遗传和激素变异的个体化治疗策略 | 未涉及具体实验验证,主要基于现有文献的综合分析 | 探讨骨质疏松症的分子机制并推动临床治疗突破 | 骨质疏松症的基因表达调控和激素信号通路 | 医学研究 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 734 | 2025-10-06 |
Integrating AI/ML and multi-omics approaches to investigate the role of TNFRSF10A/TRAILR1 and its potential targets in pancreatic cancer
2025-Jul, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110432
PMID:40424767
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研究论文 | 通过整合AI/ML和多组学方法研究TNFRSF10A/TRAILR1在胰腺癌中的作用及其潜在靶点 | 首次将空间转录组学、ceRNA网络分析与基于Transformer的深度学习模型SELFormer结合,用于胰腺癌药物靶点发现 | 研究主要基于计算预测和体外模拟,需要实验验证 | 发现胰腺导管腺癌的新治疗靶点和药物 | 胰腺导管腺癌(PDAC)微环境中的癌细胞 | 机器学习 | 胰腺癌 | 多组学分析、深度学习、分子动力学模拟、虚拟筛选 | Transformer、SELFormer、QSAR模型 | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、化学结构数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学、bulk基因组学、蛋白质组学 | NA | NA |
| 735 | 2025-10-06 |
Analysis of Hyperexpanded T Cell Clones in SARS-CoV-2 Vaccine-Associated Liver Injury by Spatial Proteomics and Transcriptomics
2025-Jul, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.70172
PMID:40522253
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研究论文 | 通过空间蛋白质组学和转录组学分析SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤中的超扩增T细胞克隆 | 首次结合多重免疫荧光-RNA原位杂交和单细胞空间转录组学技术,在单细胞水平定位和表征SVALI中的超扩增T细胞克隆 | 仅分析单个患者的肝脏样本,样本量有限 | 表征严重SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤患者的免疫浸润特征 | SVALI患者的肝脏移植样本 | 数字病理学 | 肝损伤 | T细胞受体测序, 多重免疫荧光, RNA原位杂交, 单细胞空间转录组学 | NA | 空间蛋白质组数据, 空间转录组数据, 序列数据 | 1例严重SVALI患者的肝脏移植样本 | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞分析 | Xenium | Xenium原位平台用于单细胞空间转录组学分析 |
| 736 | 2025-10-06 |
Integration of Machine Learning Algorithms and Single-Cell Sequencing Analysis Reveals the Efferocytosis-Related Molecular Subtype and Prognostic Scoring Index in Colon Adenocarcinoma
2025-Jul, Journal of gastroenterology and hepatology
IF:3.7Q2
DOI:10.1111/jgh.16985
PMID:40296254
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研究论文 | 通过整合机器学习算法和单细胞测序分析,揭示了结肠腺癌中胞葬作用相关的分子亚型和预后评分系统 | 首次系统鉴定结肠腺癌中胞葬作用相关基因并建立预后评分模型,结合单细胞测序验证关键基因TIMP1的功能 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步临床验证 | 探索胞葬作用相关基因在结肠腺癌中的预后价值和治疗意义 | 结肠腺癌患者样本和细胞系 | 机器学习 | 结肠癌 | 单细胞测序,多组学整合分析,体外功能实验 | 机器学习算法 | 多组学数据,单细胞测序数据 | 162个胞葬作用相关基因,22个在结肠腺癌中异常表达 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 737 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Conserved IFNγ-IL8 Signaling-Induced Antibacterial Neutrophil States during Bacterial Infection
2025-Jul-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202504840
PMID:40598825
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示了细菌感染期间IFNγ-IL8信号通路诱导的保守性抗菌中性粒细胞状态 | 首次在尼罗罗非鱼模型中系统描绘了细菌感染期间的免疫细胞动态,并发现IFNγ-IL8信号通路在脊椎动物中的保守性机制 | 研究主要基于鱼类模型,在人类中的验证仍需进一步研究 | 探究细菌感染期间免疫细胞亚型的动态变化和调控机制 | 尼罗罗非鱼的头肾和脾脏免疫细胞 | 单细胞组学 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 113,356个单免疫细胞,涵盖多个感染时间点(0,1,5,10,75天感染后和3天再感染后) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 738 | 2025-10-06 |
Cancer stem cells-derived exosomal TSPAN8 enhances non-stem cancer cells stemness and promotes malignant progression in PDAC
2025-Jul, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03412-1
PMID:40251391
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研究论文 | 本研究揭示了胰腺导管腺癌中癌症干细胞通过富含TSPAN8的外泌体增强非干细胞癌细胞的干性并促进恶性进展的机制 | 首次发现癌症干细胞分泌的富含TSPAN8的外泌体可通过激活Sonic Hedgehog信号通路增强非干细胞癌细胞的干性 | 具体靶向治疗策略仍需进一步研究 | 探索胰腺导管腺癌中癌症干细胞与非干细胞癌细胞间的通讯机制及其在恶性进展中的作用 | 胰腺导管腺癌(PDAC)细胞系和动物模型 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,外泌体分析 | NA | 基因表达数据,功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 739 | 2025-10-06 |
Neuroprotective liver portal area macrophages attenuate hepatic inflammation
2025-Jul, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02190-y
PMID:40537510
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研究论文 | 本研究通过整合全肝叶成像和单细胞RNA测序技术,发现了一种具有神经保护功能的肝脏门静脉区巨噬细胞亚群 | 首次识别出CX3CR1+CD63+肝脏门静脉区巨噬细胞(LPAMs)这一新亚群,揭示了其与交感神经的相互作用及其在肝脏免疫稳态中的保护功能 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类肝脏中得到验证 | 探究肝脏巨噬细胞亚群的空间分布和功能特性 | 小鼠肝脏中的CX3CR1+细胞 | 单细胞生物学 | 非酒精性脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序,全肝叶成像 | NA | 单细胞转录组数据,空间成像数据 | 小鼠肝脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 740 | 2025-10-06 |
Amelioration of Liver Fibrosis via In Situ Hepatic Stellate Cell Conversion Through Co-Inhibition of TGF-β and GSK-3 Signalling
2025-Jul, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.70187
PMID:40575954
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研究论文 | 本研究评估了通过同时抑制TGF-β和GSK-3信号通路的小分子鸡尾酒疗法SBCH,在多种肝纤维化模型中改善纤维化并促进肝脏修复的效果 | 首次发现SBCH联合疗法不仅能抑制肝星状细胞活化,还能诱导活化的肝星状细胞转分化为肝细胞样细胞(ciHeps) | 研究仅在动物模型中进行,尚未进行临床试验验证 | 开发治疗肝纤维化和肝硬化的新型治疗策略 | 肝星状细胞(HSCs)和肝纤维化模型 | 肝脏疾病研究 | 肝纤维化、肝硬化 | 单细胞RNA测序、体内示踪、表型分析 | 动物疾病模型 | 基因表达数据、组织学数据 | 三种肝纤维化模型:CCl4诱导、胆管结扎(BDL)和非酒精性脂肪性肝炎(NASH)伴二乙基亚硝胺(DEN)模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |