单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
701	2025-07-07	Brain macrophages and pial fibroblasts promote inflammation in a hypomyelination model 2025-Jul-04, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02063-3 PMID:40615895	research paper	该研究探讨了脑巨噬细胞和软脑膜成纤维细胞在低髓鞘化模型中对炎症的促进作用	揭示了脑巨噬细胞和软脑膜成纤维细胞在慢性炎症和神经功能缺损中的关键作用，并提出了潜在的治疗靶点	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类疾病中验证	了解难治性神经系统疾病中慢性进行性神经功能缺损的机制	Pdgfra条件性敲除小鼠的脑皮质	神经科学	神经系统疾病	单细胞RNA测序，组织学分析	小鼠模型	RNA测序数据，组织学图像	NA
702	2025-07-07	Interleukin-32-expressing CD4+ T cells are a potentially pathogenic subset in systemic sclerosis with interstitial lung disease 2025-Jul-04, Respiratory investigation IF:2.4Q2 DOI:10.1016/j.resinv.2025.06.008 PMID:40617174	研究论文	本研究通过分析公开的单细胞RNA测序数据集，揭示了表达IL-32的CD4+ T细胞在系统性硬化症伴间质性肺病(SSc-ILD)中的潜在致病作用	首次发现IL32基因在SSc-ILD患者CD4+ T细胞中的高表达，并确定了其在Th1、Th2和Th17细胞以及记忆T细胞中的表达模式	需要进一步研究IL-32的具体作用机制和治疗潜力	阐明CD4+ T细胞亚群在SSc-ILD发病机制中的异常细胞因子产生	系统性硬化症伴间质性肺病患者的CD4+ T细胞	免疫学	系统性硬化症/间质性肺病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、微阵列分析	NA	基因表达数据	13例SSc和11例健康对照的肺活检样本，18例SSc-ILD和16例健康对照的外周血样本
703	2025-07-07	Human airway submucosal gland organoids to study respiratory inflammation and infection 2025-Jul-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.05.013 PMID:40513559	研究论文	本研究利用长期培养的器官模型，分别从表面气道上皮（SAE）和黏膜下腺体（SMGs）中提取，以研究它们在呼吸道炎症和感染中的独特生理特性	首次利用SMG器官模型研究呼吸道炎症和感染，揭示了SMG分泌细胞对特定冠状病毒的选择性易感性	研究仅关注了SMG和SAE的器官模型，未涉及其他呼吸道组织或更广泛的病原体	研究呼吸道炎症和感染的生理机制	人类气道上皮和黏膜下腺体的器官模型	生物医学研究	呼吸道感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	器官模型	基因表达数据	NA
704	2025-07-07	Ensemblex: an accuracy-weighted ensemble genetic demultiplexing framework for population-scale scRNAseq sample pooling 2025-Jul-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03643-1 PMID:40611203	研究论文	介绍Ensemblex，一种基于精度加权的集成遗传解复用框架，用于人口规模单细胞RNA测序样本池	整合四种不同算法以识别最可能的样本标签，提高高度复用实验中的准确性	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序样本池中个体遗传解复用的准确性	单细胞RNA测序样本池	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	集成框架（Ensemblex）	RNA测序数据	计算和实验池化样本
705	2025-07-07	Spatiotemporal liver dynamics shape hepatocellular heterogeneity and impact in vivo gene engineering 2025-Jul-03, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.06.018 PMID:40617259	研究论文	该研究通过克隆追踪、单细胞和空间转录组学技术，探索了小鼠肝脏生长过程中肝细胞异质性的演变及其对体内基因工程的影响	揭示了新生肝脏中克隆形成性肝细胞的空间定位及其在肝脏生长中的关键作用，并阐明了肝细胞异质性对慢病毒基因传递效率的影响	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索肝脏生长过程中肝细胞异质性的动态变化及其对基因治疗的影响	小鼠肝脏不同发育阶段的肝细胞	基因治疗	单基因疾病	克隆追踪、单细胞转录组学、空间转录组学、慢病毒基因转移、靶向基因编辑	NA	转录组数据	不同年龄阶段的小鼠肝脏样本
706	2025-07-07	An orally bioavailable BRD4 inhibitor disrupts expansion of a pathogenic epithelial-mesenchymal niche in bleomycin-induced fibrosis 2025-Jul-02, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03306-6 PMID:40604997	研究论文	研究口服生物可利用的BRD4抑制剂在博来霉素诱导的纤维化中破坏致病性上皮-间充质生态位扩展的作用	设计并合成了一种高效、选择性、口服生物可利用的BRD4抑制剂（ZL0969），并验证其在减少肌成纤维细胞形成和致病性肺泡祖细胞群扩展中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探讨BRD4信号在博来霉素诱导的肺损伤中祖细胞扩展中的作用	博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型及人类IPF样本	病理学	肺纤维化	scRNA-seq	NA	基因表达数据	C57BL6小鼠及人类IPF样本
707	2025-07-07	α7 nicotinic acetylcholine receptors regulate radial glia fate in the developing human cortex 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61167-5 PMID:40593693	研究论文	本研究阐明了烟碱型乙酰胆碱受体（nAChRs）在人类皮质发育过程中对祖细胞和放射状胶质细胞（RG）的作用	发现CHRNA7和人类特有的CHRFAM7A在SOX2+祖细胞和神经元中的表达，以及CHRFAM7A在RG末端的富集，揭示了YAP1作为nAChR信号的关键下游效应物	研究主要基于体外实验，未涉及体内环境的复杂性	探究烟碱型乙酰胆碱受体在人类皮质发育中的具体作用机制	人类皮质发育中的祖细胞和放射状胶质细胞	神经生物学	神经发育疾病	单细胞RNA测序、器官型切片培养、分散培养	NA	基因表达数据	NA
708	2025-07-07	Benchmarking metabolic RNA labeling techniques for high-throughput single-cell RNA sequencing 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61375-z PMID:40593761	研究论文	本文通过高通量单细胞RNA测序技术，对代谢RNA标记技术进行了基准测试，以优化基因表达动态的测量	首次对十种化学转化方法进行了全面比较，并优化了在斑马鱼胚胎细胞中的应用，提高了合子基因的检测能力	研究仅基于Drop-seq平台和斑马鱼胚胎细胞，可能不适用于其他平台或生物系统	优化代谢RNA标记技术在高通量单细胞RNA测序中的应用，以提高基因表达动态的测量精度	52,529个细胞（基准测试）和9,883个斑马鱼胚胎细胞（应用测试）	单细胞RNA测序	NA	代谢RNA标记技术、高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	52,529个细胞（基准测试）和9,883个斑马鱼胚胎细胞（应用测试）
709	2025-07-07	Single-cell transcriptomics analysis reveals a disrupted NK-T cell interaction network in liver metastatic cancer 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06241-0 PMID:40594834	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了肝转移癌中NK-T细胞相互作用网络的破坏	首次在肝转移癌中详细描述了NK-T细胞的相互作用网络及其功能影响	研究样本来自多种癌症类型，可能影响结果的普遍性	揭示NK-T细胞在肝转移癌中的相互作用及其功能	肝转移癌患者的NK和T细胞	数字病理学	肝转移癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	来自鼻咽癌、甲状腺癌、乳腺癌、结直肠癌和宫颈癌的肝转移及邻近组织样本
710	2025-07-07	Spatial profiling of chromatin accessibility in formalin-fixed paraffin-embedded tissues 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60882-3 PMID:40595535	研究论文	介绍了一种名为spatial FFPE-ATAC-seq的新方法，用于在原位分析存档组织中的染色质可及性	克服了福尔马林诱导的交联挑战，实现了高分辨率的染色质景观映射，同时保留了组织结构	NA	开发一种新方法以利用FFPE样本进行表观基因组研究，研究基因调控和疾病机制	小鼠和人类组织（包括脑和胸腺）以及人类黑色素瘤	表观基因组学	黑色素瘤	spatial FFPE-ATAC-seq, 单细胞RNA测序	NA	染色质可及性数据	小鼠和人类组织样本，包括脑、胸腺和人类黑色素瘤样本
711	2025-07-06	Identification of novel macrophages and bone morphogenetic protein signals causing ectopic calcification and impairing muscle regeneration 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112841 PMID:40612505	研究论文	本文研究了异位钙化的机制，发现F4/80(+)Csf1r(-)巨噬细胞和BMP信号在异位钙化中的作用，并提出BMP抑制剂作为潜在治疗方法	发现了F4/80(+)Csf1r(-)巨噬细胞在钙化肌肉中的特异性增加，并证实BMP信号和内皮-间质转化(EndoMT)在异位钙化中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化需要进一步验证	探究异位钙化的分子机制并寻找潜在治疗靶点	小鼠肌肉组织中的巨噬细胞和BMP信号通路	分子生物学	肌肉疾病	单细胞测序分析、谱系追踪分析	小鼠模型	基因表达数据	使用notexin和BaCl注射的小鼠模型
712	2025-07-06	Combining spatial transcriptomics and AI to enhance brain tumour diagnosis 2025-Jul-04, Nature reviews. Cancer DOI:10.1038/s41568-025-00851-6 PMID:40615732	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
713	2025-07-06	N6-methyladenosine-mediated upregulation of MANF promotes ER stress resistance in renal cell carcinoma 2025-Jul-03, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07798-4 PMID:40603319	研究论文	本研究揭示了MANF通过m6A修饰上调促进肾细胞癌（RCC）中内质网应激抵抗的新机制	首次发现MANF通过m6A修饰调控在RCC进展中的作用，并阐明其通过抑制IRE1α磷酸化缓解内质网应激的具体机制	未涉及MANF靶向治疗在动物模型或临床中的验证	探索肾细胞癌治疗抵抗的新机制并寻找潜在治疗靶点	肾细胞癌（RCC）及其近端小管细胞前体	肿瘤生物学	肾细胞癌	单细胞转录组测序、m6A修饰分析	NA	转录组数据	NA
714	2025-07-06	Gasdermin D aggravates a mouse model of radiation-induced liver disease by promoting chemokine secretion and neutrophil recruitment 2025-Jul-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61397-7 PMID:40603284	研究论文	本研究揭示了Gasdermin D（GSDMD）在辐射诱导的肝病（RILD）中的作用机制及其作为治疗靶点的潜力	首次发现GSDMD在RILD中的关键作用，并揭示了其通过激活STAT5A和CXCL1促进中性粒细胞招募的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索辐射诱导肝病（RILD）的发病机制并寻找潜在治疗靶点	小鼠模型和肝细胞	分子病理学	肝病	scRNA-seq、免疫荧光、荧光激活细胞分选	Gsdmd基因敲除小鼠模型	基因表达数据、细胞图像数据	未明确说明小鼠数量
715	2025-07-06	AKR1C3 enhances radioresistance in esophageal adenocarcinoma via inhibiting ferroptosis through suppressing TRIM21-mediated ubiquitination of HSPA5 2025-Jul-02, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07773-z PMID:40603306	研究论文	本研究揭示了AKR1C3通过抑制铁死亡增强食管腺癌放射抵抗的分子机制	首次发现AKR1C3通过稳定HSPA5-GPX4通路抑制铁死亡从而介导放射抵抗	研究主要基于体外模型和患者来源类器官，缺乏体内实验验证	探索食管腺癌放射抵抗的分子机制并寻找潜在治疗靶点	食管腺癌细胞系和患者来源类器官	肿瘤生物学	食管腺癌	RNA-seq, scRNA-seq, TCGA数据分析, C11-Bodipy染色, 透射电镜	体外放射抵抗模型	基因表达数据, 影像数据	未明确说明具体样本数量
716	2025-07-06	scICE: enhancing clustering reliability and efficiency of scRNA-seq data with multi-cluster label consistency evaluation 2025-Jul-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60702-8 PMID:40603842	研究论文	本文开发了一种名为scICE的工具，用于评估单细胞RNA测序数据的聚类一致性并提供一致的聚类结果	scICE在速度上比传统共识聚类方法提高了30倍，并能有效识别一致的聚类结果	未明确提及方法的局限性	提高单细胞RNA测序数据聚类的可靠性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	48个真实和模拟的单细胞RNA测序数据集，部分包含超过10,000个细胞
717	2025-07-06	Single cell RNA sequencing to identify an Immunogenic cell death related prognostic signature in intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08602-1 PMID:40604056	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究肝内胆管癌中免疫原性细胞死亡相关基因的预后特征	首次在肝内胆管癌中鉴定出免疫原性细胞死亡相关的预后特征，并揭示了其与免疫微环境和临床预后的关联	样本量相对较小（8例患者），且研究结果需要在更大规模的队列中验证	探索免疫原性细胞死亡相关基因在肝内胆管癌进展和患者预后中的作用	肝内胆管癌患者样本	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	PCA, UMAP, CellChat, CytoTRACE, Monocle2	RNA测序数据	8例肝内胆管癌患者的30,485个单细胞
718	2025-07-06	Machine learning-based integration identifies plasma cells-related gene signature ST6GAL1 in idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jul-02, BMC pulmonary medicine IF:2.6Q2 DOI:10.1186/s12890-025-03696-9 PMID:40604645	研究论文	本研究通过机器学习整合方法，识别出与特发性肺纤维化(IPF)预后相关的浆细胞相关基因特征ST6GAL1	开发了一种基于机器学习的整合程序构建浆细胞相关基因特征(PCRGS)，并验证了核心基因ST6GAL1的潜在治疗靶点作用	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源和数量可能影响结论的普适性	系统探索与IPF患者预后相关的浆细胞相关基因	特发性肺纤维化(IPF)患者和博来霉素损伤小鼠模型	机器学习	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 加权基因共表达网络分析(WGCNA), 批量RNA测序, 微阵列数据分析	机器学习整合模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及IPF患者和博来霉素损伤小鼠模型
719	2025-07-06	Association between periodontitis and blood lipid levels: a cross-sectional study 2025-Jul-02, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-025-06341-3 PMID:40604728	研究论文	本研究探讨了血脂水平与牙周炎之间的相关性，并探索了血脂异常与牙周病之间的细胞和分子机制	通过单细胞RNA测序分析揭示了免疫细胞（特别是肥大细胞）在牙周炎组中脂质代谢增强，并通过炎症信号通路（如IL7、IL15）调节成纤维细胞活性	研究为横断面设计，无法确定因果关系	调查血脂水平与牙周炎之间的相关性，并探索其潜在的细胞和分子机制	2009-2014年国家健康与营养调查（NHANES）中具有完整血清脂质水平和牙周检查数据的参与者	NA	牙周炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	血清脂质水平和牙周检查数据	5,342名参与者
720	2025-07-06	GADD45GIP1 promotes osteosarcoma progression by modulating RPL35 ubiquitination and alleviating endoplasmic reticulum stress via the PERK/eIF2α pathway 2025-Jul-02, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03866-z PMID:40604925	研究论文	本文研究了GADD45GIP1通过调节RPL35泛素化和减轻内质网应激促进骨肉瘤进展的分子机制	首次揭示了GADD45GIP1通过PERK/eIF2α通路调节RPL35泛素化和内质网应激促进骨肉瘤进展的新机制	研究样本量相对较小（41例正常组织和67例肿瘤组织），且机制研究主要在体外和动物模型中进行	探索骨肉瘤进展的新分子机制和潜在治疗靶点	骨肉瘤细胞和患者组织样本	肿瘤分子生物学	骨肉瘤	转录组生存分析、单细胞RNA测序、免疫共沉淀(IP)、液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	41例正常组织和67例肿瘤组织