单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
661	2025-07-10	Single-cell analysis of ecto-mesenchymal cells derived from the neural crest reveals the regulatory role of P75NTR in odontogenic and osteogenic differentiation 2025-Jul-03, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-025-06399-z PMID:40611059	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了p75NTR对神经嵴细胞牙源性和成骨分化的调控作用	首次在单细胞水平揭示了p75NTR通过细胞因子调控网络影响细胞间通讯和分化能力	研究仅在小鼠模型中进行，未在人类细胞中验证	探索p75NTR对颌面部发育过程中矿化和分化的影响机制	小鼠胚胎外胚层间充质干细胞(EMSCs)	发育生物学	颌面部发育异常	scRNA-seq, 矿化诱导实验, 伤口愈合实验	基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	p75NTR敲除和野生型小鼠胚胎EMSCs
662	2025-07-10	Maximum likelihood inference of time-scaled cell lineage trees with mixed-type missing data using LAML 2025-Jul-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03649-9 PMID:40604857	研究论文	本文介绍了通过最大似然法（LAML）推断时间分辨细胞谱系树的方法，用于动态谱系追踪技术	提出了一种新的最大似然方法LAML，能够准确推断时间分辨的细胞谱系树，并在模拟数据和实际小鼠模型中表现出优于现有方法的准确性和可扩展性	NA	开发一种能够准确推断时间分辨细胞谱系树的方法，以更好地理解细胞分裂和迁移的动态过程	细胞谱系树	生物信息学	肺癌	动态谱系追踪技术	LAML	单细胞测序数据	模拟数据和小鼠模型中的细胞数据
663	2025-07-10	scAGCI: an anchor graph-based method for cell clustering from integrated scRNA-seq and scATAC-seq data 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf244 PMID:40622484	研究论文	提出了一种基于锚图的细胞聚类方法scAGCI，用于整合scRNA-seq和scATAC-seq数据	通过动态锚点统一过程捕获特定和共享的锚图，挖掘高阶共享信息以完成组学表示	未明确提及具体局限性	解决单细胞多组学聚类中的噪声和异质性问题	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	锚图方法	单细胞多组学数据	未明确提及具体样本量
664	2025-07-10	MORPH Predicts the Single-Cell Outcome of Genetic Perturbations Across Conditions and Data Modalities 2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.661992 PMID:40631143	研究论文	本文介绍了一种名为MORPH的模块化框架，用于预测细胞对遗传扰动的响应	MORPH结合了基于差异的变分自编码器和注意力机制，能够预测未见过的扰动、扰动组合以及新细胞环境中的扰动	NA	开发一个预测模型，以支持跨数据类型和细胞环境的遗传扰动响应预测	单细胞转录组学和成像数据	计算生物学	NA	变分自编码器、注意力机制	VAE、注意力机制	单细胞转录组学数据、成像数据	NA
665	2025-07-10	Tissue architecture dynamics underlying immune development and decline in the thymus 2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.28.662120 PMID:40631279	研究论文	本研究通过高分辨率空间转录组学和T细胞受体测序技术，揭示了小鼠胸腺在生命周期中的结构和转录变化，以及年龄相关的适应性免疫功能下降的机制	首次结合高分辨率空间转录组学和TCR测序技术，全面解析了胸腺衰老过程中的组织结构变化和免疫微环境重塑	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究胸腺衰老过程中结构和功能的改变及其对适应性免疫功能的影响	小鼠胸腺组织	免疫学	衰老相关免疫衰退	高分辨率空间转录组学，T细胞受体(TCR)测序	NA	空间转录组数据，TCR序列数据	21个小鼠胸腺样本（覆盖整个生命周期）
666	2025-07-10	Linking single-cell transcriptomes with secretion using SEC-seq 2025-Jul, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01112-w PMID:39979460	研究论文	介绍了一种名为SEC-seq的新协议，能够将单个细胞的转录组与分泌蛋白量联系起来	SEC-seq技术首次实现了在单细胞水平上同时分析转录组和分泌蛋白量，为理解细胞分泌机制提供了新工具	技术操作需要特定设备（如流式细胞仪和单细胞RNA测序平台），可能限制其广泛应用	研究细胞分泌表型与基因表达状态之间的关系	T细胞、间充质基质细胞、浆细胞等分泌细胞	单细胞组学	NA	SEC-seq、scRNA-seq、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、分泌蛋白数据	数千个单细胞
667	2025-07-10	Identification and validation of fibroblast-related biomarkers in rheumatoid arthritis by bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq analysis 2025-07, Clinical and experimental rheumatology IF:3.4Q2 DOI:10.55563/clinexprheumatol/x6am51 PMID:40153321	研究论文	通过bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析，识别并验证了类风湿性关节炎中成纤维细胞相关的生物标志物	首次结合单细胞分析和高维加权基因共表达网络分析，识别出与类风湿性关节炎高度相关的成纤维细胞生物标志物AIM2和PSMB9	研究结果需要进一步在更大规模的临床样本中进行验证	识别和验证类风湿性关节炎中成纤维细胞相关的生物标志物	类风湿性关节炎患者和正常对照的基因表达数据	生物信息学	类风湿性关节炎	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质互作网络分析, 机器学习方法(LASSO, SVM-RFE, 随机森林), 蛋白质印迹分析	LASSO, SVM-RFE, 随机森林	基因表达数据	训练集包含GSE55235和GSE55457数据集，外部验证集为GSE77298数据集
668	2025-07-10	scGT:integration algorithm for single-cell RNA-seq and ATAC-seq based on graph transformer 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf357 PMID:40581778	研究论文	提出了一种基于Graph Transformer的单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据整合算法scGT，用于多组学数据的整合和标签传递	利用原始数据中的相关性特征增强图结构，提高了多组学数据整合的性能	未明确提及具体局限性	开发高性能的单细胞多组学数据整合算法	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq, ATAC-seq	Graph Transformer	单细胞多组学数据	数百万细胞的数据集
669	2025-07-09	Single-cell sequencing and mass spectrometry imaging reveal the multicellular compartmentalization map of plant triterpenes: A ginsenoside in Panax ginseng example 2025-Jul-08, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.70198 PMID:40626415	研究论文	本研究通过单细胞测序和质谱成像技术揭示了植物三萜类化合物的多细胞区室化图谱，并以人参皂苷为例	首次报道了三萜类化合物生物合成的多细胞区室化图谱，并构建了多细胞区室化图谱	研究仅以人参皂苷为例，可能无法完全代表其他植物三萜类化合物的分布情况	揭示植物三萜类化合物的多细胞区室化图谱，为植物育种和代谢调控提供依据	人参（Panax ginseng）的根、茎和叶	植物代谢组学	NA	单细胞测序、质谱成像	NA	图像、测序数据	NA
670	2025-07-09	Endothelial plasticity in atrial fibrosis by integrating single-cell sequencing and genetic lineage tracing 2025-Jul-08, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehaf372 PMID:40626706	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和遗传谱系追踪技术，探讨了内皮细胞在心房纤维化中的可塑性及其机制	揭示了内皮细胞通过TGF-β1信号通路促进成纤维细胞功能和心房纤维化的新机制，并提出了针对内皮特异性通路的治疗策略	研究中发现内皮细胞向成纤维细胞的完全转化极少，可能限制了内皮可塑性在纤维化中的全面理解	阐明内皮细胞在心房纤维化中的具体作用机制	心房组织中的内皮细胞和成纤维细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 遗传谱系追踪	NA	基因表达数据, 细胞图像数据	来自窦性心律和心房颤动患者的心房组织, Cdh5-CreERT2;RFP小鼠模型, 人类原代心房内皮细胞和成纤维细胞
671	2025-07-09	Cluster-guided contrastive learning with masked autoencoder for spatial domain identification based on spatial transcriptomics 2025-Jul-07, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3586483 PMID:40622835	研究论文	提出了一种名为STMCCL的自监督学习框架，用于基于空间转录组学的空间域识别	结合掩码自编码器和聚类引导的对比学习，探索基因表达谱和空间拓扑的复杂关系	未明确提及具体局限性	提高空间转录组数据的空间域识别精度	空间转录组数据	数字病理	NA	空间转录组技术	掩码自编码器（masked autoencoder）	基因表达谱和空间信息	7个公共数据集
672	2025-07-09	Integration of Single-cell Sequencing Analysis Reveals Disulfidptosis Related Molecular Subtype and Novel Prognosis System for Osteosarcoma 2025-Jul-07, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673359541250527042918 PMID:40626537	研究论文	本研究通过整合单细胞测序分析，揭示了与二硫化物凋亡相关的骨肉瘤分子亚型及新型预后系统	首次在骨肉瘤中探索了二硫化物凋亡的作用，并建立了基于DRG的预后模型	研究主要基于公共数据库和体外实验，需要更多临床样本验证	探索二硫化物凋亡相关基因在骨肉瘤中的作用及预后价值	骨肉瘤患者及细胞系	生物信息学	骨肉瘤	单细胞RNA测序、Western blotting、qRT-PCR、细胞迁移和侵袭实验	Cox和LASSO回归分析	基因表达数据	公共数据库中的骨肉瘤患者数据及体外实验的细胞系
673	2025-07-09	Lactate-related gene signatures predict prognosis and immune profiles in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Jul-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10456-6 PMID:40617965	研究论文	本研究通过识别与乳酸相关的关键基因，预测食管鳞状细胞癌（ESCC）的预后和免疫特征	识别了六个与ESCC相关的乳酸关键基因，并分析了它们在免疫细胞亚群中的表达差异	研究仅基于基因表达数据，未进行实验验证	探索乳酸相关基因在ESCC中的预后和免疫特征	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者样本	癌症研究	食管鳞状细胞癌	scRNA-seq, CellChat分析	NA	基因表达数据	两个ESCC细胞系及正常样本
674	2025-07-09	Targeting PFKFB3 to restore glucose metabolism in acute pancreatitis via nanovesicle delivery 2025-Jul-05, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01261-y PMID:40618046	研究论文	本研究探讨了PFKFB3在急性胰腺炎中调节葡萄糖代谢的作用，并评估了通过纳米囊泡递送抑制PFKFB3以缓解代谢功能障碍的潜力	首次将PFKFB3确定为急性胰腺炎中葡萄糖代谢紊乱的关键治疗靶点，并创新性地采用纳米囊泡递送技术进行干预	研究主要基于动物和体外模型，尚未进行临床验证	探索急性胰腺炎中葡萄糖代谢紊乱的分子机制并开发新型治疗方法	急性胰腺炎模型中的葡萄糖代谢过程	生物医学工程	急性胰腺炎	scRNA-seq, bulk RNA测序, 纳米囊泡递送技术	体内和体外AP模型	转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及GEO数据库中的测序数据和实验模型
675	2025-07-09	Reduced somatosensory innervation alters the skeletal transcriptome at a single cell level in a mouse model of type 2 diabetes 2025-Jul-04, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00436-x PMID:40615376	研究论文	本研究探讨了2型糖尿病小鼠模型中体感神经支配减少对骨骼转录组的单细胞水平影响	首次结合单细胞RNA测序和体外实验，揭示了糖尿病神经病变与骨代谢异常的神经-骨骼信号传导机制	研究仅使用小鼠模型，结果需在人类样本中进一步验证	探究糖尿病外周神经病变对骨代谢的影响机制	高脂饮食诱导的2型糖尿病小鼠模型	生物医学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	动物模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量，但包含多组织单细胞测序数据
676	2025-07-09	Single‑cell RNA sequencing reveals TMEM71 as an immunomodulatory biomarker predicting immune checkpoint blockade response in breast cancer 2025-Jul-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03068-z PMID:40608205	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了TMEM71作为预测乳腺癌免疫检查点阻断反应的免疫调节生物标志物	首次将TMEM71鉴定为与乳腺癌免疫治疗反应相关的新型免疫相关基因，并探索其作为预后生物标志物的潜力	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证TMEM71的功能机制	探索TMEM71在乳腺癌中的预后价值、免疫相关性及治疗意义	乳腺癌	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ssGSEA, CIBERSORT, GO, KEGG, GSEA分析	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	整合TCGA、GTEx、GEO和公共scRNA-seq数据集
677	2025-07-09	Single-cell RNA sequencing reveals the potential role of estrogen in tuberous sclerosis complex related renal angiomyolipoma 2025-Jul-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02909-1 PMID:40608217	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究雌激素在结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤中的潜在作用	首次使用单细胞RNA测序技术揭示雌激素在TSC-AML中的性别差异及其对肿瘤微环境和肿瘤细胞特性的影响	样本量较小（仅4例患者），可能影响结果的普遍性	探究雌激素在结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤发病机制中的作用	结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤患者的肿瘤组织	数字病理学	结节性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	4例患者（2名女性，2名男性）
678	2025-07-09	Discovering molecular signatures in kidney transplant biopsies with borderline changes and isolated V-lesions: single-cell RNA-sequencing analysis of human blood and tissue Spatial transcriptomics 2025-Jul-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-05191-x PMID:40610502	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，研究肾脏移植活检中边缘性变化和孤立V病变的分子特征	整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，识别了CD8效应记忆T细胞的表达谱和关键上调基因，特别是STAT1作为枢纽基因	样本量较小，仅包括4名边缘性排斥或活检证实的TCMR患者和2名无TCMR证据的患者	深入了解肾脏移植排斥反应的分子机制	肾脏移植活检样本和外周血单核细胞	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	6名患者（4名边缘性排斥或TCMR，2名无TCMR）
679	2025-07-09	Machine learning-assisted multi-dimensional transcriptomic analysis of cytoskeleton-related molecules and their relationship with prognosis in hepatocellular carcinoma 2025-Jul-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10056-4 PMID:40610613	研究论文	本研究通过机器学习辅助的多维转录组分析，探讨了细胞骨架相关分子与肝细胞癌预后的关系	开发了一个基于五种细胞骨架相关基因（ARPC1A、CCNB2、CKAP5、DCTN2、TTK）的预后模型，并通过单细胞测序和空间转录组学揭示了这些基因在恶性组织中的表达及其与免疫抑制微环境的关联	研究依赖于公开数据集，可能受到样本选择和数据的限制	探索细胞骨架相关基因在肝细胞癌中的预后和治疗潜力	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理	肝细胞癌	转录组分析、单细胞测序（scRNA-seq）、空间转录组学、药物筛选、分子对接	LASSO回归、随机森林	转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据	TCGA-LIHC数据集、ICGC LIRI-JP和CHCC-HBV两个独立队列
680	2025-07-09	The role of JPT1 in hepatocellular carcinoma: tumor progression, microtubule dynamics regulation, and potential mechanisms within the immune microenvironment 2025-Jul-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03066-1 PMID:40610765	研究论文	本研究探讨了JPT1在肝细胞癌（HCC）中的表达、功能及其与预后的关系	首次系统性地研究了JPT1在HCC中的表达模式、功能机制及其与免疫微环境的关联	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明JPT1在HCC进展中的作用及其潜在机制	肝细胞癌（HCC）患者和癌细胞	肿瘤生物学	肝细胞癌	生物信息学分析（包括差异表达基因分析、功能富集分析、空间转录组学）	Cox比例风险模型	基因表达数据和临床数据	来自TCGA-LIHC和GEO（GSE14520）数据库的HCC患者样本