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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 641 | 2025-10-06 |
Divide-and-conquer strategy with engineered ossification center organoids for rapid bone healing through developmental cell recruitment
2025-Jul-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61619-y
PMID:40615395
|
研究论文 | 本研究通过工程化构建骨化中心类器官,采用分而治之策略促进大尺寸骨缺损的快速愈合 | 开发了具有内核心骨形态发生/神经营养球和外壳促血管生成相的双层骨化中心类器官结构,首次通过原位类器官融合与成熟招募发育性Krt8骨骼干细胞 | 研究未详细探讨类器官在体内的长期安全性与稳定性 | 开发新型骨组织工程策略以解决大尺寸骨缺损修复中血管化延迟和再生缓慢的难题 | 骨缺损动物模型及工程化骨化中心类器官 | 组织工程 | 骨缺损 | 单细胞RNA测序,3D打印,机器学习 | 机器学习 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 642 | 2025-10-06 |
DOLPHIN advances single-cell transcriptomics beyond gene level by leveraging exon and junction reads
2025-Jul-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61580-w
PMID:40615408
|
研究论文 | 提出一种名为DOLPHIN的深度学习方法,通过整合外显子水平和连接点读取数据来改进单细胞转录组分析 | 首次将外显子水平和连接点读取数据整合到单细胞转录组分析中,使用图结构表示基因并通过变分图自编码器处理 | NA | 改进单细胞转录组分析的质量和分辨率 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分图自编码器 | 外显子水平数据、连接点读取数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 643 | 2025-10-06 |
Multi-omics and experimental validation reveal mechanism of compound mylabris capsules in treating diffuse large B-cell lymphoma
2025-Jul-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-09767-5
PMID:40615583
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研究论文 | 本研究通过多组学分析和实验验证揭示了复方斑蝥胶囊治疗弥漫性大B细胞淋巴瘤的作用机制 | 首次系统整合生物信息学分析、单细胞RNA测序和实验验证,阐明复方斑蝥胶囊主要成分豆甾醇通过调控CDK1和CDK2靶点抑制DLBCL的分子机制 | 研究主要基于公共数据库和体外实验,缺乏体内动物模型验证 | 探究复方斑蝥胶囊治疗弥漫性大B细胞淋巴瘤的作用机制 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤细胞及相关基因靶点 | 生物信息学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序,分子对接,分子动力学模拟,体外实验 | 网络分析,PPI网络 | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | GEO和TCGA数据库中的DLBCL数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 644 | 2025-10-06 |
Integrative analysis reveals the multilateral inflammatory mechanisms of CD14 monocytes in gout
2025-Jul, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.01.046
PMID:40023733
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示CD14单核细胞在痛风中的多边炎症机制 | 首次在单细胞水平系统表征痛风患者CD14单核细胞的分子和细胞特征,发现S100Ahigh单核细胞亚群通过缺氧和脂肪酸代谢途径驱动炎症反应 | 样本量较小(8例患者和6例对照),需更大规模研究验证 | 阐明CD14单核细胞在痛风炎症反应启动中的具体作用机制 | 痛风患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | 痛风 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 8例痛风患者和6例健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 645 | 2025-10-06 |
Microglia heterogeneity, modeling and cell-state annotation in development and neurodegeneration
2025-Jul, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-01931-4
PMID:40195564
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综述 | 本文综述了小胶质细胞在发育和神经退行性疾病中的异质性、建模与细胞状态注释方法 | 提供了基于基因表达的小胶质细胞状态注释工具,整合了发育、神经退行性疾病、性别和中枢神经系统区域等多维度异质性分析 | NA | 深入理解小胶质细胞在健康和疾病状态下的转录异质性及其功能动态 | 小鼠和人类的小胶质细胞 | 生物信息学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 646 | 2025-10-06 |
Fibroblast Activation Protein (FAP)+ cancer-associated fibroblasts induce macrophage M2-like polarization via the Fibronectin 1-Integrin α5β1 axis in breast cancer
2025-Jul, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03359-3
PMID:40263422
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研究论文 | 本研究揭示了表达成纤维细胞活化蛋白的癌症相关成纤维细胞通过纤连蛋白1-整合素α5β1轴诱导巨噬细胞M2样极化,促进乳腺癌免疫抑制的机制 | 首次发现FAP CAFs通过分泌FN1激活巨噬细胞整合素α5β1-FAK-AKT-STAT3信号通路,驱动M2样极化,并证实靶向该轴可重塑肿瘤免疫微环境 | 研究主要基于小鼠模型和临床标本,尚未在更广泛的人群中验证治疗策略的临床效果 | 探究FAP CAFs在乳腺癌免疫微环境中的调控机制及潜在治疗靶点 | 乳腺癌微环境中的FAP阳性癌症相关成纤维细胞和巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,体内外实验,临床标本分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,临床数据,实验数据 | 临床标本和小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 647 | 2025-10-06 |
A dynamic and multimodal framework to define microglial states
2025-Jul, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-01978-3
PMID:40394327
|
研究论文 | 提出微胶质细胞状态连续体模型,挑战传统离散分类范式 | 首次提出微胶质细胞存在于连续体而非离散亚群的理论框架 | 主要基于计算方法分析,缺乏实验验证 | 建立微胶质细胞状态分类的稳健理论框架 | 中枢神经系统微胶质细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 连续体模型 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 648 | 2025-10-06 |
Spatial multiomics decipher fibroblast-macrophage dynamics in systemic sclerosis
2025-Jul, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.04.025
PMID:40410053
|
研究论文 | 通过空间多组学技术解析系统性硬化症中成纤维细胞-巨噬细胞动态相互作用 | 首次构建系统性硬化症皮肤纤维化微环境的空间图谱,揭示ACKR3在肌成纤维细胞前体中的选择性表达及其调控巨噬细胞募集的机制 | 样本量相对有限(14例皮肤活检),需要更大规模研究验证发现 | 探索系统性硬化症皮肤组织中细胞空间组织和协调机制,为精准医疗提供新见解 | 系统性硬化症患者皮肤组织、SSc小鼠模型、伤口愈合驯鹿模型 | 空间转录组学 | 系统性硬化症 | 空间转录组学、空间蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据 | 14例皮肤活检(10例弥漫性皮肤SSc患者,4例健康对照) | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 649 | 2025-10-06 |
CD4+ tissue-resident memory Th17 cells are a major source of IL-17A in Spondyloarthritis synovial tissue
2025-Jul, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.04.018
PMID:40413112
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间RNA分析,确定了CD4+组织驻留记忆Th17细胞是脊柱关节炎滑膜组织中IL-17A的主要来源 | 首次在脊柱关节炎滑膜组织中鉴定CD4+CXCR6+ TRM17细胞为主要的IL-17A产生细胞,并发现BRD1表观遗传调控因子在TRM17细胞生成中的关键作用 | 样本量相对较小(单细胞RNA测序n=11,空间RNA分析n=4),需要在更大队列中验证 | 确定脊柱关节炎滑膜组织中IL-17A的细胞来源及其调控机制 | 脊柱关节炎患者的滑膜组织和血液记忆CD4+ T细胞 | 单细胞生物学 | 脊柱关节炎 | 单细胞RNA测序, 空间RNA分析, CellPhoneDB细胞通讯分析, siRNA, CRISPR | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 单细胞RNA测序:11例(5例轴性脊柱关节炎,6例银屑病关节炎);空间RNA分析:4例银屑病关节炎 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组 | NA | NA |
| 650 | 2025-10-06 |
Inhibitor of DNA-Binding 3 Is a Novel Regulator of Limbal Epithelial Cell Migration Via the EphA2/Akt Signaling Pathway
2025-Jul-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.9.2
PMID:40590805
|
研究论文 | 本研究揭示了ID3通过EphA2/Akt信号通路调控角膜缘上皮细胞迁移的新机制 | 首次发现ID3通过EphA2/Akt信号轴调控角膜上皮细胞迁移,揭示了ID3在角膜伤口愈合中的抑制作用 | 研究主要基于体外细胞实验,需要进一步体内验证 | 探索角膜伤口愈合过程中细胞迁移的调控机制 | 角膜缘上皮细胞、hTCEpi细胞系 | 细胞生物学 | 角膜损伤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, siRNA转染, 划痕实验 | NA | 基因表达数据, 细胞迁移数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 651 | 2025-10-06 |
Interleukin-32-expressing CD4+ T cells are a potentially pathogenic subset in systemic sclerosis with interstitial lung disease
2025-Jul-04, Respiratory investigation
IF:2.4Q2
DOI:10.1016/j.resinv.2025.06.008
PMID:40617174
|
研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序数据,发现表达IL-32的CD4+ T细胞是系统性硬化症伴间质性肺病中的潜在致病亚群 | 首次在SSc-ILD中鉴定出IL32高表达的CD4+ T细胞亚群,并揭示其在疾病发病机制中的关键作用 | 需要进一步研究来探索IL-32的治疗潜力及其具体作用机制 | 表征SSc-ILD中CD4+ T细胞亚群的异常细胞因子产生 | 系统性硬化症伴间质性肺病患者的CD4+ T细胞 | 生物信息学 | 系统性硬化症伴间质性肺病 | 单细胞RNA测序, 微阵列分析, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 13例SSc和11例健康对照肺活检样本, 18例SSc-ILD和16例健康对照外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 652 | 2025-10-06 |
Ensemblex: an accuracy-weighted ensemble genetic demultiplexing framework for population-scale scRNAseq sample pooling
2025-Jul-03, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03643-1
PMID:40611203
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研究论文 | 提出Ensemblex框架,通过集成四种算法实现高精度单细胞RNA测序样本解复用 | 开发了基于准确度加权的集成遗传解复用框架,显著提升高度多重化实验中的样本识别精度 | NA | 解决单细胞RNA测序中样本多重化后的供体识别问题 | 计算和实验混合的单细胞RNA测序样本 | 单细胞测序分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 653 | 2025-10-06 |
An orally bioavailable BRD4 inhibitor disrupts expansion of a pathogenic epithelial-mesenchymal niche in bleomycin-induced fibrosis
2025-Jul-02, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03306-6
PMID:40604997
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研究论文 | 本研究开发了一种口服可用的BRD4抑制剂,用于治疗博来霉素诱导的肺纤维化 | 首次设计并验证了口服可用的BRD4抑制剂ZL0969在肺纤维化模型中的治疗效果 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证 | 研究BRD4信号在肺纤维化发病机制中的作用 | C57BL6小鼠和人类IPF样本 | 分子生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和人类IPF样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 654 | 2025-10-06 |
Benchmarking metabolic RNA labeling techniques for high-throughput single-cell RNA sequencing
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61375-z
PMID:40593761
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研究论文 | 通过系统比较十种化学转化方法在单细胞RNA测序中的表现,为代谢RNA标记技术提供选择指导 | 首次对代谢RNA标记技术中的化学方法进行系统性基准测试,并确定了最优的on-beads方法 | 研究主要基于Drop-seq平台,对其他平台的适用性需要进一步验证 | 评估不同代谢RNA标记化学方法在单细胞RNA测序中的性能表现 | 52,529个测试细胞和9,883个斑马鱼胚胎细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 代谢RNA标记,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 52,529个测试细胞 + 9,883个斑马鱼胚胎细胞 | 多个商业平台 | 单细胞RNA测序 | Drop-seq | Drop-seq平台及两种具有更高捕获效率的商业平台 |
| 655 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics analysis reveals a disrupted NK-T cell interaction network in liver metastatic cancer
2025-Jul-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-06241-0
PMID:40594834
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示肝转移癌中NK-T细胞相互作用网络的紊乱 | 首次在多种癌症肝转移模型中系统揭示CD8 NKT样细胞、γδT细胞与NK细胞通过CD48-CD244和TNF-TNFR信号通路相互作用的分子机制 | 研究样本类型和数量有限,未进行功能验证实验 | 解析肝转移癌中NK细胞与T细胞的相互作用网络及其功能意义 | 鼻咽癌、甲状腺癌、乳腺癌、结直肠癌和宫颈癌的肝转移组织及癌旁组织 | 单细胞组学 | 肝转移癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多种癌症类型的肝转移和癌旁组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 656 | 2025-10-06 |
Spatial profiling of chromatin accessibility in formalin-fixed paraffin-embedded tissues
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60882-3
PMID:40595535
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研究论文 | 开发了一种名为空间FFPE-ATAC-seq的新方法,用于在原位分析福尔马林固定石蜡包埋组织中的染色质可及性 | 克服了福尔马林诱导交联的挑战,首次实现了在存档FFPE组织中进行高分辨率染色质可及性的空间分析 | 未明确说明样本数量的具体限制和技术应用的广泛性 | 开发能够分析FFPE样本染色质可及性的空间表观基因组学工具 | 小鼠和人类组织(包括脑组织、胸腺和黑色素瘤) | 表观基因组学 | 黑色素瘤 | ATAC-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 空间表观基因组数据,基因表达数据 | 未明确指定具体样本数量 | NA | 空间染色质可及性分析,单细胞RNA-seq | NA | 空间FFPE-ATAC-seq |
| 657 | 2025-10-06 |
Identification of novel macrophages and bone morphogenetic protein signals causing ectopic calcification and impairing muscle regeneration
2025-Jul-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112841
PMID:40612505
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研究论文 | 本研究通过多种巨噬细胞耗竭方法发现F4/80(+)Csf1r(-)巨噬细胞和BMP信号在异位钙化中的关键作用 | 首次鉴定出F4/80(+)Csf1r(-)巨噬细胞亚群在异位钙化中的特异性增加,并揭示内皮-间质转化(EndoMT)是异位钙化的关键贡献者 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究异位钙化的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 小鼠肌肉组织中的巨噬细胞和间质祖细胞 | 分子生物学 | 肌肉疾病 | 单细胞测序、谱系追踪、巨噬细胞耗竭 | NA | 单细胞测序数据、组织学数据 | 使用notexin和BaCl注射的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 658 | 2025-10-06 |
N6-methyladenosine-mediated upregulation of MANF promotes ER stress resistance in renal cell carcinoma
2025-Jul-03, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07798-4
PMID:40603319
|
研究论文 | 本研究揭示了m6A修饰通过上调MANF促进肾细胞癌内质网应激抵抗的新机制 | 首次发现m6A去甲基化酶ALKBH5通过降低MANF mRNA的m6A修饰,减少RNA降解并增加MANF蛋白表达,从而增强肾细胞癌的内质网应激抵抗能力 | NA | 探索肾细胞癌治疗抵抗的新机制和潜在治疗策略 | 肾细胞癌及其前体细胞近端小管细胞 | 癌症生物学 | 肾细胞癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 659 | 2025-10-06 |
Gasdermin D aggravates a mouse model of radiation-induced liver disease by promoting chemokine secretion and neutrophil recruitment
2025-Jul-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61397-7
PMID:40603284
|
研究论文 | 本研究揭示了Gasdermin D在辐射诱导肝病中通过促进趋化因子分泌和中性粒细胞募集加重疾病进程的机制 | 首次发现GSDMD在辐射诱导肝病中的关键作用,阐明其通过STAT5A-CXCL1轴招募中性粒细胞的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究GSDMD在辐射诱导肝病发病机制中的作用 | 小鼠模型和细胞模型 | 分子病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序,免疫荧光,流式细胞分选 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,细胞图像数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 660 | 2025-10-06 |
AKR1C3 enhances radioresistance in esophageal adenocarcinoma via inhibiting ferroptosis through suppressing TRIM21-mediated ubiquitination of HSPA5
2025-Jul-02, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07773-z
PMID:40603306
|
研究论文 | 本研究揭示了AKR1C3通过抑制铁死亡增强食管腺癌放疗抵抗的新机制 | 首次发现AKR1C3通过结合HSPA5并抑制TRIM21介导的泛素化降解来稳定GPX4,从而抑制铁死亡并增强放疗抵抗 | 研究主要基于体外模型和患者来源类器官,需要进一步体内验证 | 探索食管腺癌放疗抵抗的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 食管腺癌细胞和患者来源类器官 | 癌症生物学 | 食管癌 | RNA-seq, scRNA-seq, C11-Bodipy染色, 透射电子显微镜 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据, 脂质ROS水平数据, 超微结构图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |