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当前共找到 845 篇文献，本页显示第 621 - 640 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 621 | 2025-10-06 |
Tissue architecture dynamics underlying immune development and decline in the thymus
2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.28.662120
PMID:40631279
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和T细胞受体测序揭示小鼠胸腺组织结构随年龄变化的动态过程 | 首次结合高分辨率空间转录组学和TCR测序技术，系统揭示胸腺衰老过程中组织结构、细胞互作和免疫功能的动态变化 | 研究仅基于小鼠模型，样本量相对有限(21个胸腺样本) | 探究胸腺衰老过程中组织结构与免疫功能衰退的机制 | 小鼠胸腺组织 | 空间转录组学 | 免疫衰老 | 空间转录组学, T细胞受体测序 | NA | 空间转录组数据, TCR序列数据 | 21个小鼠胸腺样本，覆盖整个生命周期 | NA | 空间转录组学, 单细胞测序 | NA | NA |
| 622 | 2025-10-06 |
Identification and validation of fibroblast-related biomarkers in rheumatoid arthritis by bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq analysis
2025-07, Clinical and experimental rheumatology
IF:3.4Q2
DOI:10.55563/clinexprheumatol/x6am51
PMID:40153321
|
研究论文 | 通过批量RNA-seq和单细胞RNA-seq分析鉴定并验证类风湿关节炎中成纤维细胞相关生物标志物 | 首次结合单细胞RNA-seq和多种机器学习方法系统筛选成纤维细胞相关RA生物标志物 | 研究样本量有限，需要进一步临床验证 | 鉴定类风湿关节炎中成纤维细胞相关生物标志物 | 类风湿关节炎患者样本 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质印迹分析 | LASSO, SVM-RFE, 随机森林 | 基因表达数据 | 多个GEO数据集(GSE55235, GSE55457, GSE77298) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 623 | 2025-10-06 |
scGT:integration algorithm for single-cell RNA-seq and ATAC-seq based on graph transformer
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf357
PMID:40581778
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研究论文 | 提出一种基于图变换器的单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据整合算法scGT | 利用原始数据集中相关性特征增强的图结构来协调多组学数据表示，能够整合数百万细胞的数据集 | NA | 开发单细胞多组学数据整合算法，实现准确的标签转移和生物变异保留 | 单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 图变换器(Graph Transformer) | 单细胞多组学数据 | 数百万细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 624 | 2025-10-06 |
Cluster-guided contrastive learning with masked autoencoder for spatial domain identification based on spatial transcriptomics
2025-Jul-07, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3586483
PMID:40622835
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研究论文 | 提出一种结合掩码自编码器和聚类引导对比学习的自监督学习框架STMCCL，用于空间转录组数据的空间域识别 | 首次将掩码自编码器与聚类引导对比学习相结合，并引入多聚类视角模块同时考虑几何和结构关系 | NA | 开发更准确的空间域识别方法以分析空间转录组数据 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 掩码自编码器, 对比学习 | 基因表达谱, 空间信息 | 7个公共数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 625 | 2025-07-09 |
Author Correction: Spatial transcriptomics reveals regionally altered gene expression that drives retinal degeneration
2025-Jul-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08451-8
PMID:40624286
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 626 | 2025-10-06 |
Integration of Single-cell Sequencing Analysis Reveals Disulfidptosis Related Molecular Subtype and Novel Prognosis System for Osteosarcoma
2025-Jul-07, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序分析揭示了骨肉瘤中二硫化物死亡相关分子亚型并建立了新的预后系统 | 首次在骨肉瘤中探索二硫化物死亡的作用，建立了基于DRG的预后模型并发现POLR1D的致癌功能 | 研究主要基于公共数据库和生物信息学分析，实验验证相对有限 | 研究二硫化物死亡相关基因在骨肉瘤预后分层和治疗策略中的作用 | 骨肉瘤患者和骨肉瘤细胞 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序，Western blotting，qRT-PCR，细胞迁移和侵袭实验 | Cox回归，LASSO回归，聚类分析 | 基因表达数据，单细胞测序数据 | 公共数据库中的骨肉瘤样本和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 627 | 2025-10-06 |
Lactate-related gene signatures predict prognosis and immune profiles in esophageal squamous cell carcinoma
2025-Jul-05, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-10456-6
PMID:40617965
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研究论文 | 本研究通过识别食管鳞状细胞癌中六个乳酸相关枢纽基因，探索了乳酸代谢与肿瘤预后和免疫特征的关系 | 首次在食管鳞状细胞癌中系统识别了六个乳酸相关枢纽基因，并建立了乳酸化评分系统用于评估肿瘤免疫微环境 | 研究样本量有限，需要在更大队列中验证基因特征的预测价值 | 探索乳酸代谢相关基因在食管鳞状细胞癌预后预测和免疫特征分析中的作用 | 食管鳞状细胞癌患者样本和细胞系 | 癌症生物学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, CellChat分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 食管鳞状细胞癌样本和正常样本，两个ESCC细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 628 | 2025-10-06 |
Targeting PFKFB3 to restore glucose metabolism in acute pancreatitis via nanovesicle delivery
2025-Jul-05, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-025-01261-y
PMID:40618046
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研究论文 | 本研究探索通过纳米囊泡递送抑制PFKFB3以恢复急性胰腺炎中葡萄糖代谢的方法 | 首次发现PFKFB3在急性胰腺炎葡萄糖代谢紊乱中的关键作用，并开发纳米囊泡递送系统进行靶向治疗 | 研究主要基于动物和细胞模型，尚未进行临床试验验证 | 探索PFKFB3在急性胰腺炎葡萄糖代谢调节中的作用及纳米囊泡递送治疗的潜力 | 急性胰腺炎模型中的葡萄糖代谢机制 | 生物医学工程 | 急性胰腺炎 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 纳米囊泡递送技术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 629 | 2025-10-06 |
Reduced somatosensory innervation alters the skeletal transcriptome at a single cell level in a mouse model of type 2 diabetes
2025-Jul-04, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-025-00436-x
PMID:40615376
|
研究论文 | 本研究通过高脂饮食诱导的2型糖尿病小鼠模型，探索了糖尿病外周神经病变对骨骼代谢的影响机制 | 首次在单细胞水平揭示糖尿病状态下骨骼神经支配减少对骨骼转录组的改变，并重建了神经-骨骼信号传导相互作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究糖尿病外周神经病变对骨骼代谢的影响机制 | 高脂饮食诱导的2型糖尿病小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 高脂饮食喂养的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 630 | 2025-10-06 |
Single‑cell RNA sequencing reveals TMEM71 as an immunomodulatory biomarker predicting immune checkpoint blockade response in breast cancer
2025-Jul-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03068-z
PMID:40608205
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现TMEM71是预测乳腺癌免疫检查点阻断反应的免疫调节生物标志物 | 首次系统揭示TMEM71在乳腺癌中的免疫调节功能及其对免疫治疗反应的预测价值 | TMEM71的具体作用机制尚未完全阐明，需要进一步实验验证 | 探索TMEM71在乳腺癌中的预后价值、免疫相关性及治疗意义 | 乳腺癌患者样本及公共数据库数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 免疫浸润分析 | ssGSEA, CIBERSORT, GSEA | 基因表达数据, 单细胞RNA-seq数据 | 来自TCGA、GTEx、GEO和公共scRNA-seq数据集的多个数据库整合 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 631 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals the potential role of estrogen in tuberous sclerosis complex related renal angiomyolipoma
2025-Jul-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02909-1
PMID:40608217
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究雌激素在结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤中的潜在作用 | 首次在单细胞水平揭示TSC-AML中雌激素相关的异质性，发现雌激素通过调控免疫抑制微环境和干细胞样肿瘤形成在女性患者中的特殊作用机制 | 样本量较小（仅4例患者），缺乏功能验证实验 | 探究雌激素在结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤发病机制中的作用 | 结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤患者组织样本 | 单细胞组学 | 结节性硬化症 | 单细胞RNA测序 | AUCell分析, CellChat分析 | 单细胞转录组数据 | 4例TSC-AML患者（2女2男） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 632 | 2025-10-06 |
Discovering molecular signatures in kidney transplant biopsies with borderline changes and isolated V-lesions: single-cell RNA-sequencing analysis of human blood and tissue Spatial transcriptomics
2025-Jul-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-05191-x
PMID:40610502
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析肾移植活检组织，发现与T细胞介导排斥反应相关的分子特征 | 首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术分析肾移植排斥反应，识别出CD8效应记忆T细胞亚群和STAT1枢纽基因 | 样本量较小（仅6例患者），空间分析仅比较两名患者 | 研究肾移植中T细胞介导排斥反应的分子机制 | 肾移植患者的血液单核细胞和肾移植活检组织 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学, 免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 6例患者（4例排斥反应患者，2例无排斥反应对照） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 633 | 2025-10-06 |
Machine learning-assisted multi-dimensional transcriptomic analysis of cytoskeleton-related molecules and their relationship with prognosis in hepatocellular carcinoma
2025-Jul-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-10056-4
PMID:40610613
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研究论文 | 通过机器学习辅助的多维转录组分析，研究细胞骨架相关分子在肝细胞癌中的预后价值 | 首次构建基于细胞骨架相关基因的五基因预后模型，并结合单细胞测序和空间转录组学揭示其与免疫抑制微环境的关联 | 研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证模型的临床适用性 | 探索细胞骨架相关基因在肝细胞癌中的预后价值和治疗潜力 | 肝细胞癌患者 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 转录组测序,单细胞RNA测序,空间转录组学 | LASSO回归,随机森林 | 转录组数据 | TCGA-LIHC数据集加上两个独立验证队列(ICGC LIRI-JP和CHCC-HBV) | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 634 | 2025-10-06 |
The role of JPT1 in hepatocellular carcinoma: tumor progression, microtubule dynamics regulation, and potential mechanisms within the immune microenvironment
2025-Jul-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03066-1
PMID:40610765
|
研究论文 | 本研究系统探讨了JPT1在肝细胞癌中的表达特征、预后价值及其通过调控微管动力学和免疫微环境促进肿瘤进展的潜在机制 | 首次在肝细胞癌中系统研究JPT1的功能机制，结合空间转录组学揭示其与免疫微环境的关联，并证实其作为诊断生物标志物的潜力 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析，缺乏实验验证JPT1的具体分子机制 | 阐明JPT1在肝细胞癌进展中的作用机制及其临床意义 | 肝细胞癌患者组织样本和公共数据库数据 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 生物信息学分析，空间转录组学，功能富集分析 | Cox比例风险模型，Kaplan-Meier生存分析 | 基因表达数据，临床病理数据，空间转录组数据 | TCGA-LIHC和GEO（GSE14520）数据库的肝细胞癌样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 635 | 2025-10-06 |
Spatial histology and gene-expression representation and generative learning via online self-distillation contrastive learning
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf317
PMID:40618351
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研究论文 | 提出一种名为Magic的自训练对比学习模型，用于从组织学图像预测空间基因表达 | 采用基于动量的模块生成伪目标以减少噪声影响，并利用基于transformer的解码器预测基因表达 | 仅在乳腺癌和结直肠癌样本上验证，需要进一步验证在其他癌症类型的适用性 | 开发从全切片图像直接预测空间基因表达分布的计算方法 | 乳腺癌和结直肠癌组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌,结直肠癌 | 空间转录组学 | 对比学习,transformer | 图像,基因表达数据 | 训练集: 56个乳腺癌切片中的75,760个点; 验证集: 5个独立切片中的11,026个点 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 636 | 2025-10-06 |
Inference of gene coexpression networks from single-cell transcriptome data based on variance decomposition analysis
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf309
PMID:40618350
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研究论文 | 提出基于方差分解分析的单细胞转录组基因共表达网络推断方法GCNVDA | 通过引入基因水平方差和残差误差的随机效应项，有效解决单细胞数据噪声和稀疏性问题 | 未明确说明方法计算复杂度和对大规模数据的适用性 | 从单细胞转录组数据推断基因共表达网络以探索基因调控机制 | 基因共表达网络和功能模块 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 方差分解分析模型 | 单细胞转录组数据 | 三个真实世界单细胞数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 637 | 2025-10-06 |
CD8a + GZMK + T Cells Inhibit Osteoclastogenesis in Postmenopausal Osteoporosis via the p38-MAPK Pathway
2025-Jul-07, Calcified tissue international
IF:3.3Q2
DOI:10.1007/s00223-025-01402-9
PMID:40622431
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序鉴定出一种新型CD8a+GZMK+T细胞亚群，该细胞通过分泌GzmK抑制破骨细胞生成，为绝经后骨质疏松症提供新的治疗靶点 | 首次在绝经后骨质疏松症中鉴定出CD8a+GZMK+T细胞亚群，并阐明其通过p38-MAPK通路抑制破骨细胞生成的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证；MAPK激动剂仅能部分逆转GzmK的抑制作用 | 探究绝经后骨质疏松症中骨髓T细胞的异质性和功能 | 小鼠股骨骨髓T细胞和原代骨髓巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 骨质疏松症 | 单细胞转录组测序, 流式细胞术, TRAP染色, 免疫荧光染色, qPCR, RNA测序, Western blot | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据, 蛋白质数据 | 小鼠股骨骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 638 | 2025-10-06 |
Molecular mechanism and biological pathway of high-expressed RAD51 in regulating cell adhesion and potentially affecting oral squamous cell carcinoma
2025-Jul-04, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03085-y
PMID:40613957
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研究论文 | 本研究探讨RAD51高表达通过调控细胞粘附机制促进口腔鳞状细胞癌发展的分子机制 | 首次在多平台（RNA-seq、微阵列、IHC、scRNA-seq）上全面验证RAD51在OSCC中的表达模式及其在细胞粘附中的功能作用 | 研究样本量相对有限，需要进一步的功能验证实验 | 探索RAD51在口腔鳞状细胞癌中调控细胞粘附的分子机制和生物学通路 | 口腔鳞状细胞癌组织和细胞 | 癌症生物学 | 口腔鳞状细胞癌 | RNA-seq, 微阵列, 免疫组织化学, 单细胞RNA测序, CRISPR基因编辑 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 单细胞转录组数据 | 1006个OSCC样本（bulk RNA）, 162个OSCC组织（IHC）, 9693个恶性上皮细胞（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 639 | 2025-10-06 |
Divide-and-conquer strategy with engineered ossification center organoids for rapid bone healing through developmental cell recruitment
2025-Jul-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61619-y
PMID:40615395
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研究论文 | 本研究通过工程化构建骨化中心类器官，采用分而治之策略促进大尺寸骨缺损的快速愈合 | 开发了具有内核心骨形态发生/神经营养球和外壳促血管生成相的双层骨化中心类器官结构，首次通过原位类器官融合与成熟招募发育性Krt8骨骼干细胞 | 研究未详细探讨类器官在体内的长期安全性与稳定性 | 开发新型骨组织工程策略以解决大尺寸骨缺损修复中血管化延迟和再生缓慢的难题 | 骨缺损动物模型及工程化骨化中心类器官 | 组织工程 | 骨缺损 | 单细胞RNA测序，3D打印，机器学习 | 机器学习 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 640 | 2025-10-06 |
DOLPHIN advances single-cell transcriptomics beyond gene level by leveraging exon and junction reads
2025-Jul-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61580-w
PMID:40615408
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研究论文 | 提出一种名为DOLPHIN的深度学习方法，通过整合外显子水平和连接点读取数据来改进单细胞转录组分析 | 首次将外显子水平和连接点读取数据整合到单细胞转录组分析中，使用图结构表示基因并通过变分图自编码器处理 | NA | 改进单细胞转录组分析的质量和分辨率 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分图自编码器 | 外显子水平数据、连接点读取数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |