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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 601 | 2025-10-06 |
Targeting PFKFB3 to restore glucose metabolism in acute pancreatitis via nanovesicle delivery
2025-Jul-05, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-025-01261-y
PMID:40618046
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研究论文 | 本研究探索通过纳米囊泡递送抑制PFKFB3以恢复急性胰腺炎中葡萄糖代谢的方法 | 首次发现PFKFB3在急性胰腺炎葡萄糖代谢紊乱中的关键作用,并开发纳米囊泡递送系统进行靶向治疗 | 研究主要基于动物和细胞模型,尚未进行临床试验验证 | 探索PFKFB3在急性胰腺炎葡萄糖代谢调节中的作用及纳米囊泡递送治疗的潜力 | 急性胰腺炎模型中的葡萄糖代谢机制 | 生物医学工程 | 急性胰腺炎 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 纳米囊泡递送技术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 602 | 2025-10-06 |
Reduced somatosensory innervation alters the skeletal transcriptome at a single cell level in a mouse model of type 2 diabetes
2025-Jul-04, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-025-00436-x
PMID:40615376
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研究论文 | 本研究通过高脂饮食诱导的2型糖尿病小鼠模型,探索了糖尿病外周神经病变对骨骼代谢的影响机制 | 首次在单细胞水平揭示糖尿病状态下骨骼神经支配减少对骨骼转录组的改变,并重建了神经-骨骼信号传导相互作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究糖尿病外周神经病变对骨骼代谢的影响机制 | 高脂饮食诱导的2型糖尿病小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 高脂饮食喂养的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 603 | 2025-10-06 |
Single‑cell RNA sequencing reveals TMEM71 as an immunomodulatory biomarker predicting immune checkpoint blockade response in breast cancer
2025-Jul-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03068-z
PMID:40608205
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现TMEM71是预测乳腺癌免疫检查点阻断反应的免疫调节生物标志物 | 首次系统揭示TMEM71在乳腺癌中的免疫调节功能及其对免疫治疗反应的预测价值 | TMEM71的具体作用机制尚未完全阐明,需要进一步实验验证 | 探索TMEM71在乳腺癌中的预后价值、免疫相关性及治疗意义 | 乳腺癌患者样本及公共数据库数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 免疫浸润分析 | ssGSEA, CIBERSORT, GSEA | 基因表达数据, 单细胞RNA-seq数据 | 来自TCGA、GTEx、GEO和公共scRNA-seq数据集的多个数据库整合 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 604 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals the potential role of estrogen in tuberous sclerosis complex related renal angiomyolipoma
2025-Jul-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02909-1
PMID:40608217
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究雌激素在结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤中的潜在作用 | 首次在单细胞水平揭示TSC-AML中雌激素相关的异质性,发现雌激素通过调控免疫抑制微环境和干细胞样肿瘤形成在女性患者中的特殊作用机制 | 样本量较小(仅4例患者),缺乏功能验证实验 | 探究雌激素在结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤发病机制中的作用 | 结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤患者组织样本 | 单细胞组学 | 结节性硬化症 | 单细胞RNA测序 | AUCell分析, CellChat分析 | 单细胞转录组数据 | 4例TSC-AML患者(2女2男) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 605 | 2025-10-06 |
Discovering molecular signatures in kidney transplant biopsies with borderline changes and isolated V-lesions: single-cell RNA-sequencing analysis of human blood and tissue Spatial transcriptomics
2025-Jul-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-05191-x
PMID:40610502
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析肾移植活检组织,发现与T细胞介导排斥反应相关的分子特征 | 首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术分析肾移植排斥反应,识别出CD8效应记忆T细胞亚群和STAT1枢纽基因 | 样本量较小(仅6例患者),空间分析仅比较两名患者 | 研究肾移植中T细胞介导排斥反应的分子机制 | 肾移植患者的血液单核细胞和肾移植活检组织 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学, 免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 6例患者(4例排斥反应患者,2例无排斥反应对照) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 606 | 2025-10-06 |
Machine learning-assisted multi-dimensional transcriptomic analysis of cytoskeleton-related molecules and their relationship with prognosis in hepatocellular carcinoma
2025-Jul-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-10056-4
PMID:40610613
|
研究论文 | 通过机器学习辅助的多维转录组分析,研究细胞骨架相关分子在肝细胞癌中的预后价值 | 首次构建基于细胞骨架相关基因的五基因预后模型,并结合单细胞测序和空间转录组学揭示其与免疫抑制微环境的关联 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证模型的临床适用性 | 探索细胞骨架相关基因在肝细胞癌中的预后价值和治疗潜力 | 肝细胞癌患者 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 转录组测序,单细胞RNA测序,空间转录组学 | LASSO回归,随机森林 | 转录组数据 | TCGA-LIHC数据集加上两个独立验证队列(ICGC LIRI-JP和CHCC-HBV) | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 607 | 2025-10-06 |
The role of JPT1 in hepatocellular carcinoma: tumor progression, microtubule dynamics regulation, and potential mechanisms within the immune microenvironment
2025-Jul-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03066-1
PMID:40610765
|
研究论文 | 本研究系统探讨了JPT1在肝细胞癌中的表达特征、预后价值及其通过调控微管动力学和免疫微环境促进肿瘤进展的潜在机制 | 首次在肝细胞癌中系统研究JPT1的功能机制,结合空间转录组学揭示其与免疫微环境的关联,并证实其作为诊断生物标志物的潜力 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证JPT1的具体分子机制 | 阐明JPT1在肝细胞癌进展中的作用机制及其临床意义 | 肝细胞癌患者组织样本和公共数据库数据 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 生物信息学分析,空间转录组学,功能富集分析 | Cox比例风险模型,Kaplan-Meier生存分析 | 基因表达数据,临床病理数据,空间转录组数据 | TCGA-LIHC和GEO(GSE14520)数据库的肝细胞癌样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 608 | 2025-10-06 |
Spatial histology and gene-expression representation and generative learning via online self-distillation contrastive learning
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf317
PMID:40618351
|
研究论文 | 提出一种名为Magic的自训练对比学习模型,用于从组织学图像预测空间基因表达 | 采用基于动量的模块生成伪目标以减少噪声影响,并利用基于transformer的解码器预测基因表达 | 仅在乳腺癌和结直肠癌样本上验证,需要进一步验证在其他癌症类型的适用性 | 开发从全切片图像直接预测空间基因表达分布的计算方法 | 乳腺癌和结直肠癌组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌,结直肠癌 | 空间转录组学 | 对比学习,transformer | 图像,基因表达数据 | 训练集: 56个乳腺癌切片中的75,760个点; 验证集: 5个独立切片中的11,026个点 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 609 | 2025-10-06 |
Inference of gene coexpression networks from single-cell transcriptome data based on variance decomposition analysis
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf309
PMID:40618350
|
研究论文 | 提出基于方差分解分析的单细胞转录组基因共表达网络推断方法GCNVDA | 通过引入基因水平方差和残差误差的随机效应项,有效解决单细胞数据噪声和稀疏性问题 | 未明确说明方法计算复杂度和对大规模数据的适用性 | 从单细胞转录组数据推断基因共表达网络以探索基因调控机制 | 基因共表达网络和功能模块 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 方差分解分析模型 | 单细胞转录组数据 | 三个真实世界单细胞数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 610 | 2025-10-06 |
Molecular mechanism and biological pathway of high-expressed RAD51 in regulating cell adhesion and potentially affecting oral squamous cell carcinoma
2025-Jul-04, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03085-y
PMID:40613957
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研究论文 | 本研究探讨RAD51高表达通过调控细胞粘附机制促进口腔鳞状细胞癌发展的分子机制 | 首次在多平台(RNA-seq、微阵列、IHC、scRNA-seq)上全面验证RAD51在OSCC中的表达模式及其在细胞粘附中的功能作用 | 研究样本量相对有限,需要进一步的功能验证实验 | 探索RAD51在口腔鳞状细胞癌中调控细胞粘附的分子机制和生物学通路 | 口腔鳞状细胞癌组织和细胞 | 癌症生物学 | 口腔鳞状细胞癌 | RNA-seq, 微阵列, 免疫组织化学, 单细胞RNA测序, CRISPR基因编辑 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 单细胞转录组数据 | 1006个OSCC样本(bulk RNA), 162个OSCC组织(IHC), 9693个恶性上皮细胞(scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 611 | 2025-10-06 |
Divide-and-conquer strategy with engineered ossification center organoids for rapid bone healing through developmental cell recruitment
2025-Jul-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61619-y
PMID:40615395
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研究论文 | 本研究通过工程化构建骨化中心类器官,采用分而治之策略促进大尺寸骨缺损的快速愈合 | 开发了具有内核心骨形态发生/神经营养球和外壳促血管生成相的双层骨化中心类器官结构,首次通过原位类器官融合与成熟招募发育性Krt8骨骼干细胞 | 研究未详细探讨类器官在体内的长期安全性与稳定性 | 开发新型骨组织工程策略以解决大尺寸骨缺损修复中血管化延迟和再生缓慢的难题 | 骨缺损动物模型及工程化骨化中心类器官 | 组织工程 | 骨缺损 | 单细胞RNA测序,3D打印,机器学习 | 机器学习 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 612 | 2025-10-06 |
DOLPHIN advances single-cell transcriptomics beyond gene level by leveraging exon and junction reads
2025-Jul-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61580-w
PMID:40615408
|
研究论文 | 提出一种名为DOLPHIN的深度学习方法,通过整合外显子水平和连接点读取数据来改进单细胞转录组分析 | 首次将外显子水平和连接点读取数据整合到单细胞转录组分析中,使用图结构表示基因并通过变分图自编码器处理 | NA | 改进单细胞转录组分析的质量和分辨率 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分图自编码器 | 外显子水平数据、连接点读取数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 613 | 2025-10-06 |
Multi-omics and experimental validation reveal mechanism of compound mylabris capsules in treating diffuse large B-cell lymphoma
2025-Jul-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-09767-5
PMID:40615583
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研究论文 | 本研究通过多组学分析和实验验证揭示了复方斑蝥胶囊治疗弥漫性大B细胞淋巴瘤的作用机制 | 首次系统整合生物信息学分析、单细胞RNA测序和实验验证,阐明复方斑蝥胶囊主要成分豆甾醇通过调控CDK1和CDK2靶点抑制DLBCL的分子机制 | 研究主要基于公共数据库和体外实验,缺乏体内动物模型验证 | 探究复方斑蝥胶囊治疗弥漫性大B细胞淋巴瘤的作用机制 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤细胞及相关基因靶点 | 生物信息学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序,分子对接,分子动力学模拟,体外实验 | 网络分析,PPI网络 | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | GEO和TCGA数据库中的DLBCL数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 614 | 2025-10-06 |
Uncovering key markers and therapeutic targets for renal fibrosis in diabetic kidney disease through bulk and single-cell RNA sequencing
2025-Jul-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06554-8
PMID:40615901
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研究论文 | 通过批量RNA测序和单细胞RNA测序识别糖尿病肾病中肾纤维化的关键标志物和治疗靶点 | 结合WGCNA、机器学习、单细胞RNA测序和分子对接技术,首次系统鉴定PROM1和THY1作为糖尿病肾病肾纤维化的关键诊断标志物 | 研究主要基于公共数据集和动物模型,需要在更大临床队列中验证 | 识别糖尿病肾病中肾纤维化的关键基因标志物和潜在治疗靶点 | 糖尿病肾病患者的基因表达数据、STZ诱导的糖尿病肾病小鼠模型 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | WGCNA, ssGSEA, 机器学习, 单细胞RNA测序, 分子对接 | FibrosisScore模型, 机器学习模型 | RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据, 临床数据 | 两个糖尿病肾病数据集, STZ小鼠模型, Nephroseq V5数据库临床数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 615 | 2025-10-06 |
Integrative analysis reveals the multilateral inflammatory mechanisms of CD14 monocytes in gout
2025-Jul, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.01.046
PMID:40023733
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示CD14单核细胞在痛风中的多边炎症机制 | 首次在单细胞水平系统表征痛风患者CD14单核细胞的分子和细胞特征,发现S100Ahigh单核细胞亚群通过缺氧和脂肪酸代谢途径驱动炎症反应 | 样本量较小(8例患者和6例对照),需更大规模研究验证 | 阐明CD14单核细胞在痛风炎症反应启动中的具体作用机制 | 痛风患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | 痛风 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 8例痛风患者和6例健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 616 | 2025-10-06 |
Microglia heterogeneity, modeling and cell-state annotation in development and neurodegeneration
2025-Jul, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-01931-4
PMID:40195564
|
综述 | 本文综述了小胶质细胞在发育和神经退行性疾病中的异质性、建模与细胞状态注释方法 | 提供了基于基因表达的小胶质细胞状态注释工具,整合了发育、神经退行性疾病、性别和中枢神经系统区域等多维度异质性分析 | NA | 深入理解小胶质细胞在健康和疾病状态下的转录异质性及其功能动态 | 小鼠和人类的小胶质细胞 | 生物信息学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 617 | 2025-10-06 |
Fibroblast Activation Protein (FAP)+ cancer-associated fibroblasts induce macrophage M2-like polarization via the Fibronectin 1-Integrin α5β1 axis in breast cancer
2025-Jul, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03359-3
PMID:40263422
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研究论文 | 本研究揭示了表达成纤维细胞活化蛋白的癌症相关成纤维细胞通过纤连蛋白1-整合素α5β1轴诱导巨噬细胞M2样极化,促进乳腺癌免疫抑制的机制 | 首次发现FAP CAFs通过分泌FN1激活巨噬细胞整合素α5β1-FAK-AKT-STAT3信号通路,驱动M2样极化,并证实靶向该轴可重塑肿瘤免疫微环境 | 研究主要基于小鼠模型和临床标本,尚未在更广泛的人群中验证治疗策略的临床效果 | 探究FAP CAFs在乳腺癌免疫微环境中的调控机制及潜在治疗靶点 | 乳腺癌微环境中的FAP阳性癌症相关成纤维细胞和巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,体内外实验,临床标本分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,临床数据,实验数据 | 临床标本和小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 618 | 2025-10-06 |
A dynamic and multimodal framework to define microglial states
2025-Jul, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-01978-3
PMID:40394327
|
研究论文 | 提出微胶质细胞状态连续体模型,挑战传统离散分类范式 | 首次提出微胶质细胞存在于连续体而非离散亚群的理论框架 | 主要基于计算方法分析,缺乏实验验证 | 建立微胶质细胞状态分类的稳健理论框架 | 中枢神经系统微胶质细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 连续体模型 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 619 | 2025-10-06 |
Spatial multiomics decipher fibroblast-macrophage dynamics in systemic sclerosis
2025-Jul, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.04.025
PMID:40410053
|
研究论文 | 通过空间多组学技术解析系统性硬化症中成纤维细胞-巨噬细胞动态相互作用 | 首次构建系统性硬化症皮肤纤维化微环境的空间图谱,揭示ACKR3在肌成纤维细胞前体中的选择性表达及其调控巨噬细胞募集的机制 | 样本量相对有限(14例皮肤活检),需要更大规模研究验证发现 | 探索系统性硬化症皮肤组织中细胞空间组织和协调机制,为精准医疗提供新见解 | 系统性硬化症患者皮肤组织、SSc小鼠模型、伤口愈合驯鹿模型 | 空间转录组学 | 系统性硬化症 | 空间转录组学、空间蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据 | 14例皮肤活检(10例弥漫性皮肤SSc患者,4例健康对照) | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 620 | 2025-10-06 |
CD4+ tissue-resident memory Th17 cells are a major source of IL-17A in Spondyloarthritis synovial tissue
2025-Jul, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.04.018
PMID:40413112
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间RNA分析,确定了CD4+组织驻留记忆Th17细胞是脊柱关节炎滑膜组织中IL-17A的主要来源 | 首次在脊柱关节炎滑膜组织中鉴定CD4+CXCR6+ TRM17细胞为主要的IL-17A产生细胞,并发现BRD1表观遗传调控因子在TRM17细胞生成中的关键作用 | 样本量相对较小(单细胞RNA测序n=11,空间RNA分析n=4),需要在更大队列中验证 | 确定脊柱关节炎滑膜组织中IL-17A的细胞来源及其调控机制 | 脊柱关节炎患者的滑膜组织和血液记忆CD4+ T细胞 | 单细胞生物学 | 脊柱关节炎 | 单细胞RNA测序, 空间RNA分析, CellPhoneDB细胞通讯分析, siRNA, CRISPR | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 单细胞RNA测序:11例(5例轴性脊柱关节炎,6例银屑病关节炎);空间RNA分析:4例银屑病关节炎 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组 | NA | NA |