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当前共找到 820 篇文献，本页显示第 601 - 620 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 601 | 2025-10-06 |
Systematic assessment of microenvironment-dependent transcriptional patterns and intercellular communication
2025-Jul-06, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03677-5
PMID:40619422
|
研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学，系统评估空间微环境对基因表达和细胞间通讯的影响 | 首次系统性地将scRNA-seq与空间转录组学结合，评估空间生态位对细胞转录模式和细胞间通讯的影响 | 使用scRNA-seq数据捕捉生态位特异性分子相互作用存在局限性，即使利用空间信息也难以完全揭示细胞间通讯动态 | 研究空间微环境如何影响基因表达和细胞间通讯 | 乳腺癌、大脑皮层和心脏组织样本 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 配体-受体对分析 | 单细胞基因表达数据, 空间转录组数据 | 多个组织样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 602 | 2025-10-06 |
The impact of T cells on immune-related liver diseases: an overview
2025-Jul-04, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-025-00387-0
PMID:40616144
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综述 | 概述T细胞在免疫相关肝病中的作用机制及最新治疗策略 | 整合单细胞RNA测序和空间转录组学等组学技术揭示T细胞在肝纤维化进程中的新功能 | 未涉及病毒性肝病，且存在领域内尚未解决的重要需求 | 探讨T细胞在非病毒性免疫相关肝病中的生物学作用及治疗靶点 | 自身免疫性肝炎、原发性硬化性胆管炎、原发性胆汁性胆管炎和代谢相关脂肪性肝炎 | NA | 肝病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA | 人类和小鼠组织小样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 603 | 2025-10-06 |
Unraveling the oxidative stress landscape in diabetic foot ulcers: insights from bulk RNA and single-cell RNA sequencing data
2025-Jul-04, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-025-00672-5
PMID:40616164
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研究论文 | 通过生物信息学分析揭示糖尿病足溃疡中氧化应激的分子机制和诊断标志物 | 首次结合单细胞和bulk RNA测序数据系统描绘糖尿病足溃疡的氧化应激景观，发现BCL2和FOXP2作为诊断标志物，并揭示成纤维细胞在氧化应激中的关键作用 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证相对初步，需要进一步的功能实验确认机制 | 揭示糖尿病足溃疡中氧化应激的分子机制和潜在治疗靶点 | 糖尿病足溃疡患者组织样本 | 生物信息学 | 糖尿病足溃疡 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 机器学习, 体外实验 | SVM-RFE, LASSO, RF | 基因表达数据, 单细胞数据 | 31,787个细胞（来自10个不同细胞群） | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 604 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis of ecto-mesenchymal cells derived from the neural crest reveals the regulatory role of P75NTR in odontogenic and osteogenic differentiation
2025-Jul-03, BMC oral health
IF:2.6Q1
DOI:10.1186/s12903-025-06399-z
PMID:40611059
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析p75NTR基因在神经嵴来源外胚间充质干细胞成牙和成骨分化中的调控作用 | 首次在单细胞水平揭示p75NTR通过调控细胞因子网络影响外胚间充质干细胞迁移、增殖和分化的分子机制 | 研究仅使用小鼠胚胎模型，未在人类样本中验证结果 | 探索p75NTR对颌面部发育过程中硬组织形成的影响机制 | p75NTR基因敲除和野生型小鼠胚胎的外胚间充质干细胞 | 单细胞组学 | 颌面部发育异常 | 单细胞RNA测序, 矿化诱导实验, 伤口愈合实验 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | p75NTR-/-和p75NTR+/+小鼠胚胎外胚间充质干细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 605 | 2025-10-06 |
Maximum likelihood inference of time-scaled cell lineage trees with mixed-type missing data using LAML
2025-Jul-02, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03649-9
PMID:40604857
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研究论文 | 提出一种基于最大似然推断的时间尺度细胞谱系树重建方法LAML，用于分析动态谱系追踪数据 | 开发了概率混合类型缺失模型来描述动态谱系追踪系统特征，首次实现同时推断树拓扑结构和代表实验时间的分支长度 | NA | 从动态谱系追踪数据中准确推断细胞谱系树结构 | 细胞谱系树和细胞迁移时间 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞测序，基因组编辑 | 最大似然估计，概率混合类型缺失模型 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞测序，动态谱系追踪 | NA | NA |
| 606 | 2025-10-06 |
scAGCI: an anchor graph-based method for cell clustering from integrated scRNA-seq and scATAC-seq data
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf244
PMID:40622484
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研究论文 | 提出一种基于锚点图的单细胞多组学聚类方法scAGCI，整合scRNA-seq和scATAC-seq数据 | 通过动态锚点统一过程捕获特定和共享锚点图，挖掘高阶共享信息以完善组学表示 | NA | 开发单细胞多组学聚类方法以解决数据噪声和异质性障碍 | 单细胞多组学数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | 锚点图模型 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 607 | 2025-10-06 |
Tissue architecture dynamics underlying immune development and decline in the thymus
2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.28.662120
PMID:40631279
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和T细胞受体测序揭示小鼠胸腺组织结构随年龄变化的动态过程 | 首次结合高分辨率空间转录组学和TCR测序技术，系统揭示胸腺衰老过程中组织结构、细胞互作和免疫功能的动态变化 | 研究仅基于小鼠模型，样本量相对有限(21个胸腺样本) | 探究胸腺衰老过程中组织结构与免疫功能衰退的机制 | 小鼠胸腺组织 | 空间转录组学 | 免疫衰老 | 空间转录组学, T细胞受体测序 | NA | 空间转录组数据, TCR序列数据 | 21个小鼠胸腺样本，覆盖整个生命周期 | NA | 空间转录组学, 单细胞测序 | NA | NA |
| 608 | 2025-10-06 |
Identification and validation of fibroblast-related biomarkers in rheumatoid arthritis by bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq analysis
2025-07, Clinical and experimental rheumatology
IF:3.4Q2
DOI:10.55563/clinexprheumatol/x6am51
PMID:40153321
|
研究论文 | 通过批量RNA-seq和单细胞RNA-seq分析鉴定并验证类风湿关节炎中成纤维细胞相关生物标志物 | 首次结合单细胞RNA-seq和多种机器学习方法系统筛选成纤维细胞相关RA生物标志物 | 研究样本量有限，需要进一步临床验证 | 鉴定类风湿关节炎中成纤维细胞相关生物标志物 | 类风湿关节炎患者样本 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质印迹分析 | LASSO, SVM-RFE, 随机森林 | 基因表达数据 | 多个GEO数据集(GSE55235, GSE55457, GSE77298) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 609 | 2025-10-06 |
scGT:integration algorithm for single-cell RNA-seq and ATAC-seq based on graph transformer
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf357
PMID:40581778
|
研究论文 | 提出一种基于图变换器的单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据整合算法scGT | 利用原始数据集中相关性特征增强的图结构来协调多组学数据表示，能够整合数百万细胞的数据集 | NA | 开发单细胞多组学数据整合算法，实现准确的标签转移和生物变异保留 | 单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 图变换器(Graph Transformer) | 单细胞多组学数据 | 数百万细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 610 | 2025-07-09 |
Author Correction: Spatial transcriptomics reveals regionally altered gene expression that drives retinal degeneration
2025-Jul-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08451-8
PMID:40624286
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 611 | 2025-10-06 |
Integration of Single-cell Sequencing Analysis Reveals Disulfidptosis Related Molecular Subtype and Novel Prognosis System for Osteosarcoma
2025-Jul-07, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序分析揭示了骨肉瘤中二硫化物死亡相关分子亚型并建立了新的预后系统 | 首次在骨肉瘤中探索二硫化物死亡的作用，建立了基于DRG的预后模型并发现POLR1D的致癌功能 | 研究主要基于公共数据库和生物信息学分析，实验验证相对有限 | 研究二硫化物死亡相关基因在骨肉瘤预后分层和治疗策略中的作用 | 骨肉瘤患者和骨肉瘤细胞 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序，Western blotting，qRT-PCR，细胞迁移和侵袭实验 | Cox回归，LASSO回归，聚类分析 | 基因表达数据，单细胞测序数据 | 公共数据库中的骨肉瘤样本和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 612 | 2025-10-06 |
Lactate-related gene signatures predict prognosis and immune profiles in esophageal squamous cell carcinoma
2025-Jul-05, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-10456-6
PMID:40617965
|
研究论文 | 本研究通过识别食管鳞状细胞癌中六个乳酸相关枢纽基因，探索了乳酸代谢与肿瘤预后和免疫特征的关系 | 首次在食管鳞状细胞癌中系统识别了六个乳酸相关枢纽基因，并建立了乳酸化评分系统用于评估肿瘤免疫微环境 | 研究样本量有限，需要在更大队列中验证基因特征的预测价值 | 探索乳酸代谢相关基因在食管鳞状细胞癌预后预测和免疫特征分析中的作用 | 食管鳞状细胞癌患者样本和细胞系 | 癌症生物学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, CellChat分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 食管鳞状细胞癌样本和正常样本，两个ESCC细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 613 | 2025-10-06 |
Targeting PFKFB3 to restore glucose metabolism in acute pancreatitis via nanovesicle delivery
2025-Jul-05, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-025-01261-y
PMID:40618046
|
研究论文 | 本研究探索通过纳米囊泡递送抑制PFKFB3以恢复急性胰腺炎中葡萄糖代谢的方法 | 首次发现PFKFB3在急性胰腺炎葡萄糖代谢紊乱中的关键作用，并开发纳米囊泡递送系统进行靶向治疗 | 研究主要基于动物和细胞模型，尚未进行临床试验验证 | 探索PFKFB3在急性胰腺炎葡萄糖代谢调节中的作用及纳米囊泡递送治疗的潜力 | 急性胰腺炎模型中的葡萄糖代谢机制 | 生物医学工程 | 急性胰腺炎 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 纳米囊泡递送技术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 614 | 2025-10-06 |
Reduced somatosensory innervation alters the skeletal transcriptome at a single cell level in a mouse model of type 2 diabetes
2025-Jul-04, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-025-00436-x
PMID:40615376
|
研究论文 | 本研究通过高脂饮食诱导的2型糖尿病小鼠模型，探索了糖尿病外周神经病变对骨骼代谢的影响机制 | 首次在单细胞水平揭示糖尿病状态下骨骼神经支配减少对骨骼转录组的改变，并重建了神经-骨骼信号传导相互作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究糖尿病外周神经病变对骨骼代谢的影响机制 | 高脂饮食诱导的2型糖尿病小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 高脂饮食喂养的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 615 | 2025-10-06 |
Single‑cell RNA sequencing reveals TMEM71 as an immunomodulatory biomarker predicting immune checkpoint blockade response in breast cancer
2025-Jul-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03068-z
PMID:40608205
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现TMEM71是预测乳腺癌免疫检查点阻断反应的免疫调节生物标志物 | 首次系统揭示TMEM71在乳腺癌中的免疫调节功能及其对免疫治疗反应的预测价值 | TMEM71的具体作用机制尚未完全阐明，需要进一步实验验证 | 探索TMEM71在乳腺癌中的预后价值、免疫相关性及治疗意义 | 乳腺癌患者样本及公共数据库数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 免疫浸润分析 | ssGSEA, CIBERSORT, GSEA | 基因表达数据, 单细胞RNA-seq数据 | 来自TCGA、GTEx、GEO和公共scRNA-seq数据集的多个数据库整合 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 616 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals the potential role of estrogen in tuberous sclerosis complex related renal angiomyolipoma
2025-Jul-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02909-1
PMID:40608217
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究雌激素在结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤中的潜在作用 | 首次在单细胞水平揭示TSC-AML中雌激素相关的异质性，发现雌激素通过调控免疫抑制微环境和干细胞样肿瘤形成在女性患者中的特殊作用机制 | 样本量较小（仅4例患者），缺乏功能验证实验 | 探究雌激素在结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤发病机制中的作用 | 结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤患者组织样本 | 单细胞组学 | 结节性硬化症 | 单细胞RNA测序 | AUCell分析, CellChat分析 | 单细胞转录组数据 | 4例TSC-AML患者（2女2男） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 617 | 2025-10-06 |
Discovering molecular signatures in kidney transplant biopsies with borderline changes and isolated V-lesions: single-cell RNA-sequencing analysis of human blood and tissue Spatial transcriptomics
2025-Jul-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-05191-x
PMID:40610502
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析肾移植活检组织，发现与T细胞介导排斥反应相关的分子特征 | 首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术分析肾移植排斥反应，识别出CD8效应记忆T细胞亚群和STAT1枢纽基因 | 样本量较小（仅6例患者），空间分析仅比较两名患者 | 研究肾移植中T细胞介导排斥反应的分子机制 | 肾移植患者的血液单核细胞和肾移植活检组织 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学, 免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 6例患者（4例排斥反应患者，2例无排斥反应对照） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 618 | 2025-10-06 |
Machine learning-assisted multi-dimensional transcriptomic analysis of cytoskeleton-related molecules and their relationship with prognosis in hepatocellular carcinoma
2025-Jul-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-10056-4
PMID:40610613
|
研究论文 | 通过机器学习辅助的多维转录组分析，研究细胞骨架相关分子在肝细胞癌中的预后价值 | 首次构建基于细胞骨架相关基因的五基因预后模型，并结合单细胞测序和空间转录组学揭示其与免疫抑制微环境的关联 | 研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证模型的临床适用性 | 探索细胞骨架相关基因在肝细胞癌中的预后价值和治疗潜力 | 肝细胞癌患者 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 转录组测序,单细胞RNA测序,空间转录组学 | LASSO回归,随机森林 | 转录组数据 | TCGA-LIHC数据集加上两个独立验证队列(ICGC LIRI-JP和CHCC-HBV) | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 619 | 2025-10-06 |
The role of JPT1 in hepatocellular carcinoma: tumor progression, microtubule dynamics regulation, and potential mechanisms within the immune microenvironment
2025-Jul-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03066-1
PMID:40610765
|
研究论文 | 本研究系统探讨了JPT1在肝细胞癌中的表达特征、预后价值及其通过调控微管动力学和免疫微环境促进肿瘤进展的潜在机制 | 首次在肝细胞癌中系统研究JPT1的功能机制，结合空间转录组学揭示其与免疫微环境的关联，并证实其作为诊断生物标志物的潜力 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析，缺乏实验验证JPT1的具体分子机制 | 阐明JPT1在肝细胞癌进展中的作用机制及其临床意义 | 肝细胞癌患者组织样本和公共数据库数据 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 生物信息学分析，空间转录组学，功能富集分析 | Cox比例风险模型，Kaplan-Meier生存分析 | 基因表达数据，临床病理数据，空间转录组数据 | TCGA-LIHC和GEO（GSE14520）数据库的肝细胞癌样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 620 | 2025-10-06 |
Spatial histology and gene-expression representation and generative learning via online self-distillation contrastive learning
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf317
PMID:40618351
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研究论文 | 提出一种名为Magic的自训练对比学习模型，用于从组织学图像预测空间基因表达 | 采用基于动量的模块生成伪目标以减少噪声影响，并利用基于transformer的解码器预测基因表达 | 仅在乳腺癌和结直肠癌样本上验证，需要进一步验证在其他癌症类型的适用性 | 开发从全切片图像直接预测空间基因表达分布的计算方法 | 乳腺癌和结直肠癌组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌,结直肠癌 | 空间转录组学 | 对比学习,transformer | 图像,基因表达数据 | 训练集: 56个乳腺癌切片中的75,760个点; 验证集: 5个独立切片中的11,026个点 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |