单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2025-07-14	Duchenne Muscular Dystrophy Patient iPSCs-Derived Skeletal Muscle Organoids Exhibit a Developmental Delay in Myogenic Progenitor Maturation 2025-Jul-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14131033 PMID:40643552	research paper	该研究利用Duchenne肌营养不良症(DMD)患者来源的iPSCs构建3D骨骼肌类器官(SMO)模型，研究其肌源性祖细胞(MPs)的成熟延迟现象	首次使用3D骨骼肌类器官模型研究DMD患者肌源性祖细胞的发育延迟，并发现其趋向于胚胎和未成熟肌管状态	研究仅使用了3个DMD患者来源的iPSC系和2个健康对照，样本量有限	研究Duchenne肌营养不良症的发病机制和肌肉再生障碍	DMD患者来源的iPSCs及其分化的骨骼肌类器官	干细胞与再生医学	Duchenne肌营养不良症	3D类器官培养、scRNA-seq	3D骨骼肌类器官(SMO)模型	单细胞转录组数据	3个DMD患者iPSC系和2个健康对照
582	2025-07-14	TriCLFF: a multi-modal feature fusion framework using contrastive learning for spatial domain identification 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf316 PMID:40639417	研究论文	提出了一种基于对比学习的多模态特征融合框架TriCLFF，用于有效整合空间关联、基因表达水平和组织学特征，以精确识别空间域	TriCLFF框架通过先进的特征融合机制，在空间域识别任务中表现出更高的准确性和鲁棒性，并能识别更细粒度的结构和未知基因表达模式	未明确提及具体局限性	开发一个多模态特征融合框架，以精确识别空间转录组学中的空间域	空间转录组学数据（包括空间关联、基因表达水平和组织学特征）	空间转录组学	乳腺癌	对比学习	TriCLFF	多模态数据（空间关联、基因表达、组织学特征）	四个数据集（小鼠大脑前部、小鼠嗅球、人类背外侧前额叶皮层和人类乳腺癌）
583	2025-07-14	High-resolution transcriptome atlas of bladder cancer highlights the functional myeloid subsets in modulating immune microenvironment 2025-Jul, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105801 PMID:40561775	研究论文	该研究通过高分辨率转录组图谱揭示了膀胱癌中髓系细胞亚群的功能及其在调节免疫微环境中的作用	揭示了TREM2+巨噬细胞和CMA1+肥大细胞在膀胱癌组织中的代谢改变，并发现Trem2敲除可显著重编程肿瘤微环境并上调树突状细胞上的PD-L1表达	样本量较小（仅11例患者），且部分发现仍需进一步体内外实验验证	探究膀胱癌中髓系细胞亚群的免疫功能及其调控机制	膀胱癌患者的肿瘤组织和正常膀胱组织中的髓系免疫细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞转录组分析、密度梯度离心、体外培养和小鼠肿瘤模型	NA	转录组数据	11例膀胱癌患者的配对肿瘤和正常组织
584	2025-07-13	Single-Cell Analysis of Alternative Splicing and Gene Regulatory Network Reveals Remarkable Expression and Regulation Dynamics During Human Early Embryonic Development 2025-Jul, FASEB bioAdvances IF:2.5Q3 DOI:10.1096/fba.2025-00075 PMID:40641848	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，系统研究了人类早期胚胎发育中的基因表达动态，包括可变剪接、异构体转换和基因调控网络	整合基因表达水平、可变剪接、异构体转换和基因调控网络，全面揭示人类早期胚胎发育中的基因动态特征	研究仅覆盖了E3到E7阶段的胚胎发育，未涉及更早期或更晚期的发育阶段	探究人类早期胚胎发育过程中的基因表达动态变化	人类早期胚胎（E3到E7阶段）	基因组学	NA	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量，但涉及E3到E7阶段的胚胎
585	2025-07-13	Prognostic Value of TBC1D1 and Its Relationship With the Tumor Microenvironment in Pancreatic Cancer: A Study Based on Single-Cell Sequencing 2025-Jul, FASEB bioAdvances IF:2.5Q3 DOI:10.1096/fba.2025-00092 PMID:40641846	研究论文	本研究评估了TBC1D1在胰腺癌中的预后价值及其与肿瘤微环境的相关性	首次揭示了TBC1D1在胰腺癌中的独立预后作用及其通过调节肿瘤微环境促进癌症进展的机制	样本量相对较小（168例患者），且缺乏功能实验验证TBC1D1的具体作用机制	评估TBC1D1在胰腺癌中的预后价值及其与肿瘤微环境的关系	胰腺癌患者（168例）及其肿瘤组织	数字病理学	胰腺癌	免疫组织化学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	168例胰腺癌患者
586	2025-07-12	Single-cell RNA-seq provides insight into the underdeveloped immune system of germ-free mice 2025-Jul-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.467 PMID:40640979	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究无菌小鼠免疫系统发育不全的机制	首次使用单细胞RNA测序技术全面分析无菌小鼠骨髓和外周血的免疫细胞，揭示了微生物缺失与免疫缺陷之间的分子机制	研究仅局限于小鼠模型，未在人类或其他动物模型中验证	阐明微生物群缺失导致免疫系统发育不全的分子机制	无菌小鼠和特定病原体自由小鼠的骨髓和外周血细胞	免疫学	免疫缺陷	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	无菌小鼠和特定病原体自由小鼠的骨髓和外周血样本
587	2025-07-12	ATF3 Deficiency Exacerbates Ageing-Induced Atherosclerosis and Clinical Intervention Strategy 2025-Jul-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202502249 PMID:40641410	研究论文	本研究探讨了ATF3在血管平滑肌细胞衰老和动脉粥样硬化中的作用，并提出了潜在的临床干预策略	发现ATF3通过新型ATF3-ATG7扩增环路调控自噬，保护血管平滑肌细胞免受衰老影响，并重新利用特唑嗪(TZ)稳定ATF3作为治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床应用的转化效果仍需进一步验证	识别血管平滑肌细胞衰老的调控因子并开发针对衰老相关动脉粥样硬化的临床干预措施	血管平滑肌细胞(VSMCs)和动脉粥样硬化	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、CUT&Tag-seq、RNA/蛋白质相互作用分析、m6A表观转录组分析、高通量虚拟筛选	SMC特异性ATF3敲除小鼠模型	单细胞RNA测序数据、蛋白质相互作用数据、表观转录组数据	人类动脉粥样硬化颈动脉样本和小鼠模型
588	2025-07-12	Androgen Receptor Governs Tip Cell Formation in Cerebrovascular Malformations 2025-Jul-11, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326471 PMID:40641462	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了雄激素受体（AR）在脑血管畸形中调控尖端细胞形成的新机制	发现了雄激素非依赖性的AR介导的内皮细胞出芽模式，为血管生成疾病的干预提供了新靶点	研究样本量相对较小（13例脑血管畸形样本和13例对照样本），且主要基于小鼠模型	探究脑血管畸形中异常血管稳态的调控机制	人类脑血管畸形样本（脑海绵状血管畸形和脑动静脉畸形）和基因修饰小鼠模型	血管生物学	脑血管畸形	单细胞转录组分析，基因敲除小鼠模型，药物干预实验	内皮特异性Pdcd10敲除小鼠和KrasG12D突变小鼠	单细胞RNA测序数据	26例（13例脑血管畸形样本和13例对照脑样本）
589	2025-07-12	Profiling the spatial architecture of multiple myeloma in human bone marrow trephine biopsy specimens with spatial transcriptomics 2025-Jul-11, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2025028896 PMID:40643106	研究论文	利用空间转录组学技术解析多发性骨髓瘤在人类骨髓活检标本中的空间结构	首次使用亚细胞空间转录组学技术对多发性骨髓瘤骨髓微环境中的基因表达进行高分辨率分析，揭示了恶性浆细胞亚群的空间分布及其与微环境的异质性关系	样本量相对较小（21例），且仅分析了新诊断的多发性骨髓瘤和癌前病变病例	探究多发性骨髓瘤骨髓微环境的细胞和分子特征	人类骨髓活检标本（包括健康、癌前病变和活动性骨髓瘤样本）	数字病理学	多发性骨髓瘤	空间转录组学	NA	空间基因表达数据	21例骨髓活检标本（7例癌前病变，10例新诊断多发性骨髓瘤，4例健康对照）
590	2025-07-12	Integration of scRNA-seq and bulk tissue RNA-seq data to identify cancer-associated fibroblast-related gene RGMA as a potential treatment target for esophageal cancer 2025-Jul-11, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01660-8 PMID:40643758	研究论文	该研究通过整合scRNA-seq和批量组织RNA-seq数据，识别出与癌症相关成纤维细胞（CAFs）相关的基因RGMA，作为食管癌的潜在治疗靶点	首次发现RGMA在食管癌中的肿瘤抑制作用，并揭示其通过调节Akt信号通路和肿瘤促进趋化因子表达影响CAFs的转化	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床样本验证有限	寻找食管癌中CAFs相关的治疗靶点	食管癌组织和细胞系	癌症研究	食管癌	scRNA-seq, WGCNA, RT-qPCR, western blot	NA	基因表达数据	TCGA-ESCA队列和GSE196756数据集
591	2025-07-12	Human neuron subtype programming via single-cell transcriptome-coupled patterning screens 2025-Jul-10, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adn6121 PMID:40638726	研究论文	通过单细胞转录组耦合模式筛选，探索人类神经元亚型编程的多样性	结合转录因子过表达和发育信号通路调控，扩展了体外可编程神经元亚型的多样性	研究主要基于体外模型，可能无法完全模拟体内神经元的复杂性	探索人类多能干细胞生成的神经元亚型多样性及其编程策略	人类多能干细胞衍生的神经元	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	700,000个细胞
592	2025-07-12	Modulation of infiltrating CD206-positive macrophages restricts progression of pulmonary lymphangioleiomyomatosis (LAM) 2025-Jul-10, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.00084-2025 PMID:40639874	研究论文	该研究探讨了肺淋巴管平滑肌瘤病（LAM）中CD206阳性巨噬细胞的调控及其对疾病进展的限制作用	首次揭示了LAM细胞通过招募和极化巨噬细胞为M2表型促进疾病进展，并验证了靶向M2巨噬细胞的治疗潜力	研究主要基于临床前小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索LAM疾病进展的新治疗靶点和策略	肺淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者样本和TSC2缺陷型肿瘤小鼠模型	肿瘤免疫学	肺淋巴管平滑肌瘤病（LAM）	单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫荧光染色	小鼠皮下肿瘤模型	转录组数据、图像数据	人类肺LAM标本和TSC2缺陷型小鼠模型
593	2025-07-12	Integrative multiomics elucidate crotonylation-associated GCDH in Parkinson's disease pathogenesis via metabolome remodeling 2025-Jul-10, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10151-x PMID:40640550	研究论文	该研究通过整合多组学数据，揭示了巴豆酰化相关基因GCDH通过代谢组重塑在帕金森病发病机制中的作用	首次将孟德尔随机化框架与中介分析相结合，系统阐明了巴豆酰化相关基因与帕金森病之间的因果关系及代谢物介导的机制	研究主要基于公开数据库的遗传和转录组数据，缺乏实验验证	探究巴豆酰化修饰在帕金森病发病机制中的作用	巴豆酰化相关基因（特别是GCDH）及其介导的代谢物	生物信息学	帕金森病	孟德尔随机化(MR)、中介分析、单细胞转录组分析	NA	遗传数据、代谢组数据、单细胞转录组数据	来自eQTLGen数据集和GEO数据库的公开数据
594	2025-07-12	Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Hair Cell-Specific Molecular Responses to Polystyrene Nanoplastics in a Zebrafish Embryo Model 2025-Jul-10, Biotechnology and applied biochemistry IF:3.2Q2 DOI:10.1002/bab.70028 PMID:40641182	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了斑马鱼胚胎中毛细胞对聚苯乙烯纳米塑料的特异性分子响应	首次在斑马鱼胚胎模型中利用单细胞RNA测序技术研究聚苯乙烯纳米塑料对毛细胞的分子影响	研究仅关注了斑马鱼胚胎模型，未涉及其他生物或发育阶段	评估聚苯乙烯纳米塑料对水生生态系统的潜在毒理学影响	斑马鱼胚胎	环境毒理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	斑马鱼胚胎样本
595	2025-07-12	Advancements in single-cell techniques for examining the HIV reservoir: pathways to a cure 2025-Jul-09, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00655-25 PMID:40488537	综述	本文综述了单细胞技术在研究HIV病毒库中的应用及其对治愈HIV的潜在贡献	强调了单细胞测序、染色质可及性检测和多组学技术在揭示HIV病毒库异质性和持久性方面的创新应用	未提及具体实验样本量或技术实施的具体限制	深入理解HIV病毒库的特性，以设计针对性干预措施	HIV病毒库中的静息CD4 T细胞和其他长寿细胞如巨噬细胞	生物医学研究	HIV感染	单细胞测序、染色质可及性检测、多组学技术	NA	单细胞基因表达数据、染色质可及性数据	NA
596	2025-07-12	Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state 2025-Jul-09, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkaf079 PMID:40509864	研究论文	通过靶向单细胞表达谱分析，识别了睡眠与代谢状态整合的关键神经元	首次在果蝇中利用单细胞测序技术鉴定出响应饥饿状态的LHLK神经元转录变化，并发现多个调控睡眠-代谢互作的新基因	研究仅聚焦于果蝇的LHLK神经元，在哺乳动物中的普适性有待验证	探究神经元如何整合睡眠与代谢状态	果蝇(Drosophila melanogaster)的Lateral Horn Leucokinin (LHLK)神经元	神经科学	NA	单细胞CEL-Seq测序	NA	单细胞转录组数据	24小时饥饿处理与正常喂养的果蝇LHLK神经元对比
597	2025-07-12	Sjögren's syndrome is associated with a reduction in the surface area of the right caudal anterior cingulate gyrus 2025-Jul-09, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04205-9 PMID:40629343	研究论文	该研究通过孟德尔随机化和脑部MRI扫描，探讨了干燥综合征（SS）与脑皮质结构变化之间的遗传因果关系	首次使用孟德尔随机化方法揭示SS与脑结构变化的遗传因果关系，并识别出相关基因和细胞类型	样本量有限，且仅针对治疗初治的SS患者	探究干燥综合征对脑皮质结构的影响及其潜在机制	干燥综合征患者及其脑皮质结构变化	神经科学	干燥综合征	孟德尔随机化(MR), GWAS, RNA-seq, scRNA-seq, MRI	逆方差加权(IVW), MR-Egger, 加权中位数(WM)	基因组数据, 影像数据, 转录组数据	一组治疗初治的SS患者
598	2025-07-12	Identification of a novel ferroptosis-induced immunogenic cell death related signature based on a machine learning framework in colorectal cancer 2025-Jul-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03147-1 PMID:40632358	研究论文	该研究基于机器学习框架，在结直肠癌中鉴定了一种新型铁死亡诱导的免疫原性细胞死亡相关特征	首次整合铁死亡和免疫原性细胞死亡（F-ICD）的特征，开发了预测结直肠癌预后和肿瘤免疫环境的有价值模型	研究依赖于机器学习算法的预测性能，且外部验证数据集的AUC值较低（0.61和0.58）	探索铁死亡和免疫原性细胞死在结直肠癌中的联合调控效应及其预后价值	结直肠癌患者样本中的免疫细胞（NK细胞、T细胞和部分B细胞）	机器学习	结直肠癌	单细胞转录组学分析、WGCNA分析、DESeq2差异分析	RSF算法	转录组数据	三个数据集（具体样本数量未明确说明）
599	2025-07-12	Leveraging machine learning models to evaluate immune infiltration in the ovarian cancer microenvironment: a single-cell analysis approach 2025-Jul-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03018-9 PMID:40632369	研究论文	本研究利用机器学习和单细胞RNA测序数据，建立了一个评估卵巢癌肿瘤微环境中免疫浸润的客观模型	首次在单细胞水平上结合机器学习模型评估卵巢癌的免疫浸润状态，并识别出与免疫浸润相关的关键基因特征	研究未进行临床试验验证，且依赖于公共数据库的数据	为卵巢癌的个体化免疫治疗提供客观评估工具	卵巢癌肿瘤微环境中的免疫细胞	机器学习	卵巢癌	单细胞RNA测序	RandomForest, SVM	基因表达数据	来自多个公共数据库的卵巢癌样本，包含不同组织学亚型和免疫浸润水平
600	2025-07-12	Therapeutic targeting of FOSL1 and RELA-dependent transcriptional mechanisms to suppress pancreatic cancer metastasis 2025-Jul-09, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07810-x PMID:40634284	研究论文	该研究揭示了炎症和致癌信号通路如何协同作用驱动胰腺导管腺癌（PDAC）转移的新机制，并探讨了糖皮质激素受体激动剂在抑制肿瘤细胞迁移中的治疗潜力	发现了TNFα和EGF信号通过激活NF-κB和AP-1转录因子共同调控PDAC细胞迁移的新机制，并首次证明GR混合激动剂可通过抑制NF-κB转录活性显著减少PDAC细胞迁移	研究主要基于体外和体内模型，尚未在临床患者中进行验证	探索炎症和致癌信号通路对PDAC转移的表观遗传调控机制，并寻找潜在治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）细胞	肿瘤学	胰腺癌	单细胞RNA测序，体外和体内模型	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量