单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-08-31	A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis 2025-Jul, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09002-1 PMID:40369080	研究论文	本研究揭示了人类特异性增强子HARE5通过调控神经祖细胞增殖和神经发生能力，精细调节皮层发育和连接性	首次通过基因组编辑的小鼠和灵长类模型证明人类特异性HARE5增强子通过放大WNT信号通路促进神经祖细胞增殖，从而驱动人类大脑皮层扩张	NA	探究人类加速区域（HARs）在物种特异性皮层发育中的功能贡献	基因组编辑的小鼠模型、灵长类模型、人类和黑猩猩神经祖细胞及皮层类器官	发育生物学	NA	基因组编辑、单细胞RNA测序、固定和活体成像、谱系分析	NA	基因组数据、转录组数据、成像数据	多种转基因动物模型和体外细胞模型
42	2025-08-31	Setdb1 ablation in macrophages attenuates fibrosis in heart allografts 2025-Jul, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424534122 PMID:40553495	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示Setdb1在巨噬细胞中通过组蛋白甲基化调控纤维化过程，并验证其缺失可延长心脏移植物存活并抑制肿瘤组织纤维化	首次发现巨噬细胞中Setdb1介导的组蛋白甲基化重编程是心脏移植物和肿瘤组织纤维化的关键机制，并鉴定CCR2-Creb/Setdb1轴-FN1-受体通路	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证尚不充分；机制细节如特异性受体相互作用需进一步探索	探究巨噬细胞中Setdb1在纤维化形成中的作用及其治疗潜力	人和小鼠的心脏移植物及肿瘤组织中的巨噬细胞和成纤维细胞	免疫学与纤维化疾病机制	心血管疾病与肿瘤	单细胞转录组测序（scRNA-seq）、基因敲除	NA	单细胞转录组数据	人和小鼠的心脏移植物及肿瘤组织样本（具体数量未明确说明）
43	2025-08-30	NFATC3 enhances osteosarcoma progression by increasing PD-L1 and CXCL2 levels 2025-Jul-29, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-02850-x PMID:40728758	研究论文	本研究探讨免疫基因NFATC3在骨肉瘤中的表达及其通过促进PD-L1和CXCL2表达驱动肿瘤进展的机制	首次揭示NFATC3通过调控PD-L1和炎症因子重塑免疫微环境促进骨肉瘤发展的新机制	NA	探究NFATC3在骨肉瘤进展中的功能作用及分子机制	骨肉瘤细胞系（143B、SJSA、HOS、MG63、MNNG）及肿瘤微环境中的T细胞和巨噬细胞	肿瘤免疫学	骨肉瘤	qRT-PCR、单细胞测序、肿瘤细胞与巨噬细胞共培养系统	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	多个骨肉瘤细胞系及公共测序数据集
44	2025-08-30	Spatially resolved transcriptomics reveals a unique disease signature and potential biomarkers for chronic traumatic encephalopathy 2025-Jul-18, Journal of neuropathology and experimental neurology IF:3.2Q2 DOI:10.1093/jnen/nlaf078 PMID:40680295	研究论文	利用空间转录组学技术揭示慢性创伤性脑病的独特疾病特征和潜在生物标志物	首次应用Visium空间转录组学绘制CTE病变基因表达图谱，并鉴定出21个基因的共同疾病特征	研究基于死后组织样本，无法验证在体诊断的有效性	解析CTE病理生理机制并寻找在体诊断生物标志物	慢性创伤性脑病（CTE）患者的脑组织病变区域	空间转录组学	慢性创伤性脑病	Visium空间转录组学	NA	空间基因表达数据	来自同一患者的CTE病变组织与匹配正常组织
45	2025-08-11	Tranquillyzer: A Flexible Neural Network Framework for Structural Annotation and Demultiplexing of Long-Read Transcriptomes 2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.25.666829 PMID:40766630	research paper	介绍了一种名为Tranquillyzer的灵活神经网络框架，用于长读长转录组的结构注释和解复用	采用混合神经网络架构和全局上下文感知设计，能够精确识别结构元素，即使在元素移位、部分降解或由于测序噪声或文库构建变异性重复时也能处理	未明确提及具体限制，但可能依赖于用户定义的标签模式进行训练，且需要标准GPU支持	开发一个灵活、可扩展的框架，用于处理长读长单细胞RNA测序数据	长读长单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	Oxford Nanopore Technologies (ONT) 长读长单细胞RNA测序	混合神经网络	RNA测序数据	NA
46	2025-08-11	Impact of integration on persistent homology clustering and biological signal detection in scRNA-seq data 2025-Jul-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.24.666637 PMID:40766507	研究论文	本研究探讨了在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中，数据整合对持久同调聚类和生物信号检测的影响	利用拓扑数据分析（TDA）中的持久同调（PH）技术，为高维数据中的结构模式提供了一个变形不变的框架，并评估了数据整合对拓扑特征和生物可解释性的影响	研究仅基于八种组织类型的scRNA-seq数据集，可能无法涵盖所有生物条件和实验协议	评估数据整合对scRNA-seq数据拓扑特征和生物信号检测的影响	八种组织类型的scRNA-seq数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq, 持久同调（PH）	NA	scRNA-seq数据	八种组织类型的scRNA-seq数据集
47	2025-08-11	Integrating 12 Spatial and Single Cell Technologies to Characterise Tumour Neighbourhoods and Cellular Interactions in three Skin Cancer Types 2025-Jul-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.25.666708 PMID:40766555	研究论文	整合12种空间和单细胞技术，对三种皮肤癌类型的肿瘤微环境和细胞相互作用进行表征	首次整合12种互补的空间单细胞技术，构建正交验证的细胞特征、空间图谱和相互作用组，并发现CD44-FGF2作为潜在治疗靶点	研究主要聚焦于三种皮肤癌类型，可能不适用于其他癌症类型	深入理解皮肤癌微环境及其细胞相互作用	皮肤鳞状细胞癌(cSCC)、基底细胞癌(BCC)和黑色素瘤	数字病理学	皮肤癌	空间转录组学、蛋白质组学、糖组学、Opal Polaris、RNAScope、邻近连接分析	NA	空间单细胞数据、遗传关联数据	超过500,000个体的遗传关联数据
48	2025-08-11	Single Cell Profiling in the Sox10Dom Hirschsprung Mouse Implicates Hox Genes in Enteric Neuron Trajectory Allocation 2025-Jul-21, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101590 PMID:40701368	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探究了Sox10Dom突变对肠神经系统发育中神经元轨迹分配的影响，并发现Hox基因在此过程中的关键作用	首次将Hox基因表达变化（特别是Hoxa6）与肠神经元轨迹改变相关联	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Sox10缺乏如何改变肠神经元比例及其在早期肠神经系统发育中的作用	Sox10+/+和Sox10Dom/+同窝小鼠的肠神经系统前体细胞、发育中的神经元和肠胶质细胞	发育生物学	先天性巨结肠症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化、杂交链式反应（HCR）	小鼠模型	单细胞转录组数据	Sox10+/+和Sox10Dom/+同窝小鼠的肠神经系统细胞
49	2025-08-11	Resolving the design principles that control post-natal vascular growth and scaling 2025-Jul-16, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101324 PMID:40628258	研究论文	本文通过多尺度实验和计算方法，揭示了主动脉在出生后生长和缩放的设计原则	发现了主动脉扩张遵循独特的生长原则，与脊柱成比例，并通过两个时间协调、空间随机的增殖波进行，揭示了内皮细胞挤出对维持主动脉稳态尺寸的重要性	研究主要关注主动脉的生长机制，可能不适用于其他器官的生长过程	探索出生后血管生长和缩放的设计原则	主动脉	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序、数学建模	NA	实验数据、计算模型	NA
50	2025-08-11	Chemical Perturbations Impacting Histone Acetylation Govern Colorectal Cancer Differentiation 2025-Jul-07, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.07.003 PMID:40633623	research paper	该研究通过筛选靶向表观遗传调控因子的小分子库，揭示了组蛋白去乙酰化酶HDAC1/2抑制促进结直肠癌分化的分子机制	发现HDAC1/2催化域抑制可促进CRC分化并抑制肿瘤生长，鉴定H3K27ac和H3K9ac为关键调控标记，揭示死亡相关蛋白激酶3参与HDAC1/2抑制诱导的H3K27ac介导的CRC分化	研究主要基于体外模型和患者来源的类器官，临床转化效果需进一步验证	鉴定和表征结直肠癌分化的表观遗传调控因子，揭示重编程癌细胞状态的机制	结直肠癌细胞和小鼠模型、患者来源的CRC类器官	表观遗传学	结直肠癌	小分子筛选、单细胞RNA测序、基于质谱的组蛋白修饰分析、靶向降解	小鼠和人类CRC模型	表观遗传数据、基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型和患者来源的类器官
51	2025-08-11	Platelet-Rich Plasma in Cardiovascular Regeneration: Mechanistic Insights, Technological Innovations, and Future Directions 2025-Jul, Reviews in cardiovascular medicine IF:1.9Q3 DOI:10.31083/RCM39383 PMID:40776966	综述	本文探讨了富含血小板血浆（PRP）在心血管再生医学中的生物学机制、临床应用及未来发展方向	提出了利用纳米技术、CRISPR编辑的外泌体和AI驱动的个性化治疗策略等创新方法来优化PRP疗法	PRP成分因制备方法不同而存在变异性，且存在安全性问题	探索PRP在心血管再生医学中的治疗潜力及优化策略	富含血小板血浆（PRP）及其在心血管疾病中的应用	心血管再生医学	缺血性心脏病、外周动脉疾病、炎症性心脏病	纳米技术、CRISPR编辑、单细胞RNA测序、AI	NA	NA	NA
52	2025-08-11	Stem cell-derived small extracellular vesicles containing miR-27b-3p attenuated osteoarthritis through inhibition of leukaemia inhibitory factor 2025-Jul, Fundamental research IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.fmre.2023.02.005 PMID:40777809	研究论文	研究发现源自间充质干细胞的小细胞外囊泡（sEVs）通过携带miR-27b-3p抑制白血病抑制因子（LIF）的表达，从而缓解骨关节炎（OA）	首次揭示U-sEVs中的miR-27b-3p通过靶向LIF在FLSs和SFCs中发挥抗OA作用	研究未涉及miR-27b-3p在其他细胞类型中的作用及长期治疗效果	探索MSC-derived sEVs在治疗OA中的具体作用机制	小鼠OA模型中的成纤维样滑膜细胞（FLSs）和软骨表层细胞（SFCs）	细胞治疗	骨关节炎	miRNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠OA模型
53	2025-08-11	The revelation of UCHL1 in malignant epithelial cells of TNBC reinforcing cisplatin resistance by modulating ferroptosis based on single-cell transcriptome data 2025-Jul, Journal of clinical biochemistry and nutrition IF:2.0Q3 DOI:10.3164/jcbn.24-206 PMID:40777820	research paper	该研究基于单细胞转录组数据揭示了UCHL1在TNBC恶性上皮细胞中通过调节铁死亡增强顺铂耐药性的机制	首次发现UCHL1通过抑制铁死亡途径增强TNBC对顺铂的耐药性	研究仅基于9个TNBC样本，样本量较小	探索TNBC化疗耐药性的分子机制	三阴性乳腺癌(TNBC)恶性上皮细胞	digital pathology	breast cancer	scRNA-seq	NA	single-cell transcriptome data	9个TNBC样本
54	2025-08-10	Tumor-resident probiotic Clostridium butyricum improves aPD-1 efficacy in colorectal cancer models by inhibiting IL-6-mediated immunosuppression 2025-Jul-29, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.07.012 PMID:40780216	研究论文	研究发现益生菌Clostridium butyricum通过抑制IL-6介导的免疫抑制增强抗PD-1疗法在结直肠癌模型中的疗效	首次发现C. butyricum通过结合GRP78受体并抑制PI3K-AKT-NF-κB通路来减少IL-6分泌，从而增强抗PD-1疗法的效果	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探索增强结直肠癌免疫检查点阻断疗法效果的策略	结直肠癌模型（包括MSI-H和MSS亚型）和免疫细胞	肿瘤免疫治疗	结直肠癌	单细胞RNA测序、人源化小鼠模型、患者来源类器官-CTLs共培养系统	NA	基因表达数据、细胞功能数据	多种结直肠癌小鼠模型（包括AOM/DSS诱导模型和无菌小鼠）和患者来源类器官
55	2025-08-10	Amlodipine as an immunomodulator to enhance dendritic cell activation in cancer therapy with tumor-associated antigens 2025-Jul-23, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.07.030 PMID:40702728	研究论文	本研究探讨了氨氯地平作为免疫调节剂在增强树突状细胞活化和抗肿瘤免疫中的作用	揭示了氨氯地平通过促进树突状细胞成熟和增强CD8 T细胞活化来增强抗肿瘤免疫的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行临床试验	探索氨氯地平在癌症免疫治疗中的潜在应用	树突状细胞和肿瘤相关抗原	癌症免疫治疗	乳腺癌和结肠癌	流式细胞术、ELISA、单细胞RNA测序	小鼠模型（4T1乳腺癌和CT26结肠癌）	细胞和分子数据	NA
56	2025-08-10	Single-Cell Sequencing Reveals Circadian Sensitivity of Noise-Induced Hearing Loss Mediated by Macrophage-Driven NLRP3 Inflammasome Activation 2025-Jul-20, Neuroscience bulletin IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12264-025-01440-1 PMID:40684422	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了噪声性听力损失的昼夜节律敏感性，主要由巨噬细胞驱动的NLRP3炎症小体激活介导	首次在单细胞水平上揭示了巨噬细胞在噪声性听力损失中的昼夜节律敏感性及其通过NLRP3炎症小体激活的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究噪声性听力损失的昼夜节律敏感性机制	小鼠耳蜗细胞	生物医学	听力损失	单细胞RNA测序，多重免疫组化	小鼠模型	RNA测序数据，免疫荧光数据	97,043个耳蜗细胞
57	2025-08-10	Discovery of protein lactylation-associated biomarkers and their potential pathogenic mechanisms in recurrent spontaneous abortion 2025-Jul-18, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146004 PMID:40685048	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，结合机器学习方法，鉴定了与复发性自然流产(RSA)相关的蛋白质乳酸化生物标志物及其潜在致病机制	首次揭示了乳酸化修饰在RSA中的调控作用，并鉴定了四个乳酸化相关枢纽基因，阐明了S100A11通过p38 MAPK-TGF-β1-SMAD-IL-10信号通路调控免疫和滋养细胞功能的机制	研究样本量有限，且未在独立队列中进行验证	探索蛋白质乳酸化修饰在复发性自然流产中的分子机制	复发性自然流产患者	生物信息学	复发性自然流产	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习	NA	RNA测序数据	三个公共数据集(GSE214607, GSE26787, GSE165004)
58	2025-08-10	Integrative scATAC-seq and mtDNA mutation analysis reveals disease-driven regulatory aberrations in AML 2025-Jul-16, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.07.009 PMID:40781032	研究论文	该研究通过整合scATAC-seq和mtDNA突变分析，揭示了急性髓系白血病(AML)中疾病驱动的调控异常	开发了线粒体单细胞ATAC-seq(mtscATAC-seq)方法，结合单细胞RNA-seq，全面表征AML细胞，并发现WT1锌指结构域突变与染色质可及性降低及靶基因下调相关	NA	理解AML的进展机制并识别预后生物标志物以改善治疗结果	急性髓系白血病(AML)细胞	数字病理学	急性髓系白血病	mtscATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 线粒体DNA追踪, 机器学习建模	机器学习模型	单细胞测序数据	NA
59	2025-08-10	Concerted changes in Epithelium and Stroma: a multi-scale, multi-omics analysis of progression from Barrett's Esophagus to adenocarcinoma 2025-Jul-14, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.034 PMID:40695287	research paper	通过多组学分析研究巴雷特食管向腺癌发展的多尺度变化	整合单细胞转录组学、细胞外基质蛋白质组学、组织力学和空间蛋白质组学，揭示了巴雷特食管向腺癌发展过程中的共享和患者特异性特征	样本量相对较小（107个样本来自26名患者），且仅基于两个独立队列	研究巴雷特食管向食管腺癌发展的多尺度变化机制	巴雷特食管患者样本（从鳞状上皮到化生、不典型增生至腺癌的进展路径）	digital pathology	esophageal adenocarcinoma	single-cell transcriptomics, extracellular matrix proteomics, spatial proteomics	NA	multi-omics data	107个样本来自26名患者
60	2025-08-10	Immunosuppressive JAG2+ tumor-associated neutrophils hamper PD-1 blockade response in ovarian cancer by mediating the differentiation of effector regulatory T cells 2025-Jul, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.70021 PMID:40120139	研究论文	本研究探讨了JAG2+肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）免疫抑制微环境中的作用及其机制	揭示了JAG2+ TANs通过Notch信号通路促进效应调节性T细胞（eTregs）分化，从而导致免疫逃逸和抗PD-1治疗抵抗的新机制	研究主要基于HGSOC样本，结果在其他类型癌症中的普适性需要进一步验证	阐明JAG2+ TANs在HGSOC肿瘤免疫抑制微环境中的作用机制	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者样本和肿瘤模型	肿瘤免疫学	卵巢癌	多重免疫组化、流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	患者来源肿瘤类器官（PDTOs）模型和异种移植小鼠模型	组织样本、流式数据、测序数据	304个HGSOC样本（274个构成两个独立队列，30个用于建立PDTOs）