本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-12-16 |
Etiological basis for chronic pain genetic variation in brain and dorsal root ganglia cell types
2025-Jul-05, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.07.03.25330832
PMID:40630576
|
研究论文 | 本研究通过整合慢性疼痛的GWAS数据与人类大脑、背根神经节及小鼠背角的单细胞测序数据,揭示了慢性疼痛在特定神经元亚型中的遗传基础 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示了慢性疼痛的遗传变异在人类大脑和背根神经节特定细胞类型中的富集模式,并整合了跨物种(人/鼠)的染色质可及性数据 | 样本量相对有限(特别是患者DRG样本仅12例),且小鼠模型数据与人类数据的直接可比性可能存在物种差异 | 解析慢性疼痛的细胞类型特异性遗传结构,为靶向治疗研究提供基础 | 慢性疼痛患者群体、人类大脑组织、人类背根神经节组织、小鼠背角组织 | 生物信息学 | 慢性疼痛 | 全基因组关联研究、单细胞RNA测序、单细胞染色质可及性分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、表观基因组数据 | GWAS样本1,235,695例;患者背根神经节样本12例 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞染色质可及性分析 | NA | NA |
| 42 | 2025-12-16 |
Developmental Origins and Oncogenesis in Medulloblastoma
2025-07, Annual review of neuroscience
IF:12.1Q1
|
综述 | 本文综述了髓母细胞瘤的发育起源和致癌机制,重点讨论了其分子亚群的细胞起源、可塑性、异质性以及相关的遗传和表观遗传改变 | 整合了最新的单细胞转录组学研究,提出了各分子亚群特异性遗传-表观遗传改变导致神经发育程序停滞并引发肿瘤的新观点,并强调了靶向特定致癌脆弱性的治疗进展 | NA | 探讨髓母细胞瘤的细胞起源、肿瘤发生机制以及相关治疗策略 | 髓母细胞瘤及其分子亚群 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 43 | 2025-12-13 |
Evolution of SARS-CoV-2 T cell responses as a function of multiple COVID-19 boosters
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115907
PMID:40580476
|
研究论文 | 本研究通过一项为期3年的队列研究,探讨了重复接种COVID-19疫苗对适应性免疫的长期影响 | 首次通过长达3年的纵向研究,结合单细胞RNA测序技术,系统揭示了重复疫苗接种后T细胞反应的动态变化与表型特征,并发现了无症状感染对免疫应答的独特影响 | 样本量相对较小(78人),且依赖于自我报告的无症状感染证据,可能存在漏报或误报 | 评估重复COVID-19疫苗接种对适应性免疫(特别是T细胞反应)的长期影响 | 78名未报告有症状感染的个体 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 78名个体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 44 | 2025-12-13 |
Molecular Mechanisms of Perivascular Macrophages in Alzheimer's Disease: Insights from Single-Cell Sequencing and Mendelian Randomization
2025-Jul-07, Cellular and molecular neurobiology
IF:3.6Q2
DOI:10.1007/s10571-025-01590-w
PMID:40622473
|
研究论文 | 本研究结合单细胞测序和孟德尔随机化分析,探讨了阿尔茨海默病中血管周围巨噬细胞的分子机制 | 首次将单细胞测序与孟德尔随机化分析结合,系统研究血管周围巨噬细胞在阿尔茨海默病中的分子机制,并识别出四个关键基因 | 研究主要基于公共数据集分析,缺乏实验验证;样本来源和数量可能限制结果的普适性 | 揭示血管周围巨噬细胞在阿尔茨海默病发病和进展中的具体分子机制 | 阿尔茨海默病患者中的血管周围巨噬细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序, 孟德尔随机化分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 表达数量性状位点数据 | 基于GSE264648和eQTLGen数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 45 | 2025-12-11 |
Diminished SUV3 expression and its functional implications in the IFN-enriched monocyte subset of childhood Sjögren's disease
2025-Jul-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keaf193
PMID:40268748
|
研究论文 | 本研究探讨了儿童干燥综合征中单核细胞IFN富集亚群SUV3表达降低的分子和功能意义,揭示了mt-dsRNA介导的PKR激活导致固有免疫功能缺陷的新机制 | 首次在儿童干燥综合征的IFN富集单核细胞亚群中发现SUV3表达降低,并阐明其通过mt-dsRNA在胞质中积累激活PKR,进而导致线粒体功能障碍和炎症特征的新致病机制 | 研究主要基于体外细胞模型和患者样本分析,缺乏体内动物模型验证;样本量相对有限;机制研究集中在PKR通路,可能存在其他未被探索的调控途径 | 探究儿童干燥综合征中单核细胞亚群SUV3表达降低的分子机制及其对固有免疫功能的影响 | 儿童干燥综合征患者的CD14+单核细胞(特别是IFN富集亚群)及单核细胞系 | 单细胞组学与免疫学 | 自身免疫性疾病(儿童干燥综合征) | 单细胞RNA测序,fCLIP-qPCR,透射电子显微镜,体外功能实验(氧化应激、ATP产生、迁移和吞噬作用测定) | 基因敲低细胞模型 | 单细胞转录组数据,免疫沉淀数据,显微镜图像,功能测定数据 | 儿童干燥综合征患者与对照的单核细胞样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 46 | 2025-12-06 |
Combined bulk and single-cell transcriptomic analysis reveals cell-type-specific inflammatory crosstalk in pancreatic cancer
2025-Jul-25, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01815-8
PMID:40711603
|
研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞转录组数据,揭示了胰腺导管腺癌中细胞类型特异性的炎症信号串扰,识别了关键调控非编码RNA、枢纽蛋白编码基因及细胞间通讯通路 | 结合bulk和单细胞转录组学分析,首次在PDAC中构建了ceRNA网络并利用单细胞数据解析了枢纽基因的细胞来源,发现了巨噬细胞-内皮细胞CXCL8-ACKR1信号轴 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证;数据来源于公共数据库,可能存在批次效应;单细胞数据样本量有限 | 阐明胰腺导管腺癌的复杂分子和细胞景观,识别可作为预后生物标志物和治疗靶点的关键调控元件 | 胰腺导管腺癌组织及癌旁正常组织 | 生物信息学 | 胰腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | ceRNA网络, PPI网络 | 转录组数据 | 多个GEO数据集中的PDAC和正常组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 47 | 2025-12-06 |
Identification of a fibroblast-derived gene signature reveals prognostic and therapeutic insights in pancreatic cancer
2025-Jul-18, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01801-0
PMID:40676405
|
研究论文 | 本研究基于胰腺导管腺癌(PDAC)中成纤维细胞特异性基因特征,构建了一个预后模型,并识别了潜在的治疗靶点基因 | 利用单细胞RNA测序数据,通过高维加权基因共表达网络分析识别PDAC中富集的成纤维细胞亚群,并构建了一个包含14个关键基因的成纤维细胞相关预后特征 | NA | 开发基于成纤维细胞特异性基因特征的预后模型,并识别可作为治疗靶点的关键基因 | 胰腺导管腺癌(PDAC)及癌旁正常组织 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO Cox回归 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 48 | 2025-12-06 |
Single-cell RNA sequencing in human atherosclerotic plaques reveals a novel smooth muscle cell subtype that possesses multi differentiation potential and shapes the microenvironment
2025-Jul-16, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01735-7
PMID:40668312
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据,在人类冠状动脉粥样硬化斑块中发现了一种新型平滑肌细胞亚型SMC_C5,该亚型具有多向分化潜能并能重塑微环境 | 首次在人类冠状动脉粥样硬化斑块中鉴定出SMC_C5这一新型平滑肌细胞亚型,并揭示其与转录因子GABP1的关联及通过ALDOA基因调控代谢、缺氧反应和免疫微环境的新功能 | 研究主要基于生物信息学分析,虽使用ApoE小鼠模型进行验证,但人类样本的验证和机制研究仍需进一步深入 | 探究动脉粥样硬化斑块中平滑肌细胞亚型的异质性及其在疾病发生中的作用 | 人类冠状动脉粥样硬化斑块和平滑肌细胞,以及ApoE小鼠的主动脉斑块 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | pySCENIC | RNA测序数据 | 整合了三个单细胞RNA测序数据集,并使用ApoE小鼠模型进行验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 49 | 2025-12-06 |
Exploring SERTAD4 as a prognostic biomarker and therapeutic target in breast cancer: insights from multidatabase analyses and in vitro studies
2025-Jul-14, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01792-y
PMID:40658117
|
研究论文 | 本文通过多数据库分析和体外实验,探讨了SERTAD4作为乳腺癌预后生物标志物和治疗靶点的潜力 | 首次系统性地研究了SERTAD4在乳腺癌中的表达、临床相关性及其作为预后因子和治疗靶点的作用,并揭示了其与PI3K/AKT信号通路的关联 | 研究主要基于数据库分析和体外实验,缺乏体内实验验证,且临床样本量可能有限 | 探索SERTAD4在乳腺癌中的生物学功能、临床意义及其作为治疗靶点的潜力 | 乳腺癌细胞、临床乳腺癌样本、单细胞测序数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、siRNA敲低、分子对接、免疫共沉淀 | NA | 基因表达数据、临床数据、单细胞测序数据 | 临床乳腺癌样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 50 | 2025-12-06 |
Study on the prediction model of liver cancer based on chronic liver disease and the related molecular mechanism
2025 Jul-Dec, Annals of hepatology
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.aohep.2024.101572
PMID:39278407
|
研究论文 | 本研究基于慢性肝病数据,开发了一个用于预测肝细胞癌预后的模型,并探讨了相关分子机制 | 通过整合肝炎、肝硬化和肝细胞癌数据集,识别了10个与预后相关的肝病进展基因,并基于这些基因建立了预后模型,同时利用单细胞测序揭示了MIF信号通路在肝细胞癌进展中的作用 | 研究依赖于公开数据库数据,可能受数据质量和样本异质性限制,且模型需进一步外部验证 | 开发一个新型预测模型以准确分类肝细胞癌,改善患者生存率 | 肝细胞癌患者数据,包括肝炎、肝硬化和肝细胞癌相关基因表达数据 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序,多变量Cox回归分析,生存分析,药物敏感性分析 | 预后模型(基于多变量Cox分析) | 基因表达数据 | 从TCGA和GEO数据库获取的HCV、肝硬化和肝细胞癌数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 51 | 2025-12-05 |
Eed controls craniofacial osteoblast differentiation and mesenchymal proliferation from the neural crest
2025-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.13.584903
PMID:38558995
|
研究论文 | 本研究揭示了PRC2复合物核心亚基Eed在神经嵴诱导后对颅面成骨细胞分化和间充质细胞增殖的关键调控作用 | 首次结合小鼠遗传学、单细胞RNA测序和表观遗传分析,系统阐明了Eed在神经嵴细胞迁移后阶段通过表观遗传调控转录因子程序驱动颅面发育的分子机制 | 研究主要聚焦于胚胎发育阶段,对出生后颅面维持和成年疾病关联的探讨有限 | 探究PRC2复合物在神经嵴诱导后对颅面发育的调控机制 | 小鼠胚胎神经嵴细胞、颅面间充质细胞、原代颅面细胞培养物 | 发育生物学 | 先天性颅面畸形 | 单细胞RNA测序、表观遗传分析 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 52 | 2025-12-05 |
Linear structure unfolding : application to mouse brain in spatial transcriptomics
2025-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference
DOI:10.1109/EMBC58623.2025.11251850
PMID:41335925
|
研究论文 | 本文提出了一种用于空间转录组学中分析细长弯曲形状或点云的方法,通过展开线性结构来研究细胞或转录本类型沿主轴的分布 | 结合k-means聚类和旅行商问题优化自动计算形状的中心线,实现沿中心线或垂直方向的细胞或转录本空间分布分析 | NA | 解决空间转录组学中特定形状区域(如细长弯曲结构)的计算分析问题 | 小鼠大脑组织中的细胞或RNA分子点云 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | k-means聚类,旅行商问题优化 | 图像,点云数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 53 | 2025-12-01 |
Deciphering the tumor immune microenvironment: single-cell and spatial transcriptomic insights into cervical cancer fibroblasts
2025-Jul-05, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03432-5
PMID:40616092
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学技术解析宫颈癌肿瘤免疫微环境中成纤维细胞的异质性及其功能 | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和反卷积分析系统鉴定宫颈癌中6种成纤维细胞亚型,发现C0 MYH11+成纤维细胞通过MDK-SDC1信号轴在肿瘤进展中的关键作用 | 研究结果仅部分揭示了CAFs在宫颈癌免疫微环境中的可能作用,需要进一步验证 | 探索宫颈癌肿瘤免疫微环境中成纤维细胞的异质性及其在肿瘤进展和治疗抵抗中的作用 | 宫颈癌组织样本和细胞系 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,反卷积分析,伪时间轨迹映射,荧光激活细胞分选,多重免疫荧光,免疫组织化学 | 预后模型 | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据,批量RNA测序数据,图像数据 | 人类宫颈癌组织样本和培养细胞 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 54 | 2025-11-29 |
Deciphering the molecular mechanism of YY1/HIF1A modulating ovarian cancer angiogenesis based on single-cell transcriptomics technology
2025 Jul-Dec, Mutation research
DOI:10.1016/j.mrfmmm.2025.111916
PMID:41072350
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学技术揭示了YY1通过调控FBXW7/HIF1A轴促进卵巢癌血管生成的具体分子机制 | 首次发现YY1通过竞争性结合FBXW7来稳定HIF1A表达,从而促进卵巢癌血管生成基因转录激活的新机制 | 研究主要基于体外实验,缺乏体内动物模型验证 | 深入探究YY1在卵巢癌血管生成中的作用机制 | 卵巢癌肿瘤样本和癌旁样本 | 单细胞转录组学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析,共免疫沉淀,染色质免疫沉淀,双荧光素酶报告基因检测,qRT-PCR,血管生成实验,Western blotting | NA | 单细胞转录组数据 | 从GEO数据库下载的卵巢癌肿瘤和癌旁样本单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 55 | 2025-11-27 |
Heterochronic parabiosis uncovers AdipoR1 as a critical player in retinal rejuvenation
2025-Jul-18, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adv6642
PMID:40668916
|
研究论文 | 本研究通过异时共生模型结合单细胞RNA测序技术,揭示AdipoR1在视网膜年轻化过程中的关键作用 | 首次通过异时共生模型系统分析视网膜衰老的转录组变化,并鉴定AdipoR1-AMPK信号通路作为视网膜年轻化的核心机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类视网膜中验证 | 探索视网膜衰老的分子驱动因素并鉴定抗衰老靶点 | 年轻、年老及异时共生配对小鼠的视网膜组织 | 单细胞转录组学 | 视网膜衰老 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻、年老及异时共生配对小鼠视网膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 56 | 2025-11-24 |
Spatial transcriptomics defines the cell-specific RNA landscape of equine dorsal root ganglia
2025-Jul, Veterinary pathology
IF:2.3Q1
DOI:10.1177/03009858241312623
PMID:39916473
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术绘制了马背根神经节细胞特异性RNA图谱 | 首次将人类细胞标记物成功应用于马背根神经节的空间转录组分析,并验证了其在马组织中的适用性 | 研究仅针对健康成年马匹,尚未应用于疾病状态 | 定义健康成年马背根神经节的空间转录组景观 | 马背根神经节组织 | 空间转录组学 | 神经退行性疾病 | 数字空间分析 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiling | GeoMx数字空间分析平台 |
| 57 | 2025-11-22 |
Epigenetic Adaptation Drives Monocyte Differentiation into Microglia-Like Cells Upon Engraftment into the Central Nervous System
2025-Jul-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612126
PMID:39314467
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示单核细胞在进入中枢神经系统后通过表观遗传重编程获得小胶质细胞特异性标记物表达的能力 | 挑战了传统认为单核细胞与驻留小胶质细胞可通过特定标记物区分的范式,首次证明单核细胞能在中枢神经系统中通过表观遗传适应转化为小胶质细胞样细胞 | NA | 探究单核细胞在中枢神经系统中的表观遗传适应机制及其对小胶质细胞标记物特异性的影响 | 骨髓嵌合体模型中的单核细胞和小胶质细胞 | 表观遗传学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 流式细胞术, 免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 流式细胞数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 58 | 2025-11-15 |
scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution
2025-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.613754
PMID:39345504
|
研究论文 | 提出首个从DNA序列建模单细胞分辨率多组学数据的框架scooby | 首个在单细胞分辨率从序列建模scRNA-seq覆盖度和scATAC-seq插入谱的框架,通过细胞特异性解码器和预训练模型微调实现 | NA | 理解调控DNA元件如何影响单个细胞中的基因表达,建立统一的基因调控模型 | 造血系统数据集中的单细胞多组学数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 多组学分析 | 基于Borzoi预训练模型的深度学习框架 | 基因组序列, 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 59 | 2025-11-07 |
PLIN2 promotes colorectal cancer progression through CD36-mediated epithelial-mesenchymal transition
2025-Jul-10, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07836-1
PMID:40640171
|
研究论文 | 本研究揭示了PLIN2通过稳定CD36蛋白表达促进结直肠癌上皮-间质转化和肿瘤进展的分子机制 | 首次发现PLIN2通过抑制CD36蛋白的蛋白酶体降解途径稳定其表达,进而促进EMT过程和结直肠癌进展 | NA | 构建可靠的预后预测模型并阐明结直肠癌进展的关键分子机制 | 结直肠癌细胞、临床标本、组织芯片 | 生物信息学 | 结直肠癌 | WGCNA、单细胞RNA测序、空间转录组、免疫沉淀、免疫荧光 | LASSO回归、Cox回归、Kaplan-Meier生存分析 | 基因表达谱、临床数据 | 120个免疫细胞表达谱及临床标本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | NA |
| 60 | 2025-11-02 |
Resolving microenvironment complexity and cellular heterogeneity in osteoarthritis via spatial transcriptomics
2025-Jul-14, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2025.07.007
PMID:40669534
|
综述 | 本文探讨空间转录组学技术在解析骨关节炎微环境复杂性和细胞异质性中的应用与进展 | 系统阐述空间转录组学如何突破传统转录组技术的空间分辨率限制,揭示骨关节炎中分区基因表达模式和细胞间相互作用 | 当前技术存在局限性,需要与其他组学和成像技术整合 | 探索空间转录组学在骨关节炎研究中的应用潜力 | 骨关节炎关节组织(软骨、滑膜、软骨下骨、关节周围组织) | 空间转录组学 | 骨关节炎 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |