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当前共找到 845 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-10-06 |
Single-cell profiling of bone metastasis ecosystems from multiple cancer types reveals convergent and divergent mechanisms of bone colonization
2025-Jul-09, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100888
PMID:40412393
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析多种癌症类型骨转移生态系统的异质性 | 首次在多种癌症类型的骨转移中识别出三种不同的生态系统原型，并发现骨转移原型与组织来源相关性较弱 | 样本量相对有限(42例骨转移样本)，需要更大规模研究验证 | 研究不同癌症类型骨转移生态系统的异质性和趋同机制 | 8种癌症类型的42例骨转移样本 | 单细胞组学 | 骨转移癌 | 单细胞RNA测序,免疫组化,生物信息学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,组织切片图像,批量RNA测序数据 | 42例骨转移样本(单细胞测序),158例骨转移样本(验证分析) | NA | 单细胞RNA测序,空间转录omics | NA | NA |
| 42 | 2025-10-05 |
An Intrinsic-hoc Framework for Heterogeneous Cellular Senescence Elucidation Using Deep Graph Representation Learning and Experimental Validation
2025-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.01.662364
PMID:40631080
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研究论文 | 提出一种基于深度图表示学习的框架DeepSAS，用于从单细胞RNA-seq数据中解析衰老细胞的异质性 | 开发了首个结合深度图表示学习和实验验证的本征框架，能够稳健地识别衰老细胞类型及其相关基因 | NA | 解析衰老细胞的异质性及其相关基因，增进对衰老和年龄相关疾病的理解 | 健康眼部细胞图谱和特发性肺纤维化数据集中的衰老细胞 | 机器学习 | 年龄相关疾病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 深度图表示学习 | 单细胞RNA-seq数据，空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组学验证平台 |
| 43 | 2025-10-05 |
cp_measure: API-first feature extraction for image-based profiling workflows
2025-Jul-01, ArXiv
PMID:41019218
|
研究论文 | 开发了一个名为cp_measure的Python库，用于从生物图像中提取特征以支持基于图像的细胞分析工作流 | 将CellProfiler的核心测量功能提取为模块化、API优先的工具，实现程序化特征提取 | NA | 开发适用于机器学习工作流的自动化、可重复图像分析工具 | 生物图像中的细胞和其他实体 | 计算机视觉 | NA | 图像分析，特征提取 | NA | 图像 | NA | NA | 空间转录组学，3D成像 | NA | NA |
| 44 | 2025-10-05 |
From injury to recovery: Spatiotemporal dynamics of the visual pathway during spontaneous structural and functional regeneration after optic nerve transection in zebrafish
2025-07-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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研究论文 | 本研究系统揭示了斑马鱼视神经横断后视觉通路自发再生过程中的时空动态变化 | 首次在成年斑马鱼中系统描绘了从视网膜到视神经再到大脑的完整视觉通路再生时空动态，并建立了结构与功能恢复的关联 | 研究仅限于斑马鱼模型，在哺乳动物中的适用性需要进一步验证 | 阐明斑马鱼视觉系统自发再生的时空协调机制 | 成年斑马鱼的视觉通路（视网膜、视神经、大脑） | 神经科学 | 视神经损伤 | 苏木精-伊红染色,免疫组织化学,透射电子显微镜,单细胞RNA测序,视动反应行为评估 | NA | 组织切片图像,基因表达数据,行为数据 | 成年斑马鱼在5周时间内的系列观察 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 45 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA-seq provides insight into the underdeveloped immune system of germ-free mice
2025-Jul-18, Zoological research
IF:4.0Q1
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示无菌小鼠免疫系统发育不全的分子机制 | 首次使用液滴单细胞RNA测序系统比较无菌小鼠与特定病原体自由小鼠的免疫细胞差异，发现微生物缺失导致中性粒细胞凋亡增加和干扰素反应受损的新机制 | 研究主要聚焦于骨髓和外周血细胞，未涉及其他免疫器官；机制验证仍需进一步功能实验 | 探究微生物群缺失导致免疫系统发育不全的分子机制 | 无菌小鼠和特定病原体自由小鼠的骨髓及外周血免疫细胞 | 单细胞组学 | 免疫缺陷 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 无菌小鼠和特定病原体自由小鼠的骨髓及外周血样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 液滴单细胞RNA测序平台 |
| 46 | 2025-10-05 |
Phenotypic, transcriptomic, and genomic analyses reveal the spatiotemporal patterns and associated genes of coarse hair density in goats
2025-07-18, Zoological research
IF:4.0Q1
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了大足黑山羊粗毛密度的时空变化模式及其相关基因 | 创新应用高分辨率微型相机成像技术，结合转录组、基因组和单细胞RNA测序等多组学数据解析粗毛密度调控机制 | 研究主要聚焦于单一山羊品种，结果在其他物种中的普适性需要进一步验证 | 探究山羊粗毛密度的遗传调控机制和时空变化规律 | 大足黑山羊 | 基因组学 | NA | RNA-seq, 全基因组测序, 单细胞RNA测序, 蛋白质印迹, 免疫组织化学染色 | NA | 图像, 转录组, 基因组 | 905张皮肤图像, 33个皮肤转录组, 272个全基因组序列, 182个下载转录组 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序, 全基因组测序 | NA | NA |
| 47 | 2025-10-05 |
CXCL12 Drives Reversible Fibroimmune Remodeling in Androgenetic Alopecia Revealed by Single-Cell RNA Sequencing
2025-Jul-08, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26146568
PMID:40724819
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示CXCL12在雄激素性脱发中驱动可逆性纤维免疫重塑的作用机制 | 首次在雄激素性脱发模型中系统阐明CXCL12通过自分泌和旁分泌信号通路协调调控成纤维细胞和免疫细胞的核心作用 | 研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 阐明CXCL12在雄激素性脱发纤维免疫病理过程中的分子机制 | 睾酮诱导的雄激素性脱发小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 雄激素性脱发 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 48 | 2025-10-05 |
MORPH Predicts the Single-Cell Outcome of Genetic Perturbations Across Conditions and Data Modalities
2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.27.661992
PMID:40631143
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研究论文 | 提出MORPH框架用于预测单细胞水平上遗传扰动的响应结果 | 结合差异变分自编码器和注意力机制，能够预测未见过的扰动、扰动组合及新细胞环境中的扰动响应 | NA | 开发能够跨条件和数据模态预测遗传扰动单细胞结果的计算模型 | 单细胞对遗传扰动的响应 | 计算生物学 | NA | 单细胞转录组学，成像技术 | 变分自编码器，注意力机制 | 单细胞转录组数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 49 | 2025-10-05 |
α7 nicotinic acetylcholine receptors regulate radial glia fate in the developing human cortex
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61167-5
PMID:40593693
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研究论文 | 本研究阐明了烟碱型乙酰胆碱受体在人类皮质发育过程中对放射状胶质细胞命运的调控机制 | 首次发现人类特异性CHRFAM7A亚基在放射状胶质细胞末端富集，并揭示YAP1作为nAChR信号通路下游关键效应分子 | 研究主要基于体外培养模型，需要进一步在体验证 | 探究产前尼古丁暴露影响人类皮质发育的细胞分子机制 | 人类皮质发育过程中的放射状胶质细胞和神经前体细胞 | 发育神经生物学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序，器官型切片培养，分散细胞培养，基因敲降 | NA | 基因表达数据，细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 50 | 2025-10-05 |
A multi-omics approach reveals dysregulated TNF-related signaling pathways in circulating NK and T cell subsets of young children with autism
2025-Jul-30, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00349-z
PMID:40739030
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研究论文 | 通过多组学方法揭示自闭症幼儿外周血NK和T细胞亚群中TNF相关信号通路的失调 | 首次在阿拉伯幼儿自闭症队列中整合转录组、蛋白质组和单细胞RNA-seq数据，发现JAK3、CUL2和CARD11基因与症状严重度负相关，并鉴定出TRAIL、RANKL和TWEAK信号通路在特定免疫细胞中的失调 | 研究样本仅限于2-4岁阿拉伯儿童，结果可能受种族和年龄因素影响 | 探索自闭症谱系障碍中外周免疫失调的分子机制 | 自闭症幼儿（2-4岁）和匹配对照的外周血单个核细胞（PBMCs）及血浆样本 | 多组学分析 | 自闭症谱系障碍 | 转录组分析, 蛋白质组分析, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 单细胞转录组数据 | 年轻阿拉伯自闭症儿童队列（2-4岁）及匹配对照 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组分析, 蛋白质组分析 | NA | NA |
| 51 | 2025-10-05 |
Immune dysfunction during S. aureus biofilm-associated implant infections: opportunities for novel therapeutic strategies
2025-Jul-25, NPJ biofilms and microbiomes
IF:7.8Q1
DOI:10.1038/s41522-025-00782-y
PMID:40715142
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综述 | 探讨金黄色葡萄球菌生物膜感染引起的免疫功能障碍机制及新型治疗策略 | 结合最新细菌单细胞测序研究，揭示生物膜通过改变细菌代谢和毒素产生诱导免疫功能障碍的新机制 | NA | 分析金黄色葡萄球菌生物膜感染中免疫功能障碍的机制并探索治疗策略 | 金黄色葡萄球菌生物膜及宿主免疫系统 | 微生物免疫学 | 细菌感染性疾病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2025-10-05 |
Gene-regulatory programs that specify age-related differences during thymocyte development
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115903
PMID:40570375
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研究论文 | 本研究构建了新生和成年小鼠T细胞发育的转录和染色质可及性图谱，揭示了年龄相关差异的基因调控程序 | 首次系统揭示胸腺细胞发育中年龄相关的基因调控程序差异，并发现Zbtb20这一保守转录调控因子在年龄依赖性T细胞发育差异中的作用 | 研究仅限于小鼠模型，人类中的相关性需要进一步验证 | 阐明T细胞发育过程中年龄相关差异的基因调控机制 | 新生和成年小鼠的胸腺细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR基因编辑, 染色质可及性分析 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据 | 新生和成年小鼠胸腺细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 53 | 2025-10-05 |
Meta-Analysis of Gene Expression in Bulk-Processed Post-Mortem Spinal Cord from ALS Patients and Normal Controls
2025-Jul-16, NeuroSci
IF:1.6Q4
DOI:10.3390/neurosci6030065
PMID:40700130
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荟萃分析 | 对ALS患者和正常对照者尸检脊髓组织的基因表达数据集进行荟萃分析 | 通过荟萃分析减弱了个体研究中的差异表达偏倚，识别出213个差异表达基因并揭示了白质是mRNA丰度变化最显著的脊髓区域 | 基于批量处理的尸检组织数据，可能无法完全解析细胞类型特异性表达模式 | 分析ALS患者脊髓组织的基因表达变化特征 | ALS患者和正常对照者的尸检脊髓组织样本 | 生物信息学 | 肌萎缩侧索硬化 | 基因表达分析，空间转录组学 | 荟萃分析 | 基因表达数据 | 569个样本（454个ALS，115个对照），来自348个个体（262个ALS，86个对照） | NA | 批量RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 54 | 2025-10-05 |
Spatially aware adjusted Rand index for evaluating spatial transcriptomics clustering
2025-Jul-03, Biometrics
IF:1.4Q2
DOI:10.1093/biomtc/ujaf127
PMID:41001748
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研究论文 | 提出了一种考虑空间信息的评估指标spARI，用于评估空间转录组学聚类方法 | 首次将空间距离信息整合到Rand指数中，提出了空间感知的调整Rand指数(spARI) | 未提及具体的技术实现限制或计算复杂度分析 | 开发更准确评估空间转录组学聚类方法性能的指标 | 空间转录组学数据聚类结果 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学分析 | NA | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 55 | 2025-10-05 |
Deletion of gasdermin D promotes granulocytic myeloid-derived suppressor cell differentiation by decreased release of mitochondrial DNA to promote tumor escape
2025-Jul-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04104-1
PMID:40711527
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研究论文 | 本研究揭示了gasdermin D缺失通过抑制线粒体DNA释放促进粒细胞样髓源抑制细胞分化从而促进肿瘤免疫逃逸的机制 | 首次发现GSDMD缺失通过维持线粒体完整性、减少mtDNA释放，进而抑制cGAS/STING/TBK1/IRF8/7信号轴激活，促进G-MDSCs分化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和部分临床样本，需要更多临床验证；GSDMD重组慢病毒治疗的临床应用潜力需进一步评估 | 探究GSDMD在髓源抑制细胞分化及肿瘤免疫逃逸中的作用机制 | 结直肠癌组织、外周血G-MDSCs、GSDMD缺陷小鼠模型 | 免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 慢病毒转染 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 细胞功能数据 | 结直肠癌患者组织及外周血样本, 基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 56 | 2025-10-05 |
TREM2-Mediated Myeloid Cells Protect Against Pathological Choroidal Neovascularization
2025-Jul-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202501793R
PMID:40716081
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研究论文 | 本研究揭示了TREM2通过调节髓系细胞功能在病理性脉络膜新生血管形成中的保护作用 | 首次系统阐明TREM2在脉络膜新生血管中的保护机制，发现其与SOCS3通过独立但重叠的抗血管生成程序发挥作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性仍需进一步验证 | 探究TREM2在脉络膜新生血管形成中的分子机制和功能作用 | 激光诱导的脉络膜新生血管小鼠模型 | 眼科疾病研究 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序，免疫染色，转录组分析，基因功能研究 | 基因缺陷小鼠模型 | 基因表达数据，蛋白质表达数据，病理图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 57 | 2025-10-05 |
Single-Cell and Spatial Transcriptomics Identified Fatty Acid-Binding Proteins Controlling Endothelial Glycolytic and Arterial Programming in Pulmonary Hypertension
2025-Jul, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321173
PMID:40401371
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学技术揭示了脂肪酸结合蛋白FABP4/5在肺动脉高压中调控内皮细胞糖酵解和动脉编程的作用机制 | 首次发现FABP4/5通过调控内皮细胞糖酵解和动脉编程参与肺动脉高压的发病机制 | 研究主要基于动物模型，人类样本验证仍需进一步扩大 | 探究内皮细胞FABP4/5在肺动脉高压发病机制中的作用 | 肺动脉内皮细胞、肺动脉高压患者样本、PH大鼠模型、基因敲除小鼠 | 单细胞生物学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA测序, 蛋白质组分析 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据, 蛋白质组数据, 影像数据 | 人类PAH患者样本、PH大鼠模型、Egln1Tie2Cre和Egln1Tie2Cre/Fabp4/5-/-小鼠 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 58 | 2025-10-05 |
A spatiotemporal atlas of orchiectomy-induced androgen deprivation-mediated modulation of cellular composition and gene expression in the mouse prostate
2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.11.664414
PMID:40791419
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研究论文 | 通过整合空间转录组学和单细胞分析，构建了小鼠前列腺在阉割诱导雄激素剥夺后的细胞组成和基因表达时空图谱 | 发现了一种新的成纤维细胞亚型（OIF），并揭示了前列腺不同叶在雄激素剥夺后的特异性时空基因表达变化和细胞间通讯动态 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 解析雄激素剥夺治疗对前列腺细胞组成和基因表达的影响 | 小鼠前列腺组织 | 空间转录组学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 小鼠前列腺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 59 | 2025-10-05 |
Uncovering Functional Gene Regulatory Networks in Bulk and Single-Cell Data through Robust Transcription Factor Activity Estimation and Model-Guided Experimental Validation
2025-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.09.658650
PMID:40661601
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研究论文 | 提出MERLIN+P+TFA方法，通过先验知识引导的稀疏正则化稳健估计转录因子活性和基因调控网络 | 使用先验知识引导的稀疏正则化方法，在存在先验知识噪声的情况下仍能准确估计转录因子活性和下游基因调控网络 | 需要生成特定背景的金标准来提高网络推断的准确性 | 重建基因组规模的基因调控网络 | 酵母和哺乳动物系统的模拟和真实表达数据，包括小鼠胚胎干细胞 | 系统生物学 | NA | 基因调控网络推断，转录因子活性估计 | MERLIN+P+TFA | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 60 | 2025-10-05 |
Monocyte-Derived Macrophages-Synovial Fibroblasts Crosstalk Unravels Oncostatin Signaling Network as a Driver of Synovitis in Osteoarthritis
2025-Jul-07, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.43299
PMID:40621694
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了骨关节炎中巨噬细胞亚群的异质性及其与滑膜成纤维细胞的相互作用机制 | 首次发现单核细胞来源的巨噬细胞通过OSM/OSMR信号网络驱动滑膜成纤维细胞活化，并鉴定出MERTKlow CD48high CCR2+巨噬细胞亚群作为OSM的关键来源 | 研究样本量有限（仅4例OA患者），且主要基于胶原酶诱导的OA小鼠模型 | 探究骨关节炎中巨噬细胞亚群的异质性、起源及其与基质细胞的通讯机制 | 胶原酶诱导OA小鼠的滑膜细胞和4例OA患者的CD14+巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 遗传命运图谱, 成像质谱流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 4例OA患者样本和胶原酶诱导OA小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |