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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 561 | 2025-10-06 |
Single-Cell Analysis Clarifies Pathological Heterogeneity in Tenosynovial Giant Cell Tumor and Identifies Biomarkers for Predicting Disease Recurrence
2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202415835
PMID:40126353
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析弥漫型和局限型腱鞘巨细胞瘤的病理异质性,并鉴定预测疾病复发的生物标志物 | 首次在单细胞水平揭示D-TGCT中独特的肿瘤细胞亚群通过COL6A3-(ITGAV+ITGB8)相互作用调控成纤维细胞分化,并发现ROR1和PRKD1作为预测复发的生物标志物 | NA | 阐明腱鞘巨细胞瘤的病理异质性机制并寻找预测疾病复发的生物标志物 | 人类弥漫型和局限型腱鞘巨细胞瘤病变组织 | 单细胞组学 | 腱鞘巨细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 562 | 2025-10-06 |
CeiTEA: Adaptive Hierarchy of Single Cells with Topological Entropy
2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202503539
PMID:40245302
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研究论文 | 提出基于拓扑熵的自适应层次聚类算法CeiTEA,用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞层次结构 | 通过最小化拓扑熵构建多叉划分树,结合自下而上的层次构建和自上而下的局部多样化策略 | NA | 解决现有聚类方法难以捕捉细胞类型复杂层次结构的问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型和亚型 | 生物信息学 | 肿瘤异质性 | 单细胞RNA测序 | 自适应层次聚类算法 | 单细胞RNA测序数据 | 模拟和真实世界scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 563 | 2025-10-06 |
CellNEST reveals cell-cell relay networks using attention mechanisms on spatial transcriptomics
2025-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02721-3
PMID:40481363
|
研究论文 | 开发了基于注意力机制的空间转录组学工具CellNEST,用于检测细胞间中继网络通信 | 提出新型中继网络通信检测方法,能够识别配体-受体-配体-受体级联通信模式 | 未在摘要中明确说明 | 解码细胞间通信模式,解决现有方法假阳性率高、无法检测单个细胞间信号的问题 | 人类淋巴结、肺腺癌、结直肠癌和胰腺癌组织 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 注意力机制神经网络 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 564 | 2025-10-06 |
Understanding disease-associated metabolic changes in human colonic epithelial cells using the iColonEpithelium metabolic reconstruction
2025-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013253
PMID:40609069
|
研究论文 | 本研究构建了首个结肠上皮细胞特异性基因组尺度代谢模型iColonEpithelium,用于解析炎症性肠病相关的代谢变化 | 创建了首个结肠上皮细胞特异性代谢模型,包含独特的转运反应区室用于模拟与肠道微生物组的代谢相互作用 | 仅提供初步概念验证,需要进一步实验验证和模型完善 | 理解人类结肠上皮细胞在疾病状态下的代谢变化 | 人类结肠上皮细胞 | 代谢组学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序,基因组尺度代谢建模 | 基因组尺度代谢模型 | 基因表达数据 | 克罗恩病和溃疡性结肠炎样本的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 565 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Uncovers La Ribonucleoprotein 6 (LARP6) as a Dual Regulator of Proliferation and Immune Infiltration in Triple-Negative Breast Cancer
2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70709
PMID:40635123
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析发现LARP6在三阴性乳腺癌中作为增殖和免疫浸润的双重调节因子 | 首次发现LARP6在三阴性乳腺癌中特异性高表达,并揭示其在细胞增殖和肿瘤免疫微环境中的双重调控作用 | 研究基于已发表的数据库,需要进一步实验验证LARP6的具体作用机制 | 识别三阴性乳腺癌特异性标志物并探索其生物学功能 | 乳腺癌细胞和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 基因集富集分析, 生存分析, TriCycle分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过260,000个细胞,来自ER阳性、HER2阳性和三阴性乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 566 | 2025-10-06 |
ATF3 Deficiency Exacerbates Ageing-Induced Atherosclerosis and Clinical Intervention Strategy
2025-Jul-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202502249
PMID:40641410
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研究论文 | 本研究揭示了ATF3在血管平滑肌细胞衰老和动脉粥样硬化中的保护作用及其分子机制 | 发现ATF3-ATG7正反馈放大环路调控自噬,并首次提出特唑嗪可通过稳定ATF3 mRNA延缓血管衰老 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 识别血管平滑肌细胞衰老调控因子并开发衰老相关动脉粥样硬化的临床干预策略 | 人动脉粥样硬化颈动脉、血管平滑肌细胞、SMC特异性ATF3敲除小鼠 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, CUT&Tag-seq, m6A表观转录组分析, 高通量虚拟筛选 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 蛋白质相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 表观遗传学分析 | NA | NA |
| 567 | 2025-10-06 |
Androgen Receptor Governs Tip Cell Formation in Cerebrovascular Malformations
2025-Jul-11, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326471
PMID:40641462
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了雄激素受体在脑血管畸形尖端细胞形成中的关键作用 | 发现了不依赖雄激素的AR介导的内皮细胞出芽新模式,并验证了AR降解剂ARD-2585的治疗潜力 | 样本量相对有限(13例患者样本),且主要基于小鼠模型验证 | 探究脑血管畸形中异常血管生成的调控机制 | 人类脑血管畸形样本(脑海绵状畸形和脑动静脉畸形)及相应小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 脑血管畸形 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析,体外功能实验,动物模型验证 | NA | 单细胞转录组数据 | 13例人类脑血管畸形样本(10例脑海绵状畸形,3例脑动静脉畸形)和13例对照脑样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 568 | 2025-10-06 |
Integration of scRNA-seq and bulk tissue RNA-seq data to identify cancer-associated fibroblast-related gene RGMA as a potential treatment target for esophageal cancer
2025-Jul-11, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01660-8
PMID:40643758
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和bulk组织RNA测序数据,鉴定出癌症相关成纤维细胞相关基因RGMA作为食管癌的潜在治疗靶点 | 首次发现RGMA在食管癌中作为肿瘤抑制基因的功能,并揭示其通过调控Akt信号通路和肿瘤促进性趋化因子影响癌症相关成纤维细胞分化的新机制 | 未提供临床实验数据,研究主要基于细胞系和动物模型 | 鉴定食管癌中癌症相关成纤维细胞相关基因并探索其治疗潜力 | 食管癌组织、ECA109细胞系、癌症相关成纤维细胞和正常成纤维细胞 | 生物信息学 | 食管癌 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, WGCNA, RT-qPCR, western blot, 体外和体内实验 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | TCGA-ESCA队列数据集GSE196756及实验验证样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 569 | 2025-10-06 |
Modulation of infiltrating CD206-positive macrophages restricts progression of pulmonary lymphangioleiomyomatosis (LAM)
2025-Jul-10, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.00084-2025
PMID:40639874
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析发现肺淋巴管平滑肌瘤病(LAM)中CD206阳性M2样巨噬细胞促进疾病进展,并验证靶向该巨噬细胞的治疗潜力 | 首次揭示LAM细胞通过CXCL12招募并极化M2样巨噬细胞的机制,并证明靶向CD206阳性巨噬细胞可抑制疾病进展 | 临床前研究结果需在人体试验中验证,样本量有限 | 探索LAM疾病进展机制并寻找新的治疗靶点 | 肺淋巴管平滑肌瘤病患者标本和TSC2缺陷细胞 | 单细胞生物学 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫荧光染色, 体外共培养 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据, 图像数据 | 人肺LAM标本和临床前小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组平台 |
| 570 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Hair Cell-Specific Molecular Responses to Polystyrene Nanoplastics in a Zebrafish Embryo Model
2025-Jul-10, Biotechnology and applied biochemistry
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/bab.70028
PMID:40641182
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了斑马鱼胚胎中毛细胞对聚苯乙烯纳米塑料的特异性分子响应 | 首次在单细胞水平揭示纳米塑料对斑马鱼毛细胞的特异性分子影响,发现细胞类型比例变化和特定基因上调 | 仅使用环境相关浓度,未观察到大体表型变化,对长期生态影响评估有限 | 探究聚苯乙烯纳米塑料对斑马鱼胚胎的生理和分子影响 | 斑马鱼胚胎 | 单细胞组学 | 环境毒理学 | 单细胞RNA测序,表型分析 | NA | 单细胞转录组数据,表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 571 | 2025-10-06 |
Sjögren's syndrome is associated with a reduction in the surface area of the right caudal anterior cingulate gyrus
2025-Jul-09, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-025-04205-9
PMID:40629343
|
研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化分析和脑部MRI验证,发现干燥综合征与右侧尾侧前扣带皮层表面积减少存在遗传因果关系 | 首次使用孟德尔随机化方法证明干燥综合征对大脑皮层结构的因果影响,并识别出相关的基因和细胞类型 | 样本量有限,仅针对初治患者进行研究,需要更大规模的研究验证 | 探究干燥综合征对大脑皮层结构的影响及其机制 | 干燥综合征患者的大脑皮层结构 | 神经科学 | 干燥综合征 | 孟德尔随机化分析, GWAS, TWAS, scRNA-seq, 脑部MRI | 逆方差加权, MR-Egger, 加权中位数, 线性模型 | 基因组数据, 转录组数据, 脑部影像数据 | 初治干燥综合征患者群体 | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因型-组织表达数据库v8版 |
| 572 | 2025-10-06 |
Distinct roles of HMOX1 on tumor epithelium and macrophage for regulation of immune microenvironment in ovarian cancer
2025-Jul-09, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000002829
PMID:40638251
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研究论文 | 本研究揭示了铁死亡相关基因HMOX1在卵巢癌免疫微环境调控中的双重作用机制 | 首次发现HMOX1在卵巢癌细胞和巨噬细胞中具有相反表达模式,并通过不同信号通路共同促进免疫抑制微环境形成 | 研究主要基于卵巢癌模型,在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证 | 阐明铁死亡相关因子在调节免疫微环境中的双重作用机制 | 卵巢癌肿瘤微环境中的上皮细胞和巨噬细胞 | 单细胞转录组学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 蛋白质印迹, 多重免疫组织化学, 小鼠模型 | Cox回归, Kaplan-Meier | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 临床数据 | 来自多个数据库的卵巢癌样本(TCGA、GTEx、GEO等) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 573 | 2025-10-06 |
Chronic cerebral hypoperfusion induces venous dysfunction via EPAS1 regulation in mice
2025-Jul-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61614-3
PMID:40628749
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了慢性脑灌注不足通过EPAS1调控导致静脉功能异常的机制 | 首次发现EPAS1在静脉细胞中的特异性信号传导及其在脑血管功能障碍中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类验证数据有限 | 探究慢性脑灌注不足导致血管性痴呆的分子机制 | 小鼠模型和人类细胞模型 | 神经科学 | 血管性痴呆 | 单细胞转录组测序, 成像技术 | NA | 基因表达数据, 影像数据 | 小鼠模型和人类细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 574 | 2025-10-06 |
Identifying propionate metabolism-related genes as biomarkers of sepsis development and therapeutic targets
2025-Jul-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-06463-2
PMID:40628770
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析脓毒症患者外周血单核细胞中丙酸代谢差异,并构建诊断模型 | 首次在单细胞水平揭示脓毒症中丙酸代谢的异质性,发现浆细胞可分为高/低丙酸代谢亚群,并鉴定出13个关键诊断基因 | 机制研究仍需进一步实验验证,样本量相对有限 | 探索丙酸代谢在脓毒症发病机制中的作用,寻找诊断生物标志物和治疗靶点 | 脓毒症患者和健康对照的外周血单核细胞 | 生物信息学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | LASSO, XGBoost, CatBoost, NGBoost | 基因表达数据 | 脓毒症患者和健康对照的外周血单核细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 575 | 2025-10-06 |
Thioredoxin regulates T cell proliferation and aggravates the severity of influenza a virus infection
2025-Jul-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-10676-w
PMID:40629048
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研究论文 | 本研究通过多组学方法发现硫氧还蛋白(TXN)是甲型流感病毒(IAV)感染中T细胞增殖的关键靶基因 | 首次结合转录组和单细胞转录组分析鉴定TXN在增殖性T细胞中的特异性高表达及其与IAV感染的关联 | 未明确解释IAV感染后T细胞发育是否受到负向调控 | 探索IAV感染过程中T细胞的免疫变化及相关靶基因 | T淋巴细胞 | 免疫学 | 流感病毒感染 | 多组学方法,转录组分析,单细胞转录组分析,差异分析,WGCNA,Friends分析 | NA | 转录组数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 576 | 2025-10-06 |
CAF-derived GLUT1 and its role in modulating ovarian cancer progression: a multi-dimensional analysis of the tumor microenvironment
2025-Jul-08, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08380-6
PMID:40629043
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研究论文 | 本研究通过多维度分析揭示了卵巢癌微环境中癌症相关成纤维细胞高表达GLUT1并通过代谢重编程促进肿瘤进展的机制 | 首次发现GLUT1在CAFs中的关键代谢调控作用,并通过单细胞测序和3D生物打印模型验证其在肿瘤微环境重塑中的功能 | 未明确GLUT1在CAFs中高表达的具体上游调控机制 | 解析卵巢癌微环境中癌症相关成纤维细胞的葡萄糖代谢重编程及其在肿瘤进展中的作用 | 卵巢癌微环境中的癌症相关成纤维细胞和卵巢癌细胞 | 肿瘤代谢 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 3D生物打印 | 3D生物打印模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 577 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis links DCUN1D5 to immune remodeling and cisplatin resistance in recurrent osteosarcoma
2025-Jul-08, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08409-w
PMID:40629059
|
研究论文 | 通过单细胞分析揭示DCUN1D5在复发性骨肉瘤免疫重塑和顺铂耐药中的作用机制 | 首次通过整合多个单细胞RNA测序数据集,发现DCUN1D5基因通过促进破骨前体细胞成熟驱动骨肉瘤复发和顺铂耐药 | NA | 探究骨肉瘤复发和顺铂耐药的分子机制,特别关注肿瘤微环境的作用 | 骨肉瘤患者样本和细胞系 | 单细胞分析 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据, bulk RNA测序数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 578 | 2025-10-06 |
Integrating single-cell and spatial transcriptomics reveals the cellular heterogeneity of vestibular schwannoma
2025-Jul-08, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01028-y
PMID:40629113
|
研究论文 | 通过整合单细胞和空间转录组学技术揭示了前庭神经鞘瘤的细胞异质性 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,识别出VEGFA富集的雪旺细胞亚型并验证其空间定位 | 样本量较小(3例单细胞测序样本和2例空间转录组样本),研究结果需要更大样本验证 | 探索前庭神经鞘瘤的发育机制和空间异质性 | 前庭神经鞘瘤组织样本 | 数字病理学 | 前庭神经鞘瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 5例前庭神经鞘瘤样本(3例用于scRNA-seq,2例用于空间转录组学) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 579 | 2025-10-06 |
Mechanistic study of CTHRC1 in promoting Wilms' tumor progression by regulating M2-type tumor-associated macrophages polarization
2025-Jul-08, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06752-4
PMID:40629408
|
研究论文 | 本研究揭示CTHRC1通过TNFSF9-TNFRSF9轴调控M2型肿瘤相关巨噬细胞极化促进肾母细胞瘤进展的分子机制 | 首次发现CTHRC1通过TNFSF9-TNFRSF9轴调控M2-TAMs极化,并阐明M2-TAMs通过PI3K/Akt通路促进肾母细胞瘤恶性进展的双向作用机制 | NA | 探究CTHRC1在肾母细胞瘤进展中的作用及其通过调控M2-TAMs极化的分子机制 | 肾母细胞瘤组织、肿瘤细胞、M2型肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 肾母细胞瘤 | 生物信息学分析、单细胞测序、RT-qPCR、Western blot、免疫组化、免疫荧光、转录组测序、中和抗体拯救实验、共定位分析 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据、蛋白质表达数据、免疫细胞浸润数据 | NA | NA | 单细胞测序,转录组测序 | NA | NA |
| 580 | 2025-10-06 |
Identification of biomarkers and exploration of mechanisms for atopic dermatitis based on transcriptome and scRNA-seq data analysis
2025-Jul-04, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000042291
PMID:40629565
|
研究论文 | 通过转录组和单细胞RNA测序数据分析鉴定特应性皮炎的生物标志物并探索其致病机制 | 结合转录组和单细胞RNA测序数据,首次系统鉴定特应性皮炎的关键基因并确定角质形成细胞为关键细胞类型 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 鉴定特应性皮炎的生物标志物并探索其致病机制 | 特应性皮炎患者样本 | 生物信息学 | 特应性皮炎 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | PPI网络分析, MCC算法, 度算法, ROC分析 | 基因表达数据 | 数据集GSE16161和GSE32924(转录组), GSE180885(单细胞RNA测序) | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |