单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
541	2025-07-16	Testis Molecular Pathways in CAIS Unveil Testosterone/Estradiol on Germ Cell Tumor Risk in Non-Obstructive Azoospermia 2025-Jul-14, The Journal of clinical endocrinology and metabolism DOI:10.1210/clinem/dgaf404 PMID:40658795	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探索了非梗阻性无精子症（NOA）患者睾丸体细胞中的分子通路，揭示了睾酮/雌二醇比例对生殖细胞肿瘤风险的预测价值	首次在CAIS患者睾丸体细胞中鉴定出与NOA相关的分子通路，并发现睾酮/雌二醇比例对非遗传性NOA患者睾丸生殖细胞癌的预后作用	样本量有限，特别是CAIS患者仅1例，需要更大样本验证	探索NOA不同亚型睾丸体细胞的分子特征及其与睾丸生殖细胞癌风险的关系	非梗阻性无精子症患者（包括CAIS和KS患者）的睾丸体细胞	生殖医学	男性不育症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	752例男性（120例生育能力正常，155例不育，116例NOA，18例KS，343例TGCC）
542	2025-07-16	SCassist: An AI Based Workflow Assistant for Single-Cell Analysis 2025-Jul-12, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf402 PMID:40650988	research paper	开发了一个基于AI的单细胞RNA测序数据分析辅助工具SCassist，利用大语言模型优化分析流程	整合大语言模型（如Google的Gemini、OpenAI的GPT和Meta的Llama3）到scRNA-seq分析流程中，提供参数推荐和结果解释	未提及具体性能对比实验或用户评估结果	降低单细胞RNA测序数据分析的复杂性和门槛	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	LLM（Gemini/GPT/Llama3）	基因表达数据	NA
543	2025-07-16	Single-cell spatial transcriptomics reveals immunotherapy-driven bone marrow niche remodeling in AML 2025-Jul-11, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adw4871 PMID:40632867	研究论文	通过单细胞空间转录组学技术，研究免疫治疗对急性髓系白血病（AML）患者骨髓微环境的重塑作用	结合单细胞RNA测序和单细胞空间转录组学数据，利用深度学习图像分析技术，精确量化细胞间距离，揭示免疫治疗后白血病细胞与免疫细胞间的相互作用	样本量有限，且仅针对特定免疫治疗方案（pembrolizumab和decitabine）进行研究	探索免疫治疗对AML患者骨髓微环境的影响	接受pembrolizumab和decitabine治疗的AML患者的骨髓样本	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序, 单细胞空间转录组学	深度学习	图像, 转录组数据	未明确提及具体样本数量
544	2025-07-16	PIP4K2C inhibition reverses autophagic flux impairment induced by SARS-CoV-2 2025-Jul-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61759-1 PMID:40640184	研究论文	研究发现小分子抑制剂RMC-113通过抑制PIP4K2C和PIKfyve脂质激酶，逆转SARS-CoV-2诱导的自噬流障碍，从而抑制多种RNA病毒的复制	揭示了PIP4K2C在SARS-CoV-2进入、RNA复制和组装/释放中的作用，并验证了其作为抗病毒靶点的潜力	研究主要基于人类肺类器官模型，尚未在临床环境中验证	寻找广谱抗病毒药物并研究其作用机制	SARS-CoV-2及其他RNA病毒	病毒学	COVID-19	脂质组学分析、蛋白质组学、单细胞转录组学	人类肺类器官模型	分子生物学数据、转录组数据	NA
545	2025-07-16	Mineralocorticoid receptor knockout alters hippocampal CA2 neurons to become like those in CA1 2025-Jul-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08378-0 PMID:40640339	研究论文	研究探讨了矿物皮质激素受体（MR）敲除如何改变海马CA2区神经元，使其类似于CA1区神经元	揭示了MR在控制CA2神经元分子表型中的关键作用，以及MR敲除导致CA2神经元向CA1样表型转变的现象	研究主要关注发育过程中的变化，未探讨成年期MR敲除的影响	理解MR敲除对海马CA2区神经元命运或状态的影响	小鼠海马CA2区神经元	神经科学	NA	空间转录组学	条件性敲除小鼠模型	分子表型数据	未明确说明
546	2025-07-16	Antiviral Monocytes Increase Prior to Detectable HIV-1 Rebound Viremia 2025-Jul-09, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiaf367 PMID:40628395	research paper	该研究通过比较血浆蛋白质组学和单细胞转录组学，分析了HIV-1治疗停止前后外周血单个核细胞的免疫反应	发现病毒反弹前CD16++单核细胞的显著增加及其抗病毒基因表达上调的独特转录特征	研究样本可能仅限于特定人群或条件，未提及样本多样性或长期随访数据	识别治疗停止后病毒反弹的早期信号，以延长病毒反弹时间和治愈HIV-1	HIV-1感染者的外周血单个核细胞（PBMCs）和血浆	免疫学	HIV-1感染	血浆蛋白质组学、单细胞转录组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据	未明确提及具体样本数量，涉及治疗停止前后的PBMCs和血浆样本
547	2025-07-16	Early developmental origins of cortical disorders modeled in human neural stem cells 2025-Jul-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61316-w PMID:40634286	research paper	该研究通过人类神经干细胞探索皮质障碍的早期发育起源	揭示了皮质和神经精神障碍相关基因在人类神经干细胞中的表达动态，以及风险基因在脑组织者和皮质生成过程中的作用	研究主要基于体外和体内模型，可能无法完全模拟人类大脑发育的复杂性	探索人类大脑早期发育阶段与皮质障碍的关联	人类神经干细胞（NSCs）	神经科学	皮质障碍	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
548	2025-07-16	Ptbp1 is not required for retinal neurogenesis and cell fate specification 2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.02.662808 PMID:40631124	research paper	该研究探讨了RNA结合蛋白Ptbp1在视网膜神经发生和细胞命运决定中的作用	研究发现Ptbp1在视网膜发育中并非必需，挑战了其作为神经发生主要抑制因子的观点	研究仅聚焦于视网膜发育，未涉及其他神经系统区域	评估Ptbp1在发育性神经发生中的作用	视网膜前体细胞和Müller胶质细胞	神经生物学	NA	RNA-Seq, scRNA-Seq, 免疫染色	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	胚胎期E16和成熟期视网膜样本
549	2025-07-16	Overexpression of high affinity Type I adenosine receptors promotes the growth of uterine leiomyomas 2025-Jul-03, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf025 PMID:40489662	研究论文	该研究探讨了I型腺苷受体（ADORA1）过表达在子宫肌瘤生长中的作用	首次发现ADORA1在子宫肌瘤中的过表达及其通过调节AKT1介导的信号通路促进肿瘤生长的机制	研究主要基于体外实验和有限的组织样本，未涉及大规模临床验证	阐明细胞外腺苷水平改变促进子宫肌瘤生长的分子机制	子宫肌瘤和平滑肌组织的匹配标本及原代培养细胞	分子病理学	子宫肌瘤	RT-qPCR、Western blot、免疫组化、单细胞转录组学、siRNA干扰	NA	组织样本数据、单细胞转录组数据	未明确说明数量的匹配子宫肌瘤和肌层组织标本
550	2025-07-16	TCF7 functions as a prognostic biomarker in bladder cancer by strengthening EMT and stemness associated with TGF-β/SMAD3 signaling 2025-Jul, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05241-y PMID:40025258	研究论文	本研究探讨了TCF7在膀胱癌进展中的作用及其通过TGF-β/SMAD3信号通路调控EMT和干性的机制	揭示了TCF7通过转录调控TGFBR1影响TGF-β/SMAD3通路，从而驱动膀胱癌EMT和干性的新机制	TCF7在膀胱癌中的具体转录调控机制仍需进一步研究	探究TCF7在膀胱癌进展中的生物学功能及转录调控机制	膀胱癌	肿瘤学	膀胱癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
551	2025-07-16	Single-cell RNA sequencing generates an atlas of normal tibia cartilage under mechanical loading conditions 2025-Jul, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05234-x PMID:40072674	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究机械负荷对胫骨软骨细胞的影响，并构建正常胫骨软骨在机械负荷条件下的细胞图谱	首次使用单细胞RNA测序技术深入探究机械负荷对软骨细胞的影响，并识别出关键基因和细胞类型	样本量较小，仅涉及6名捐赠者的组织样本	探究机械负荷对软骨细胞的生物学影响	胫骨软骨细胞	数字病理学	骨关节炎	scRNA-seq, 免疫组织化学染色	NA	单细胞RNA测序数据	11个软骨组织样本（来自6名捐赠者），共分析132,685个细胞
552	2025-07-16	Single-cell transcriptomics reveals that human milk feeding shapes neonatal immune cell interleukin signaling pathways in a nonrandomized clinical trial 2025-Jul, The American journal of clinical nutrition DOI:10.1016/j.ajcnut.2025.04.024 PMID:40294751	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了母乳喂养与配方奶喂养对新生儿免疫细胞白细胞介素信号通路的影响	首次使用单细胞RNA测序技术比较母乳喂养和配方奶喂养婴儿的免疫细胞基因表达差异，揭示了母乳喂养下调外周免疫细胞细胞因子转录特征的机制	样本量较小（HMF n=6，FF n=3），且为非随机临床试验	表征母乳喂养与配方奶喂养婴儿循环免疫细胞亚群的基因表达差异	3-3.5个月大的健康婴儿（母乳喂养6名，配方奶喂养3名）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9名婴儿（6名母乳喂养，3名配方奶喂养）的外周血单个核细胞
553	2025-07-16	Epitenon-derived progenitors drive fibrosis and regeneration after flexor tendon injury in a spatially-dependent manner 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60704-6 PMID:40593535	研究论文	本文研究了腱鞘上皮细胞在肌腱损伤后对纤维化和再生过程的贡献	首次确定了腱鞘上皮细胞是肌腱损伤后纤维化和再生的重要细胞来源，并验证了其转录特征与人类瘢痕组织的相似性	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究肌腱损伤后纤维化和再生的细胞机制	小鼠和人类肌腱组织	组织再生医学	肌腱损伤	遗传谱系追踪、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色	NA	基因表达数据、组织图像	NA
554	2025-07-15	Phenotypic, transcriptomic, and genomic analyses reveal the spatiotemporal patterns and associated genes of coarse hair density in goats 2025-07-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2025.034 PMID:40640980	研究论文	本研究通过表型、转录组和基因组分析揭示了山羊粗毛密度的时空模式及其相关基因	创新性地应用高分辨率微型摄像机成像技术，结合多组学数据，揭示了山羊粗毛密度的遗传调控机制	研究主要集中在大足黑山羊，可能不适用于其他山羊品种	解析动物毛发密度的遗传调控机制	大足黑山羊	基因组学	NA	高分辨率微型摄像机成像、转录组测序、全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	图像、转录组数据、基因组数据	905张皮肤图像、33个皮肤转录组、272个全基因组序列、182个下载的转录组
555	2025-07-15	C3a-C3aR1-mediated interactions between fibroblast-like synoviocytes and macrophages promote the progression of rheumatoid arthritis 2025-Jul-14, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43319 PMID:40654154	研究论文	本研究通过成像质谱流式细胞术和单细胞RNA测序技术，揭示了类风湿性关节炎（RA）滑膜中成纤维样滑膜细胞（FLS）与巨噬细胞之间通过C3a-C3aR1信号介导的相互作用促进炎症进展的机制	首次发现FLS通过C3a-C3aR1信号通路与巨噬细胞形成正反馈调节环路促进滑膜炎症，并证实阻断该通路可减轻疾病严重程度	研究主要基于胶原诱导关节炎小鼠模型，人类RA患者的验证数据有限	探究RA滑膜微环境中细胞间相互作用对疾病进展的影响机制	类风湿性关节炎患者的滑膜组织、胶原诱导关节炎小鼠模型	免疫病理学	类风湿性关节炎	成像质谱流式细胞术（IMC）、单细胞RNA测序	胶原诱导关节炎（CIA）小鼠模型	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本量（包含RA患者滑膜组织和CIA小鼠模型）
556	2025-07-15	SLC3A2 as a key anoikis-related gene for prognosis and tumor microenvironment remodeling in melanoma 2025-Jul-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03125-7 PMID:40643718	研究论文	本研究通过整合机器学习和单细胞分析，识别了与黑色素瘤预后相关的失巢凋亡标志物SLC3A2，并验证了其在肿瘤微环境重塑中的作用	首次整合单细胞RNA测序数据和机器学习算法，系统评估了150个失巢凋亡相关基因，并构建了最优预后模型，同时验证了SLC3A2作为潜在治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验数据	识别黑色素瘤中与失巢凋亡相关的预后标志物并探索其临床意义	黑色素瘤患者样本和细胞系	生物信息学	黑色素瘤	单细胞RNA测序, 机器学习算法(随机生存森林, 梯度提升机), shRNA敲低, 集落形成实验, Transwell迁移实验	随机生存森林 + 梯度提升机	RNA测序数据, 临床数据	多个黑色素瘤队列(TCGA, GSE19234, GSE22153, GSE65904)和单细胞数据集GSE215120
557	2025-07-15	Zwilch kinetochore protein affects the prognosis of cancer patients by participating in cell proliferation, enhancing cell communication, and reshaping the tumor microenvironment 2025-Jul-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02981-7 PMID:40643756	研究论文	本研究探讨了Zwilch Kinetochore Protein (ZWILCH)在多种癌症中对患者预后的影响及其在细胞增殖、细胞通讯和肿瘤微环境重塑中的作用	首次全面揭示了ZWILCH在肿瘤免疫微环境中的功能机制及其作为多种癌症预后风险因素的作用	研究主要基于转录组数据分析，缺乏体内实验验证	探究ZWILCH在肿瘤发生发展中的作用机制及其临床意义	多种癌症类型及其肿瘤微环境	肿瘤生物学	多种癌症	全转录组分析、空间转录组分析、单细胞转录组分析、GSEA、GSVA、KEGG富集分析、Aucell、CRISPR筛选	NA	转录组数据	多种癌症类型的转录组数据集
558	2025-07-15	Exploring the role of PANoptosis related genes in the prognosis of oral squamous cell carcinoma subtypes based on multi-omics analysis 2025-Jul-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03154-2 PMID:40643861	研究论文	基于多组学分析探讨PANoptosis相关基因在口腔鳞状细胞癌亚型预后中的作用	首次基于PANoptosis相关基因（PRGs）识别口腔鳞状细胞癌（OSCC）亚型并构建预后模型，揭示了BAK1与OSCC风险的因果关系	研究依赖于TCGA数据库的数据，样本来源可能有限，且需要进一步实验验证	改善口腔鳞状细胞癌的诊断和治疗	口腔鳞状细胞癌患者	生物信息学	口腔鳞状细胞癌	RNA-seq, DNA甲基化分析, scRNA-seq, qRT-PCR	Cox回归分析, 孟德尔随机化	多组学数据（RNA-seq, DNA甲基化, scRNA-seq）	TCGA数据库中的OSCC患者数据
559	2025-07-15	Construction of a macrophage-related prognostic signature and assessment of immune checkpoint inhibitor efficacy of HCC 2025-Jul-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06937-3 PMID:40645977	研究论文	本研究旨在构建一个与巨噬细胞相关的基因特征，以预测肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫检查点抑制剂（ICI）疗效，并探讨PLAUR的功能作用	首次构建了一个包含八个基因的巨噬细胞相关特征，用于预测HCC患者的预后和ICI疗效，并揭示了PLAUR通过PI3K/AKT/mTOR通路促进免疫抑制极化和肿瘤进展的机制	研究主要基于TCGA-LIHC队列的验证，可能需要更多独立队列进一步验证基因特征的普适性	开发预测HCC患者预后和ICI疗效的生物标志物	肝细胞癌（HCC）患者及其肿瘤组织	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、TIDE分析、CellChat分析、组织芯片免疫荧光	NA	基因表达数据、免疫荧光图像	TCGA-LIHC队列及配对HCC和正常肝组织样本
560	2025-07-15	Comprehensive analysis of Mendelian randomization and scRNA-seq identify key prognostic genes and relevant functional roles in colorectal cancer 2025-Jul-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10354-x PMID:40646181	研究论文	通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术识别结直肠癌的关键预后基因及其功能作用	首次结合孟德尔随机化(MR)分析和单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术鉴定出MMRN1和SLC6A19作为结直肠癌的关键预后基因，并揭示了它们与免疫细胞浸润和肿瘤微环境的关联	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于qRT-PCR和细胞功能实验，缺乏更深入的机制研究	识别结直肠癌的关键预后基因并探索其分子机制	结直肠癌(CRC)患者样本和癌细胞	数字病理学	结直肠癌	孟德尔随机化(MR)分析, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), qRT-PCR	nomogram模型	基因表达数据, 单细胞测序数据	多个数据集(具体数量未明确说明)