单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 820 篇文献，本页显示第 541 - 560 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 541 | 2025-10-06 |
Human neuron subtype programming via single-cell transcriptome-coupled patterning screens
2025-Jul-10, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adn6121
PMID:40638726
|
研究论文 | 通过单细胞转录组耦合模式筛选实现人类神经元亚型编程 | 结合形态发生素信号调控与转录因子过表达，首次系统筛选480种信号调节组合，通过单细胞转录组分析揭示神经元多样性 | 研究基于体外干细胞分化模型，与体内真实发育环境存在差异 | 探索人类神经元亚型编程的多样性及其调控机制 | 人多能干细胞分化的神经元 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 700,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 542 | 2025-10-06 |
Advancements in single-cell techniques for examining the HIV reservoir: pathways to a cure
2025-Jul-09, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00655-25
PMID:40488537
|
综述 | 本文综述了单细胞技术在HIV病毒储存库研究中的进展及其对治愈策略的推动作用 | 系统总结了单细胞测序、染色质可及性分析和多组学技术在研究HIV病毒储存库异质性和持久性机制中的应用 | NA | 探讨单细胞技术在揭示HIV病毒储存库特征和开发治愈策略中的应用 | HIV病毒储存库细胞，主要是静息CD4 T细胞和巨噬细胞等长寿细胞 | 单细胞生物学 | HIV感染 | 单细胞测序，染色质可及性分析，多组学技术 | NA | 基因组，转录组，表观基因组 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq，单细胞多组学 | NA | NA |
| 543 | 2025-10-06 |
Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state
2025-Jul-09, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkaf079
PMID:40509864
|
研究论文 | 通过靶向单细胞测序技术鉴定果蝇侧脑区亮氨酸激肽神经元在饥饿状态下调控睡眠与代谢互作的分子机制 | 首次在单个神经元水平揭示饥饿状态下睡眠调控的转录组变化，发现E3泛素连接酶insomniac和抗菌肽Attacin等新型睡眠代谢调控因子 | 研究仅聚焦于LHLK神经元，未涉及其他可能参与睡眠代谢调控的神经回路 | 探究睡眠与代谢状态互作的神经元分子机制 | 果蝇(Drosophila melanogaster)侧脑区亮氨酸激肽神经元 | 单细胞组学 | NA | 单细胞测序,CEL-Seq | NA | 单细胞转录组数据 | 饲喂和24小时饥饿处理的果蝇LHLK神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 靶向单细胞测序方法 |
| 544 | 2025-10-06 |
Identification of a novel ferroptosis-induced immunogenic cell death related signature based on a machine learning framework in colorectal cancer
2025-Jul-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03147-1
PMID:40632358
|
研究论文 | 基于机器学习框架开发了铁死亡诱导的免疫原性细胞死亡相关特征，用于预测结直肠癌预后和肿瘤免疫环境 | 首次结合铁死亡和免疫原性细胞死亡开发特征模型，采用101种机器学习算法和WGCNA分析识别关键基因 | 外部验证数据集的AUC值相对较低(0.61和0.58)，需要更多临床验证 | 探索铁死亡与免疫原性细胞死亡在结直肠癌中的联合调控作用 | 结直肠癌患者样本 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序，机器学习算法，WGCNA分析，DESeq2差异分析 | RSF随机生存森林算法 | 转录组数据 | 多个数据集，包含正常和肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 545 | 2025-10-06 |
Leveraging machine learning models to evaluate immune infiltration in the ovarian cancer microenvironment: a single-cell analysis approach
2025-Jul-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03018-9
PMID:40632369
|
研究论文 | 本研究利用机器学习模型和单细胞RNA测序数据评估卵巢癌微环境中的免疫浸润状态 | 首次在单细胞水平构建机器学习模型预测卵巢癌免疫浸润状态，相比传统免疫评分方法具有更高准确性 | 研究基于公共数据库数据，缺乏前瞻性临床验证 | 建立客观的卵巢癌免疫浸润评估模型，为个体化免疫治疗提供依据 | 卵巢癌肿瘤微环境中的免疫细胞 | 机器学习 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | RandomForest, SVM | 基因表达数据 | 多个公共数据库中的卵巢癌样本（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 546 | 2025-10-06 |
Therapeutic targeting of FOSL1 and RELA-dependent transcriptional mechanisms to suppress pancreatic cancer metastasis
2025-Jul-09, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07810-x
PMID:40634284
|
研究论文 | 本研究揭示了炎症信号通路与致癌信号通路通过FOSL1和RELA转录因子协同促进胰腺癌转移的新机制 | 首次发现TNFα和EGF信号通过激活NF-κB和AP-1转录因子协同调控胰腺癌转移，并证明糖皮质激素受体激动剂可抑制此过程 | 对炎症和致癌信号在胰腺癌转移表观遗传调控中的联合作用机制理解仍不充分 | 探索胰腺癌转移的分子机制并开发治疗策略 | 胰腺导管腺癌(PDAC)细胞 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，体外和体内模型 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 547 | 2025-10-06 |
Triggering AHR resolves TGF-β1 induced fibroblast activation and promotes AT1 cell regeneration in alveolar organoids
2025-Jul-09, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08446-5
PMID:40634525
|
研究论文 | 本研究通过高通量筛选发现化合物DB-11-BE87可通过激活AHR通路抑制TGF-β1诱导的成纤维细胞活化，促进肺泡类器官中AT1细胞再生 | 首次建立TGF-β1依赖性AT1球体形成障碍的3D类器官模型，并通过高通量筛选发现AHR激活可对抗病理性的TGF-β1信号 | 研究基于体外类器官模型，尚未进行体内验证 | 探索促进病理条件下肺泡上皮再生的方法 | 肺泡类器官、AT2细胞、AT1细胞、成纤维细胞 | 再生医学 | 间质性肺病 | 单细胞RNA测序、高通量筛选、3D类器官培养 | 3D类器官模型 | 基因表达数据 | 约16,800种化合物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 548 | 2025-10-06 |
Liver-specific expression of ANGPTL8 promotes Alzheimer's disease progression through activating microglial pyroptosis
2025-Jul-09, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03487-3
PMID:40634935
|
研究论文 | 本研究揭示肝脏特异性表达的ANGPTL8通过激活小胶质细胞焦亡加速阿尔茨海默病进展的分子机制 | 首次发现ANGPTL8能够穿越血脑屏障与PirB/LILRB2受体结合，通过激活NLRP3炎症小体诱导小胶质细胞焦亡 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探究ANGPTL8在阿尔茨海默病进展中的具体作用机制 | ANGPTL8基因敲除小鼠和5×FAD阿尔茨海默病模型小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 透射电子显微镜, 腺相关病毒转染 | 动物模型 | 基因表达数据, 行为学数据, 组织染色图像 | 多组小鼠队列（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 549 | 2025-10-06 |
UBE2D1 as a key biomarker in systemic juvenile idiopathic arthritis: a new perspective on diagnosis and disease activity assessment
2025-Jul-09, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-025-03606-8
PMID:40635084
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序发现UBE2D1是系统性幼年特发性关节炎的潜在诊断标志物 | 首次发现UBE2D1在sJIA患者单核细胞中高表达且与疾病活动度相关，揭示了其通过激活NLRs通路促进疾病进展的新机制 | 需要进一步验证UBE2D1作为生物标志物的临床应用价值 | 寻找系统性幼年特发性关节炎的非侵入性诊断标志物 | 中国sJIA患者队列的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 幼年特发性关节炎 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, Western blot, 免疫共沉淀 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 中国sJIA患者队列的PBMCs样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 550 | 2025-10-06 |
Telomeric repeat-containing RNA increases in aged human cells
2025-Jul-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf597
PMID:40637232
|
研究论文 | 本研究通过全长TERRA测序揭示了端粒RNA的转录特征及其与人类衰老和疾病的关联 | 首次在T2T-CHM13参考基因组中注释TERRA转录区域，开发TERRA-QUANT量化工具，发现TERRA在衰老和阿尔茨海默病早期阶段上调 | TERRA完整序列解析仍存在技术挑战，样本类型和数量有限 | 研究端粒重复序列RNA在人类衰老和疾病中的作用机制 | 人类血液细胞、脑组织、成纤维细胞、白细胞、神经元和胚胎干细胞 | 基因组学 | 阿尔茨海默病 | TERRA捕获RNA测序, Oxford Nanopore直接RNA测序, 单细胞RNA测序, 逆转录定量PCR | NA | RNA测序数据 | 多种人类组织样本（血液、脑、成纤维细胞等） | Oxford Nanopore | 直接RNA测序, 单细胞RNA测序 | Oxford Nanopore直接RNA测序平台 | Oxford Nanopore直接RNA测序技术 |
| 551 | 2025-10-06 |
Single-Cell Analysis Clarifies Pathological Heterogeneity in Tenosynovial Giant Cell Tumor and Identifies Biomarkers for Predicting Disease Recurrence
2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202415835
PMID:40126353
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析弥漫型和局限型腱鞘巨细胞瘤的病理异质性，并鉴定预测疾病复发的生物标志物 | 首次在单细胞水平揭示D-TGCT中独特的肿瘤细胞亚群通过COL6A3-(ITGAV+ITGB8)相互作用调控成纤维细胞分化，并发现ROR1和PRKD1作为预测复发的生物标志物 | NA | 阐明腱鞘巨细胞瘤的病理异质性机制并寻找预测疾病复发的生物标志物 | 人类弥漫型和局限型腱鞘巨细胞瘤病变组织 | 单细胞组学 | 腱鞘巨细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 552 | 2025-10-06 |
CeiTEA: Adaptive Hierarchy of Single Cells with Topological Entropy
2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202503539
PMID:40245302
|
研究论文 | 提出基于拓扑熵的自适应层次聚类算法CeiTEA，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞层次结构 | 通过最小化拓扑熵构建多叉划分树，结合自下而上的层次构建和自上而下的局部多样化策略 | NA | 解决现有聚类方法难以捕捉细胞类型复杂层次结构的问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型和亚型 | 生物信息学 | 肿瘤异质性 | 单细胞RNA测序 | 自适应层次聚类算法 | 单细胞RNA测序数据 | 模拟和真实世界scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 553 | 2025-10-06 |
CellNEST reveals cell-cell relay networks using attention mechanisms on spatial transcriptomics
2025-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02721-3
PMID:40481363
|
研究论文 | 开发了基于注意力机制的空间转录组学工具CellNEST，用于检测细胞间中继网络通信 | 提出新型中继网络通信检测方法，能够识别配体-受体-配体-受体级联通信模式 | 未在摘要中明确说明 | 解码细胞间通信模式，解决现有方法假阳性率高、无法检测单个细胞间信号的问题 | 人类淋巴结、肺腺癌、结直肠癌和胰腺癌组织 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 注意力机制神经网络 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 554 | 2025-10-06 |
Understanding disease-associated metabolic changes in human colonic epithelial cells using the iColonEpithelium metabolic reconstruction
2025-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013253
PMID:40609069
|
研究论文 | 本研究构建了首个结肠上皮细胞特异性基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，用于解析炎症性肠病相关的代谢变化 | 创建了首个结肠上皮细胞特异性代谢模型，包含独特的转运反应区室用于模拟与肠道微生物组的代谢相互作用 | 仅提供初步概念验证，需要进一步实验验证和模型完善 | 理解人类结肠上皮细胞在疾病状态下的代谢变化 | 人类结肠上皮细胞 | 代谢组学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序，基因组尺度代谢建模 | 基因组尺度代谢模型 | 基因表达数据 | 克罗恩病和溃疡性结肠炎样本的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 555 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Uncovers La Ribonucleoprotein 6 (LARP6) as a Dual Regulator of Proliferation and Immune Infiltration in Triple-Negative Breast Cancer
2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70709
PMID:40635123
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析发现LARP6在三阴性乳腺癌中作为增殖和免疫浸润的双重调节因子 | 首次发现LARP6在三阴性乳腺癌中特异性高表达，并揭示其在细胞增殖和肿瘤免疫微环境中的双重调控作用 | 研究基于已发表的数据库，需要进一步实验验证LARP6的具体作用机制 | 识别三阴性乳腺癌特异性标志物并探索其生物学功能 | 乳腺癌细胞和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 基因集富集分析, 生存分析, TriCycle分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过260,000个细胞，来自ER阳性、HER2阳性和三阴性乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 556 | 2025-10-06 |
ATF3 Deficiency Exacerbates Ageing-Induced Atherosclerosis and Clinical Intervention Strategy
2025-Jul-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202502249
PMID:40641410
|
研究论文 | 本研究揭示了ATF3在血管平滑肌细胞衰老和动脉粥样硬化中的保护作用及其分子机制 | 发现ATF3-ATG7正反馈放大环路调控自噬，并首次提出特唑嗪可通过稳定ATF3 mRNA延缓血管衰老 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚需进一步研究 | 识别血管平滑肌细胞衰老调控因子并开发衰老相关动脉粥样硬化的临床干预策略 | 人动脉粥样硬化颈动脉、血管平滑肌细胞、SMC特异性ATF3敲除小鼠 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, CUT&Tag-seq, m6A表观转录组分析, 高通量虚拟筛选 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 蛋白质相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 表观遗传学分析 | NA | NA |
| 557 | 2025-10-06 |
Androgen Receptor Governs Tip Cell Formation in Cerebrovascular Malformations
2025-Jul-11, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326471
PMID:40641462
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了雄激素受体在脑血管畸形尖端细胞形成中的关键作用 | 发现了不依赖雄激素的AR介导的内皮细胞出芽新模式，并验证了AR降解剂ARD-2585的治疗潜力 | 样本量相对有限（13例患者样本），且主要基于小鼠模型验证 | 探究脑血管畸形中异常血管生成的调控机制 | 人类脑血管畸形样本（脑海绵状畸形和脑动静脉畸形）及相应小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 脑血管畸形 | 单细胞RNA测序，生物信息学分析，体外功能实验，动物模型验证 | NA | 单细胞转录组数据 | 13例人类脑血管畸形样本（10例脑海绵状畸形，3例脑动静脉畸形）和13例对照脑样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 558 | 2025-10-06 |
Modulation of infiltrating CD206-positive macrophages restricts progression of pulmonary lymphangioleiomyomatosis (LAM)
2025-Jul-10, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.00084-2025
PMID:40639874
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析发现肺淋巴管平滑肌瘤病(LAM)中CD206阳性M2样巨噬细胞促进疾病进展，并验证靶向该巨噬细胞的治疗潜力 | 首次揭示LAM细胞通过CXCL12招募并极化M2样巨噬细胞的机制，并证明靶向CD206阳性巨噬细胞可抑制疾病进展 | 临床前研究结果需在人体试验中验证，样本量有限 | 探索LAM疾病进展机制并寻找新的治疗靶点 | 肺淋巴管平滑肌瘤病患者标本和TSC2缺陷细胞 | 单细胞生物学 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫荧光染色, 体外共培养 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据, 图像数据 | 人肺LAM标本和临床前小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组平台 |
| 559 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Hair Cell-Specific Molecular Responses to Polystyrene Nanoplastics in a Zebrafish Embryo Model
2025-Jul-10, Biotechnology and applied biochemistry
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/bab.70028
PMID:40641182
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了斑马鱼胚胎中毛细胞对聚苯乙烯纳米塑料的特异性分子响应 | 首次在单细胞水平揭示纳米塑料对斑马鱼毛细胞的特异性分子影响，发现细胞类型比例变化和特定基因上调 | 仅使用环境相关浓度，未观察到大体表型变化，对长期生态影响评估有限 | 探究聚苯乙烯纳米塑料对斑马鱼胚胎的生理和分子影响 | 斑马鱼胚胎 | 单细胞组学 | 环境毒理学 | 单细胞RNA测序，表型分析 | NA | 单细胞转录组数据，表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 560 | 2025-10-06 |
Sjögren's syndrome is associated with a reduction in the surface area of the right caudal anterior cingulate gyrus
2025-Jul-09, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-025-04205-9
PMID:40629343
|
研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化分析和脑部MRI验证，发现干燥综合征与右侧尾侧前扣带皮层表面积减少存在遗传因果关系 | 首次使用孟德尔随机化方法证明干燥综合征对大脑皮层结构的因果影响，并识别出相关的基因和细胞类型 | 样本量有限，仅针对初治患者进行研究，需要更大规模的研究验证 | 探究干燥综合征对大脑皮层结构的影响及其机制 | 干燥综合征患者的大脑皮层结构 | 神经科学 | 干燥综合征 | 孟德尔随机化分析, GWAS, TWAS, scRNA-seq, 脑部MRI | 逆方差加权, MR-Egger, 加权中位数, 线性模型 | 基因组数据, 转录组数据, 脑部影像数据 | 初治干燥综合征患者群体 | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因型-组织表达数据库v8版 |