单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 801 篇文献，本页显示第 521 - 540 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 521 | 2025-10-06 |
NRF2 modulates WNT signaling pathway to enhance photodynamic therapy resistance in oral leukoplakia
2025-Jul, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-025-00256-w
PMID:40494896
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现NRF2通过激活WNT信号通路增强口腔白斑的光动力疗法耐药性 | 首次在单细胞水平揭示NRF2通过调控WNT信号通路介导口腔白斑光动力疗法耐药的新机制 | 样本量相对有限，需要更大规模临床试验验证NRF2抑制剂的治疗效果 | 探究口腔白斑光动力疗法耐药的关键调控通路 | 口腔白斑患者样本和4NQO诱导的小鼠口腔白斑模型 | 单细胞组学 | 口腔白斑 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6例单细胞测序样本（3例敏感，3例耐药），117例验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 522 | 2025-10-06 |
Quantification of transcript isoforms at the single-cell level using SCALPEL
2025-Jul-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61118-0
PMID:40640129
|
研究论文 | 开发了一种名为SCALPEL的单细胞RNA测序工具，用于在单细胞水平定量分析转录本亚型 | 基于Nextflow的工具能够从标准3' scRNA-seq数据中定量表征转录本亚型，相比现有方法具有更高的灵敏度和特异性 | NA | 改进单细胞水平转录本亚型的定量分析，探索转录后基因调控机制 | 转录本亚型、细胞群体、3' UTR长度变化、miRNA特征 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序、长短读长测序 | NA | 单细胞RNA测序数据、合成数据、真实数据集 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 标准3'单细胞RNA测序 |
| 523 | 2025-10-06 |
Exploration and validation of the prognostic value of mitophagy and mitochondrial dynamics-related genes in cervical cancer
2025-Jul-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-09310-6
PMID:40640353
|
研究论文 | 本研究探索并验证了线粒体自噬和线粒体动力学相关基因在宫颈癌中的预后价值 | 首次结合孟德尔随机化和101种机器学习模型识别宫颈癌中线粒体自噬和线粒体动力学的预后基因，并构建了高精度的风险模型 | 研究机制仍需进一步实验验证，风险模型AUC值仅超过0.6，准确度有提升空间 | 评估线粒体自噬和线粒体动力学在宫颈癌中的预后意义 | 宫颈癌患者 | 机器学习 | 宫颈癌 | 孟德尔随机化，单细胞RNA测序，基因集富集分析 | 多种机器学习模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 524 | 2025-10-06 |
Single cell RNA sequencing analysis of mice hindlimb muscles identifies transcriptional heterogeneity in aging and physical frailty
2025-Jul-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-10421-3
PMID:40640360
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析小鼠后肢肌肉，揭示衰老和身体衰弱过程中的转录异质性 | 首次在单细胞水平系统比较相对健康衰老、年龄相关衰弱和年龄无关衰弱三种状态的转录调控网络和细胞通讯差异 | 研究仅针对小鼠模型，结果需要进一步在人类样本中验证 | 阐明衰老和身体衰弱的分子机制 | 小鼠后肢肌肉组织 | 单细胞转录组学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序，SMART测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻和年老小鼠，分为非衰弱年轻/年老组和衰弱年老组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 525 | 2025-10-06 |
Unveiling the therapeutic potential of senescence-related IQGAP2 in pancreatic Cancer through post-GWAS genomic and scRNA-seq analyses
2025-Jul-10, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03078-x
PMID:40640432
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序分析揭示衰老相关基因IQGAP2在胰腺癌中的治疗潜力 | 首次结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序方法系统研究衰老相关基因在胰腺癌中的作用，发现IQGAP2在胰腺癌中的因果作用和治疗靶点潜力 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证IQGAP2的功能机制 | 探索衰老相关基因在胰腺癌发生发展中的作用及其治疗潜力 | 胰腺癌细胞和衰老相关基因 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 功能富集分析 | SMR分析, HEIDI检验, 共定位分析 | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 526 | 2025-10-06 |
MTMR14 depletion aggravates intrapulmonary inflammation and emphysema in experimental COPD through activating macrophage M1 polarization
2025-Jul-10, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03293-8
PMID:40640787
|
研究论文 | 本研究探讨MTMR14在COPD巨噬细胞极化中的作用机制 | 首次揭示MTMR14通过PI3K/Akt和NF-κB通路负调控巨噬细胞M1极化，并发现TRIM21通过泛素-蛋白酶体系统下调MTMR14 | 未提供临床样本量具体数据，动物模型结果向临床转化的有效性需进一步验证 | 研究MTMR14在慢性阻塞性肺疾病巨噬细胞中的功能和机制 | 巨噬细胞、肺泡上皮细胞、小鼠模型、临床标本 | 分子生物学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 生物信息学分析、单细胞测序、免疫共沉淀、环己酰亚胺追踪实验 | 基因敲除小鼠模型、细胞敲低/过表达模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、功能实验数据 | 临床标本、动物模型和细胞模型（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 527 | 2025-10-06 |
Temporal dynamics of the multi-omic response reveals the modulation of macrophage subsets post-myocardial infarction
2025-Jul-10, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06726-6
PMID:40640882
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和蛋白质组学数据，揭示了心肌梗死后巨噬细胞亚群的异质性及蛋白质水平动态变化 | 首次整合单细胞转录组和蛋白质组数据系统分析心肌梗死后巨噬细胞亚群的动态变化及蛋白质翻译后修饰 | 研究主要基于动物实验数据，尚未在人类样本中进行验证 | 探究心肌梗死后巨噬细胞亚群的异质性及其蛋白质水平动态变化对预后的影响 | 心肌梗死后小鼠模型中的巨噬细胞亚群 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 未明确样本数量，包含多个时间点（3天、7天、28天）的巨噬细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 528 | 2025-10-06 |
Biomarkers and therapeutic strategies targeting microglia in neurodegenerative diseases: current status and future directions
2025-Jul-10, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-025-00867-4
PMID:40640892
|
综述 | 本文综述了神经退行性疾病中小胶质细胞靶向治疗的生物标志物和策略现状及未来方向 | 系统整合了新兴的小胶质细胞靶向治疗策略和生物标志物，并提出了将肿瘤学中伴随诊断模式应用于神经退行性疾病的创新思路 | 许多生物标志物仍局限于临床前研究，面临物种特异性差异、缺乏标准化和临床异质性等转化挑战 | 探讨神经退行性疾病中小胶质细胞靶向治疗的生物标志物和策略 | 阿尔茨海默病、肌萎缩侧索硬化、帕金森病和额颞叶痴呆等神经退行性疾病 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞组学、空间转录组学、人工智能多模态数据整合 | NA | 多模态数据 | NA | NA | 单细胞组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 529 | 2025-10-06 |
Machine learning identifies lipid-associated genes and constructs diagnostic and prognostic models for idiopathic pulmonary fibrosis
2025-Jul-10, Orphanet journal of rare diseases
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s13023-025-03876-0
PMID:40640934
|
研究论文 | 通过机器学习识别脂质相关基因并构建特发性肺纤维化的诊断和预后模型 | 首次结合脂质相关基因与机器学习构建IPF诊断预后模型，并通过单细胞测序和功能实验验证KLF4基因的致病作用 | 研究样本量有限，需要更多临床验证，KLF4的具体作用机制仍需深入探索 | 探索脂质代谢与特发性肺纤维化的关系并构建相关预测模型 | 特发性肺纤维化患者样本和人类肺泡II型上皮细胞 | 机器学习 | 特发性肺纤维化 | 单细胞测序，加权基因共表达网络分析，机器学习算法，细胞功能实验 | 机器学习模型，诊断模型，预后模型 | 基因表达数据，单细胞测序数据 | 多个数据集的特发性肺纤维化样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 530 | 2025-10-06 |
A clinical road map for single-cell omics
2025-Jul-10, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.06.009
PMID:40645168
|
综述 | 本文探讨单细胞组学技术从科研向临床转化的关键障碍与发展路线图 | 提出通过开发同时量化多种细胞类型特异性病理生理过程的组合生物标志物来指导临床决策的框架 | 单细胞技术尚未常规应用于临床医疗决策 | 识别阻碍单细胞组学临床部署的关键障碍并制定转化路线图 | 单细胞转录组学技术及其临床转化 | 生物信息学 | NA | 单细胞组学 | NA | 单细胞组学数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 531 | 2025-10-06 |
Metabolic alterations driven by LDHA in CD8 + T cells promote immune evasion and therapy resistance in NSCLC
2025-Jul-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-87361-5
PMID:40629035
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了LDHA驱动的CD8+T细胞代谢重编程在非小细胞肺癌免疫逃逸和治疗抵抗中的关键作用 | 首次系统描绘了NSCLC中CD8+T细胞的单细胞图谱，发现LTB+LDHA+CD8+T细胞亚群具有独特的代谢和免疫表型，并利用机器学习模型识别出与转移相关的关键基因 | 研究样本量相对有限（89例患者），且为回顾性分析 | 探究CD8+T细胞代谢重编程在非小细胞肺癌免疫逃逸和治疗抵抗中的作用机制 | 非小细胞肺癌患者的CD8+T细胞 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞转录组测序,空间转录组学,蛋白质组学,机器学习 | StepCox[forward]+Lasso等117种机器学习模型 | 单细胞转录组数据,批量转录组数据,空间转录组数据,蛋白质组数据 | 89例NSCLC患者的9个单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 532 | 2025-10-06 |
Duchenne Muscular Dystrophy Patient iPSCs-Derived Skeletal Muscle Organoids Exhibit a Developmental Delay in Myogenic Progenitor Maturation
2025-Jul-07, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14131033
PMID:40643552
|
研究论文 | 本研究利用杜氏肌营养不良症患者iPSCs衍生的3D骨骼肌类器官系统，揭示了肌源性祖细胞成熟发育延迟的现象 | 首次使用3D骨骼肌类器官系统模拟DMD疾病，发现肌源性祖细胞存在发育成熟延迟的创新发现 | 研究仅使用三个DMD患者iPSC系和两个非等基因健康对照，样本量有限 | 研究杜氏肌营养不良症中骨骼肌再生能力受损的机制 | 杜氏肌营养不良症患者iPSCs衍生的骨骼肌类器官 | 干细胞与类器官研究 | 杜氏肌营养不良症 | 单细胞RNA测序，3D类器官培养 | 3D骨骼肌类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 三个DMD患者iPSC系和两个非等基因健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 533 | 2025-10-06 |
TriCLFF: a multi-modal feature fusion framework using contrastive learning for spatial domain identification
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf316
PMID:40639417
|
研究论文 | 提出基于对比学习的多模态特征融合框架TriCLFF，用于空间转录组数据中的空间域识别 | 开发了基于对比学习的多模态特征融合框架，能有效整合空间关联、基因表达水平和组织学特征 | NA | 开发空间转录组数据分析方法，实现精确的空间域识别 | 小鼠大脑前部、小鼠嗅球、人背外侧前额叶皮层和人乳腺癌组织 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 对比学习 | 空间多模态数据 | 四个数据集 | 10x Genomics, BGI | 空间转录组学 | 10x Visium, Stereo-seq | 10x Visium空间转录组平台，Stereo-seq空间转录组技术 |
| 534 | 2025-10-06 |
High-resolution transcriptome atlas of bladder cancer highlights the functional myeloid subsets in modulating immune microenvironment
2025-Jul, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105801
PMID:40561775
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了膀胱癌中髓系细胞的功能亚群及其在调节肿瘤微环境中的作用 | 首次系统描绘了膀胱癌中TREM2+巨噬细胞和CMA1+肥大细胞等髓系细胞亚群的功能状态，并发现TREM2和APP作为免疫调节分子的新功能 | 样本量相对较小（11例患者），需要在更大队列中验证研究结果 | 深入探索膀胱癌肿瘤微环境中髓系细胞的功能特征和免疫调节机制 | 膀胱癌患者的肿瘤组织和正常膀胱组织，以及体外培养细胞和小鼠肿瘤模型 | 单细胞生物学 | 膀胱癌 | 单细胞转录组测序，密度梯度离心，体外培养，小鼠肿瘤模型，去卷积分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 11例膀胱癌患者的配对肿瘤和正常组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 535 | 2025-10-06 |
Single-Cell Analysis of Alternative Splicing and Gene Regulatory Network Reveals Remarkable Expression and Regulation Dynamics During Human Early Embryonic Development
2025-Jul, FASEB bioAdvances
IF:2.5Q3
DOI:10.1096/fba.2025-00075
PMID:40641848
|
研究论文 | 通过整合基因表达水平、选择性剪接、异构体转换和基因调控网络，系统研究人类早期胚胎发育中的基因表达动态 | 首次在单细胞水平系统整合基因表达、选择性剪接和调控网络分析人类早期胚胎发育动态 | 仅关注E3到E7阶段的胚胎发育，未涵盖更广泛的发育时期 | 揭示人类早期胚胎发育过程中基因表达的动态特征 | 人类早期胚胎（E3-E7阶段） | 单细胞组学 | 发育生物学 | 单细胞RNA测序 | 基因调控网络分析 | 单细胞转录组数据 | E3到E7阶段人类胚胎样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 536 | 2025-10-06 |
Prognostic Value of TBC1D1 and Its Relationship With the Tumor Microenvironment in Pancreatic Cancer: A Study Based on Single-Cell Sequencing
2025-Jul, FASEB bioAdvances
IF:2.5Q3
DOI:10.1096/fba.2025-00092
PMID:40641846
|
研究论文 | 本研究评估TBC1D1在胰腺癌中的预后价值及其与肿瘤微环境的关系 | 首次通过单细胞测序技术系统分析TBC1D1在胰腺癌不同细胞群体中的表达分布及其与肿瘤微环境的关联 | 样本量相对有限（168例患者），需要更大规模研究验证结果 | 评估TBC1D1在胰腺癌中的预后价值及其与肿瘤微环境的相互作用 | 胰腺癌患者组织样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 免疫组织化学, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 组织图像数据 | 168例胰腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 537 | 2025-10-06 |
Human neuron subtype programming via single-cell transcriptome-coupled patterning screens
2025-Jul-10, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adn6121
PMID:40638726
|
研究论文 | 通过单细胞转录组耦合模式筛选实现人类神经元亚型编程 | 结合形态发生素信号调控与转录因子过表达，首次系统筛选480种信号调节组合，通过单细胞转录组分析揭示神经元多样性 | 研究基于体外干细胞分化模型，与体内真实发育环境存在差异 | 探索人类神经元亚型编程的多样性及其调控机制 | 人多能干细胞分化的神经元 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 700,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 538 | 2025-10-06 |
Advancements in single-cell techniques for examining the HIV reservoir: pathways to a cure
2025-Jul-09, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00655-25
PMID:40488537
|
综述 | 本文综述了单细胞技术在HIV病毒储存库研究中的进展及其对治愈策略的推动作用 | 系统总结了单细胞测序、染色质可及性分析和多组学技术在研究HIV病毒储存库异质性和持久性机制中的应用 | NA | 探讨单细胞技术在揭示HIV病毒储存库特征和开发治愈策略中的应用 | HIV病毒储存库细胞，主要是静息CD4 T细胞和巨噬细胞等长寿细胞 | 单细胞生物学 | HIV感染 | 单细胞测序，染色质可及性分析，多组学技术 | NA | 基因组，转录组，表观基因组 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq，单细胞多组学 | NA | NA |
| 539 | 2025-10-06 |
Identification of a novel ferroptosis-induced immunogenic cell death related signature based on a machine learning framework in colorectal cancer
2025-Jul-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03147-1
PMID:40632358
|
研究论文 | 基于机器学习框架开发了铁死亡诱导的免疫原性细胞死亡相关特征，用于预测结直肠癌预后和肿瘤免疫环境 | 首次结合铁死亡和免疫原性细胞死亡开发特征模型，采用101种机器学习算法和WGCNA分析识别关键基因 | 外部验证数据集的AUC值相对较低(0.61和0.58)，需要更多临床验证 | 探索铁死亡与免疫原性细胞死亡在结直肠癌中的联合调控作用 | 结直肠癌患者样本 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序，机器学习算法，WGCNA分析，DESeq2差异分析 | RSF随机生存森林算法 | 转录组数据 | 多个数据集，包含正常和肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 540 | 2025-10-06 |
Leveraging machine learning models to evaluate immune infiltration in the ovarian cancer microenvironment: a single-cell analysis approach
2025-Jul-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03018-9
PMID:40632369
|
研究论文 | 本研究利用机器学习模型和单细胞RNA测序数据评估卵巢癌微环境中的免疫浸润状态 | 首次在单细胞水平构建机器学习模型预测卵巢癌免疫浸润状态，相比传统免疫评分方法具有更高准确性 | 研究基于公共数据库数据，缺乏前瞻性临床验证 | 建立客观的卵巢癌免疫浸润评估模型，为个体化免疫治疗提供依据 | 卵巢癌肿瘤微环境中的免疫细胞 | 机器学习 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | RandomForest, SVM | 基因表达数据 | 多个公共数据库中的卵巢癌样本（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |