单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-07-18	Unveiling the mechanisms of CEBPD-orchestrated TAM polarization through RGS2/PAR2 pathway and its impact on ICB efficacy in clear cell renal cell carcinoma 2025-Jul-13, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010898 PMID:40659446	研究论文	本研究揭示了CEBPD通过RGS2/PAR2通路调控肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）极化状态及其对免疫检查点阻断（ICB）疗效的影响	首次发现CEBPD通过RGS2/PAR2轴调控TAMs极化状态，并影响ICB治疗效果	研究主要基于体外实验和临床样本分析，缺乏更深入的体内机制验证	探索CEBPs在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）免疫微环境中调控TAMs极化的机制及其对ICB治疗的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肾细胞癌	单细胞转录组测序、Western blot、免疫荧光、体外极化实验、染色质免疫共沉淀测序、双荧光素酶报告基因检测、电泳迁移率变动分析	NA	转录组数据、蛋白质数据、临床样本数据	未明确提及具体样本数量，但包括ccRCC患者样本和体外实验数据
502	2025-07-18	The immunological and prognostic landscape of TFAP4 in cancer: A single-cell RNA sequencing perspective 2025-Jul-11, Archives of biochemistry and biophysics IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.abb.2025.110551 PMID:40653182	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多组学分析，探讨了TFAP4在多种癌症类型中的免疫学和预后意义	揭示了TFAP4在肿瘤微环境中的免疫抑制功能及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏实验验证	探究TFAP4在癌症中的免疫学和预后作用	多种癌症类型中的恶性上皮细胞	癌症研究	癌症	单细胞RNA测序, 多组学分析	NA	RNA测序数据	多种癌症类型的样本
503	2025-07-18	Spatiotemporal transcriptomic profiling reveals metabolic dysfunction prior to overt tauopathy in the PS19 mouse model 2025-Jul-10, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6941464/v1 PMID:40671812	研究论文	该研究利用PS19小鼠模型，通过时空转录组分析揭示了在明显tau病变之前出现的代谢功能障碍	揭示了在tau病变可检测之前，易感脑区（如CA3区）已出现代谢基因（如Pgk1）上调及代谢失调，并发现了区域特异性和时间动态的转录模式	研究仅使用了PS19转基因小鼠模型，可能无法完全反映人类神经退行性疾病的复杂性	探究区域易感性与tau病变前转录组变化之间的关系，以及代谢功能障碍在神经退行性疾病中的作用	PS19转基因小鼠模型（P301S tau突变）	神经科学	阿尔茨海默病	空间转录组分析	PS19转基因小鼠模型	转录组数据	PS19小鼠在不同疾病阶段的海马和皮质区域
504	2025-07-18	From scRNA-seq to therapeutic targets: Unveiling the impact of activated mast cells on intestinal dysfunction in acute pancreatitis 2025-Jul-07, World journal of gastroenterology IF:4.3Q1 DOI:10.3748/wjg.v31.i25.107865 PMID:40656612	评论	本文评论了一项关于急性胰腺炎中小肠单细胞转录组分析的研究，强调了激活的肥大细胞及其分泌的CCL5在肠道屏障功能障碍中的关键作用	研究通过整合scRNA-seq和功能分析，揭示了急性胰腺炎相关肠道损伤的细胞和分子机制	评论文章本身未进行实验研究，主要基于对已有研究的解读和未来方向的建议	探讨急性胰腺炎中肠道功能障碍的细胞和分子机制	急性胰腺炎患者的小肠组织	数字病理学	急性胰腺炎	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
505	2025-07-18	Single-cell transcriptome-wide Mendelian randomization and colocalization analyses uncover cell-specific mechanisms in atherosclerotic cardiovascular disease 2025-Jul-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.06.001 PMID:40555237	研究论文	本研究开发了一个单细胞转录组范围内的孟德尔随机化和共定位分析流程，用于揭示动脉粥样硬化性心血管疾病(ASCVD)中细胞特异性的机制	结合单细胞水平的顺式孟德尔随机化(MR)与共定位分析，克服了传统批量RNA测序在细胞特异性分辨率上的限制	单细胞表达数量性状位点(sc-eQTLs)数据集的样本量相对较小	发现驱动人类疾病遗传易感性的细胞特异性表达模式，以影响细胞定制疗法的靶点选择	14种免疫细胞类型	基因组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组织化学	孟德尔随机化(MR), 共定位分析	单细胞转录组数据, GWAS数据	14种免疫细胞类型的sc-eQTL数据集(样本量较小)
506	2025-07-18	Developmental Origins and Oncogenesis in Medulloblastoma 2025-Jul, Annual review of neuroscience IF:12.1Q1 DOI:10.1146/annurev-neuro-112723-061540 PMID:39952636	review	本文综述了髓母细胞瘤的发育起源和致癌机制，探讨了其分子亚群的细胞起源、可塑性和异质性	总结了单细胞转录组学研究在识别髓母细胞瘤潜在细胞谱系脆弱性和恶性转化机制方面的新发现	NA	理解髓母细胞瘤的细胞起源以预防肿瘤形成和复发	髓母细胞瘤及其分子亚群	肿瘤学	髓母细胞瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
507	2025-07-18	CD36 promotes iron accumulation and dysfunction in CD8+ T cells via the p38-CEBPB-TfR1 axis in earlystage hepatocellular carcinoma 2025-Jul, Clinical and molecular hepatology IF:14.0Q1 DOI:10.3350/cmh.2024.0948 PMID:40037690	研究论文	本文揭示了CD36通过p38-CEBPB-TfR1轴在早期肝细胞癌中促进CD8+ T细胞铁积累和功能失调的机制	首次发现CD36通过调节铁积累和脂质过氧化影响CD8+ T细胞功能的新机制，并提出了NRF2激活作为潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类HCC中的验证仍需进一步研究	探究早期肝细胞癌肿瘤微环境中CD8+ T细胞功能失调的机制	小鼠HCC模型中的CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	NA
508	2025-07-18	USP14-IMP2-CXCL2 axis in tumor-associated macrophages facilitates resistance to anti-PD-1 therapy in gastric cancer by recruiting myeloid-derived suppressor cells 2025-07, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03425-w PMID:40269263	研究论文	该研究揭示了USP14-IMP2-CXCL2轴在肿瘤相关巨噬细胞中通过招募髓系来源的抑制细胞促进胃癌抗PD-1治疗耐药性的机制	首次阐明了USP14通过去泛素化稳定m6A阅读器IMP2，从而增强CXCL2表达和分泌的分子机制，并提出了通过抑制USP14/IMP2/CXCL2信号轴增强抗PD-1治疗敏感性的新策略	研究主要基于临床样本和动物实验，尚未在更大规模的临床试验中验证	探究胃癌抗PD-1治疗耐药性的机制并寻找潜在治疗靶点	胃癌患者的肿瘤相关巨噬细胞和髓系来源的抑制细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	来自无法手术胃癌患者的内镜活检样本
509	2025-07-18	Angiopoietin-TIE2 feedforward circuit promotes PIK3CA-driven venous malformations 2025-Jul, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00655-9 PMID:40410415	research paper	该研究揭示了PIK3CA驱动的静脉畸形中血管生成素-TIE2正反馈回路的作用机制	发现了静脉特异性信号回路通过自分泌和旁分泌机制放大上游TIE2受体信号，促进疾病进展	mTOR阻断对晚期静脉畸形小鼠模型效果有限	探究PIK3CA相关静脉畸形的核心驱动机制并寻找潜在治疗靶点	PIK3CA突变导致的静脉畸形小鼠模型和人类静脉畸形样本	血管生物学	静脉畸形	单细胞转录组学、谱系追踪	小鼠疾病模型	基因表达数据	小鼠模型和人类静脉畸形样本（具体数量未说明）
510	2025-07-18	Mechanisms and therapeutic potential of epithelial-immune crosstalk in airway inflammation 2025-Jul, Expert review of clinical immunology IF:3.9Q2 DOI:10.1080/1744666X.2025.2514604 PMID:40452271	综述	本文探讨了上皮细胞与免疫细胞在气道炎症中的相互作用机制及其治疗潜力	详细讨论了单细胞测序技术在这一新兴领域的发现，并总结了单克隆抗体靶向治疗的最新进展	气道炎症的复杂病理生理学尚未完全阐明	探讨上皮细胞与免疫细胞在气道炎症中的相互作用机制及其治疗潜力	慢性鼻窦炎(CRS)、过敏性鼻炎(AR)、哮喘、囊性纤维化(CF)和慢性阻塞性肺病(COPD)等慢性气道炎症疾病	医学研究	气道炎症疾病	单细胞测序	NA	NA	NA
511	2025-07-18	Unveiling the Immune Landscape: Single-Cell Sequencing of Infectious Mononucleosis Patients 2025-Jul, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70491 PMID:40673701	研究论文	本研究利用单细胞测序技术分析了儿童传染性单核细胞增多症（IM）中的免疫动态，重点关注EB病毒与宿主的相互作用	揭示了EB病毒在B细胞亚群中的特异性感染模式，以及NK细胞亚群的不同反应，为EBV相关疾病的靶向治疗提供了新思路	研究主要针对儿科IM患者，结果可能不适用于其他年龄段或其他EBV相关疾病	阐明传染性单核细胞增多症的免疫病理学机制，探索EBV持久性与免疫逃逸的关系	儿童传染性单核细胞增多症患者	免疫学	传染性单核细胞增多症	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	未明确说明样本数量，研究对象为儿科IM患者
512	2025-07-17	Foxn3 is required to suppress aberrant ciliogenesis in nonphotoreceptor retinal neurons 2025-Jul-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2500871122 PMID:40663603	研究论文	本研究探讨了转录因子Foxn3在视网膜非感光神经元中抑制异常纤毛生成的作用	揭示了Foxn3作为关键转录抑制因子，通过直接结合并抑制纤毛基因及其转录激活因子的启动子，维持视网膜神经元纤毛结构的正确性	未明确Foxn3在人类视网膜疾病中的具体作用机制	探究Foxn3在视网膜神经元纤毛结构分化中的调控机制	视网膜非感光神经元（如双极细胞和无长突细胞）	分子生物学	视网膜疾病	条件性基因敲除、单细胞RNA测序、染色质分析、转录检测	Foxn3条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、电生理数据	Foxn3条件性敲除小鼠
513	2025-07-17	Leptin Aggravates Thoracic Aortic Dissection Through Impairment of Energy Metabolism in Nrip2+ Smooth Muscle Cells 2025-Jul-16, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202502027 PMID:40667784	研究论文	研究探讨了肥胖激素瘦素在胸主动脉夹层（TAD）中的作用及其通过影响血管平滑肌细胞（VSMCs）能量代谢加剧疾病的机制	发现了一种新型平滑肌细胞簇Nrip2，并揭示了其在抑制瘦素诱导的表型转换和增强线粒体能量代谢中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究瘦素如何通过影响血管平滑肌细胞的能量代谢加剧胸主动脉夹层的发病机制	瘦素、血管平滑肌细胞（VSMCs）、Nrip2平滑肌细胞簇	心血管疾病	胸主动脉夹层	单细胞RNA测序	瘦素敲除小鼠模型	基因表达数据	NA
514	2025-07-17	Chemotaxis overrides the killing response in alloreactive CTLs, providing vascular immune privilege during cellular rejection 2025-Jul-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI155191 PMID:40435228	研究论文	本文探讨了同种异体反应性细胞毒性T淋巴细胞（CTLs）在细胞排斥过程中通过趋化作用避免对移植血管内皮细胞的杀伤，从而维持血管免疫特权的机制	挑战了传统的细胞内在免疫特权观点，提出了一种细胞外在机制，即趋化作用在T细胞介导的排斥反应中保护移植血管	研究主要基于小鼠模型和人类肾移植样本，可能不适用于所有类型的移植或病理条件	揭示移植血管在T细胞介导的排斥反应中免受攻击的机制	移植内皮细胞（ECs）和细胞毒性T淋巴细胞（CTLs）	免疫学	移植排斥	转录组学分析、内皮-间质转化评估、共培养实验、活体显微镜检查、单细胞RNA-Seq	NA	转录组数据、显微镜图像、单细胞RNA-Seq数据	小鼠肾移植模型和人类肾移植样本
515	2025-07-17	The acute myeloid leukemia microenvironment impairs neutrophil maturation and function through NFκB signaling 2025-Jul-15, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024028199 PMID:40663784	研究论文	本研究探讨急性髓系白血病（AML）微环境如何通过NFκB信号通路损害中性粒细胞的成熟和功能	揭示了AML微环境通过NFκB信号通路导致中性粒细胞功能受损和免疫抑制的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类AML患者的验证数据有限	探究AML对健康造血系统特别是中性粒细胞功能的影响	AML微环境中的中性粒细胞	血液肿瘤学	急性髓系白血病	单细胞转录组学、细胞因子筛选、染色质重塑分析	AML小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	小鼠模型和AML患者样本（具体数量未明确说明）
516	2025-07-17	Endocrine Resistance Score Based on Three Key Genes Predicts Prognosis and Reveals Potential Therapeutic Targets for ER+HER2- Breast Cancer 2025-Jul-15, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70100 PMID:40664624	研究论文	本研究通过构建内分泌抗性细胞系和转录组分析，鉴定了三个关键基因CLEC3A、PCDH10和ST3GAL1，并开发了内分泌抗性评分（ERS）来预测ER+HER2-乳腺癌患者的预后	首次发现CLEC3A、PCDH10和ST3GAL1三个基因与内分泌抗性相关，并构建了ERS评分系统，为ER+HER2-乳腺癌提供了新的预后指标和治疗靶点	研究主要基于细胞系和小样本组织，尚未进行大规模临床验证	探索ER+HER2-乳腺癌内分泌抗性的分子机制并寻找预后标志物和治疗靶点	ER+HER2-乳腺癌细胞系和患者组织样本	肿瘤学	乳腺癌	转录组分析、单细胞RNA测序、Cox回归分析	nomogram模型	RNA-seq数据	内分泌抗性细胞系和患者组织样本（具体数量未明确说明）
517	2025-07-17	Mapping trait-associated cells with spatial transcriptomics 2025-Jul-15, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-025-00877-4 PMID:40664743	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
518	2025-07-17	scGPT: end-to-end protocol for fine-tuned retinal cell type annotation 2025-Jul-15, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01220-1 PMID:40665101	研究论文	本文提供了一个全面的指南，用于在单细胞RNA测序数据中微调scGPT进行细胞类型分类	利用基于transformer的架构，scGPT提供了一种灵活、可扩展的解决方案，用于高精度细胞类型注释，特别是在处理大规模数据集和罕见细胞群时	需要中级的生物信息学知识，且对Python和Linux的基本了解是必要的	提高单细胞研究中细胞类型注释的准确性和效率	单细胞RNA测序数据中的视网膜细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	transformer-based (scGPT)	单细胞RNA测序数据	自定义视网膜数据集
519	2025-07-17	Light-Regulated Reprogramming in Moss: SHMT1 Mediates Blue Light Enhancement of Cell Regeneration 2025-Jul-15, Plant, cell & environment DOI:10.1111/pce.70044 PMID:40665554	研究论文	本研究揭示了蓝光通过上调SHMT1基因促进植物细胞重编程的分子机制	首次发现蓝光通过上调SHMT1基因促进植物细胞重编程	研究仅在小立碗藓中进行，未在其他植物中验证	探究光条件与细胞重编程之间的分子关系	小立碗藓原生质体	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序、qRT-PCR	NA	基因表达数据	不同光照条件下培养24小时的原生质体样本
520	2025-07-17	Keratin 6A Overexpression in the Lymphovascular Invasion-Associated Tumor Subgroup Promotes Progression of Triple-Negative Breast Cancer 2025-Jul-14, Cancer research and treatment IF:4.1Q2 DOI:10.4143/crt.2025.423 PMID:40665712	研究论文	本研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）中与淋巴血管侵犯（LVI）相关的上皮调节因子及其在TNBC进展中的功能作用	首次发现KRT6A作为LVI阳性TNBC中的主导上皮亚群标记基因，并通过实验验证其通过Wnt/β-catenin信号通路促进EMT和转移的机制	研究主要基于实验室和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探索TNBC中与LVI相关的分子机制及其对疾病进展的影响	三阴性乳腺癌（TNBC）组织和细胞系	癌症研究	三阴性乳腺癌	单细胞测序、转录组分析、免疫组化染色、CCK8实验、伤口愈合实验、transwell实验、动物实验	NA	单细胞测序数据、转录组数据、临床样本数据	多个患者样本和细胞系，具体数量未明确说明