单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-05-06	Systems biology of Haemonchus contortus - Advancing biotechnology for parasitic nematode control 2025 Jul-Aug, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108567 PMID:40127743	综述	本文综述了Haemonchus contortus的分子生物学、遗传多样性及宿主-寄生虫相互作用的关键进展，并探讨了其在抗寄生虫药物和疫苗开发中的应用	整合了基因组学、转录组学和蛋白质组学技术，利用机器学习和人工智能驱动的蛋白质结构预测工具，以及单细胞测序和空间转录组学技术，深入解析宿主-寄生虫相互作用	未提及具体实验样本量或数据集的详细描述	推动寄生虫线虫控制技术的进步，解决全球抗寄生虫药物耐药性问题	Haemonchus contortus及其与宿主的相互作用	分子寄生虫学	寄生虫感染	基因组学、转录组学、蛋白质组学、单细胞测序、空间转录组学	机器学习算法、人工智能驱动的蛋白质结构预测	基因组、转录组、蛋白质组数据	NA
502	2025-04-25	Prenatally derived macrophages support choroidal health and decline in age-related macular degeneration 2025-Jul-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20242007 PMID:40261298	research paper	该研究揭示了人类脉络膜中免疫细胞的组成和空间分布，特别是两种具有不同FOLR2表达的巨噬细胞群在年龄相关性黄斑变性（AMD）中的变化	首次发现并描述了FOLR2+巨噬细胞在脉络膜健康中的作用及其在AMD中的减少和功能失调	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证可能不足	探究脉络膜免疫细胞在年龄相关性黄斑变性（AMD）中的作用	人类脉络膜和小鼠模型	digital pathology	age-related macular degeneration	3D multiplex immunofluorescence, single-cell RNA sequencing, flow cytometry	NA	image, RNA-seq data	NA
503	2025-04-23	scCorrect: Cross-modality label transfer from scRNA-seq to scATAC-seq using domain adaptation 2025-Jul, Analytical biochemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.ab.2025.115847 PMID:40154828	研究论文	提出了一种名为scCorrect的新型神经网络框架，用于从scRNA-seq到scATAC-seq的跨模态标签转移，以提高细胞类型注释的准确性	scCorrect通过两个阶段的操作解决了scRNA-seq和scATAC-seq数据之间的模态差异问题，包括数据对齐阶段和纠正网络训练阶段	未明确提及具体局限性，但可能包括对数据质量和规模的依赖	提高单细胞染色质可及性测序(scATAC-seq)中的细胞类型注释准确性	scRNA-seq和scATAC-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	神经网络	单细胞测序数据	多个数据集（未明确提及具体数量）
504	2025-04-20	Role of PRC2 in the stochastic expression of Aire target genes and development of mimetic cells in the thymus 2025-Jul-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20240817 PMID:40244172	研究论文	本文通过多组学单细胞方法和深度单细胞RNA测序，研究了Aire如何控制多种基因在少量Aire表达细胞中的转录，并揭示了PRC2在Aire介导的随机基因表达和模拟细胞发育中的关键作用	揭示了PRC2在Aire介导的随机基因表达和模拟细胞发育中的独立且关键的作用	研究主要基于单细胞测序技术，可能未涵盖所有相关细胞类型或基因	理解Aire在胸腺上皮细胞中的耐受性功能及其基因表达调控机制	胸腺髓质上皮细胞（mTECs）和Aire靶基因	分子生物学	NA	多组学单细胞方法、深度单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及少量Aire表达细胞
505	2025-04-15	Macrophage polarization-mediated PKM2/mTORC1/YME1L signaling pathway activation in fibrosis associated with Cardiorenal syndrome 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111664 PMID:39961408	研究论文	本文研究了巨噬细胞极化介导的PKM2/mTORC1/YME1L信号通路在心肾综合征相关纤维化中的作用	首次揭示了HIF-1α诱导的M1巨噬细胞极化通过PKM2/mTORC1/YME1L信号轴驱动肾纤维化的机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床样本验证不足	探索心肾综合征中肾纤维化的分子机制	巨噬细胞极化过程及其下游信号通路	分子病理学	心肾综合征	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CRISPR/Cas9基因编辑、慢病毒载体	CRS小鼠模型	基因表达数据、组织学图像	未明确说明具体样本数量，使用CRS小鼠模型和体外共培养系统
506	2025-04-15	Identification of potential biomarkers in cardiovascular calcification based on bioinformatics combined with single-cell RNA-seq and multiple machine learning analysis 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111705 PMID:40024421	研究论文	本研究通过生物信息学结合单细胞RNA测序和多种机器学习分析，识别心血管钙化的潜在生物标志物	结合单细胞RNA测序和多种机器学习方法识别新的心血管钙化生物标志物，并探索其与免疫过程的关联	研究样本量有限，且主要依赖公共数据集，需进一步实验验证	探索血管钙化的分子和遗传机制，识别相关生物标志物	巨噬细胞中的钙化标志物相关基因	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 机器学习, ELISA, 免疫组化	多种机器学习方法	基因表达数据	公共数据集GSE104140和GSE235995，以及GSE159677单细胞RNA测序数据
507	2025-04-15	Single-cell RNA sequencing reveals B cell dynamics and osteoclast activation in Talaromycosis-related bone destruction 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111708 PMID:40032159	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了马尔尼菲篮状菌病相关骨破坏中B细胞动态和破骨细胞活化的机制	首次使用单细胞RNA测序技术分析马尔尼菲篮状菌感染后小鼠胫骨骨髓中B细胞组成的变化，并探讨了其与骨破坏的潜在关联	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探索马尔尼菲篮状菌病引起的骨破坏及其潜在机制	马尔尼菲篮状菌感染的小鼠模型	单细胞测序	马尔尼菲篮状菌病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、Micro CT、流式细胞术、qRT-PCR、Western blot	NA	单细胞RNA测序数据、影像数据、蛋白质数据	小鼠模型(具体数量未明确说明)
508	2025-04-15	Therapeutic potential of Da Cheng Qi Decoction and its ingredients in regulating ferroptosis via the NOX2-GPX4 signaling pathway to alleviate and predict severe acute pancreatitis 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111733 PMID:40081545	research paper	本研究探讨了大承气汤及其成分通过调节NOX2-GPX4信号通路中的铁死亡来缓解和预测重症急性胰腺炎的治疗潜力	首次揭示了大承气汤通过NOX2/GPX4通路抑制铁死亡的机制，并开发了基于机器学习的预测模型和列线图用于急性胰腺炎风险评估	样本量相对有限（32名健康对照和87名AP患者），且需要进一步临床验证	阐明大承气汤对重症急性胰腺炎的保护作用机制，并建立急性胰腺炎风险评估的预测模型	胰腺腺泡细胞和急性胰腺炎患者	生物医学研究	急性胰腺炎	微阵列分析、机器学习算法（LASSO回归）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、HPLC分析	预测性列线图模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	32名健康对照和87名AP患者
509	2025-04-15	OTUB1 promotes glioma progression by stabilizing TRAF4 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111704 PMID:40090557	研究论文	本研究探讨了OTUB1在胶质瘤中的功能作用及其对TRAF4稳定性的影响，以寻找潜在的治疗靶点	揭示了OTUB1通过抑制TRAF4的泛素化来稳定TRAF4，从而促进胶质瘤细胞的增殖和侵袭	样本量较小（12名患者），且仅在LN229和U87MG细胞系中进行了体外实验	研究OTUB1在胶质瘤中的功能作用及其对TRAF4稳定性的影响，寻找潜在的治疗靶点	胶质瘤组织和细胞系（LN229和U87MG）	肿瘤生物学	胶质瘤	单细胞测序、Western blot、qPCR、免疫共沉淀、泛素化实验	裸鼠异种移植模型	测序数据、蛋白质表达数据	12名胶质瘤患者的20,145个胶质瘤细胞
510	2025-04-15	Fibroblast-derived versican exacerbates periodontitis progression by regulating macrophage migration and inflammatory cytokine secretion 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111755 PMID:40112905	研究论文	研究探讨了纤维母细胞衍生的Versican（VCAN）在牙周炎进展中的作用及其通过调节巨噬细胞迁移和炎症因子分泌加剧疾病的机制	首次揭示了VCAN在牙周炎中主要由纤维母细胞产生，并通过激活巨噬细胞的MAPK信号通路加剧炎症反应	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探讨VCAN在牙周炎中的病理作用及其调控机制	牙周炎中的纤维母细胞和巨噬细胞	分子病理学	牙周炎	RNA测序（bulk RNA和单细胞RNA测序）、定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）、免疫组织化学染色、免疫荧光染色	动物模型和细胞模型（L929细胞和RAW264.7细胞）	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及动物模型和细胞实验
511	2025-03-11	Corrigendum to "ScRNA-seq reveals trained immunity-engaged Th17 cell activation against Edwardsiella piscicida-induced intestinal inflammation in teleost" [Microbiol. Res. 289 (2024) 127912] 2025-Jul, Microbiological research IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.micres.2025.128137 PMID:40058996	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
512	2025-03-05	Mitigation of ischemia/reperfusion injury via selenium nanoparticles: Suppression of STAT1 to inhibit cardiomyocyte oxidative stress and inflammation 2025-Jul, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123119 PMID:39879840	研究论文	本文提出了一种通过静脉注射球形硒纳米颗粒（SeNPs）来缓解心肌梗死后缺血/再灌注损伤（I/RI）的策略	使用模板法合成的球形SeNPs具有显著的抗氧化和抗炎特性，能够破坏STAT1-ROS循环，从而保护线粒体呼吸并抑制caspase介导的心肌细胞凋亡	NA	研究目的是通过SeNPs缓解心肌梗死后缺血/再灌注损伤	心肌细胞和巨噬细胞	生物医学工程	心血管疾病	单细胞测序	NA	NA	NA