单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 820 篇文献，本页显示第 501 - 520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2025-10-06 |
SpotSweeper: spatially aware quality control for spatial transcriptomics
2025-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02713-3
PMID:40481362
|
研究论文 | 开发了一种名为SpotSweeper的空间感知质量控制方法，用于空间转录组学数据 | 首次提出利用局部邻域信息校正空间混杂效应，能够同时识别局部异常值和区域伪影 | NA | 解决空间转录组学数据质量控制问题 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium空间基因表达平台 |
| 502 | 2025-10-06 |
Cancer-Associated Fibroblasts: Heterogeneity, Cancer Pathogenesis, and Therapeutic Targets
2025-Jul, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70292
PMID:40656546
|
综述 | 系统阐述癌症相关成纤维细胞(CAFs)的异质性、在肿瘤发生发展中的作用机制及靶向治疗策略 | 整合单细胞多组学和空间转录组学最新发现，提出基于CAF亚型特异性的精准基质治疗路线图 | CAF功能双重性使治疗策略面临临床转化困难 | 探索CAFs在肿瘤微环境中的调控机制及靶向治疗潜力 | 癌症相关成纤维细胞(CAFs)及其亚型 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 单细胞多组学、空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 503 | 2025-10-06 |
KIL transcription factors facilitate embryo growth in maize by promoting endosperm elimination via lytic cell death
2025-Jul-01, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koaf162
PMID:40579219
|
研究论文 | 本研究揭示了KIL转录因子通过促进胚乳溶解性细胞死亡来调控玉米胚胎生长的机制 | 首次发现KIL1和KIL2两个NAC转录因子特异性调控胚乳邻近胚盾片区域的细胞死亡过程，并揭示了父本基因对胚乳细胞死亡的调控作用 | 研究主要聚焦于KIL转录因子的功能，对其他可能参与调控的因子和分子机制探索不够深入 | 探究玉米籽粒发育过程中胚乳细胞死亡的调控机制及其对胚胎生长的影响 | 玉米(Zea mays)籽粒发育过程中的胚乳组织和胚胎 | 植物发育生物学 | NA | 单细胞转录组分析，功能丧失突变体分析 | NA | 转录组数据，表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 504 | 2025-10-06 |
Exploring the sublayer formation process in layer V of the neocortex through two newly identified molecular markers
2025-Jul-01, Cerebral cortex (New York, N.Y. : 1991)
DOI:10.1093/cercor/bhaf174
PMID:40668607
|
研究论文 | 通过两个新分子标记探索新皮层第五层亚层形成过程 | 首次发现Pcp4和FoxO1作为定义新皮层第五层Va和Vb亚层的新型分子标记 | 研究主要关注晚期分化阶段，早期发育机制尚未完全阐明 | 揭示新皮层第五层神经元亚型多样化的分子机制 | 小鼠新皮层第五层兴奋性锥体神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, Dicer条件性基因敲除 | NA | 基因表达数据 | Dicer条件性敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 505 | 2025-10-06 |
Network-Guided Sparse Subspace Clustering on Single-Cell Data
2025-Jul-15, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1177/15578666251359688
PMID:40662619
|
研究论文 | 开发了一种网络引导的稀疏子空间聚类方法NetworkSSC，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别 | 在传统稀疏子空间聚类基础上整合了基因网络拉普拉斯矩阵的正则化项，能够捕捉基因间的功能关联 | 仅在九个单细胞RNA测序数据集上进行了比较分析，样本规模有限 | 解决单细胞数据高维特性导致的传统聚类方法效果不佳问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 稀疏子空间聚类 | 基因表达数据 | 九个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 506 | 2025-10-06 |
Integrative Single-Cell Analysis Decodes Gene Expression and Chromatin Accessibility in the Developing Human Fetal Brain
2025-Jul-15, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-025-05184-x
PMID:40663269
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和染色质可及性测序，系统解析人类胎儿大脑发育过程中的基因表达和染色质调控机制 | 首次构建人类胎儿大脑发育的单细胞多组学整合图谱，揭示神经细胞分化轨迹和动态调控机制 | 研究样本仅涵盖8-17周孕期的流产胎儿组织，样本来源有限 | 解析人类胎儿大脑发育过程中的细胞异质性、谱系关系和转录调控网络 | 8-17周孕期的人类胎儿脑组织 | 单细胞组学 | 神经发育疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 伪时间分析 | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | 流产胎儿脑组织（孕8-17周） | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 507 | 2025-10-06 |
SCassist: An AI Based Workflow Assistant for Single-Cell Analysis
2025-Jul-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf402
PMID:40650988
|
研究论文 | 开发了一个基于大型语言模型的R包SCassist，用于指导单细胞RNA测序数据分析 | 首次将大型语言模型集成到单细胞RNA测序分析工作流中，提供参数推荐和结果解释 | NA | 简化单细胞RNA测序数据分析流程，降低技术门槛 | 单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | LLM（大型语言模型） | 基因表达数据 | NA | Google, OpenAI, Meta | 单细胞RNA-seq | Gemini, GPT, Llama3 | 基于大型语言模型的单细胞分析辅助工具 |
| 508 | 2025-10-06 |
Single-cell spatial transcriptomics reveals immunotherapy-driven bone marrow niche remodeling in AML
2025-Jul-11, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adw4871
PMID:40632867
|
研究论文 | 本研究通过单细胞空间转录组学揭示了免疫治疗驱动的急性髓系白血病骨髓微环境重塑 | 整合单细胞RNA测序与单细胞空间转录组学数据，开发基于深度学习的图像分析方法，实现精确的转录本定位和细胞间距离量化 | 存在测序深度限制，需要整合多种技术来弥补数据不足 | 研究免疫治疗对AML骨髓微环境中细胞相互作用的影响 | 接受pembrolizumab和地西他滨治疗的急性髓系白血病患者骨髓样本 | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序, 单细胞空间转录组学, 深度学习图像分析 | CNN | 空间转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 509 | 2025-10-06 |
PIP4K2C inhibition reverses autophagic flux impairment induced by SARS-CoV-2
2025-Jul-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61759-1
PMID:40640184
|
研究论文 | 研究发现小分子抑制剂RMC-113通过抑制PIP4K2C和PIKfyve脂质激酶，逆转SARS-CoV-2诱导的自噬流障碍，从而抑制病毒复制 | 首次揭示PIP4K2C在SARS-CoV-2进入、RNA复制和组装/释放中的作用，并发现其与病毒非结构蛋白6结合调控自噬流 | 研究主要基于人类肺类器官模型，尚未进行体内验证 | 开发广谱抗病毒药物，研究SARS-CoV-2复制机制 | SARS-CoV-2和其他RNA病毒，人类肺类器官 | 病毒学 | COVID-19 | 脂质组学分析，蛋白质组学，单细胞转录组学，功能测定 | NA | 分子相互作用数据，基因表达数据，代谢物数据 | 人类肺类器官模型 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 510 | 2025-10-06 |
Mineralocorticoid receptor knockout alters hippocampal CA2 neurons to become like those in CA1
2025-Jul-10, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08378-0
PMID:40640339
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学方法发现盐皮质激素受体敲除会导致海马CA2神经元获得CA1样分子表型 | 首次揭示盐皮质激素受体在控制海马CA2神经元身份中的关键作用，证明其缺失会使CA2神经元转变为CA1样表型 | 研究主要关注发育阶段，对成年期的影响尚不明确 | 探究盐皮质激素受体敲除对海马CA2神经元命运的影响 | 小鼠海马CA2区域神经元 | 神经科学 | NA | 空间转录组学 | 条件性基因敲除模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 511 | 2025-10-06 |
Early developmental origins of cortical disorders modeled in human neural stem cells
2025-Jul-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61316-w
PMID:40634286
|
研究论文 | 本研究通过人类神经干细胞模型探索皮层障碍的早期发育起源 | 首次在人类神经干细胞中系统分析皮层和神经精神疾病风险基因的表达动态，揭示疾病特异性关键阶段和跨疾病信号汇聚机制 | 研究主要基于体外模型，与体内真实发育环境存在差异 | 探索人类端脑早期发育阶段在皮层障碍病因学中的作用 | 人类神经干细胞和皮层发育过程 | 发育神经生物学 | 皮层障碍，自闭症 | 单细胞转录组测序，基因表达分析 | 人类神经干细胞体外分化模型 | 基因表达数据，单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 512 | 2025-10-06 |
TCF7 functions as a prognostic biomarker in bladder cancer by strengthening EMT and stemness associated with TGF-β/SMAD3 signaling
2025-Jul, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-025-05241-y
PMID:40025258
|
研究论文 | 本研究探讨TCF7通过调控TGFBR1影响TGF-β/SMAD3通路，从而促进膀胱癌EMT和干细胞特性的机制 | 首次揭示TCF7通过转录调控TGFBR1影响TGF-β/SMAD3通路驱动膀胱癌EMT和干细胞特性的新机制 | TCF7在膀胱癌中的具体转录调控机制仍需进一步阐明 | 探究TCF7在膀胱癌进展中的作用及调控机制 | 膀胱癌 | 肿瘤生物学 | 膀胱癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 513 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing generates an atlas of normal tibia cartilage under mechanical loading conditions
2025-Jul, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-025-05234-x
PMID:40072674
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析机械负荷对胫骨软骨细胞的影响 | 首次在单细胞水平构建正常胫骨软骨在机械负荷条件下的图谱，并鉴定负荷相关枢纽基因 | 样本量有限（6名供体），仅分析胫骨特定区域 | 探究机械负荷对软骨细胞生物学过程的影响机制 | 人胫骨软骨组织样本 | 单细胞组学 | 骨关节疾病 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学染色 | NA | 单细胞转录组数据，图像数据 | 11个软骨组织样本（来自6名供体），132,685个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 514 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals that human milk feeding shapes neonatal immune cell interleukin signaling pathways in a nonrandomized clinical trial
2025-Jul, The American journal of clinical nutrition
DOI:10.1016/j.ajcnut.2025.04.024
PMID:40294751
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学分析比较母乳喂养和配方奶喂养婴儿的免疫细胞基因表达差异 | 首次使用单细胞RNA测序技术揭示母乳喂养对新生儿免疫细胞白介素信号通路的调节作用 | 非随机临床试验设计，样本量较小（n=9） | 表征母乳喂养与配方奶喂养婴儿循环免疫细胞亚群的基因表达差异 | 健康婴儿（3-3.5个月大）的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9名婴儿（6名母乳喂养，3名配方奶喂养） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 515 | 2025-10-06 |
Epitenon-derived progenitors drive fibrosis and regeneration after flexor tendon injury in a spatially-dependent manner
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60704-6
PMID:40593535
|
研究论文 | 本研究通过遗传谱系追踪和单细胞RNA测序技术，揭示了腱外膜来源的祖细胞在肌腱损伤后纤维化和再生过程中的关键作用 | 首次明确鉴定腱外膜作为肌腱损伤后纤维化和再生的重要祖细胞来源，并证明其空间依赖性功能 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 探究肌腱损伤修复过程中的细胞来源和机制 | 小鼠肌腱损伤模型和人类肌腱周围瘢痕组织 | 单细胞生物学 | 肌腱损伤 | 遗传谱系追踪，单细胞RNA测序，免疫荧光染色 | NA | 单细胞RNA测序数据，免疫荧光图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 516 | 2025-10-06 |
SLC3A2 as a key anoikis-related gene for prognosis and tumor microenvironment remodeling in melanoma
2025-Jul-11, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03125-7
PMID:40643718
|
研究论文 | 本研究通过整合机器学习和单细胞分析，鉴定SLC3A2作为黑色素瘤预后和肿瘤微环境重塑的关键失巢凋亡相关基因 | 首次系统评估101种机器学习算法组合构建黑色素瘤预后模型，并通过单细胞分析揭示失巢凋亡在肿瘤微环境重塑中的关键作用 | 研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证模型的临床适用性 | 识别黑色素瘤中失巢凋亡相关的预后标志物并探索其与肿瘤微环境的关系 | 黑色素瘤患者和细胞系 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 机器学习, shRNA敲低, 集落形成实验, Transwell迁移实验 | 随机生存森林, 梯度提升机, Cox回归 | 基因表达数据, 单细胞测序数据, 临床数据 | 多个黑色素瘤队列（TCGA, GSE19234, GSE22153, GSE65904）和单细胞数据集GSE215120 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 517 | 2025-10-06 |
Zwilch kinetochore protein affects the prognosis of cancer patients by participating in cell proliferation, enhancing cell communication, and reshaping the tumor microenvironment
2025-Jul-11, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02981-7
PMID:40643756
|
研究论文 | 本研究探讨Zwilch动粒蛋白通过参与细胞增殖、增强细胞通讯和重塑肿瘤微环境影响癌症患者预后的机制 | 首次系统揭示ZWILCH在多种癌症中的普遍高表达特征及其通过细胞通讯和肿瘤微环境重塑影响预后的新机制 | 研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证 | 探究ZWILCH在肿瘤发生发展中的作用机制及其临床意义 | 多种癌症类型及其肿瘤微环境 | 生物信息学 | 多种癌症 | 全转录组分析,空间转录组分析,单细胞转录组分析,GSEA,GSVA,KEGG富集分析,Aucell,全基因组CRISPR筛选 | 单变量Cox回归分析 | 转录组数据,功能蛋白数据 | 多种癌症患者样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 518 | 2025-10-06 |
Exploring the role of PANoptosis related genes in the prognosis of oral squamous cell carcinoma subtypes based on multi-omics analysis
2025-Jul-11, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03154-2
PMID:40643861
|
研究论文 | 基于PANoptosis相关基因通过多组学分析探索口腔鳞状细胞癌亚型的预后作用 | 首次基于PANoptosis相关基因对OSCC进行分子分型，并构建包含8个基因的预后模型 | 研究主要基于TCGA数据库，需要外部验证队列确认结果的普适性 | 探索PANoptosis相关基因在口腔鳞状细胞癌预后中的作用 | 口腔鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 口腔鳞状细胞癌 | RNA-seq, DNA甲基化测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR | Cox回归模型, 聚类算法 | 基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据 | TCGA数据库中的OSCC患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, DNA甲基化测序 | NA | NA |
| 519 | 2025-10-06 |
Construction of a macrophage-related prognostic signature and assessment of immune checkpoint inhibitor efficacy of HCC
2025-Jul-11, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-06937-3
PMID:40645977
|
研究论文 | 本研究构建了肝细胞癌中巨噬细胞相关的预后基因特征，并评估了其预测免疫检查点抑制剂疗效的能力 | 首次基于单细胞RNA测序构建了八基因巨噬细胞相关预后特征，并深入揭示了PLAUR通过PI3K/AKT/mTOR通路促进免疫抑制极化和肿瘤进展的机制 | 研究样本量有限，需要更多独立队列验证基因特征的临床适用性 | 开发肝细胞癌预后生物标志物和免疫检查点抑制剂疗效预测工具 | 肝细胞癌患者、巨噬细胞亚型、PLAUR基因功能 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 功能实验 | 预后模型, 细胞通讯分析 | 基因表达数据, 单细胞数据, 临床数据 | TCGA-LIHC队列和配对肝癌与正常肝组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 520 | 2025-10-06 |
Comprehensive analysis of Mendelian randomization and scRNA-seq identify key prognostic genes and relevant functional roles in colorectal cancer
2025-Jul-11, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-10354-x
PMID:40646181
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化和单细胞测序识别结直肠癌关键预后基因MMRN1和SLC6A19及其功能机制 | 首次结合孟德尔随机化分析与单细胞测序技术系统鉴定结直肠癌预后关键基因 | NA | 识别结直肠癌关键预后基因并探索其分子机制 | 结直肠癌相关基因和细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, qRT-PCR | 单变量Cox分析, 列线图模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |