单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2025-06-05	RETRACTION: Single-Cell Transcriptome Sequencing Analysis Reveals Intra-Tumor Heterogeneity in Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Jul, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24542 PMID:40358431	撤稿声明	该文章因提交和同行评审过程存在问题，且作者未回应验证肿瘤样本和细胞系来源的要求而被撤稿	NA	提交和同行评审过程被破坏，且作者未验证样本来源	NA	NA	NA	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组测序	NA	NA	NA
482	2025-06-04	Cell Fate Determination of the Potato Shoot Apex and Stolon Tips Revealed by Single-Cell Transcriptome Analysis 2025-Jul, Plant, cell & environment DOI:10.1111/pce.15459 PMID:40095217	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了马铃薯茎尖和匍匐茎尖的细胞命运决定机制	首次对马铃薯茎尖和匍匐茎尖进行单细胞RNA测序，揭示了23个不同的细胞簇及其转录差异，特别是激素相关基因的表达模式	NA	探究马铃薯茎尖和匍匐茎尖细胞在转录水平上的差异	马铃薯茎尖和匍匐茎尖的细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
483	2025-06-04	The integration of single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics reveals the tumor microenvironment and spatial organization of testicular diffuse large B-cell lymphomas 2025-Jul, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101475 PMID:40453362	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了睾丸弥漫性大B细胞淋巴瘤的肿瘤微环境空间组织结构	首次揭示了睾丸弥漫性大B细胞淋巴瘤中耗竭CD8 T细胞和B细胞的空间分布特征，并发现抑制E2F和CREB可作为潜在治疗靶点	研究样本仅来自一名患者，可能限制结果的普遍适用性	解析睾丸弥漫性大B细胞淋巴瘤的肿瘤微环境空间组织结构并探索潜在治疗靶点	睾丸弥漫性大B细胞淋巴瘤(PT-DLBCL)患者的肿瘤组织	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学, 染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	来自1名PT-DLBCL患者的19,559个单细胞
484	2025-06-03	Decoding the corneal immune microenvironment in healthy and diabetic mice during corneal wound healing 2025-Jul, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2025.02.010 PMID:40023495	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术解析了健康和糖尿病小鼠角膜在稳态和伤口愈合过程中免疫细胞的转录变化	首次建立了健康和糖尿病小鼠角膜伤口愈合过程中免疫细胞的全面单细胞RNA测序转录组图谱	研究仅针对小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究糖尿病角膜病变(DK)中免疫微环境的变化机制	健康和糖尿病小鼠的角膜免疫细胞	生物医学	糖尿病角膜病变	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	健康和糖尿病小鼠的角膜样本
485	2025-06-03	Investigating the molecular mechanisms and clinical potential of APO+ endothelial cells associated with PANoptosis in the tumor microenvironment of hepatocellular carcinoma using single-cell sequencing data 2025-Jul, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102402 PMID:40318262	研究论文	该研究利用单细胞RNA测序数据探索了肝细胞癌肿瘤微环境中与PANoptosis相关的APO+内皮细胞的分子机制及临床潜力	首次系统性地研究了PANoptosis在肝细胞癌肿瘤微环境中的细胞分布和功能，并揭示了APO+内皮细胞在改善预后和免疫治疗效果中的潜在机制	样本量相对较小（16例患者），且研究结果需要进一步的实验验证	探究PANoptosis在肝细胞癌肿瘤微环境中的具体功能和分子机制	肝细胞癌患者的肿瘤微环境细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	AUCell算法、CytoTRACE、scMetabolism	单细胞RNA测序数据	16例肝细胞癌患者的单细胞RNA测序样本
486	2025-05-30	Immune checkpoint inhibitor-associated pneumonitis: focus on diagnosis and underlying mechanisms 2025-Jul-01, Current opinion in pulmonary medicine IF:2.8Q2 DOI:10.1097/MCP.0000000000001175 PMID:40265506	review	本文综述了免疫检查点抑制剂（ICI）相关肺炎的诊断、风险因素和治疗策略，特别关注其潜在的病理生理机制	通过单细胞RNA测序和生物标志物（如自身抗体）的鉴定，增强了对ICI相关肺炎的理解，揭示了细胞介导和体液机制在病理生理中的作用	尽管皮质类固醇是治疗的一线药物，但类固醇难治性肺炎仍然常见且死亡率高	提供ICI相关肺炎的最新研究进展，以指导靶向治疗和未来研究方向	免疫检查点抑制剂（ICI）相关肺炎	NA	lung cancer	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
487	2025-05-27	Costunolide: Targeting endothelial cell PANoptosis to mitigate lung injury in acute pancreatitis mice 2025-Jul, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156767 PMID:40318531	research paper	本研究探讨了costunolide（COS）通过抑制内皮细胞PANoptosis来减轻急性胰腺炎（AP）小鼠肺损伤的治疗效果和机制	首次发现COS可作为新型ALDH2激活剂，通过抑制ZBP1介导的内皮细胞PANoptosis来治疗AP相关急性肺损伤（ALI），为AP相关ALI治疗提供了全新靶点	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未进行人体临床试验	探究COS对AP相关ALI的治疗效果及其分子机制	急性胰腺炎小鼠模型和人脐静脉内皮细胞	生物医学	急性胰腺炎和急性肺损伤	转录组测序、单细胞RNA测序、孟德尔随机化、分子对接、分子动力学模拟、Western blot、ELISA	小鼠急性胰腺炎模型和体外内皮细胞损伤模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本数量，但涉及健康小鼠、AP模型小鼠和人脐静脉内皮细胞
488	2025-05-27	Single-cell RNA sequencing in the study of human retinal organoids 2025-Jul, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110417 PMID:40320034	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在人类视网膜类器官研究中的应用及其在视网膜发育和疾病研究中的重要作用	scRNA-seq技术能够识别不同的细胞群体、揭示发育轨迹和视网膜疾病的分子特征，为视网膜神经发生、细胞多样性及退行性疾病的病理生理学提供了新见解	NA	探讨scRNA-seq在视网膜类器官研究中的应用及其对理解视网膜发育和疾病的贡献	人类视网膜类器官（ROs）	生物医学研究	视网膜退行性疾病	scRNA-seq, 空间转录组学, CRISPR筛选	NA	单细胞RNA测序数据	NA
489	2025-05-27	Calceolarioside B targets MMP12 in the tumor microenvironment to inhibit M2 macrophage polarization and suppress hepatocellular carcinoma progression 2025-Jul, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156805 PMID:40347889	研究论文	本研究探讨了Calceolarioside B通过靶向肿瘤微环境中的MMP12抑制M2巨噬细胞极化，从而抑制肝细胞癌进展的机制	首次发现Calceolarioside B作为MMP12的新型抑制剂，能够调节肿瘤微环境中的TAMs，为肝细胞癌治疗提供了新的靶向策略	研究主要基于小鼠模型和体外共培养系统，尚未在人体临床试验中验证	探究Calceolarioside B对肝细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的影响及其潜在靶点和调控机制	肝细胞癌（HCC）及其肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肝细胞癌	细胞热转移实验、小分子下拉实验、表面等离子体共振、单细胞RNA测序、TCGA数据分析	小鼠肝内移植HCC模型、巨噬细胞-HCC细胞共培养系统	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	NA
490	2025-05-27	Ophiopogonin C protects against acute lung injury by fatal sepsis through pyroptosis macrophage 2025-Jul, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156698 PMID:40397999	research paper	研究揭示了麦冬皂苷C通过抑制巨噬细胞焦亡来对抗致命性脓毒症引起的急性肺损伤的保护机制	发现麦冬皂苷C通过抑制DDX3X与NLRP3的相互作用来减少巨噬细胞焦亡，从而保护急性肺损伤	研究仅在小鼠模型和单细胞数据中进行，尚未进行人体临床试验	揭示麦冬皂苷C对致命性脓毒症引起的急性肺损伤的保护机制	小鼠模型和脓毒症患者的单细胞数据	医学研究	急性肺损伤	单细胞RNA测序、分子对接模型	小鼠脓毒症模型	实验数据、单细胞数据	小鼠模型及脓毒症患者的单细胞数据
491	2025-05-25	Unraveling the immune activation mechanisms of DAMPs in coronary artery disease through transcriptomic and single-cell analyses 2025-Jul, Cytokine IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cyto.2025.156952 PMID:40306092	研究论文	本研究通过转录组学和单细胞分析探讨了损伤相关分子模式（DAMPs）在冠状动脉疾病（CAD）中触发免疫激活的机制	揭示了P2RY14和IFIH1基因在CAD中的显著表达差异及其在免疫反应和炎症过程中的潜在作用，以及单细胞分析中免疫细胞的独特聚类模式	NA	探究DAMPs在CAD中触发免疫激活的机制	冠状动脉疾病（CAD）患者	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	转录组数据, 单细胞数据	来自GSE202625、GSE242046和GSE159677数据集的RNA-seq和单细胞RNA-seq数据
492	2025-05-25	Unveiling the spatiotemporal strategies of plants in response to biotic and abiotic stresses:A comprehensive review 2025-Jul, Plant physiology and biochemistry : PPB IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.plaphy.2025.109967 PMID:40315636	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）技术在研究植物应对生物和非生物胁迫的细胞水平响应中的应用	首次全面探讨了scRNA-seq和ST技术在植物环境胁迫响应研究中的应用，填补了先前综述的空白	植物组织解离的挑战限制了单细胞技术在植物研究中的广泛应用	揭示植物在细胞水平上应对环境胁迫的时空策略	植物细胞和组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据, 空间转录组数据	NA
493	2025-05-20	Spatial multi-omics analysis of metabolic heterogeneity in zebrafish exposed to microcystin-LR and its disinfection byproducts 2025-Jul-15, Water research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.watres.2025.123599 PMID:40209558	研究论文	本研究采用空间多组学方法，探究了斑马鱼暴露于微囊藻毒素-LR及其消毒副产物后的代谢异质性	首次将空间多组学技术应用于研究环境污染物对斑马鱼的代谢异质性影响	研究仅针对斑马鱼模型，结果可能无法完全反映对人类的影响	探究微囊藻毒素-LR及其消毒副产物的生物效应	斑马鱼	环境毒理学	NA	空间多组学（包括代谢组学、空间代谢组学和空间转录组学）	NA	代谢组数据和转录组数据	NA
494	2025-05-20	TransAnno-Net: A Deep Learning Framework for Accurate Cell Type Annotation of Mouse Lung Tissue Using Self-supervised Pretraining 2025-Jul, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108809 PMID:40315689	研究论文	提出了一种基于自监督预训练的深度学习框架TransAnno-Net，用于小鼠肺组织中细胞类型的准确注释	利用自监督预训练策略减少标注成本，并采用Transformer架构提高模型效率和可迁移性	需要在小规模标注数据集上进行微调，且在处理细胞类型不平衡问题时采用了随机过采样技术	开发一种高效且准确的单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法	小鼠肺组织的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肺癌	scRNA-seq	Transformer	基因表达数据	约100,000个细胞
495	2025-05-17	Hyperglycemia as driver of glioblastoma progression: Insights from Mendelian randomization and single-cell transcriptomics 2025-Jul-01, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2025.149636 PMID:40210146	研究论文	该研究通过孟德尔随机化和单细胞转录组学探讨高血糖与胶质母细胞瘤（GBM）进展之间的因果关系及其机制	首次结合孟德尔随机化和单细胞转录组学方法，揭示了高血糖通过改变肿瘤微环境和激活GBM相关通路促进GBM进展的机制	研究主要基于遗传关联分析和动物模型，需要进一步临床研究验证	探究高血糖与GBM进展之间的因果关系及其分子机制	GBM患者和小鼠模型	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因集富集分析(GSEA)	GBM小鼠模型	基因组数据、转录组数据	UK Biobank和FinnGen数据库的GWAS数据、GBM小鼠模型
496	2025-05-17	Ferroptosis and low-grade Glioma: The breakthrough potential of NUAK2 2025-Jul, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.04.035 PMID:40286882	研究论文	本研究通过整合多组学数据，探讨了铁死亡相关基因（FRGs）在低级别胶质瘤（LGG）预后和肿瘤微环境调控中的作用，特别关注NUAK2基因的关键作用	首次全面分析了FRGs在LGG中的预后价值，并确定了NUAK2基因作为肿瘤进展和免疫逃逸的关键驱动因子	需要在更大的队列中验证NUAK2的作用，并探索其作为生物标志物和治疗靶点的临床应用	探讨铁死亡相关基因在低级别胶质瘤预后和肿瘤微环境调控中的作用	低级别胶质瘤（LGG）患者	肿瘤基因组学	低级别胶质瘤	多组学数据分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、伪时间轨迹分析	NA	基因组数据、转录组数据	来自TCGA、CGGA和GEO数据库的多组学数据
497	2025-05-13	COL1A1-positive endothelial cells promote gastric cancer progression via the ANGPTL4-SDC4 axis driven by endothelial-to-mesenchymal transition 2025-Jul-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217731 PMID:40254092	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了COL1A1阳性内皮细胞通过ANGPTL4-SDC4轴促进胃癌进展的机制	首次建立了胃癌内皮细胞单细胞图谱，并发现COL1A1阳性内皮细胞亚群通过EndoMT过程促进肿瘤侵袭和转移	研究样本量相对较小（97例），且机制验证主要在细胞水平进行	探究内皮-间质转化（EndoMT）在胃癌进展中的具体作用和分子机制	胃癌患者样本中的内皮细胞	digital pathology	gastric cancer	scRNA-seq, ssGSEA, Monocle2, CellChat, 多重免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据	97例胃癌样本（来自6个scRNA-seq队列）
498	2025-05-13	Spatial lipidomics reveals sphingolipid metabolism as anti-fibrotic target in the liver 2025-Jul, Metabolism: clinical and experimental DOI:10.1016/j.metabol.2025.156237 PMID:40127860	研究论文	本研究通过空间脂质组学等方法揭示了鞘脂代谢作为肝脏抗纤维化靶点的重要性	首次结合空间脂质组学、转录组学和成像质谱细胞术等多组学方法，系统研究了鞘脂代谢在肝纤维化中的作用	研究样本量有限，且主要在动物模型和体外实验中进行验证	探究肝纤维化中脂毒性机制和鞘脂代谢的作用	SLD患者肝组织和3种小鼠模型	数字病理学	肝病	空间脂质组学、转录组学、成像质谱细胞术(IMC)、scRNA-seq	NA	组织样本、测序数据、质谱数据	SLD患者肝组织和3种小鼠模型
499	2025-05-13	Pan-cancer analysis reveals BAF complexes as immune-related biomarkers and validation in triple-negative breast cancer 2025-Jul-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123607 PMID:40194763	research paper	通过泛癌分析揭示BAF复合物作为免疫相关生物标志物，并在三阴性乳腺癌中进行验证	首次强调BAF复合物模型对患者预后的重要性，并证实BAF复合物在泛癌进展中作为免疫相关生物标志物的作用，特别是ACTL6A在三阴性乳腺癌中的双重作用	研究主要基于数据库分析，实验验证部分可能不足	解码特定BAF复合物在癌症病理、免疫和靶向治疗中的潜力	BAF复合物，特别是ACTL6A，在三阴性乳腺癌中的作用	digital pathology	breast cancer	RNA sequencing, single-cell RNA sequencing	BAFs model and nomogram	gene expression data	数据来自The Cancer Genome Atlas, Gene Expression Omnibus, 和 IMvigor210数据库
500	2025-05-13	Fibroblast to macrophage-like cell transition in renal inflammatory injury through the MR/CSF1 pathway induced by aldosterone 2025-Jul-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123627 PMID:40216224	research paper	该研究验证了成纤维细胞向巨噬细胞样细胞转变是参与肾脏炎症性损伤的巨噬细胞新来源	揭示了醛固酮通过MR/CSF1信号通路诱导成纤维细胞向巨噬细胞样细胞转变的新机制	研究主要基于大鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证有限	探究肾脏炎症性损伤中巨噬细胞的新来源及其机制	Wistar大鼠和人类慢性肾脏病患者的肾脏样本	肾脏病学	慢性肾脏病	流式细胞术、免疫荧光染色、单细胞RNA测序	动物模型（大鼠）和体外细胞模型	基因表达数据和免疫组织化学数据	Wistar大鼠分组实验和人类肾脏活检样本