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当前共找到 799 篇文献，本页显示第 481 - 500 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 481 | 2025-10-06 |
scRECL: representative ensembles with contrastive learning for scRNA-seq data clustering analysis
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf346
PMID:40671174
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研究论文 | 提出一种名为scRECL的对比集成学习方法用于单细胞RNA测序数据聚类分析 | 结合对比学习和集成学习方法，通过Siamese神经网络和多重图代表性元素选择来提高聚类鲁棒性 | NA | 开发鲁棒的单细胞RNA测序数据聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Siamese神经网络, 对比学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 482 | 2025-10-06 |
Anomaly detection in spatial transcriptomics via spatially localized density comparison
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf242
PMID:40662796
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研究论文 | 提出了一种名为Sardine的空间转录组学异常检测方法，用于识别不同条件下组织切片中空间局部化的表达变化 | 通过空间局部化密度估计来比较不同条件下细胞状态在相同空间位置的概率，能够更准确地识别空间局部化改变 | 论文未明确说明方法的计算复杂度或在大规模数据集上的性能限制 | 开发空间转录组数据分析方法，检测不同条件下组织中的空间局部化表达变化 | 小鼠大脑皮层损伤响应前后的组织样本和接受电疗的小鼠脊髓组织样本 | 空间转录组学 | 神经系统损伤 | 空间转录组测序 | 密度估计算法 | 空间基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间基因表达平台 |
| 483 | 2025-10-06 |
PPARγ controls ESCRT-dependent fibroblast-like synoviocyte exosome biogenesis and alleviates chondrocyte osteoarthritis mediated by exosomal ANXA1
2025-Jul, Journal of orthopaedic translation
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.jot.2025.06.008
PMID:40678612
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研究论文 | 本研究揭示运动通过上调PPARγ调控ESCRT依赖性成纤维样滑膜细胞外泌体生成，并通过外泌体ANXA1蛋白缓解骨关节炎 | 首次发现PPARγ通过ESCRT通路调控成纤维样滑膜细胞外泌体生成，并鉴定ANXA1为关键治疗性外泌体货物蛋白 | NA | 探索运动疗法缓解骨关节炎的分子机制及外泌体介导的细胞间通讯 | 成纤维样滑膜细胞和软骨细胞 | 细胞生物学 | 骨关节炎 | 单细胞转录组测序, 定量蛋白质组学, 数据非依赖性采集 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 484 | 2025-10-06 |
Rod-shaped microglia represent a morphologically distinct subpopulation of disease-associated microglia
2025-Jul-16, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03504-5
PMID:40671004
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研究论文 | 本研究在小鼠模型中鉴定了一种形态独特的杆状小胶质细胞亚群，并探讨其形成机制 | 首次发现杆状小胶质细胞是神经退行性疾病早期出现的独特活化亚群，其形成不依赖C1q介导的突触修剪机制 | 研究仅基于GCLC缺陷小鼠模型，尚未在其他神经退行性疾病模型中验证 | 探究小胶质细胞形态变化与基因表达谱的关联机制 | 谷胱甘肽缺陷诱导氧化应激的GCLC缺陷小鼠模型中的小胶质细胞 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单核RNA测序, 通路富集分析, 分子分析 | NA | 基因表达数据, 形态学数据 | GCLC缺陷小鼠皮质组织 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 485 | 2025-10-06 |
Campylobacter jejuni regulates cell cycle progression to potentiate host cell invasion
2025-Jul-16, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02348-z
PMID:40671100
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研究论文 | 本研究揭示了空肠弯曲菌通过调节宿主细胞周期进程来增强细胞入侵能力 | 首次发现空肠弯曲菌通过调控宿主细胞G1期来促进细菌入侵和炎症反应 | 研究主要使用INT 407细胞系，未在体内模型或原代细胞中验证 | 探究空肠弯曲菌如何通过调控宿主细胞周期来增强其致病性 | 空肠弯曲菌感染的INT 407人上皮细胞 | 细胞生物学 | 肠道感染 | 流式细胞术,单细胞RNA测序,RT-qPCR,共聚焦显微镜,ELISA | NA | 基因表达数据,细胞图像,细胞周期数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 486 | 2025-10-06 |
Vagal Stimulation Rescues HFpEF by Altering Cardiac Resident Macrophage Function
2025-Jul-15, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326236
PMID:40662221
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了经皮迷走神经刺激通过调节心脏驻留巨噬细胞功能改善射血分数保留型心衰的机制 | 首次发现tVNS通过改变心脏驻留巨噬细胞亚群的功能（减少CCR2+巨噬细胞及其Spp1表达，同时诱导TLF+/MHC2+巨噬细胞表达Igf1）来改善HFpEF | 研究基于小鼠模型，需要在人类患者中进一步验证 | 探究迷走神经刺激改善HFpEF的心脏驻留巨噬细胞机制 | HFpEF小鼠模型 | 心血管研究 | 心力衰竭 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，超声心动图 | NA | 基因表达数据，心脏功能数据 | 对照组、HFpEF+假刺激组、HFpEF+tVNS组小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 487 | 2025-10-06 |
Tumor-intrinsic ENO1 inhibition promotes antitumor immune response and facilitates the efficacy of anti-PD-L1 immunotherapy in bladder cancer
2025-Jul-15, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03464-x
PMID:40665335
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研究论文 | 本研究通过CRISPR筛选和RNA测序发现ENO1是膀胱癌抗PD-L1免疫治疗疗效的关键调控因子 | 首次发现ENO1通过SPPO-ITGA4/ITGB1通路调控CD8 T细胞功能和肿瘤相关巨噬细胞极化，揭示了肿瘤内在ENO1在免疫逃避中的新机制 | 研究主要聚焦于膀胱癌，其他癌症类型中的适用性需要进一步验证 | 探索膀胱癌免疫治疗耐药机制并寻找新的治疗靶点 | 膀胱癌样本和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 癌症免疫学 | 膀胱癌 | CRISPR-Cas9筛选, RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 临床膀胱癌样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 488 | 2025-10-06 |
Integration of scRNA-seq and ST-seq identifies hyperproliferative RRM2+ cells features and therapeutic targets in gastric cancer
2025-Jul-15, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06847-y
PMID:40665360
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组测序技术，识别胃癌中过度增殖的RRM2+细胞特征并发现治疗靶点 | 首次结合scRNA-seq和ST-seq技术系统解析胃癌中过度增殖细胞的表型可塑性，发现RRM2过表达的关键作用并验证其抑制剂奥沙利胺的抗肿瘤效果 | 样本量相对有限（40个scRNA-seq样本和6个ST样本），需要更大规模研究验证 | 探究胃癌中过度增殖细胞的特征及其在肿瘤进展中的作用机制 | 人类胃组织样本，涵盖肿瘤进展不同阶段 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 40个scRNA-seq样本和6个ST样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 489 | 2025-10-06 |
Paradigms, innovations, and biological applications of RNA velocity: a comprehensive review
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf339
PMID:40668554
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综述 | 本文对RNA速度的计算方法、创新应用和生物学意义进行了系统性综述 | 首次将RNA速度模型系统分类为稳态方法、轨迹方法和状态外推方法，并全面比较了各类方法的假设前提和计算策略 | 模型假设存在局限性，预处理流程和可视化方法仍需优化 | 梳理RNA速度领域的发展现状，为动态转录组研究提供实施指南 | RNA速度计算方法及其在生物学研究中的应用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Velocyto, scVelo等RNA速度模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 490 | 2025-10-06 |
Cardiac fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development in the murine heart via the collagen signaling pathway
2025-Jul-01, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.102305
PMID:40591485
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和细胞消融技术揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌和冠状动脉血管发育的机制 | 首次系统阐明心脏成纤维细胞通过胶原信号通路直接调控心肌细胞和血管内皮细胞发育的时空动态关系 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类心脏发育中验证；长期消融后的代偿机制仍需进一步研究 | 探究心脏发育过程中成纤维细胞对心肌和血管发育的调控作用 | 小鼠心脏发育过程中的成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞 | 发育生物学 | 心脏发育缺陷 | 单细胞mRNA测序、RNA染色、白喉毒素A消融系统 | NA | 单细胞RNA测序数据、组织染色图像 | 不同发育阶段的小鼠心脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 491 | 2025-10-06 |
Multi-Omics Analysis and Real-World Data Validation of Serine Metabolism-Related Genes in Colorectal Cancer
2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70721
PMID:40660426
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研究论文 | 通过多组学分析和真实世界数据验证，研究丝氨酸代谢相关基因在结直肠癌中的作用 | 首次对丝氨酸代谢相关基因进行泛癌分析，并在结直肠癌中深入探索其表达模式、预后意义及与肿瘤微环境的关联 | 研究主要基于公共数据库和回顾性队列，需要进一步前瞻性研究验证 | 阐明丝氨酸代谢相关基因在结直肠癌中的表达模式、遗传改变和临床意义 | 结直肠癌患者组织和细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组学、基因组学、表观遗传学、单细胞RNA测序、免疫组化 | NA | 基因表达数据、临床数据、单细胞测序数据 | TCGA和GTEx数据库中的泛癌数据，两个独立的结直肠癌真实世界队列 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 492 | 2025-10-06 |
Bayesian inference of fitness landscapes via tree-structured branching processes
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf193
PMID:40662787
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研究论文 | 提出了一种基于树结构分支过程的贝叶斯推理方法FiTree，用于从单细胞肿瘤突变树中学习适应性景观 | 将表型适应性参数化与贝叶斯推理方案结合，统一了癌症进展的概率图模型与群体遗传学 | 未明确说明模型的计算复杂度或在大规模数据集上的可扩展性限制 | 推断肿瘤进化中的适应性景观，理解突变间的表型相互作用 | 单细胞肿瘤突变树和急性髓系白血病数据集 | 计算生物学 | 急性髓系白血病 | 单细胞测序 | 树结构多类型分支过程模型，贝叶斯推理 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 493 | 2025-10-06 |
Fast and scalable Wasserstein-1 neural optimal transport solver for single-cell perturbation prediction
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf253
PMID:40662778
|
研究论文 | 提出一种基于Wasserstein-1的快速可扩展神经最优传输求解器，用于单细胞扰动预测 | 采用Wasserstein-1对偶公式简化优化过程，避免了复杂的极小极大优化问题，并通过对抗训练恢复传输映射 | W1对偶仅揭示传输方向，不直接提供唯一最优传输映射，需要额外步骤确定传输步长 | 开发快速可扩展的最优传输求解器用于单细胞扰动响应预测 | 单细胞扰动数据分布映射 | 机器学习 | NA | 最优传输理论，对抗训练 | 神经网络 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 494 | 2025-10-06 |
Incorporating hierarchical information into multiple instance learning for patient phenotype prediction with single-cell RNA-sequencing data
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf241
PMID:40662783
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研究论文 | 提出一种将层次信息整合到基于注意力的多示例学习框架中的新方法，用于单细胞RNA测序数据的患者表型预测 | 在基于注意力的多示例学习框架中同时考虑细胞和细胞类型的层次结构信息 | NA | 提高单细胞RNA测序数据患者表型预测的性能和可解释性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞和细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 基于注意力的多示例学习 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 495 | 2025-10-06 |
Refinement strategies for Tangram for reliable single-cell to spatial mapping
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf194
PMID:40662790
|
研究论文 | 本文改进了Tangram空间映射工具，通过多种策略提高单细胞到空间映射的可靠性 | 提出了四种改进策略：在信息基因子集上训练模型、应用细胞过滤、引入多种正则化形式以及整合邻域信息，显著提高了映射一致性 | 研究主要基于小鼠数据集，在其他物种或组织类型中的适用性需要进一步验证 | 提高单细胞RNA测序与空间转录组学数据整合的可靠性和一致性 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | Tangram模型改进 | 基因表达数据, 空间位置数据 | 真实和模拟的小鼠数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 496 | 2025-10-06 |
Predicting fine-grained cell types from histology images through cross-modal learning in spatial transcriptomics
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf201
PMID:40662792
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研究论文 | 提出一种跨模态统一表示学习框架CUCA，用于从组织学图像预测细粒度细胞类型 | 利用跨模态嵌入对齐范式协调形态学和分子模态的嵌入空间，弥合图像模式与分子表达特征之间的差距 | NA | 从组织学图像识别细粒度细胞类型，为肿瘤生物学研究提供见解 | 细胞类型识别和空间组织结构分析 | 数字病理学 | 肿瘤 | 跨模态表示学习 | 跨模态统一表示学习框架 | 组织学图像、空间转录组数据 | 三个数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 497 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics deconvolution methods generalize well to spatial chromatin accessibility data
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf268
PMID:40662813
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研究论文 | 本研究评估了空间转录组学反卷积方法在空间染色质可及性数据上的适用性 | 首次系统评估RNA反卷积方法在染色质可及性数据上的表现，并开发了跨模态模拟框架 | RNA反卷积方法在解析稀有细胞类型时表现略优于染色质可及性方法，表明仍需开发专门方法 | 验证空间转录组反卷积方法在空间染色质可及性数据上的通用性 | 空间染色质可及性数据和空间转录组数据 | 空间组学 | NA | 空间染色质可及性分析, 空间转录组学, 单细胞多组学 | Cell2location, RCTD | 空间染色质可及性数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 空间染色质可及性分析, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 498 | 2025-10-06 |
Research advances in intramuscular fat deposition and chicken meat quality: genetics and nutrition
2025-Jul-16, Journal of animal science and biotechnology
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s40104-025-01234-5
PMID:40665461
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综述 | 本文综述了过去十年间遗传学和营养学调控鸡肉质性状的研究进展，重点关注肌内脂肪沉积机制 | 单细胞RNA测序揭示肌细胞是鸡肌内脂肪新生合成的主要场所；首次发现LncHLFF通过外泌体机制促进异位肌内脂肪沉积；发现miR-27b-3p和miR-128-3p通过靶向PPARG抑制脂肪生成；营养基因组学研究显示果糖通过激活ChREBP增强肌内脂肪沉积 | NA | 改善肉鸡肉质性状，同时保证生长性能 | 肉鸡 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 499 | 2025-10-06 |
High-resolution mapping of single cells in spatial context
2025-Jul-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61667-4
PMID:40664667
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研究论文 | 开发了一种名为CMAP的方法，通过整合单细胞和空间数据实现大规模单个细胞到精确空间位置的映射 | 采用分治策略整合单细胞和空间数据，有效处理两种数据间的不一致性，实现完整单细胞分辨率 | NA | 解决空间转录组技术中基因恢复不足和难以实现完整单细胞分辨率的问题 | 组织微环境中的细胞 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学，单细胞测序 | 分治策略 | 单细胞数据，空间数据 | 模拟和真实数据集 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 500 | 2025-10-06 |
Exploring the mechanism of metabolic cell death-related genes AKR1C2 and MAP1LC3A as biomarkers in Parkinson's disease
2025-Jul-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-11481-1
PMID:40664780
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研究论文 | 本研究通过整合帕金森病相关差异表达基因和代谢性细胞死亡相关基因，鉴定AKR1C2和MAP1LC3A作为帕金森病的潜在生物标志物 | 首次系统分析代谢性细胞死亡相关基因在帕金森病中的作用，并鉴定出AKR1C2和MAP1LC3A作为新型生物标志物 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证 | 探索代谢性细胞死亡相关基因在帕金森病发病机制中的作用 | 帕金森病患者基因表达数据 | 生物信息学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序, 机器学习, 蛋白质相互作用网络分析 | 机器学习 | 基因表达数据 | GSE7621数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |