本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 461 | 2025-10-06 |
Deciphering Immunosenescence From Child to Frailty: Transcriptional Changes, Inflammation Dynamics, and Adaptive Immune Alterations
2025-Jul, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70082
PMID:40285422
|
研究论文 | 通过整合分析儿童至衰弱老年人的PBMC转录组数据,揭示免疫衰老的复杂动态变化 | 首次结合bulk-cell和单细胞RNA-seq数据,系统描绘从儿童到衰弱老年人全年龄段的免疫衰老轨迹 | 样本年龄跨度大但具体样本数量未明确说明,缺乏功能验证实验 | 研究年龄相关的免疫系统变化,特别是免疫衰老过程 | 外周血单个核细胞(PBMCs),涵盖从儿童到衰弱老年人的不同年龄段人群 | 生物信息学 | 老年疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | 从儿童到衰弱老年人的PBMC样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 462 | 2025-10-06 |
C-COUNT: a convolutional neural network-based tool for automated scoring of erythroid colonies
2025-Jul, Experimental hematology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.exphem.2025.104786
PMID:40287006
|
研究论文 | 开发基于卷积神经网络的自动化红细胞集落计数工具C-COUNT | 首次将卷积神经网络应用于红细胞集落形成单位(CFU-e)检测的自动化评分 | 未明确说明模型在更广泛实验条件下的泛化能力 | 解决红细胞集落形成检测中人工计数耗时且易出错的问题 | 红细胞集落形成单位(CFU-e)集落 | 计算机视觉 | 血液疾病 | 自动显微镜成像 | CNN | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 463 | 2025-10-06 |
Spatial Analysis Identifies CD147 as a Novel Marker of High-Grade Childhood Posterior Fossa Ependymoma
2025-Jul, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2025.104175
PMID:40250710
|
研究论文 | 通过空间表型分析发现CD147是儿童后颅窝高级别室管膜瘤的新型标志物 | 首次在儿童PFA-EPN中通过空间表型分析鉴定CD147作为高级别肿瘤的新型标志物,并揭示CD147+小胶质细胞在肿瘤进展中的关键作用 | 样本量较小(G2 n=5,G3 n=7),仅针对后颅窝A型室管膜瘤 | 研究儿童后颅窝室管膜瘤肿瘤微环境的空间异质性及其与肿瘤分级的关系 | 儿童后颅窝A型室管膜瘤(WHO 2级和3级)肿瘤样本 | 数字病理学 | 室管膜瘤 | 多重免疫荧光,单细胞RNA测序 | 空间表型分析 | 图像,基因表达数据 | 12例肿瘤样本(5例G2,7例G3) | NA | 空间表型分析,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 464 | 2025-10-06 |
Asperosaponin VI Promotes Osteoporotic Fracture Healing by Targeting Piezo1 to Enhance the Coupling of LEPR+ BMSCs and PODXL+ ECs
2025-Jul, Phytotherapy research : PTR
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/ptr.8523
PMID:40393465
|
研究论文 | 本研究揭示了Asperosaponin VI通过靶向Piezo1增强LEPR+ BMSCs与PODXL+ ECs的偶联,促进骨质疏松性骨折愈合 | 首次发现Asperosaponin VI可靶向Piezo1激活Piezo1/ERK1/2/YAP/VEGF信号通路,促进骨形成和血管生成的偶联 | 研究主要基于动物模型,临床转化效果需进一步验证 | 阐明骨质疏松性骨折的分子发病机制并开发新的治疗方案 | LEPR+骨髓间充质干细胞和PODXL+内皮细胞 | 分子生物学 | 骨质疏松性骨折 | 单细胞RNA测序,分子对接,CETSA,DARTS,三维培养,免疫荧光,流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据,蛋白质表达数据 | 卵巢切除结合股骨骨折小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 465 | 2025-10-06 |
Role of Defense/Immunity Proteins in Non-Obstructive Azoospermia: Insights from Gene Expression and Single-Cell RNA Sequencing Analyses
2025-Jul, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.)
DOI:10.1007/s43032-025-01916-5
PMID:40537735
|
研究论文 | 通过基因表达和单细胞RNA测序分析探讨防御/免疫蛋白在非梗阻性无精子症中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序确认免疫相关基因在睾丸不同细胞群体中的差异表达 | 研究基于现有数据集分析,需要进一步实验验证 | 探讨免疫失调在非梗阻性无精子症发病机制中的作用 | 非梗阻性无精子症患者睾丸组织和细胞 | 生物信息学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序, 基因表达分析 | 差异表达分析 | 基因表达数据 | 多个数据集中的睾丸组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 466 | 2025-10-06 |
Single-cell mutational burden distributions in birth-death processes
2025-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013241
PMID:40623094
|
研究论文 | 本文通过引入动力学矩阵分析单细胞突变负荷分布与位点频率谱、细胞分裂分布之间的关系 | 开发了新的数学框架——动力学矩阵,首次统一分析三种突变统计分布并推导了死亡情况下的近似表达式 | NA | 研究肿瘤细胞群体中突变积累的统计分布规律 | 肿瘤细胞群体的突变分布 | 计算生物学 | 癌症 | 单细胞测序 | 动力学矩阵 | 突变数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 467 | 2025-10-06 |
Age-dependent accumulation of mitochondrial tRNA mutations in mouse kidneys linked to mitochondrial kidney diseases
2025-Jul, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-00909-y
PMID:40579478
|
研究论文 | 本研究通过基因编辑技术创建携带线粒体tRNA突变的小鼠模型,揭示了这些突变在肾脏中的年龄依赖性积累规律及其与线粒体肾病的关系 | 首次利用DddA衍生的胞嘧啶碱基编辑器技术构建多种致病性线粒体tRNA突变小鼠模型,并结合多组学技术揭示肾脏不同细胞类型的异质性突变动态 | 研究仅限于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究线粒体DNA突变在衰老过程中的组织特异性积累模式及其与线粒体肾病的机制联系 | 携带三种不同致病性线粒体tRNA突变的基因编辑小鼠模型 | 生物医学 | 线粒体肾病 | DddA-derived cytosine base editor, mtscATAC-seq, 单细胞RNA测序, 空间增强分辨率组学测序 | 基因编辑小鼠模型 | 基因组数据, 转录组数据, 表观基因组数据 | 三种不同突变类型的小鼠模型 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 线粒体单细胞转座酶可及染色质测序(mtscATAC-seq) |
| 468 | 2025-10-06 |
Interleukin (IL)-34 promotes the inflammatory role of IL-1β-producing myeloid cells in pemphigus lesions
2025-Jul-17, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf130
PMID:40203120
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现IL-34通过促进IL-1β产生髓系细胞在天疱疮皮损异位淋巴样结构形成中发挥关键作用 | 首次揭示IL-1β产生巨噬细胞是天疱疮皮损中主要髓系亚群,并发现IL-34/CSF-1R通路在驱动局部炎症中的新机制 | 研究主要基于体外实验和测序数据,需要进一步体内功能验证 | 探究髓系细胞在天疱疮皮损异位淋巴样结构形成中的作用及潜在治疗靶点 | 天疱疮皮肤病变组织中的髓系细胞和角质形成细胞 | 免疫学 | 天疱疮 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 免疫荧光, 流式细胞术, 批量RNA测序, Transwell趋化实验 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据, 细胞培养数据 | 天疱疮皮肤病变组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 469 | 2025-10-06 |
An unbiased genomewide screen uncovers 7 genes that drive hematopoietic stem cell fate from mouse embryonic stem cells
2025-Jul-17, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024027742
PMID:40209065
|
研究论文 | 通过全基因组CRISPR激活筛选发现7个驱动小鼠胚胎干细胞向造血干细胞分化的关键基因 | 首次采用无偏见的全基因组CRISPR激活筛选方法,在胚胎干细胞中胚层分化阶段鉴定出7个能够诱导造血干细胞生成的新基因 | 研究仅限于小鼠胚胎干细胞模型,尚未在人类细胞中验证 | 探索调控造血干细胞体外生成的分子机制 | 小鼠胚胎干细胞及其分化产生的造血干细胞和祖细胞 | 干细胞生物学 | 血液系统疾病 | CRISPR激活筛选、单细胞RNA测序、胚胎体分化 | NA | 基因表达数据、移植实验数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 470 | 2025-10-06 |
ER-phagy Activation by AMFR Attenuates Cardiac Fibrosis Post-Myocardial Infarction via mTORC1 Pathway
2025-Jul-17, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202504552
PMID:40673870
|
研究论文 | 本研究揭示AMFR通过激活ER-phagy抑制心肌梗死后心脏纤维化的机制 | 首次发现AMFR通过催化FAM134B泛素化增强ER-phagy活性,进而抑制mTORC1通路减轻心脏纤维化 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究ER-phagy在心肌梗死后心脏纤维化中的作用机制 | 小鼠心脏组织、心脏成纤维细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, TGF-β1刺激实验 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 小鼠心脏组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 471 | 2025-10-06 |
Systemic administration of an RNA binding and cell-penetrating antibody targets therapeutic RNA to multiple mouse models of cancer
2025-Jul-16, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adk1868
PMID:40668891
|
研究论文 | 开发了一种肿瘤靶向、细胞穿透和RNA结合的单克隆抗体TMAB3,能够形成稳定的抗体/RNA复合物,实现RNA在多种癌症模型中的特异性递送 | 首次报道了能够同时结合RNA、穿透细胞并靶向肿瘤的抗体平台,实现了RNA在肿瘤细胞中的特异性递送 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人体中进行验证 | 开发能够特异性递送治疗性RNA到肿瘤细胞的抗体平台 | 胰腺癌、髓母细胞瘤和黑色素瘤的小鼠模型 | 癌症治疗 | 胰腺癌,髓母细胞瘤,黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | RNA测序数据,流式细胞数据 | 多种小鼠癌症模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 472 | 2025-10-06 |
A Machine Learning-Based Strategy Predicts Selective and Synergistic Drug Combinations for Relapsed Acute Myeloid Leukemia
2025-Jul-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3840
PMID:40354625
|
研究论文 | 开发基于机器学习的策略预测复发急性髓系白血病的个性化和协同药物组合 | 利用单细胞转录组学和单药反应谱通过机器学习预测个性化药物组合,针对治疗耐药白血病细胞 | 初步实验阶段,需要更多临床验证 | 改善复发/难治性急性髓系白血病患者的治疗结果 | 急性髓系白血病患者样本 | 机器学习 | 急性髓系白血病 | 单细胞转录组学,药物反应分析 | 机器学习 | 基因表达数据,药物反应数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 473 | 2025-10-06 |
Blocking calcium-MYC regulatory axis inhibits early dedifferentiation of chondrocytes and contributes to cartilage regeneration
2025-Jul-15, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04483-3
PMID:40660304
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了软骨细胞早期去分化的钙-MYC调控轴机制,并提出抑制钙信号可促进软骨再生 | 首次发现钙内流通过下调MYC表达导致SOX5/SOX6水平降低,从而驱动软骨细胞早期去分化,为优化软骨再生系统提供了新策略 | 研究主要基于体外扩增的耳廓软骨细胞,尚未在体内模型或临床样本中验证 | 阐明软骨细胞去分化的分子机制并探索促进软骨再生的新方法 | 体外扩增的耳廓软骨细胞 | 组织工程 | 软骨缺损 | 单细胞测序, 转座酶可及染色质测序 | NA | 单细胞RNA测序数据, 染色质可及性数据 | 不同传代次数的软骨细胞(P3和P6) | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 474 | 2025-10-06 |
Exploring the Role of Cuproptosis-related Genes in Acute Myeloid Leukemia Through WGCNA, Single-cell Sequencing and Experiments
2025-Jul-15, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证探讨了铜死亡相关基因在急性髓系白血病中的作用机制 | 首次将WGCNA、单细胞测序与实验验证相结合,系统研究铜死亡在AML中的作用,并发现TLR4和NCF2作为新的生物标志物 | 样本量相对有限,需要更多独立队列验证研究结果 | 探索铜死亡在急性髓系白血病发生发展中的作用机制并寻找相关生物标志物 | 急性髓系白血病患者和THP-1细胞系 | 生物信息学 | 急性髓系白血病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, WGCNA, RT-qPCR, RNA干扰 | NA | 基因表达数据, 单细胞数据 | 151例AML患者, 70例健康对照, 10例AML患者单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 475 | 2025-10-06 |
ZEB2 is a master switch controlling the tumor-associated macrophage program
2025-Jul-14, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.021
PMID:40215981
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据和CRISPR筛选,构建了肿瘤相关巨噬细胞的调控网络,并鉴定ZEB2为其主调控因子 | 首次使用深度生成模型构建基因扰动网络,鉴定ZEB2为肿瘤相关巨噬细胞程序的主调控开关 | NA | 揭示肿瘤相关巨噬细胞的调控机制并寻找潜在治疗靶点 | 肿瘤相关巨噬细胞 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序, CRISPR筛选, 深度生成模型 | 深度生成模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 476 | 2025-10-06 |
Human adipose-derived mesenchymal stem cell-derived exosomes induce epithelial remodeling and anti-scar healing revealed by single-cell RNA sequencing
2025-Jul-14, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03548-y
PMID:40660260
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示人脂肪来源间充质干细胞外泌体诱导上皮重塑和抗瘢痕愈合的机制 | 首次在单细胞分辨率下揭示hADSC-Exos通过调控淋巴增强子结合因子1增殖角质形成细胞的上皮-间质可塑性促进无瘢痕愈合 | 研究仅关注术后第14天的时间点,缺乏动态过程分析 | 探究hADSC-Exos促进无瘢痕伤口愈合的分子机制 | 成年野生型小鼠和hADSC-Exos处理小鼠的伤口组织 | 单细胞组学 | 伤口愈合障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 野生型和hADSC-Exos处理小鼠在术后14天的伤口组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 477 | 2025-10-06 |
Targeted Inhibition of cGAS/STING signaling induced by aberrant R-Loops in the nucleus pulposus to alleviate cellular senescence and intervertebral disc degeneration
2025-Jul-14, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03579-5
PMID:40660286
|
研究论文 | 本研究通过靶向抑制cGAS/STING信号通路来缓解细胞衰老和椎间盘退变 | 首次发现R-Loops异常积累通过cGAS/STING信号通路诱导髓核细胞衰老,并开发了靶向纳米递送平台 | 研究主要基于大鼠穿刺模型,临床转化需进一步验证 | 探索椎间盘退变的发病机制并开发治疗策略 | 髓核细胞和椎间盘组织 | 分子生物学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序,纳米递送技术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 478 | 2025-10-06 |
DnaK of Parvimonas micra extracellular vesicles interacts with the host fibroblasts BAG3-IKK-γ axis to accelerate TNF-α secretion in oral lichen planus
2025-Jul-14, Microbiome
IF:13.8Q1
DOI:10.1186/s40168-025-02151-5
PMID:40660385
|
研究论文 | 本研究揭示了小单胞菌细胞外囊泡通过DnaK-BAG3-IKK-γ轴抑制自噬并促进TNF-α分泌的口腔扁平苔藓发病机制 | 首次发现小单胞菌是口腔扁平苔藓的关键病原体,并阐明其细胞外囊泡通过DnaK-BAG3-IKK-γ分子轴调控成纤维细胞功能的机制 | NA | 探究口腔扁平苔藓的发病机制,特别关注口腔微生物与宿主细胞的相互作用 | 口腔扁平苔藓患者和健康个体的口腔黏膜组织、唾液样本及成纤维细胞 | 微生物组学 | 口腔扁平苔藓 | 微生物组分析, 单细胞RNA测序, 网络分析, 随机森林分析, NetShift分析, 共培养实验 | NA | 微生物组数据, 单细胞RNA测序数据, 蛋白质相互作用数据 | 口腔扁平苔藓患者和健康个体的多个口腔部位样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 479 | 2025-10-06 |
A scRNA-seq reference contrasting living and early post-mortem human retina across diverse donor states
2025-Jul-14, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-025-00796-9
PMID:40660409
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序建立了活体与早期死后人类视网膜的对比参考图谱 | 首次系统比较活体与死后人类视网膜的单细胞转录组差异,发现ELF1-mlCone光感受器新亚群 | 样本数量相对有限,仅包含9个样本 | 建立人类视网膜单细胞参考图谱,比较活体与死后组织的转录组差异 | 人类视网膜组织 | 单细胞基因组学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | scVI, Leiden聚类, RNA velocity, CellChat | 单细胞转录组数据 | 106,829个单细胞,来自9个未冷冻人类视网膜样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics 3' RNA-seq |
| 480 | 2025-10-06 |
Molecular pathology of acute spinal cord injury in middle-aged mice
2025-Jul-13, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03494-4
PMID:40653490
|
研究论文 | 本研究比较了年轻和中年小鼠在急性脊髓损伤后的行为、组织病理学和转录组学差异 | 首次对中年小鼠脊髓损伤病理生物学进行全面的转录组学研究,填补了该年龄段研究空白 | 仅研究了小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;研究时间限于损伤后一个月 | 探究年龄对脊髓损伤后恢复机制的影响 | 年轻(2-4个月)和中年(10-12个月)小鼠 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据,行为数据,组织病理数据 | 年轻和中年两组小鼠 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |