单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-07-20	Integration of scRNA-seq and ST-seq identifies hyperproliferative RRM2+ cells features and therapeutic targets in gastric cancer 2025-Jul-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06847-y PMID:40665360	研究论文	本研究通过整合scRNA-seq和ST-seq技术，揭示了胃癌中高增殖性RRM2+细胞的特征及其治疗靶点	首次整合单细胞RNA测序和空间转录组测序技术，揭示了RRM2+高增殖性细胞在胃癌发展中的关键作用，并筛选出新型治疗药物osalmid	样本量相对较小（40个scRNA-seq样本和6个ST样本），且主要基于细胞和动物实验，临床转化需要进一步验证	探究胃癌中高增殖性细胞的分子特征及其治疗靶点	人类胃组织样本（包括正常和肿瘤组织）	数字病理学	胃癌	scRNA-seq, ST-seq	NA	RNA测序数据	40个scRNA-seq样本和6个ST样本
442	2025-07-20	SIRT7 facilitates ferroptosis resistance of melanocytes via activating the SMAD3-ATF3-GPX4 signaling pathway in vitiligo 2025-Jul-12, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.07.020 PMID:40659088	研究论文	本研究探讨了SIRT7通过激活SMAD3-ATF3-GPX4信号通路在白癜风中抵抗黑色素细胞铁死亡的机制	首次揭示了SIRT7在白癜风黑色素细胞铁死亡中的保护作用及其通过SMAD3-ATF3-GPX4信号通路的调控机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类患者中进行临床验证	探究SIRT7在白癜风黑色素细胞铁死亡中的调控机制	白癜风患者的皮损周围皮肤和健康供体的黑色素细胞，以及黑色素细胞特异性Sirt7敲除小鼠	分子病理学	白癜风	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，基因干预和生化检测	黑色素细胞特异性Sirt7敲除小鼠模型	蛋白质表达数据，RNA测序数据	未明确说明样本数量，涉及白癜风患者和健康供体的皮肤样本，以及小鼠模型
443	2025-07-20	Etiological basis for chronic pain genetic variation in brain and dorsal root ganglia cell types 2025-Jul-05, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.07.03.25330832 PMID:40630576	research paper	该研究通过整合GWAS数据和单细胞RNA测序数据，探索了慢性疼痛的遗传变异在脑和背根神经节细胞类型中的病因学基础	揭示了慢性疼痛相关变异在谷氨酸能神经元中的富集，特别是在前额叶皮层、海马CA1-3和杏仁核中，以及在hDRG中的hPEP.TRPV1/A1.2神经元亚型中的显著富集	样本量相对较小（特别是慢性疼痛患者的DRG样本仅有12例），可能限制了结果的普适性	探索慢性疼痛的遗传变异在脑和背根神经节细胞类型中的病因学基础	人类脑组织、背根神经节（hDRG）以及小鼠背角组织	遗传学	慢性疼痛	GWAS, scRNA-seq, 单细胞染色质可及性分析	NA	基因组数据、RNA测序数据、染色质可及性数据	GWAS数据涉及1,235,695个样本，慢性疼痛患者的DRG样本12例
444	2025-07-20	Hair Bundle Degeneration is a Key Contributor to Age-Related Vestibular Dysfunction 2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.02.636113 PMID:39975332	研究论文	该研究探讨了年龄相关前庭功能障碍(ARVD)的分子机制，重点关注了机械敏感毛细胞(HCs)的老化过程	揭示了前庭毛细胞老化过程中毛发束退化和机械转导功能下降是ARVD的关键因素，且这些变化先于毛细胞丢失	研究仅基于小鼠模型，人类样本数据缺乏	探究年龄相关前庭功能障碍的病因和分子机制	年轻和年老小鼠的前庭毛细胞	生物医学	老年性疾病	单细胞RNA-seq转录组分析、成像技术、电生理记录	NA	转录组数据、图像数据、电生理数据	年轻和年老小鼠的前庭毛细胞样本
445	2025-07-20	Paradigms, innovations, and biological applications of RNA velocity: a comprehensive review 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf339 PMID:40668554	综述	本文全面回顾了RNA速度的范式、创新及其在生物学中的应用，为动态转录组研究提供了全面的指导	系统分类RNA速度模型为三类，并分析各类方法的原理、假设及计算策略，同时介绍超越经典剪接动力学的新兴扩展方法	讨论了模型假设、预处理程序和速度可视化方面的现有局限性	提供RNA速度领域的结构化概述，支持其在动态转录组研究中的有效实施	RNA速度模型及其在发育生物学和疾病微环境中的应用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Velocyto, scVelo	转录组数据	NA
446	2025-07-20	Cardiac fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development in the murine heart via the collagen signaling pathway 2025-Jul-01, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.102305 PMID:40591485	研究论文	本研究通过RNA染色和单细胞mRNA测序技术，揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌和冠状动脉血管发育的机制	首次系统性地揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌细胞和血管内皮细胞发育的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类心脏发育中验证	探究心脏成纤维细胞在心肌和血管发育中的作用机制	小鼠心脏发育过程中的成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞	发育生物学	心血管疾病	RNA染色、单细胞mRNA测序(scRNA-seq)、白喉毒素A(DTA)消融系统	NA	基因表达数据	不同发育阶段的小鼠心脏组织
447	2025-07-20	Multi-Omics Analysis and Real-World Data Validation of Serine Metabolism-Related Genes in Colorectal Cancer 2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70721 PMID:40660426	研究论文	本研究通过多组学分析和真实世界数据验证，探讨了丝氨酸代谢相关基因在结直肠癌中的作用	首次在泛癌分析中系统研究了丝氨酸代谢相关基因的表达模式、遗传变异及其临床意义，并在结直肠癌中进行了深入验证	研究主要基于TCGA和GTEx数据库，可能受到样本来源和数量的限制	阐明丝氨酸代谢相关基因在结直肠癌中的表达模式及其临床意义	结直肠癌患者样本和泛癌分析数据	癌症代谢研究	结直肠癌	转录组学、基因组学、表观遗传学分析、单细胞RNA测序、免疫组织化学	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	TCGA和GTEx数据库样本，以及两个独立的真实世界结直肠癌队列
448	2025-07-20	Bayesian inference of fitness landscapes via tree-structured branching processes 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf193 PMID:40662787	research paper	本文介绍了一种名为FiTree的树状多类型分支过程模型，用于从单细胞肿瘤突变树中学习适应性景观	FiTree模型结合了上位适应性参数化和贝叶斯推断方案，能够统一癌症进展的概率图模型与群体遗传学	NA	研究肿瘤进化的适应性景观，为治疗策略提供依据	肿瘤的进化历史和突变效应	computational biology	acute myeloid leukemia	single-cell sequencing	tree-structured multi-type branching process	mutation trees	NA
449	2025-07-20	Fast and scalable Wasserstein-1 neural optimal transport solver for single-cell perturbation prediction 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf253 PMID:40662778	research paper	提出了一种基于Wasserstein-1（W1）对偶公式的新型求解器，用于单细胞扰动预测，解决了Wasserstein-2（W2）最优传输求解器在优化过程中的复杂性和收敛速度慢的问题	利用W1对偶公式简化了优化问题，避免了耗时的min-max优化，并通过对抗训练恢复传输映射，实现了比W2 OT求解器更快的速度和更高的可扩展性	W1对偶求解仅揭示了传输方向，不直接提供唯一的最优传输映射，需要通过额外步骤恢复	开发一种快速且可扩展的Wasserstein-1神经最优传输求解器，用于单细胞扰动预测	单细胞数据分布	machine learning	NA	Wasserstein-1 (W1) neural optimal transport solver	NA	single-cell RNA-seq data	NA
450	2025-07-20	Incorporating hierarchical information into multiple instance learning for patient phenotype prediction with single-cell RNA-sequencing data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf241 PMID:40662783	research paper	该论文提出了一种将层次信息整合到基于注意力的多实例学习框架中的新方法，用于单细胞RNA测序数据的患者表型预测	在基于注意力的多实例学习框架中整合了单细胞RNA测序数据的层次结构信息，提高了模型性能和可解释性	未明确提及具体局限性	改进患者表型预测方法，特别是利用单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据和患者表型数据	machine learning	NA	scRNA-seq	attention-based MIL	RNA测序数据	未明确提及具体样本量，但提到对有限样本量具有鲁棒性
451	2025-07-20	Refinement strategies for Tangram for reliable single-cell to spatial mapping 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf194 PMID:40662790	research paper	本文改进了Tangram工具，以提高单细胞RNA测序与空间转录组数据整合的可靠性和一致性	通过基因子集训练、细胞过滤、正则化引入和邻域信息整合，提高了Tangram在细胞映射中的一致性	研究结果依赖于基因表达稀疏性，可能不适用于所有类型的数据集	提高单细胞RNA测序与空间转录组数据整合工具的可靠性和一致性	Tangram工具及其在单细胞RNA测序与空间转录组数据整合中的应用	生物信息学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学	Tangram	基因表达数据	真实和模拟的小鼠数据集
452	2025-07-20	Predicting fine-grained cell types from histology images through cross-modal learning in spatial transcriptomics 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf201 PMID:40662792	research paper	提出了一种跨模态统一表示学习框架（CUCA），用于从组织学图像中识别细粒度细胞类型	利用跨模态嵌入对齐范式，协调形态学和分子模态的嵌入空间，弥合图像模式与分子表达特征之间的差距	可能忽略了基因表达数据中的关键分子特征	通过组织学图像预测细粒度细胞类型，以深入了解肿瘤生物学	组织学图像和空间转录组学数据	digital pathology	tumor	spatial transcriptomics	cross-modal unified representation learning framework (CUCA)	image, gene expression data	三个数据集
453	2025-07-20	Spatial transcriptomics deconvolution methods generalize well to spatial chromatin accessibility data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf268 PMID:40662813	研究论文	本研究评估了五种空间转录组去卷积方法在空间染色质可及性数据上的适用性，并开发了一个模拟框架进行比较	首次系统评估RNA去卷积方法在染色质可及性数据上的表现，并开发了跨模态比较的模拟框架	在解析稀有细胞类型时，染色质可及性去卷积表现略逊于RNA去卷积	评估现有空间转录组去卷积方法在空间染色质可及性数据上的适用性	空间染色质可及性数据和空间转录组数据	生物信息学	NA	空间染色质可及性分析、空间转录组分析	Cell2location、RCTD	空间多组学数据	基于模拟框架生成的数据集（具体数量未说明）
454	2025-07-20	Cancer stem cells: Bridging microenvironmental interactions and clinical therapy 2025-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70406 PMID:40665579	综述	本文综述了癌症干细胞（CSCs）的生物学特性、分子调控机制及其与肿瘤微环境的复杂相互作用，并探讨了靶向CSCs的治疗策略及其临床转化挑战	系统整合了CSC的基础机制与临床转化研究，为理解肿瘤生物学和开发精准治疗策略提供了全面框架	未明确提及具体研究的样本量或实验数据限制	探讨癌症干细胞在肿瘤发生、转移、复发和治疗抵抗中的作用，并评估靶向CSCs的治疗策略	癌症干细胞（CSCs）及其与肿瘤微环境的相互作用	肿瘤生物学	癌症	多组学分析、谱系追踪、单细胞测序技术	NA	NA	NA
455	2025-07-19	Tryptamine Metabolism and Functionalization in Gut Commensal Bacteria Expand Human Tryptamine Signaling Responses 2025-Jul-18, ACS chemical biology IF:3.5Q2 DOI:10.1021/acschembio.5c00313 PMID:40577169	研究论文	研究肠道共生细菌中色胺代谢和功能化对人类色胺信号反应的影响	发现了两种以前未表征的代谢物，并揭示了它们在激活人类GPCRs和抑制炎症酶方面的功能	研究仅基于体外和小鼠模型，未涉及人体临床试验	探索肠道微生物分泌的小分子对人类生理的影响	人类粪便来源的细菌培养物和小鼠肠道组织	微生物学	NA	生物活性辅助分离、单细胞RNA测序	NA	化学分析数据、RNA测序数据	人类粪便来源的细菌培养物和小鼠肠道组织
456	2025-07-19	Multi-omic spatial profiling reveals the unique SARS-CoV-2 lung microenvironment and collagen VI as a predictive biomarker in severe COVID-19 2025-Jul-17, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.01699-2023 PMID:40473310	研究论文	通过多组学空间分析揭示SARS-CoV-2肺部微环境的独特性及胶原VI作为重症COVID-19预测生物标志物的作用	首次采用多组学方法综合分析了COVID-19肺部组织的免疫反应和细胞外基质的作用，发现胶原VI的上调与疾病严重程度相关	研究主要基于死后肺组织样本，可能无法完全反映疾病早期动态变化	理解COVID-19肺部微环境相互作用及细胞外基质的致病作用	COVID-19患者和非呼吸系统疾病对照者的死后肺组织及血清样本	数字病理学	COVID-19	Quantseq Bulk RNA测序、Nanostring GeoMX空间转录组学、RNAscope、多重免疫荧光、免疫组化、ELISA	NA	组织样本、血清样本	215名COVID-19患者和54名健康志愿者的血清样本，以及未明确数量的死后肺组织样本
457	2025-07-19	A multi-omic analysis to investigate the causal associations between circulating proteins and risk of spontaneous abortion and their potential implications 2025-Jul-17, JBRA assisted reproduction DOI:10.5935/1518-0557.20250031 PMID:40674570	研究论文	通过多组学分析研究循环蛋白与自然流产风险之间的因果关系及其潜在影响	利用孟德尔随机化和单细胞转录组学分析，识别与自然流产风险相关的遗传变异及其分子机制	排除了性别间表达差异的蛋白，可能遗漏部分相关蛋白	探究自然流产的遗传基础和潜在治疗靶点	循环蛋白和自然流产风险	生物信息学	自然流产	孟德尔随机化、KEGG通路富集、单细胞转录组学	NA	蛋白质组学数据、单细胞转录组数据	NA
458	2025-07-19	Integrated spatial and single-cell transcriptomics reveal PAK kinase as a therapeutic target in fibroblastic foci and dense fibrosis of IPF 2025-Jul-17, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.00022-2025 PMID:40675771	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学，揭示了PAK激酶作为特发性肺纤维化（IPF）中纤维化灶和致密纤维化的治疗靶点	发现了一种新型肌成纤维细胞群体（++肌成纤维细胞），并揭示了PAK2在纤维化区域的激活及其在纤维化进展中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类IPF患者的临床验证尚需进一步研究	探索IPF中纤维化灶和致密纤维化的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	特发性肺纤维化（IPF）患者的肺组织和小鼠模型	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	IPF患者的肺组织样本和博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型
459	2025-07-19	The impact of neddylation on prognosis in the immune microenvironment of neuroblastoma: a single-cell transcriptomic analysis 2025-Jul-17, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-025-09662-1 PMID:40676385	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析探讨了neddylation在神经母细胞瘤免疫微环境中对预后的影响，并建立了一个neddylation相关的预后标志物（NRPS）	首次在神经母细胞瘤中建立了neddylation相关的预后标志物，并通过单细胞RNA测序揭示了不同细胞类型中neddylation评分的差异	研究样本量有限，且未进行实验验证	评估neddylation在神经母细胞瘤预后中的作用，并建立相关的预后标志物	神经母细胞瘤患者	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单样本基因集富集分析（ssGSEA）	NA	基因表达数据	171,992个细胞分为19个不同的簇
460	2025-07-19	Research advances in intramuscular fat deposition and chicken meat quality: genetics and nutrition 2025-Jul-16, Journal of animal science and biotechnology IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s40104-025-01234-5 PMID:40665461	综述	本文综述了过去十年间遗传学和营养学在调节鸡肌肉内脂肪沉积和肉质方面的研究进展	单细胞RNA测序揭示了肌细胞是鸡肌肉组织中脂肪新生合成的主要场所，LncHLFF通过外泌体介导机制促进异位IMF沉积而不影响腹部脂肪沉积，miR-27b-3p和miR-128-3p通过靶向PPARG抑制脂肪生成分化	NA	改善肉鸡的肉质	肉鸡	动物科学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA