单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 820 篇文献，本页显示第 441 - 460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 441 | 2025-10-06 |
Bayesian inference of fitness landscapes via tree-structured branching processes
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf193
PMID:40662787
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研究论文 | 提出了一种基于树结构分支过程的贝叶斯推理方法FiTree，用于从单细胞肿瘤突变树中学习适应性景观 | 将表型适应性参数化与贝叶斯推理方案结合，统一了癌症进展的概率图模型与群体遗传学 | 未明确说明模型的计算复杂度或在大规模数据集上的可扩展性限制 | 推断肿瘤进化中的适应性景观，理解突变间的表型相互作用 | 单细胞肿瘤突变树和急性髓系白血病数据集 | 计算生物学 | 急性髓系白血病 | 单细胞测序 | 树结构多类型分支过程模型，贝叶斯推理 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 442 | 2025-10-06 |
Fast and scalable Wasserstein-1 neural optimal transport solver for single-cell perturbation prediction
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf253
PMID:40662778
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研究论文 | 提出一种基于Wasserstein-1的快速可扩展神经最优传输求解器，用于单细胞扰动预测 | 采用Wasserstein-1对偶公式简化优化过程，避免了复杂的极小极大优化问题，并通过对抗训练恢复传输映射 | W1对偶仅揭示传输方向，不直接提供唯一最优传输映射，需要额外步骤确定传输步长 | 开发快速可扩展的最优传输求解器用于单细胞扰动响应预测 | 单细胞扰动数据分布映射 | 机器学习 | NA | 最优传输理论，对抗训练 | 神经网络 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 443 | 2025-10-06 |
Incorporating hierarchical information into multiple instance learning for patient phenotype prediction with single-cell RNA-sequencing data
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf241
PMID:40662783
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研究论文 | 提出一种将层次信息整合到基于注意力的多示例学习框架中的新方法，用于单细胞RNA测序数据的患者表型预测 | 在基于注意力的多示例学习框架中同时考虑细胞和细胞类型的层次结构信息 | NA | 提高单细胞RNA测序数据患者表型预测的性能和可解释性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞和细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 基于注意力的多示例学习 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 444 | 2025-10-06 |
Refinement strategies for Tangram for reliable single-cell to spatial mapping
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf194
PMID:40662790
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研究论文 | 本文改进了Tangram空间映射工具，通过多种策略提高单细胞到空间映射的可靠性 | 提出了四种改进策略：在信息基因子集上训练模型、应用细胞过滤、引入多种正则化形式以及整合邻域信息，显著提高了映射一致性 | 研究主要基于小鼠数据集，在其他物种或组织类型中的适用性需要进一步验证 | 提高单细胞RNA测序与空间转录组学数据整合的可靠性和一致性 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | Tangram模型改进 | 基因表达数据, 空间位置数据 | 真实和模拟的小鼠数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 445 | 2025-10-06 |
Predicting fine-grained cell types from histology images through cross-modal learning in spatial transcriptomics
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf201
PMID:40662792
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研究论文 | 提出一种跨模态统一表示学习框架CUCA，用于从组织学图像预测细粒度细胞类型 | 利用跨模态嵌入对齐范式协调形态学和分子模态的嵌入空间，弥合图像模式与分子表达特征之间的差距 | NA | 从组织学图像识别细粒度细胞类型，为肿瘤生物学研究提供见解 | 细胞类型识别和空间组织结构分析 | 数字病理学 | 肿瘤 | 跨模态表示学习 | 跨模态统一表示学习框架 | 组织学图像、空间转录组数据 | 三个数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 446 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics deconvolution methods generalize well to spatial chromatin accessibility data
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf268
PMID:40662813
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研究论文 | 本研究评估了空间转录组学反卷积方法在空间染色质可及性数据上的适用性 | 首次系统评估RNA反卷积方法在染色质可及性数据上的表现，并开发了跨模态模拟框架 | RNA反卷积方法在解析稀有细胞类型时表现略优于染色质可及性方法，表明仍需开发专门方法 | 验证空间转录组反卷积方法在空间染色质可及性数据上的通用性 | 空间染色质可及性数据和空间转录组数据 | 空间组学 | NA | 空间染色质可及性分析, 空间转录组学, 单细胞多组学 | Cell2location, RCTD | 空间染色质可及性数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 空间染色质可及性分析, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 447 | 2025-10-06 |
Cancer stem cells: Bridging microenvironmental interactions and clinical therapy
2025-Jul, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70406
PMID:40665579
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综述 | 本文系统总结了癌症干细胞（CSCs）的生物学特性、分子调控机制及其与肿瘤微环境的相互作用，并评估了靶向CSCs的临床治疗策略 | 有机整合了CSCs的基础机制与临床转化研究，提出了多组学引导的精准医疗和微环境重塑等解决方案 | NA | 探讨癌症干细胞在肿瘤发生发展中的作用及其临床治疗策略 | 癌症干细胞及其与肿瘤微环境的相互作用 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 多组学分析、谱系追踪、单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 448 | 2025-10-06 |
Research advances in intramuscular fat deposition and chicken meat quality: genetics and nutrition
2025-Jul-16, Journal of animal science and biotechnology
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s40104-025-01234-5
PMID:40665461
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综述 | 本文综述了过去十年间遗传学和营养学调控鸡肉质性状的研究进展，重点关注肌内脂肪沉积机制 | 单细胞RNA测序揭示肌细胞是鸡肌内脂肪新生合成的主要场所；首次发现LncHLFF通过外泌体机制促进异位肌内脂肪沉积；发现miR-27b-3p和miR-128-3p通过靶向PPARG抑制脂肪生成；营养基因组学研究显示果糖通过激活ChREBP增强肌内脂肪沉积 | NA | 改善肉鸡肉质性状，同时保证生长性能 | 肉鸡 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 449 | 2025-10-06 |
Disruption of cell-intrinsic PCSK9 enhances the antitumor efficacy of CD8+ T cells
2025-Jul-15, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011657
PMID:40664445
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研究论文 | 本研究揭示了免疫细胞内在PCSK9对CD8+ T细胞抗肿瘤功能的抑制作用及其作为癌症免疫治疗新靶点的潜力 | 首次发现CD8+ T细胞自身表达的PCSK9会抑制其抗肿瘤功能，敲除PCSK9可增强CD8+ T细胞和CAR-T细胞的肿瘤杀伤能力 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化效果需要进一步验证 | 探究免疫细胞内在PCSK9在肿瘤控制中的作用机制 | 胰腺癌和黑色素瘤小鼠模型、CD8+ T细胞、CAR-T细胞 | 免疫肿瘤学 | 胰腺癌, 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | Pcsk9缺陷小鼠肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 450 | 2025-10-06 |
High-resolution mapping of single cells in spatial context
2025-Jul-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61667-4
PMID:40664667
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研究论文 | 开发了一种名为CMAP的方法，通过整合单细胞和空间数据实现大规模单个细胞到精确空间位置的映射 | 采用分治策略整合单细胞和空间数据，有效处理两种数据间的不一致性，实现完整单细胞分辨率 | NA | 解决空间转录组技术中基因恢复不足和难以实现完整单细胞分辨率的问题 | 组织微环境中的细胞 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学，单细胞测序 | 分治策略 | 单细胞数据，空间数据 | 模拟和真实数据集 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 451 | 2025-10-06 |
Exploring the mechanism of metabolic cell death-related genes AKR1C2 and MAP1LC3A as biomarkers in Parkinson's disease
2025-Jul-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-11481-1
PMID:40664780
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研究论文 | 本研究通过整合帕金森病相关差异表达基因和代谢性细胞死亡相关基因，鉴定AKR1C2和MAP1LC3A作为帕金森病的潜在生物标志物 | 首次系统分析代谢性细胞死亡相关基因在帕金森病中的作用，并鉴定出AKR1C2和MAP1LC3A作为新型生物标志物 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证 | 探索代谢性细胞死亡相关基因在帕金森病发病机制中的作用 | 帕金森病患者基因表达数据 | 生物信息学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序, 机器学习, 蛋白质相互作用网络分析 | 机器学习 | 基因表达数据 | GSE7621数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 452 | 2025-10-06 |
A novel cancer-associated membrane signature predicts prognosis and therapeutic response for lung adenocarcinoma
2025-Jul-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-11105-8
PMID:40664871
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组数据开发了基于膜蛋白的肺腺癌预后预测模型LCaMPS | 首次在单细胞和空间分辨率水平系统识别肺腺癌特异性膜蛋白并构建预后模型 | 需要进一步的前瞻性临床验证 | 开发肺腺癌预后预测和治疗指导的生物标志物 | 肺腺癌患者队列 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | 预后预测模型 | RNA测序数据,蛋白质表达数据 | 多个肺腺癌队列数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,批量RNA-seq | NA | NA |
| 453 | 2025-10-06 |
Deciphering cancer therapy resistance via patient-level single-cell transcriptomics with CellResDB
2025-Jul-15, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08457-2
PMID:40664938
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研究论文 | 介绍了一个用于研究癌症治疗耐药性的患者水平单细胞转录组数据库CellResDB | 开发了首个整合患者水平单细胞转录组数据和临床注释的癌症治疗耐药性数据库，并包含智能机器人辅助数据检索 | NA | 系统研究癌症治疗耐药性的潜在机制 | 肿瘤微环境中的细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 大语言模型 | 单细胞转录组数据 | 1391个患者样本，约470万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 454 | 2025-10-06 |
In silico analysis of the oncogenic role of myoferlin (MYOF) and suggestion of folate as a potential therapeutic for brain cancer in the Caucasian population
2025-Jul-15, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03091-0
PMID:40665025
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研究论文 | 通过生物信息学分析探讨肌铁蛋白(MYOF)在脑癌中的致癌作用并提出叶酸作为潜在治疗方法 | 首次通过计算药物发现和空间转录组学结合生成式人工智能实验，研究叶酸在MYOF敲低中的治疗潜力 | 研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证 | 探索MYOF在脑癌发生发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 肌铁蛋白(MYOF)基因及其在脑癌中的作用机制 | 生物信息学 | 脑癌 | 生物信息学分析, 计算药物发现, 空间转录组学, 生成式人工智能 | 生成式人工智能 | 基因表达数据, 突变数据, 通路数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 455 | 2025-10-06 |
Role of PRC2 in the stochastic expression of Aire target genes and development of mimetic cells in the thymus
2025-Jul-07, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20240817
PMID:40244172
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学方法揭示了PRC2在Aire靶基因随机表达和胸腺模拟细胞发育中的关键作用 | 首次发现PRC2通过染色质抑制为Aire实现随机基因表达提供先决条件，并独立于Aire调控模拟细胞的发育 | 研究聚焦于胸腺上皮细胞，未涉及其他免疫细胞类型 | 阐明Aire靶基因的表达调控机制及其在胸腺中枢耐受中的作用 | 髓质胸腺上皮细胞（mTECs） | 单细胞生物学 | 自身免疫疾病 | 单细胞多组学分析，深度单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据，表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，多组学分析 | NA | NA |
| 456 | 2025-10-06 |
Myeloma cell-intrinsic ANXA1 elevation and T cell dysfunction contribute to BCMA-negative relapse after CAR-T therapy
2025-Jul-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.03.001
PMID:40057828
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了骨髓瘤细胞内在ANXA1升高和T细胞功能障碍导致BCMA阴性复发的新机制 | 首次在单细胞水平发现BCMA阴性骨髓瘤细胞高表达ANXA1，并证实ANXA1通过激活AMPKα信号通路促进肿瘤生长和削弱CAR-T细胞功能 | 研究样本量有限，主要基于单个病例的深入分析，需要更大规模研究验证 | 探究多发性骨髓瘤在接受BCMA CAR-T细胞治疗后出现BCMA阴性复发的分子机制 | 多发性骨髓瘤患者、骨髓瘤细胞系、CAR-T细胞 | 单细胞组学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 1例CAR-T治疗后复发患者及未接受CAR-T治疗的MM患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 457 | 2025-10-06 |
C-COUNT: a convolutional neural network-based tool for automated scoring of erythroid colonies
2025-Jul, Experimental hematology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.exphem.2025.104786
PMID:40287006
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研究论文 | 开发基于卷积神经网络的自动化红细胞集落计数工具C-COUNT | 首次将卷积神经网络应用于红细胞集落形成单位(CFU-e)检测的自动化评分 | 未明确说明模型在更广泛实验条件下的泛化能力 | 解决红细胞集落形成检测中人工计数耗时且易出错的问题 | 红细胞集落形成单位(CFU-e)集落 | 计算机视觉 | 血液疾病 | 自动显微镜成像 | CNN | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 458 | 2025-10-06 |
Spatial Analysis Identifies CD147 as a Novel Marker of High-Grade Childhood Posterior Fossa Ependymoma
2025-Jul, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2025.104175
PMID:40250710
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研究论文 | 通过空间表型分析发现CD147是儿童后颅窝高级别室管膜瘤的新型标志物 | 首次在儿童PFA-EPN中通过空间表型分析鉴定CD147作为高级别肿瘤的新型标志物，并揭示CD147+小胶质细胞在肿瘤进展中的关键作用 | 样本量较小（G2 n=5，G3 n=7），仅针对后颅窝A型室管膜瘤 | 研究儿童后颅窝室管膜瘤肿瘤微环境的空间异质性及其与肿瘤分级的关系 | 儿童后颅窝A型室管膜瘤（WHO 2级和3级）肿瘤样本 | 数字病理学 | 室管膜瘤 | 多重免疫荧光，单细胞RNA测序 | 空间表型分析 | 图像，基因表达数据 | 12例肿瘤样本（5例G2，7例G3） | NA | 空间表型分析，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 459 | 2025-10-06 |
Asperosaponin VI Promotes Osteoporotic Fracture Healing by Targeting Piezo1 to Enhance the Coupling of LEPR+ BMSCs and PODXL+ ECs
2025-Jul, Phytotherapy research : PTR
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/ptr.8523
PMID:40393465
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研究论文 | 本研究揭示了Asperosaponin VI通过靶向Piezo1增强LEPR+ BMSCs与PODXL+ ECs的偶联，促进骨质疏松性骨折愈合 | 首次发现Asperosaponin VI可靶向Piezo1激活Piezo1/ERK1/2/YAP/VEGF信号通路，促进骨形成和血管生成的偶联 | 研究主要基于动物模型，临床转化效果需进一步验证 | 阐明骨质疏松性骨折的分子发病机制并开发新的治疗方案 | LEPR+骨髓间充质干细胞和PODXL+内皮细胞 | 分子生物学 | 骨质疏松性骨折 | 单细胞RNA测序，分子对接，CETSA，DARTS，三维培养，免疫荧光，流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据，蛋白质表达数据 | 卵巢切除结合股骨骨折小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 460 | 2025-10-06 |
Role of Defense/Immunity Proteins in Non-Obstructive Azoospermia: Insights from Gene Expression and Single-Cell RNA Sequencing Analyses
2025-Jul, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.)
DOI:10.1007/s43032-025-01916-5
PMID:40537735
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研究论文 | 通过基因表达和单细胞RNA测序分析探讨防御/免疫蛋白在非梗阻性无精子症中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序确认免疫相关基因在睾丸不同细胞群体中的差异表达 | 研究基于现有数据集分析，需要进一步实验验证 | 探讨免疫失调在非梗阻性无精子症发病机制中的作用 | 非梗阻性无精子症患者睾丸组织和细胞 | 生物信息学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序, 基因表达分析 | 差异表达分析 | 基因表达数据 | 多个数据集中的睾丸组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |