单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2025-07-02	Cancer stem cells-derived exosomal TSPAN8 enhances non-stem cancer cells stemness and promotes malignant progression in PDAC 2025-Jul, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03412-1 PMID:40251391	研究论文	本研究探讨了胰腺导管腺癌(PDAC)中癌症干细胞(CSC)通过外泌体TSPAN8增强非干细胞癌细胞(NSCC)的干细胞特性并促进恶性进展的机制	首次发现CSC分泌的TSPAN8富集外泌体通过激活Sonic Hedgehog信号通路增强NSCC的干细胞特性	研究主要基于体外和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明PDAC中CSC通过外泌体介导的细胞间通讯机制	胰腺导管腺癌(PDAC)中的癌症干细胞(CSC)和非干细胞癌细胞(NSCC)	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、外泌体分析	NA	RNA测序数据、外泌体蛋白数据	未明确说明样本数量，使用PDAC细胞系和动物模型
422	2025-07-02	Neuroprotective liver portal area macrophages attenuate hepatic inflammation 2025-Jul, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02190-y PMID:40537510	research paper	该研究通过整合全肝叶成像和小鼠肝脏中CX3CR1细胞的单细胞RNA测序分析，发现了一种新型的肝门区巨噬细胞（LPAMs），其在维持肝脏免疫稳态中发挥重要作用	识别了一种新型的CX3CR1CD63肝门区巨噬细胞（LPAMs），并揭示了其在肝脏免疫稳态中的独特功能和与交感神经的密切互动	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究肝脏中特定巨噬细胞亚群的功能及其在肝脏免疫稳态中的作用	小鼠肝脏中的CX3CR1细胞	免疫学	非酒精性脂肪性肝炎	全肝叶成像、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	小鼠肝脏样本
423	2025-02-17	Comprehensive analysis of cytokine and chemokine gene expression in IgG4-related disease by spatial transcriptomics 2025-Jul, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.alit.2024.12.010 PMID:39952877	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
424	2025-06-30	Cadmium exposure following early-life respiratory syncytial virus infection promotes lung fibrosis through autophagy inhibition 2025-Jul-01, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfaf054 PMID:40268749	研究论文	研究探讨了早期呼吸道合胞病毒（RSV）感染后镉暴露通过抑制自噬促进肺纤维化的机制	揭示了mTORC1激活-自噬抑制通路在镉暴露后加剧炎症反应和肺纤维化中的关键作用，并提出了雷帕霉素作为潜在治疗策略	研究仅使用小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究mTORC1在慢性低剂量镉暴露后RSV感染引起的肺纤维化中的作用	小鼠模型	呼吸系统疾病研究	肺纤维化	代谢组学分析、单细胞RNA测序	小鼠模型	代谢组数据、基因表达数据	未明确说明具体样本量，但实验持续16周
425	2025-06-30	Amelioration of Liver Fibrosis via In Situ Hepatic Stellate Cell Conversion Through Co-Inhibition of TGF-β and GSK-3 Signalling 2025-Jul, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.70187 PMID:40575954	研究论文	本研究评估了一种针对肝星状细胞(HSCs)的联合疗法，通过抑制TGF-β和GSK-3信号通路来改善肝纤维化并促进肝脏修复	提出了一种新型小分子鸡尾酒疗法SBCH，不仅能抑制HSC活化和纤维化活性，还能诱导活化的HSCs转化为肝细胞样细胞(ciHeps)，实现肝脏组织修复和功能恢复	研究仅在三种动物模型中进行，尚未进行人体临床试验	探索治疗肝纤维化和肝硬化的新型治疗策略	肝星状细胞(HSCs)和肝纤维化动物模型	肝脏疾病治疗	肝纤维化/肝硬化	单细胞RNA测序、体内示踪技术	NA	分子生物学数据、组织学数据	三种肝纤维化动物模型(CCl4诱导、胆管结扎(BDL)和非酒精性脂肪性肝炎(NASH)联合二乙基亚硝胺(DEN)诱导)
426	2025-06-29	Molecular characterization of benign intracranial glioependymal and arachnoid cysts suggest heterogeneous mechanisms of action 2025-Jul-01, Journal of neuropathology and experimental neurology IF:3.2Q2 DOI:10.1093/jnen/nlaf029 PMID:40197611	研究论文	本研究对良性颅内胶质室管膜囊肿和蛛网膜囊肿进行了分子特征分析，揭示了其不同的发病机制	首次通过单细胞测序和RNA表达谱比较，揭示了胶质室管膜囊肿和蛛网膜囊肿具有不同的细胞特征和表达谱	样本量较小（仅16例患者），且仅对部分病例进行了液体成分分析	探究良性颅内囊肿的形成和生长机制	16例接受手术治疗的良性颅内囊肿患者	神经病理学	颅内囊肿	H&E染色、免疫荧光染色、单细胞测序、RNA表达谱分析	NA	组织样本、液体样本、基因表达数据	16例患者（8例病理样本，4例液体样本）
427	2025-06-27	The human infertility single-cell testis atlas (HISTA): an interactive molecular scRNA-Seq reference of the human testis 2025-Jul, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.13637 PMID:38577799	研究论文	本文介绍了人类不育单细胞睾丸图谱(HISTA)的生成和使用，这是一个通过scRNA-Seq分析理解人类精子发生的交互式网络工具	整合了来自多个供体、发育年龄和生育状态的scRNA-Seq数据，创建了一个交互式网络工具，支持简单的统计假设检验，并包含机器学习衍生的基因模块	数据来源于12个供体，样本量相对有限，且需要进一步的研究社区输入以更新和优化	构建一个整合的单细胞RNA测序参考图谱，以促进睾丸研究	人类睾丸组织，包括健康成人对照、青少年和多种不育病例	生物信息学	不育症	scRNA-Seq	机器学习	单细胞RNA测序数据	12个供体的scRNA-Seq数据集
428	2025-06-27	Applications of spatial transcriptomics in studying spermatogenesis 2025-Jul, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70043 PMID:40202007	综述	本文综述了空间转录组学在研究精子发生过程中的应用	利用空间转录组学技术研究精子发生过程中的分子特征及细胞间相互作用	NA	探讨空间转录组学在理解精子发生及男性不育症中的应用	哺乳动物睾丸中的细胞类型及其相互作用	基因组学	男性不育症	空间转录组学	NA	分子特征数据	NA
429	2025-06-27	Single-Cell Transcriptomics and Lineage Tracing Unveil Parallels in Lymphatic Muscle and Venous Smooth Muscle Development, Identity, and Function 2025-Jul, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.125.322567 PMID:40371470	研究论文	该研究通过单细胞转录组学和谱系追踪揭示了淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs）在发育、特性和功能上的相似性	首次揭示了LMCs和静脉SMCs在转录组和功能上的高度相似性，并确定了它们共同的WT1+中胚层祖细胞来源	研究主要基于小鼠模型，人类LMCs的特性可能有所不同	探究淋巴肌肉细胞的分子特征和发育起源	淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs）	细胞生物学	淋巴水肿	单细胞RNA测序、遗传谱系追踪、全标本免疫染色、活体成像	NA	基因表达数据、图像数据	小鼠后肢和腹股沟-腋窝区域的LMCs和SMCs
430	2025-06-27	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Identified Fatty Acid-Binding Proteins Controlling Endothelial Glycolytic and Arterial Programming in Pulmonary Hypertension 2025-Jul, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321173 PMID:40401371	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了脂肪酸结合蛋白FABP4和FABP5在肺动脉高压（PAH）发病机制中的关键作用	首次发现FABP4/5在肺动脉内皮细胞中的异常表达与PAH的发病机制相关，并阐明了其通过调节内皮细胞糖酵解和远端动脉编程促进血管重塑的分子机制	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在更大规模的人类临床样本中验证	探究内皮细胞FABP4/5在肺动脉高压发病中的分子机制	肺动脉内皮细胞、PAH患者样本、PH大鼠模型和基因敲除小鼠	分子病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、空间转录组分析、RNA-seq、免疫组化	Egln1Tie2Cre基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质组数据、影像数据	PAH患者样本、PH大鼠模型和多种基因工程小鼠
431	2025-06-26	Superloaded Multiplexed scRNA-seq Data Preserves Primary Immune Cell Heterogeneity but Necessitates Stringent Doublet Removal 2025-Jul, Immunological investigations IF:2.9Q3 DOI:10.1080/08820139.2025.2457039 PMID:39882751	研究论文	本文研究了超载多路复用scRNA-seq数据对原代免疫细胞异质性的影响及双联体去除的必要性	比较了标准加载和超载对多路复用单细胞基因表达和T细胞受体数据的影响，并提出了基于TCR配置的双联体去除步骤以提高T细胞分析的准确性	研究仅针对人类胸腺和血液样本，可能不适用于其他组织或物种	评估超载多路复用scRNA-seq数据对细胞异质性和双联体率的影响	人类胸腺和血液样本中的免疫细胞	单细胞测序	NA	scRNA-seq, TCR测序	NA	基因表达数据, TCR数据	人类胸腺和血液样本
432	2025-06-26	The Role of Omics Techniques in Diabetic Wound Healing: Recent Insights into the Application of Single-Cell RNA Sequencing, Bulk RNA Sequencing, Spatial Transcriptomics, and Proteomics 2025-Jul, Advances in therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1007/s12325-025-03212-9 PMID:40381157	综述	本文综述了组学技术在糖尿病伤口愈合中的最新应用，包括单细胞RNA测序、批量RNA测序、空间转录组学和蛋白质组学	总结了组学技术在糖尿病足溃疡研究中的最新应用，并强调了这些技术在开发新型靶向治疗中的潜力	未具体提及研究的局限性	探讨组学技术在糖尿病伤口愈合研究中的应用及其对开发新型治疗方法的潜在贡献	糖尿病足溃疡(DFUs)的分子功能和机制	数字病理	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(bulk RNA-seq)、空间转录组学、蛋白质组学	NA	分子数据	NA
433	2025-06-26	scRNA-Seq and Bulk-Seq Identify Novel Markers Associated With Calcium Regulation and Immunomodulation in Acute Pancreatitis 2025-Jul-01, Pancreas IF:1.7Q3 DOI:10.1097/MPA.0000000000002421 PMID:40536508	研究论文	通过scRNA-Seq和Bulk-Seq分析，识别与急性胰腺炎钙调节和免疫调节相关的新标记物	构建了一个包含6个DElncRNAs、38个miRNAs和215个DEmRNAs的ceRNA网络，并识别出5个候选mRNAs和5个候选lncRNAs，这些基因可能与钙信号通路相关	研究主要基于小鼠模型，未在人类样本中进行验证	深入理解急性胰腺炎的发病机制并识别新的潜在生物标记物	急性胰腺炎（AP）患者和小鼠模型	生物信息学	急性胰腺炎	scRNA-Seq, Bulk RNA-seq, qRT-PCR	NA	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量
434	2025-06-26	Identification of two molecularly and prognostically distinct subtypes in acral melanoma using network prediction method 2025-Jul, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV IF:8.4Q1 DOI:10.1111/jdv.20335 PMID:39282977	研究论文	本研究通过多组学数据分析和基于网络的疾病基因预测算法，揭示了肢端黑色素瘤存在两种分子和预后显著不同的亚型	首次识别出肢端黑色素瘤的两种分子亚型，并发现与临床行为和预后相关的生物标志物组合	研究结果需要在不同队列中进行进一步验证	阐明肢端黑色素瘤的分子特征及其亚型与临床特征的相关性	肢端黑色素瘤患者及其肿瘤样本	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、多组学数据分析、网络预测算法	NA	单细胞RNA测序数据、临床样本数据	未明确说明具体样本数量，但使用了临床样本进行验证
435	2025-06-24	Mucosal Macrophages Govern Intestinal Regeneration in Response to Injury 2025-Jul, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.01.252 PMID:40086603	研究论文	本研究揭示了黏膜巨噬细胞在肠道损伤后再生过程中的关键作用	首次发现巨噬细胞通过分泌neuregulin 1和osteopontin分子诱导肠道上皮细胞胎儿样重编程和增殖	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化需要进一步验证	阐明辐射性肠炎后肠道再生的分子机制	肠道巨噬细胞与肠道干细胞	分子生物学	辐射性肠炎	RNA-seq、单细胞RNA-seq、流式细胞术、器官共培养系统	小鼠辐射损伤模型、人类肠道类器官模型	基因表达数据、细胞成像数据	未明确说明具体样本数量（小鼠模型和人类类器官）
436	2025-06-24	Targeting FGFR Attenuates Tumor Growth in an Anal Squamous Cell Carcinoma Patient Derived Xenograft Model 2025-Jul, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23919 PMID:40256931	研究论文	通过患者来源的异种移植模型和单细胞RNA测序，研究发现FGFR抑制能有效减缓肛门鳞状细胞癌的肿瘤生长	首次在肛门鳞状细胞癌患者来源的异种移植模型中验证FGFR抑制剂的治疗效果，并通过单细胞RNA测序揭示了肿瘤细胞的异质性	研究仅基于一个转移性肛门鳞状细胞癌样本，样本量较小	寻找肛门鳞状细胞癌的可操作治疗靶点	肛门鳞状细胞癌患者来源的异种移植模型	肿瘤学	肛门鳞状细胞癌	单细胞RNA测序, 傅里叶变换红外光谱	患者来源的异种移植模型(PDX)	基因表达数据, 光谱数据	1例转移性肛门鳞状细胞癌样本
437	2025-05-14	Simultaneous single-cell sequencing of RNA and DNA at scale with DEFND-seq 2025-Jul, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-025-00853-y PMID:40355601	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
438	2025-06-22	Deciphering Macrophage-Fibroblast Cross Talk in Obesity-Induced Adipose Tissue Fibrosis: Insights From Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2025-Jul-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db25-0337 PMID:40540667	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
439	2025-06-23	Single-cell analysis of proximal tubular cells with different DNA content reveals functional heterogeneity in the acute kidney injury to chronic kidney disease transition 2025-Jul, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2025.03.025 PMID:40268163	研究论文	通过单细胞RNA测序分析不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞，揭示其在急性肾损伤向慢性肾病转变中的功能异质性	发现不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞具有独特的转录组特征，特别是多倍体细胞在促纤维化和促炎症簇中的富集，以及SPP1在促进肾纤维化中的关键作用	研究仅关注了缺血再灌注损伤后的特定时间点（第3天和第14天），可能未涵盖AKI-to-CKD转变的所有阶段	探究不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞在急性肾损伤向慢性肾病转变中的异质性和功能	近端肾小管上皮细胞	单细胞分析	肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	缺血再灌注损伤后第3天和第14天的近端肾小管上皮细胞
440	2025-06-23	Increased inflammation as well as decreased endoplasmic reticulum stress and translation differentiate pancreatic islets from donors with pre-symptomatic stage 1 type 1 diabetes and non-diabetic donors 2025-Jul, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06417-3 PMID:40457096	研究论文	本研究通过蛋白质组学方法比较了1型糖尿病前期患者与非糖尿病捐赠者的胰岛蛋白质变化，揭示了胰岛功能障碍的潜在机制	首次在人类胰岛素分泌β细胞中发现了1型糖尿病前期阶段的分子变化，包括免疫反应增强和内质网应激及蛋白质翻译减少	样本量较小（mAAb+组n=3，ND组n=3），且存在较大的个体间差异	识别1型糖尿病前期阶段胰岛β细胞功能障碍的分子通路	胰岛自身抗体阳性的器官捐赠者（AAb+）与非糖尿病（ND）对照捐赠者的胰岛组织	蛋白质组学	1型糖尿病	激光显微切割、质谱（MS）蛋白质组学、无标记定量分析	NA	蛋白质组数据	AAb+组5例（其中mAAb+亚组3例），ND对照组5例（匹配分析用3例）