单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2025-07-21	Paneth cells inhibit intestinal stem cell proliferation through the bone morphogenic protein 7 pathway under rotavirus-mediated intestinal injury 2025-Jul-14, World journal of gastroenterology IF:4.3Q1 DOI:10.3748/wjg.v31.i26.107044 PMID:40678707	研究论文	本研究探讨了轮状病毒感染下潘氏细胞通过骨形态发生蛋白7通路抑制肠道干细胞增殖的机制	首次揭示了轮状病毒感染下潘氏细胞通过BMP7信号通路调控肠道干细胞增殖的新机制	研究主要基于小鼠模型和类器官，人类临床相关性需要进一步验证	阐明轮状病毒感染期间潘氏细胞调控肠道干细胞增殖的分子机制	潘氏细胞和肠道干细胞	细胞生物学	肠道感染	单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、RT-qPCR	小鼠模型和类器官	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用已发表的单细胞RNA测序数据和小鼠模型
422	2025-07-21	Single-cell RNA sequencing study reveals the potential role of the RPS26 gene in attention deficit hyperactivity disorder 2025-Jul-11, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.pnpbp.2025.111444 PMID:40653146	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究RPS26基因在注意力缺陷多动障碍(ADHD)中的潜在作用	首次应用单细胞RNA测序技术研究ADHD生物标志物，发现RPS26基因在单核细胞中的差异表达及其对单核细胞发育和分化的调控作用	研究样本仅来自一对异卵双胞胎，样本量较小	探索ADHD与心血管疾病之间的潜在分子联系	白细胞样本(特别是单核细胞/巨噬细胞)	基因组学	注意力缺陷多动障碍(ADHD)和心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和定量PCR(qPCR)	NA	RNA测序数据	一对ADHD不一致的异卵双胞胎的白细胞样本
423	2025-07-21	Mature megakaryocytes acquire immune characteristics in a mouse model of aplastic anemia 2025-Jul-08, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015621 PMID:40086077	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示了成熟巨核细胞在再生障碍性贫血中获得的免疫特性及其对造血干细胞的影响	发现成熟巨核细胞在骨髓衰竭状态下获得免疫激活特性，并可能作为抗原呈递细胞激活T细胞	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索巨核细胞在免疫性骨髓衰竭中的非血小板生成功能	小鼠模型和再生障碍性贫血患者的巨核细胞	血液学	再生障碍性贫血	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、电子显微镜	小鼠骨髓衰竭模型	基因表达数据、显微镜图像	未明确说明具体数量，包括小鼠模型和人类患者样本
424	2025-07-21	Lars2 Deficiency-Induced Mitochondrial Dysfunction Drives the Emergence of a Pro-Inflammatory Stroke-Specific Microglial Subpopulation 2025-Jul-04, Aging and disease IF:7.0Q1 DOI:10.14336/AD.2025.0387 PMID:40681356	研究论文	本文研究了Lars2缺乏引起的线粒体功能障碍如何驱动中风特异性促炎小胶质细胞亚群的出现	发现了一个具有低Lars2表达和促炎特征的卒中诱导小胶质细胞亚群Mc，并揭示了Lars2作为连接卒中诱导小胶质细胞重编程与神经炎症的线粒体检查点的作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究卒中后小胶质细胞免疫状态的改变及其与线粒体功能障碍的关系	出血性、缺血性和对照小鼠的纹状体小胶质细胞	神经科学	中风	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，涉及出血性、缺血性和对照小鼠
425	2025-07-21	scRDAN: a robust domain adaptation network for cell type annotation across single-cell RNA sequencing data 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf344 PMID:40671175	研究论文	提出了一种名为scRDAN的鲁棒域适应网络，用于跨单细胞RNA测序数据的细胞类型注释	scRDAN通过三个模块（去噪域适应模块、细粒度判别模块和鲁棒性增强模块）有效解决了单细胞RNA测序分析中的噪声和批次效应问题	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	域适应网络（对抗学习）	单细胞RNA测序数据	模拟数据集、跨平台数据集和跨物种数据集
426	2025-07-21	scRECL: representative ensembles with contrastive learning for scRNA-seq data clustering analysis 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf346 PMID:40671174	研究论文	提出了一种名为scRECL的对比集成学习方法，用于scRNA-seq数据的聚类分析	结合对比学习和集成学习，利用Siamese神经网络和多重图筛选噪声和冗余细胞，提高聚类分析的鲁棒性和效率	未提及具体的数据集或实验规模，可能影响方法的普适性验证	提高单细胞RNA测序数据聚类分析的鲁棒性和效率	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	Siamese神经网络	基因表达数据	NA
427	2025-07-21	Anomaly detection in spatial transcriptomics via spatially localized density comparison 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf242 PMID:40662796	研究论文	提出了一种名为Sardine的方法，用于检测空间转录组数据中的空间局部异常	Sardine通过空间局部密度估计来识别不同条件下细胞状态的局部空间变化，相比现有方法更准确地捕捉表达变化的空间模式	未明确提及具体局限性	开发一种能够识别空间转录组数据中局部异常变化的方法	空间转录组数据，特别是小鼠大脑皮层损伤前后和小鼠脊髓电疗过程中的数据	数字病理学	NA	空间转录组技术	NA	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠大脑皮层和脊髓的数据
428	2025-07-21	Inactivation of Histone Chaperone HIRA Unmasks a Link Between Normal Embryonic Development of Melanoblasts and Maintenance of Adult Melanocyte Stem Cells 2025-Jul, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70070 PMID:40669469	研究论文	本研究探讨了组蛋白伴侣HIRA在小鼠色素系统中的双重作用，揭示了其在胚胎发育和成年黑色素干细胞维持中的关键功能	首次揭示了HIRA在胚胎发育阶段对黑色素细胞谱系特性和成年干细胞维持的长效影响，建立了胚胎发育与成年组织稳态的直接联系	研究仅限于小鼠模型，人类系统中的相关性尚待验证	阐明组蛋白伴侣HIRA在发育生物学和干细胞维持中的双重作用机制	小鼠黑色素细胞谱系（黑色素母细胞和黑色素干细胞）	发育生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、ATAC-seq、基因敲除模型	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、染色质可及性数据	未明确说明具体样本数量，使用转基因小鼠模型和体外培养的melb-a黑色素母细胞
429	2025-07-21	Itaconate suppresses neonatal intestinal inflammation via metabolic reprogramming of M1 macrophage 2025-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70419 PMID:40673634	研究论文	该研究揭示了衣康酸（ITA）通过调控巨噬细胞代谢重编程对新生儿坏死性小肠结肠炎（NEC）的保护作用	首次发现ITA通过调节巨噬细胞代谢重编程（特别是线粒体功能和氧化磷酸化）来抑制M1型巨噬细胞极化，从而缓解NEC的肠道炎症损伤	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探究ITA在NEC中的免疫调节机制及治疗潜力	新生儿坏死性小肠结肠炎（NEC）患者样本和ACOD1基因修饰小鼠模型	免疫代谢	坏死性小肠结肠炎	免疫荧光染色、液相色谱-质谱联用技术、单细胞测序	ACOD1-/-和ACOD1fl/flLysMcre基因敲除小鼠模型	蛋白质表达数据、代谢组数据、单细胞转录组数据	临床NEC样本（未明确数量）和转基因小鼠模型
430	2025-07-21	PPARγ controls ESCRT-dependent fibroblast-like synoviocyte exosome biogenesis and alleviates chondrocyte osteoarthritis mediated by exosomal ANXA1 2025-Jul, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.06.008 PMID:40678612	研究论文	本研究探讨了运动疗法通过PPARγ调控ESCRT依赖的成纤维样滑膜细胞外泌体生物发生，以及外泌体中的ANXA1蛋白如何减轻软骨细胞的骨关节炎	揭示了PPARγ通过ESCRT通路调控外泌体生物发生的新机制，并发现外泌体中的ANXA1蛋白通过抑制ERK磷酸化激活自噬和减少软骨细胞凋亡	研究未涉及PPARγ/ESCRT-FLSs外泌体ANXA1-ERK轴在人体中的验证	探索运动疗法对骨关节炎的治疗机制及外泌体在其中的作用	成纤维样滑膜细胞(FLSs)和软骨细胞	细胞生物学	骨关节炎	单细胞转录组测序、定量蛋白质组学、数据非依赖性采集	NA	转录组数据、蛋白质组数据	NA
431	2025-07-20	Heterochronic parabiosis uncovers AdipoR1 as a critical player in retinal rejuvenation 2025-Jul-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv6642 PMID:40668916	研究论文	本研究利用异时性联体共生（HP）结合单细胞RNA测序技术，揭示了AdipoR1在视网膜年轻化中的关键作用	首次发现AdipoR1及其下游AMPK信号通路在视网膜年轻化中的核心作用，并证实AdipoR1激动剂AdipoRon可逆转视网膜老化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类视网膜中验证	探索视网膜老化的分子机制并寻找抗衰老靶点	年轻、老年及HP配对小鼠的视网膜	分子生物学	老年性疾病	异时性联体共生（HP）、单细胞RNA测序	小鼠模型	转录组数据	未明确说明具体数量的小鼠视网膜样本
432	2025-07-20	Hantaan virus-derived peptides that stabilize HLA-E could abrogate inhibition of CD56dimNKG2A+ NK cells 2025-Jul-18, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012717 PMID:40680069	研究论文	本研究探讨了Hantaan病毒（HTNV）感染引起的肾综合征出血热（HFRS）中，NKG2A-HLA-E轴介导的NK细胞反应的影响和机制	发现HTNV衍生的多肽通过HLA-E呈递可消除CD56dimNKG2A+ NK细胞的抑制，增强抗病毒免疫反应	研究主要基于体外实验，未在体内模型中验证	阐明HTNV感染中NKG2A-HLA-E轴介导的NK细胞反应机制	HFRS患者和HTNV病毒	免疫学	肾综合征出血热	单细胞RNA测序、流式细胞术、配体-受体结合实验、四聚体染色	NA	细胞表型和功能数据	HFRS患者的NK细胞样本
433	2025-07-20	Spatiotemporal analysis of Crohn's disease reveals PECAM2 signaling at the basis of inflammation-to-fibrosis transition 2025-Jul-18, Journal of Crohn's & colitis DOI:10.1093/ecco-jcc/jjaf130 PMID:40680170	研究论文	通过时空分析揭示克罗恩病炎症向纤维化转变的PECAM2信号机制	结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了PECAM2信号在克罗恩病纤维化过程中的关键作用，并提出了CD38抑制剂作为潜在治疗靶点	样本量较小（13例手术标本），且动物模型结果需要进一步临床验证	解析克罗恩病从慢性炎症向纤维化转变的分子机制	克罗恩病患者手术标本（炎症/纤维化组织及健康对照）和TNBS诱导的慢性结肠炎小鼠模型	数字病理	克罗恩病	空间转录组学、单细胞RNA测序、配体-受体互作分析、伪时间分析	TNBS诱导的小鼠慢性炎症模型	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	13例手术标本（含健康对照）及独立验证队列
434	2025-07-20	SPaSE: Spatially resolved pathology scores using optimal transport on spatial transcriptomics data 2025-Jul-16, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101301 PMID:40480226	研究论文	介绍了一种基于最优传输的算法SPaSE，用于在空间转录组数据上计算病理评分	提出了一种新的算法SPaSE，能够在空间转录组数据上量化病理影响，并预测不同病理严重程度的特征	未提及具体的技术限制或样本量的局限性	开发一种能够量化空间病理影响的计算方法	空间转录组数据	数字病理	心肌梗死	空间转录组学	最优传输算法	空间转录组数据	小鼠和人类心肌梗死数据，以及创伤性脑损伤和杜氏肌营养不良小鼠模型数据
435	2025-07-20	Single-cell RNA sequencing in human atherosclerotic plaques reveals a novel smooth muscle cell subtype that possesses multi differentiation potential and shapes the microenvironment 2025-Jul-16, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01735-7 PMID:40668312	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类动脉粥样硬化斑块中一种新型平滑肌细胞亚型（SMC_C5），该亚型具有多向分化潜能并能塑造微环境	发现了一种新型平滑肌细胞亚型SMC_C5，揭示了其在动脉粥样硬化中的多向分化潜能及对微环境的影响	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分依赖于ApoE小鼠模型，可能需要更多人类样本验证	探究动脉粥样硬化斑块中平滑肌细胞亚型的异质性及其在疾病中的作用	人类冠状动脉斑块及ApoE小鼠主动脉斑块中的平滑肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, bulk RNA测序, pySCENIC	NA	RNA测序数据	整合了三个单细胞RNA测序数据集，并使用ApoE小鼠斑块进行验证
436	2025-07-20	Rod-shaped microglia represent a morphologically distinct subpopulation of disease-associated microglia 2025-Jul-16, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03504-5 PMID:40671004	研究论文	本研究识别了一种在谷氨酰半胱氨酸连接酶（GCLC）缺陷小鼠中发现的杆状小胶质细胞亚群，并探讨了其形成机制及其在神经退行性疾病早期反应中的作用	首次识别并描述了杆状小胶质细胞这一形态独特的亚群，揭示了其与疾病相关小胶质细胞（DAM）相似的基因表达谱，并提出了uPA信号和磷酸化GAP43在其形态变化中的潜在作用	研究主要基于GCLC缺陷小鼠模型，结果在人类疾病中的适用性尚需验证	探究小胶质细胞形态变化与基因表达谱的关联及其在神经退行性疾病中的作用机制	谷氨酰半胱氨酸连接酶（GCLC）缺陷小鼠中的杆状小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单核RNA测序（snRNA-seq）	GCLC-KO小鼠模型	基因表达数据、形态学数据	GCLC缺陷小鼠的皮质组织
437	2025-07-20	Campylobacter jejuni regulates cell cycle progression to potentiate host cell invasion 2025-Jul-16, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02348-z PMID:40671100	研究论文	该研究探讨了空肠弯曲菌如何通过调节宿主细胞周期来增强其入侵能力	首次揭示了空肠弯曲菌通过调控宿主细胞周期G1期来促进其入侵和炎症反应的机制	研究仅使用INT 407细胞系，未在动物模型或原代细胞中验证	阐明空肠弯曲菌感染宿主细胞的分子机制	空肠弯曲菌感染的INT 407细胞	细胞微生物学	肠道感染	流式细胞术、scRNA-seq、RT-qPCR、ELISA	NA	基因表达数据、细胞周期数据、细胞图像	未明确说明细胞数量
438	2025-07-20	Vagal Stimulation Rescues HFpEF by Altering Cardiac Resident Macrophage Function 2025-Jul-15, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326236 PMID:40662221	research paper	该研究探讨了经皮迷走神经刺激（tVNS）如何通过改变心脏驻留巨噬细胞功能来改善保留射血分数的心力衰竭（HFpEF）	揭示了tVNS通过减少表达Spp1的CCR2+心脏驻留巨噬细胞并诱导TLF+/MHC2+巨噬细胞表达Igf1来改善HFpEF的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究tVNS改善HFpEF的巨噬细胞介导机制	HFpEF小鼠模型	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、超声心动图	小鼠HFpEF模型	基因表达数据、细胞数量数据	控制组、HFpEF+假刺激组和HFpEF+tVNS组的小鼠
439	2025-07-17	Unveiling new therapeutic targets for esophageal cancer treatment through single-cell transcriptomics: pH-responsive nanobubbles enhance the efficacy of 125I radiotherapy 2025-Jul-15, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03552-2 PMID:40665303	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
440	2025-07-20	Tumor-intrinsic ENO1 inhibition promotes antitumor immune response and facilitates the efficacy of anti-PD-L1 immunotherapy in bladder cancer 2025-Jul-15, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03464-x PMID:40665335	研究论文	该研究通过CRISPR cas9体内筛选和RNA测序技术，发现ENO1是调控抗PD-L1治疗效果的关键因子，并揭示了其在膀胱癌免疫逃逸中的作用机制	首次发现ENO1通过SPP1-ITGA4/ITGB1通路调控CD8 T细胞功能和肿瘤相关巨噬细胞极化，揭示了其在膀胱癌免疫逃逸中的关键作用	研究主要基于膀胱癌样本，其他癌症类型中的适用性需要进一步验证	探索膀胱癌免疫治疗抵抗机制并寻找新的治疗靶点	膀胱癌样本和肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	膀胱癌	CRISPR cas9筛选、RNA测序、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	临床膀胱癌样本（具体数量未明确说明）