单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 512 篇文献，本页显示第 401 - 420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2025-07-04 |
Innovative Single-Cell Sequencing Techniques for B-Cell Analysis and Their Implications for Rational HIV-1 Vaccine Design
2025-Jul-01, Current HIV research
IF:0.8Q4
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在B细胞分析中的最新进展及其在HIV-1疫苗设计中的应用 | 介绍了革命性的单细胞分析技术，能够以前所未有的方式探索免疫细胞多样性，特别是在B细胞反应方面的详细表征 | NA | 促进下一代疫苗的设计，特别是针对HIV-1的疫苗 | B细胞及其在感染和疫苗接种中的反应 | 生物信息学 | HIV-1感染 | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 402 | 2025-07-03 |
Machine learning-based integration develops a hypoxia-derived signature for improving outcomes in glioma
2025-Jul-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112023
PMID:40585359
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研究论文 | 该研究通过机器学习整合开发了一个基于缺氧微环境的特征，用于改善胶质瘤的预后 | 首次利用单细胞RNA测序分析揭示了缺氧微环境中不同类型细胞间的异质性通讯，并开发了一个11基因特征来预测临床结果 | 研究结果需要在更大规模的独立队列中进行验证 | 研究缺氧微环境在胶质瘤中的临床意义并开发预后工具 | 胶质瘤患者 | 机器学习 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序，RT-qPCR | 机器学习 | 基因表达数据 | 六个队列的胶质瘤患者样本 |
| 403 | 2025-07-03 |
BDNF as a Key Mediator in Eosinophilic Inflammation in CRSwNP: Insights From Transcriptomic and Functional Analysis
2025-Jul-02, International forum of allergy & rhinology
IF:7.2Q1
DOI:10.1002/alr.23628
PMID:40600933
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研究论文 | 本研究探讨了脑源性神经营养因子（BDNF）在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中作为嗜酸性炎症关键介质的作用 | 首次将BDNF定位为CRSwNP中上皮细胞-嗜酸性粒细胞相互作用的关键调控因子，并揭示了其通过Th2通路和JAK/STAT信号传导促进炎症的机制 | 样本量相对较小（23个鼻黏膜样本和95个鼻腔分泌物），且主要关注嗜酸性CRSwNP亚型 | 阐明BDNF在CRSwNP发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者（特别是嗜酸性亚型）的鼻黏膜组织和鼻腔分泌物 | 免疫病理学 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP） | Bulk-RNA测序、ELISA、免疫荧光染色、单细胞RNA测序、流式细胞术、transwell实验 | NA | 转录组数据、蛋白质定量数据、细胞实验数据 | 23个鼻黏膜样本和95个鼻腔分泌物样本 |
| 404 | 2025-07-03 |
Exploring the interconnection between PANoptosis and chronic inflammatory diseases: identifying key targets and therapeutic strategies for periodontitis and ulcerative colitis
2025-Jul-02, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04320-7
PMID:40600991
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研究论文 | 本研究探讨了PANoptosis与慢性炎症性疾病（如牙周炎和溃疡性结肠炎）之间的关联，并识别了关键靶点和治疗策略 | 首次将PANoptosis与牙周炎和溃疡性结肠炎联系起来，识别了BAG3、LYN和APOE等核心基因作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于生物信息学分析和小鼠模型，需要进一步临床验证 | 探索PANoptosis在慢性炎症性疾病中的作用机制并识别潜在治疗靶点 | 牙周炎(PD)和溃疡性结肠炎(UC) | 生物医学 | 牙周炎, 溃疡性结肠炎 | 差异表达分析, 加权基因共表达网络分析, GO和KEGG富集分析, LASSO和SVM-RFE算法, 单细胞RNA测序, 分子对接模拟 | DSS诱导的UC小鼠模型 | 基因表达数据 | GSE16134(PD)和GSE87466(UC)数据集, 实验小鼠模型 |
| 405 | 2025-07-03 |
Gene expression and hormonal signaling in osteoporosis: from molecular mechanisms to clinical breakthroughs
2025-Jul, Journal of biomaterials science. Polymer edition
DOI:10.1080/09205063.2024.2445376
PMID:39729311
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综述 | 本文综述了骨质疏松症管理中基因表达和激素调控的最新发现，包括单细胞RNA测序和长链非编码RNA等新方法 | 介绍了骨质疏松症治疗中的最新方法，如单细胞RNA测序、长链非编码RNA研究，以及基于遗传和激素变异的个性化治疗策略 | 需要进一步研究和科学家与临床医生的合作，以将这些新发现应用于实际医疗中 | 探讨骨质疏松症的分子机制和临床治疗突破 | 骨质疏松症的基因表达和激素信号传导 | 医学研究 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 406 | 2025-07-03 |
Comparison of Droplet- and Microwell-based Methods to Analyze Cryopreserved Human BAL Cells by Single-Cell RNA Sequencing
2025-Jul, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0467MA
PMID:40392631
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研究论文 | 比较基于液滴和微孔的方法对冷冻保存的人类BAL细胞进行单细胞RNA测序的效果 | 首次比较了两种冷冻保存和单细胞RNA测序方法在人类BALF细胞中的应用效果，特别是对肺泡巨噬细胞、上皮细胞、肥大细胞和T细胞的转录本和基因计数有显著差异 | 研究仅基于四个BALF样本，样本量较小 | 解决人类样本冷冻保存和单细胞RNA测序方法的选择问题 | 人类BALF细胞 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 四个BALF样本 |
| 407 | 2025-07-03 |
Integrating AI/ML and multi-omics approaches to investigate the role of TNFRSF10A/TRAILR1 and its potential targets in pancreatic cancer
2025-Jul, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110432
PMID:40424767
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研究论文 | 该研究通过整合AI/ML和多组学方法，探讨了TNFRSF10A/TRAILR1在胰腺癌中的潜在治疗靶点作用 | 结合了多组学分析、深度学习驱动的QSAR建模和基于transformer的深度学习方法SELFormer，首次预测并验证了TNFRSF10A作为胰腺癌的治疗靶点 | 研究结果需要进一步的实验验证，且样本来源和数量未明确说明 | 探索胰腺癌中TNFRSF10A/TRAILR1的潜在治疗靶点作用 | 胰腺导管腺癌(PDAC)及其微环境中的癌细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 多组学分析（基因组学、单细胞空间转录组学、蛋白质组学、ceRNA网络分析）、QSAR建模、分子动力学模拟 | transformer-based deep learning (SELFormer), QSAR | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、化学结构数据 | NA |
| 408 | 2025-07-03 |
Analysis of Hyperexpanded T Cell Clones in SARS-CoV-2 Vaccine-Associated Liver Injury by Spatial Proteomics and Transcriptomics
2025-Jul, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.70172
PMID:40522253
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研究论文 | 通过空间蛋白质组学和转录组学分析SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤中的超扩增T细胞克隆 | 使用新型的mIF-RISH结合方法和Xenium原位平台进行单细胞空间转录组学分析，首次在SV ALI患者肝脏样本中定位和表征超扩增CD8+ T细胞克隆 | 研究仅基于一例严重SV ALI患者的肝脏样本，样本量较小 | 阐明SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤(SV ALI)的免疫病理机制 | SV ALI患者的肝脏移植样本中的T细胞克隆 | 空间多组学 | 肝损伤 | T细胞受体测序、多重免疫荧光(mIF)、RNA原位杂交(RISH)、Xenium原位单细胞空间转录组学 | NA | 空间多组学数据(蛋白质组+转录组) | 1例SV ALI患者的肝脏移植样本 |
| 409 | 2025-07-03 |
Integration of Machine Learning Algorithms and Single-Cell Sequencing Analysis Reveals the Efferocytosis-Related Molecular Subtype and Prognostic Scoring Index in Colon Adenocarcinoma
2025-Jul, Journal of gastroenterology and hepatology
IF:3.7Q2
DOI:10.1111/jgh.16985
PMID:40296254
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研究论文 | 通过整合机器学习算法和单细胞测序分析，揭示了结肠腺癌中与胞葬作用相关的分子亚型和预后评分指数 | 首次在结肠腺癌中整合多组学数据和机器学习算法，开发了与胞葬作用相关的分子亚型及预后评分系统，并验证了TIMP1作为关键调节因子的作用 | 研究结果需要进一步的临床验证，且样本来源仅限于公共数据库 | 探究结肠腺癌中胞葬作用相关基因的分子特征及其临床意义 | 结肠腺癌患者的多组学数据及体外功能实验 | 生物信息学 | 结肠腺癌 | 单细胞测序、多组学整合分析、机器学习算法 | 机器学习算法（未指定具体模型） | 多组学数据（基因表达、单细胞测序等） | 162个胞葬作用相关基因，22个在结肠腺癌中异常表达的基因 |
| 410 | 2025-07-03 |
Single-nuclei sequencing of Moricandia arvensis reveals bundle sheath cell function in the photorespiratory shuttle of C3-C4 intermediate Brassicaceae
2025-Jul-01, Journal of experimental botany
IF:5.6Q1
DOI:10.1093/jxb/eraf245
PMID:40590299
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序技术揭示了Moricandia arvensis中束鞘细胞在C3-C4中间型光合作用中的功能 | 首次利用单核RNA测序技术研究Brassicaceae科C3-C4中间型植物的细胞特异性表达模式，揭示了与光呼吸反应相关的基因表达变化 | 研究仅限于Brassicaceae科中的一个物种，结果可能不具有广泛代表性 | 探究C3-C4中间型植物中细胞特异性如何影响相互关联的代谢途径 | Moricandia arvensis（具有C3-C4中间型特征的Brassicaceae植物）和拟南芥（C3植物） | 植物分子生物学 | NA | 单核RNA测序(snRNA-seq), 电子显微镜免疫金标记 | NA | RNA测序数据, 显微镜图像 | Moricandia arvensis和拟南芥的叶片组织 |
| 411 | 2025-07-03 |
Stem Cells within the HPA Axis in Tissue Homeostasis and Disease
2025-Jul-01, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxaf039
PMID:40590582
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综述 | 本文综述了HPA轴中干细胞在组织稳态和疾病中的作用，包括其起源、定位、性别特异性活动以及在病理生理条件下的功能 | 总结了单细胞RNA测序揭示的HPA轴干细胞群体的异质性，并探讨了在衰老过程中替换丢失或受损干细胞的新兴策略 | 对HPA轴干细胞动态组织可塑性的机制理解仍有限，尤其是在人类中的研究不足 | 探讨HPA轴中干细胞在组织稳态和疾病中的作用及其潜在治疗应用 | HPA轴中的干细胞和祖细胞 | 干细胞生物学 | 代谢疾病、癌症、应激相关疾病 | 单细胞RNA测序、体外分化技术 | NA | NA | NA |
| 412 | 2025-07-03 |
MIF-mediated crosstalk between THRSP+ hepatocytes and CD74+ lipid-associated macrophages in hepatic periportal zone drives MASH
2025-Jul-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001429
PMID:40590856
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research paper | 该研究揭示了THRSP通过MIF介导招募CD74+脂质相关巨噬细胞（LAMs）在肝脏门静脉周围区域驱动代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）进展的机制 | 发现了THRSP通过MIF介导的与CD74+ LAMs的交互在MASH进展中的关键作用，并提出了新的治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究MASH进展中肝脏门静脉周围区域的空间分区及细胞间交互机制 | MASH小鼠模型及患者肝脏组织 | digital pathology | metabolic dysfunction-associated steatohepatitis | spatial transcriptomics (ST), CellPhoneDB分析 | 小鼠基因过表达/敲除模型 | 基因表达数据、空间转录组数据 | MASH小鼠及患者肝脏组织样本（具体数量未明确说明） |
| 413 | 2025-07-03 |
Salidroside Alleviates Renal Ischemia-reperfusion Injury by Inhibiting Macrophage Pyroptosis Through HIF Signaling
2025-Jul-01, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-025-02328-y
PMID:40591075
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研究论文 | 研究红景天中的活性成分红景天苷（Sa）通过抑制HIF信号通路减轻巨噬细胞焦亡，从而缓解肾缺血再灌注损伤（RIRI）的保护作用 | 揭示了红景天苷通过抑制ROS-HIF-1α正反馈环路，减少NLRP3炎症小体激活和巨噬细胞焦亡的新机制 | 需要进一步研究验证其临床潜力和分子特异性 | 探索红景天苷在肾缺血再灌注损伤中的保护作用及其机制 | 小鼠RIRI模型和巨噬细胞 | 病理学 | 肾缺血再灌注损伤 | 多组学分析、单细胞RNA测序、网络药理学 | 小鼠模型 | 实验数据、测序数据 | 小鼠模型和巨噬细胞样本 |
| 414 | 2025-07-03 |
ScReNI: Single-cell Regulatory Network Inference Through Integrating scRNA-seq and scATAC-seq Data
2025-Jul-01, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf060
PMID:40591481
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research paper | 本文提出了一种名为ScReNI的新算法，用于通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）数据推断单细胞水平的基因调控网络 | ScReNI算法通过整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，利用最近邻算法和修改后的随机森林推断基因表达与染色质可及性之间的非线性调控关系，能够分析配对和非配对数据集，并在基于网络的细胞聚类中表现出更高的准确性 | NA | 开发一种能够推断单细胞特异性调控网络的新算法 | 单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | 随机森林 | 单细胞测序数据 | NA |
| 415 | 2025-07-03 |
LEGEND: Identifying Co-expressed Genes in Multimodal Transcriptomic Sequencing Data
2025-Jul-01, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf056
PMID:40591483
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研究论文 | 介绍了一种名为LEGEND的计算方法，用于整合单细胞RNA测序和空间转录组数据，以识别共表达基因 | LEGEND是一种新颖的计算方法，首次整合了scRNA-seq和SRT数据，采用创新的层次聚类算法，最大化簇内冗余和簇间互补性，从而更有效地捕捉基因共表达和空间一致性的细微模式 | 未明确提及具体限制，但可能包括数据整合的复杂性和计算资源需求 | 揭示生物或病理过程中共功能基因的共表达模式 | 共表达基因 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, SRT | 层次聚类算法 | 转录组数据 | NA |
| 416 | 2025-07-03 |
miRNA centered regulatory networks identify FN1 and miR27b as metastatic drivers in HPV negative head and neck cancer
2025-Jul-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-08646-3
PMID:40593296
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研究论文 | 本研究通过分析HPV阴性头颈部鳞状细胞癌的转录组数据，开发了一个基于miRNA调控网络的转移预测模型，并识别出miR-27b和FN1作为转移的关键驱动因素 | 利用miRNA中心的调控网络结合调节组数据，构建了预测性能优越的转移预测模型（AUC 0.805），并首次揭示了miR-27b通过负调控FN1表达影响转移的机制 | 研究样本量虽然较大（333例），但仍需更多独立队列验证模型的普适性 | 阐明HPV阴性头颈部鳞癌转移的调控机制并开发预测模型 | HPV阴性头颈部鳞状细胞癌（HNSC）患者 | 肿瘤基因组学 | 头颈部鳞癌 | 转录组测序、单细胞RNA-seq | miRNA调控网络模型 | RNA-seq数据 | 333例HPV阴性HNSC肿瘤样本 |
| 417 | 2025-07-03 |
Identification of matrix stiffness-related molecular subtypes in HCC via integrating multi-omics analysis and machine learning algorithms
2025-Jul-01, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06733-7
PMID:40598539
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研究论文 | 通过整合多组学分析和机器学习算法，识别肝细胞癌（HCC）中与基质硬度相关的分子亚型 | 结合10种聚类算法和101种机器学习算法组合，构建了一个包含57个基因的基质硬度相关特征，并验证了关键基因PPARG的作用 | 研究结果需要在更大规模的临床样本中进行验证 | 研究基质硬度在肝细胞癌（HCC）预后和治疗反应中的作用 | 肝细胞癌（HCC）患者的多组学数据 | 数字病理学 | 肝癌 | 多组学分析、scRNA-seq、空间转录组学（ST） | 机器学习算法组合 | 多组学数据 | NA |
| 418 | 2025-07-03 |
Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Conserved IFNγ-IL8 Signaling-Induced Antibacterial Neutrophil States during Bacterial Infection
2025-Jul-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202504840
PMID:40598825
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示了细菌感染期间保守的IFNγ-IL8信号通路诱导的抗菌中性粒细胞状态 | 首次在尼罗罗非鱼中通过单细胞转录组和流式细胞术分析揭示了IFNγ驱动的il8⁺中性粒细胞转变，并验证了IL8在增强抗菌反应中的作用 | 研究主要基于尼罗罗非鱼模型，人类中性粒细胞验证数据有限 | 探究细菌感染期间免疫细胞亚型的动态变化及其调控机制 | 尼罗罗非鱼和人类的中性粒细胞 | 免疫学 | 细菌感染 | 单细胞转录组测序，流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据，流式细胞数据 | 113,356个来自头肾和脾脏的免疫单细胞，多个感染时间点 |
| 419 | 2025-07-02 |
From injury to recovery: Spatiotemporal dynamics of the visual pathway during spontaneous structural and functional regeneration after optic nerve transection in zebrafish
2025-07-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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研究论文 | 本研究系统描述了成年斑马鱼在视神经横断后5周内的再生动态，包括视网膜、视神经和大脑的时空协调恢复过程 | 首次全面揭示了斑马鱼视觉通路在视神经损伤后的时空再生动态，并建立了与功能恢复的关联 | 研究仅聚焦于斑马鱼模型，结果向哺乳动物（尤其是人类）的转化潜力仍需进一步验证 | 阐明斑马鱼视觉系统自发再生的时空动态机制 | 成年斑马鱼的视觉通路（视网膜、视神经和大脑） | 神经再生 | 视神经损伤 | H&E染色、免疫组化、透射电镜、单细胞RNA测序、视动反应(OKR)行为评估 | 斑马鱼模型 | 组织学图像、转录组数据、行为数据 | 未明确说明样本数量，研究持续5周时间 |
| 420 | 2025-07-02 |
Mature megakaryocytes acquire immune characteristics in a mouse model of aplastic anemia
2025-Jul-08, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024015621
PMID:40086077
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了成熟巨核细胞在再生障碍性贫血中获得的免疫特性 | 发现了成熟巨核细胞在免疫性骨髓衰竭中表现出免疫激活特征，并具有抗原呈递细胞的功能 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究巨核细胞在免疫性骨髓衰竭中的非血小板生成功能 | 小鼠模型和再生障碍性贫血患者的巨核细胞 | 血液学 | 再生障碍性贫血 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、电子显微镜 | 小鼠免疫性骨髓衰竭模型 | 基因表达数据、显微镜图像 | 未明确说明具体样本数量，包括小鼠模型和部分人类患者样本 |