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当前共找到 801 篇文献，本页显示第 381 - 400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2025-10-06 |
SpaDCN: Deciphering Spatial Functional Landscape from Spatially Resolved Transcriptomics by Aligning Cell-Cell Communications
2025-Jul, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202402111
PMID:39962819
|
研究论文 | 提出一种名为SpaDCN的空间动态图卷积网络框架，通过整合细胞间通讯和基因表达数据来识别空间功能区域 | 首次将细胞间通讯动态与基因表达在空间背景下对齐，采用动态图卷积在节点图和边图之间切换传播 | 未明确说明方法在特定组织类型或疾病背景下的适用性限制 | 从空间分辨转录组数据中解析空间功能景观 | 空间分辨转录组数据中的细胞和组织结构 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间分辨转录组技术 | 动态图卷积网络 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 382 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptome Reveals Aquaporin-Mediated Carbon Nanosol-Induced Growth Promotion of Plants
2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202504459
PMID:40305768
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了水通道蛋白介导的碳纳米溶胶促进植物生长的机制 | 首次在单细胞水平解析碳纳米材料对植物生长的促进作用机制，发现细胞类型特异性响应和水通道蛋白的关键作用 | 研究仅针对烟草根系，未验证其他植物物种；突变体验证仅限于tip1;1和tip2;1 | 探究碳纳米溶胶促进植物生长的分子机制 | 烟草根系细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 7,897个细胞，13种细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 383 | 2025-10-06 |
PP1A Modulates the Efficacy of Lenvatinib Plus ICIs Therapy by Inhibiting Ferroptosis in Hepatocellular Carcinoma
2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202501730
PMID:40344394
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研究论文 | 本研究揭示了PP1A通过抑制铁死亡调控肝细胞癌对乐伐替尼联合免疫检查点抑制剂治疗疗效的机制 | 首次发现PP1A通过去磷酸化Keap1第104位点破坏Keap1-Nrf2相互作用，从而抑制铁死亡并促进免疫逃逸 | 机制研究主要基于细胞和动物实验，需要进一步临床验证 | 探索肝细胞癌对乐伐替尼联合免疫治疗耐药的分子机制 | 肝细胞癌细胞系和动物模型 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 转录组分析、铁死亡代谢物分析、单细胞测序、共培养实验 | NA | 基因表达数据、代谢物数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 384 | 2025-10-06 |
Immune-Vascular Synergy: A Photodynamic Hydrogel Activating ALDH2 to Combat Inflammation and Enhance Angiogenesis in Diabetic Wound Healing
2025-Jul, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202500391
PMID:40364604
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研究论文 | 开发了一种光动力水凝胶，通过激活ALDH2减少中性粒细胞胞外诱捕网形成并促进血管生成，用于糖尿病伤口愈合 | 首次将ALDH2激活与免疫-血管双重调节策略相结合，直接靶向免疫调节与血管再生的相互作用机制 | NA | 解决糖尿病感染性伤口治疗中持续性感染、免疫反应受损和血管化不足等多重挑战 | 糖尿病伤口组织、中性粒细胞、巨噬细胞、内皮细胞 | 生物医学工程 | 糖尿病伤口 | 单细胞测序分析 | NA | 临床标本测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 385 | 2025-10-06 |
MatriCom, a single-cell RNA-sequencing data mining tool to infer cell-extracellular matrix interactions
2025-Jul-01, Journal of cell science
IF:3.3Q3
DOI:10.1242/jcs.263927
PMID:40501363
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研究论文 | 开发了一个名为MatriCom的单细胞RNA测序数据挖掘工具，用于推断细胞与细胞外基质之间的相互作用 | 创建了包含超过25,000个经过整理的基质组相互作用的独特数据库MatriComDB，并开发了首个能够从scRNA-Seq数据推断ECM组分间以及不同细胞群与ECM间通讯的工具 | NA | 开发一个能够从单细胞RNA测序数据推断细胞外基质相互作用的数据挖掘工具 | 单细胞RNA测序数据集中的细胞外基质组分和细胞群体 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 46个健康成人组织的scRNA-Seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 386 | 2025-10-06 |
Atlas of amnion development during the first trimester of human pregnancy
2025-Jul, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-025-01696-9
PMID:40659869
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学绘制人类妊娠早期羊膜发育图谱，揭示其细胞组成和相互作用 | 首次在人类妊娠早期系统鉴定羊膜主要细胞类型和亚型，发现上皮-间质和上皮-免疫细胞转化过程 | 研究仅关注妊娠早期，未涵盖整个妊娠期羊膜发育过程 | 阐明人类羊膜在妊娠早期的发育机制和细胞相互作用 | 人类妊娠早期羊膜组织 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 387 | 2025-10-06 |
Lymphoma B cells remodel bone marrow stromal cells into extracellular matrix-producing cancer-associated fibroblasts
2025-Jul-22, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024015616
PMID:40305664
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研究论文 | 本研究揭示了淋巴瘤B细胞通过重塑骨髓基质细胞为细胞外基质生成型癌症相关成纤维细胞，促进疾病进展的机制 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定出小鼠LepR+骨髓间充质干细胞与恶性B细胞之间存在双向相互作用，并揭示了其向ECM/TGFβ肌纤维母细胞样癌症相关成纤维细胞转化的特异性重编程过程 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本中直接相互作用的机制仍需进一步验证 | 探究B细胞淋巴瘤中骨髓基质微环境重塑的动力学和分子机制 | 滤泡性淋巴瘤患者骨髓样本和淋巴瘤B细胞骨髓异种移植小鼠模型 | 单细胞生物学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 滤泡性淋巴瘤患者骨髓样本和淋巴瘤小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 388 | 2025-10-06 |
Novel Copper-Responsive Cell Subtypes in Oyster Gills: scRNA-Seq Uncovers Detoxification Strategy and Intraspecific Accumulation Variation
2025-Jul-22, Environmental science & technology
IF:10.8Q1
DOI:10.1021/acs.est.5c05244
PMID:40639921
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建牡蛎鳃细胞图谱，揭示铜积累差异的细胞调控网络和解毒策略 | 首次在牡蛎鳃中鉴定出铜特异性积累的嗜铜细胞，并发现其丰度与铜含量直接相关（R=0.92） | NA | 研究牡蛎鳃对金属的吸收和解毒机制 | 牡蛎鳃细胞 | 单细胞组学 | 金属中毒 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 高铜积累和低铜积累牡蛎的鳃组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 389 | 2025-10-06 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal mechanisms of radioresistance and immune escape in recurrent nasopharyngeal carcinoma
2025-Jul-21, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02253-8
PMID:40691404
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学揭示复发性鼻咽癌的放疗抵抗和免疫逃逸机制 | 首次在复发性鼻咽癌中发现特异性MCAM癌症相关成纤维细胞通过胶原IV-ITGA2-FAK-AKT轴促进放疗抵抗，并揭示CD8 ZNF683细胞功能及CD47-SIRPα免疫检查点机制 | 样本量相对有限（24名患者的39个肿瘤），需要进一步验证研究 | 探究复发性鼻咽癌放疗抵抗和免疫逃逸的分子机制 | 鼻咽癌患者肿瘤样本 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间定位数据 | 24名患者的39个肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 390 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis reveals CD34+CD90+ endothelial cells promote tumor metastasis in gallbladder cancer
2025-Jul-18, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01040-2
PMID:40681742
|
研究论文 | 通过单细胞分析鉴定出促进胆囊癌转移的CD34+CD90+内皮细胞亚群 | 首次在胆囊癌中发现具有EndoMT特性的CD34+CD90+内皮细胞亚群，并证实其通过TGF-β信号通路促进肿瘤转移 | 未明确说明样本数量和研究人群特征 | 探究肿瘤内皮细胞在胆囊癌转移中的作用机制 | 胆囊癌患者的内皮细胞和肿瘤细胞 | 单细胞分析 | 胆囊癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 391 | 2025-10-06 |
Using machine learning to discover DNA metabolism biomarkers that direct prostate cancer treatment
2025-Jul-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-11457-1
PMID:40681784
|
研究论文 | 通过整合多组学数据和机器学习方法，发现DNA代谢基因在前列腺癌预后和治疗中的生物标志物作用 | 首次系统性地整合转录组数据、单细胞RNA测序和机器学习模型，揭示DNA代谢基因在前列腺癌免疫微环境和治疗反应中的关键作用 | 研究主要基于TCGA队列数据，需要更多独立队列验证；样本量相对有限 | 探索DNA代谢基因在前列腺癌进展、免疫调节和治疗反应中的作用机制 | 前列腺癌患者样本和正常细胞 | 机器学习 | 前列腺癌 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 基因富集分析 | CoxBoost算法, 机器学习模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | TCGA队列和外部验证数据集（具体样本数未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 392 | 2025-10-06 |
SCNT: an R package for data analysis and visualization of single-cell and spatial transcriptomics
2025-Jul-18, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06209-x
PMID:40681987
|
研究论文 | 开发了一个用于单细胞和空间转录组数据分析和可视化的R软件包 | 整合了Seurat和ggplot2等工具，支持Seurat与H5ad格式的无缝转换，提供高分辨率空间可视化功能 | 目前支持的ST平台有限，多组学数据整合功能有待加强 | 解决单细胞和空间转录组数据分析与可视化的挑战 | 单细胞和空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间数据 | 公共PBMC数据集, Visum和Visium HD人类肾脏组织数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Visium, Visium HD | 10x Visium, 10x Visium HD |
| 393 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing technology was employed to construct a risk prediction model for genes associated with pyroptosis and ferroptosis in lung adenocarcinoma
2025-Jul-18, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03323-5
PMID:40682067
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术构建了肺腺癌中焦亡和铁死亡相关基因的风险预测模型 | 首次在单细胞水平系统分析肺腺癌中焦亡相关基因的表达模式，并构建了结合焦亡和铁死亡基因的七基因预后模型 | 未在文中明确说明研究局限性 | 系统阐明肺腺癌中不同细胞类型焦亡的特征和预后价值 | 肺腺癌组织和细胞 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序, qPCR | 预后风险模型 | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据, 临床信息 | GSE189357单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 394 | 2025-10-06 |
STHD: probabilistic cell typing of single spots in whole transcriptome spatial data with high definition
2025-Jul-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03608-4
PMID:40682076
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研究论文 | 提出STHD方法用于全转录组空间转录组学中单点的概率性细胞分型 | 结合计数统计与邻域正则化的机器学习模型，能够以高分辨率预测亚细胞点位的细胞类型身份 | NA | 解决空间转录组数据高稀疏性和高维度带来的计算挑战，实现精确的细胞分型 | 空间转录组学中的单点细胞 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 全转录组空间转录组学 | 机器学习模型（结合计数统计与邻域正则化） | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 395 | 2025-10-06 |
SNRPB/CCNB1 axis promotes hepatocellular carcinoma progression and cisplatin resistance through enhancing lipid metabolism reprogramming
2025-Jul-18, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03463-y
PMID:40682115
|
研究论文 | 本研究揭示了SNRPB通过FOXM1-CCNB1轴调控脂质代谢重编程促进肝细胞癌进展和顺铂耐药的新机制 | 首次发现SNRPB/CCNB1轴通过增强脂质代谢重编程驱动肝癌进展和化疗耐药 | NA | 探索SNRPB在肝细胞癌进展和化疗耐药中的分子机制 | 肝细胞癌患者样本和细胞系 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, ChIP, Co-IP, 代谢分析 | NA | 转录组数据, 空间转录组数据, 单细胞数据 | 多个队列的肝细胞癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 396 | 2025-10-06 |
Integrative spatial omics reveals distinct tumor-promoting multicellular niches and immunosuppressive mechanisms in Black American and White American patients with TNBC
2025-Jul-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61034-3
PMID:40675986
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研究论文 | 本研究通过整合空间组学技术揭示了非裔美国人和白人三阴性乳腺癌患者中不同的肿瘤促进多细胞生态位和免疫抑制机制 | 首次使用成像质谱流式技术和空间转录组学整合方法，系统比较不同种族TNBC患者的肿瘤微环境特征 | 样本量相对有限，需要更大规模研究验证发现 | 探究三阴性乳腺癌种族差异的生物学机制 | 自我认同为非裔美国人和白人三阴性乳腺癌患者的肿瘤组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 成像质谱流式技术,空间转录组学 | NA | 空间多组学数据,图像数据 | 非裔美国人和白人TNBC患者队列 | NA | 空间转录组学,单细胞多组学 | NA | NA |
| 397 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveal individual and cooperative effects of trisomy 21 and GATA1s on hematopoiesis
2025-Jul-04, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102577
PMID:40680731
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示21三体综合征和GATA1s对造血过程的个体及协同效应 | 首次结合等基因hiPSCs、原代人胎儿/新生儿细胞和单细胞转录组学，解析T21和GATA1s在造血发育中的独立与协同作用 | 研究主要聚焦早期造血祖细胞，对晚期分化阶段和体内功能验证需进一步探索 | 解析21三体综合征和GATA1s突变在造血发育过程中的独立与协同作用机制 | 人类诱导多能干细胞、原代人胎儿和新生儿造血祖细胞 | 单细胞生物学 | 唐氏综合征相关血液疾病 | 单细胞转录组测序 | 轨迹分析 | 单细胞RNA测序数据 | 多种遗传背景的造血祖细胞样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 398 | 2025-10-06 |
Dynamic WT1 expression during gastrulation specifies peritoneal smooth muscle fate independently of mesothelial fate
2025-Jul-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204332
PMID:40554754
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研究论文 | 本研究揭示了WT1在小鼠原肠胚形成过程中动态表达，独立于间皮细胞命运指定腹膜平滑肌细胞谱系 | 首次发现WT1在原肠胚形成阶段表达，并独立于间皮细胞形成过程指定血管平滑肌和内脏平滑肌细胞命运 | 研究仅聚焦于小鼠胚胎发育早期阶段，尚未验证在人类或其他物种中的保守性 | 探究WT1在胚胎发育过程中对平滑肌细胞谱系特化的作用机制 | 小鼠胚胎发育过程中的WT1表达细胞和平滑肌前体细胞 | 发育生物学 | 发育异常疾病 | 他莫昔芬诱导遗传谱系追踪、单细胞RNA测序、共聚焦显微镜 | NA | 基因表达数据、显微镜图像 | 小鼠胚胎（E7.5-E12.5阶段） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 399 | 2025-10-06 |
Alevin-fry-atac enables rapid and memory frugal mapping of single-cell ATAC-seq data using virtual colors for accurate genomic pseudoalignment
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf234
PMID:40662809
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研究论文 | 本文介绍了alevin-fry-atac工具，该工具通过虚拟颜色技术实现单细胞ATAC-seq数据的快速且内存高效的处理 | 提出了一种改进的伪比对方案，通过将参考基因组分割为'虚拟颜色'（重叠的固定最大范围区域），解决了大基因组参考序列的伪比对挑战 | NA | 开发快速、内存高效的单细胞ATAC-seq数据处理工具 | 单细胞ATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq | 伪比对算法 | 基因组测序数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞ATAC-seq | Cell Ranger ATAC | 单细胞ATAC-seq分析流程 |
| 400 | 2025-10-06 |
Prediction of gene regulatory connections with joint single-cell foundation models and graph-based learning
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf217
PMID:40662821
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研究论文 | 提出一种结合单细胞基础模型和图学习的基因调控链接预测框架scRegNet | 首次将大规模预训练的单细胞基础模型与联合图学习方法相结合用于基因调控网络推断 | 需要依赖已知的转录因子-DNA结合数据进行监督学习 | 解决单细胞RNA测序数据中基因调控链接预测问题 | 基因调控网络和转录因子-DNA相互作用 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 基础模型, 图学习 | 基因表达数据 | 七个单细胞RNA测序基准数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |