单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 845 篇文献，本页显示第 381 - 400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2025-10-06 |
Prediction of gene regulatory connections with joint single-cell foundation models and graph-based learning
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf217
PMID:40662821
|
研究论文 | 提出一种结合单细胞基础模型和图学习的基因调控链接预测框架scRegNet | 首次将大规模预训练的单细胞基础模型与联合图学习方法相结合用于基因调控网络推断 | 需要依赖已知的转录因子-DNA结合数据进行监督学习 | 解决单细胞RNA测序数据中基因调控链接预测问题 | 基因调控网络和转录因子-DNA相互作用 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 基础模型, 图学习 | 基因表达数据 | 七个单细胞RNA测序基准数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 382 | 2025-10-06 |
ARTEMIS integrates autoencoders and Schrödinger Bridges to predict continuous dynamics of gene expression, cell population, and perturbation from time-series single-cell data
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf218
PMID:40662824
|
研究论文 | 提出ARTEMIS生成模型，整合变分自编码器和薛定谔桥来预测基因表达、细胞群体和扰动的连续动态 | 将变分自编码器与不平衡扩散薛定谔桥结合，首次在连续潜空间中重建细胞轨迹并估计时间依赖性细胞死亡率 | 基于单时间点快照数据推断连续动态，可能受限于数据稀疏性和技术噪声 | 从时间序列单细胞数据重建细胞轨迹、揭示基因表达动态和恢复细胞群体变化 | 胰腺β细胞分化、斑马鱼胚胎发生、癌细胞上皮间质转化过程 | 单细胞数据分析 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器(VAE), 薛定谔桥, 随机微分方程(SDEs) | 单细胞基因表达数据 | 三个scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 383 | 2025-10-06 |
Transcriptome assembly at single-cell resolution with Beaver
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf236
PMID:40662838
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研究论文 | 开发了一种名为Beaver的单细胞特异性转录本组装工具，用于短读长单细胞RNA测序数据 | 设计了转录本片段图组织个体组装，采用动态规划算法搜索全长转录本，并整合两个随机森林模型准确估计候选转录本在单个细胞中的表达可能性 | 仅针对短读长scRNA-seq数据设计，未验证在其他单细胞测序技术上的表现 | 解决单细胞分辨率下全长转录本重建的挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | Smart-seq3 | Smart-seq3单细胞RNA测序技术 |
| 384 | 2025-10-06 |
Biallelic Mutations in the Otogelin-Like Gene (OTOGL) Associated With Congenital Non-Syndromic Sensorineural Hearing Loss in a Chinese Family
2025-Jul, Molecular genetics & genomic medicine
IF:1.5Q4
DOI:10.1002/mgg3.70122
PMID:40682330
|
研究论文 | 通过全外显子测序在中国家庭中发现OTOGL基因双等位基因突变与非综合征性先天性听力损失相关 | 首次在中国家庭中鉴定出OTOGL基因复合杂合突变(p.Ile34Val和p.Phe319del)与先天性听力损失的关联 | 研究仅针对单个中国家庭，OTOGL基因突变谱和功能相关性仍需进一步研究 | 探索OTOGL基因突变与非综合征性感觉神经性听力损失的遗传机制 | 患有不明原因听力损失的中国家庭成员 | 遗传学 | 听力损失 | 全外显子测序,Sanger测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据,转录组数据 | 1个中国家庭(先证者为6岁男孩) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 385 | 2025-10-06 |
T Cells Enhance Tissue Complexity and Function to Study Fibrosis in 3D Skin-Like Tissue Models
2025-Jul, Tissue engineering. Part C, Methods
DOI:10.1177/19373341251360742
PMID:40690724
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研究论文 | 本研究开发了含有T细胞的3D皮肤样组织模型，用于研究纤维化疾病中T细胞的作用机制 | 首次在3D皮肤样组织中整合自体T细胞、成纤维细胞、巨噬细胞和角质形成细胞，并通过单细胞RNA测序鉴定T细胞亚群 | 模型仍需进一步验证其在其他器官纤维化研究中的适用性 | 研究T细胞在组织纤维化发病机制中的作用 | 硬皮病患者的血液来源T细胞、成纤维细胞、巨噬细胞和角质形成细胞 | 组织工程 | 硬皮病、特发性肺纤维化、肝纤维化、肾纤维化 | 单细胞RNA测序、酶联免疫吸附试验、组织分析 | 3D组织工程模型 | 基因表达数据、蛋白质表达数据、组织形态数据 | 硬皮病患者来源的细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 386 | 2025-10-06 |
Heterogeneity of lymphoid cells in PBMCs in the acute phase of SFTS: single-cell transcriptome profiling
2025-Jul-25, Journal of biomedical research
IF:2.2Q3
DOI:10.7555/JBR.39.20250250
PMID:40685857
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析SFTS急性期患者外周血单个核细胞中淋巴细胞的异质性及糖皮质激素治疗的影响 | 首次在单细胞水平揭示SFTS急性期淋巴细胞功能异常机制及糖皮质激素治疗对免疫反应的调节作用 | 样本量较小（16名参与者），且未明确说明糖皮质激素治疗的具体方案和剂量 | 研究SFTS急性期淋巴细胞功能异常机制及糖皮质激素治疗对免疫细胞的影响 | SFTS急性期患者和健康志愿者的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | 严重发热伴血小板减少综合征 | 单细胞RNA测序，生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 16名参与者（3名健康志愿者和13名SFTS急性期患者） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 387 | 2025-10-06 |
A Deep Learning Approach to Assessing Cell Identity in Stem Cell-Based Embryo Models
2025-Jul-22, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/7651_2025_654
PMID:40690128
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研究论文 | 开发了一种基于深度学习的集成模型，用于评估干细胞胚胎模型中细胞身份与发育保真度 | 首次将深度学习与单细胞RNA测序数据整合，创建了能够评估体外细胞类型身份并提供分类可靠性熵分数的工具 | NA | 评估干细胞胚胎模型中细胞类型与真实胚胎发育的相似程度 | 胚胎干细胞、胚胎体、体外分化细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 388 | 2025-10-06 |
IGCLAPS: an interpretable graph contrastive learning method with adaptive positive sampling for scRNA-seq data analysis
2025-Jul-21, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf411
PMID:40689508
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA测序数据分析的可解释图对比学习方法 | 开发了自适应正采样模块，基于表达相似性和软聚类标签动态识别真实正样本对 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中的细胞聚类性能 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图对比学习, 图变换器 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 389 | 2025-07-22 |
Cellular-resolution spatial transcriptomics of skin remodelling after fractional CO2 laser treatment
2025-Jul-21, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV
IF:8.4Q1
DOI:10.1111/jdv.20870
PMID:40689597
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 390 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing in tuberculosis: Application and future perspectives
2025-Jul-20, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003095
PMID:39111829
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在结核病研究中的应用现状与未来展望 | 系统总结了scRNA-seq在结核病领域的应用潜力，并首次探讨其在临床生物标志物发现、宿主导向治疗和精准治疗研究中的具体价值 | 未涉及具体实验数据验证，主要基于文献综述和理论分析 | 探讨单细胞RNA测序技术在结核病研究中的应用前景和发展方向 | 结核病免疫机制和细胞异质性 | 单细胞组学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 391 | 2025-10-06 |
The Icarian flight of antibody-drug conjugates: target selection amidst complexity and tackling adverse impacts
2025-Jul-19, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwaf002
PMID:39813112
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综述 | 本文综述抗体药物偶联物（ADCs）在靶点选择和应对毒性挑战方面的研究进展 | 重点探讨多靶点策略、pH依赖性抗体和掩蔽肽技术等创新方法，并强调单细胞测序和人工智能在优化靶点选择中的作用 | 作为综述文章，未涉及原始实验数据验证 | 分析ADC开发面临的挑战并探讨提高其疗效和安全性的策略 | 抗体药物偶联物（ADCs）及其靶向治疗应用 | NA | 癌症 | 单细胞测序，人工智能 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 392 | 2025-10-06 |
Identification of biomarkers for Laryngeal squamous cell carcinoma through Mendelian randomization and integrated bioinformatics analysis
2025-Jul-18, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03114-w
PMID:40679719
|
研究论文 | 通过整合多组学数据和孟德尔随机化方法，识别喉鳞状细胞癌的生物标志物并构建预后模型 | 首次系统分析泛凋亡相关基因在LSCC中的作用，结合单细胞RNA测序数据构建预后模型并验证其临床价值 | 样本量相对有限，需要更大规模的前瞻性研究验证模型的临床应用价值 | 识别喉鳞状细胞癌的生物标志物并构建预后预测模型 | 喉鳞状细胞癌患者样本和正常对照样本 | 生物信息学 | 喉癌 | RNA-seq, scRNA-seq, CNV分析, qRT-PCR | Lasso-Cox回归模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据, 拷贝数变异数据 | 训练集：114例LSCC和12例正常样本；验证集：270例LSCC样本；scRNA-seq：2例LSCC样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 393 | 2025-10-06 |
Architecture mechanics mediated osteogenic progression in bone regeneration of artificial scaffolds
2025-Jul-18, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adv8804
PMID:40680128
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了人工骨支架结构通过应力刺激调控骨再生的生物力学机制 | 首次阐明了支架结构诱导应力刺激(SASS)对细胞的生物力学机制，发现了SASS通过调控间充质干细胞粘着斑和成骨分化通路平衡骨重塑过程 | 研究仅针对石墨、富勒烯和金刚石三种支架材料，未涵盖其他生物材料体系 | 探究支架结构通过力学刺激调控骨再生的生物力学机制 | 骨间充质干细胞、破骨细胞、成骨细胞及临界尺寸骨缺损动物模型 | 骨组织工程 | 骨缺损 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 394 | 2025-10-06 |
Nicotinamide boosts oocyte quantity and quality by promoting N4-acetylation modification in lupus mice
2025-Jul-18, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adu0955
PMID:40680131
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示烟酰胺通过促进N4-乙酰化修饰改善狼疮小鼠卵母细胞数量和质量的作用机制 | 首次绘制狼疮小鼠卵母细胞acC修饰图谱，揭示NAT10介导的acC修饰在卵母细胞发育异常中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中验证 | 探究系统性红斑狼疮影响卵母细胞发育的分子机制及烟酰胺的治疗潜力 | 系统性红斑狼疮小鼠模型的卵母细胞 | 生殖医学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞转录组测序, 翻译组测序, acC-RNA免疫沉淀测序 | NA | 单细胞RNA测序数据, 翻译组数据, 表观遗传修饰数据 | 狼疮小鼠卵母细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 翻译组测序, 表观遗传学测序 | NA | NA |
| 395 | 2025-10-06 |
Single cell transcriptomic profiling of eosinophils and airway immune cells in childhood asthma
2025-Jul-18, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.06.034
PMID:40684957
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研究论文 | 本研究通过优化单细胞RNA测序方法，显著提高了儿童哮喘患者鼻腔灌洗样本中粒细胞（特别是嗜酸性粒细胞）的检测效率 | 采用10x Genomics Flex平台结合定制化数据处理流程，实现了粒细胞检测量16倍以上的提升，首次在组织样本中成功捕获嗜酸性粒细胞和中性粒细胞亚群 | 研究仅针对鼻腔灌洗样本，未验证其他组织类型；样本量相对有限 | 优化单细胞RNA测序技术在粒细胞检测中的应用，探索儿童哮喘的免疫细胞特征 | 儿童哮喘患者的鼻腔灌洗样本中的免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序，生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 儿童哮喘患者鼻腔灌洗样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Genomics Flex | 10x Genomics Flex平台结合定制化数据处理流程 |
| 396 | 2025-10-06 |
NPLOC4 constructs tumor immunosuppressive microenvironment in pan-cancer and hepatocellular carcinoma
2025-Jul-17, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究探讨NPLOC4在泛癌和肝细胞癌肿瘤免疫微环境中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力 | 首次系统揭示NPLOC4在肿瘤免疫微环境中的免疫抑制作用及其作为免疫治疗新靶点的潜力 | 研究主要基于公共数据库数据，部分发现需进一步实验验证 | 探究NPLOC4在肿瘤免疫微环境中的作用机制和治疗价值 | 多种肿瘤类型和肝细胞癌患者组织样本及肿瘤细胞系 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | qRT-PCR, 免疫组织化学, 单细胞测序分析 | NA | mRNA表达数据, 蛋白质表达数据, 单细胞测序数据 | 多个公共数据库数据及肝细胞癌患者癌组织和癌旁组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 397 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptome and Microbiome Profiling Uncover Ileal Immune Impairment in Intrauterine Growth-Retarded Piglets
2025-Jul-17, Current pharmaceutical design
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和微生物组分析揭示了宫内生长迟缓仔猪回肠免疫功能障碍的机制 | 首次结合单细胞RNA测序和16S rRNA测序技术，系统揭示了IUGR仔猪免疫细胞比例变化、信号通路异常及肠道菌群失调的关联机制 | 样本量较小（仅3对仔猪），且仅观察了7日龄时的表型变化 | 探究宫内生长迟缓仔猪的基因调控模式和微生物组变化 | 宫内生长迟缓仔猪和正常同窝仔猪的回肠组织和肠道内容物 | 单细胞组学 | 宫内生长迟缓 | 单细胞RNA测序, 16S rRNA扩增子测序 | SCENIC, 伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据, 微生物组数据 | 3只IUGR仔猪和3只正常同窝仔猪 | NA | 单细胞RNA测序, 16S rRNA测序 | NA | NA |
| 398 | 2025-10-06 |
Mechanism of Initial Favorable Response to Decitabine in TP53-Mutated MDS/AML and Potential Mechanisms of Subsequent Relapse
2025-Jul-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3192
PMID:40397797
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研究论文 | 本研究探讨了TP53突变MDS/AML患者对地西他滨初始治疗产生良好反应及后续复发的潜在机制 | 首次通过整合靶向测序、纳米孔DNA甲基化测序和单细胞转录组学，系统分析TP53突变患者在地西他滨治疗过程中白血病细胞与免疫群体的动态变化 | 样本量有限，属于II期临床研究，需要更大规模研究验证 | 阐明TP53突变MDS/AML患者对地西他滨治疗反应及复发的分子机制 | 骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病患者 | 血液肿瘤学 | 骨髓增生异常综合征,急性髓系白血病 | 靶向髓系panel测序,纳米孔DNA胞嘧啶甲基化测序,单细胞转录组学 | NA | 基因组测序数据,甲基化数据,单细胞转录组数据 | 未明确样本数量，但为系列样本（治疗前、治疗完成时、形态学缓解期和复发期） | NA | 单细胞RNA-seq,DNA甲基化测序 | NA | NA |
| 399 | 2025-10-06 |
Enhancer-driven gene regulatory networks reveal transcription factors governing T cell adaptation and differentiation in the tumor microenvironment
2025-Jul-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.04.030
PMID:40425012
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研究论文 | 通过单细胞多组学分析揭示调控肿瘤微环境中组织驻留记忆CD8 T细胞分化的转录因子网络 | 首次通过配对单细胞RNA测序和ATAC测序技术，构建增强子驱动的调控网络，揭示KLF2和BATF转录因子在Trm样TIL形成中的拮抗作用 | 研究基于模型系统，需要在人类患者样本中进一步验证 | 阐明肿瘤微环境中CD8 T细胞组织驻留记忆表型形成的调控机制 | T细胞受体匹配的CD8 T细胞，包括感染和癌症模型中的T细胞 | 单细胞多组学 | 实体恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 多组学分析 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 400 | 2025-10-06 |
Prenatally derived macrophages support choroidal health and decline in age-related macular degeneration
2025-Jul-07, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20242007
PMID:40261298
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研究论文 | 本研究揭示了人类脉络膜中两种FOLR2表达不同的巨噬细胞群体及其在年龄相关性黄斑变性中的变化 | 首次发现脉络膜中存在产前来源的FOLR2+巨噬细胞，并证明其在AMD中数量减少和功能失调 | 研究主要基于观察性数据，机制验证仍需进一步实验 | 探究人类脉络膜的免疫细胞组成及其在年龄相关性黄斑变性中的作用 | 人类脉络膜组织和巨噬细胞 | 眼科疾病研究 | 年龄相关性黄斑变性 | 3D多重免疫荧光,单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 图像,基因表达数据,细胞计数数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |