单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-09-14	Barcoded monoclonal embryoids are a potential solution to confounding bottlenecks in mosaic organoid screens 2025-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655669 PMID:40475436	研究论文	开发了一种基于单克隆胚胎体和遗传条形码的技术方案，以解决嵌合类器官筛选中的统计瓶颈问题	提出单克隆胚胎体结合遗传条形码的方法，有效克服了传统嵌合胚胎体筛选中的克隆复杂性损失和统计效力限制	目前仅进行了概念验证实验，尚未在大规模应用中验证其可扩展性和普适性	优化CRISPR筛选在胚胎体中的统计效力，准确量化转录因子扰动对细胞命运的影响	小鼠胚胎干细胞（mESCs）和胚胎体（EBs）	发育生物学	NA	CRISPR筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、遗传条形码	NA	单细胞转录组数据	未明确具体样本数量，但涉及所有转录因子的CRISPR扰动库
22	2025-09-14	Antibiotic treatment limits survival of peripheral and bone marrow B cell populations 2025-Jul-16, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024013694 PMID:40668665	研究论文	本研究通过小鼠模型探讨广谱抗生素治疗对骨髓和外周B细胞生存的负面影响及其机制	首次发现抗生素通过抑制促生存MYC信号通路导致B细胞凋亡，且该过程独立于干扰素信号	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证；体外实验可能无法完全模拟体内复杂环境	阐明抗生素治疗对造血系统B细胞群体的影响机制	小鼠骨髓造血细胞和外周B细胞群体	免疫学	感染性疾病	单细胞RNA测序，流式细胞术，粪便微生物移植	NA	基因表达数据，细胞计数数据	NA
23	2025-07-23	SMURF Reconstructs Single-Cells from Visium HD Data to Reveal Zonation of Transcriptional Programs in the Intestine 2025-Jul-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656357 PMID:40502153	研究论文	本文介绍了一种名为SMURF的新型软分割算法，用于将空间转录组学数据中的mRNA映射到单个细胞，并揭示了肠道中基因表达程序的区域化	开发了SMURF算法，能够将mRNA从条形码捕获点映射到附近的细胞核，并将复杂组织结构中的细胞展开到标准笛卡尔坐标系中	未明确提及算法的适用范围或与其他方法的比较	研究肠道中基因表达程序的区域化及其调控机制	肠道中的细胞及其基因表达程序	空间转录组学	NA	空间转录组学	SMURF算法	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量
24	2025-09-13	Single-cell transcriptomics reveal alveolar macrophages-specific responses in single-hit ozone exposure model in mice 2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.11.664370 PMID:40791434	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析小鼠肺泡巨噬细胞在不同浓度臭氧暴露下的特异性反应	首次在单细胞分辨率下揭示臭氧浓度依赖性的肺泡巨噬细胞转录组改变和功能调控	研究仅使用C57BL/6J雄性成年小鼠，结果可能不适用于其他品系或性别	探究肺泡巨噬细胞对臭氧暴露的分子响应机制	C57BL/6J雄性成年小鼠的肺泡巨噬细胞	单细胞组学	呼吸系统疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	C57BL/6J雄性成年小鼠暴露于过滤空气、1 ppm臭氧或1.5 ppm臭氧3小时
25	2025-09-13	A hybrid 1DCNN-GRU deep learning framework for classifying caprine granulosa cell fertility potential using single-cell transcriptomics 2025-Jul, Veterinary world IF:1.7Q2 DOI:10.14202/vetworld.2025.1922-1935 PMID:40926859	研究论文	本研究开发了一种结合1DCNN和GRU的混合深度学习模型，用于基于单细胞转录组数据对山羊颗粒细胞的生育潜力进行分类	首次将深度学习应用于山羊颗粒细胞的生育潜力分类，并创新性地结合了1DCNN和GRU处理单细胞转录组数据	需要在更大数据集和跨物种中进行进一步验证以确认模型的普适性	开发一种标准化、可量化的方法来评估山羊颗粒细胞的生育潜力	山羊颗粒细胞（GCs）	机器学习	NA	scRNA-seq	1DCNN-GRU混合模型	基因表达数据	公开可用的单胎和多胎山羊scRNA-seq数据集
26	2025-09-12	CREB drives acinar cells to ductal reprogramming and promotes pancreatic cancer progression in preclinical models of alcoholic pancreatitis 2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.05.574376 PMID:38903082	研究论文	本研究探讨了CREB在酒精性胰腺炎背景下驱动腺泡细胞向导管重编程并促进胰腺癌进展的机制	揭示了CREB与致癌Kras在慢性炎症环境中协同促进胰腺癌进展的分子互作机制	研究基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	阐明CREB在酒精性胰腺炎相关胰腺癌发展中的作用	转基因小鼠模型（Ptf1aCreERTM/+;LSL-KrasG12D/+）及其衍生品系	癌症生物学	胰腺癌	Western blotting、磷酸激酶阵列、qPCR、单细胞RNA测序、谱系追踪	NA	基因表达数据、组织学图像	多种遗传修饰小鼠模型（KC、KCC-/-等）
27	2025-09-12	Single-cell analysis of dup15q syndrome reveals developmental and postnatal molecular changes in autism 2025-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61184-4 PMID:40615364	研究论文	通过单细胞和单核RNA测序分析dup15q综合征的皮质类器官和死后脑样本，揭示胎儿期和青少年-成人期的分子变化	首次在单细胞水平揭示dup15q综合征发育期和成年期的细胞类型特异性分子变化，并发现类器官与死后样本间高度保守的疾病相关模块	基于死后脑样本和类器官模型，可能无法完全反映活体大脑的动态过程	研究dup15q综合征与自闭症相关的分子机制	dup15q患者来源的iPSC皮质类器官和死后脑样本	数字病理学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学, 基因共表达网络分析	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	dup15q患者来源的iPSC皮质类器官和死后脑样本
28	2025-09-11	Long-read RNA sequencing of transposable elements from single cells using CELLO-seq 2025-Jul-16, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01203-2 PMID:40670609	研究论文	提出一种名为CELLO-seq的单细胞长读长RNA测序协议，用于精确映射转座元件的表达至独特基因组位点	结合长读长测序、50核苷酸独特分子标识符和高PCR重复数实现错误校正，首次实现高保真映射高序列相似性年轻转座元件及异构体	需要用户具备分子生物学和转录组分析经验，未明确说明样本通量或成本限制	开发高精度单细胞转座元件表达分析技术	哺乳动物转座元件（TEs）及其与基因的相互作用	基因组学	NA	长读长RNA测序（CELLO-seq），PCR，独特分子标识符（UMI）	NA	RNA序列数据	单细胞水平（具体数量未说明）
29	2025-09-11	scPlantLLM: A Foundation Model for Exploring Single-cell Expression Atlases in Plants 2025-Jul-11, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf024 PMID:40094454	研究论文	开发了一个基于Transformer的基础模型scPlantLLM，用于处理植物单细胞RNA测序数据，提升细胞聚类、注释和批次整合能力	首次为植物单细胞数据设计基础模型，采用顺序预训练策略结合掩码语言建模和细胞类型注释任务，在零样本学习中达到0.91准确率	NA	解决植物单细胞RNA测序数据在批次整合、细胞类型注释和基因调控网络推断中的计算挑战	植物单细胞表达图谱，特别是拟南芥数据集	计算生物学	NA	scRNA-seq	Transformer	单细胞基因表达数据	数百万个植物单细胞数据点
30	2025-09-10	Obesity hinders the efficacy of adipose-derived stem cells for knee osteoarthritis by reducing the proportion of DPP4+ stem cells 2025-Jul-24, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szaf004 PMID:40913785	研究论文	本研究探讨肥胖如何通过减少DPP4+干细胞比例削弱脂肪源性干细胞对膝骨关节炎的治疗效果	首次揭示肥胖通过特异性减少DPP4+干细胞亚群而影响干细胞疗效的机制	研究基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	探究肥胖对脂肪源性干细胞治疗骨关节炎疗效的影响机制	野生型和ob/ob肥胖小鼠的脂肪源性干细胞	再生医学	骨关节炎	单细胞RNA测序、荧光激活细胞分选(FACS)	NA	基因表达数据、行为学数据、组织学数据	野生型和ob/ob小鼠的脂肪源性干细胞样本
31	2025-09-10	Synovial tissue atlas in juvenile idiopathic arthritis reveals pathogenic niches associated with disease severity 2025-Jul-02, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adt6050 PMID:40601776	研究论文	通过单细胞RNA测序等技术构建幼年特发性关节炎滑膜组织图谱，揭示与疾病严重程度相关的致病微环境	首次结合单细胞RNA测序、多重免疫荧光和空间转录组学分析初治JIA患儿滑膜组织，识别出与关节炎严重程度相关的空间组织微环境和特定细胞群体	研究样本限于疾病早期未接受治疗的患儿，可能无法代表所有JIA亚型或疾病阶段	解析幼年特发性关节炎滑膜组织的细胞组成和空间结构，指导精准靶向治疗	初治幼年特发性关节炎患儿的滑膜组织活检样本、滑液及外周血	数字病理学	幼年特发性关节炎	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、空间转录组学	NA	基因表达数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	未明确样本数量的初治JIA患儿滑膜组织活检
32	2025-09-09	Clonal hematopoiesis is clonally unrelated to multiple myeloma and is associated with specific microenvironmental changes 2025-Jul-31, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026236 PMID:40112284	研究论文	本研究探讨克隆造血（CHIP）与多发性骨髓瘤（MM）的共存关系及其对肿瘤微环境（TME）的影响	首次证明CHIP与MM克隆起源无关，并通过单细胞RNA测序揭示CHIP阳性TME的特定炎症和免疫抑制特征	样本量有限（106例患者），血红蛋白差异趋势未达统计学显著性	分析CHIP在多发性骨髓瘤微环境中的作用及临床意义	多发性骨髓瘤患者（106例）及其肿瘤微环境	肿瘤生物学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	106例多发性骨髓瘤患者（其中16例进行单细胞RNA测序）
33	2025-09-09	Single-cell analysis unveils immune dysregulation and EBV-driven lymphoproliferative disorder in pediatric liver transplant recipients 2025-Jul, Human immunology IF:3.1Q3 DOI:10.1016/j.humimm.2025.111309 PMID:40263002	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了儿童肝移植受者中EBV驱动的移植后淋巴增殖性疾病（PTLD）的免疫微环境异常	首次在单细胞分辨率下系统描绘PTLD患者的免疫失调特征，特别是EBV感染对记忆B细胞和浆细胞的靶向作用	样本量有限，且仅关注了外周血单核细胞，未涉及组织微环境	阐明儿童肝移植后EBV相关淋巴增殖性疾病的免疫机制	儿童肝移植受者（包括PTLD患者、EBV阳性非PTLD患者、EBV阴性患者）和健康儿童	免疫学	移植后淋巴增殖性疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	四组研究对象：PTLD伴EBV感染组、EBV阳性非PTLD组、EBV阴性移植组和健康儿童组
34	2025-09-07	Single-Cell Transcriptomic Changes in Patient-Derived Glioma and U87 Glioblastoma Cell Cultures Infected with the Oncolytic Virus VV-GMCSF-Lact 2025-07-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26146983 PMID:40725231	研究论文	利用单细胞RNA测序比较溶瘤病毒VV-GMCSF-Lact感染后人源胶质瘤细胞、非恶性脑细胞和U87胶质母细胞瘤细胞的转录组响应	首次在单细胞分辨率下揭示溶瘤病毒对不同类型胶质瘤细胞的感染特异性及早期转录事件决定细胞命运的机制	研究仅限于体外细胞模型，未涉及体内肿瘤微环境的影响	探究溶瘤病毒VV-GMCSF-Lact对胶质瘤细胞的感染机制和转录组响应	人源胶质瘤细胞、非恶性脑细胞、U87 MG胶质母细胞瘤细胞系	肿瘤免疫治疗	胶质瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	患者来源胶质瘤培养物和U87细胞系的多细胞样本
35	2025-09-07	Chronic Alcohol Consumption Enhances the Differentiation Capacity of Hematopoietic Stem and Progenitor Cells into Osteoclast Precursors 2025-Jul-17, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.06.010 PMID:40683559	研究论文	本研究探讨慢性酒精摄入如何增强造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体分化的能力	首次在非人灵长类模型中揭示慢性酒精摄入通过改变HSPC的分化倾向促进破骨细胞生成	研究基于猕猴模型，结果向人类直接推广需谨慎	阐明酒精导致骨密度降低的细胞机制	猕猴造血干细胞和祖细胞(HSPCs)	NA	骨质疏松症	光谱流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	流式细胞数据, 基因表达数据	猕猴模型样本
36	2025-09-06	Progress in the Application of Single-Cell Sequencing in Neoadjuvant Therapy for Esophageal Cancer 2025-Jul, Cureus DOI:10.7759/cureus.89163 PMID:40895953	综述	本文探讨单细胞测序技术在食管癌新辅助治疗中的应用进展及其对肿瘤微环境和治疗策略的启示	提供了评估新辅助治疗有效性的新视角，并通过单细胞水平分析揭示个体细胞差异	未明确提及具体研究限制，但属于技术应用综述而非实证研究	推动食管癌新辅助治疗策略的优化和个性化治疗发展	食管癌肿瘤微环境及接受新辅助治疗的患者群体	数字病理学	食管癌	单细胞测序（sc-seq）	NA	转录组数据	NA
37	2025-09-05	[Buyang Huanwu Decoction targets PPARG/SPP1/CD44 signaling pathway: mechanisms of lipid dysregulation and treatment in idiopathic pulmonary fibrosis] 2025-Jul, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica DOI:10.19540/j.cnki.cjcmm.20250310.401 PMID:40904095	研究论文	本研究通过多组学方法揭示补阳还五汤通过靶向PPARG/SPP1/CD44信号通路调控脂质代谢治疗特发性肺纤维化的新机制	首次发现PPARG/SPP1/CD44通路在IPF脂质代谢失调中的核心调控作用，并验证中药复方补阳还五汤通过该通路发挥抗纤维化作用	研究主要基于动物模型，临床转化价值需进一步验证	探究特发性肺纤维化中脂质代谢失调的分子机制及中药治疗靶点	特发性肺纤维化大鼠模型及人源基因表达数据	生物医学研究	特发性肺纤维化	RNA测序、单细胞RNA测序、网络药理学、分子对接、Western blot	NA	基因表达数据、蛋白质数据	大鼠模型六组（对照组、模型组、吡非尼酮组及补阳还五汤低中高剂量组），GEO数据库人源数据
38	2025-09-02	Leveraging RNA-seq deconvolution to improve complex in vitro model characterization 2025-Jul-21, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110510 PMID:40701251	研究论文	本文评估RNA-seq反卷积方法在复杂体外模型细胞组成分析中的应用与优化	利用公开scRNA-seq数据集通过反卷积方法预测复杂体外模型的细胞比例，并评估不同插补方法对反卷积准确性的提升	反卷积方法的准确性存在显著差异，需依赖不断增长的单细胞数据资源	开发复杂体外模型的表征方法以支持毒理学和药物研发	基于干细胞的人肠道类器官模型和新生啮齿动物睾丸模型	计算生物学	NA	RNA-seq, scRNA-seq, 反卷积分析	NA	bulk RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据	两种复杂体外模型系统
39	2025-09-01	High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer 2025-Jul-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adx3800 PMID:40705858	研究论文	介绍PEtracer技术，一种基于prime editing的演化谱系追踪方法，用于高分辨率绘制细胞状态和谱系动态	开发了兼容单细胞测序和多模态成像的prime editing谱系追踪技术，可在保留组织空间背景的同时联合分析细胞状态和谱系	NA	绘制发育和疾病中细胞命运决定的时空动态	小鼠肿瘤转移模型中的细胞	生物技术	肿瘤	prime editing, MERFISH空间转录组分析	NA	空间转录组数据，成像数据	NA
40	2025-08-31	Deciphering the tumor immune microenvironment: single-cell and spatial transcriptomic insights into cervical cancer fibroblasts 2025-Jul-05, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03432-5 PMID:40616092	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，解析宫颈癌肿瘤免疫微环境中癌症相关成纤维细胞的异质性及其功能作用	首次在宫颈癌中系统鉴定出六种成纤维细胞亚型，并揭示C0 MYH11⁺成纤维细胞通过MDK-SDC1信号轴在肿瘤进展中的关键作用	研究结果仅部分揭示了CAFs的免疫调节功能，需要进一步验证MDK-SDC1通路的治疗潜力	解析宫颈癌肿瘤免疫微环境中成纤维细胞的异质性并探索免疫治疗新靶点	宫颈癌患者的肿瘤组织和细胞系	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 反卷积分析, FACS, 多重免疫荧光	预后预测模型	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, bulk RNA-seq数据	人类宫颈癌组织样本和培养细胞系