单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 845 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-11-24 |
Spatial transcriptomics defines the cell-specific RNA landscape of equine dorsal root ganglia
2025-Jul, Veterinary pathology
IF:2.3Q1
DOI:10.1177/03009858241312623
PMID:39916473
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术绘制了马背根神经节细胞特异性RNA图谱 | 首次将人类细胞标记物成功应用于马背根神经节的空间转录组分析，并验证了其在马组织中的适用性 | 研究仅针对健康成年马匹，尚未应用于疾病状态 | 定义健康成年马背根神经节的空间转录组景观 | 马背根神经节组织 | 空间转录组学 | 神经退行性疾病 | 数字空间分析 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiling | GeoMx数字空间分析平台 |
| 22 | 2025-11-22 |
Epigenetic Adaptation Drives Monocyte Differentiation into Microglia-Like Cells Upon Engraftment into the Central Nervous System
2025-Jul-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612126
PMID:39314467
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示单核细胞在进入中枢神经系统后通过表观遗传重编程获得小胶质细胞特异性标记物表达的能力 | 挑战了传统认为单核细胞与驻留小胶质细胞可通过特定标记物区分的范式，首次证明单核细胞能在中枢神经系统中通过表观遗传适应转化为小胶质细胞样细胞 | NA | 探究单核细胞在中枢神经系统中的表观遗传适应机制及其对小胶质细胞标记物特异性的影响 | 骨髓嵌合体模型中的单核细胞和小胶质细胞 | 表观遗传学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 流式细胞术, 免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 流式细胞数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 23 | 2025-11-20 |
Chemical Perturbations Impacting Histone Acetylation Govern Colorectal Cancer Differentiation
2025-Jul-07, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2025.07.003
PMID:40633623
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研究论文 | 本研究通过筛选靶向表观遗传调控因子的小分子化合物，发现HDAC1/2抑制可促进结直肠癌分化并抑制肿瘤生长 | 首次发现HDAC1/2抑制通过调控H3K27ac和H3K9ac组蛋白修饰促进结直肠癌分化的分子机制 | 研究主要基于体外模型和动物模型，临床转化效果需进一步验证 | 鉴定和表征调控结直肠癌分化的表观遗传调控因子 | 结直肠癌细胞系、小鼠模型和患者来源的结直肠癌类器官 | 表观遗传学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、组蛋白修饰谱分析、质谱分析、遗传筛选 | NA | 基因表达数据、表观遗传数据、组蛋白修饰数据 | 多种结直肠癌模型，包括患者来源的类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 24 | 2025-11-19 |
Chronic Alcohol Consumption Enhances the Differentiation Capacity of Hematopoietic Stem and Progenitor Cells into Osteoclast Precursors
2025-Jul-17, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.06.010
PMID:40683559
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研究论文 | 本研究通过恒河猴模型揭示慢性酒精摄入增强造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体分化的能力 | 首次在灵长类动物模型中系统揭示慢性酒精摄入通过改变HSPCs的转录组和表观基因组增强其向破骨细胞分化的分子机制 | 研究仅限于恒河猴模型，尚未在人类中验证 | 探究慢性酒精摄入如何影响造血干细胞和祖细胞向破骨细胞的分化过程 | 恒河猴模型的造血干细胞和祖细胞及其分化的单核细胞/巨噬细胞 | 单细胞组学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序,光谱流式细胞术,集落形成单位检测 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 恒河猴模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 25 | 2025-11-17 |
Spatia: Multimodal Model for Prediction and Generation of Spatial Cell Phenotypes
2025-Jul-07, ArXiv
PMID:40671942
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研究论文 | 开发了一个多尺度生成和预测模型Spatia，用于整合细胞形态、基因表达和空间背景的表示学习 | 首次提出能够融合细胞形态、基因表达和空间背景的统一表示学习方法，并具备生成高分辨率细胞图像的能力 | NA | 学习整合细胞形态、基因表达和空间背景的统一表示，以理解组织功能 | 空间转录组学数据中的细胞、生态位和组织 | 数字病理学 | 多种疾病 | 空间转录组学 | Transformer, 扩散模型, 交叉注意力 | 图像, 基因表达数据 | 1700万细胞-基因对，100万生态位-基因对，1万组织-基因对，来自49名捐赠者，17种组织类型，12种疾病状态 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 26 | 2025-11-15 |
scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution
2025-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.613754
PMID:39345504
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研究论文 | 提出首个从DNA序列建模单细胞分辨率多组学数据的框架scooby | 首个在单细胞分辨率从序列建模scRNA-seq覆盖度和scATAC-seq插入谱的框架，通过细胞特异性解码器和预训练模型微调实现 | NA | 理解调控DNA元件如何影响单个细胞中的基因表达，建立统一的基因调控模型 | 造血系统数据集中的单细胞多组学数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 多组学分析 | 基于Borzoi预训练模型的深度学习框架 | 基因组序列, 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 27 | 2025-11-07 |
PLIN2 promotes colorectal cancer progression through CD36-mediated epithelial-mesenchymal transition
2025-Jul-10, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07836-1
PMID:40640171
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研究论文 | 本研究揭示了PLIN2通过稳定CD36蛋白表达促进结直肠癌上皮-间质转化和肿瘤进展的分子机制 | 首次发现PLIN2通过抑制CD36蛋白的蛋白酶体降解途径稳定其表达，进而促进EMT过程和结直肠癌进展 | NA | 构建可靠的预后预测模型并阐明结直肠癌进展的关键分子机制 | 结直肠癌细胞、临床标本、组织芯片 | 生物信息学 | 结直肠癌 | WGCNA、单细胞RNA测序、空间转录组、免疫沉淀、免疫荧光 | LASSO回归、Cox回归、Kaplan-Meier生存分析 | 基因表达谱、临床数据 | 120个免疫细胞表达谱及临床标本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | NA |
| 28 | 2025-11-06 |
C3a-C3aR1-Mediated Interactions Between Fibroblast-Like Synoviocytes and Macrophages Promote the Progression of Rheumatoid Arthritis
2025-Jul-14, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.43319
PMID:40654154
|
研究论文 | 本研究揭示成纤维样滑膜细胞通过C3a-C3aR1信号通路与巨噬细胞相互作用促进类风湿关节炎进展的机制 | 首次发现FLS与巨噬细胞通过C3a-C3aR1信号形成正反馈环路驱动滑膜炎症 | 研究主要基于小鼠胶原诱导关节炎模型，人类临床验证尚需进一步研究 | 解析类风湿关节炎滑膜中细胞相互作用机制并探索治疗新靶点 | 类风湿关节炎患者滑膜组织和小鼠关节炎模型 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 成像质谱流式技术,单细胞RNA测序 | NA | 图像,基因表达数据 | 类风湿关节炎与骨关节炎滑膜组织比较，胶原诱导关节炎小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 29 | 2025-11-02 |
Resolving microenvironment complexity and cellular heterogeneity in osteoarthritis via spatial transcriptomics
2025-Jul-14, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2025.07.007
PMID:40669534
|
综述 | 本文探讨空间转录组学技术在解析骨关节炎微环境复杂性和细胞异质性中的应用与进展 | 系统阐述空间转录组学如何突破传统转录组技术的空间分辨率限制，揭示骨关节炎中分区基因表达模式和细胞间相互作用 | 当前技术存在局限性，需要与其他组学和成像技术整合 | 探索空间转录组学在骨关节炎研究中的应用潜力 | 骨关节炎关节组织（软骨、滑膜、软骨下骨、关节周围组织） | 空间转录组学 | 骨关节炎 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 30 | 2025-10-28 |
CROPseq-multi: a universal solution for multiplexed perturbation in high-content pooled CRISPR screens
2025-Jul-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.17.585235
PMID:38558968
|
研究论文 | 开发了一种名为CROPseq-multi的多重CRISPR筛选系统，用于在高质量集合筛选中实现通用多重扰动 | 开发了具有多功能读出兼容性的CROPseq-inspired慢病毒系统，支持单个和组合扰动，在条形码识别和扰动性能方面表现优异 | NA | 开发兼容多种筛选方法的多重CRISPR扰动系统 | CRISPR筛选系统和遗传扰动技术 | 基因编辑技术 | NA | CRISPR-Cas9基因编辑，单细胞RNA测序，光学集合筛选 | NA | 基因表达数据，条形码序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，光学集合筛选 | NA | NA |
| 31 | 2025-07-17 |
Unveiling new therapeutic targets for esophageal cancer treatment through single-cell transcriptomics: pH-responsive nanobubbles enhance the efficacy of 125I radiotherapy
2025-Jul-15, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03552-2
PMID:40665303
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2025-10-23 |
MerQuaCo: a computational tool for quality control in image-based spatial transcriptomics
2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.04.626766
PMID:39677693
|
研究论文 | 开发用于图像空间转录组学数据质量控制的自动化计算工具MerQuaCo | 首个能够自动检测和量化空间转录组学数据缺陷的计算工具，无需人工输入 | 研究基于641个小鼠脑切片数据，主要针对Vizgen MERSCOPE平台 | 开发空间转录组学数据质量控制的自动化方法 | 641个新鲜冷冻成年小鼠脑切片 | 空间转录组学 | NA | 图像空间转录组学 | NA | 空间转录组图像数据 | 641个小鼠脑切片 | Vizgen | 空间转录组学 | MERSCOPE | Vizgen MERSCOPE平台 |
| 33 | 2025-10-22 |
Single cell RNA-sequencing reveals no evidence for meiotic sex chromosome inactivation in the threespine stickleback fish
2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.26.625488
PMID:39651240
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示三刺棘鱼在精子发生过程中不存在减数分裂性染色体失活现象 | 首次在三刺棘鱼中发现性染色体在减数分裂期间保持基因表达活性，未形成浓缩的性染色体小体，这与哺乳动物等物种的MSCI模式截然不同 | 研究仅针对三刺棘鱼一个物种，需要更多鱼类物种的验证来确认MSCI在硬骨鱼类中的保守性 | 探究三刺棘鱼在精子发生过程中是否存在减数分裂性染色体失活现象 | 三刺棘鱼的性染色体(X和Y染色体)及其在精子发生过程中的基因表达模式 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, 免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 免疫荧光图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 34 | 2025-10-21 |
Role of Dual Specificity Phosphatase 1 (DUSP1) in influencing inflammatory pathways in macrophages modulated by Borrelia burgdorferi lipoproteins
2025-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.20.624562
PMID:39605372
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研究论文 | 本研究探讨双特异性磷酸酶1（DUSP1）在伯氏疏螺旋体脂蛋白调控巨噬细胞炎症通路中的作用机制 | 首次应用单细胞RNA测序和多组学方法系统解析脂蛋白诱导的巨噬细胞异质性反应，并发现DUSP1在早期炎症调控中的关键作用 | 研究仅使用小鼠骨髓来源巨噬细胞，未在人体细胞或动物模型中进行验证 | 阐明DUSP1在莱姆病病原体脂蛋白诱导的宿主免疫反应中的调控机制 | 小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDMs） | 免疫学 | 莱姆病 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 35 | 2025-10-19 |
Epidermal Resident Memory T Cell Fitness Requires Antigen Encounter in the Skin
2025-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.31.646438
PMID:40236062
|
研究论文 | 本研究揭示了表皮组织驻留记忆T细胞(T)的适应性需要皮肤中抗原刺激的机制 | 发现表皮抗原经历通过TGFβRIII表达增强TGFβ受体亲和力，从而降低T细胞持久性对TGFβ的需求 | NA | 探究表皮组织驻留记忆T细胞适应性形成的分子机制 | 表皮CD8组织驻留记忆T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 36 | 2025-10-16 |
Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher
2025-Jul-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03682-8
PMID:40702544
|
研究论文 | 提出一种名为Decipher的深度生成模型，用于整合单细胞基因组学数据并可视化正常与异常细胞状态间的转变 | 开发首个能联合建模和可视化正常与扰动单细胞RNA-seq数据中基因表达和细胞状态的深度生成模型 | NA | 开发计算工具以整合跨条件的单细胞基因组学数据并表征正常到异常细胞状态的转变 | 单细胞RNA测序数据中的细胞状态 | 机器学习 | 胰腺炎、急性髓系白血病、胃癌 | 单细胞RNA测序 | 深度生成模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 37 | 2025-10-16 |
Multiplexed single-cell transcriptomics reveals diverse phenotypic outcomes for pathogenic SHP2 variants
2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.30.662374
PMID:40631144
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示致病性SHP2变异导致的不同表型结果 | 结合单细胞转录谱分析与蛋白质生物化学、结构分析和细胞生物学，系统解释致病突变如何失调信号传导 | NA | 理解SHP2结构扰动、细胞结果与人类疾病之间的联系 | 表达临床多样性SHP2变异的细胞 | 单细胞组学 | 努南综合征、癌症 | 单细胞转录组分析、蛋白质生物化学、结构分析、细胞生物学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 38 | 2025-10-05 |
Snail1 as a key prognostic biomarker of cancer-associated fibroblasts in breast tumors
2025-07, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189316
PMID:40222423
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综述 | 本文总结了Snail1作为癌症相关成纤维细胞关键预后生物标志物在乳腺肿瘤中的作用 | 揭示了Snail1相关基因特征在CAFs中的预后潜力，并强调了表达Snail1的成纤维细胞的纤维化和免疫抑制作用 | 基于现有研究的综述性分析，缺乏原始实验数据验证 | 探讨CAF生物标志物在癌症预后中的价值，特别关注Snail1的作用 | 乳腺癌患者样本和小鼠模型中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 39 | 2025-10-05 |
CXCL13 as a Prognostic Biomarker and Modulator of the Tumor Microenvironment in Colorectal Cancer
2025 Jul-Aug, Journal of digestive diseases
IF:2.3Q3
DOI:10.1111/1751-2980.70001
PMID:40804009
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研究论文 | 本研究探讨CXCL13作为预后生物标志物在结直肠癌肿瘤微环境中的作用 | 首次系统评估CXCL13在结直肠癌中的预后价值及其与CD8+T细胞的相互作用机制 | 研究基于多个独立队列但需要进一步实验验证CXCL13调控CD8+T细胞功能的具体机制 | 探究CXCL13对结直肠癌患者预后和肿瘤免疫微环境的影响 | 结直肠癌患者和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 免疫组织化学,多重免疫组织化学,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,组织切片图像,单细胞测序数据 | 四个独立队列(包括TCGA队列和Renji医院队列) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2025-10-05 |
Increased inflammation as well as decreased endoplasmic reticulum stress and translation differentiate pancreatic islets from donors with pre-symptomatic stage 1 type 1 diabetes and non-diabetic donors
2025-Jul, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-025-06417-3
PMID:40457096
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研究论文 | 本研究通过蛋白质组学分析比较了1型糖尿病前期患者与非糖尿病供体的胰岛蛋白表达差异 | 首次在人类胰岛中揭示1型糖尿病前期阶段的蛋白质组变化，发现免疫反应增强与内质网应激和蛋白质翻译减弱并存的新现象 | 样本量较小（n=3 vs n=3），供体间变异大，统计功效有限 | 识别1型糖尿病前期胰岛β细胞功能障碍的分子通路 | 来自器官捐献者的胰岛组织 | 蛋白质组学 | 1型糖尿病 | 激光显微切割，质谱蛋白质组学，无标记定量 | NA | 蛋白质组数据 | 3名多自身抗体阳性1型糖尿病前期患者与3名匹配的非糖尿病对照 | NA | 质谱蛋白质组学，单细胞RNA-seq | NA | 液相色谱-质谱联用技术 |