单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-15	Leucine-rich repeat-containing protein 19 suppresses colorectal cancer by targeting cyclin-dependent kinase 6/E2F1 and remodeling the immune microenvironment 2025-Jul-07, World journal of gastroenterology IF:4.3Q1 DOI:10.3748/wjg.v31.i25.107893 PMID:40656610	研究论文	本文研究了富含亮氨酸重复序列的蛋白19（LRRC19）在结直肠癌中的抑癌作用及其机制	首次揭示了LRRC19通过靶向CDK6/E2F1轴和重塑免疫微环境来抑制结直肠癌，并增强化疗敏感性	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探究LRRC19在结直肠癌中的抑癌作用及其分子机制	结直肠癌组织和细胞系	肿瘤学	结直肠癌	生物信息学分析、定量PCR、免疫组化、Western blotting、流式细胞术、双荧光素酶报告基因检测、分子对接、单细胞测序	小鼠异种移植模型	基因表达数据、蛋白质数据、单细胞测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了多个数据库（Gene Expression Omnibus和The Cancer Genome Atlas）以及CRC组织和细胞系
22	2025-07-15	CEMIP2 sensitizes PDAC to chemotherapy through extracellular matrix remodeling by hyaluronan degradation 2025-Jul-05, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217898 PMID:40623543	研究论文	本文探讨了CEMIP2通过降解透明质酸（HA）和重塑细胞外基质（ECM）来增强胰腺导管腺癌（PDAC）对化疗的敏感性	揭示了CEMIP2通过HA降解机制增强化疗效果的分子机制，并发现其与肿瘤微环境（TME）中免疫细胞亚群的调控相关	CEMIP2的具体作用机制仍需进一步研究，且实验主要基于小鼠模型，临床转化需更多验证	研究CEMIP2在PDAC化疗敏感性中的作用及其机制	胰腺导管腺癌（PDAC）患者和小鼠模型	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、飞行时间质谱流式细胞术（CyTOF）	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质组数据	临床PDAC标本和小鼠模型
23	2025-07-15	Decoding chicken growth regulation through multi-omics insights and emerging genetic tools for growth optimization 2025-Jul-05, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.105542 PMID:40652768	综述	本文综述了鸡生长调控的多组学见解和新兴遗传工具，旨在优化鸡的生长性能	强调了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在解决生长相关组织细胞异质性中的应用，以及CRISPR/Cas9介导的基因组编辑在精准育种中的新途径	现有发现对可持续和高效家禽生产的应用有限	加速精准育种方法的发展，以实现可持续和高效的家禽生产，增强全球食品安全	鸡的生长调控机制	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR/Cas9基因组编辑	NA	基因组、转录组、蛋白质组、代谢组数据	NA
24	2025-07-15	Ptbp1 is not required for retinal neurogenesis and cell fate specification 2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.02.662808 PMID:40631124	研究论文	本研究探讨了RNA结合蛋白Ptbp1在视网膜神经发生和细胞命运决定中的作用	通过条件性敲除Ptbp1基因，发现其在视网膜发育中并非必需，挑战了Ptbp1作为神经发生主要抑制因子的观点	研究仅针对视网膜发育，未涉及其他神经系统区域	评估Ptbp1在发育性神经发生中的作用	视网膜祖细胞和Müller胶质细胞	神经生物学	NA	RNA-Seq, scRNA-Seq, 免疫染色	基因敲除模型	RNA测序数据	胚胎期E16和成熟视网膜组织
25	2025-07-15	Overexpression of high affinity Type I adenosine receptors promotes the growth of uterine leiomyomas 2025-Jul-03, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf025 PMID:40489662	research paper	该研究探讨了高亲和力I型腺苷受体（ADORA1）的过表达如何促进子宫肌瘤的生长	首次发现ADORA1在子宫肌瘤中的过表达及其通过调节AKT1介导的信号通路促进肿瘤生长的机制	研究主要基于体外实验和有限的样本，未涉及大规模临床验证	揭示子宫肌瘤生长中腺苷信号通路的分子机制	子宫肌瘤组织样本和平滑肌细胞	分子病理学	子宫肌瘤	RT-qPCR, western blot, 免疫组化, 单细胞转录组学, siRNA干扰	NA	组织样本数据、单细胞转录组数据	匹配的子宫肌层和肌瘤组织样本及其原代培养物
26	2025-07-15	Novel Cell-to-Cell Communications Between Macrophages and Fibroblasts Regulate Obesity-Induced Adipose Tissue Fibrosis 2025-Jul-01, Diabetes.. IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0762 PMID:40063503	研究论文	本研究探讨了肥胖诱导的脂肪组织纤维化中巨噬细胞和成纤维细胞之间的新型细胞间通讯机制	发现了表达Mincle的巨噬细胞亚群通过分泌Osm调节脂肪组织成纤维细胞胶原基因表达的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据相关性仍需进一步验证	阐明肥胖诱导脂肪组织纤维化的细胞间通讯机制	饮食诱导肥胖小鼠的脂肪组织巨噬细胞和成纤维细胞	细胞生物学	肥胖症	单细胞转录组分析、空间转录组学	NA	转录组数据	饮食诱导肥胖小鼠模型及人类肥胖脂肪组织样本
27	2025-07-15	NRF2 modulates WNT signaling pathway to enhance photodynamic therapy resistance in oral leukoplakia 2025-Jul, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00256-w PMID:40494896	研究论文	本研究探讨了NRF2通过调节WNT信号通路增强口腔白斑光动力疗法耐药性的机制	首次揭示了NRF2通过激活WNT信号通路在口腔白斑光动力疗法耐药性中的关键作用，并验证了p-NRF2作为预测生物标志物的潜力	样本量相对有限（n=117），且机制研究主要在动物模型中进行	阐明口腔白斑对光动力疗法产生耐药性的分子机制	口腔白斑患者样本（PDT敏感型和耐药型）和4NQO诱导的小鼠模型	分子病理学	口腔白斑	单细胞RNA测序	4NQO诱导的小鼠模型	基因表达数据	117例患者样本（3例PDT敏感型+3例PDT耐药型用于测序，117例用于验证）
28	2025-07-15	Cancer-Associated Fibroblasts: Heterogeneity, Cancer Pathogenesis, and Therapeutic Targets 2025-Jul, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70292 PMID:40656546	综述	本文系统回顾了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性、在癌症发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	整合单细胞多组学和空间转录组学的最新进展，识别了具有不同分子特征和功能的CAF亚型，并提出了针对这些亚型的精准治疗策略	治疗策略难以平衡CAF的功能双重性，阻碍了临床转化	探讨CAFs在肿瘤微环境中的异质性功能及其作为治疗靶点的潜力	癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	癌症	单细胞多组学、空间转录组学	NA	NA	NA
29	2025-07-14	Integrating bulk and single-cell RNA sequencing reveals intratumor heterogeneity phenotypes and immune infiltration in pancreatic cancer 2025-Jul-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03080-3 PMID:40652419	研究论文	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了胰腺癌中的肿瘤内异质性表型及其与免疫浸润的关系	首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，系统研究了胰腺癌中的肿瘤内异质性及其临床意义	研究主要基于公共数据库数据，缺乏实验验证	探究胰腺癌中肿瘤内异质性的临床意义及其与免疫微环境的关系	胰腺癌患者	数字病理学	胰腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	机器学习模型	转录组数据	TCGA和GEO数据库中的胰腺癌样本
30	2025-07-14	Unraveling the Transcription Factor Code of Odontoblast Differentiation 2025-Jul-12, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345251348148 PMID:40650465	研究论文	本文通过单细胞RNA-seq分析揭示了控制小鼠牙齿持续生长过程中成牙本质细胞分化的转录因子代码	首次评估了4种转录因子在牙齿发育中的作用，并证明通过控制这些因子的过表达可以引导小鼠诱导多能干细胞分化为成牙本质细胞样表型	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类细胞中验证	解析成牙本质细胞分化的分子机制并为组织工程提供新方法	小鼠牙齿干细胞和诱导多能干细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	持续生长的小鼠牙齿样本
31	2025-07-14	Single-cell RNA sequencing and multi-omics analysis of prognosis-related staging in papillary thyroid cancer 2025-Jul-12, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04101-4 PMID:40650680	研究论文	通过单细胞RNA测序和多组学分析，研究甲状腺乳头状癌（PTC）的预后相关分期	提出了基于肿瘤细胞分化状态的分子分类OSPTCC，并开发了7基因风险评分用于预后预测	样本量相对较小，需要更大规模的验证	改善甲状腺乳头状癌的风险分层和预后预测	甲状腺乳头状癌患者	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序, 多组学分析, qRT-PCR	NA	RNA测序数据	11例PTC患者的158,577个细胞（单细胞RNA测序），501例TCGA-THCA队列患者（批量RNA测序），48例独立队列患者（qRT-PCR验证）
32	2025-07-14	Zmiz1-Mediated SUMOylation of NLRP3 Inflammasome Regulates Satellite Glial Cell Activation and Neuronal Autophagy in Trigeminal Neuralgia 2025-Jul-12, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02330-4 PMID:40650830	研究论文	本研究揭示了Zmiz1通过促进NLRP3炎症小体的SUMO化，调节三叉神经痛中卫星胶质细胞激活和神经元自噬的新机制	首次发现Zmiz1作为关键调控因子，通过促进NLRP3的SUMO化影响三叉神经痛的病理过程	研究主要基于大鼠模型，人类临床样本验证不足	阐明三叉神经痛中神经炎症和卫星胶质细胞激活的分子机制	三叉神经痛大鼠模型和体外培养的卫星胶质细胞与神经元	神经生物学	三叉神经痛	单细胞转录组学、共表达网络分析、Co-IP、Western blotting	大鼠疼痛模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	未明确说明具体样本数量，使用了大鼠模型和体外细胞实验
33	2025-07-14	SCassist: An AI Based Workflow Assistant for Single-Cell Analysis 2025-Jul-12, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf402 PMID:40650988	research paper	介绍了一个名为SCassist的R包，利用大语言模型（LLM）来简化和增强单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析流程	将大语言模型（如Google的Gemini、OpenAI的GPT和Meta的Llama3）集成到scRNA-seq分析的关键步骤中，提供智能化的参数推荐和结果解释	未提及具体性能对比或与传统方法的比较结果	简化单细胞RNA测序数据分析流程，降低技术门槛	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	LLM（如Gemini、GPT、Llama3）	单细胞RNA测序数据	NA
34	2025-07-14	Development and validation of a prognostic model for predicting survival and immunotherapy benefits in melanoma based on metabolism-relevant genes 2025-Jul-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03186-8 PMID:40652057	研究论文	本研究基于代谢相关基因开发并验证了一个预测皮肤黑色素瘤患者生存和免疫治疗效果的预后模型	利用代谢相关基因对患者进行分子分型，结合深度学习提取病理特征，并通过单细胞RNA测序分析揭示潜在细胞间通讯机制	研究结果需要在更大规模的临床队列中进行验证	开发预测皮肤黑色素瘤患者预后和免疫治疗反应的模型	皮肤黑色素瘤(SKCM)患者	数字病理学	黑色素瘤	scRNA-seq, WB, qPCR, IHC, siRNA	LASSO和COX回归模型, ResNet50	基因表达数据, 病理图像	未明确说明样本数量，涉及SKCM患者和细胞系
35	2025-07-14	Single-cell spatial transcriptomics reveals immunotherapy-driven bone marrow niche remodeling in AML 2025-Jul-11, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adw4871 PMID:40632867	研究论文	该研究通过单细胞空间转录组学揭示了免疫治疗在急性髓系白血病（AML）中驱动的骨髓微环境重塑	整合单细胞RNA测序与单细胞空间转录组学数据，结合深度学习图像分析，量化细胞间距离，揭示了免疫治疗后白血病细胞附近的全局和局部免疫细胞富集	测序深度限制可能影响数据解析	探索AML免疫治疗中的骨髓微环境变化	接受pembrolizumab和decitabine治疗的AML患者骨髓样本	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序、单细胞空间转录组学、深度学习图像分析	深度学习	转录组数据、图像数据	NA
36	2025-07-14	Quantification of transcript isoforms at the single-cell level using SCALPEL 2025-Jul-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61118-0 PMID:40640129	研究论文	介绍了一种名为SCALPEL的Nextflow工具，用于从标准的3'单细胞RNA测序数据中量化和表征转录本异构体	SCALPEL在合成数据中表现出比其他工具更高的敏感性和特异性，能够揭示使用单细胞基因表达数据无法检测到的新细胞群体，并确认已知的3' UTR长度变化	NA	探索单细胞水平上的转录后基因调控机制	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
37	2025-07-14	Decoding sexual dimorphism of the sex-shared nervous system at single-neuron resolution 2025-Jul-11, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv9106 PMID:40644535	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究成年雄性和雌雄同体个体中共享神经元的转录组，揭示神经系统中的分子二态性	首次在单神经元分辨率下解码共享神经系统的性别二态性，发现了包括触觉感受器在内的先前未被识别的神经元类型中的分子差异	研究仅关注转录组层面的差异，未涉及蛋白质水平或功能验证	理解遗传性别如何塑造神经系统在单神经元水平的分子结构	成年雄性和雌雄同体个体的共享神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年雄性和雌雄同体个体的神经元
38	2025-07-14	Ontogeny-specific induction of the KMT2A::AFF1-fusion drives development of a distinct CD24 positive pre-leukemic state 2025-Jul-11, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-025-02665-9 PMID:40646135	研究论文	本研究通过新型小鼠KMT2A::AFF1模型，揭示了KMT2A::AFF1融合基因在胚胎期诱导的独特CD24阳性前白血病状态	首次建立了可精确诱导KMT2A::AFF1融合基因的小鼠模型，并发现胚胎期特异性扩增的CD24阳性前ProB细胞亚群具有前白血病干细胞特征	研究主要基于小鼠模型，人类疾病直接相关性需进一步验证	探究KMT2A::AFF1融合基因在胚胎期诱导白血病发生的起始机制	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及CD24阳性前ProB细胞亚群	血液肿瘤学	急性淋巴细胞白血病（ALL）	单细胞转录组测序	转基因小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型及人类KMT2A::AFF1患者样本
39	2025-07-14	Targeting ribosomes reprograms the tumour microenvironment and augments cancer immunotherapy 2025-Jul-11, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03109-y PMID:40646287	研究论文	该研究探讨了靶向核糖体对肿瘤微环境的重编程作用及其在增强癌症免疫治疗中的潜力	揭示了细胞核糖体生物合成在维持免疫抑制性非癌细胞中的先前未被认识的作用，并提出了通过阻断核糖体生物合成来恢复免疫监视的新策略	研究主要依赖于免疫活性体内模型和单细胞RNA测序数据，可能需要在更广泛的临床样本中进行验证	研究核糖体生物合成阻断对肿瘤微环境的免疫调节作用及其在癌症免疫治疗中的应用	肿瘤微环境中的癌细胞和非癌细胞	癌症免疫治疗	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	免疫活性体内模型	RNA测序数据、临床样本数据	免疫活性体内模型、大规模人类scRNA-seq数据、内部临床样本
40	2025-07-14	Protocol for predicting single- and multiple-dose-dependent gene expression using deep generative learning 2025-Jul-11, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103932 PMID:40650899	研究论文	本文提出了一种使用深度生成学习预测单剂量和多剂量依赖性基因表达的协议	开发了scVIDR，一种专为剂量依赖性化学扰动设计的VAE模型，用于单细胞基因表达建模	未提及模型在特定数据集上的性能限制或适用范围	预测单剂量和多剂量依赖性基因表达	单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据	机器学习	NA	scRNA-seq	VAE	基因表达数据	NA