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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2025-10-06 |
Single cell immune profiling in ankylosing spondylitis reveals resistance of CD8+ T cells to immune exhaustion
2025-Jul-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112715
PMID:40687839
|
研究论文 | 本研究通过单细胞技术揭示了强直性脊柱炎中CD8+ T细胞对免疫耗竭的抵抗机制 | 发现强直性脊柱炎滑膜液中存在克隆扩增的细胞毒性T细胞亚群,这些细胞虽表达抑制性受体但保持效应功能,并下调典型耗竭标志物 | NA | 探究强直性脊柱炎中细胞毒性T细胞的免疫耗竭抵抗机制 | 强直性脊柱炎患者的滑膜液中的细胞毒性T细胞 | 单细胞生物学 | 强直性脊柱炎 | 质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 362 | 2025-10-06 |
Gastric cancer adapts high lipid microenvironment via suppressing PPARG-FABP1 axis after arriving in the lymph node
2025-Jul-17, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2025.103759
PMID:40694956
|
研究论文 | 本研究探讨胃癌细胞在淋巴结转移过程中通过抑制PPARG-FABP1轴适应高脂微环境的机制 | 首次揭示胃癌细胞通过下调PPARγ-FABP1轴抑制花生四烯酸摄取从而避免铁死亡的适应性机制 | 研究主要基于体外实验和公共数据库分析,缺乏体内功能验证实验 | 研究胃癌细胞在淋巴结转移过程中的脂代谢重编程机制 | 胃癌细胞和淋巴结转移微环境 | 癌症代谢研究 | 胃癌 | 非靶向脂质组学测序,RNA测序,单细胞测序,透射电镜,ChIP-qPCR | NA | 脂质组数据,转录组数据,单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,脂质组学 | NA | NA |
| 363 | 2025-10-06 |
Cluster-independent multiscale marker identification in single-cell RNA-seq data using localized marker detector (LMD)
2025-Jul-16, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08485-y
PMID:40670619
|
研究论文 | 提出一种名为LMD的新工具,用于在单细胞RNA-seq数据中识别局部基因标记 | 开发了基于细胞-细胞亲和图的扩散动力学评分方法,能够以多分辨率和细粒度方式识别细胞群体特异性基因标记 | NA | 开发更准确的单细胞RNA-seq数据标记基因识别方法 | 单细胞RNA-seq数据中的基因表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图扩散算法 | 基因表达数据 | 十个单细胞RNA测序数据集,包括小鼠骨髓和毛囊真皮凝集数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 364 | 2025-10-06 |
Pan-Cancer Spatial Profiling Reveals Conserved Subtypes and Niches of Cancer-Associated Fibroblasts
2025-Jul-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-2181
PMID:40440095
|
研究论文 | 通过泛癌空间分析识别出四种保守的癌症相关成纤维细胞亚型及其空间生态位 | 首次基于空间邻域信息进行CAF亚型的从头发现,将空间组织确立为CAF异质性的定义轴 | NA | 建立空间背景与CAF身份之间的联系,重新定义CAF分类框架 | 多种癌症类型中的癌症相关成纤维细胞 | 计算生物学 | 多种癌症 | 单细胞空间多组学 | NA | 空间多组学数据 | NA | NA | 单细胞空间多组学 | NA | NA |
| 365 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptional profiling reveals PAX5-mediated naïve B cell differentiation defect in severe adenoid hypertrophy
2025-Jul-15, Experimental cell research
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114675
PMID:40675241
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示严重腺样体肥大中PAX5介导的幼稚B细胞分化缺陷 | 首次在单细胞分辨率下揭示腺样体肥大中B细胞分化受阻的分子机制,发现PAX5异常高表达导致幼稚B细胞积累 | 样本量有限,未进行功能验证实验,机制研究不够深入 | 探究腺样体肥大的分子机制和细胞组成特征 | 儿科腺样体肥大患者的腺体组织样本 | 单细胞组学 | 腺样体肥大 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 45,917个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 366 | 2025-10-06 |
Interleukin-27-producing cells in gram-negative neonatal sepsis display diverse phenotypes and functions in the liver
2025-Jul-14, ImmunoHorizons
DOI:10.1093/immhor/vlaf026
PMID:40682363
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了革兰氏阴性新生儿败血症中肝脏IL-27产生细胞的表型和功能多样性 | 首次在单细胞水平解析新生儿败血症中IL-27产生细胞的异质性及其功能特征 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究新生儿败血症中IL-27产生细胞的特性及其在免疫失调中的作用 | 新生IL-27p28eGFP报告基因小鼠和表达荧光素酶的K1荚膜大肠杆菌 | 免疫学 | 新生儿败血症 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,全动物成像 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据,成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 367 | 2025-10-06 |
SpaDCN: Deciphering Spatial Functional Landscape from Spatially Resolved Transcriptomics by Aligning Cell-Cell Communications
2025-Jul, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202402111
PMID:39962819
|
研究论文 | 提出一种名为SpaDCN的空间动态图卷积网络框架,通过整合细胞间通讯和基因表达数据来识别空间功能区域 | 首次将细胞间通讯动态与基因表达在空间背景下对齐,采用动态图卷积在节点图和边图之间切换传播 | 未明确说明方法在特定组织类型或疾病背景下的适用性限制 | 从空间分辨转录组数据中解析空间功能景观 | 空间分辨转录组数据中的细胞和组织结构 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间分辨转录组技术 | 动态图卷积网络 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 368 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptome Reveals Aquaporin-Mediated Carbon Nanosol-Induced Growth Promotion of Plants
2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202504459
PMID:40305768
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了水通道蛋白介导的碳纳米溶胶促进植物生长的机制 | 首次在单细胞水平解析碳纳米材料对植物生长的促进作用机制,发现细胞类型特异性响应和水通道蛋白的关键作用 | 研究仅针对烟草根系,未验证其他植物物种;突变体验证仅限于tip1;1和tip2;1 | 探究碳纳米溶胶促进植物生长的分子机制 | 烟草根系细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 7,897个细胞,13种细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 369 | 2025-10-06 |
PP1A Modulates the Efficacy of Lenvatinib Plus ICIs Therapy by Inhibiting Ferroptosis in Hepatocellular Carcinoma
2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202501730
PMID:40344394
|
研究论文 | 本研究揭示了PP1A通过抑制铁死亡调控肝细胞癌对乐伐替尼联合免疫检查点抑制剂治疗疗效的机制 | 首次发现PP1A通过去磷酸化Keap1第104位点破坏Keap1-Nrf2相互作用,从而抑制铁死亡并促进免疫逃逸 | 机制研究主要基于细胞和动物实验,需要进一步临床验证 | 探索肝细胞癌对乐伐替尼联合免疫治疗耐药的分子机制 | 肝细胞癌细胞系和动物模型 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 转录组分析、铁死亡代谢物分析、单细胞测序、共培养实验 | NA | 基因表达数据、代谢物数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 370 | 2025-10-06 |
Immune-Vascular Synergy: A Photodynamic Hydrogel Activating ALDH2 to Combat Inflammation and Enhance Angiogenesis in Diabetic Wound Healing
2025-Jul, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202500391
PMID:40364604
|
研究论文 | 开发了一种光动力水凝胶,通过激活ALDH2减少中性粒细胞胞外诱捕网形成并促进血管生成,用于糖尿病伤口愈合 | 首次将ALDH2激活与免疫-血管双重调节策略相结合,直接靶向免疫调节与血管再生的相互作用机制 | NA | 解决糖尿病感染性伤口治疗中持续性感染、免疫反应受损和血管化不足等多重挑战 | 糖尿病伤口组织、中性粒细胞、巨噬细胞、内皮细胞 | 生物医学工程 | 糖尿病伤口 | 单细胞测序分析 | NA | 临床标本测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 371 | 2025-10-06 |
MatriCom, a single-cell RNA-sequencing data mining tool to infer cell-extracellular matrix interactions
2025-Jul-01, Journal of cell science
IF:3.3Q3
DOI:10.1242/jcs.263927
PMID:40501363
|
研究论文 | 开发了一个名为MatriCom的单细胞RNA测序数据挖掘工具,用于推断细胞与细胞外基质之间的相互作用 | 创建了包含超过25,000个经过整理的基质组相互作用的独特数据库MatriComDB,并开发了首个能够从scRNA-Seq数据推断ECM组分间以及不同细胞群与ECM间通讯的工具 | NA | 开发一个能够从单细胞RNA测序数据推断细胞外基质相互作用的数据挖掘工具 | 单细胞RNA测序数据集中的细胞外基质组分和细胞群体 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 46个健康成人组织的scRNA-Seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 372 | 2025-10-06 |
Atlas of amnion development during the first trimester of human pregnancy
2025-Jul, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-025-01696-9
PMID:40659869
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学绘制人类妊娠早期羊膜发育图谱,揭示其细胞组成和相互作用 | 首次在人类妊娠早期系统鉴定羊膜主要细胞类型和亚型,发现上皮-间质和上皮-免疫细胞转化过程 | 研究仅关注妊娠早期,未涵盖整个妊娠期羊膜发育过程 | 阐明人类羊膜在妊娠早期的发育机制和细胞相互作用 | 人类妊娠早期羊膜组织 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 373 | 2025-10-06 |
Lymphoma B cells remodel bone marrow stromal cells into extracellular matrix-producing cancer-associated fibroblasts
2025-Jul-22, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024015616
PMID:40305664
|
研究论文 | 本研究揭示了淋巴瘤B细胞通过重塑骨髓基质细胞为细胞外基质生成型癌症相关成纤维细胞,促进疾病进展的机制 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定出小鼠LepR+骨髓间充质干细胞与恶性B细胞之间存在双向相互作用,并揭示了其向ECM/TGFβ肌纤维母细胞样癌症相关成纤维细胞转化的特异性重编程过程 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类样本中直接相互作用的机制仍需进一步验证 | 探究B细胞淋巴瘤中骨髓基质微环境重塑的动力学和分子机制 | 滤泡性淋巴瘤患者骨髓样本和淋巴瘤B细胞骨髓异种移植小鼠模型 | 单细胞生物学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 滤泡性淋巴瘤患者骨髓样本和淋巴瘤小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 374 | 2025-10-06 |
Novel Copper-Responsive Cell Subtypes in Oyster Gills: scRNA-Seq Uncovers Detoxification Strategy and Intraspecific Accumulation Variation
2025-Jul-22, Environmental science & technology
IF:10.8Q1
DOI:10.1021/acs.est.5c05244
PMID:40639921
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建牡蛎鳃细胞图谱,揭示铜积累差异的细胞调控网络和解毒策略 | 首次在牡蛎鳃中鉴定出铜特异性积累的嗜铜细胞,并发现其丰度与铜含量直接相关(R=0.92) | NA | 研究牡蛎鳃对金属的吸收和解毒机制 | 牡蛎鳃细胞 | 单细胞组学 | 金属中毒 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 高铜积累和低铜积累牡蛎的鳃组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 375 | 2025-10-06 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal mechanisms of radioresistance and immune escape in recurrent nasopharyngeal carcinoma
2025-Jul-21, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02253-8
PMID:40691404
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学揭示复发性鼻咽癌的放疗抵抗和免疫逃逸机制 | 首次在复发性鼻咽癌中发现特异性MCAM癌症相关成纤维细胞通过胶原IV-ITGA2-FAK-AKT轴促进放疗抵抗,并揭示CD8 ZNF683细胞功能及CD47-SIRPα免疫检查点机制 | 样本量相对有限(24名患者的39个肿瘤),需要进一步验证研究 | 探究复发性鼻咽癌放疗抵抗和免疫逃逸的分子机制 | 鼻咽癌患者肿瘤样本 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间定位数据 | 24名患者的39个肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 376 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis reveals CD34+CD90+ endothelial cells promote tumor metastasis in gallbladder cancer
2025-Jul-18, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01040-2
PMID:40681742
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研究论文 | 通过单细胞分析鉴定出促进胆囊癌转移的CD34+CD90+内皮细胞亚群 | 首次在胆囊癌中发现具有EndoMT特性的CD34+CD90+内皮细胞亚群,并证实其通过TGF-β信号通路促进肿瘤转移 | 未明确说明样本数量和研究人群特征 | 探究肿瘤内皮细胞在胆囊癌转移中的作用机制 | 胆囊癌患者的内皮细胞和肿瘤细胞 | 单细胞分析 | 胆囊癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 377 | 2025-10-06 |
Using machine learning to discover DNA metabolism biomarkers that direct prostate cancer treatment
2025-Jul-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-11457-1
PMID:40681784
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研究论文 | 通过整合多组学数据和机器学习方法,发现DNA代谢基因在前列腺癌预后和治疗中的生物标志物作用 | 首次系统性地整合转录组数据、单细胞RNA测序和机器学习模型,揭示DNA代谢基因在前列腺癌免疫微环境和治疗反应中的关键作用 | 研究主要基于TCGA队列数据,需要更多独立队列验证;样本量相对有限 | 探索DNA代谢基因在前列腺癌进展、免疫调节和治疗反应中的作用机制 | 前列腺癌患者样本和正常细胞 | 机器学习 | 前列腺癌 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 基因富集分析 | CoxBoost算法, 机器学习模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | TCGA队列和外部验证数据集(具体样本数未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 378 | 2025-10-06 |
SCNT: an R package for data analysis and visualization of single-cell and spatial transcriptomics
2025-Jul-18, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06209-x
PMID:40681987
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研究论文 | 开发了一个用于单细胞和空间转录组数据分析和可视化的R软件包 | 整合了Seurat和ggplot2等工具,支持Seurat与H5ad格式的无缝转换,提供高分辨率空间可视化功能 | 目前支持的ST平台有限,多组学数据整合功能有待加强 | 解决单细胞和空间转录组数据分析与可视化的挑战 | 单细胞和空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间数据 | 公共PBMC数据集, Visum和Visium HD人类肾脏组织数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Visium, Visium HD | 10x Visium, 10x Visium HD |
| 379 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing technology was employed to construct a risk prediction model for genes associated with pyroptosis and ferroptosis in lung adenocarcinoma
2025-Jul-18, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03323-5
PMID:40682067
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术构建了肺腺癌中焦亡和铁死亡相关基因的风险预测模型 | 首次在单细胞水平系统分析肺腺癌中焦亡相关基因的表达模式,并构建了结合焦亡和铁死亡基因的七基因预后模型 | 未在文中明确说明研究局限性 | 系统阐明肺腺癌中不同细胞类型焦亡的特征和预后价值 | 肺腺癌组织和细胞 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序, qPCR | 预后风险模型 | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据, 临床信息 | GSE189357单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 380 | 2025-10-06 |
STHD: probabilistic cell typing of single spots in whole transcriptome spatial data with high definition
2025-Jul-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03608-4
PMID:40682076
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研究论文 | 提出STHD方法用于全转录组空间转录组学中单点的概率性细胞分型 | 结合计数统计与邻域正则化的机器学习模型,能够以高分辨率预测亚细胞点位的细胞类型身份 | NA | 解决空间转录组数据高稀疏性和高维度带来的计算挑战,实现精确的细胞分型 | 空间转录组学中的单点细胞 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 全转录组空间转录组学 | 机器学习模型(结合计数统计与邻域正则化) | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |