单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 799 篇文献，本页显示第 341 - 360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2025-10-06 |
A Meta-Review of Spatial Transcriptomics Analysis Software
2025-Jul-10, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14141060
PMID:40710313
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综述 | 对空间转录组学分析软件进行系统性评估与比较的元综述 | 整合多个基准测试研究结果，首次系统比较不同软件在四个关键分析领域的性能表现 | 未开发新软件或算法，主要基于现有文献进行总结归纳 | 为研究人员选择适合的空间转录组学分析软件提供指导 | 空间转录组学分析软件 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据与空间坐标数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 342 | 2025-10-06 |
High-precision immune-related plasma proteomics profiling predicts response to immunotherapy in patients with triple-negative breast cancer
2025-Jul-04, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
|
研究论文 | 本研究通过高精度血浆蛋白质组学分析预测三阴性乳腺癌患者对免疫治疗的应答 | 首次发现ARG1、NOS3和CD28血浆蛋白与免疫治疗应答相关，并开发了血浆免疫预测评分系统 | 回顾性研究，样本量相对有限 | 开发非侵入性生物标志物预测三阴性乳腺癌患者对免疫治疗的应答 | 195名接受抗PD-1免疫治疗的三阴性乳腺癌患者 | 蛋白质组学 | 乳腺癌 | 高精度蛋白质组学分析，单细胞RNA测序 | NA | 血浆蛋白质组数据，单细胞RNA测序数据 | 195名TNBC患者的配对基线、治疗中和治疗后血浆样本 | NA | 蛋白质组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 343 | 2025-10-06 |
scGGC: a two-stage strategy for single-cell clustering through cellular gene pathway construction
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf368
PMID:40698866
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研究论文 | 提出一种名为scGGC的两阶段单细胞聚类方法，通过构建细胞基因通路整合图自编码器和生成对抗网络技术 | 构建包含细胞-细胞和细胞-基因关系的邻接矩阵来捕捉复杂相互作用，并通过选择高置信度样本进行对抗神经网络训练来提升聚类性能 | NA | 解决单细胞RNA测序数据聚类分析中的高维度、噪声和稀疏性挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图自编码器, 生成对抗网络 | 基因表达数据 | 九个公开可用的scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 344 | 2025-10-06 |
Applications and techniques of single-cell RNA sequencing across diverse species
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf354
PMID:40698863
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在不同物种中的应用和技术进展 | 全面总结了scRNA-seq在模式和非模式物种中的跨物种应用潜力，特别是在生态基因组学等新兴领域的应用 | 存在技术和资金障碍，限制了在非模式生物和复杂细胞组成组织中的应用 | 探讨单细胞RNA测序技术的应用范围和技术发展 | 各种物种的单细胞转录组 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 345 | 2025-10-06 |
Path-MGCN: a pathway activity-based multi-view graph convolutional network for determining spatial domains
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf365
PMID:40698867
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研究论文 | 开发了一种基于通路活性的多视图图卷积网络Path-MGCN，用于空间转录组数据中的空间域识别 | 首次将通路水平功能背景整合到空间域识别中，通过多视图图卷积网络自适应融合空间和功能邻近性信息 | NA | 开发准确且可解释的空间转录组数据分析框架，解析组织异质性 | 人类背外侧前额叶皮层、乳腺癌组织和鼠脑组织 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学，基因集变异分析 | 多视图图卷积网络，注意力机制，零膨胀负二项式解码器 | 空间转录组数据 | 多个数据集（人类背外侧前额叶皮层、乳腺癌和鼠脑组织） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 346 | 2025-10-06 |
GRANet: a graph residual attention network for gene regulatory network inference
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf349
PMID:40708222
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研究论文 | 提出一种名为GRANet的图残差注意力网络，用于基因调控网络推断 | 利用残差注意力机制自适应学习复杂基因调控关系，并整合多维生物特征进行更全面的推断 | NA | 改进单细胞水平基因调控网络推断的准确性 | 基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图残差注意力网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 347 | 2025-10-06 |
Multiplexed imaging to reveal tissue dendritic cell spatial localisation and function
2025-Jul, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.14962
PMID:38969618
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综述 | 本文综述了多重成像技术在揭示组织树突状细胞空间定位和功能方面的应用 | 利用新兴的多重成像技术解决传统方法无法提供细胞空间信息的问题，填补了树突状细胞空间定位研究的空白 | 作为综述文章，未包含原始实验数据，主要依赖已有文献进行总结 | 探讨多重成像技术在树突状细胞空间定位和功能研究中的应用 | 组织中的树突状细胞及其亚群 | 数字病理 | NA | 多重成像技术 | NA | 图像数据 | NA | NA | 空间成像技术 | NA | NA |
| 348 | 2025-10-06 |
M2 Macrophage-Derived Extracellular Vesicles Reprogram Immature Neutrophils into Anxa1hi Neutrophils to Enhance Inflamed Bone Regeneration
2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202416159
PMID:40277454
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研究论文 | 本研究揭示了M2巨噬细胞来源的细胞外囊泡通过重编程未成熟中性粒细胞为Anxa1hi中性粒细胞来增强炎症性骨再生 | 首次发现M2巨噬细胞来源的细胞外囊泡可重编程中性粒细胞成熟轨迹，产生具有修复功能的Anxa1中性粒细胞亚群 | NA | 探索M2巨噬细胞在牙周炎骨再生中的作用机制 | 牙周组织中的巨噬细胞和中性粒细胞 | 单细胞生物学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 349 | 2025-10-06 |
Gas Bubbles from Biodegradable Magnesium Implants Convey Mechanical Cues and Promote Immune Cell Stimulation
2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202503123
PMID:40349156
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研究论文 | 本研究探讨镁植入物降解产生的气泡如何通过机械和炎症途径影响组织愈合和免疫细胞反应 | 首次系统揭示镁植入物气泡在多个生物尺度和时间尺度上对邻近组织和细胞行为的机械生物学影响 | 研究仅在大鼠模型中进行，缺乏人类临床数据验证 | 探究可降解镁植入物产生气泡的生物学意义及其对组织修复的影响机制 | 大鼠软组织中镁植入物周围的气泡、组织细胞和免疫细胞 | 生物医学工程 | 植入物相关组织反应 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据、组织形态学数据 | 大鼠植入模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 350 | 2025-10-06 |
Blood Biomarker-Based Predictive Indicator for Liver Metastasis in Alpha-Fetoprotein-Producing Gastric Cancer and Multi-Omics Tumor Microenvironment Insights
2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202503499
PMID:40433893
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研究论文 | 本研究开发了基于血液生物标志物的预测指标ANLiM评分，用于预测甲胎蛋白产生型胃癌的肝转移和免疫治疗反应 | 首次结合AFP和中性粒细胞-淋巴细胞比率开发ANLiM评分，并通过多组学分析揭示肝转移AFPGC的免疫抑制微环境特征 | 回顾性研究设计，样本量相对有限（317例患者） | 开发甲胎蛋白产生型胃癌肝转移的预测指标并探索其肿瘤微环境特征 | 317例甲胎蛋白产生型胃癌患者 | 肿瘤学 | 胃癌 | 多变量逻辑回归模型，全外显子组测序，蛋白质组分析，单细胞RNA测序，多重免疫荧光 | 逻辑回归模型，列线图 | 临床数据，基因组数据，蛋白质组数据，单细胞转录组数据 | 317例患者 | NA | 全外显子组测序，蛋白质组分析，单细胞RNA测序，空间转录omics | NA | NA |
| 351 | 2025-10-06 |
A Dual Approach with Organoid and CRISPR Screening Reveals ERCC6 as a Determinant of Cisplatin Resistance in Osteosarcoma
2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202500632
PMID:40476445
|
研究论文 | 本研究通过骨肉瘤类器官模型和CRISPR筛选技术，揭示了ERCC6基因在骨肉瘤顺铂耐药性中的关键作用机制 | 首次结合患者来源骨肉瘤类器官模型和CRISPR筛选技术，发现ERCC6通过调控BAX基因的可变剪接影响顺铂耐药性 | 研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床验证 | 探究骨肉瘤顺铂耐药性的分子机制 | 骨肉瘤患者来源类器官和骨肉瘤细胞系 | 癌症生物学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, CRISPR筛选, 组织病理学分析 | 类器官模型, 细胞系模型 | 基因表达数据, 测序数据, 病理图像 | 患者来源骨肉瘤类器官和骨肉瘤细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 352 | 2025-10-06 |
Rewriting the dendritic cell code in cancer-from subset identity to immunotherapeutic design
2025-Jul, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.70108
PMID:40667699
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综述 | 本文系统解析树突状细胞在癌症免疫中的功能特化及其被肿瘤微环境重编程的机制，并探讨相关免疫治疗策略 | 整合空间转录组学和单细胞研究最新发现，揭示关键DC-T细胞生态位，提出基于DC亚群特异性的情境感知免疫治疗新范式 | 作为综述文章，未包含原始实验数据，主要基于已有研究进行整合分析 | 阐明树突状细胞在肿瘤免疫中的重编程机制并探索免疫治疗新策略 | 树突状细胞亚群（cDC1、cDC2、pDCs、DC3s、tDCs、moDCs等）及其与肿瘤微环境的相互作用 | 免疫学 | 癌症 | 空间转录组学、单细胞研究 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞研究 | NA | NA |
| 353 | 2025-10-06 |
Featured Immune Characteristics of Periodontitis and Primary Sjögren's Syndrome Revealed by Single-Cell Transcriptome Analyses
2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70713
PMID:40696268
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示牙周炎和原发性干燥综合征的免疫特征 | 首次在单细胞水平比较牙周炎和原发性干燥综合征的免疫细胞景观，发现两种疾病共有的CD8 naive T细胞耗竭机制 | 数据来源于公共数据库，样本量有限，需要进一步实验验证 | 比较牙周炎和原发性干燥综合征在单细胞水平的免疫特征异同 | 健康对照者、牙周炎患者和原发性干燥综合征患者的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | 牙周炎, 原发性干燥综合征 | 单细胞RNA测序 | Seurat, NicheNetr | 单细胞转录组数据 | 来自NCBI和NGDC数据库的PBMC样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 354 | 2025-10-06 |
APOBEC3C-Mediated NF-κB Activation Promotes Malignant Progression of Gliomas
2025-Jul, Immunity, inflammation and disease
DOI:10.1002/iid3.70224
PMID:40704619
|
研究论文 | 本研究探讨APOBEC3C在胶质瘤恶性进展中的作用机制及其临床意义 | 首次揭示APOBEC3C通过NF-κB信号通路促进胶质瘤上皮间质转化过程 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证 | 分析APOBEC3C在胶质瘤中的临床病理特征、免疫学特性及预后价值，并验证其介导胶质瘤恶性进展的具体机制 | 胶质瘤患者和胶质瘤细胞系 | 生物信息学 | 胶质瘤 | mRNA-seq, 单细胞测序, Western blot, Transwell实验, 细胞划痕实验 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据, 蛋白质印迹数据 | CGGA数据库693例胶质瘤患者，TCGA数据库697例胶质瘤患者，另加CGGA单细胞测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 355 | 2025-10-06 |
Ligilactobacillus Murinus and Lactobacillus Johnsonii Suppress Macrophage Pyroptosis in Atherosclerosis through Butyrate-GPR109A-GSDMD Axis
2025-Jul-29, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202501707
PMID:40726432
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研究论文 | 本研究揭示了两种肠道益生菌通过丁酸盐-GPR109A-GSDMD轴抑制巨噬细胞焦亡的抗动脉粥样硬化机制 | 首次发现Ligilactobacillus murinus和Lactobacillus johnsonii与阿司匹林使用正相关，并阐明其通过丁酸盐-GPR109A信号通路抑制巨噬细胞焦亡的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和人类队列的关联分析，需要进一步验证具体的分子机制 | 探索药物-微生物群-代谢物相互作用在动脉粥样硬化中的作用机制 | 小鼠模型和人类队列中的肠道微生物群及其代谢产物 | 微生物组学 | 心血管疾病 | 宏基因组学、代谢组学、单细胞测序、分子生物学 | NA | 基因组数据、代谢组数据、单细胞测序数据 | 小鼠模型和人类队列（具体样本量未明确说明） | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 356 | 2025-10-06 |
Refining the resolution of the yeast genotype-phenotype map using single-cell RNA-sequencing
2025-Jul-28, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.93906
PMID:40720279
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术改进酵母基因型-表型图谱的分辨率 | 首次将大规模单细胞RNA测序数据整合到基因型-表型图谱研究中，揭示了表型变异与转录组变异之间的新关联 | 研究仅限于酵母模型，结果在其他生物中的普适性有待验证 | 改进基因型-表型图谱的分辨率，理解转录组调控在性状变异中的作用 | 酵母细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | eQTL定位 | 基因表达数据 | 18,233个酵母细胞，来自4,489个F2分离株 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 357 | 2025-10-06 |
Impact of ATP Synthase Subunit β on TLR Signaling Pathway in Promoting Airway Remodeling and Heterogeneity of Small Airway Epithelial Cells in Chronic Obstructive Pulmonary Disease
2025-Jul-28, Journal of innate immunity
IF:4.7Q2
DOI:10.1159/000547329
PMID:40720940
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研究论文 | 本研究揭示了ATP合成酶β亚基通过激活TLR信号通路促进慢性阻塞性肺疾病气道重塑的机制 | 首次发现ATP5B作为关键枢纽基因通过TLR信号通路调控COPD气道重塑，并证实其作为诊断生物标志物和治疗靶点的潜力 | 研究主要基于细胞系和小鼠模型，需要在人类临床样本中进一步验证 | 探究ATP合成酶β亚基在COPD发病机制中的作用，重点关注上皮细胞异质性和气道重塑 | 小气道上皮细胞、BEAS-2B细胞系、CS/LPS诱导的COPD小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序，体外细胞实验，体内动物模型验证 | NA | 单细胞转录组数据，基因表达数据 | 12个上皮细胞簇，CSE处理的BEAS-2B细胞，COPD小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 358 | 2025-10-06 |
Deciphering state-dependent immune features from multi-layer omics data at single-cell resolution
2025-Jul-28, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02266-3
PMID:40721531
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研究论文 | 构建了包含单细胞转录组、宿主遗传学、血浆蛋白质组和肠道宏基因组的多组学免疫细胞图谱 | 首次在单细胞分辨率下整合多组学数据解析免疫细胞状态依赖性特征，并聚焦日本人群 | 样本主要来自日本人群，可能限制结果在其他人群的普适性 | 解析免疫细胞状态依赖性的分子调控特征 | 235名日本个体（包括COVID-19患者和健康人）的外周血单核细胞 | 单细胞多组学 | COVID-19 | 单细胞转录组测序, 全基因组关联分析, 血浆蛋白质组学, 肠道宏基因组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 遗传数据, 蛋白质组数据, 宏基因组数据 | 235人（包括COVID-19患者和健康对照），>150万个外周血单核细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学, 宏基因组学 | NA | NA |
| 359 | 2025-10-06 |
Identification of CD4_Naive cells related gene FMO4 as a positive regulator of the poor prognosis of septic CRC patients
2025-Jul-28, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03917-5
PMID:40722152
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析发现CD4_Naive细胞相关基因FMO4是脓毒症结直肠癌患者不良预后的正调控因子 | 首次结合单细胞测序和孟德尔随机化分析揭示FMO4基因通过影响CD4_Naive细胞浸润和能量代谢促进脓毒症CRC患者不良预后 | 样本量较小（32例临床样本验证），需要更大规模研究验证 | 探讨T细胞及相关基因在结直肠癌相关脓毒症预后中的作用 | 结直肠癌和脓毒症患者的单细胞测序数据及32例脓毒症CRC患者血液样本 | 单细胞组学 | 结直肠癌 | 单细胞测序, 孟德尔随机化分析, 功能富集分析 | NA | 单细胞测序数据, 临床样本 | 32例脓毒症结直肠癌患者血液样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 360 | 2025-10-06 |
Multi-gene anoikis signature combined with tumor microenvironment stratifies prognosis in cutaneous melanoma with experimental validation of PTK6
2025-Jul-26, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149686
PMID:40721013
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研究论文 | 本研究开发了一个整合失巢凋亡特征和肿瘤微环境的预后分类器，用于皮肤黑色素瘤的预后分层，并通过实验验证了PTK6的关键作用 | 首个整合失巢凋亡抵抗和免疫微环境特征的预后模型，并通过体内外实验验证了PTK6通过Hippo通路调控失巢凋亡抵抗的机制 | 研究基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步的前瞻性验证 | 开发皮肤黑色素瘤的预后预测模型并探索其分子机制 | 皮肤黑色素瘤患者和细胞/动物模型 | 生物信息学 | 皮肤黑色素瘤 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, LASSO-Cox回归, 体外实验, 体内实验 | 风险评分模型, 共识聚类, RS-TME分类器 | 基因表达数据, 单细胞数据 | TCGA-CM队列471例患者，GSE65904验证队列214例患者 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |