单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-07-24	Applications and techniques of single-cell RNA sequencing across diverse species 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf354 PMID:40698863	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在不同物种中的应用和技术	scRNA-seq技术提供了前所未有的细胞异质性、谱系分化和细胞类型特异性基因表达模式的见解	技术和财务障碍限制了其在非模式生物和具有复杂细胞组成的组织中的应用	探讨scRNA-seq在分子生物学、肿瘤学、发育生物学和生态基因组学等领域的应用	不同物种的细胞	分子生物学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
342	2025-07-24	Path-MGCN: a pathway activity-based multi-view graph convolutional network for determining spatial domains 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf365 PMID:40698867	研究论文	提出了一种基于通路活性的多视图图卷积网络Path-MGCN，用于确定空间转录组数据中的空间域	Path-MGCN首次整合了通路信息，通过注意力机制自适应融合空间和功能邻近性的多视图图卷积网络，提高了空间转录组数据分析的准确性和可解释性	未明确提及具体限制，但可能受限于通路数据库的覆盖范围和计算复杂度	开发一个准确且可解释的框架来分析空间转录组数据，以理解组织结构和分子通路	人类背外侧前额叶皮层、乳腺癌和小鼠脑组织的空间转录组数据	数字病理学	乳腺癌	基因集变异分析(GSVA)、Zero-inflated negative binomial解码器	多视图图卷积网络(GCN)与注意力机制	空间转录组数据	多个数据集(人类背外侧前额叶皮层、乳腺癌和小鼠脑组织)
343	2025-07-24	SpaDCN: Deciphering Spatial Functional Landscape from Spatially Resolved Transcriptomics by Aligning Cell-Cell Communications 2025-Jul, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202402111 PMID:39962819	研究论文	提出了一种名为SpaDCN的空间动态图卷积网络框架，用于从空间分辨转录组数据中解析空间功能景观	通过整合细胞间通讯动态和基因表达数据，在空间背景下揭示具有一致细胞组织的空间功能区域	未明确提及具体局限性	解决空间分辨转录组技术中识别病理相关空间功能景观的挑战	空间分辨转录组数据	数字病理	癌症	空间分辨转录组技术(SRT)	动态图卷积网络(SpaDCN)	基因表达数据	NA
344	2025-07-24	Single-Cell Transcriptome Reveals Aquaporin-Mediated Carbon Nanosol-Induced Growth Promotion of Plants 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504459 PMID:40305768	研究论文	研究通过单细胞转录组揭示了水通道蛋白介导的碳纳米溶胶促进植物生长的机制	首次在单细胞水平上解析了碳纳米溶胶促进植物生长的分子机制，并发现水通道蛋白在此过程中的关键作用	研究仅针对烟草根部细胞，未涉及其他植物组织或其他植物物种	探究碳纳米溶胶促进植物生长的分子机制	烟草根部细胞	植物分子生物学	NA	单细胞转录组测序、荧光标记追踪、伪时间轨迹分析	NA	单细胞转录组数据、荧光成像数据	7,897个细胞，代表13种不同的细胞类型
345	2025-07-24	PP1A Modulates the Efficacy of Lenvatinib Plus ICIs Therapy by Inhibiting Ferroptosis in Hepatocellular Carcinoma 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501730 PMID:40344394	研究论文	本文研究了PP1A通过抑制铁死亡调节Lenvatinib联合ICIs治疗肝细胞癌的效果	揭示了PP1A通过去磷酸化Keap1抑制铁死亡，进而影响Keap1-Nrf2相互作用和PD-L1转录的新机制	研究主要基于体外和动物实验，临床转化效果尚需进一步验证	探索PP1A在肝细胞癌治疗抵抗中的作用机制及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌细胞系和动物模型	肿瘤生物学	肝细胞癌	转录组分析、铁死亡代谢物分析、单细胞测序	NA	分子生物学数据、测序数据	未明确说明样本数量，使用细胞系和动物模型
346	2025-07-24	Immune-Vascular Synergy: A Photodynamic Hydrogel Activating ALDH2 to Combat Inflammation and Enhance Angiogenesis in Diabetic Wound Healing 2025-Jul, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202500391 PMID:40364604	research paper	该研究开发了一种光动力水凝胶，通过激活ALDH2来对抗炎症并促进糖尿病伤口愈合中的血管生成	提出了一种双功能策略的光动力水凝胶，独特地整合了ALDH2激活与免疫-血管调节，以解决糖尿病伤口愈合中的多重挑战	未提及具体的临床前或临床试验阶段，可能缺乏人体试验数据	开发一种新型治疗方法以改善糖尿病伤口愈合	糖尿病伤口组织	生物医学工程	糖尿病	光动力疗法、单细胞测序	NA	临床标本、实验数据	未明确提及具体样本数量
347	2025-07-24	MatriCom, a single-cell RNA-sequencing data mining tool to infer cell-extracellular matrix interactions 2025-Jul-01, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.263927 PMID:40501363	研究论文	介绍了一个名为MatriCom的网络应用和R包，用于从单细胞RNA测序数据推断细胞外基质（ECM）成分之间以及不同细胞群体与ECM之间的通讯	开发了MatriCom工具，利用独特的MatriComDB数据库，包含超过25,000个经过整理的相互作用，用于从表达数据中推断相互作用，并构建了首个人类肾脏基质通讯网络	未明确提及具体限制，但可能依赖于数据库的覆盖范围和准确性	研究细胞外基质（ECM）成分之间以及细胞与ECM之间的通讯机制	单细胞RNA测序数据集中的细胞外基质成分和细胞群体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	46个健康成体组织的scRNA-Seq数据集
348	2025-07-24	Single-cell and spatial transcriptomics of stricturing Crohn's disease highlights a fibrosis-associated network 2025-Jul, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02225-y PMID:40562913	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学技术研究了克罗恩病（CD）狭窄病变中的纤维化相关网络	结合单细胞和空间转录组学技术，揭示了克罗恩病狭窄病变中的关键转录组和细胞网络，以及多细胞遗传风险因子的空间组织	样本量相对较小（61个样本，来自21名CD患者和10名非IBD患者），可能影响结果的普遍性	研究克罗恩病狭窄病变的纤维化机制及其相关细胞和基因网络	克罗恩病患者的肠道狭窄病变组织	数字病理学	克罗恩病	单细胞转录组学，空间转录组学	NA	转录组数据	61个样本（来自21名CD患者和10名非IBD患者）
349	2025-07-24	Atlas of amnion development during the first trimester of human pregnancy 2025-Jul, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01696-9 PMID:40659869	研究论文	通过单细胞转录组学技术，研究人类妊娠早期羊膜的细胞类型及其动态重塑过程	首次系统鉴定了人类妊娠早期羊膜的主要细胞类型和亚型，揭示了上皮-间质和上皮-免疫细胞间的动态转变及关键细胞间通讯通路	研究仅聚焦于妊娠早期羊膜发育，未涵盖整个妊娠周期	阐明羊膜在早期妊娠中的细胞组成、动态重塑及发育机制	人类妊娠早期羊膜组织	发育生物学	NA	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量（人类早期妊娠羊膜组织）
350	2025-07-24	Featured Immune Characteristics of Periodontitis and Primary Sjögren's Syndrome Revealed by Single-Cell Transcriptome Analyses 2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70713 PMID:40696268	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示牙周炎和原发性干燥综合征的免疫特征	首次在单细胞水平上全面比较了牙周炎和原发性干燥综合征的免疫细胞景观，并揭示了两种疾病之间的共同分子机制	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探究牙周炎和原发性干燥综合征在免疫细胞层面的关联和共同分子机制	健康对照组、牙周炎患者和原发性干燥综合征患者的外周血单个核细胞	生物信息学	牙周炎, 原发性干燥综合征	单细胞转录组测序, NicheNetr分析	Seurat, NicheNetr	单细胞RNA测序数据	来自NCBI和NGDC数据库的健康对照组、牙周炎和原发性干燥综合征患者的PBMC数据
351	2025-07-24	Extracellular Origins of Cognition: Lessons from Primate Neocortical ECM 2025-Jul, Proteomics IF:3.4Q2 DOI:10.1002/pmic.13979 PMID:40696865	comments	本文评论了Vilicich等人的研究，该研究通过多模态方法构建了人类和非人灵长类动物发育中新皮质的ECM图谱	研究整合了单细胞转录组学、蛋白质组学和免疫组织荧光技术，揭示了ECM在皮质层和发育阶段的特异性分布	评论文章未直接进行实验研究，主要基于对他人研究的分析和讨论	探讨ECM在神经发育中的作用及其与神经发育障碍的潜在关联	人类和非人灵长类动物的发育中新皮质	神经科学	神经发育障碍	单细胞转录组学、蛋白质组学、免疫组织荧光	NA	分子数据、图像数据	NA
352	2025-07-23	Lymphoma B cells remodel bone marrow stromal cells into extracellular matrix-producing cancer-associated fibroblasts 2025-Jul-22, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015616 PMID:40305664	研究论文	本研究揭示了淋巴瘤B细胞如何重塑骨髓基质细胞，使其转变为产生细胞外基质的癌症相关成纤维细胞	首次发现淋巴瘤B细胞与骨髓基质细胞之间的双向交互作用，导致基质细胞重编程为类似癌症相关成纤维细胞的表型	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人体内验证仍需进一步研究	探究B细胞淋巴瘤中骨髓基质微环境重塑的机制	滤泡性淋巴瘤患者的骨髓样本和淋巴瘤B细胞小鼠模型	肿瘤微环境研究	淋巴瘤	单细胞RNA测序	小鼠异种移植模型	RNA测序数据	滤泡性淋巴瘤患者骨髓样本和小鼠模型
353	2025-07-23	Novel Copper-Responsive Cell Subtypes in Oyster Gills: scRNA-Seq Uncovers Detoxification Strategy and Intraspecific Accumulation Variation 2025-Jul-22, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.5c05244 PMID:40639921	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术构建了牡蛎鳃的首个细胞图谱，揭示了铜积累差异的细胞调控网络	首次在牡蛎鳃中鉴定出铜特异性积累的嗜铜细胞，并确认了嗜铜细胞丰度与铜含量的直接相关性	研究仅关注铜积累机制，未涉及其他重金属的积累过程	研究牡蛎鳃对金属的吸收和解毒机制	牡蛎鳃细胞	单细胞转录组学	NA	scRNA-Seq	NA	单细胞转录组数据	高铜积累和低铜积累牡蛎的鳃组织
354	2025-07-23	Ripk1 is critical for preserving effector regulatory T cells and the suppressive transcriptional program in regulatory T cells 2025-Jul-22, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-025-01550-3 PMID:40691281	研究论文	本研究揭示了Ripk1在维持调节性T细胞（Treg）数量和功能中的关键作用，及其在免疫稳态中的重要性	发现Ripk1特异性缺失会导致Treg细胞数量系统性减少，进而引发全身性病理变化，并揭示了Ripk1在维持效应Treg细胞转录特征中的必要性	嵌合小鼠模型中细胞数量较少，可能影响部分实验结果的可信度	探究Ripk1在调节性T细胞功能和免疫稳态中的作用机制	调节性T细胞（Treg细胞）	免疫学	免疫失调	单细胞RNA测序、他莫昔芬诱导型基因敲除系统	嵌合小鼠模型	基因表达数据	嵌合小鼠和诱导型基因敲除小鼠的Treg细胞
355	2025-07-23	Spatial transcriptomics mapping of immune cell and TGFβ signalling pathway heterogeneity in testicular germ cell tumours 2025-Jul-22, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70100 PMID:40693358	research paper	该研究利用空间转录组学技术分析了睾丸生殖细胞肿瘤（TGCTs）中免疫细胞和TGFβ信号通路的异质性	首次在TGCTs中应用空间转录组学技术，揭示了肿瘤及其周围区域的免疫细胞和TGFβ信号通路的异质性	样本量较小（仅4例患者），且仅针对特定类型的TGCTs	探索TGCTs的异质性及其潜在的诊断和治疗靶点	睾丸生殖细胞肿瘤（TGCTs）及其前体细胞（GCNIS）	digital pathology	testicular germ cell tumours	NanoString GeoMx spatial whole transcriptomics workflow, RNA-Seq	NA	spatial transcriptomic data	4例TGCT患者样本（3例非精原细胞瘤，1例精原细胞瘤），超过90个感兴趣区域（ROIs）
356	2025-07-23	Differentiation Trajectory of Virus-Induced Tumour Cells in Rice Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul-22, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.70267 PMID:40693410	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，揭示了水稻黑条矮缩病毒（RBSDV）感染引起的水稻叶片鞘细胞转录异质性及肿瘤细胞分化轨迹	首次构建了植物对病毒感染的细胞类型特异性转录组图谱，并鉴定了RBSDV诱导肿瘤细胞分化的关键基因模块和通路	研究仅针对RBSDV一种病毒，未涉及其他植物病毒的类似机制	解析病毒诱导的植物细胞异常分化和发育的分子机制	RBSDV感染的水稻叶片鞘细胞	植物病理学	病毒性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	伪时间分析（pseudotime analysis）	单细胞转录组数据	106,973个细胞
357	2025-07-23	Single-cell and spatial transcriptomics reveal mechanisms of radioresistance and immune escape in recurrent nasopharyngeal carcinoma 2025-Jul-21, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02253-8 PMID:40691404	研究论文	通过单细胞和空间转录组学分析揭示了复发性鼻咽癌的放射抵抗和免疫逃逸机制	揭示了MCAM癌症相关成纤维细胞通过胶原IV-ITGA2-FAK-AKT轴促进肿瘤放射抵抗，以及胶原IV抑制T细胞浸润的机制	样本量相对较小（39个肿瘤来自24名患者），可能影响结果的普遍性	研究复发性鼻咽癌的放射抵抗和免疫逃逸机制	复发性鼻咽癌（rNPC）的肿瘤微环境	数字病理学	鼻咽癌	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	39个肿瘤样本来自24名患者
358	2025-07-23	Single-cell analysis reveals CD34+CD90+ endothelial cells promote tumor metastasis in gallbladder cancer 2025-Jul-18, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01040-2 PMID:40681742	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究发现CD34+CD90+内皮细胞在胆囊癌转移中起关键作用	首次在胆囊癌中鉴定出CD34+CD90+内皮细胞亚群，并揭示其通过TGF-β信号通路促进肿瘤转移的机制	未明确CD34+CD90+内皮细胞与其他肿瘤微环境成分的具体相互作用机制	探究胆囊癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在肿瘤转移中的作用	胆囊癌患者样本中的内皮细胞	肿瘤生物学	胆囊癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确样本数量（胆囊癌患者组织样本）
359	2025-07-23	Using machine learning to discover DNA metabolism biomarkers that direct prostate cancer treatment 2025-Jul-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11457-1 PMID:40681784	研究论文	通过机器学习发现指导前列腺癌治疗的DNA代谢生物标志物	整合多组学数据和先进计算模型，揭示了DNA代谢基因在前列腺癌进展和免疫动态中的关键作用，并提出了新的预后生物标志物和治疗靶点	研究依赖于TCGA队列和外部验证数据集，可能存在样本选择偏差	探索DNA代谢基因在前列腺癌中的作用及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	前列腺癌(PC)中的DNA代谢基因	机器学习	前列腺癌	转录组数据分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	CoxBoost算法	转录组数据	TCGA队列和外部验证数据集中的536个差异表达基因(DEGs)
360	2025-07-23	SCNT: an R package for data analysis and visualization of single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jul-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06209-x PMID:40681987	研究论文	介绍了一个名为SCNT的R包，用于单细胞和空间转录组数据的分析与可视化	SCNT包整合了Seurat和ggplot2等工具，支持高效的数据处理和高质量的可视化，简化了单细胞和空间转录组数据分析流程	目前支持的ST平台有限，未来需要扩展更多平台支持并增强多组学数据整合功能	开发一个高效且用户友好的工具，以处理、分析和可视化单细胞及空间转录组数据	单细胞（SC）和空间转录组（ST）数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序、空间转录组测序	NA	单细胞和空间转录组数据	公开可用的PBMC数据集、Visum和Visium HD人类肾脏组织数据