单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2025-07-07	Protocol for single-cell dissociation of head and neck cancer organoids 2025-Jul-04, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103930 PMID:40616840	研究论文	本文提出了一种将头颈鳞状细胞癌患者来源的类器官（PDOs）解离为适合下游应用（如药物筛选和单细胞RNA测序）的活单细胞悬液的方案	通过使用0.05%胰蛋白酶和温和的机械解离步骤最大化单细胞产量，同时避免高浓度胰蛋白酶和长时间孵育以减少细胞聚集和提高细胞存活率	未提及该方案是否适用于其他类型的癌症类器官或非癌症类器官	开发一种高效的头颈鳞状细胞癌患者来源类器官单细胞解离方案	头颈鳞状细胞癌患者来源的类器官（PDOs）	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、活细胞成像	NA	细胞悬液	未明确说明样本数量
302	2025-07-07	Interleukin-32-expressing CD4+ T cells are a potentially pathogenic subset in systemic sclerosis with interstitial lung disease 2025-Jul-04, Respiratory investigation IF:2.4Q2 DOI:10.1016/j.resinv.2025.06.008 PMID:40617174	研究论文	本研究通过分析公开的单细胞RNA测序数据集，揭示了表达IL-32的CD4+ T细胞在系统性硬化症伴间质性肺病(SSc-ILD)中的潜在致病作用	首次发现IL32基因在SSc-ILD患者CD4+ T细胞中的高表达，并确定了其在Th1、Th2和Th17细胞以及记忆T细胞中的表达模式	需要进一步研究IL-32的具体作用机制和治疗潜力	阐明CD4+ T细胞亚群在SSc-ILD发病机制中的异常细胞因子产生	系统性硬化症伴间质性肺病患者的CD4+ T细胞	免疫学	系统性硬化症/间质性肺病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、微阵列分析	NA	基因表达数据	13例SSc和11例健康对照的肺活检样本，18例SSc-ILD和16例健康对照的外周血样本
303	2025-07-07	Human airway submucosal gland organoids to study respiratory inflammation and infection 2025-Jul-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.05.013 PMID:40513559	研究论文	本研究利用长期培养的器官模型，分别从表面气道上皮（SAE）和黏膜下腺体（SMGs）中提取，以研究它们在呼吸道炎症和感染中的独特生理特性	首次利用SMG器官模型研究呼吸道炎症和感染，揭示了SMG分泌细胞对特定冠状病毒的选择性易感性	研究仅关注了SMG和SAE的器官模型，未涉及其他呼吸道组织或更广泛的病原体	研究呼吸道炎症和感染的生理机制	人类气道上皮和黏膜下腺体的器官模型	生物医学研究	呼吸道感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	器官模型	基因表达数据	NA
304	2025-07-07	Ensemblex: an accuracy-weighted ensemble genetic demultiplexing framework for population-scale scRNAseq sample pooling 2025-Jul-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03643-1 PMID:40611203	研究论文	介绍Ensemblex，一种基于精度加权的集成遗传解复用框架，用于人口规模单细胞RNA测序样本池	整合四种不同算法以识别最可能的样本标签，提高高度复用实验中的准确性	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序样本池中个体遗传解复用的准确性	单细胞RNA测序样本池	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	集成框架（Ensemblex）	RNA测序数据	计算和实验池化样本
305	2025-07-07	Spatiotemporal liver dynamics shape hepatocellular heterogeneity and impact in vivo gene engineering 2025-Jul-03, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.06.018 PMID:40617259	研究论文	该研究通过克隆追踪、单细胞和空间转录组学技术，探索了小鼠肝脏生长过程中肝细胞异质性的演变及其对体内基因工程的影响	揭示了新生肝脏中克隆形成性肝细胞的空间定位及其在肝脏生长中的关键作用，并阐明了肝细胞异质性对慢病毒基因传递效率的影响	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索肝脏生长过程中肝细胞异质性的动态变化及其对基因治疗的影响	小鼠肝脏不同发育阶段的肝细胞	基因治疗	单基因疾病	克隆追踪、单细胞转录组学、空间转录组学、慢病毒基因转移、靶向基因编辑	NA	转录组数据	不同年龄阶段的小鼠肝脏样本
306	2025-07-07	Identification of hemocyte types and characterization of their immune function in the house fly based on morphological observation and single-cell RNA sequencing 2025-Jul-03, Insect biochemistry and molecular biology IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.ibmb.2025.104358 PMID:40617446	研究论文	本研究结合形态学观察和单细胞RNA测序技术，对家蝇幼虫的血细胞类型及其免疫功能进行了分类和功能分析	首次在家蝇幼虫中鉴定出五种血细胞类型，并基于形态学、流式细胞术和基因表达谱分析了它们的免疫功能	研究仅针对家蝇幼虫，结果可能不适用于其他发育阶段或其他昆虫物种	深入了解家蝇的免疫机制	家蝇幼虫的血细胞	昆虫免疫学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、形态学观察、流式细胞术	NA	基因表达数据、显微镜图像	家蝇幼虫血细胞
307	2025-07-07	An orally bioavailable BRD4 inhibitor disrupts expansion of a pathogenic epithelial-mesenchymal niche in bleomycin-induced fibrosis 2025-Jul-02, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03306-6 PMID:40604997	研究论文	研究口服生物可利用的BRD4抑制剂在博来霉素诱导的纤维化中破坏致病性上皮-间充质生态位扩展的作用	设计并合成了一种高效、选择性、口服生物可利用的BRD4抑制剂（ZL0969），并验证其在减少肌成纤维细胞形成和致病性肺泡祖细胞群扩展中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探讨BRD4信号在博来霉素诱导的肺损伤中祖细胞扩展中的作用	博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型及人类IPF样本	病理学	肺纤维化	scRNA-seq	NA	基因表达数据	C57BL6小鼠及人类IPF样本
308	2025-07-07	α7 nicotinic acetylcholine receptors regulate radial glia fate in the developing human cortex 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61167-5 PMID:40593693	研究论文	本研究阐明了烟碱型乙酰胆碱受体（nAChRs）在人类皮质发育过程中对祖细胞和放射状胶质细胞（RG）的作用	发现CHRNA7和人类特有的CHRFAM7A在SOX2+祖细胞和神经元中的表达，以及CHRFAM7A在RG末端的富集，揭示了YAP1作为nAChR信号的关键下游效应物	研究主要基于体外实验，未涉及体内环境的复杂性	探究烟碱型乙酰胆碱受体在人类皮质发育中的具体作用机制	人类皮质发育中的祖细胞和放射状胶质细胞	神经生物学	神经发育疾病	单细胞RNA测序、器官型切片培养、分散培养	NA	基因表达数据	NA
309	2025-07-07	Benchmarking metabolic RNA labeling techniques for high-throughput single-cell RNA sequencing 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61375-z PMID:40593761	研究论文	本文通过高通量单细胞RNA测序技术，对代谢RNA标记技术进行了基准测试，以优化基因表达动态的测量	首次对十种化学转化方法进行了全面比较，并优化了在斑马鱼胚胎细胞中的应用，提高了合子基因的检测能力	研究仅基于Drop-seq平台和斑马鱼胚胎细胞，可能不适用于其他平台或生物系统	优化代谢RNA标记技术在高通量单细胞RNA测序中的应用，以提高基因表达动态的测量精度	52,529个细胞（基准测试）和9,883个斑马鱼胚胎细胞（应用测试）	单细胞RNA测序	NA	代谢RNA标记技术、高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	52,529个细胞（基准测试）和9,883个斑马鱼胚胎细胞（应用测试）
310	2025-07-07	Single-cell transcriptomics analysis reveals a disrupted NK-T cell interaction network in liver metastatic cancer 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06241-0 PMID:40594834	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了肝转移癌中NK-T细胞相互作用网络的破坏	首次在肝转移癌中详细描述了NK-T细胞的相互作用网络及其功能影响	研究样本来自多种癌症类型，可能影响结果的普遍性	揭示NK-T细胞在肝转移癌中的相互作用及其功能	肝转移癌患者的NK和T细胞	数字病理学	肝转移癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	来自鼻咽癌、甲状腺癌、乳腺癌、结直肠癌和宫颈癌的肝转移及邻近组织样本
311	2025-07-07	Spatial profiling of chromatin accessibility in formalin-fixed paraffin-embedded tissues 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60882-3 PMID:40595535	研究论文	介绍了一种名为spatial FFPE-ATAC-seq的新方法，用于在原位分析存档组织中的染色质可及性	克服了福尔马林诱导的交联挑战，实现了高分辨率的染色质景观映射，同时保留了组织结构	NA	开发一种新方法以利用FFPE样本进行表观基因组研究，研究基因调控和疾病机制	小鼠和人类组织（包括脑和胸腺）以及人类黑色素瘤	表观基因组学	黑色素瘤	spatial FFPE-ATAC-seq, 单细胞RNA测序	NA	染色质可及性数据	小鼠和人类组织样本，包括脑、胸腺和人类黑色素瘤样本
312	2025-07-06	Identification of novel macrophages and bone morphogenetic protein signals causing ectopic calcification and impairing muscle regeneration 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112841 PMID:40612505	研究论文	本文研究了异位钙化的机制，发现F4/80(+)Csf1r(-)巨噬细胞和BMP信号在异位钙化中的作用，并提出BMP抑制剂作为潜在治疗方法	发现了F4/80(+)Csf1r(-)巨噬细胞在钙化肌肉中的特异性增加，并证实BMP信号和内皮-间质转化(EndoMT)在异位钙化中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化需要进一步验证	探究异位钙化的分子机制并寻找潜在治疗靶点	小鼠肌肉组织中的巨噬细胞和BMP信号通路	分子生物学	肌肉疾病	单细胞测序分析、谱系追踪分析	小鼠模型	基因表达数据	使用notexin和BaCl注射的小鼠模型
313	2025-07-06	Combining spatial transcriptomics and AI to enhance brain tumour diagnosis 2025-Jul-04, Nature reviews. Cancer DOI:10.1038/s41568-025-00851-6 PMID:40615732	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
314	2025-07-06	Bi-allelic variants in POPDC2 cause an autosomal recessive syndrome presenting with cardiac conduction defects and hypertrophic cardiomyopathy 2025-Jul-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.04.016 PMID:40409267	研究论文	该研究发现了POPDC2基因的双等位基因变异会导致一种表现为心脏传导缺陷和肥厚型心肌病的常染色体隐性综合征	首次将POPDC2基因的双等位基因变异与人类心脏传导缺陷和肥厚型心肌病联系起来，并通过实验证明这些变异会损害POPDC2与cAMP的结合能力及其对TREK-1钾通道的调节功能	肌肉活检未显示明显的肌病性病变，但POPDC1和POPDC2的丰度显著降低，这一现象的病理机制尚未完全阐明	探究POPDC2基因变异与心脏传导缺陷和肥厚型心肌病之间的关系	四个携带POPDC2双等位基因变异的家族成员	遗传学	心血管疾病	同源建模、体外电生理研究、单细胞RNA测序	NA	基因测序数据、电生理数据、RNA测序数据	四个家族成员及超过100万人的群体遗传数据
315	2025-07-06	Single-cell transcriptome-wide Mendelian randomization and colocalization analyses uncover cell-specific mechanisms in atherosclerotic cardiovascular disease 2025-Jul-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.06.001 PMID:40555237	研究论文	本研究提出了一种结合单细胞水平上的顺式孟德尔随机化（MR）和共定位分析的单细胞转录组关联研究（TWAS）流程，用于揭示免疫细胞中基因表达对动脉粥样硬化性心血管疾病（ASCVD）风险的影响	开发了一种单细胞TWAS流程，结合了单细胞水平的顺式MR和共定位分析，显著提高了细胞特异性分辨率，发现了440个基因-结果关联，其中88%在批量TWAS中被遗漏	单细胞eQTL数据集的样本量相对较小	揭示免疫细胞中基因表达对动脉粥样硬化性心血管疾病（ASCVD）风险的影响	14种免疫细胞类型	基因组学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化	孟德尔随机化（MR）、共定位分析	单细胞转录组数据、GWAS数据	14种免疫细胞类型的单细胞eQTL数据集（样本量较小）
316	2025-07-06	N6-methyladenosine-mediated upregulation of MANF promotes ER stress resistance in renal cell carcinoma 2025-Jul-03, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07798-4 PMID:40603319	研究论文	本研究揭示了MANF通过m6A修饰上调促进肾细胞癌（RCC）中内质网应激抵抗的新机制	首次发现MANF通过m6A修饰调控在RCC进展中的作用，并阐明其通过抑制IRE1α磷酸化缓解内质网应激的具体机制	未涉及MANF靶向治疗在动物模型或临床中的验证	探索肾细胞癌治疗抵抗的新机制并寻找潜在治疗靶点	肾细胞癌（RCC）及其近端小管细胞前体	肿瘤生物学	肾细胞癌	单细胞转录组测序、m6A修饰分析	NA	转录组数据	NA
317	2025-07-06	Myeloma cell-intrinsic ANXA1 elevation and T cell dysfunction contribute to BCMA-negative relapse after CAR-T therapy 2025-Jul-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.03.001 PMID:40057828	研究论文	本研究探讨了多发性骨髓瘤(MM)患者在抗BCMA CAR-T细胞治疗后复发的原因，发现ANXA1的高表达与BCMA阴性复发相关	首次发现ANXA1高表达与BCMA阴性多发性骨髓瘤复发相关，并证实ANXA1可作为潜在治疗靶点	研究样本量有限，需要更大规模的临床验证	探究多发性骨髓瘤CAR-T治疗后BCMA阴性复发的机制	多发性骨髓瘤患者和癌细胞	肿瘤免疫治疗	多发性骨髓瘤	单细胞转录组测序	小鼠模型	转录组数据	1例CAR-T治疗后复发患者及未暴露于CAR-T细胞的患者数据
318	2025-07-06	Gasdermin D aggravates a mouse model of radiation-induced liver disease by promoting chemokine secretion and neutrophil recruitment 2025-Jul-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61397-7 PMID:40603284	研究论文	本研究揭示了Gasdermin D（GSDMD）在辐射诱导的肝病（RILD）中的作用机制及其作为治疗靶点的潜力	首次发现GSDMD在RILD中的关键作用，并揭示了其通过激活STAT5A和CXCL1促进中性粒细胞招募的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索辐射诱导肝病（RILD）的发病机制并寻找潜在治疗靶点	小鼠模型和肝细胞	分子病理学	肝病	scRNA-seq、免疫荧光、荧光激活细胞分选	Gsdmd基因敲除小鼠模型	基因表达数据、细胞图像数据	未明确说明小鼠数量
319	2025-07-06	AKR1C3 enhances radioresistance in esophageal adenocarcinoma via inhibiting ferroptosis through suppressing TRIM21-mediated ubiquitination of HSPA5 2025-Jul-02, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07773-z PMID:40603306	研究论文	本研究揭示了AKR1C3通过抑制铁死亡增强食管腺癌放射抵抗的分子机制	首次发现AKR1C3通过稳定HSPA5-GPX4通路抑制铁死亡从而介导放射抵抗	研究主要基于体外模型和患者来源类器官，缺乏体内实验验证	探索食管腺癌放射抵抗的分子机制并寻找潜在治疗靶点	食管腺癌细胞系和患者来源类器官	肿瘤生物学	食管腺癌	RNA-seq, scRNA-seq, TCGA数据分析, C11-Bodipy染色, 透射电镜	体外放射抵抗模型	基因表达数据, 影像数据	未明确说明具体样本数量
320	2025-07-06	scICE: enhancing clustering reliability and efficiency of scRNA-seq data with multi-cluster label consistency evaluation 2025-Jul-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60702-8 PMID:40603842	研究论文	本文开发了一种名为scICE的工具，用于评估单细胞RNA测序数据的聚类一致性并提供一致的聚类结果	scICE在速度上比传统共识聚类方法提高了30倍，并能有效识别一致的聚类结果	未明确提及方法的局限性	提高单细胞RNA测序数据聚类的可靠性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	48个真实和模拟的单细胞RNA测序数据集，部分包含超过10,000个细胞